The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

GitとGitHubへの入門

投稿日: 投稿者: root

研究をしているとき、いろんな文書やプログラムを作りますが次々と改訂を加えるのが普通です。
何人もの共同研究者と一つの文書やプログラムを改訂していくことも多いですね。
そういうとき、誰がどんな変更をプログラムや文書に加えたかが一目でわかるようにするのがバージョン管理システムです。再現性のある科学研究をするのには必須の技術です。

Gitは世界で一番利用されているバージョン管理システムで、世界標準になっているシステムです。
バイオインフォマティクスやコンピュータ科学などで利用するのが今や常識になっています。
今日は、GitとGitHubの関係、使い方などをマスターできる良い教材があるので紹介します。

動画版とホームページ版の両方があるのもとてもよいと思います。Ubuntuでの利用を中心に解説していますが、WindowsやMacでの使い方も学べるのでいちど読んでみて動画も視聴してみてください。

【完全版】これ1本でGitをマスターできる初心者チュートリアル！
https://youtu.be/V7WAxif7yT4?

まずは次にあげるWeb版のチュートリアルを読んでみてください。わかりにくいところは動画をみるとわかるようになることが多いです。
@Sicut_study(渡邉 臣 | JISOU)
in　JISOU | Reactプログラミングコーチング
【図解解説】これ1本でGitをマスターできるチュートリアル！【完全版】
https://qiita.com/Sicut_study/items/0318cc136c189b179b7f

上のQiitaの記事を書いている渡邊さんのQiitaのこちらのサイトにもいろんな記事があって役立ちそうです。https://qiita.com/Sicut_study
YouTubeのチャンネルも役立つと思います。Reactの勉強用のチャンネルのようですがDockerやGitのチュートリアルもあります。https://www.youtube.com/@Sicut_study/playlists

高価なMicrosoft Officeの代わりにLibreOfficeの最新版を使ってみましょう！

投稿日: 投稿者: root

UbuntuにはデフォルトでついているLibreOfficeはときどき使っています。Microsoft Excelの代替ソフトも入っているので重宝しています。最新版がでてMarkdownにも対応したそうです。中澤港先生のリツイートで知りました。Microsoft Wordがめちゃめちゃ高額で(個人では買えません。PCの新規購入時にバンドルされているものを使っています）、古いバージョンのサポートを必ず打ち切っていくというのに辟易している私などはこちらに移るのがよさそうです。

Big new update to #LibreOffice, the free and private office suite. Version 26.2 is here, with:

📝 Markdown support
📊 Connectors in Calc
🚀 Spreadsheet speedups

…plus many other new features, improvements and fixes. Learn more and download it: blog.documentfoundation.org/blog/2026/02…

[image or embed]

— LibreOffice (@libreoffice.bsky.social) February 4, 2026 at 8:24 PM

中澤先生のブログにはR markdownの入門記事も紹介されています。
https://minato.sip21c.org/im3r/20260212.html
『R Markdown入門』
https://kazutan.github.io/kazutanR/Rmd_intro.html

野村泰紀先生の動画が面白そうです。

投稿日: 投稿者: root

今日はフィギュアスケートのペア・フリー金メダルでわきかえっていましたね。宇宙一の演技との解説者の感嘆の声が印象的でした。おめでとうございます！
今日は動画の簡単な紹介です。

野村先生の量子力学の動画がいろいろ公開されています。
どれも見ると楽しそうです。

山形県南陽市の「生成AI活用実例集」というサイトがすごいと評判になっています！

投稿日: 投稿者: root

今、nitter系のインスタンスに一斉に障害がでているようで、ツイートを埋め込むことができないのでリンクだけ紹介します。私は今朝、柳瀬陽介先生のツイートで知りました。

こちらでツイートを検索してみるといろんな人のツィーとが読めるので参考にしてください。
Yahooのリアルタイム検索のサイトです。https://search.yahoo.co.jp/realtime/
検索窓に、生成AI活用実例集といれて検索するといろいろツイートがでてきます。

山形県南陽市のサイトはこちらです。

『一発OK!! 市民も使える！生成AI活用実例集（プロンプト集）７４８例』
http://www.city.nanyo.yamagata.jp/dxchosei/5793

いろんなプロンプトがのっていて、コピペで生成AIにいれて利用することができます。プロンプトの作り方のヒントにもなります。

アインシュタインの著作を公開していたプリンストン大学のサイトが閉鎖されました‥。

投稿日: 投稿者: root

アインシュタインのデータベースが閉鎖されました。
さっき、アインシュタインの論文を読もうとプリンストン大学のサイトにアクセスしたのですが、サイトが有料化されて今年の9月公開予定というページが開いて
https://einsteinpapers.press.princeton.edu/einstein-database/
アクセスできなくなっていました。去年の8月15日でオープンアクセスサイトは閉鎖されたようです。
残念です。ただ今年はアインシュタインの多くの著作の著作権が消滅する年なので、オープンアクセスの著作が増えると期待する人もいます。
以前の記事で、旅行日記も読めると書きましたがもはや読めなくなっています。

