ChatGPT やGeminiなどの回答はマークダウン形式です。これをきれいなワードのファイルに変換する方法の紹介です(後編)

昨日の記事の後半部分(つづき)です。ChatGPTの回答をワードのファイルにして保存したり、pdfにして保存する方法の紹介の後半です。昨日はChatGPTやGeminiなどの回答(markdown形式)をVS Codeにペーストしてmdファイルとして保存→Pandocという文書コンバーターをコマンドラインで使ってMS Wordの文書に変換したり、MS Wordからpdfに出力する方法を解説しました。今日は昨日の記事の続きの応用編です。ChatGPTの回答を少し修正したものです。明日はトラブルシューティングとPandocとMarkItDownとの違いをまとめます。
・Pandoc = 文書形式どうしを構造的に変換する汎用コンバーター、
・MarkItDown = PDFやOfficeファイルなどから、LLMが読みやすいMarkdownを取り出すためのマイクロソフトが無料で公開しているツールです。日本語の簡単な比較は次の記事などを参照してください。

技術調査 – markitdown (に公開)https://zenn.dev/suwash/articles/markitdown_20260410


15. LibreOffice Writer形式に変換する

Microsoft WordではなくLibreOffice Writerで使いたい場合は、ODT形式に変換できます。

pandoc report.md -o report.odt

すると、

report.odt

が作成されます。

LibreOffice Writerで開いて編集できます。

16. HTMLファイルに変換する

ブラウザで見られるHTMLに変換することもできます。

pandoc report.md -s -o report.html

-s はstandalone、つまり単独で開ける完全なHTML文書を作成する指定です。Pandoc公式の例でもこの形式が使われています。 (Pandoc)

作成した

report.html

をChromeやFirefoxで開くと、整形された文書として表示できます。

ブラウザの

「印刷」→「PDFに保存」

を利用することもできます。

17. Pandocから直接PDFを作ることもできる

Pandocでは、

pandoc report.md -o report.pdf

という変換も可能です。

ただし、PDFを直接作成するときには通常LaTeXなどのPDF作成エンジンが別途必要になります。Pandocの標準PDF出力はLaTeXを利用します。 (Pandoc)

そのため、初心者にはまず、

Markdown
 ↓
Word
 ↓
PDF

をおすすめします。

18. 同じMarkdownから複数の形式を作る

一つの

report.md

から、

pandoc report.md -o report.docx
pandoc report.md -o report.odt
pandoc report.md -s -o report.html

とすれば、

report.md
report.docx
report.odt
report.html

を作成できます。

つまりMarkdownを「原本」として残し、用途によって出力形式を変えられます。

19. おすすめのフォルダ構成

文章だけの場合は、

ChatGPT_manual/
├── report.md
├── report.docx
└── report.pdf

程度で十分です。

画像を含む文書では、

ChatGPT_manual/
├── report.md
├── images/
│   ├── figure1.png
│   └── figure2.png
├── report.docx
└── report.pdf

としておくと管理しやすくなります。

Markdownには例えば、

![実験結果](images/figure1.png)

と書きます。

PandocでWordへ変換するときも、このフォルダ構造を保ったまま変換します。

20. Wordの書式を統一したい場合

通常、

pandoc report.md -o report.docx

でもWord文書を作れますが、フォント、見出し、ページ余白などを研究室や授業で統一したい場合には、Pandocの reference-doc 機能が便利です。

まずWordで、

reference.docx

という文書を作成し、

  • 標準本文
  • 見出し1
  • 見出し2
  • 見出し3
  • フォント
  • ページ余白
  • ヘッダー
  • フッター

などを設定しておきます。

その後、

pandoc report.md --reference-doc=reference.docx -o report.docx

とします。

Pandocは参照DOCXを利用してWord出力のスタイルを変更できます。 (Pandoc)

研究室のマニュアルや講義資料を何度も作る場合には、この方法が非常に便利です。

21. Word文書をMarkdownへ戻す

逆方向の変換もできます。

例えば、

old_manual.docx

というWord文書をMarkdownにする場合、

pandoc old_manual.docx -o old_manual.md

とします。

これによって古いWord文書をMarkdown化し、VS Codeで編集したり、ChatGPTに渡して再編集したりできます。

ただし、Word独自の複雑なレイアウトや図形などはMarkdownでは完全には表現できません。

したがって、

Markdown → Word

は非常に扱いやすい一方、

Word → Markdown

では一部の書式が失われる可能性があります。


22. よく使うPandocコマンド一覧

Markdown → Word

pandoc report.md -o report.docx

Markdown → LibreOffice Writer

pandoc report.md -o report.odt

Markdown → HTML

pandoc report.md -s -o report.html

Markdown → PDF

pandoc report.md -o report.pdf

※ PDFエンジンが別途必要です。

Word → Markdown

pandoc report.docx -o report.md

Word用テンプレートを使用

pandoc report.md --reference-doc=reference.docx -o report.docx

23. よく使うVS Codeの操作

操作 方法
作業フォルダを開く ファイル → フォルダーを開く
別のフォルダへ変更 ファイル → フォルダーを開く
新しいMarkdownファイル エクスプローラー → 新しいファイル → 名前.md
保存 Ctrl + S
Markdownプレビュー Ctrl + Shift + V
横にプレビュー Ctrl + K のあと V
ターミナルを開く ターミナル → 新しいターミナル
ターミナル表示/非表示 Ctrl + `

Markdown previewや統合ターミナルはVS Codeの標準機能なので、基本的な作業には追加のMarkdown拡張機能は必要ありません。 (Visual Studio Code)


