The Nomura Institute of Glycosciece Blog

今日はNIH　VideoCastで行われたノーベル化学賞受賞者の講演を紹介します。

WALS NIH Director’s Lecture: Design of New Protein Functions Using Deep Learning

2024年のノーベル化学賞受賞者David Bakerによる２月に行われた講演です。
NIH　VideoCastのサイトが最近リニューアルされたため、ダウンロードボタンがきえてしまっており、動画の埋め込み、ダウンロードなどすべて不可で視聴のみ可能になっています。そのため、いつものように動画をうめこむことができないのでご容赦ください。ちょっとしらべてみて従来のページのサイトをみつけたのでまずそちらのurlを載せておきます。
https://videocast-b.nih.gov/watch=57255
動画をいつものように埋め込むことができないばかりか、このブログで従来埋め込んでいたNIH videocastの動画のリンクは全部切れてしまっています。上のurlのようにvideocastのあとに-bをつけてやると昔の表示のページに戻るのですが、残念ながらダウンロードボタンはあるのですが、押してもダウンロードできなくなっているようにみえます。しかし今しがた、ブラウザを閉じようとするとダウンロードがすすんでいることがわかり、ダウンロードボタンは動くようです！
ということで、とりあえずは”-b”をvideosastのあとにつけたurlでアクセスして、ダウンロードしてみてください。

現在のサイトのリンクはこちらです。
https://videocast-b.nih.gov/watch=57255
ダウンロードボタンは消えており、動画や字幕のダウンロードができなくなっています。これが一時的なものなのか、方針変更でダウンロードできなくなったのかを問い合わせていますので返事が返ってきたらまた記事にしようと思います。

面白い本を見つけたので紹介します。
『中国思想の基礎知識』 (角川選書)
著者 湯浅　邦弘
定価： 2,310円 （本体2,100円＋税）
https://www.kadokawa.co.jp/product/322406000191/

中国の古代の思想家たちは、戦争にあけくれる国の中で、どのような思想を育み社会や世界をどのようにみたのでしょうか。
世界のあちこちに戦争がまきちらされている今この時に、自然よりも政治を思想の中心においた中国の思想が、これからの世界に役立つかもしれません。この本は、大阪大学の教授を長年つとておられた 湯浅　邦弘先生が、中国思想を何も知らない一般の人が理解できるように明解にまとめられた本です。随所に、先生の平和への願いがこめられている本だと感じました。
先生の大学での講義もきっとこの本のようにわかりやすいのだろうと想像します。先生はNHKの100分de名著でいろんな中国の古典（孫子や菜根譚、老子、孟子など）を解説されていたのでそのわかりやすいお話を観た方も多いと思います。この本では中国の古典に関する最新の考古学的発見の知見も取り入れられていています。老子、孔子や孟子、荘子、朱子学や陽明学などはもちろんのこと、私たちが中学高校で習ったことがないような思想家についても知ることができます。また現代日本で使われている多くの言葉や漢字についての解説がちりばめられているのも読んでいて楽しいです。最後の方では、こうした中国の思想が日本でどのように受け入れられ日本史に影響を及ぼしたかも解説されています。また現代中国がしかけている認知戦についてもふれられていて参考になります。この本には現代の中国の思想については書かれていないので、現代中国がどのような思想に影響をうけて国をつくっているのかについては知ることができません。ただおそらくは、現代中国にもこの本で書かれている中国思想が受け継がれているのだろうと、読んでいて思いました。486ページの本ですが、すらすらと読めてしまう本でした。座右においてときどき読み返そうとおもうよい本でしたので、一読をおすすめします。

今日はChatGPT 5.4にPythonプログラムを作ってもらって試していました。これこれこんな動作をするプログラムをつくってくださいというプロンプトを入れるだけで、自分では絶対できないレベルの高度なプログラムができあがるのは感動的でした。ということでちょっと時間がないので、今回はGeminiに、さっきYouTubeのおすすめにでてきたMPG Primerの最新動画を解説してもらった結果を貼り付けることにします。このBroad Instituteの「MPG Primer」シリーズの講義動画（講師：Elyse Robinson博士）は、「ゲノムワイド関連解析（GWAS）の基礎から最新の課題まで」を、非常に明快かつ批判的な視点で解説した素晴らしい教材です。
https://youtu.be/c0knl0fX0DA?

