ツイートのブログへの埋め込み法と、量子生物学についてのツイート、量子療法?についての記事の紹介です。

昨日、xのツイートが埋め込めなくなっていると書きました。ときどきxの仕様がかわるのでこういうことがあるらしいです。

そんなときは、ツイートのurlをこちらのサイトX Publish https://publish.x.com/
に入れると、埋め込みコードを生成してくれるのでそれをコピーして、ブログにペーストするだけでOKです。

ということで、量子生物学についての最新の動画と、雑誌New Scientistの記事の紹介が載っているツイートをペーストしておきます。

New Scientistの記事は昨日は全文読めたのですが今日は読めないようで、ご所属の機関の図書館など経由でご覧になるとストレスが無いと思います。動画は埋め込んでおきます。

YouTubeでquantum biologyというキーワードで動画を検索すると、怪しげな量子治療の動画がいっぱい出てきます。量子生物学で新しい治療法が開発できるでしょうか?New Scientistの記事がおすすめです。

著名人の人生回顧談を集めたYouTubeのサイト、Web of Storiesが面白いと思います。

数学者のStrogatzさんのツイートで、著名人の回顧談Life Storiesの動画を集めているサイトがあるのを知りました。Web of Storiesというサイトです。再生リストはこちらです。
https://www.youtube.com/@webofstories/playlists
生物学者でいえば、Watson, Jacob, Wolpert, Klug、Edelmanなど有名人の回顧談の動画をみることができます。化学者ではEigen、物理学者では、Wheeler,Dyson、Gell Mann, BetheなどのLife Storiesを見ることができます。
https://youtu.be/pToteaNcIdk

https://youtu.be/K4ev1F1zbNU

Strogatzさんのツイートを埋め込もうとしたのですが、x.comでツイートの埋め込み用リンクが表示されなくなりました。かわりに、nitter.netのリンクを挙げておきます。
https://nitter.net/stevenstrogatz/status/2067704392845857241#m

H.G. Wellsが脚本を書いた映画『Things to Come』(来るべき世界)(1936年制作)をYouTubeで観ることができます。

YouTubeのおすすめに 懐かしい映画がでてきました。

未来への希望 (1936) H.G. ウェルズの戦争映画 | 時代を 100 年先取りした作品。
Things to Come (1936年制作)という映画のカラー化されたものです。
https://youtu.be/iwTDqHrJ4vc

90年前に公開された映画で、私は子供のときにテレビで放送されているのをみました。テレビが一般に普及し始めたころ、東京タワーから放送が始まって間もないころは、午後は同じ映画を毎日放送していました。それで一週間毎日、この映画をやっていたのです。そんな子供時代にみて強烈な印象をもった映画です。戦争と細菌戦で疲弊した世界を技術者たちがたちあがって再建するという映画だったと思います。
こちらのWikipediaの項目によると、https://en.wikipedia.org/wiki/The_Shape_of_Things_to_Come
映画の脚本はH.G. Wellsが書いているそうです。彼のThe Shape of Things to Comeという1933年の作品(日本語訳『地球国家2106年』 H.G.ウェルズ 著 ほか『地球国家2106年』,読売新聞社,1973. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12143736 (参照 2026-06-18))にもとづいているが、いろいろ変更点がある映画だそうです。

日本語字幕入りのバージョンがありました。
来るべき世界 Things to Come
https://youtu.be/BJaVDbAFaLQ

こちらのリンクからも同じ映画をみることができます。
1936: Things to Come
https://youtu.be/AjBB1hJpNfk

字幕なしのものなら、InternetArchiveでダウンロードできます。
Wikipediaに載っているのと同じあらすじが書いてある、こちらのページからのダウンロードがおすすめです
https://archive.org/details/things-to-come-1936_202506
画質が良いものも公開されています。
THINGS TO COME video quality upgrade
https://archive.org/details/THINGSTOCOMEVideoQualityUpgrade

