The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

春休みに小中高生におすすめの科学動画3本を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

高校生や小中学生にもわかりそうな動画が年度末の3月にはたくさん公開されています。今日はその中から、春休みにおすすめの科学動画3本を紹介します。

「トークイベント 「研究者とめぐる 『未読の宇宙』 ～重力波で宇宙を“きく”」」
https://youtu.be/lxGpu1xI5_I

これは科学未来館のトークイベントで去年の12月13日開催されたものの動画です。
科学未来館は小学生以上向けのこうした講演会をよく開催して公開して下さっています。
これは重力波について学べるよい動画です。

「【宇宙×生命】138億年の知の冒険へ。「元素から紐解く宇宙と生命のものがたり」｜第41回自然科学研究機構シンポジウム」
https://www.youtube.com/live/_GpTHQo4OyQ

これは一週間前に配信されたシンポジュウムの動画です。
これもわかりやすくて素晴らしい動画ですので春休みに見るのにピッタリです。

「高校生のための冬休み講座2025　「生命科学研究から疾患治療戦略に挑む～科学で社会に貢献するために～」反町典子教授」
https://youtu.be/m5iHCVz9AgQ

こちらは東大理学部の高校生向けの冬休み講座の動画です。
免疫、生体防御、リソソーム、トランスポーターなどに親しむきっかけになるよい講義だと思います。高校生向けということで、上の2つの動画よりはややむずかしいので、小学生には無理かもしれません。

GoogleのNotebookLMの素晴らしい入門動画が公開されました！

投稿日: 投稿者: root

このブログでも時々話題にしている、GoogleのNotebookLMですが、とてもわかりやすい初心者向けの使い方の動画がTogoTVで公開されています。これを見れば、だれでもNotebookLMが使えるようになる動画です。まだ使ったことがないという方には絶好の入門動画なので是非ご覧ください。
『研究に役立つNotebookLM』
https://youtu.be/tYZuIdZQUis

内容は、YouTubeの動画のページの引用ですが、以下のようなものです。
線虫の論文を例にとって、使い方が超わかりやすく解説されています。

ーーーーーー目次ーーーーーー
0:00 研究に役立つNotebookLM
0:23 NotebookLMとは？
1:08 WormTensor論文を用いた実例（マインドマップ、チャット、スライド資料）
2:29 NotebookLMが優れている点
7:14 NotebookLMへのソースの提供について
8:15 TensorLyCV論文を用いた実例（URLを指定するだけでは内容を確認できないケース）
9:58 使い方1（ソースの概要把握と深掘り）
11:25 使い方2（ソースからスライドを作成）
12:45 使い方3（音声概要）
14:14 使い方4（クイズ）
16:10 Bio”Pack”athon的活用シーン
21:38 その他（Geminiとの連携）
24:39 まとめ
25:23 質問タイム
ーーーーーーーーーーーーーー
この動画のurlをNotebookLMにいれてみました。すると瞬時に以下の要約が表示されます。

『NotebookLMによる研究効率化と論文活用の実践手法

このソースは、GoogleのAIサービスであるNotebookLMを研究活動に活用するための具体的な手法を解説しています。利用者が提供した資料をソースとして、根拠に基づいた回答を生成できる点が最大の特徴であり、ハルシネーションを抑えた論文の要約や分析が可能です。機能面では、マインドマップによる構造化や自動生成されるクイズ、さらに資料を対話形式で解説する音声ポッドキャスト生成などが紹介されています。また、Geminiと連携して複数のノートブックを比較検証する方法や、PDF化することで読み込み制限を回避する技術的なコツにも触れています。スライド生成機能における図表の正確性など一部の課題も示されていますが、学習や情報の深い理解を助ける強力なツールとして評価されています。』
この動画からNotebookLMでマインドマップを作ってみたので貼り付けておきます。参考のためにノードを全部展開したものを貼り付けています。

NotebookLMは音声ポッドキャストもできるのですが、とても聞きやすい音声で男女二人の会話によるポッドキャストになっていてすごく重宝しているとのことでした。研究費の申請手続きの書類とかをポッドキャストにして聞くこともできて大変有用だそうです。

