日替わりリンクなど

お知らせ:この「日替わりリンクなど」のページですが、ページのサイズが大きいため携帯で読み込むのに時間がかかります。本日から、前月分のみ残してそれ以前は、月別の子ページにうつすことにしました。3月分、2月分、1月分を見たいときは、それぞれ次のリンクをクリックしてください。2022/012022/022022/032022/04をプルダウンメニューから選んでも見られます。
2022/6/25
以前、佐々木閑(しずか)先生の仏教講座を紹介したことがあります。自然科学系出身 (京都大学工学部工業化学科と同文学部哲学科仏教学専攻を卒業されています)の花園大学の先生ですので、私達自然科学を学ぶものに理解しやすいバックグラウンドで仏教の話をされます。YouTubeチャネルに一連の公開講義がいっぱい公開されているので興味のあるものから見ると面白いと思います。https://www.youtube.com/channel/UChq_H8QwhyHlL_JR83vgpGw/videos
今日紹介する動画は化学同人から出版されている『仏教は宇宙をどう見たか』という本の出版記念トークです。

倶舎論(「くしゃろん」と読むそうです)という仏教の教義の体系がどんなものか、自然科学とどんな関係にあるのかなど興味深い話が聴けると思います。https://youtu.be/ygj7853dtXw

2022/6/24
2017年9月6日、それはVegaの方角から飛来して、地球の太陽公転面をよこぎり9月9日には近日点を通過、9月29日に金星の公転軌道をよこぎり10月7日には地球の軌道を横切って高速で太陽系からはなれてペガサス座の方向へと去っていきました。人類がこの天体に気付いたのは10月19日でした。この天体こそ、以前の記事で紹介した太陽系外から飛来した物体Oumuamuaです。これが地球人以外の知性体によってつくられた人工物であるという説を詳しく紹介した本が出版されました。ハーバード大学の有名な天文学者 Avi Loeb教授の本 ExtraterrestrialーThe First Sign of Intelligent Life Beyond Earthという本です。翻訳が早川書房から「ウムアムアは地球人を見たか?──異星文明との遭遇」という題で出版されています。
https://www.hayakawa-online.co.jp/shopdetail/000000015095/
Amazonの試し読みでも本の最初のほうは読めますので、読んでみると面白いと思います。これは人工物ではないという説を唱えるほうが暮らしやすい世の中ですが、そういうバイアスをもった態度は、結局昔、ガリレオを宗教裁判にかけ、ブルーノを火あぶりにした性質がまだ人類から消えていないことを意味するのかもしれません。
2022/6/23
国立国会図書館デジタルコレクションで、Albert Szent-Györgyi博士のIntroduction to a Submolecular Biologyの訳本(廣川書店発行)を探し当てた話を前に書きました。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2428890
探しているとき偶然、化学英語の本をみつけたので紹介します。有名な有機化学の教科書の著者、Fieser夫妻(Harvard大学教授とResearch fellow)の著書 STYLE GUIDE for Chemistsの翻訳本です。「化学英語の13章 : 書きかた話しかたの手引き」というタイトルで翻訳されていました。ちょっと読んでみたのですが、私が昔疑問に思っていたことなどが選んで書いてあるように思える、とても良い本でした。135ページの短い本ですので皆さんも是非読んでみてください。きっと得るところがあると思います。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2429348
2022/6/22
英語のjoke:科学界で有名なものを一つ紹介します。
こんなjokeです。
In relation to the problem of the connection between mind and matter, I may perhaps tell a small joke about an English philosopher, who had fond and excellent solution to this question: “What is mind – it does not matter, What is matter – never mind“. Unfortunately, it is untranslatable.
1979年に京都の宝ヶ池国際会議場で開催された第三回国際量子化学会議のLöwdin先生による開催挨拶からの引用です。
Opening address at the third international congress of quantum chemistry by Per-Olov Löwdin, President of the International Academy of Quantum Molecular Science. from Horisons of Quantum Chemsitry, xv-xviii, K. Fukui and B. Pullman (eds), copyright 1980 by D. Reidel Publishing Company 詳しくはホームの記事をご覧ください。
2022/6/21
今日は少し忙しいので、国立国会図書館デジタルコレクションの個人送信資料の面白そうな本のリンクを紹介するだけにしておきます。私が中学生や高校生のときに持っていた本の中には、「日本の詩歌(中央公論社)」シリーズの本、数冊がありました。石川啄木https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1356615とか宮澤賢治https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1356622とかをもっていて繰り返して読んだものでした。その他の日本の詩歌シリーズの本も全部読めるようです。日本文学全集(河出書房新社)全巻とか、日本現代文学全集とかもありますので、読み物に不自由はしないですね。全集という検索キーワードで検索して、左側の絞り込みで、図書を選び、NDC分類で文学を選ぶと文学全集がヒットします。哲学にするとアリストテレス全集全巻とかプラトン全集とかも読めます。ニーチェ全集とかもありましたので、検索してみてください。アリストテレス全集には動物発生論とかもあって、生物学の歴史に興味のある人にはおすすめです。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2971850
世界大思想全集というのもあって、これにはルクレチウスの宇宙論が含まれています。物理学者の岩田義一先生の名訳です。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934639パスカル全集もよめて第一巻は科学論文が訳されています。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3034935真空論とか確率論とか計算機の論文などもありますので面白いです。高校生の時図書館で借りて夢中で読んでいたのを思い出します。高校生の時といえば、化学の先生が授業でゲーテの色彩論の話をしておられました。一度読んでみたいと思っていましたが、個人送信資料の中にはゲーテ全集もあって、中に物理学者の石原純先生の訳されたゲーテの色彩論がありました。自然科学論集という巻の中にあります。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1132610/3?tocOpened=1
マニアックなところでは、柴谷篤弘さんの書かれた「理論生物学 : 動的平衡論」 https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1378824という本もみつけました。柴谷先生は九大生物学教室の私のボスだった山名清隆先生と日本に分子発生学を興そうとRNAの研究を日本で始められた開拓者の一人です。九大の山名研究室にもこられたのでお目にかかったことがあります。動的平衡論というのも書いておられたんですね。
2022/6/20
ホームにAlphafold2に勝るとも劣らないタンパク質立体構造予測AIが開発されたというニュースを報告していますのでご覧ください。またAlphafold2の開発者による開発秘話の日本語訳がこちらにあります。https://www.technologyreview.jp/s/272116/this-is-the-reason-demis-hassabis-started-deepmind/
日本語訳は無料では途中までしか読めませんが、英語版の全文は日本語版のページ上部にリンクが張ってあるこちらから読めます。https://www.technologyreview.com/2022/02/23/1045016/ai-deepmind-demis-hassabis-alphafold/
Demis Hassabis CEOの講演は以前も紹介したのですが以下でみられます。

