野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
ノートアプリはどんなものを使っておられますか？私たちの研究室ではOneNoteを使っていました。メンバーが実験の進捗状況を生データをふくめて書きこんでいくというスタイルで使っていました。今でも私はOneNoteを使っていますが、今日Evernoteなどを使っていた人がObsidianというノートアプリに移行しているという記事を見かけたので、Obsidianに興味をもちました。こちらの記事です。
『さようなら、全てのエヴァーノート やったこと 』
https://honeshabri.hatenablog.com/entry/Evernote_to_Obsidian
Obsidianの入門記事は、Qiitaの次の記事がよいと思います。
最新の記事ですし、内容も科学系の人の使い方の例へのリンクも書いてあって、一度使ってみようかなと思わせるよい記事です。
『ゼロイチObsidian｜ゼロからはじめるObsidian案内』
https://qiita.com/hann-solo/items/22bcaa81b695ddb47238
遺伝学の黒歴史についての講演動画が英国Royal InstitutionのYouTubeチャネルで公開されました。優生学や第三帝国での遺伝学、喫煙に関する論争その他の話題がとりあげられているようです。
アダム ラザフォードという有名なサイエンスライターのベストセラー作家によるJBS ホールデン記念講演です。この人の本には’Creation’ ‘A Brief History of Everyone Who Ever Lived（日本語訳あり）’, ‘The Book of Humans’、 ‘How to Argue with a Racist（日本語訳あり）’ 、近著の’Control: The Dark History and Troubling Present of Eugenics’ はこちらから購入可能（Kindle版は964円と安い）です。 https://geni.us/OrlwiUF
今日は遺伝子リストと格闘中なので簡単な記事です。
例年、この時期、講談社がKindle本の50%ポイント還元セールをやっています。今回は新刊もポイントが値段の半分つくので、実質半額セールでブルーバックスとか講談社現代新書、講談社学術文庫、KS物理専門書などなどが購入できます。明日の夜中までの期間限定なので気になる本がある人はチェックしてみるとよいでしょう。私も立ち読みしていて買いたかった本を購入しました。
ツイートではこちらなどが盛んに物性物理や科学一般、そしてKindleのセール情報も発信しておられて参考になります。
https://t.co/bUTo9X9gKY
講談社の半額還元、あと24時間！！！— 部品（本田翼） (@tjmlab) April 24, 2024
リンクをたどると、写真集の中にうもれていろんな本があるのがわかります。
瓜生真也さんが、Rの入門スライドや、Rをつかった機械学習の入門スライド（とコード）を公開してくださっています。nitterからならこちらから、瓜生さんのツイートにアクセスできます。以下の紹介もこのnitterで知りました。https://nitter.esmailelbob.xyz/u_ribo
１） 【R言語入門 (R-4.3.3 2024年4月版) / introduction to r】というスライドです。
https://speakerdeck.com/s_uryu/introduction-to-r
『統計解析とグラフィックスのための言語・環境である「R言語」の概要、インストール方法、初歩的な使い方を広く・浅く解説した資料です。
2024年4月時点でのRの最新バージョンR-4.3.3を対象としています。』とのことです。
２）【Rの機械学習フレームワークの紹介〜tidymodelsを中心に〜 / machine_learning_with_r 2024】これは瓜生さんによると、
『2024年3月9日に開催された[日本統計学会第18回春季集会](https://jss2024spring.ywstat.jp/)（成城大学）における企画セッション AM-B「Rユーザのための機械学習チュートリアル」で用いたスライド資料です。』とのことです。スライドとRのソースコードは、瓜生さんのgithubからダウンロードできます。
https://github.com/uribo/240309_jss18tutorial
Rのソースコードを含んだGitHubリポジトリ:
第一部「Rの機械学習フレームワークの紹介〜tidymodelsを中心に〜」
第二部「地理空間データの機械学習への適用」
MRC LMBのJoe Greenerさんのラボは、生体分子simulationに関するすぐれたソフトウエアや情報を提供しています。
Progresというソフトウエアはよさそうなので、
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/greener/software/
