The Nomura Institute of Glycosciece Blog

いろんな大学で高校生、中学生むきの講座をおこなってYouTubeなどに公開しているようです。今回は、東京大学の公開講座、
高校生のための冬休み講座2022 Onlineから　「非平衡状態で物質の”限界”を超える」というタイトルの、高三和晃（たかさん かずあき）先生による講演を紹介しておきます。高三先生のtwitterはこちらです。https://twitter.com/takasan_san_san
残念ながら講義の冒頭のほうでおっしゃっている参加者用資料の公開は終わっていてダウンロードできないようですが、講義だけでも楽しめると思います。是非YouTubeのサイトにダウンロードリンクを載せてもらってダウンロードできるようにしていただきたいと思います。
https://youtu.be/uCHSf5fUAaA

面白そうな講義なので私も時間ができたら勉強させてもらおうと楽しみにしています。
量子力学の話からはじまって、統計力学、非平衡状態の話などが続きます。時間結晶とか生物が非平衡であること、スピンと鳥の群れの関係などなど、生物科学に興味がある人にもおすすめの内容です。是非ご覧ください。

同時に行われた次の講義も面白そうです。

高校生のための冬休み講座2022 Online　「√1 はいつでも1か？」岩木耕平先生
https://youtu.be/RZAHjYlmKBg

BMP （bone morphogenetic protein）というタンパク質をご存知ですか？
https://bsd.neuroinf.jp/wiki/%E9%AA%A8%E5%BD%A2%E6%88%90%E5%9B%A0%E5%AD%90
これは骨をつくるときに重要な役割をはたすということで骨形成因子とか、骨形成蛋白質とよばれている有名な分子です。骨形成を誘導、促進する分子であることから始めは骨粗鬆症の予防や治療のてがかりになると注目されていた分子です。ところが日本の上野直人先生たちの研究によって、この分子が脊椎動物のオーガナイザーの形成に決定的な役割をはたしていることがわかりました。私も発生生物学や分子発生学の講義でBMPやアクチビンの役割を教えていたのですが、最近の発展については勉強不足です。それを補うような講演がおなじみのNIH video castで行われていたので紹介します。てっとりばやくBMPについて学ぶのには最適の動画です。

いつものようにこちらのサイトにアクセスして、ダウンロードリンクから動画を高画質でダウンロードできます。
https://videocast.nih.gov/Summary.asp?file=33055
字幕のダウンロードもできますので字幕がよみこめるmedia playerで字幕を読み込ませて動画をみることもできます。
ダウンロードのやり方は簡単です。左下にある+Moreのボタンを押すと、Downloadボタンがでてきます。クリックするとselect bitrateのボタンがでます。それを押して好きな画質(最高画質は1840k)を選んでダウンロードしてください。Captionをダウンロードするボタンもありますのでそちらから字幕をダウンロードできます。

この講演はYouTubeでも公開されています。そちらで視聴することもできますし、その場合Chromeの機能拡張Language Reactorを使えば自動で字幕表示しながらわからない単語は辞書をひきひき見ることもできるので便利です。https://youtu.be/DIptTFoIs4g

図書館で「科学者の本棚」(2011,岩波書店、現在品切れ、中古本は安く買えます）という本を借りてきました。雑誌「科学」編集部編の「人生においてもっとも心に残っている本、ご自身の研究への道を拓くきっかけとなった本、後世に残したいあるいは後輩に伝えたい本のことを書いてください」という編集部の依頼で63人の科学者、あるいは科学に関連の深い方々が雑誌「科学」に寄せられた本の紹介をまとめたものです。ユークリッドの原論、鉄腕アトム、果てしなき流れの果てに、マッハの力学、解析概論などSFから随筆、マンガや教科書、哲学書など興味深い本が紹介されていて読んでいてあきません。

同じく岩波書店から、「ブックガイド文庫で読む科学」という本もでていて、こちらも面白い本です。2007年の発行ですが在庫ありになっていました。こちらは藤永茂先生や田口善弘先生他の9名のかたが、科学について考えるための有益な本を紹介されています。例えば田口先生は、「科学的思考法のすすめ」と題する文中で、レーニンの「唯物論と経験批判論」やグリッグの「カオス」、ワトソンの「DNA」(ワトソンの二重らせんとは違う教科書風の本です）の三冊を挙げておられます。レーニンの「唯物論と経験批判論」をあげておられるのはユニークですね。唯物論と観念論、そしてトンデモ科学のようなものについて考えるよいきっかけになる本だと思われます。藤永先生は「学ぶということ」と題して、ロウソクの科学、アインシュタイン相対性理論(アインシュタインの論文を内山龍雄先生が訳して解説した岩波文庫）、ファインマンの「物理法則はいかにして発見されたか」、ガストン・バシュラールの「新しい科学的精神」の四冊を紹介されています。最後の本の紹介ではトマス・クーンのパラダイムの考え方がどのように誤っていて、パシュラールの考え方が科学の本質をついているかがわかりやすい例で説明されています。

この二冊で取り上げられている本は、古い本も多いので国立国会図書館の個人送信資料で探すと、オンラインで読むことができるものが多いです。先ほどの「唯物論と経験批判論」は、いくつかの版が読めますが、画像がきれいで読みやすいのはこちらだと思います。https://dl.ndl.go.jp/pid/12244020