Twitterをみていたら、Alphafoldにまさるとも劣らない新プログラム、その名もOmegafoldというのが開発されたようです。
https://twitter.com/peng_illinois
まだ論文発表はないそうですが、MSA (multiple sequence alignment)を用いずsingle sequenceの入力のみで、普通サイズのタンパク質なら数秒で立体構造予測できるそうです。また一段と生命科学が進歩しそうです。

2022/6/19
毎日 国立国会図書館の本の紹介を続けています。今日はこのブログで何度かふれている岡潔関係の本と偽書として有名な東日流三郡誌(つがるそとさんぐんし)も読めますよという話をしておきます。ホームにはもう少し詳しく書いていますのでそちらもご覧ください。以下のような岡潔の本が簡単にみつかります。「昭和への遺書」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934708
「春の雲」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934437
「月影」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934709
また古本では5000円以上の値がついている胡蘭成の書いた「建国新書」という本も探すとでてきます。これは岡潔が推薦していた本ですが、無料で読むことができます。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3446248
この本についての岡潔が書いた書評や、手紙などはこちらの本で読めるようです。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3451695
また、国語の教科書などに掲載されていて有名な春宵十話も、単行本のなかの10話の部分のみなら読むことができます。こちらなどにありますのでご覧ください。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2966234/65また面白いところでは、「東日流外三郡誌」で検索すると偽書として有名なこの本のいろんな版を読むことができます。https://dl.ndl.go.jp/search/searchResult?featureCode=all&searchWord=%E6%9D%B1%E6%97%A5%E6%B5%81%E5%A4%96%E4%B8%89%E9%83%A1%E8%AA%8C&fulltext=1&viewRestricted=0&viewRestricted=2
2022/6/18
今日は国立国会図書館の個人送信サービスで読める発生生物学関係の本を紹介します。私の大学院の指導教官だった岡田節人先生と奥様の岡田瑛さんが訳されたWaddingtonの本Principles of Development and Differentiationの訳「発生と分化の原理」が読めます。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2429808/75?tocOpened=1
以前このブログで紹介したepigenetic landscapeの解説ものっています。また岡田夫妻が訳された「発生そのメカニズム」というEbertさんが書いた本も読めるようになっています。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1382429
これは古いですが、とてもわかりやすい通読可能な発生生物学の教科書でした。Ebertさんについては前にこのブログでも書きました。あと、オーガナイザーの研究でノーベル賞を授賞したシュペーマンの伝記も読むことができますので紹介しておきます。「発生生理学への道」という絶版本です。シュペーマンの学生で弟子、そして共同研究者であるオットー・マンゴルド(オーガナイザーを発見したヒルデ・マンゴルドは、この本を書いたマンゴルドの奥さんです)の書いたシュペーマンの科学的伝記です。シュペーマンの仕事を発展させた福岡大学の景浦宏先生が大学院生時代、熟読していた本です。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1374616
2022/6/17
このブログで何回か、Albert Szent-Györgyi博士のことをとりあげました。昨日の記事にのせた中央公論社の世界の名著66 現代の科学Ⅱには博士の短い講演が掲載されています。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2988842
今日はセントジェルジ博士の著書を何冊か、国立国会図書館の個人送信サービスの本から紹介します。詳しくはホームにゆずることにして、ここではリンクだけあげておきます。博士のベトナム戦争反対は有名な話です。このあたりを博士が書かれた本、「科学・倫理・政治」もオンラインで読めるようになっています。巻末には博士の簡単な自叙伝もついていますのでとても参考になると思います。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1381746
最初によむ本としてはこれがおすすめです。
また、博士の量子生物学についての初期の著書 Introduction to a Submolecular Biology の翻訳もオンラインで読めますので興味のある方はご覧ください。廣川書店から「分子生物学入門―電子レベルからみた生物学」というタイトルで出版された本です。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2428890 この本はセントジェルジで検索してもヒットしませんでした。私が今も持っている本ですので、出版元の廣川書店をキーワードにして検索して探しだすことに成功しました。国立国会図書館でセントジェルジで個人送信資料を検索すると、他にも「生命の本質」(Nature of Lifeという題の筋収縮の本です。中にはタンパク質が半導体として機能しているのではないかという仮説も述べられています)https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1371660やBioenergeticsの翻訳書https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1377188がヒットします。「生命の本質」の中には、アクトミオシン線維がATP を加えた後、収縮している写真がのっています。
2022/6/16
連日紹介している国立国会図書館の個人送信資料ですが、私の持っている本もいっぱい公開されていて面白いです。今日は面白そうな本のリンクをいくつか紹介しますので登録して是非お読みください。
世界の名著 現代科学Ⅱ https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2988842
これにはポアンカレの「科学と仮説」やワトソンとクリックのDNAの二重らせん構造の発見のNature論文、ノイマンの「人工頭脳と自己増殖」の論文、マッカローの「なぜ心は頭にあるか」という論文、そしてセントジェルジの「医学の将来」という論文などがのっています。