インストールして使ってみようと思っています。
彼のツイートは役立つので是非見てみるとよいと思います。
https://nitter.esmailelbob.xyz/jgreener64
たとえば、彼の推薦している分子動力学の入門ビデオが評判です。
Stumbled across this which I think is the best introductory video to molecular dynamics I have seen.https://t.co/hutG8eIyVO
— Joe Greener (@jgreener64) March 31, 2024
動画のリンクはこちらです。
The Beauty of Life Through The Lens of Physics
https://youtu.be/ncC-GMzF9RY?si=4-w0xwCyZrPvBUG8
4月15日（米国時間）に以前このブログで紹介していたNIHでのJennifer A/ Doudnaさんの講演がありました。
動画が公開されているのでご覧ください。https://videocast.nih.gov/watch=54303
”WALS NIH Director’s Lecture: The Future of CRISPR: What’s Ahead for Genome Editing”
Doudnaさんはゲノム編集の画期的方法「CRISPR-Cas9システム」の開発者の一人でノーベル化学賞を受賞しています。彼女の本、A Crack In Creation: Gene Editing and the Unthinkable Power to Control Evolution (English Edition)では、人の組織や臓器特異的にCRISPR-Cas9システムを導入する方法についてレンチウイルスのシステムが紹介されていました。今回の講演は、この本の後、ゲノム編集がどれほどすすんだか（ヒトの遺伝病の治療にも利用され始めています）が手に取るようにわかるよい講演です。Cas9酵素としては、ヒトの腸内細菌由来で最もよく利用されているSpyCas9にかわる酵素が開発されたそうです。好熱菌由来のCas9であるGeoCas9は、高温で生活している細菌が持つ酵素なので、熱に強く、体内でもSpyCas9よりも格段に安定に存在することができます。これはヒト体内に入ると瞬時に分解してしまうSpyCas9に変わる臨床治療用の酵素として有望そうでした。ただ一つの致命的欠点はSpyCas9にくらべてゲノム編集効率がものすごく低いということでした。そこでin vitroでdirected evolutionを起こす方法を使ってGeoCas9配列を進化させて、編集効率が高く、温度にも安定な新酵素iGeoCas9を作ったそうです。
次はどうやってこのiGeoCas9と遺伝子ターゲットを認識するためのガイドRNAを目的の細胞、組織へ届けるかです。優れた方法が開発されています。
今までのレンチウイルスやアデノ随伴ウイルス。アデノウイルスを利用する方法ではウイルスを利用するので、ヒトの臨床利用ではなるたけ避けたいと思う人も多いです。Doudnaさんのグループは、iGeoCas9とガイドRNAからなるリボヌクレオタンパク質を、レンチウイルスの殻のようなenvelopeにいれて、そのenvelopeの表面に目的の組織や細胞に結合できるscFv抗体を発現させておきます。（この抗体は英国MRC LMBのWinter先生が開発した抗体で、ノーベル賞を受賞しています。
https://www.nobelprize.org/uploads/2018/10/winter-lecture.pdf
scFv抗体についての簡単な用語解説はこちらがわかりやすいです。https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/keyword/147.html）
このエンベロープは、ウイルスのように増殖性がありませんので安全性が高いです。またscFv抗体で目的の細胞に結合した後、細胞と融合して内容物を細胞内へ放出するために必要な細胞融合を引き起こすfusogenと呼ばれるタンパク質も表面に発現させておくそうです。これはenveloped delivery vehicle （EDV)と名付けられ、ウイルスに替わる安全で核への到達効率が高いツールに仕上げられています。動画を見ると詳しく解説されていてわかりやすいですが、興味のある人は次の最新の論文をご覧になるとよいと思います。
Hamilton JR, Chen E, Perez BS, Sandoval Espinoza CR, Kang MH, Trinidad M, Ngo W, Doudna JA. In vivo human T cell engineering with enveloped delivery vehicles. Nat Biotechnol. 2024 Jan 11. doi: 10.1038/s41587-023-02085-z. Epub ahead of print. PMID: 38212493.