二階堂先生のバイオインフォマティクスの教科書の最新版を作る方法

二階堂先生の教科書『AIエージェントを使いこなす はじめてのバイオインフォマティクス開発作法』のepub版を二階堂先生のgithubをgit cloneして作成する方法を以前の記事で紹介しました。

二階堂先生のオンライン教科書の例題用データのありか、EPUB化、Kindleへの配信法そしてファイルの指定法などをまとめました。

二階堂先生はこまめに教科書のアップデートをされているので、epub版も適宜、アップデートする方が良いと思います。今回は、そのやり方を書いておきます。
二階堂先生のgithubはこちらです。
https://github.com/dritoshi/ai-biocode-kata

すでに自分のPC にgit cloneしたディレクトリがあるはずなので、そのディレクトリに移動してターミナルから以下のコマンドをうちます。
git pull

このコマンドは、二階堂先生のgithubをgit cloneしたディレクトリの内容と、オンラインにある最新の二階堂先生のgithubの内容を比較して、変更点(差分)があれば自分のディレクトリの内容を上書きするコマンドです。git pullで二階堂先生の最新のgithubの内容に更新するというわけです。これで自分のディレクトリに最新の二階堂先生のgithubの内容が反映されたので、あとは前と同じコマンドを打てばおしまいです。
bash build/build_epub.sh

是非最新版に更新して勉強してみてください。

生命科学に興味を持っている人のためのベイズ統計入門の動画がでています。

いつも紹介しているBroad InstituteのMPG Primerの動画にベイズ統計入門動画(ベイズ統計ソフトの使い方ではなく、概念の解説からベイズ統計に入門できる動画)が出ているので紹介します。前にも同じ演者によるMPG Primerのベイズ統計の講義を紹介しました。この動画で興味をもったらそちらもご覧ください。記事のリンクはこちらです。

MPG Primer: Bayes in Action: Inspiration, Observation, Perspiration (2026)
https://youtu.be/Ne5cffjhOY8

これは、ベイズ統計解析のツールの使い方ではなく、ベイズ統計の直感的な理解と、それが遺伝学や医学のデータにどのように応用されるかという「概念」に焦点を当てている動画です。

遺伝学や医学の文脈でベイズが語られているので生命科学や医学に興味を持っている人におすすめの動画です。講演者のSarah Urbut博士は統計遺伝学のバックグラウンドを持っており、動画内では生命科学、医科学に馴染みのあるトピックが随所に登場します。例えば、多重検定やp値の限界に関する話題から始まり 、中盤では「SNP(一塩基多型)」や「GTExプロジェクト」における組織特異的な遺伝子発現パターンの解析を例に、多変量正規分布や共分散行列の考え方を説明しています。また、導入では、キリンの身長を用いた直観的な例をつかって、事前分布(Prior)、尤度(Likelihood)、事後分布(Posterior)といったベイズ統計の基本概念を導入してくれています。いきなり複雑な数式で説明するのではなく、「キリンの身長(2つの異なる集団が混ざっている場合)」というシンプルな混合モデルの例を用いて解説しており、とてもわかりやすいです。これにより、新しいデータ(新しいキリンとの出会い)によって、自分の事前の予測がどのようにアップデートされていくか(ベイズ更新)を視覚的に理解できます 。
またベイズ統計解析のソフトウェアの知識が全くない人でも「計算の壁」を概念的に学べるのもよさそうです。動画の終盤(Perspirationの部分)では、ベイズ統計でよく使われる計算手法であるMCMC(マルコフ連鎖モンテカルロ法)について触れています。彼女はMCMCを「計算機を壊す、みんなが嫌がる言葉」とユーモアを交えて表現し、大規模な集団スケールのデータに対しては計算コストが高すぎるという実用上の問題を指摘しています。その上で、現代の機械学習における最適化手法(勾配降下法など)を使ってその問題をどう解決するかを概念的に解説しており コードの知識がなくても「なぜ計算が大変で、どう工夫するのか」の全体像を掴むことができます。後半はやや高度になってくるのでこんなこともできるのかというのがわかれば十分かもしれません。話題としては患者の疾患リスク(心臓病など)の確率モデル や、時系列の変化を捉えるガウス過程(Gaussian Process)、機械学習用語とのマッピング(Rosetta Stone)などがとりあげられています。この動画は、ソフトウェアの使い方を学ぶ前の「ベイズモデリングのインスピレーションと直感」を養うための最高の入門講義(Primer)です。遺伝学の知識がある人には、他の一般的な統計の教科書よりも格段に内容が頭に入ってきやすいはずですので、ぜひ視聴をおすすめします。