またWordのファイルもソースとしてアップロードできるので、大学などから配られる事務手続きの書類をアップロードして、マインドマップにして内容を一瞬で把握したりすると効率があがるそうです。

あるいは、Rでバイオインフォマティクス解析をするときに使うBioconductorのパッケージの部厚いpdfマニュアル（たとえばマイクロアレイデータ解析に私も使っているlimmaというパッケージのpdf版マニュアル）をソースとしてアップロードすれば、その内容を解説してくれたり、マインドマップ形式で表示してくれたするオンラインマニュアルができあがります。マインドマップの各項目をクリックすると、マニュアルの該当ページが開くなど大変便利になるのとのことで、私もさっそくやってみました。とても便利です。

芥川の歯車＝閃輝暗点説の起源について

投稿日: 投稿者: root

昨日、芥川龍之介の歯車にでてくる幻影が、閃輝暗点であるという話を書きました。Geminiに歯車＝閃輝暗点説の最初の文献をさがしてもらったところ1930年代の文献をあげてきたので芥川の死後まもなく、閃輝暗点説が出たというように書きました。しかし今日探してみると、その文献は存在しないことがわかり、Gemini 3 proのハルシネーションであることが確認できました。

ChatGPT　5.4 thinkingで同じ探索をしてもらうと、こちらは理路整然とした方針の文献検索をして、吉田精一の芥川龍之介に関する本が手掛かりになると指摘してきました。私は1972年の文献を探し出していたのですが、それ以前のもの(1970年の吉田精一の本)に、歯車＝閃輝暗点と明記してあり出典が、椿八郎（「歯車」と眼科医）と書かれていました。

https://dl.ndl.go.jp/pid/12458617/1/46?keyword=%E6%AD%AF%E8%BB%8A

国立国会図書館デジタルコレクションで読むことができる文章だったので、読んでみると1963年の文芸春秋に掲載されたもので、芥川のみた歯車＝閃輝暗点であることを、医学書の閃輝暗点の記述と芥川の「歯車」の記述が完璧に一致することを示しながら主張しておられました。
https://dl.ndl.go.jp/pid/12564528/1/104?keyword=%E6%AD%AF%E8%BB%8A

文章からは、それ以前の方が指摘したかどうかはわかりませんが、椿さんが初めて主張したのだろうと思わせる書きぶでした。ということで、Geminiの文献検索はハルシネーションで、ChatGPTの検索はまともな文献にたどりつける、堅実なものだということがわかりました。

芥川龍之介の「歯車」にでてくる歯車の正体

投稿日: 投稿者: root

昨日、Kindle unlimitedで読める岩波新書をいくつか紹介しました。昨日は紹介しなかったのですが、岩波新書の「医学探偵の歴史事件簿」（小長谷正明 著）という本もKindle unlimitedで読むことができます。
この本を昔読んだとき、芥川龍之介の最後の作品の一つ「歯車」の中に出てくる空中に見える歯車の正体について書いてあったはずと思い読んでみましたが全然そんなことは書いてありません。Geminiに調べてもらったところ、「医学探偵の歴史事件簿ファイル２」という続編があって、そちらに芥川の歯車について書かれているとわかりました。

芥川は、歯車が空中に見えたりして自分の精神状態がおかしいと思い込んでいたようです。それが自殺の一因になっていたと考える人も多いようです。しかし芥川にみえた歯車は、閃輝暗点とよばれる病気の症状だったようです。この作品「歯車」に書かれている描写があまりに医学的に正確で的確だったため、芥川の死後ほどなく、彼にみえた歯車は閃輝暗点そのものだったというのが定説になったようです。

次の医学新報の記事には、芥川の好んだココアと、閃輝暗点とそれにともなう片頭痛の関係について興味深い考察が書かれているので是非ご覧ください。ココアは閃輝暗点や片頭痛の患者さんは避ける方がよいと書かれています。チョコレートもダメだそうです。
「芥川龍之介の『歯車』とココア［エッセイ］」
https://www.jmedj.co.jp/blogs/product/product_22833