世界の名著シリーズにはメンデルの雑種植物の研究が載っている 現代科学Ⅰhttps://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2990581や、ニュートンのプリンキピアの全訳が載っている、「ニュートン」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2982556。そしてガリレオの巻https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934598やギリシャの科学https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2935182の巻など面白い本がいっぱいあるので、ご覧ください。あと変わったところでは、ノーベル化学賞を日本人としてはじめて授賞された福井謙一先生の量子化学という本が公開されています。著者名で検索してもヒットしませんのでこちらのリンクからご覧ください。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2463524
最後に原子爆弾を製造するようにアインシュタインをたきつけて大統領に手紙を書かせた人物 レオ・シラードの本を紹介しておきます。「イルカ放送」というタイトルの短編集で、連鎖反応が爆弾製造につながるのを初めて思いついた彼の本は、政治と科学を考える上で是非読んでおくべき本だと思います。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1697577
2022/6/15
朝ドラの「カムカムエヴリバディ」を途中から最終回まで全部みました。ラジオ英会話を軸に話が進む朝ドラで、戦後最初の英会話番組の平川先生のカムカム英語がまず登場します。平川先生の後は松本亨先生が引き継がれました。この松本亨先生はなぜか、今回の朝ドラに出てこなかったのです。不思議に思いました。これは昨日紹介した松本亨先生の著書「続・英語と私」を読むとなんとなく理由がわかるような気がします。この疑問についてホームで書きましたのでご覧ください。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2489884
2022/6/14
ホームのほうに昨日の記事の続きを書きましたのでご覧ください。
https://glycostationx.org/2022/06/14/3893/
2022/6/13
国立国会図書館デジタルコレクションを使ってみましょう!
https://dl.ndl.go.jp/
上の画像がトップページですが、ページの上のほうに図書館・個人送信資料という項目があります。これにだけチェックをいれて検索すると、個人向けデジタル化資料送信サービスでオンラインで読める本が簡単に探せます。たとえば「世界の名著 中央公論」といれると、中央公論社で発行された世界の名著シリーズがズラーッと表示されます。ニュートンの「プリンキピア」の全訳とか、デカルトの「方法叙説」とか、リーマンの「幾何学の基礎をなす仮説について」とか、メンデルの「雑種植物の研究」など、数えきれないほどの名著をこのシリーズで読むことができます。
この使い方ですが、登録が必須です。
まず国立国会図書館に登録しましょう。登録の仕方はこちらをご覧ください。
https://www.ndl.go.jp/jp/use/digital_transmission/individuals_index.html
最低5開館日で本登録ができるはずです。今は申し込みが殺到しているそうで、相当の時間がかかと書かれていますので急いで登録しましょう。登録には本人確認ができる資料の画像のアップロード(学生証や、運転免許証の表裏両面とかマイナンバーカードの表面の画像などいろいろなものから選べます)が必須です。よく申込みのページを読んで、本人確認資料の画像ファイルを用意してから申込み手続きを始めてください。私は5月31日に申し込んで本日、本登録完了のお知らせメールをうけとりました。
【国立国会図書館】本登録完了のお知らせ というメールです。詳しい使い方は明日書きますのでご覧ください。
2022/6/12
コーパスや映画を活用した英語の勉強法について書かれている岩波新書の英語独習法 (今井むつみ 著)を読みました。今井先生のホームページには、この本のもとになったNHKのやさしいビジネス英語での先生の連載が公開されており、zipファイルでもダウンロードできますので読んでみてください。(NHK ラジオビジネス英語 連載(12回)2018年4月-2019年3月. 大人の英語の学び方 PDFというのが先生のホームページのこちらにあります。zipファイルです。)
はじめはこの連載で十分かと思っていましたが、この本は買う価値があると思います。是非購入して読んでみてください。詳しくはホームをご覧ください。
2022/6/11
国立国会図書館のリサーチナビというサイトの紹介です。
国立国会図書館にはリサーチナビというサイトがあります。https://rnavi.ndl.go.jp/rnavi/research-navi.php 詳しくはホームをご覧ください。このトップページにも調べ方の技術が詳細に紹介されています。
さらに調べ方ガイドというページもあって、https://rnavi.ndl.go.jp/research_guide/
考えられるほとんどの分野について、それぞれの調べ方が紹介されています。新型コロナウイルス関連情報もありますので、このあたりから使い始めるとよいでしょう。
分野別の検索法紹介ページもあります。https://rnavi.ndl.go.jp/research_guide/archives.php
ネット検索の技術向上にも役立つサイトですので、ときどき見て検索技術を向上させるとよいでしょう。
2022/6/10
海外留学は視野を拡げ新しい人的ネットワークをつくることができるのでお勧めです。留学先の先生から、またあんな人がいたら是非紹介してくださいといわれるのは推薦状を書いたものとしては、大変うれしいことです。留学先のボスからHe is a gem.と評価された人もいます。新型コロナも落ち着いてきたのでこれから海外留学を考えている人も多いと思います。そんな人のために、海外留学の支援制度のデータベースができているので、どんな支援制度があるか一度みて留学を検討してみてはいかがでしょうか。
一般社団法人 海外日本人研究者ネットワーク
United Japanese researchers Around the worldが提供してくださっているデータベースです。
https://www.uja-info.org/funding-search
このデータベース、Firefoxではうまく表示されなかったので、ChromeやBraveでみるとちゃんと表示されました。プルダウンメニューから留学目的や分野、給付どうかなどを選ぶと、条件にピッタリの留学支援制度が表示されます。是非いちど試してみてください。
このデータベースのあるサイトのトップページも留学関連情報が満載で是非ご覧ください。https://www.uja-info.org/
2022/6/9
5月21日の記事でMathematicaの入門動画と機械学習の無料本を紹介しました。入門動画は3回目がアップロードされたようです。今回はListの扱い方です。
https://youtu.be/yxmJzooCpuM