24. 「ファイルが見つかりません」と表示される場合

例えば、

pandoc report.md -o report.docx

を実行して、

report.md: No such file or directory

のようなエラーが出た場合、最も多い原因はターミナルが別のフォルダにいることです。

Windows PowerShellなら、

Get-Location
dir

を実行します。

Ubuntuなら、

pwd
ls

を実行します。

目的の

report.md

が一覧に表示されることを確認します。

表示されなければ、

「ファイル」→「フォルダーを開く」

から report.md が入っているフォルダを開き直し、

「ターミナル」→「新しいターミナル」

を実行するのが簡単です。


25. pandoc が見つからない場合

例えばWindowsで、

pandoc : 用語 'pandoc' は認識されません

と表示された場合は、

  1. Pandocがインストールされているか確認する
  2. VS Codeを完全に終了する
  3. VS Codeを再起動する
  4. 新しいターミナルを開く
  5. 次を実行する
pandoc --version

それでも認識されない場合には、PandocのPATH設定を確認する必要があります。


26. ファイル名についての注意

Pandocは日本語ファイル名も扱えますが、慣れるまでは、

実験結果 2026年8月.md

よりも、

experiment_2026_08.md

のような、英数字とアンダースコア _ を中心としたファイル名をおすすめします。

空白を含むファイル名の場合は、

pandoc "experiment report.md" -o "experiment report.docx"

のように引用符で囲む必要があります。


27. 最初に覚えるのはこの操作だけでよい

初めて使う場合には、すべての機能を覚える必要はありません。

まず次の流れだけ覚えれば十分です。

① 作業フォルダを作る

Documents
└── Markdown
    └── report01

② VS Codeで開く

ファイル → フォルダーを開く → report01

③ Markdownファイルを作る

report.md

④ ChatGPTの回答を貼り付ける

Ctrl + V

⑤ 保存する

Ctrl + S

⑥ プレビューする

Ctrl + Shift + V

⑦ ターミナルを開く

ターミナル → 新しいターミナル

⑧ Wordへ変換する

pandoc report.md -o report.docx

⑨ Wordで開く

必要に応じて書式を調整します。

⑩ PDFが必要ならWordからPDF保存

これだけで、

ChatGPT
   ↓
Markdown
   ↓
VS Code
   ↓
Pandoc
   ↓
Word
   ↓
PDF

という一連の作業ができます。


28. この方法の利点

Word文書だけを保存する方法に比べて、Markdownを原本として残す方法には次の利点があります。

  • ChatGPTなどのLLMとの文章のやり取りが簡単
  • VS Codeで高速に検索できる
  • Word、HTML、ODTなど複数形式へ変換できる
  • 元の文章が単純なテキストなので長期保存に向く
  • 過去の文章を再利用しやすい
  • 文書の構造を保ったまま修正しやすい
  • Wordの書式変更に原稿自体が影響されない

したがって、

Markdown = 原稿・保存用
Word     = 最終調整・配布用
PDF      = 完成版・閲覧用

と役割を分けると分かりやすくなります。


29. 基本方針

日常的な利用では、次の方法を推奨します。

                 ┌── Word (.docx)
                 │
ChatGPT → Markdown (.md)
                 │
                 ├── LibreOffice (.odt)
                 │
                 ├── HTML (.html)
                 │
                 └── PDF

Markdownファイルを原本としてVS Codeで管理し、Pandocを「形式変換器」として利用する、という考え方です。

この基本さえ理解しておけば、ChatGPTで作成した文章を研究資料、講義資料、学生向けマニュアル、README、報告書などへ効率よく展開できます。

この版は、VS Codeをすでに日本語化している人が最初の1回を自力で完了できることを重視して、フォルダ・ターミナル・エラー対処まで含めました。特に「VS Codeで開いているフォルダ=Pandocを実行する作業場所」という点を理解してもらうと、学生向けマニュアルとしてもかなりトラブルが減るはずです。

ChatGPT やGeminiなどの回答はマークダウン形式です。これをきれいなワードのファイルに変換する方法の紹介です(前編)

ChatGPTの回答をワードのファイルにして保存したり、pdfにして保存しておきたい場合があります。この場合、Pandocというプログラムをインストールしておいてマイクロソフトの無料エディタのVS codeで開いたmarkdownファイル(.mdで終わる名称を持つファイル)をMS Wordのファイルに変換することが簡単にできます。pdfにしたいときは、MS Wordのファイルにして、MS Wordからpdf にするのが簡単です。
Pandocについては公式サイトhttps://pandoc.org/index.htmlをみてください。PandocをWindows10/11にインストールするには、こちらにあるインストーラーを使うのが簡単です。https://pandoc.org/installing.html
(このサイトには主要なOS向けのインストール法が書いてあるので自分のOSに適した方法でインストールしておきましょう。
VS CodeもMicrosoftのサイトから自分のOS用のものをインストールして日本語化しておきます。以下にやり方をChatGPTに教えてもらったので前半部分をペースとしておきます。後半は明日にペーストします。


ChatGPTのMarkdown回答をVS CodeとPandocでWord文書に変換する手順

1. この手順でできること

ChatGPTから得たMarkdown形式の回答を、VS Codeで編集・保存し、Pandocを使ってMicrosoft Word、LibreOffice Writer、HTMLなどの形式に変換します。

基本的な流れは次のとおりです。

ChatGPT
   ↓
Markdown形式でコピー
   ↓
VS Codeで .md ファイルとして保存
   ↓
内容を確認・修正
   ↓
Pandoc
   ↓
Word(.docx)
   ↓
必要ならWordからPDF