「アインシュタインの旅行日記」の全文が英語とドイツ語で読めます―アインシュタインが訪れた九州大学と福岡（その6）

ただInternet ArchiveのWayback machine
https://web.archive.org/に上の記事内のリンクをいれると、保存されているページが表示されてなんとか読むことができます。ただ読みにくいですね。

ということで、現在アインシュタインの著作でオンラインで読めるものをいくつかならべておきます。

Relativity: The Special & the General Theory by Albert Einstein
https://www.gutenberg.org/ebooks/36114
ダウンロード可能です。オーディオブックもダウンロードできます。

日本語訳は国立国会図書館デジタルコレクションで読めます。。
A.アインシュタイン 著 ほか『わが相対性理論』,白揚社,1973. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12592487 (参照 2026-02-15)

The Meaning of Relativity by Albert Einstein
https://www.gutenberg.org/ebooks/36276
これの日本語訳は文庫化されて売っているので、個人送信資料では読めません。英語版がダウンロードできるのとくらべて日本は環境がわるいですねぇ。

こちらからもpdfがダウンロード可能です。
https://lectures.princeton.edu/sites/g/files/toruqf296/files/2020-08/_Albert_Einstein__Brian_Greene__The_meaning_of_rel_BookZZ.org_.pdf

他にも国立国会図書館デジタルコレクションで読める日本語訳の本がいろいろあります。
このブログ内を検索してみてください。

データ解析に使えると評判のGoogle Antigravityの紹介記事が役立ちそうです。

投稿日: 投稿者: root

Google Antigravityの使い方の入門にはこちらのNoteの記事が丁寧でわかりやすいと思います。私はまだ一度も使ったことがないのでこの記事を読んで使ってみたいと思いました。
『コスパ最強のAntigravityでデータ解析してみよう』
わたヤク　2025年12月14日 21:18
https://note.com/ai_biostat/n/n7eb62fd0615c#b719e94f-fdae-4108-bb4d-62b7372b60ed
AIと対話しながらコードを書いてデータ解析できる一連の流れがわかりやすく説明されています。RStudioの代わりにもなると評判だというのをどこかで読んだことがあります。無料プランから使い始められるので一度使ってみてはいかがでしょうか。
本のツイートも埋め込んでおきます。


この記事を読んで少し動かしてみたら、次はこちらのGoogleのチュートリアルに進むのがよさそうです。
『Google Antigravity を使ってみる』
https://codelabs.developers.google.com/getting-started-google-antigravity?hl=ja#0

なぜ京都に原爆が投下されなかったのか？その意外な理由とは‥‥。

投稿日: 投稿者: root

先日京都にいったとき河原町の丸善（BALの地下にある巨大書店）にいっぱい置いてあったベストセラーを紹介します。東洋経済新報社からでている本です。これは面白い本だと思います。
『「偶然」はどのようにあなたをつくるのか: すべてが影響し合う複雑なこの世界を生きることの意味』
https://str.toyokeizai.net/books/9784492048115/

立ち読みすると、そのイントロ部分にひきこまれてしまいました。
何故京都に原子爆弾が投下されなかったのか？という疑問に対する答えが書いてありました。
私は京都生まれの京都育ちなので、京都が原子爆弾の投下候補の筆頭だったというのは学校で習いました。たしか文化財があるので投下対象からはずしたという話を聴いた覚えがあります。真相はどうなのでしょうか。根拠のないうわさ話の一つかと思い調べてみたのですが、どうやらこの本に書かれているのが本当の理由のようです。

Kindle版のサンプルでは、この話が書かれている第一章がまるごとと、第二章の初めの部分が読めます。なぜ原爆が京都に落とされなかったのか、そして木村資生が京都で被曝しなかったことで分子進化の中立説が生まれたという話などもありますので是非読んでみてください。引き込まれると思います。

京都に原爆が落ちなかった理由についての日本語の本や論文も紹介しておきます。
吉田守男 著『京都に原爆を投下せよ : ウォーナー伝説の真実』,角川書店,1995.7. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/13200161 (参照 2026-02-13)

落とされなかった原爆――投下候補地の戦後史
鈴木裕貴 著
https://www.chuko.co.jp/zenshu/2025/11/110164.html　

こちらは、タイトルがずばり、『京都に原爆が落ちなかった理由』というpdfです。
https://lab.kuas.ac.jp/~jinbungakkai/pdf/2023/h2023_04.pdf

プレゼンの秘訣、図の作り方などについての本や動画が公開されています！

投稿日: 投稿者: root

プレゼンをどのようにするか、図をどのようにつくるかなどについて詳しく解説している本や動画が公開されているので紹介します。

本はこちらです。著者はNicola Rennieさんで、彼女はは統計学出身の英国の研究者で、データをプレゼンすることの専門家です。

2026年CRC Pressから出版予定の本が無料でオンライン版として公開されています。
The Art of Data Visualization with ggplot2
The TidyTuesday Cookbook
https://nrennie.rbind.io/art-of-viz/
https://nrennie.rbind.io/blog/art-of-viz-book/
どんな図がかけるかはこちらのギャラリーでみることができます。
https://nrennie.rbind.io/art-of-viz/appendix.html#visualization-gallery