Mathematicaに限らず、リストは行列や表形式のデータなどをプログラミング言語で扱う時に必須のアイテムです。リストをマスターすれば、プログラミングはずいぶん楽になりますし、Mathematicaのリストは扱いやすいのでこれさえマスターすれば、学習や研究に役立つ極めて強力なツールを手に入れることになります。是非リストをマスターしてください。
またMathematicaのウエビナーが開催されるそうですので、お知らせしておきます。簡単な登録で無料で参加できますので利用して学ぶとよいと思います。リンクと内容をあげておきます。
https://www.bigmarker.com/series/mathematica-2022-JP/series_details
6月21日(火)11:00–12:00

初めてMathematicaを使う方へ
Wolfram Cloudのアカウントの作成方法,クラウド上でもすぐに試せる面白い例題

6月22日(水)11:00–12:00
Mathematica 基礎編
数式・数値処理の基礎から,グラフ描画,簡単なアニメーション作成

6月28日(火)11:00–12:00
Mathematica 応用編
常・偏微分方程式の求解から,データ解析,簡単な機械学習

6月29日(水)11:00–12:00
Wolfram 言語による機械学習
すぐに実行可能な教師あり・なし機械学習,ニューラルネットワークのカスタマイズ,訓練法など

2022/6/8
新型コロナウイルスSARS-COV-2のスパイクタンパク質が糖鎖と結合するという話をホームに書きました。ワクチンの副作用のメカニズムについての手がかりになるかもしれませんので、ご覧ください。下はオープンアクセスの解説(総説)からとったmRNAワクチンの作用メカニズムの解説図です。総説はこちらから読めます。mRNAワクチンについての概観を得るのに最適の解説だと思います。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8071766/
An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is ijbsv17p1446g002.jpg
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/core/lw/2.0/html/tileshop_pmc/tileshop_pmc_inline.html?title=Click%20on%20image%20to%20zoom&p=PMC3&id=8071766_ijbsv17p1446g002.jpg
上が図へのリンクです。さて、このワクチンに含まれているmRNAの配列は公表されていますが、ワクチンそのものからmRNAを回収して配列決定した方もいます。その配列はたしかにSタンパク質のmRNAのものであり、間違いなくSタンパク質を体内で作ると期待されます。
https://github.com/NAalytics/Assemblies-of-putative-SARS-CoV2-spike-encoding-mRNA-sequences-for-vaccines-BNT-162b2-and-mRNA-1273/blob/main/Figure1Figure2_032321.fastaこのSタンパク質、実は糖鎖と結合するのですが、この事実はあまり知られていません。Sタンパク質はタンパク質なので、特定の配列のアミノ酸がつらなって配列している分子です。Sタンパク質の中にある、アルギニンなどプラスの電荷をおびているアミノ酸がつらなって並んでいる配列の部分が、細胞表面の糖鎖の一種であるグリコサミノグリカン(グリコサミノグリカンglycosaminoglycan: GAGと略されます)と強固に結合します。グリコサミノグリカンというのはマイナスに電荷を帯びている糖鎖で多くの場合、タンパク質と結合してプロテオグリカンとよばれる糖タンパク質として存在しています。Sタンパク質のアミノ酸配列中にはプラス電荷の多いアミノ酸からなる部分が最低3つあり、これがマイナスの電荷をおびているグリコサミノグリカン(ヘパリンやヘパラン硫酸、コンドロイチン硫酸、ヒアルロン酸などの糖鎖部分をいいます)と結合するのです。日本やスエーデン、米国など世界各国でSタンパク質がグリコサミノグリカン、特にヘパリンと強固に結合することが論文発表されています。一例としてEsko先生のグループの論文を紹介しておきますので興味のある方はご覧ください。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32970989/
このリンクから論文がダウンロードできます。
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31230-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420312307%3Fshowall%3Dtrue
その他のレセプターについては以下をご覧ください。https://www.nature.com/articles/s41392-021-00653-w新型コロナウイルスは血管の内皮細胞(血管をつくっている上皮細胞を内皮細胞とよびます)を攻撃することが知られています。そして内皮細胞はびっしりと糖衣(とうい=グライコケイリックス)でおおわれており、糖衣の成分としてヘパラン硫酸などおプロテオグリカンが存在するのでこれとACE2 の複合体にウイルスがくっつくわけです。
一つ面白い論文を紹介します。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7347485/
この論文によるとSARS-COV-2のSタンパク質は以前流行したSARSやMERSウイルスよりもはるかに強くヘパリンと結合するそうです。肺にはヘパラン硫酸やコンドロイチン硫酸が豊富に存在し、ウイルスがこれらと結合する可能性は高いそうです。さらに肺には多量のmast cellが存在しており、この細胞は上で述べたように大量のヘパリンをふくんでいます。ヘパリンはヘパラン硫酸やコンドロイチン硫酸よりも強くS タンパクに結合することもわかっています。要するに新型コロナウイルスのSタンパク質の単量体や三量体は、従来のコロナウイルスよりはるかに強くヘパリンやその他のグリコサミノグリカンに結合するのです。また興味深いことに肺ではSARS-COV-2のレセプターであるACE2タンパク質の発現は極めて少ないとされています。肺での感染には肺の細胞表面に存在しているグリコサミノグリカンが、ACE2よりもさらに大きく感染に関与しているのかもしれません。Sタンパク質がグリコサミノグリカンに結合するための結合領域は、次の配列です。The SGP contains three putative GAG-binding motifs with the following sequences: 453–459 (YRLFRKS), 681–686 (PRRARS), and 810–816 (SKPSKRS), which we define as sites 1, 2, and 3, respectively.
これは以下の論文(下のリンクから無料ダウンロード可能です)からの引用です。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7347485/2022/6/7
教育系YouTuberで有名なYobinoriというのをご存知ですか。
予備校のノリで学ぶ「大学の数学・物理」というサイトです。
https://yobinori.jp/
大変わかりやすく数学、物理を中心としたトピックスを解説しているサイトです。動画一覧のリンクも紹介しますので興味がある方はご覧になるとよいでしょう。
https://yobinori.jp/video.html
大学レベルと高校レベルの動画が満載です。
おすすめの参考書や書籍の紹介というのもよさそうです。
https://yobinori.jp/review.html
ヨビノリたくみという、twitterもあります。

https://twitter.com/Yobinori
YouTubeのチャンネルはこちらです。

https://www.youtube.com/c/yobinori
最近話題になった私達の銀河中心にあるブラックホールの観測についての必見の動画を紹介しておきます。こんな学術対談もあるのを初めて知りました。