(ここからがGeminiの出力です）
医学・生命科学を学ぶ学部4年生の皆さんに向け、この動画のエッセンスと、視聴することで得られる学びについて解説します。

動画の主な内容：GWASは単なる「統計」から「生物学の探索」へ

この講義は、GWASの歴史的な成功から始まり、現在直面している疫学的な落とし穴までを網羅しています。

1. GWASの歴史と「パワー」の重要性
   • 2006年にはほぼゼロだった「ヒット（有意な遺伝子座）」が、今や100万件を超えています。
   • 統合失調症を例に、なぜ初期のGWASは失敗し、その後劇的に成功したのかを解説。個々の共通変異の影響（オッズ比）は非常に小さいため、数万人規模のサンプルサイズがいかに決定的であるか（「Power Smile」という概念）を学べます。 [05:18]
2. 遺伝率（Heritability）の再定義
   • 双生児研究から推定される遺伝率と、SNPから計算される遺伝率の乖離（欠けた遺伝率）について、著者は「現在の生物学的発見においては、その差はそれほど重要ではない」と断言します。それよりも、共通変異が生物学的なプロセスの解明にいかに役立つかという実利的な視点が示されます。 [11:04]
3. ポリジェニック・リスク・スコア（PRS）の真実
   • PRSの計算は単純なアルゴリズムですが、その予測精度は「手法」よりも「GWASのサンプルサイズ」に依存することを強調しています。 [23:10]
4. 【最重要】疫学的な「落とし穴」と参加バイアス
   • GWASで得られた結果が、純粋に「疾患の生物学」を反映しているとは限りません。例えば、うつ病のGWASには、社会経済的状況（SES）に関連する要因も混入しています。
   • 「性別のGWAS」という興味深い例が登場します。常染色体には男女差がないはずなのに、UKバイオバンクのような「自発的な参加者」に依存する研究では、参加しやすさに関わる遺伝子が「性別に関連する遺伝子」として検出されてしまうバイアス（参加バイアス）の危険性を指摘しています。 [41:22]

この動画を視聴することで、GWAS初心者の学生でもわかるようになること

• 「なぜGWASには巨大な人数が必要なのか」の論理的根拠：統計的な有意差だけでなく、負の選択（自然淘汰）との関係から、リスク変異のオッズ比が低く抑えられている理由が理解できます。
• PRS（ポリジェニック・リスク・スコア）の「限界」と「強み」：臨床応用が期待されるPRSですが、何がその精度を決めているのか、なぜ解釈に注意が必要なのかが明確になります。
• 「データがすべてではない」という批判的思考：最新のビッグデータ解析であっても、サンプルの集め方（疫学的背景）一つで、結果に「嘘」が混じることを具体例で学べます。これは将来、論文を読む際や研究計画を立てる際に不可欠な視点です。

学生の皆さんへ：なぜこの動画を見るべきか？

「GWASなんて、統計が得意な人がやるものでしょう？」と思っているなら、その考えは明日から変わります。この講義は、「統計の裏にある人間社会の複雑さ」を遺伝学がいかに捉え、あるいは騙されるかを教えてくれるエキサイティングな物語です。

4年生の皆さんがこれから卒論や大学院で向き合う「データ」には、必ずバイアスが潜んでいます。この動画で紹介される「性別のGWASでヒットが出てしまう理由」を知るだけでも、あなたのデータ解析に対するリテラシーは格段に向上するはずです。

最先端のBroad Instituteで行われている「本物の議論」に触れ、ゲノム医学の未来を肌で感じてみてください。

IBMの現役の量子コンピュータ研究者であるOlivia Lanesさんの動画は何回か紹介しました。
今夜は彼女の最新の動画が出ていたので紹介します。
量子コンピュータや量子力学についての誇大宣伝満載の動画をみるのをやめて次の本を読むことをおすすめする、という動画です。
以前彼女が量子力学の入門書を紹介していました ( リンクはこちらの記事参照）が、
こちらは最新のおすすめ本になっています。
Stop Watching Quantum Hype, Read These Instead
https://youtu.be/inEP-FagPjM?