この方法では、元のMarkdownファイルを残しておけるため、後で文章を修正したり、ChatGPTに再編集させたり、別形式の文書を作ったりするのが簡単です。


2. 前提

このマニュアルでは、次の準備が済んでいるものとします。

  • VS Codeがインストールされている
  • VS Codeが日本語表示になっている
  • Microsoft WordまたはLibreOffice Writerなどが利用できる

Pandocだけは別途インストールする必要があります。


3. Pandocをインストールする

Windowsの場合

Windows 10/11では、PowerShellまたはWindows Terminalから次のコマンドでインストールできます。しかし最初に書いたように、Windows用のインストーラーが公式サイトにあるので、それをダウンロードしてクリックするのが一番簡単なインストール方法です。wingetを使いたい人は以下を参考にしてください。

winget install --source winget --exact --id JohnMacFarlane.Pandoc

Pandoc公式サイトでもWindowsでの winget によるインストールが案内されています。

インストール後、いったんVS Codeを終了して再起動します。

VS Codeのメニューから

「ターミナル」→「新しいターミナル」

を選び、

pandoc --version

と入力します。

例えばバージョン情報が表示されれば、Pandocを利用できます。

pandoc 3.x.x
Features: ...

pandoc は認識されていません などと表示された場合は、まずVS Codeを完全に終了して再起動してください。


Ubuntuの場合

Ubuntuでは、

sudo apt update
sudo apt install pandoc

でもインストールできます。

ただしUbuntu標準リポジトリのPandocは最新版より古い場合があります。Pandoc公式サイトでは最新版の .deb パッケージも提供されています。

インストール確認は同じです。

pandoc --version

4. Markdown文書を保存するためのフォルダを作る

文書ごとに専用フォルダを作っておくと管理しやすくなります。

例えばWindowsなら、

Documents
└── Markdown
    └── ChatGPT_manual

のようなフォルダを作ります。

最初は日本語や空白を含まない単純なフォルダ名・ファイル名にしておくと、コマンド操作で問題が起こりにくくなります。

例えば、

C:\Users\ユーザー名\Documents\Markdown\ChatGPT_manual

です。

Ubuntuなら、

~/Documents/Markdown/ChatGPT_manual

などで構いません。


5. VS Codeで作業するフォルダを開く

ここは実用上とても重要です。

VS Codeでは、単にファイルを1つ開くよりも、作業するフォルダ全体を開いて使うことをおすすめします。

メニューから

「ファイル」→「フォルダーを開く」

を選びます。

先ほど作った

ChatGPT_manual

フォルダを選択します。

すると、VS Codeの左側の「エクスプローラー」にそのフォルダが表示されます。

例えば、

CHATGPT_MANUAL

現在開いているエディター

CHATGPT_MANUAL

などと表示されます。


6. 別の作業フォルダに変更する方法

別の文書を作成するときは、

「ファイル」→「フォルダーを開く」

をもう一度実行して、新しいフォルダを選択します。

例えば、

ChatGPT_manual

から

lecture_notes

へ変更したい場合、

「ファイル」→「フォルダーを開く」→「lecture_notesを選択」

とします。

VS Codeでは、この「現在開いているフォルダ」が作業の基準になります。

これはPandocを使用するときにも重要です。


7. VS Codeのターミナルと作業フォルダの関係

VS Codeのメニューから

「ターミナル」→「新しいターミナル」

を選びます。

Windowsでは通常PowerShellが、Ubuntuでは通常bashなどが開きます。

VS Codeでフォルダを開いてからターミナルを開くと、ターミナルの作業場所も通常そのフォルダになります。VS Code公式ドキュメントでも、統合ターミナルはワークスペースフォルダを作業ディレクトリとして開始する仕組みになっています。

Windows PowerShellなら、

Get-Location

と入力すると、現在の場所を確認できます。

例えば、

Path
----
C:\Users\xxxxx\Documents\Markdown\ChatGPT_manual

となります。

フォルダ内のファイルを見るには、

dir

と入力します。

Ubuntuでは、

pwd

で現在の場所、

ls

でファイル一覧を確認できます。

大事な考え方

Pandocの

pandoc report.md -o report.docx

というコマンドは、

「現在ターミナルがいるフォルダにある report.md を探す」

という意味です。

そのため、VS Codeで正しいフォルダを開いてからターミナルを開く習慣をつけると、ファイルが見つからないというトラブルが大幅に減ります。


8. 新しいMarkdownファイルを作る

VS Codeの左側にあるエクスプローラーで、

「新しいファイル」

のアイコンをクリックします。

ファイル名を例えば、

report.md

とします。

Markdownファイルには、

.md

という拡張子を付けます。

例えば、

lecture.md
manual.md
experiment.md
report.md

などです。


9. ChatGPTの回答をMarkdownとしてコピーする

ChatGPTの文章をMarkdownファイルとして利用するときには、見出しを表す # や太字を表す ** などのMarkdown記号が残っていることが重要です。