https://youtu.be/pfCIo4a8L5s
2022/6/6
暗いニュースばかりのこの頃でしたが、今日、はやぶさ2の持ち帰った小惑星リュウグウの砂から20種類以上のアミノ酸が検出されたと言う報道をNHKニュースでみました。
新聞はとっていないのでさっそくネットで朝日新聞を確認しました。さわりだけ読める有料記事…。でも無料公開されているさわりの部分によると、グリシンやイソロイシン、バリン、グルタミン酸などもみつかっているようですね。小惑星にアミノ酸がみつかったのははじめてだそうで、画期的な発見です。石質隕石で見つかっている糖もあるのではないかと思います。そして糖鎖もみつかるのではないでしょうか。欲を言えば、Fred Hoyleの唱えていたようなバクテリアなども見つかるといいのですが。近く論文発表されるとかで、とても楽しみです。
リンクははやぶさ2のサンプルの写真ののっているページです。上の写真もこのJAXAのサイトに載っています。
https://www.hayabusa2.jaxa.jp/topics/20201225_samples/index.html

2022/6/5
コロナの流行が蔓延する直前の年末、地上波テレビで石原さとみさん主演のドラマ 「アンナチュラル」の一挙放送があったので録画しました。ドラマ「パズル」で怪演されていた石原さとみさんのドラマなので楽しみに録画しました。その第一回は後で思えばコロナ騒ぎを先取りした内容でした。このドラマで不審死の解明のカギになるのは、遺体や死者のサンプルの保存でした。最終回もそれで犯人が追いつめられるという展開で、どの回も面白いドラマでまだ見ていない方にはおすすめします。このドラマはワクチン接種後の死亡や副反応・副作用について深く考えさせてくれるドラマでもあります。新型コロナのワクチンについてはこのブログでも何度か取り上げました。パブリックコメントにも書きましたのでその一部を転載しておきます。「ワクチン接種を努力義務にする場合、ワクチンで傷害や死亡事象が発生したときの補償体制を構築する必要があります。具体的には、副作用や死亡が発生した場合、遺族や家族、本人や主治医等からの申し入れによって、ワクチン接種との因果関係を後々明らかにするためのサンプルの保存と解析体制が構築されていなくてはなりません。たとえば、本当にワクチン接種の後、Sタンパク質に対する抗体価が上昇していたか。ヘパリン等に対する自己抗体が産生されていなかったか、血栓形成部位にどのような抗体が存在していたか、ワクチンmRNAは接種部位を越えてどのような組織、器官、細胞に存在したかあるいはしなかったか。そしてワクチンの副作用がでる人と出ない人がある(ペニシリンショックなどのように)理由を事後でもしかたないので調べるために、血栓や炎症部位の細胞のRNA-Seqと患者ゲノム配列解析用サンプルの採取、炎症部位、血栓等の形成部位の組織標本の保存などが求められます。このような「因果関係」調査のためのサンプリングなしに被害者が火葬されてしまうという現状では、本当に因果関係のない場合を含めて訴訟が起こる可能性があります。その場合、裁判や賠償が科学的試料に基づいて行われることがないため、大いなる税金の無駄遣いが起こると思われます。」最近の新型コロナウイルスワクチンの副反応についてはこちらをご覧ください。
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_19142.html
その中の資料の一例を下にあげておきます。
https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/000790032.pdf

子宮頸がんワクチンの接種も再開されそうですが、再開にあたっては、副作用がおこったときに因果関係を調べられるような十分な体制を作ることが必須であると思っています。


2022/6/4

ホームのほうでは、不思議な話を紹介していますのでご覧ください。
今日のリンクはComputation Resources for Molecular Biology というJournal of Molecular Biologyという由緒ある雑誌の特集号です。Open accessの記事が多いので興味のある記事を読むとよいと思います。コンピュータでの実験結果のバイオインフォマティクス解析をやりたい人には大いに参考になる特集号だと思います。
https://www.sciencedirect.com/journal/journal-of-molecular-biology/vol/434/issue/11