Nicola Rennieさんは、Royal Statistical Societyが公開している
Best Practices for Data Visualisation guidanceというプレゼン作成ガイドの共著者でもあります。こちらから読んでみてください。とても参考になる内容です。
https://royal-statistical-society.github.io/datavisguide/about.html
彼女はまたEditorial Board of Significance Magazineだそうです。
彼女の次の動画はプレゼンする人、必見の動画です。彼女は後半に登場します。質疑応答も必見です。
Know Your Audience: Communicating with Data Viz
https://www.youtube.com/live/wW7UfM9o1Zw?

以前のこのブログの記事も参考に埋め込んでおきます。参考にどうぞ。

データの可視化や強化学習についての無料の教科書(英語版）を3冊紹介します。

『生成AIを用いた倫理的・効率的な英語論文執筆』というサイトがおすすめです！

投稿日: 投稿者: root

このブログでもLLMを用いた英語論文の執筆法を紹介してきました。今日、いろんな人がツイートしている『生成AIを用いた倫理的・効率的な英語論文執筆』というサイトは、英語教育を専門にしている関西大学の水本篤先生による生成AIを用いて英文で論文を執筆する方法の集大成です。

生成AIを用いた倫理的・効率的な英語論文執筆
https://langtech.jp/ai-writing/

ツイートを埋め込んでおきます。


これはとても参考になるので、生命科学といわず文系、理系すべての論文執筆をする人におすすめのサイトです。コーパスの使い方、自分でコーパスを作る方法、論文の構成、英文校閲のやり方などなど、どこを読んでも参考になるので是非ご覧になることをお薦めします。いろんな有料のAIを使って論文を書く方法というサイトなどがありますが、これを無料で公開されているのには頭が下がります。こうした各自の論文執筆法がネットで公開されることで、みんなの生産性が確実に上昇していくのはすばらしいです。また、英語教育、論文執筆法などを専門に教えておられる専門家のまとめかたは素晴らしいです。京大の柳瀬先生もおすすめです。

Mass Photometryという溶液中の一分子のタンパク質などの分子量を測定できる新技術の解説動画が本日公開されました！これはノーベル賞確実の技術です。

投稿日: 投稿者: root

英国のRoyal Societyのライブ動画で面白いものがあったので紹介します。

The Royal Society（王立協会）が公開した動画「Weighing molecules with light」は、2026年のClifford Paterson Medal and Lectureを受賞したPhilipp Kukura教授（オックスフォード大学／Refeyn社 共同創業者）による受賞記念講演です。Mass Photometry (分子量光度法という訳を見かけました）という数マイクロリッターの溶液中（溶液とガラスの界面付近）に存在する生体分子の分子量をレーザー光を利用して一分子で計測できる画期的技術の解説動画です。マスフォトメトリーの開発者のKukura教授から、Mass Photmetryの基礎から最新の応用まで学べるという素晴らしい動画になっています。現在は分子量40 kDaから5000 kDaくらいの範囲の分子量（複合体形成しているものも測れます）を計測できる装置が一般的に販売されていますが、教授のグループは5kDa程度から計測できるように改良中だそうです。また偏光を利用することで球状蛋白か棒状の蛋白かなどを区別できるようになるとのことで、将来は溶液中でのタンパク質の形状の情報も得られると期待されています。AlphaFoldなどが予測するのは結晶構造中の立体構造で、溶液中の立体構造ではないので実は実際に働いている生体内のタンパク質の形はちゃんと予測されているとはいえません。このMass Photometryで得られる実際の計測情報が増えれば、生体内での実際に機能しているタンパク質の姿が予測できるようになると思われます。また糖タンパク質についても分子量が計測できるので、サンプル中の糖蛋白質の糖鎖の長さの分布なども容易に知ることができるそうです。ノーベル賞はまちがいない新技術だと思います。
従来の質量分析を超える技術についての動画ですが、質量測定の歴史も学べるので質量分析（マススペック）について聞いたことがあるだけの初心者にもおすすめの動画です。この講演では、遺伝子治療（Gene Therapy）分野での活用も強調されていました。AAV（アデノ随伴ウイルス）は遺伝子導入によく使われるウイルスですが、ウイルスのカプシドの中に遺伝子が入っているもの「Full」と、入っていない「Empty」の粒子を、質量の違い（DNAの有無）によって明確に区別・定量できる点が、製薬企業にとってのキラーアプリケーションとなっているそうです。また最近はやりのワクチンなどに使われるmRNA/LNP: 脂質ナノ粒子（LNP）のように、サイズや組成が極めて不均一なサンプルの評価にも適していることが強調されました。将来有望な技術のわかりやすい解説ですので是非視聴してみてください。

https://www.youtube.com/live/Z72UGRc-6pQ?