閃輝暗点をGoogle画像検索してみてください。患者さんが書かれた絵などもあって、確かに歯車に見えるのがわかります。たとえばこちらのオンライン版家庭の医学の図をご覧ください。

https://katei-igaku.jp/dictionary/column/101642C10.html

芥川の歯車は、青空文庫で読めます。

https://www.aozora.gr.jp/cards/000879/card40.html

Kindle unlimitedで読める本の紹介

投稿日: 投稿者: root

先日、AmazonのKindle unlimitedで二か月無料お試しのオファーがあったので、Kindle unlimitedを久しぶりに試しています。前に読めた本が今は読めないということも多いので、公共図書館のようには使えません。しかし時々読みたい本がリストに入るので月980円で契約してもいいかも、とは思います。さて今回は、岩波新書が結構いろいろ読めるようになっているのでいくつか紹介します。
科学関係の岩波新書でKindle unlimitedで読めるものを紹介します。

「物理学とは何だろうか」（上）　朝永振一郎 著　　有名な本です。朝永先生の最後の一般向けの本です。上巻はケプラーからニュートン力学の誕生、そしてワットやカルノーの熱力学、カルノーサイクルの素晴らしい解説などが魅力的です。エントロピーの話も入っていて実に素晴らしい本です。下巻はKindle unlimitedにはいっていませんが、朝永先生が入院中に手を入れられた原稿などに基づいてご逝去後にまとめられた作品になっています。これもすばらしい本ですので是非、手に取ってみてください。古書なら送料込みで600円程度で購入できます。Kindle版は1000円ちょっとで買えます。

「生物進化を考える」　木村資生 著 　分子進化の中立説の木村資生先生の一般向けの本です。教科書にもできそうなよい本です。

「人物で語る数学入門」　高瀬正仁 著 九州大学教授だった著者による数学史に立脚した数学入門の本です。デカルトの方法叙説の幾何学の本格的な一般向け解説は今までなかったのではないでしょうか。

「インターネット文明」　村井純 著　これは2024年に出た岩波新書です。インターネット黎明期から活躍されている著者の素晴らしい本です。一読をおすすめします。

その他、エピジェネティクスの本とか、遠山啓の本とか、「知的生産の技術」や「日本人の英語」とかも入っています。

アカデミック用途にはどのAIを選ぶべきでしょうか？

投稿日: 投稿者: root

いろいろな生成AIがありますが、どれがアカデミック用途には役立つのでしょうか？この記事が役立つと思います。

『アカデミック用途でどれを選ぶ？主要AI4サービスを価格・機能・使い勝手で比較（2026年3月版）』
https://note.com/genkaijokyo/n/nfa4124328520

私は今、ChatGPT plusとGeminiを比較する機会が多いのですが、コード作成や講演や論文の要約などはChatGPTのほうがたいていよい結果を返してきます。コードを比較すると格段に違うことも多いです。
ということで私はChatGPT plusを主に使うのがおすすめですが、こちらの記事ではどうでしょうか？いろいろな観点からの比較がしてあるので、大変役立つと思います。是非ご覧ください。

ChatGPTの無限に続く提案地獄の解消法

投稿日: 投稿者: root

ChatGPTに質問すると、回答が終わったあと、追加の提案が必ずでてきます。なかなかよいsuggestionもあるので『お願いします』と返すと、回答してきてあともう一点だけ、とさらに提案してきます。これが永遠に繰り返すというのが最近のthinkingモデルでの日常です。夜遅くchatしていたら、なかなか寝られません。私は追加提案を無視してブラウザを閉じてしまい、翌日チャットを開いて確認するようにしていました。同じような問題に困っている人も多いようで、PC版の場合の解決策がツイートにでていたので転載させてもらいます。外国でも同じような問題に困っているようで、英語でのプロンプトも紹介されているのでそちらもリンクも最後に載せておきます。


外国のサイトにもいろいろ書かれています。
https://www.techradar.com/ai-platforms-assistants/chatgpt/i-got-tired-of-chatgpt-trying-to-bait-me-with-follow-up-questions-after-every-answer-so-i-made-this-one-easy-change
設定の「パーソナライズ」のところにある「カスタム指示」の欄に次の”　”内の英文を書きこむとよいそうです。
『Here you can tell ChatGPT how you’d like it to behave. I entered:

“After providing an answer do not suggest related topics, deeper dives, examples, or extras unless directly requested in the user’s message. End responses cleanly after delivering the core answer.”