2022/6/6
暗いニュースばかりのこの頃でしたが、今日、はやぶさ2の持ち帰った小惑星リュウグウの砂から20種類以上のアミノ酸が検出されたと言う報道をNHKニュースでみました。
新聞はとっていないのでさっそくネットで朝日新聞を確認しました。さわりだけ読める有料記事…。でも無料公開されているさわりの部分によると、グリシンやイソロイシン、バリン、グルタミン酸などもみつかっているようですね。小惑星にアミノ酸がみつかったのははじめてだそうで、画期的な発見です。石質隕石で見つかっている糖もあるのではないかと思います。そして糖鎖もみつかるのではないでしょうか。欲を言えば、Fred Hoyleの唱えていたようなバクテリアなども見つかるといいのですが。近く論文発表されるとかで、とても楽しみです。
リンクははやぶさ2のサンプルの写真ののっているページです。上の写真もこのJAXAのサイトに載っています。
https://www.hayabusa2.jaxa.jp/topics/20201225_samples/index.html
2022/6/3
昨日は糖鎖生物学へのバイオインフォマティクスの応用Glycobioinformaticsについて書かれた、創価大学の細田 正恵 先生と木下 聖子 先生が書かれた日本語の総説を紹介しました。日本の研究については先生がたの総説を手掛かりに、GlyCosmos Portal https://glycosmos.org/ などからいろいろたどっていくことができますので、後日紹介します。今日はこの季節、例年恒例行事となっている、NIH videocastのGlycobiology関係のシンポジュウムの紹介です。今年の4月26日から2日にわたって行われた講演会で、NCBI, EMBL-EBI, UniProt, PDB, CAZy, Gene Ontology などのデータベースを使っているが、糖鎖生物学が専門でない人向けに行われたGlycobioinformaticsについてのおすすめの講演会です。是非ご覧ください。どちらのビデオも+Moreと書かれている部分をクリックするとダウンロードリンクが出てきますのでダウンロード可能です。超高画質でダウンロードできますので、ダウンロードしてゆっくりご覧になるのをお勧めします。Caption textもダウンロードできますので、字幕付きでダウンロードした動画をみることもできます。
Glyco-Informatics at the Interface of Disease and Data – Day 1
https://videocast.nih.gov/watch=45185

詳しいプログラムこちらにあります。
https://mregs.nih.gov/nigms/a5lb-d131
Glyco-Informatics at the Interface of Disease and Data (Day 2)
https://videocast.nih.gov/watch=45187
2022/6/2
糖鎖生物学の有用なリンクを紹介します。「糖鎖関連インフォマティクスへの入り口」という題の総説が、JSBi Bioinformatics Reviewというオープンアクセスの総説誌にでていて誰でも読めます。糖鎖配列をデータベースで扱う時の表記法なども詳しく解説されていますので、糖鎖に関心のある方には必須の知識が学べる良い総説です。是非読んでみてください。https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/2/1/2_jsbibr.2021.10/_html/-char/ja
この総説誌は 特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 https://www.jsbi.org/が発行しているもので、糖鎖に限らずバイオインフォマティクス一般の興味深い総説が掲載されているのでおすすめです。
2022/6/1
今日は新型コロナウイルスについての動画をホームで紹介しています。
今日は新型コロナウイルスの動画を紹介します。

https://videocast.nih.gov/Summary.asp?file=32427

NIH Videocastの動画でYouTube版はまだ公開されていません。ウイルス研究で有名な河岡 義裕 先生(東大特任教授でウイスコンシン大学Madison校教授)が新型コロナウイルスの動物モデルについて講演された動画です。ccボタンを押すと字幕が表示されますし、字幕をダウンロードできますので、是非ご覧ください。
以下のリンクにある新型コロナウイルスについての講演シリーズの最新版で、5月26日現地時間の講演の動画です。https://www.niaid.nih.gov/research/covid-19-sig-lecture-series
2022/5/31