Linuxのコマンドラインの使い方の教科書2冊の紹介です。

今日は旅行帰りなので簡単な記事です。
飛行機で二階堂先生の「AIエージェントを使いこなす はじめてのバイオインフォマティクス開発作法」( 二階堂 愛 著)を読んでいたら第二章の「さらに学びたい読者へ」の部分に、よいLinuxのコマンドラインの教科書がのせてあったので紹介します。次の二冊です。どちらも無料で読めるものですが大変しっかりと書かれたよい教科書であると思います。

The Linux Command Line
by William Shotts
これは有名な無料公開されている教科書です。最新版は2026年1月の
Seventh Internet Editionで、こちらからダウンロードできます。

https://linuxcommand.org/tlcl.php

次も、コマンドラインの使い方の教科書です。
Data Science at the Command Line
Obtain, Scrub, Explore, and Model Data with Unix Power Tools
2021年発行の第2版がオンラインで無料公開されています。
コマンドラインをdockerイメージを利用して体系的に学べるとても良い教科書です。

https://jeroenjanssens.com/dsatcl/

大栗先生の量子重力についての一般向け講演会の動画が公開されました!

去年 奈良で開催された高エネルギー加速器研究機構KEKの一般向け講演会の動画が公開されました。3本あって短い講演で一般向け(多分、小学校高学年以上むけ)なので茶の間で楽しみながら聴ける講演会です。
たとえばこんな講演があります。
SSP2025一般向け科学講演会「1300年の都から宇宙130億年の時を想う」
講演2「量子と重力の統一 〜 基本法則探究のラスボス」 大栗博司博士
https://youtu.be/-3w71vcC5D4

大栗先生の物理学を志した契機の話がまず解説されます。小学校高学年の時、展望レストランから地球の大きさをはかる方法を考えて半径が桁のオーダーで求められた時の感銘が第一歩になったとのことです。地動説の否定と天動説の発展は、実は実験結果で地動説の予言(年周視差)が観測されなかったことによるという話もあります。超弦理論が一般相対性理論と量子力学を統一できる理論として研究されていること、その完成と実験的検証にはひょっとしたら奈良が都になってから現在に至る年月1300年以上かかるかもしれないというお奈々氏もあります。粒子加速器で小さい世界を観測するには高エネルギーの加速器が必要ですが、10憶x10憶x10憶x10憶分の1メートルの世界(プランクスケールとよばれる極微世界)をみることができるエネルギーの加速器をつくるとなんとブラックホールができてしまって観測不可能になってしまうという話は面白いです。
数式は上の掛け算くらいしかでてこないので、ご飯を食べながら家族でみるのもよいと思います。

AlphaFold3の活用例―遺伝変異を病気のメカニズム解明につなげる

こちらは勉強するべき動画です。

この動画の大事な点についてGemini3 proにまとめてもらった結果を貼り付けておきます。AlphaFold3(AF3)によって遺伝学やタンパク質科学の分野で「新たにできるようになったこと」、および周辺ツールとの組み合わせについてまとめてもらいました。とても役立つ動画だということがわかると思います。

【AlphaFold3でできるようになったことの簡単なまとめ】

AlphaFold2までは主に「単一タンパク質の立体構造をアミノ酸配列から予測する」ことが中心でしたが、AF3の登場により「変異がタンパク質の機能や相互作用にどのような影響を与えるか」を計算機上で仮説検証できるようになりました。具体的には以下の2点が大きな進歩です。

