The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

圏論の入門動画の紹介です。

投稿日: 投稿者: root

自宅のUbuntuで動いているPCがサスペンドから復帰しなくなりました。以前も一度経験している現象でNVIDIAのGPUドライバーがkernelのアップデートで使えなくなったのが原因でした。ChatGPT 4.1に相談してみると的確に対策を支持してくれて古いLTSのkernelに戻して起動するとサスペンドできるようになりました。今日はGrubを編集して無事サスペンドできるようになりました。サスペンドができないというのでGoogle検索しても今回は的確な対処法は得られなかったので、ChatGPTは役立ちました。今日は時間がないので、時間が出来た時に今回の修理手順をまとめておこうと思います。

というわけで、今日は簡単な動画の紹介です。
圏論の入門動画がありました。
Category Theory: Introducing The Perfect Language (Talk At ZuriHac 2025)
https://youtu.be/H32kyA4BMz4?

Richard Southwellさんは数学者で中国の大学に勤めているようです。圏論についてはこのブログで何度も入門書を紹介していますが、この動画も入門にはよさそうです。
Richard SouthwellさんはYouTubeチャンネルで圏論入門の講義をたくさん公開しています。そちらも参考になると思います。
次のプレイリストには37本の動画がまとめられています。他にもたくさんあるので面白そうなものから視聴してみましょう。
Category Theory For Beginners
https://youtube.com/playlist?list=PLCTMeyjMKRkoS699U0OJ3ymr3r01sI08l&

カタストロフィー理論の動画と、国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介(第33回）カタストロフィー理論特集です。

投稿日: 投稿者: root

今日は七夕さんですね。7月7日、ほとんどの年は梅雨の真っただ中で雨か曇りです。しかし今年は梅雨があけていてきれいな星空が全国で見えているようです。
今日はYouTubeの動画を紹介します。The Royal Institutionの過去のクリスマス講演の録画です。このところ英国のZeeman教授のクリスマスレクチャーが大量に公開されています。Zeeman教授は一般人に数学をやさしく紹介する能力でも有名で、今回のクリスマス講演にもそうした内容がいっぱいです。今日紹介するのは教授によるルネ・トムのカタストロフィー理論の一般向け紹介動画です。
Catastrophe and psychology – Erik Christopher Zeeman’s 1978 Christmas Lectures 6/6
https://youtu.be/dAKz5DoOa54?

日本ではカタストロフィーの理論は、トポロジーの研究で有名な野口宏 先生の紹介で一般に普及しました。私の先生の岡田節人先生がZeeman教授主催のカタストロフィー理論の研究会に参加して、発生学にもカタストロフィーの理論を導入できるか考えておられたことは以前紹介しました。国立国会図書館デジタルコレクションの個人送信資料にもカタストロフィーの理論の本は多数含まれています。最初の186）などの番号は紹介用の通し番号です。

186) 野口宏 著『カタストロフィーの話 : 現代数学の社会的応用』,日本放送出版協会,1976. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622026 (参照 2024-08-10)

151)　森毅 著 ほか『世話噺数理巷談 : 森毅対談集』,平凡社,1985.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12607377 (参照 2024-06-10)
中身をのぞいてみるとなんと私の大学院の指導教官だった岡田節人先生と森先生の対談も収録されていました。岡田先生がカタストロフィー理論のルネ・トムと話した様子も書かれています。私の大学院生時代にルネ・トムは京大にきて講演しました。私もききに行きましたがさっぱりわからなかったのを覚えています。岡田先生はその前に、イギリスでのカタストロフィー理論の研究会にも参加されていたので、その時にじっくり話されたことがあるのでは、と思います。

46) R.トム 著 ほか『構造安定性と形態形成』,岩波書店,1980.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12604316
フィールズ賞受賞者のルネ・トムによるカタストロフィー理論の本。出版当時、ニュートンのプリンキピアに匹敵する本と紹介されていました。

以前紹介した次の動画もカタストロフィーの理論を扱っています。
発生現象を理論的にとらえる試みの歴史と今後を概観するのにとてもよい動画です。https://youtu.be/TGyrr20h9mw

以下は、今回初めて紹介する個人送信資料で読めるカタストロフィー理論の本です。

358) E.C.ジーマン, 野口広 共著『応用カタストロフィー理論 : 社会科学+破局の理論』,講談社,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622063 (参照 2025-07-07)

359) 野口宏 著『カタストロフィーの理論 : その本質と全貌』,講談社,1973. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622103 (参照 2025-07-07)

360)『新しいトポロジー : 基礎からカタストロフィー理論まで』,講談社,1973. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622102 (参照 2025-07-07)

361) 野口宏 著『トポロジーの世界 : 頭脳とカタストロフィー』,ダイヤモンド社,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622097 (参照 2025-07-07)