ChatGPTに文書を作らせるときには、例えば、

この回答をMarkdownファイルとして保存できる形で出力してください。

あるいは、

Markdown原文を1つのコードブロックに入れて出力してください。

と指定するとコピーしやすくなります。

Markdown原文は例えば次のようになっています。

# 実験方法

## サンプル調製

試料をPBSで3回洗浄した。

## 測定

以下の条件で測定した。

- 温度:25℃
- 時間:30分
- サンプル数:3

### 結果

**処理群では発現量が増加した。**

この内容をコピーします。


10. VS Codeへ貼り付ける

先ほど作成した

report.md

をVS Codeで開きます。

そこへChatGPTからコピーしたMarkdownを貼り付けます。

Windows、Ubuntuとも通常は、

Ctrl + V

です。

保存します。

Ctrl + S

これでMarkdown文書が作成されました。


11. Markdownをきれいな表示で確認する

VS CodeはMarkdownのプレビュー機能を標準で持っています。

Markdownファイルを開いた状態で、

Ctrl + Shift + V

を押します。

Markdownが整形された状態で表示されます。

VS Code公式の標準ショートカットでも Ctrl + Shift + V がMarkdownプレビューになっています。

編集画面とプレビューを左右に並べたい場合は、

Ctrl + K

を押したあと、2つのキーから指を離した後

V

を押します。

すると、

┌───────────────────┬───────────────────┐
│ Markdown原文       │ プレビュー          │
│                   │                   │
│ # 実験方法         │ 実験方法             │
│ ## サンプル調製    │ サンプル調製          │
│ **重要**           │ 重要                 │
└───────────────────┴───────────────────┘

という形になります。これもVS Codeの標準機能です。

文章を修正しながら完成状態を確認できるので、この表示方法をおすすめします。


12. MarkdownをWordファイルへ変換する

Markdownファイルが完成したら、VS Codeの

「ターミナル」→「新しいターミナル」

を開きます。

例えば、

report.md

をWordに変換する場合、

pandoc report.md -o report.docx

と入力します。

Ubuntuでも同じです。

pandoc report.md -o report.docx

Pandocは出力ファイルの拡張子 .docx からWord形式を判断します。PandocはMarkdownからWord DOCXへの変換を正式にサポートしています。

変換が成功すると、VS Code左側のエクスプローラーに

report.md
report.docx

の2ファイルが現れます。


13. 作成されたWord文書を開く

VS Code左側のエクスプローラーで、

report.docx

を確認します。

Word文書はVS Codeで編集するものではないので、Windowsのエクスプローラーからそのフォルダを開き、report.docx をダブルクリックしてMicrosoft Wordで開きます。

Wordで、

  • フォント
  • 文字サイズ
  • 行間
  • ページ余白
  • ヘッダー
  • フッター
  • 図表の大きさ
  • 改ページ

などを最終調整します。


14. PDFを作成する

日本語を含む一般的な文書では、最初のうちは

Markdown
    ↓ Pandoc
Word
    ↓ Word
PDF

という方法をおすすめします。

Wordで report.docx を開き、

「ファイル」→「名前を付けて保存」または「エクスポート」→ PDF

を選択します。

すると、

report.md
report.docx
report.pdf

という3つのファイルを残せます。

この方法ではPDF化する前にWord上で改ページなどを確認できるため、講義資料や配布資料では特に扱いやすい方法です。


以上でpdfを作るところまでの方法を紹介しました。トラブルシューティングなどについては明日の後編で触れるのでご覧ください。

Google日本語入力に変えました。Microsoft IMEなどで作ったユーザー辞書も簡単に取り込めます!

マイクロソフトの日本語入力システムIMEを使って、ワードで日本語の文書を書いていました。すると突然、日本語入力がインラインで出来なくなり、こんな変換ウインドウが画面左上にポップアップしてきました。

いちいちエンターを押さないと文書に入力できなくなるので困りました。以前も別のPCでこんなことがあって、確かその時はMicrosoft の日本語入力システムを旧いものにすると治ったと思います。Geminiに聞いて対処法を教えてもらったのでペーストしておきます。


この現象は「インライン入力の解除(IMEフォーカスの喪失)」と呼ばれるトラブルで、Wordの編集画面と日本語IMEの座標同期が切れることで、画面左上に仮入力ウィンドウ(フォールバック表示)が浮き出てしまう状態です。

主な原因

  • 新しいMicrosoft IMEの互換性問題: Windows 10(2004以降)およびWindows 11に標準搭載された「新しいMicrosoft IME」とWordの内部処理が競合し、入力位置(キャレット)を正しく認識できなくなる既知の不具合です。
  • 常駐アプリや通知によるフォーカス割り込み: クリップボード拡張ツール、辞書・校正ツール、画面キャプチャソフト、Windowsのバックグラウンド通知などが入力フォーカスを一瞬奪うことで発生します。
  • Wordのアドイン(COMアドイン)の干渉: 文書校正や翻訳などのサードパーティ製アドインが入力処理に割り込んでいるケース。
  • マルチモニター間の解像度・DPIのズレ: 拡大率(100%、125%など)が異なるモニター間でWordを移動・操作した際に座標取得が狂うことがあります。

症状が出たときの即効回避策

作業を中断せずに直前の状態へ戻すための手軽な対処法です。

  1. ウィンドウを切り替えて戻す (Alt + Tab)
    Alt + Tab を1回押して別のウィンドウ(ブラウザやデスクトップなど)へフォーカスを移し、再度Wordに戻るとフォーカスが正常に再フックされます。
  2. IMEを切り替えて戻す (Win + Space)
    ショートカットで別の入力言語(英語など)に切り替えた後、もう一度押して日本語IMEに戻します。
  3. Word以外の領域をクリックする
    リボンメニューのタブ、タスクバー、または別ウィンドウをクリックしてから、文書内の入力したい位置を左クリックし直します。

再発を防ぐ根本的な予防策

1. 「以前のバージョンのMicrosoft IME」を有効にする(推奨・最も有効)