―生体分子複合体(リガンドやイオンを含む)の構造予測―
AF2ではアミノ酸のみがトークン(計算の最小単位)でしたが、AF3ではリガンド、イオン、低分子、核酸などの「重原子(Heavy atom)」も個別のトークンとして扱うアーキテクチャに進化しました [[09:11](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=551)]。これにより、タンパク質単体だけでなく、カルシウムイオンやATPなどのリガンドとの複合体の構造が予測可能になりました [[07:46](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=466)]。

―野生型と変異体の「リガンド接触確率」の比較によるメカニズム推定―
AF3は内部で各トークン間の「距離の確率分布」を計算しています。この特性を利用し、野生型(Wild-type)とミスセンス変異体(Mutant)それぞれの配列とリガンドをAF3に入力することで、特定の残基とリガンド間の「接触確率(Contact probability)」の変化をシミュレーションできます [[27:28](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=1648)]。たとえば、特定の変異を入れるとイオンとの接触確率が大幅に低下することを数分で算出し、「この変異はリガンド結合を阻害する機能欠失(Loss of function)を引き起こす」という強力な仮説を実験前に立てることができます [[29:16](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=1756)]。

【AlphaFold3と組み合わせることで威力を発揮するツール群】
動画内では、単に構造を出すだけでなく、以下のツールを組み合わせることで、疾患のミスセンス変異(アミノ酸置換)に対する解像度の高い生物学的メカニズムを解明できると解説されています。

1.   AlphaMissense(アルファミスセンス)
わかること:    無数にあるミスセンス変異のうち、どれが「病原性(Pathogenic)」でどれが「良性(Benign)」かという予測スコア。
解説:    AFベースの構造予測と、gnomADなどの集団遺伝学データを組み合わせてファインチューニングされたツールです [[15:06](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=906)]。AF3で詳細な分子メカニズムの解析や実験(Deep mutational scanningなど)を行う前に、まずは優先的に検証すべき「影響の大きそうな変異」を絞り込む(Prioritizeする)ために使用します [[15:48](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=948)]。

2.    3D Neighborhood test / PCAN
わかること:    疾患患者に見られる変異が、タンパク質の3D構造上の「どこに集積(クラスタリング)しているか」。
解説:    AF3(またはPDB)で予測した立体構造上に、患者と健常者の変異をマッピングします。そして特定の残基を中心とした15オングストロームの球体(Neighborhood)の中に、患者の変異が統計的に有意に濃縮しているかをフィッシャーの正確確率検定などで評価します [[19:55](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=1195)]。これにより、1次元の配列上では離れていても、3D空間では密集している「重要なリガンド結合ポケット」や「ポア(チャネルの穴)」などの機能的ホットスポットを特定できます [[24:06](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=1446)]。

3.    FoldX(フォールドエックス)
わかること:    変異に伴うタンパク質のエネルギー的安定性の変化や、局所的な「静電ポテンシャル(電荷)の変化」。
解説:AF3の構造をベースにFoldX(やボルツマンソルバー等)を組み合わせることで、物理化学的な変化を可視化できます。例えば「グルタミン酸からリシンへの変異(負電荷から正電荷への逆転)」が起きた際、リガンド結合部位の電場がどのように変化して結合を阻害するのかを計算できます [[32:07](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=1927)]。AF3が予測した「結合確率の低下」を、物理化学的な根拠で裏付ける際に非常に有効です。

4.    PIONEER(または AlphaFold Multimer)
わかること:    変異が、他のタンパク質との「相互作用インターフェース(PPI)」を阻害しているかどうか。
解説:多くの疾患変異はタンパク質同士の結合面を破壊します。PIONEERはAF予測構造を利用して、ミスセンス変異がタンパク質間相互作用(PPI)のインターフェースに位置しているかを大規模(インタラクトーム全体)で予測します [[43:08](https://www.youtube.com/watch?v=lmSvOJKDo6I&t=2588)]。AF3単体ではカバーしきれない広範なタンパク質間ネットワークに対する変異の影響を評価する際に役立ちます。