WBCはものすごい試合でしたねぇ！9回裏の攻撃、何度も何度も録画を見直しました。真のドラマですね。みんなに勇気をくれた試合でした。
福岡は今日は雨でした。夕方にはあがりましたがまだまだ雨が続く予報です。
桜は東京は満開も近そうですが、福岡はまだまだです。散歩にでかけるとつくしがそろそろ終わりの時期になってきたようです。そして桜がちらほら咲き始めていました。写真の桜は近所で一番早く咲く桜の木です。周辺にも沢山桜が植えてあって、桜並木なのですが、その中の一本だけが写真のように咲いていて、他はまだ1分咲きくらいでした。雨が続きますので、この雨の恵みをうけて週末あたりには満開になると思います。万葉集にこんな歌があります。

「梅の花咲きて散りなば桜花継ぎて咲くべくなりにてあらずや」
（現代語訳 梅の花が咲き、散ってしまったなら、桜の花がつづけて咲くようになっているではないか。）
https://manyo-hyakka.pref.nara.jp/db/detail?cls=db_manyo&pkey=829

「春雨に争ひかねて我がやどの桜の花は咲きそめにけり」
（現代語訳 春雨にあらがいかねて、わが家の桜の花は咲きはじめたことだ。）
https://manyo-hyakka.pref.nara.jp/db/detail?cls=db_manyo&pkey=1869

「見渡せば春日の野辺に霞立ち咲きにほへるは桜花かも」
（現代語訳 見渡すと春日野のあたりに霞が立ちこめ、色美しく咲いているのは桜の花であることよ。）
https://manyo-hyakka.pref.nara.jp/db/detail?cls=db_manyo&pkey=1872

春雨の後に桜がきれいに咲くのめでていたのは奈良時代でもおなじだったんですね。

これらの歌は、先日オンラインで公開された奈良県立万葉文化館の「万葉百科」というサイトでみつけた歌です。
https://manyo-hyakka.pref.nara.jp/
「万葉百科」では、万葉集のすべての歌を万葉仮名、読み下し文、現代語訳などで無料で読むことができます。例えば巻20を指定して「歌を探す」
https://manyo-hyakka.pref.nara.jp/db/search?cls=db_manyo
で検索すると、巻20のすべての歌を詠むことができます。
万葉の歌碑のありかも検索できますし、歌人で検索してその歌人の詠んだ歌を全部みることも簡単にできます。万葉集は日本の古典ですので、是非いろいろ検索して読んでみてください。
そうそう、斎藤茂吉が書いた岩波新書の万葉秀歌という本もおすすめします。国立国会図書館個人送信資料の斎藤茂吉全集に収録されているので是非ご覧ください。岩波新書の万葉秀歌上、下巻も個人送信資料にありますが、画像がみにくいので斎藤茂吉全集版のほうをおすすめします。
https://dl.ndl.go.j/pid/1664344

今日は映画の話です。
Interstellarという映画をご存知ですか？2014年製作のSF映画で最高傑作という人が多い映画です。特にブラックホールの映像などの迫力はものすごくて、映画館でみるのがおすすめという有名な映画です。Amazon Prime Videoとかその他の色々なストリーミングサービスでもみることができます。見ていないかたは一度ご覧になることをおすすめします。
https://youtu.be/OA3Txp94pjs

この映画、監修はKip Thorneさんです。この人は物理学者で、前に書いたこと（2022/7/26 の記事）がありますが、Carl SaganがSF小説「コンタクト」を書くときにワームホールを使うというプロットを、物理学面からアドバイスしたのでも有名です。解りやすい物理学の啓蒙書の著者でもあります。2014年にはこの映画Interstellarの科学監修をつとめており、ブラックホールが実際にどの様に見えるかを一から計算してその結果の映像が映画では使われているそうです。いままでのブラックホールの映画とは全く違う、科学にもとづいた映画になっています。Kip Thorneさんは重力波検出の物理学への貢献により2017年度のノーベル物理学賞を受賞しています。https://www.nobelprize.org/prizes/physics/2017/thorne/biographical/
この映画についての本も書いています。The Science of Interstellar というタイトルでKindle版もあるようです。以下はスタンフォード大学でのThorneの講演で本の内容の解説だと思われますので、興味あるかたはご覧ください。
https://youtu.be/vNFBpKm1O9Y

創薬で最初に考慮すべき結合は何でしょうか？薬が目的とするタンパク質と結合するかどうかを検討するときに考慮すべき結合の種類にはどんなものがあるでしょうか。答えは水素結合です。
2017年にでたこの論文では、タンパク質とリガンドの相互作用が登録されているPDBデータベースの一万組以上のデータを分析してどのような結合相互作用がどれくらいの割合でみられるかを検討しています。
https://pubs.rsc.org/en/content/articlelanding/2017/MD/C7MD00381A
この論文では全部で７つの相互作用をリストしているのですが、以下のブログの筆者は、論文で疎水性相互作用(疎水結合）とひとくくりにされているタンパク質・リガンド相互作用を再検討して、以下の6種類の相互作用が重要だと結論づけています。

　PDBのデータからわかった6種の相互作用の割合は以下のとおりだそうです。

Hydrogen Bonds – 79%
pi-pi Interactions – 8%
sigma-sigma interactions – 6%
cation-pi interactions – 2%
sigma hole bonds – 0.3%
pi-hole bonds -0.1%

以下のブログの記事を参考にしてください。https://mcconnellsmedchem.com/2023/03/18/the-six-molecular-interactions/