新しいIMEのバグを回避するため、安定動作する旧仕様のIMEに切り替えます。

  • Windows 11の場合:
    1. Win + I で「設定」を開き、「時刻と言語」「言語と地域」 を開く。
    2. 「日本語」の右側にある 「言語のオプション」 をクリック。
    3. 「キーボード」欄の「Microsoft IME」の右側にある 「キーボードオプション」 を開く。
    4. 「全般」 をクリックし、ページ最下部の「互換性」にある 「以前のバージョンの Microsoft IME を使う」を「オン」 に変更する。
  • Windows 10の場合:
    1. 「設定」>「時刻と言語」>「言語」>「日本語」をクリックして「オプション」。
    2. 「Microsoft IME」>「オプション」>「全般」>「互換性」を「オン」にする。

2. 不要なWordアドインを停止する

  1. Wordの 「ファイル」「オプション」「アドイン」 を開く。
  2. 画面下の「管理」プルダウンで 「COM アドイン」 を選び、「設定」をクリック。
  3. 使用していないアドインのチェックを外して「OK」をクリック。

    Wordの不要なアドインを安全に無効化する手順

    アドインは「削除」せず「チェックを外して無効化」するだけで安全に切り分けが可能です。

3. サードパーティ製IME(Google日本語入力など)を導入する

Microsoft IME自体の挙動に依存しない環境を作る場合、Google日本語入力などをインストールして既定のIMEに設定することも確実な予防策になります。


今まで使ったことがなかったのですが、Google日本語入力を試してみることにしました。Google 日本語入力をインストールすると、インストール時に今まで使っていたMicrosoft IMEの辞書を取り込むかと聞いてきますので取り込めば、今までのユーザー辞書も使えます。Google 日本語入力をインストールした後からも、Microsoft IMEの辞書ツールで書き出したテキストファイル形式のユーザー辞書を取り込むこともできるので安心して移行できるのはよいですね。私は前に購入したLife Science Dictionary(今はもう販売中止になっています)から作ったユーザー辞書を使っているのでそれを取り込みました。GeminiによるGoogle日本語入力のインストール法もペーストしておきます。


Google日本語入力をインストール・既定にする手順

Microsoft IMEの不具合を完全に回避するため、Google日本語入力をメインの入力システムに設定します。

1. インストール

  1. ブラウザで「Google 日本語入力」の公式サイトを開き、インストーラーをダウンロードして実行します。https://www.google.co.jp/ime/
  2. 画面の案内に沿ってインストールを完了させます(途中で既定のIMEについての確認が出た場合はそのまま有効にします)。

2. 既定の入力方式に固定する設定

  • Windows 11の場合:
    1. Win + I キーを押して 「設定」 を開きます。
    2. 左側メニューの 「時刻と言語」「入力」 をクリックします。
    3. 「キーボードの詳細設定」 を開きます。
    4. 「既定の入力方式の上書き」のプルダウンメニューから 「日本語 – Google 日本語入力」 を選択します。
  • Windows 10の場合:
    1. Win + I キーで 「設定」 を開きます。
    2. 「デバイス」「入力」 をクリックします。
    3. 下部にある 「キーボードの詳細設定」 を開きます。
    4. 「既定の入力方式の上書き」で 「日本語 – Google 日本語入力」 を選択します。

3. 入力切り替えの確認

タスクバー右下の通知領域(時計の左隣)に「あ」または「A」と表示されている部分をクリックするか、Win + Space を押して「Google 日本語入力」が選択されていることを確認してください。


Google 日本語入力では辞書の追加や単語登録が可能です。

単語を1つずつ登録する方法と、外部で作成された辞書ファイル(テキストファイル形式)を一括でインポート(追加)する方法の2通りがあります。

1. 辞書ファイル(一括データ)をインポートして追加する

専門用語辞書や顔文字辞書などのテキストファイル(.txt 形式)をまとめて追加する手順は以下のようになります。
まず、タスクバー右下の入力モードアイコン(「あ」や「A」)を右クリックします。
  1. メニューから 「辞書ツール」を直接選択)。します。
  2. 開いた「一般」タブにある 「辞書ツール」 ボタンをクリックします。
  3. 辞書ツール画面が開いたら、左上の 「管理」 メニューをクリックします。
  4. 「新規辞書にインポート…」 を選択します。
  5. 追加したい辞書ファイル(テキストファイル)を選択し、任意の「辞書名」を入力して 「インポート」 をクリックします。

2. 単語を1つずつ登録する

よく使う単語や変換しづらい人名などを手動で追加する手順です。
ショートカットから登録する場合:
    1. 画面右下の「あ」アイコンを右クリック「単語登録」 をクリック。
    2. 「よみ」「単語」「品詞」を入力して 「OK」 を押します。
  • 辞書ツール内から登録する場合:
    1. 上記手順で 「辞書ツール」 を開きます。
    2. 左側で追加したい辞書を選択し、右上の 「追加」 ボタンを押して直接入力します。
※既存のMicrosoft IMEなどでエクスポートしたテキスト辞書も、同様の手順でGoogle日本語入力へインポートして引き継ぐことができます。

戦争で機銃掃射を受けた体験談のいろいろ‥。

以前こちらの記事で、オッペンハイマーのことや、映画『ひろしま』、戦争中の機銃掃射のことなどを書きました。映画へのリンク切れなどを本日修正しておきましたので是非もう一度お読みください。