宮澤賢治の詩集「春と修羅」(大正13年1924年1月20日発行)には印象深い詩がいろいろのっています。最初のページ(序)はこんな風にはじまります。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/979415/3わたくしといふ現象は
假定された有機交流電燈の
ひとつの青い照明です
(あらゆる透明な幽霊の複合体)
風景やみんなといっしょに
せはしくせはしく明滅しながら
いかにもたしかにともりつづける
因果交流電燈の
ひとつの青い照明です
(ひかりはたもち、その電燈は失はれ)これらは二十二箇月の
過去とかんずる方角から
紙と鑛質インクをつらね
(すべてわたくしと明滅し
 みんなが同時に感ずるもの)
ここまでたもちつゞけられた
かげとひかりのひとくさりづつ
そのとほりの心象スケッチですhttps://web.archive.org/web/20160325205750/http://why.kenji.ne.jp/haruto_f.html賢治の有機交流電燈というのは現代科学で解釈するとどうなるかという記事をホームに書きました。詳しくはホームの記事をご覧ください。下の詩も私の好きな詩です。ここより画像を引用しております。
関連する論文のリンクを三つあげておきます。
https://europepmc.org/article/pmc/5836834
https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.3109/07853890.2010.538078?needAccess=true
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0030120
2022/5/30
原子論と般若心経というタイトルでホームに記事を書きました。以下にはリンクのみをあげておきます。ファインマン物理学オンライン版https://www.feynmanlectures.caltech.edu/ファインマン物理学最新版がオンラインで無料で全部読めます。以下は原子論の部分です。
https://www.feynmanlectures.caltech.edu/I_01.html#Ch1-S1原子論といえばルクレチウスやデモクリトスを思い起こしますが、古代インドの古い文献にも原子論のことが書かれているそうです。 以下の日本語の論文をみつけました。
「インドの自然観 ヴァイシェーシカ学派の自然観-インド多元実在論哲学の自然観」
というタイトルの、野沢正信という先生の論文です。今西順吉編著『インド的自然観の研究』(国際仏教学大学大学院、1999年)所収の論文をほぼ採録したものである。とのことです。https://user.numazu-ct.ac.jp/~nozawa/c/contents.htm
WikipediaのVaisheshikaの項目の英語版https://en.wikipedia.org/wiki/Vaisheshika には、この経典の英語版などへのリンクがありますので興味がある方はご覧ください。化学者槌田龍太郎の意見」(化学同人 発行)の「般若心経」という章に書かれている大阪大学教授をつとめておられた槌田龍太郎先生の般若心経と原子論についての論説はとても説得力があると感じています。 
2022/5/29
ムービー・動画の形式変換、音声抽出、DVDからの動画・音声抽出などができるおすすめソフトをホームの記事で紹介していますビデオのファイル形式の変換、ファイルサイズの減少に役立つフリーソフトXmediaRecordです。Windowsで動くソフトです。mp4、wmv、mov、avi、vobなどなどを相互に変換できます。
https://www.xmedia-recode.de/en/index.php
のdownloadタブからダウンロードして使ってください。プロテクトのかかっていないDVDをmp4やmp3、vobやwavファイルにも変換できます。
実験で撮影したムービーの型式変更などにも必須のソフトです。メニューの日本語化もできます。オプションメニューの設定から言語を選んで、日本語を選ぶだけです。
2022/5/28
以前、iPhoneのブラウザをBraveにかえてtwitterをみると、とても快適だと言う記事を書きました。TwitterはJavaScriptを頻繁に変更して、twitterアプリを導入させようと変質狂的に改悪を続けているようにみうけられます。今まで快適にログインなしでみられていたブラウザが突然twitter社からのメッセージが必ずはさまれるようになってスムーズに見られなくなるという経験を何度もしています。そこで対抗策を探したので報告します。PCのFirefoxでのtwitterの見方を書きます。
例として九州大学の公式twitterアカウントをみてみましょう。アドレスを入力してtwitterを閲覧しはじめると以下の画面になります。