You can copy and paste that if you like, or come up with your own version that meets your specific needs.

After I added this, I wouldn’t say ChatGPT never posted a follow-up suggestion again, but it cut them down enough that the conversation finally felt like a conversation, and not the world’s politest engagement trap. Now, when I want follow up suggestions, I simply ask for them.』

もう一つの記事も紹介しておきます。これはGemini用の対策も書いてあります。

How to stop ChatGPT and Gemini from rambling
https://computeruser.com/how-to-stop-chatgpt-and-gemini-from-rambling

今日は円周率の日です。Happy π DayということでLeanについての動画も公開されています。

投稿日: 投稿者: root

今日は確定申告をオンラインで済ませました。去年のデータを読み込ませて、それをもとに作成するので主な項目は記入済みで金額などを修正するだけで終わります。毎年やっていますが便利です。昔は税務署にでかけていって担当員の方に教えてもらいながら申告書を作成して書面で提出していました。コンピュータの発達で便利な世の中になりました。

今日は3月14日で円周率の日ですね。Google検索のサイトも円周率にちなむアニメーションにかわっていました。
円周率の日の今日3月14日はアインシュタインの誕生日で、ホーキングの命日だそうです。こちらをご覧ください。
https://www.todayinsci.com/3/3_14.htm

YouTubeにもこんな動画がありました。Happy π Dayの動画です。
Happy π Day from Leonardo de Moura: Formal Proofs, Lean, and the Future of Math
https://youtu.be/WXjY3HbPE9w

これは数学の証明を行うシステムLeanの開発者へのインタビューです。LEANはコンピュータによる形式証明システムとしてとみに有名です。京都大学の望月先生もABC予想の証明をLEANを使ってだれにも文句がつけられないように書き直す作業をはじめておられるようです。望月先生のブログ記事をどうぞ。

『Leanによる形式化は、長期的な検証や説明責任を可能にする記録装置となり得るか？』
https://plaza.rakuten.co.jp/shinichi0329/diary/202601010001/

私もABC予想の証明にLEANをつかってはどうかと妄想していると記事に書いたことがあります。LEANについても書いていますので埋め込んでおきます。

コンピュータが数学の定理を自動的に証明する!!？

もうすぐLEANについての科学ジャーナリストによる本もでるそうです。面白そうですね。
The Proof in the Code
By Kevin Hartnett
https://www.quantabooks.org/books/the-proof-in-the-code/

NIH VideoCastのサイトのダウンロードがそのうちに可能になるように思われます。Bakerさんの講演動画がYouTubeで公開されました。

投稿日: 投稿者: root

先日の記事で、NIH VideoCastのダウンロードボタンが無くなっていることをお知らせして対策法を書きました。NIH VideoCastのサポートにメールを送ったのですが返事はなく、しらっとダウンロードボタンなどがもとどおりに復活していました。しかしまだダウンロードはできないようです。おそらくまだ作業中で、そのうちダウンロードも復活するように思えます。
前回の記事で紹介したノーベル化学賞受賞者のBaker さんの講演は、YouTubeにも掲載されたので埋め込んでおきます。ダウンロードボタンは復活したので、多分ダウンロードもそのうちにできるようになると思われます。それまでは前の記事（最後に埋め込んでおきます）にある方法でダウンロードするとよいでしょう。

WALS NIH Director’s Lecture: Design of New Protein Functions Using Deep Learning
https://youtu.be/o4ClhYEGHPk

これは面白い講演です。intrinsically disordered protein (IDP)はちゃんとした折りたたみ構造をとらないタンパク質ですが、ものすごく多くのタンパク質がIDPであることが知られています。こういう天然変性タンパク質に対する薬はどうやってつくるのか、これは重要な問題です。その解決のための研究をノーベル賞受賞者がどのようにすすめているかは興味をそそられますね（論文もすでにNatureにでています）。天然変性領域についてはこちらの記事にある論文も参考にしてください。