映画『オッペンハイマー』の評判

お世話になった先生の友達が魚をとっているときに米軍機の機銃掃射をうけて殺されたという話もこの記事中に書きました。古沢満先生(発生生物学出身の先生で不均衡進化論の提唱者。私が属していたさきがけ研究の領域アドバイザーもされていました。ノーベル賞を受賞したJohn Gurdon先生のお友達でもあります)のブログにその話が書かれているので、リンクを挙げておきます。
https://www.chitose-bio.com/furusawa_column/column21.html
この記事の下の方には、古沢先生のブログ記事の第1回から第35回までへのリンクがのっています。その続きになる、こちらのブログシリーズでは、先生の不均衡進化論についても詳細に解説されているので必見です。
https://journal.chitose-bio.com/author/mitsuru-furusawa/
あるいは
https://journal.chitose-bio.com/category/columns/
最近も論文を出しておられるのを知りました。

機銃掃射については広中平祐先生も回顧談で、機銃掃射された経験を語っておられます。広中先生の回顧談の載っているpdfのダウンロードリンクを挙げておきますのでお読みください。

京都大学理学研究科・理学部数学教室・同窓会誌 創刊号
講演記録 「数学者の素願から終活まで」
https://www.math.kyoto-u.ac.jp/alumni/bulletin1/%E5%90%8C%E7%AA%93%E4%BC%9A%E8%AA%8C%E5%89%B5%E5%88%8A%E5%8F%B7.pdf

私の義父も、ビルマのジャングルで戦闘機からの機銃掃射を何度もうけたそうです。ジャングルに日本軍が潜んでいそうなところを機銃掃射してくるのだそうですが、義父たちは隠れていて敵の戦闘機が機銃の弾丸を打ち尽くしたのを見極めてから(これが大事です!)、戦闘機から見えるところに顕れて、「ここにおるぞー!」と、皆で褌を振り回していたそうです。

高瀬先生の岡潔の本がKindle日替わりセール中です。本日限り。

何故かiPadの日替わりセール画面にはあって、Windows PCの日替わりセール画面にはないKindle日替わりセール中の本が二冊あります。

以前私がKindleのセールで購入したと紹介した2冊の本、
九州大学におられた高瀬正仁先生が書かれた『評伝 岡潔 星の章』、同じく『評伝 岡潔 花の章』です。
それぞれ499円で1%のポイント(5円分)がついています。今日限りの値引きですが、買って損はない よい本だと思います。
以前の記事も埋め込んでおきますので参考になさってください。

岡潔についての高瀬正仁先生の評伝シリーズを読みました。

量子生物学の核スピン効果についての厳密な実験の動画がでていて面白そうです!

量子生物学の動画で面白いものがありました。Geminiに解説してもらったものを交えて紹介します。最後のQ&Aでは Stuart HameroffとRoger Penroseの「Orch OR理論(統合情報理論)」や、治部・保江が提唱した「量子脳力学(微小管内の水分子の電磁場コヒーレンス)」との関連に関する話もでてきています。

Biology at the Quantum Scale | A Presentation by Dr. Travis Craddock
https://youtu.be/qEsvgVEXCW8

鳥の渡り(クリプトクロムというタンパク質によるスピンを介した量子生物学的効果で鳥が磁気を視ることができて渡りに利用しているという有力な説)に関わる磁気受容などの話題は耳にしても、ミリテスラ以下の弱磁場が生体分子に影響を与えるという主張には、「室温の熱ゆらぎエネルギー(kT)の壁をどうやって乗り越えるのか?」と胡散臭さを感じるのが、古典的・熱力学的な物理法則を熟知した生物物理学者の自然な反応です。この動画の演者であるウォータールー大学のTravis Craddock博士は、まさにその「kT問題の壁」を、外部磁場だけでなく「同位体の核スピン」という内部パラメーターを用いて突破しようとする、非常に厳密で検証可能な実験を行なっています。この動画では、スピンを生物が利用しているとされる例を、鳥の渡り、プラナリアの再生などから詳しく解説しており、勉強になります。さらに

1)弱磁場効果に対する熱やpHに起因する「アーティファクトの疑念」をどう晴らすかについての解説が続きます:

量子生物学において、弱磁場(地磁気〜数ミリテスラ)を加えて細胞の挙動(活性酸素種ROSの発生量やプランナリアの再生速度など)が変わったという報告は多数あります。 しかし、これらは「実験セットアップに起因する熱やpHのアーティファクトではないか?」という批判が常につきまといます。そこでCraddock博士が決定打として導入したのが上に述べた「同位体効果(Isotope Effect)」です。化学的な性質(電子配置)は全く同じであるにもかかわらず、リチウム(Li-6 / Li-7)やキセノン麻酔薬の同位体の違いによって、動物の行動や麻酔の効き目に明確な差が出ることが近年報告されています。博士はこれを質量による「速度論的同位体効果(Kinetic Isotope Effect)」ではなく、純粋な「核スピン」によるラジカル対機構(RPM)の変調として証明しようと試みています。

2) 完璧な対照実験となる「マグネシウム同位体」

Craddock博士の真骨頂は、神経系において極めて重要な役割を果たす微小管(Microtubules)の重合プロセスと、その触媒として働くマグネシウム(Mg)を用いた実験デザインにあります 。マグネシウムには3つの安定同位体Mg-24、25、26が存在します。質量数24のものが自然界では80%ほどを占め、25と26はそれぞれ10%ほど存在しているそうです。核スピンは24と26がゼロで、25が5/2です。もし同位体による挙動の違いが単なる「質量の差」に由来するならば、Mg-24、25、26と質量が増えるに従って連続的な変化が見られるはずです。しかし、もし中間の質量であるMg-25の条件でのみ特異な反応が起きれば、それは質量の効果を完全に排除した「核スピン(5/2)」によるスピンダイナミクスであると強力に結論づけることができます。