NIHの講堂が満員になっていた講演です。動画を高画質でダウンロードできますし、スクリプトファイルもダウンロードできるので是非じっくり勉強してみてください。
免疫系の細胞をマイクロマシーンに改造しての癌治療、人工的にオーガナイザー細胞の集団を作成して自在に組織・器官分化を操る！
国立情報学研究所のYouTubeチャンネルでは、教育機関DXシンポの講演動画が公開されていてAIについて学ぶのに大変役立ちます。昨日開催された、「【第76回】大学等におけるオンライン教育とデジタル変革に関するサイバーシンポジウム」のライブ動画には、ChatGPT Plusの使い方を学ぶ上で大変役立つ講演があるので紹介します。
「生成AIで授業が変わる」というタイトルの
橋本 大也 デジタルハリウッド大学 教授による講演です。4月22日朝まで閲覧可能だそうです。開始一時間あたりから講演がはじまります。
https://www.youtube.com/live/FtfBIzjeB9k?si=gCXLBk3Gm7LBnR0b&t=3668
動画を作るやり方も大変簡単なんですね。知りませんでした。
この動画は、22日以降は、講演のアーカイブサイトに掲載される予定だそうです。https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/past.html
昨日の講演会の全体の紹介はこちらにあります。
https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/
AIを使った論文の読み方という記事を見かけたので紹介します。無料版、有料版のサービスの紹介があって参考になると思います。
『AIを使った論文の読み方』
https://compass.readable.jp/2024/04/17/post-26/
これはReadableというサービスを開発、運営しておられる佐藤竜馬先生の記事です。https://joisino.net/
先生のブログも参考になります。https://joisino.hatenablog.com/
大学で読んだ情報科学関連の教科書という記事や、https://joisino.hatenablog.com/entry/2024/03/27/181258
論文読みの日課についての記事などから読み始めるのはどうでしょうか。https://joisino.hatenablog.com/archive/2023/04/10
検索してみるとYouTubeの動画がありました。
私はこれからReadableなしの論文読みをはじめます。おやすみなさい。
ミリカンはアメリカの有名な物理学者でノーベル賞受賞者です。有名なミリカンの油滴実験で、都合のいいデータのみを選んで論文を書いたと非難されることもありますが、これはよく調べもしないで本を書いたジャーナリストなどによって広められたデマです。それについては私の以前の記事を末尾に再録していますのでご覧ください。今日はこのミリカンの有名な実験をやさしく数式をまじえて解説している動画を紹介します。油滴実験をともに行った学生についての話は科学倫理の観点からはチェリーピッキング疑惑とはまた違った意味で考えさせられる話です。この学生、Harvey Fletcherは自身の死後に発表した回顧録で、ミリカンとの油滴実験の詳細を語り、最初の論文で彼が共著者になれなかったのはショックだったが、ミリカンは大変良く公私にわたって面倒をみてくれた先生で、友人たちが噂するようなひどい先生ではなかった、ミリカンとの共同研究は楽しかったなどと書いています。彼は博士号を取得した後、ベル研究所で研究し、音響学に多大の貢献をしています。補聴器とか、ステレオ音声の初めての録音などの業績が有名で、2016年のグラミー賞も死後に受賞しています。
動画はこちらです。
Unveiling the electron with oil drops
https://youtu.be/B-uWaEvXqbA?si=3EiwKQqS8Nl-UB7W
以前の記事もご覧ください。
物理の入門講義や講義テキストが公開されています。
前に紹介した東北大学の大関真之先生が、今年は量子力学Bの講義を担当されいて、その講義を毎週公開しておられます。
これはものすごくわかりやすい講義で、絶対きいて損はない講義です。量子力学A という、より基本的な内容の講義の内容をすべて含んだ講義だそうです。一度動画をみてわかりやすいと思ったら是非聴講を続けてください。
【東北大ライブ講義】第1回: シュレーディンガー方程式【量子力学B・2024年度東北大学工学部】
https://www.youtube.com/live/08Aly7Nbr2o?si=miXyepym3yd6iM1z
【東北大ライブ講義】第2回: なんでシュレーディンガー方程式はあの形？【量子力学B・2024年度東北大学工学部】
https://www.youtube.com/live/luAF8EYamwI?si=oFjrI7OGNlHbsS0V
講義テキストといえば二年ほど前に紹介したこちらのページがおすすめです。
2022/2/7
物理のわかりやすい教科書を多数出版されている琉球大学の前野昌弘先生の講義録へのリンクのページを紹介しておきます。いろんな講義資料（pdfを含む）があるので大変勉強に役立つと思います。
今年は講義録のリンクページに現在進行中の講義という項目があります。
http://irobutsu.a.la9.jp/fromRyukyu/wiki/index.php
物理数学I（線形代数）と、物理学概論（教える立場に立つ人のための物理学概論という講義で、物理教員および物理教員を目指す人向け）の講義テキストのpdfがダウンロードできるので読んでみてください。
今年度の授業の講義ノート
物理数学Ⅰ（線形代数です）https://t.co/XUvb0WxBjU
PDFでサイズがでかい（39MBほど）ので注意。
前年度のを改訂したものです。— 前野［いろもの物理学者］昌弘 (@irobutsu) April 16, 2024
大関先生の他の講義の紹介記事を以下に再録しておきます。