Gemini Thinkingで論文の紹介文をつくってみました。

先日のNIH VideoCastの不具合とその対策の記事も埋め込んでおきます。

NIH VideoCastのサイトがリニューアルされて動画ダウンロードや埋め込みができなくなっています。（対策つきの記事です）

渡辺宙志先生とヨビノリたくみ氏のスパコンをテーマにした対談が面白そうです。

投稿日: 投稿者: root

計算物理春の学校2026を聴講しています。渡辺宙志先生の講義もきいたのですが (文末のツイートに講義ノートへのリンクがあります）、先生が教育系YouTuberのヨビノリたくみ氏と、スーパーコンピュータ（スパコン）をテーマにした対談動画をアップされているので紹介します。 ツイートはこちらです。


https://www.youtube.com/watch?v=NopEWpe0eec

対談なので、スライドとかなくて内容がわかりません。そこで内容をGeminiにまとめてもらいました。面白そうな内容ですので、ラジオのように聞いてみるとよいと思います。

内容の簡潔なまとめ by Gemini3 Thinking:

渡辺先生のこれまでの研究人生を軸に、スパコンを使ったシミュレーションの可能性と限界、そして「科学を伝えること」の難しさが語られています。

「凡人＋スパコン＝天才？」という問い
渡辺先生の大きな研究テーマは、「スパコンやAIという強力な道具を使うことで、人間は質的に進化（天才化）できるのか？」というものです。自身の経験から、「道具を使いこなす側にも相応の能力が求められ、結局は元の能力が重要になる」という興味深い持論を展開しています。

スパコン「京」での雪辱と成功
学生時代、世界一だった「地球シミュレータ」を使い切れなかった悔しさをバネに、後にスパコン「京」の全ノード（約8万ノード）を1ヶ月に1度だけ占有できるチャンスを活かし、液体が沸騰して泡が出るプロセスの大規模シミュレーションに成功したエピソードが語られます。

「シャンパンの泡」の研究が世界でバズる
この研究が海外雑誌で紹介される際、サイエンスライターによって「シャンパンの泡がエネルギー危機を救う」という非常にキャッチーな見出しでプレスリリースされた結果、世界中のメディア（スミソニアンやディスカバリーチャンネルなど）で大バズりした裏話が明かされます。

スパコンで作った「世界一難しい数独」の失敗
スパコンを使って「人間には絶対解けない数独」を作ったつもりが、ネットに公開したわずか20分後に人間によって解かれてしまったという失敗談。ここから、コンピュータにとっての難しさと人間にとっての難しさの違いを深く考察しています。

ここが聴き所！
「アラビアン・ドリーム」の衝撃 [10:18]
恩師から「オイルマネーを当てた。5年で10億取ったからサウジアラビアに来ないか」という、まるでスパムのようなメール（件名：アラビアン・ドリーム）が届き、安定した助教のポストを捨てて飛び込んだ破天荒なエピソードは必聴です。

「京」の全系計算、深夜の緊張感 [16:01]
スパコン「京」の全ノードを動かす際、深夜にジョブが走り始め、結果が出るまでの極限の緊張感。失敗が許されない3月、ついに「泡が出た！」瞬間の感動は、研究者の情熱が伝わってきます。

「シャンパンの泡」の見せ方と科学のジレンマ [26:30]
地味な物理現象のタイトルが、メディアによって「シャンパン」に書き換えられ、お酒のショップやタブロイド紙にまで引用されていく過程の面白さと、サイエンスコミュニケーションにおける「分かりやすさ」と「正確性」のバランスについての議論が非常に考えさせられます。

「東大暇そうだな」という批判からの教訓 [42:24]
数独が20分で解かれた際、ネットで「東大暇そうだな」と叩かれて落ち込んだ経験から、「道具が凄ければ凄いほど、使う人間に求められる能力が高くなる」という結論に至る一連の流れは、現代のAI時代にも通じる深いメッセージです。

スパコンという一見難しそうなテーマを、笑いと失敗談を交えて非常に分かりやすく、かつ哲学的に語っている素晴らしい対談です。

動画はこちら： https://www.youtube.com/watch?v=NopEWpe0eec

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