AF2が「構造の正解」を教えてくれるツールだったとすれば、AF3とこれらの周辺ツールは「変異が引き起こす表現型のメカニズム仮説を提示してくれる」ツールセットです。これらを活用して in silico で具体的な仮説(Fig. 1〜2のストーリー)を構築し、それを細胞アッセイなどの in vitro 実験で証明していくというアプローチが、今後のスタンダードになると述べられています。論文のイントロダクションや考察のロジック構築にぜひ役立ててください。

最新のバイオインフォマティクスを学ぶための名著の補助教材の紹介です。

4月に紹介した、バイオインフォマティクスのAgentを活用したバイブコーディングの教科書を読んでいます。

「AIエージェントを使いこなす はじめてのバイオインフォマティクス開発作法」( 二階堂 愛 著)という本です。とても良く書けている本で、前に書いたようにこれを読まないと損をする名著(無料公開されています!)です。

生命科学に携わる人向けに書かれたAI時代の日本語によるプログラミング教科書(無料)が公開されました。これは必読書です!

https://github.com/dritoshi/ai-biocode-kata
参考文献も充実していて、今日はこの教科書にのっているネット教材を一つ紹介します。これはたしかに、この教科書の補完になる素晴らしい教材です。
MITの公開教材でYouTube動画のほか、NotebookLMへの取り込みリンクその他も完備していて学びやすい教材です。2020年版の講義は日本語に訳されているものもあります。
https://missing-semester-jp.github.io/2020/
2020年の講義の次が、2026年の講義で以下のサイトから最新版の講義を学ぶことができます。
The Missing Semester of Your CS Education
https://missing.csail.mit.edu/2026/
コンピューター科学の講義で抜けている内容、たとえばシェルの使い方とかGitによるバージョン管理、エディタの使い方、Agentによるバイブコーディング、ファイル検索の方法など知っておくべきなのに習っていないので独習する人が多い項目が網羅されて講義を通して学べるので超おすすめです。いくつか動画を埋め込んでおきます。

Lecture 1: Course Overview + Introduction to the Shell
https://youtu.be/MSgoeuMqUmU

Lecture 7: Agentic Coding
https://youtu.be/sTdz6PZoAnw

全講義の動画の再生リストはこちらです。
Missing Semester IAP 2026
https://youtube.com/playlist?list=PLyzOVJj3bHQunmnnTXrNbZnBaCA-ieK4L

Oxford MathematicsチャンネルのRobin WilsonさんのSum Storiesの動画シリーズが完結しました!

Infinity (ℵ₀+ℵ₀=ℵ₀)
https://youtu.be/FldD3v2zTMM

以前紹介したRobin Wilsonさんの動画シリーズSum Storiesの最終回です。ハイゼンベルクとボルンが行列力学の相談にいったヒルベルトの顔がでていますね。ヒルベルトのホテルという有名な話もこの動画で解説されているので興味がある方はご覧ください。ヒルベルトはもともとは物理学者になろうとしていたようです。物理の素養もあって大数学者になったんですね。

Oxford Mathematicsの数学史の動画がわかりやすく面白いので紹介します!

このSum Storiesの動画シリーズの第一回は、Our number system (1 + 1 = 2) で、最終回がℵ₀+ℵ₀=ℵ₀(集合の濃度アレフゼロ)というのは、うまい対称性のあるタイトルですね。もとになっている本の章立てのとおりに講義がすすんだわけです。
Sum Storiesの再生リストはこちらです。
https://www.youtube.com/playlist?list=PL4d5ZtfQonW0yqeFK__FirrjjmcQFpyye
第17回は、フラクタルでした。
https://youtu.be/4esOvq4o9RA
この第18回で完結ですが、どれもあまり長い動画ではないので楽しんで観ることができます。
高校生以上なら理解できる内容なので是非、見てください。