362) A.ウッドコック, M.デイビス 著 ほか『やさしいカタストロフィー』,東京図書,1979.9. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622087 (参照 2025-07-07)

363) T.ポストン, I.スチュワート 共著 ほか『カタストロフィー理論とその応用』応用編,サイエンス社,1982.2. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622084 (参照 2025-07-07)

364) T.ポストン, I.スチュワート 共著 ほか『カタストロフィー理論とその応用』理論編,サイエンス社,1980.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622085 (参照 2025-07-07)

微生物から進化を研究するという手法の紹介動画がNIH videocastで公開されています。

投稿日: 投稿者: root

A Microbial World’s View on Biological Evolution
Purificación López-García, Ph.D

https://videocast.nih.gov/watch=55042
これは進化に興味を持っている人におすすめの動画です。微生物を含む生命の系統樹がどんどん書き換えられていることがわかります。最新の進化生物学の入門講義として最高の動画でしょう。私のような昔進化について学んだものの知識のブラッシュアップにも最適だと思います。
じっくりダウンロードして、字幕つき(字幕もダウンロードできます）で学ぶとよいと思います。もちろんChromeのブラウザに機能拡張のLanguage Reactorをインストールしておいて、mp4の動画をドラッグアンドドロップで読み込んで字幕の日本語翻訳版で視聴することもおすすめです。
YouTubeにはまだアップロードされていません。

日本語でまなべる生成AI時代のRプログラミングの手引きがあることを初めて知りました！

投稿日: 投稿者: root

RStudioでAIエージェントのGemini CLIが使えるようになったのですね！下に埋め込んだツイートで知りました。かゆいところに手が届く導入法、活用法の記事です。早速使ってみたいと思います。皆さんもやってみましょう！


記事のリンクも書いておきます。
『RStudioに無料のAIエージェントを！「Gemini CLI」導入、安全活用ガイド 』
https://note.com/mitti1210/n/n26b1291596a7

こちらのnoteは、AIに助けてもらいながらRのプログラミングをやってみようと思っているかた必見の日本語の教科書です。Rの導入からRStudioの使い方、RへのExcelファイルの読み込みなど初心者が躓きそうな部分がくまなく解説されています。キーボードの使い方まで書いてあるので感激しました。


こちらが教科書とよべるほど充実したnoteの記事の目次です。
https://note.com/mitti1210/n/n7a7f06c48470

記事の末尾には著者が学んだ無料の英語の公開講座（修了証をもらうのは有料というよくあるタイプの講座です）の学び方(英語の講義をどのように日本語で学ぶかなど‥‥、私のブログでも紹介している方法）もありますので、是非参考にしてみてください。
https://speakerdeck.com/mitti1210/20190605-puroguramuwei-jing-yan-zhe-gamoocderwodu-xue-sitemitara

量子顕微鏡？ってはじめて聞きました。医療用に開発されているそうです。

投稿日: 投稿者: root

量子顕微鏡というのが開発されているようです。英国王立協会の動画がYouTubeのおすすめにでてきて知りました。
二重スリットの実験、量子もつれの解説から最新の量子顕微鏡の話題がとりあげられています。まだ見ていませんが、見なくては！
Talk: Seeing the unseen – from quantum mysteries to quantum microscopes
https://www.youtube.com/live/rKfX-W1bzp4?

他にも量子コンピュータについての動画も王立協会チャンネルで公開中です。
Talk: Quantum: for you, with you
https://www.youtube.com/live/3w0ga_klQQc?

 

国立国会図書館デジタルコレクションで新しく追加された本を効率よく探す方法

投稿日: 投稿者: root

国立国会図書館デジタルコレクションで新しく追加された本の探し方を紹介します。
https://dl.ndl.go.jp/
にアクセスして、「詳細検索」をクリック。

写真のようなページが開きます。

「閲覧方法」の部分は、「国立国会図書館内限定」のチェックを外します。
一番下にある、「提供開始日」の項目を探してください(上の写真のカーソルの矢印）。「送信サービスで閲覧可能」の部分で調べたい日付の範囲を指定します。例として2025年6月1日から2025年7月1日の間を設定しています。
あとは写真のままにして（タイトルとか著者とかすべて空白のままで）、「検索」ボタンを押します。

この例では、 284,762件がヒットしました。
左にある、「デジタル化資料」という項目の下にある「図書」のチェックボックスにチェックを入れてエンター。

すると、図書だけが表示されるようになります。
左のNDC分類をチェックすると、哲学の本だけ、自然科学の本だけなどに絞り込むことが可能です。

今日はNDC分類ではなく、出版社名で絞り込んでみることにします。
岩波書店の本を探してみましょう。
画面を上の方にスクロールして「出版者」の部分に、岩波書店といれます。

