The Nomura Institute of Glycosciece Blog

先進ゲノム支援の講習会はこのブログでも何回か紹介しました。このところ忘れていたのですが、2026年の講習会の動画と資料が公開されているのをツイートで知りました。

【お知らせ】先進ゲノム支援（PAGS)の情報解析講習会のビデオおよび資料がホームページにて公開されました。

✅2025年度 PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会 https://t.co/dHwEs6EhbH

— 生命科学連携推進協議会 (@platform_imsut) March 27, 2026

内容を引用しておきます。

【2026年2月20日（金）】
10:00～10:05　講習会冒頭挨拶（先進ゲノム支援代表：遺伝研・黒川顕）
10:05～10:30　1.Jupyter notebook の使い方（担当：遺伝研・谷澤靖洋）
10:30～11:00　2.Numpy（担当：遺伝研・黒川真臣）
11:00～11:45　3.表形式ファイルの処理（Pandas）（担当：遺伝研・坂本美佳）
11:45～13:00　昼食休憩
13:00～13:50　4.Pythonを用いた基礎的なシングルセルRNA-seq解析（担当：遺伝研・望月孝子）
13:50～14:00　休憩
14:00～15:30　5.生成AIを用いたプログラミング等（担当：遺伝研・森宙史）
動画や資料が以下のリンクに掲載されています。
動画はこちら。
https://www.genome-sci.jp/lecture202602
資料はこちらです。
https://github.com/genome-sci/python_bioinfo_2025

近所を散歩して、桜の写真を撮ってきました。9分咲きの木もありますが、ほとんどはまだ４分咲き以下です。満開はもう少し先のようです。

NotebookLMを使い始めているのですが、ChromeのNotebookLM関連の機能拡張は山ほどあってどれを選ぶと便利なのかわかりません。そこでYouTubeの動画をNotebookLMのソースとして取り込むのに便利なChromeの機能拡張を３つ、Gemini3 proに教えてもらいました。以下にGeminiのアウトプットを編集したもを貼り付けておくので参考にしてください。最初の機能拡張は便利ですが複数の検索結果の動画から必要なものを選んでNotebookLMのソースにするには、最後の機能拡張が便利そうです。

NotebookLMでYouTube動画をソースとして効率よく活用したい場合、特に研究や教育用途では「一括インポート機能」と「ソース管理のしやすさ」が重要です。ストアで検索してヒットする多くの拡張機能の中から、特に信頼性が高く、学術・調査業務に役立つものを厳選してご紹介します。

1.  YouTube to NotebookLM（最も多機能・一括処理向け）
研究テーマに関する「プレイリスト」や「チャンネル」を丸ごと、あるいは検索結果から複数を一括でNotebookLMに送りたい場合に最適です。
【特徴】:  YouTubeの動画再生ページだけでなく、検索結果一覧やプレイリストページから直接NotebookLMに動画をインポートできます。「1クリックで特定のノートブックへ追加」や「新規ノートブックの作成」がブラウザ上で完結します。
【教育・研究でのメリット】: 特定のトピックに関する講義動画や解説動画を数十本単位で一気に追加できるため、手動でURLをコピー＆ペーストする時間を大幅に削減できます。

2.  NotebookLM Web Importer（Web記事と動画を併用する場合）動画だけでなく、論文やニュース記事などのWebページも頻繁にソースとして追加する研究者・学生に最も向いています。
【特徴】:  YouTube動画はもちろん、閲覧中のWebサイトを1クリックでNotebookLMに取り込めます。ブラウザのタブを複数開いている場合、それらをまとめてソースとしてインポートする機能もあります。
【教育・研究でのメリット】: 文献調査（テキスト）とYouTubeの解説（動画）を並行して集める際、ツールを切り替えずに一つの拡張機能で管理できるため、ワークフローが非常にスムーズになります。

3.  NotebookLM YouTube Companion（日本発・直感的な選択）「検索結果の中から、これとこれだけをNotebookLMに入れたい」と、視覚的に選びたい場合に便利です。
【特徴】:  YouTubeのサムネイル上にチェックボックスが表示され、追加したい動画だけをポチポチと選んで一括コピー・追加ができます。ホーム画面、検索結果、履歴など、どこでも動作します。
【教育・研究でのメリット】: 検索結果にはノイズ（関係ない動画）も混じりますが、それらを排除して「本当に必要なリソース」だけを選別して取り込むのに長けています。

【注意点とヒント】
公式の更新に注意: NotebookLMは頻繁にアップデートされるため、拡張機能の最終更新日が新しいもの（あるいはユーザー評価が安定しているもの）を選ぶのが無難です。
プライバシー: 多くの拡張機能はノートブックのリストを読み取る権限を求めます。研究内容などの機密性が極めて高い場合は、開発元の信頼性（ユーザー数やレビュー）を必ず確認してください。まずは、最も評価が高く多機能な YouTube to NotebookLM を試してみるのが、効率化への一番の近道だと思います。

最初に紹介した機能拡張”YouTube to NotebookLM”の使い方やプロンプト例を紹介している動画を参考に貼り付けておきます。動画の最後のほうは会社の宣伝がはいっていますが、大変わかりやすく紹介されているのでとても参考になります。

【超便利】Google最強AI「NotebookLM」×「YouTube」の拡張機能が神！徹底解説していきます！
https://youtu.be/ZjUJ-35acaU

素晴らしいツールを紹介します。こちらのYouTube動画をご覧ください。
『AlphaFold Protein Structure Database Clustersを使ってタンパク質構造が類似するクラスターを検索する』
https://youtu.be/XYI3QRoSisM

この動画は、AlphaFold Protein Structure Database（AFDB）を基盤とした構造ベースのクラスタリングツール「AFDB Clusters」の基本的な使い方と実践的な検索手法を、非専門家にも分かりやすく解説したチュートリアルです。

タンパク質の三次元構造を一次元の3Diアルファベット（アミノ酸の種類と同じ20種類です）に置き換えるという画期的アイデアを利用して、立体構造の比較をものすごく高速で実行することができるようになりました。また3Diアルファベットはアミノ酸の種類と同じ20種類なので今まで利用されてきた配列比較アルゴリズムがそっくりそのまま利用できるようになっているのがブレイクスルーです。こうして超高速で立体構造比較が可能になり、それを実装したのがAlphaFold Protein Structure Database Clustersです。
https://cluster.foldseek.com/
上の動画は、このサイトの利用法を紹介している日本語チュートリアルです。

オープンアクセスで誰でもダウンロードしてよめる原論文はこちらです。
Barrio-Hernandez, I., Yeo, J., Jänes, J. et al. Clustering predicted structures at the scale of the known protein universe. Nature 622, 637–645 (2023). https://doi.org/10.1038/s41586-023-06510-w

まず上のチュートリアルを試してみて、そのあとで論文を読むとよくわかると思います。これは画期的なツールです！