3) チューブリン重合におけるGTP加水分解とスピンの相互作用
チューブリンダイマーが重合して微小管を形成する際、末端のβ-チューブリン上のGTPがGDPへと加水分解されます。この時、Mgイオンがリン酸基に配位結合し、加水分解反応をアシストします 。博士の研究チームは、純度99.7%以上のMg-24、Mg-25、Mg-26のバッファーをそれぞれ精製し、地磁気下および弱磁場(3mT)下でのチューブリンの重合量を光学濃度(OD)で比較しました。

【実験結果】 外部磁場がない(地磁気レベル)場合、どの同位体でも重合量に有意差はなかった。
「Mg-25」かつ「3mTの弱磁場」を加えた条件でのみ、チューブリンの重合量が劇的に増加した。(スピンを持たないMg-24, Mg-26では磁場をかけても変化なし)

この結果は、カルガリー大学のChristoph Simonらのグループが構築した「Mgの核スピンが介在するラジカル対機構の理論モデル(リウヴィル超演算子を用いた三重項収率予測)」のシミュレーションカーブと見事に一致したそうです。

4) 生物物理学としての到達点

これまで「熱ノイズに掻き消されるはずだ」と一蹴されがちだった量子生物学ですが、Craddock博士のアプローチは、スピンを持たない同位体をネガティブコントロールとして完璧に機能させることで、熱力学的なノイズの向こう側にある純粋なスピン・カップリング効果を抽出しています。微小管の動態変化は、神経細胞の形態形成やシナプス可塑性、さらには神経変性疾患に直結します。単なる「オカルト的な量子現象」ではなく、GTP加水分解という生化学の根幹において量子スピン効果が機能構造を制御しているという、非常にハードで検証可能な生物物理学の領域に入りつつあることを示す講演内容となっています。

厚生労働省が公開していた癌の全ゲノム解析講習会のテキストはよい教科書です。

こちらのツイートで知りましたが、この講習会のテキストは良いと思います。

ガンにおける遺伝子変異や次世代シークエンサーの基礎的解説からはじまり、linux入門の章や、癌の全ゲノム解析の結果の解析法、臨床例まで充実の講義の教科書(スライド)です。私のように、昔習った知識のブラッシュアップを必要とする者にも最適の教科書だと思いました。実習のデータファイルは入手法がわからないのですが、ChatGPTなどに助けてもらいながら自分で公開データベースから必要なデータファイルをダウンロードしてきて実習することもできると思います。これは必見の教科書です!


ツイートにあるリンク

https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000204873_00006.htmlにアクセスすると、「お探しのページが見つかりません」となります。

これは、こちらのweb pageのアーカイブサービスからみることができます。
テキストの pdf もダウンロード可能です。

消えてしまったweb ページはurlをアーカイブサービスのWayback machineの検索窓に入れて探すことができます。検索窓にツイートのuurlを入れて、一番新しい日付のアーカイブを探しました。結果がこちらです。
http://web.archive.org/web/20260607142146/https://www.mhlw.go.jp/stf/seisakunitsuite/bunya/0000204873_00006.html

ここから令和6年度の研修テキストがダウンロードできます。基礎から本格的解析までこれは日本語で読める素晴らしいテキストです。

ChatGPTのWorkという機能はよさそうです!

最近ChatGPTを使っていると、Workを使いませんか?というお誘いが毎回でてきます。
Workを使うには:
1)サイドバーで「新しいチャット」を選ぶと、始めるときに画面上部に切り替えボタンが出てきてChatとWorkを選べます。あるいは、
2)サイドバーのプロジェクトを選んで、プロジェクトを開いたり作ったりするときに画面上部にでる切り替えボタンでWorkを選べます。

Workって何だろうと思っている時に、ちょうどこんな記事をみつけてChatGPTのWorkについて興味を持ちました。

『ChatGPTのWorkをまだ使ったことがない人へ』

https://note.com/yugen_matuni/n/n31ef23b47669


ChatGPTにWorkについて聞いてみるとこんな答えがかえってきました。


Workとは何か

ChatGPT Work は2026年7月9日に発表された新しいエージェント機能で、現在はGPT-5.6を使っています。通常のChatが「質問に答える」ことを中心としているのに対して、Workは長い複数ステップの作業を進め、最終的な成果物まで作ることを目的にしています。

たとえば、「このCSVを調べてください」だけではなく、

この実験データ一式を確認し、ファイル間の不整合を探し、必要な修正点をまとめ、最終的に提出用ExcelとMethodsの文章を作る

というように、ゴールを指定して一連の工程を任せることができます。Workは資料を調べ、工程を分解し、途中の成果物を作りながら進める設計になっています。ユーザーは途中で進捗を確認したり、方向を変更したり、重要な操作を承認できます。

さらに、Word系文書、スプレッドシート、プレゼンテーション、レポートなどを直接作成・編集でき、既存ファイルやテンプレートを見本として指定することもできます。Google Docs / Sheets / Slidesにも、対応するアプリを接続すれば直接作成・編集できます。


ということで、使えそうな機能です。たとえば、遺伝子のエンリッチメント解析の論文を書いている時なら、一つのプロジェクトに次のような材料をいれておきます。

  • manuscript
  • Supplementary data
  • Figure legends
  • Tables
  • Methods
  • DDBJ accession情報
  • 正規化の方法
  • エンリッチメント解析方法
  • 参考文献PDF
  • 投稿規程