5冊の本はこちらです：
・Quantum Information Science, Mario Motta & Riccardo Manenti
・Quantum Mechanics: The Theoretical Minimum, Leonard Susskind & Art Friedman
・Thirty Years that Shook Physics: The story of Quantum Theory, George Gamow
(この本は翻訳が無料で読めます。ジョージ・ガモフ 著 ほか『現代の物理学 : 量子論物語』,河出書房新社,1980.4. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12592653 (参照 2026-03-05)）英語版は、Internet Archiveでダウンロード可能です。https://archive.org/details/ThirtyYearsThatShookPhysics-TheBirthOfQuantamTheory
・Building Quantum Computers. A Practical Introduction, Shayan Majidy, Christopher Wilson & Raymond Laflamme
・The Demon-Haunted World: Science as a Candle in the Dark, Carl Sagan
（この本が一番のおすすめの本で、似非科学やガセ情報にまどわされないための予防注射として有効な本です。カール・セーガンの亡くなる直前に出た本で彼の遺言書のような本とも言われます。翻訳は中古本の文庫本で読めます。いろんな題で出版されていますが、私の持っているのは、「人はなぜエセ科学に騙されるのか」というタイトルの文庫本（上下二冊）です。今は中古本でしか入手できないみたいですが、格安で購入できるようです。）今　気付いたのですが、英語版はInternet Archiveでダウンロード可能です。https://archive.org/details/B-001-001-709

最後にこれは私の推薦書です。ガモフといえばこの本をすすめます。無料で翻訳が読めます。
ジョージ・ガモフ 著 ほか『重力の話 : この古くて新しい謎』,河出書房新社,1977.5. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/9583303 (参照 2026-03-05)

YouTubeのおすすめにOxford Mathematicsの動画が出てきたので紹介します。
Oxford Mathematicsのプレ―リストはこちらです。
https://www.youtube.com/@OxfordMathematics/playlists
今日紹介するのは数学史の楽しい動画です。
Robin WilsonのSum Stories: Equations and their Originsという動画シリーズで、
https://youtube.com/playlist?list=PL4d5ZtfQonW0yqeFK__FirrjjmcQFpyye&si=WRxfzmW6YJJ4Q4–
方程式や数式の生まれた背景や歴史を解説してくれている一般向けの動画です。Wilson教授はOpen　Universityの名誉教授でOxford大学のフェローの数学者です。四色問題やグラフ理論の研究者としても有名な方だそうです。
多くの専門書の他に、ルイスキャロルについての本とか、四色問題の啓蒙書など数学史に関係する本も書いているそうです。今回の動画は、彼の去年出版した本、Sum Storiesに基づいています。Oxford大学出版会から出た本でリンクはこちらです。

https://global.oup.com/academic/product/sum-stories-9780199607907?cc=jp&lang=en&#
本の目次をペーストしておきます。この中から選んで動画をつくっているようです。
『Preface
1:1 + 1 = 2
2:α + β + γ = 180°
3:a² + b² = c²
4:C = 2πr and A = πr²
5:ax² + bx + c = 0
6:φ² = φ + 1
7:x² = x
8:Mₙ = 2ⁿ − 1 and Fₙ = 2²ˆⁿ + 1
9:C(n, r) = C(n − 1, r) + C(n − 1, r − 1)
10:V − E + F = 2
11:y = mx + c
12:∫ f′(x) dx = f (x)
13:log (a × b) = log a + log b
14:i² = −1
15:eⁱˣ = cos x + i sin x
16:1 + 1/4 + 1/9 + 1/16 + 1/25 + . . . = π²/6
17:zₙ₊₁ = zₙ² + c
18:ℵ₀ + ℵ₀ = ℵ₀』

第一回の動画を埋め込んでおきます。本の第一章の動画です。なんと１+１＝２という数式についての数学史です。
https://youtu.be/3lTPSjaANrs?

『もう一歩先へ進みたい人の 化学でつかえる線形代数』
北條 博彦 東大教授 博士（工学） 著　コロナ社：化学分野の諸問題に潜む線形代数の要素を，化学専攻の目線から解体・解説する。

この本はよさそうです。コロナ社のサイトで立ち読みをしてみましたが初めの部分は大変わかりやすく書けていました。
https://www.coronasha.co.jp/np/isbn/9784339061338/
線型代数が化学でどのように活躍しているかがよく理解できて、群とか量子化学も学べるお得な本のようです。目次をみると、分子構造と並進・回転運動、結晶格子、計量テンソル、対称性と群、テンソル、量子化学、そしてなんと多変量解析まで扱われています。コロナ社のサイトには、初版の正誤表、本の目次、書評などがまとまっているので是非一度みてください。

Kindle版  ￥3629,  紙の本  ￥3740 (税込）です。