エンターキーを押すか、検索ボタンをクリックすると岩波書店の本だけが表示されます。

ヘーゲル全集が読めるのがわかりますね。精神現象学の巻はないみたいですが‥‥。
NDC分類で自然科学にチェックを入れると、自然科学系の本だけが表示されます。

このようにして、日付の範囲設定や、出版者名、NDC分類などで絞り込むと、簡単に面白そうな本が探せますので是非この方法を活用してください。

ネットワーク解析ソフトのCytoscapeの入門記事の紹介です。

投稿日: 投稿者: root

Cytoscapeの使い方についての記事が公開されていたので紹介します。
今、Cytoscapeをつかって線虫C. elegansの遺伝子ネットワークを書いています。 遺伝子のエンリッチメント解析ソフトであるMetascapeの出力にCytoscapeのネットワークを出すものがあるので久しぶりに使ってみています。私は10年前くらいから結構使っていたのですが忘れていたり、使い方が変わったことも多いので英語のマニュアルをみながら使っています。多分LLMに使い方の手引きを作ってくれとたのむと作ってくれると思いますので、そのうちに作ってみようと思います。

今日は、日本語でCytoscapeの使い方を紹介しているわかりやすい記事を二つ紹介します。
【RNA-seq】Cytoscapeの使い方【ネットワーク解析】
https://labo-code.com/bioinformatics/cytoscape-usage/

【ネットワーク解析】CytoscapeのstringAppを使って、タンパク質間相互作用ネットワーク解析を行う【Cytoscape】
https://labo-code.com/bioinformatics/cytoscape-stringapp/

どちらも実際のソフトの使用例をわかりやすく解説しているので入門用におすすめです。ただしほんの入り口だけの解説ですので、まず動かし始めてみようという人や、昔使ったけど忘れてしまった、新しい画面で使い方がわからなくなったという人向けの記事です。

Bob Coeckeさんの新しい動画が公開されました。

投稿日: 投稿者: root

このブログでよくとりあげているBob Coeckeさんの新しい講演動画がYouTubeに公開されています。彼は早口でしゃべるので聞き取るのが難しいと思います。その場合は、Chromeの拡張機能であるLanguage reactor　(https://www.languagereactor.com/)をインストールして字幕を表示し(日本語に翻訳も可能）て、視聴するとよいでしょう。この機能拡張の文字起こしは、YouTubeに備わっている自動文字起こしよりは正確です。また日本語翻訳もできるので内容をつかみやすいと思います。是非Language Reactorを使ってみてください。

OSMU Talk 25 by Bob Coecke, 20th June 2025
”From Quantum in　Pictures to Quantum AI”
https://youtu.be/r0wVxnoAsiQ?

このセミナーはシリーズもので、次のtalkはRoger Penroseによる講演で、彼のサイクリック宇宙論を支持する新証拠が出てきたという話だそうです。Zoomで視聴できます。リンクはこちらのpdf に記入されています。
https://www.tifr.res.in/~tpsingh/OSMU2025.pdf

Friday, July 4 at 3 pm UK time
Roger Penrose
Lopez Galaxy Rings as Unanticipated Support for Conformal Cyclic Cosmology

 

英語ですが、物理学への応用満載の数学の教科書が無料公開されています！

投稿日: 投稿者: root

英語ですが面白そうな数学の教科書が公開されています。

 

arXivで著者名で検索すると、いろいろな教科書を公開されているのがわかります。
https://arxiv.org/search/math-ph?searchtype=author&query=Banica,+T
物理学への応用が豊富に含まれている教科書で、どれも面白そうです。
いくつかピックアップしてリンクを載せておきます。

Calculus and applications
https://arxiv.org/abs/2401.00911

Measure and integration
https://arxiv.org/abs/2506.15534

Graphs and their symmetries　グラフ理論の入門書です。
https://arxiv.org/abs/2406.03664

Advanced linear algebra
https://arxiv.org/abs/2506.18666

どれも400ページの長さにしているようです。
まずAdvanced linear algebraの序文を読んでみてください。めちゃめちゃ面白そうです。

H-IIAロケット50号機打上げライブ中継（録画）をYouTubeでみましょう！

投稿日: 投稿者: root

JAXAのH-IIAロケット50号機の打ち上げ成功おめでとうございます！今回は満天の星空にむかっていくロケットをみることができたんですね。打ち上げをみていた小学生や中学生、高校生には一生の思い出になったと思います。NHKニュースで登場していた子供たちが素敵でした。
温室効果ガス・水循環観測技術衛星（GOSAT-GW）／H-IIAロケット50号機打上げライブ中継
https://www.youtube.com/live/MZopG-xQN1s?

今日はChatGPTとの共同作業を続けていました。福岡は猛暑です。