そして、Workモードにして、「Results、Methods、Figure legends、Supplementary tablesを横断的に確認し、strain名、処理時間、サンプル数、統計方法、遺伝子数、Figure番号に矛盾がないか検査してください。」などと依頼をして投稿用ファイルのチェックができます。これは従来の「英文を直してください」とはかなり違って論文全体を一つのシステムとして検査するという用途です。しかもWorkは既存の文書やテンプレートを参照して、レイアウトや構成を維持した編集もできるそうです。

他にも90分授業用に、講義スライド25枚、学生用handout、演習問題10問、解答、実習用Excelを作成する。というふうに複数の成果物を一度に作らせることもできます。Workは文書・スプレッドシート・プレゼンテーションを成果物として作れるので、こうした教材パッケージ作成には通常のChat以上のメリットがあります。さらにSitesという機能を使えば、簡単なインタラクティブWeb教材やデータ閲覧ページを作ることもできます。

また定期的に変化する情報を追跡するという用途にも使えます。
WorkにはScheduled Tasksが組み込まれており、定期実行や変更監視を一連の仕事に組み込めます。サイトの更新状況を定期的にチェックして、「変更があった部分だけレポートにする」といった運用もできるそうです。

論文執筆法のサイトが秀逸です‥。

論文の書き方についてのスライドが公開されています。
『研究室の論文執筆ガイドライン』

情報系の論文執筆法なのでLaTexやGitHubの使い方など、生命科学系の人にはとっつきにくい内容を学ぶ手引きにもなると思われます。最初のほうのスライドで詳しく解説されています。またスライド内に執筆法についての書籍や記事の紹介もあるので役立つと思います。以下のツイートをご覧ください。


執筆されている山田先生のGitHubも参考になります。

https://github.com/orgs/koki-yamada-lab/repositories?type=all

文献管理ソフトZoteroとGoogleのNotebookLMの連携法 追加版―Zoteroのプラグインを使う方法

文献管理ソフトZoteroとGoogleのNotebookLMの連携法―Zoteroのプラグインを使う方法についての記事への追加です。今日、自分のZoteroのデータをNotebookLMに取り込む作業をNZBridgeで行ってみて気づいたことをならべておきます。前回のこちらの記事への追加です。

文献管理ソフトZoteroとGoogleのNotebookLMの連携法―Zoteroのプラグインを使う方法

設定するときつまづいた点を列挙します。
1)NZBridgeはGoogle のGemini notebookを英語モードにして使わないといけません。これはプログラムが英語のメニューを読んで動くようにできているためで、notebookのメニューが日本語だとうまく動作しません。日本語の文献をアップロードできないというわけではありません。あくまでブラウザの優占言語が英語でないとだめというだけです。
GeminiとnotebookLMを英語表示に設定するのはPC版(およびスマホのブラウザ版)では以下のようにしてください:

  1. Google アカウントの言語設定ページ にアクセスします。

  2. 「優先言語(Preferred language)」の横にある鉛筆アイコン(編集)をクリックします。

  3. 「English」を検索して選択し、地域(「United States」とかUnited Kingdomとか)を選んで「選択(Select)」をクリックします。

  4. Geminiのページに戻り、画面を再読み込み(リフレッシュ)します。


2)前の記事の通りに設定してZoteroから161個の文献をNotebookLMにアップロードしようとしました。するとNZBridgeがこんなエラーメッセージを出してきてアップロードできません。
⚠ 161 items — NotebookLM free tier supports max 50 sources
これはNZBridge のプログラムがNotebookLMの無料版のアップロード制限50個までというのを組み込んでいるからだそうです。有料版で300個まで一つのNotebookLMにアップロードできる人でも50個しか一回でアップロードできません。Zotero内で親コレクションをそのまま同期するのではなく、サブコレクション(例: 論文_01 論文_02 …)のフォルダを作成し、1つのコレクション内のアイテム数を50件未満に分けて同期すると300個まで(Proプランの場合。Ultraはもっといっぱいアップロードできます)アップロードできます。


3)私の場合、zoteroからsyncしようとするとチェックボックスでpdfを選択した後、エラーメッセージ
No NotebookLM tab foundがでてアップロードできませんでした。原因は、開いているNotebookLMのノートブックがGemini notebookのurlだったことでした。NZBridgeは、NotebookLMのurlを探しに行くようになっていて、Gemini Notebookのurlを認識しません(今の最新版version 0.43の場合)。
例えばこんなurlのノートブックを開いていても認識しないのです。(https://gemini.google.com/notebook/この後に長い識別文字列が続きます)

NZBridgeはスタンドアローン版のnotebookのurl こんなurl
(https://notebooklm.google.com/notebook/)しか認識できないようです。
解決法は以下のとおりです:
スタンドアロン版の NotebookLM のURLにアクセスして、そちらでノートブックを開いてから同期を試してください。ブラウザで https://notebooklm.google.com/ に直接アクセスします。

そちらの画面でノートブックを新規作成するか、既存のものを開きます。

URLが [https://notebooklm.google.com/notebook/](https://notebooklm.google.com/notebook/)… になっていることを確認します。
そのタブを開いたまま、NZBridgeの同期を実行すると、NZBridgeがnotebookを正しく認識するようになります。


以上のようなトラブルがおこりましたが解決して、無事Zoteroの文献をNotebookLMにアップロードできました。Zoteroの文献をアップロードしたこのnotebookはGeminiでも表示されているので問題なく利用できます。
いったんアップロードができるようになれば、あとは文献フォルダをZoteroで選んでクリック一つでNotebookLMにアップロードできるので便利です。pdfがない文献も文献情報はアップロードできるのでZoteroの文献をもとにハルシネーションなしの推論ができるようになります。