下の方へスクロールしていって、「おすすめトピック」をすぎると、
以下の画面がでてこれを消すことができません。
再読み込みをしてもまた同じことでどうしようもないのですが、実はこの画面の 「登録する」をクリックすると画面が替わって閉じるボタンxが左上に表示された画面になるので閉じれば、下の方を続いて閲覧できます。
PC版のBraveの場合は、おすすめトピックをすぎると下の画面になり、
閉じるボタンがはじめからあるので(iPad版Braveにはないので、Firefoxと同じ対処が必要。iPad版のSafariでは閉じるボタンがありました)この画面を閉じれば閲覧を継続できます。さて古いiPhoneですが、まず新しいuserをみようとすると、必ず毎回毎回、「Twitterアプリをおすすめします」というメッセージがでて、「今はしない」を押さなくてはならないように仕様が変更されてしまいました。そして「おすすめトピック」をすぎると、必ず「‥‥さんのツイートをさらに表示」というアプリの使用を促す画面がでて、閉じるとまたトップ画面にもどってしまいます。今度は「おすすめトピック」以降のツイートもみられますが‥‥。毎回二度手間が必要になったので閲覧がストレスフルになりました。その対策ですが‥‥。対策はtwitter.comではなくて、nitterを使うことです。
nitterはtwitterのフロントエンドで、JavaScriptを使わないので、twitterが収集している個人情報(IPアドレスとかブラウザのフィンガープリンティングとか)をtwitterに渡すことなく閲覧が可能です。詳しくはこちらをみてください。
https://gigazine.net/news/20200309-nitter/
https://github.com/zedeus/nitter
この後者のほうのサイトに掲載されているインスタンスを使えば、twitterを閲覧することができます。上のtwitterの煩わしい仕様はすべて消え去ります。nitterの公式サイト、nitter.netを使うのでよいと思います。つながりにくい時は、このサイトにあるinstancesのどれかを使ってみてください。https://github.com/zedeus/nitter/wiki/Instances#official閲覧方法は以下のとおりです。
https://twitter.com/KyushuUniv_JPをnitterで見たいときは、twitter.comの部分を上のリストのインスタンスの一つに変えるだけでよいのです。たとえばnitter.netに変えるだけです。
https://nitter.net/KyushuUniv_JP
nitterはダークモードでサイトを表示するので背景が黒いのがいやなら、
https://nitter.net/KyushuUniv_JP?theme=Twitterのようにurlの後に?theme=Twitterを付ければOKです。ブックマークに?theme=Twitterを付けたものを登録しておけばもとのtwitterと同じようにあかるい背景で閲覧できます。
2022/5/27
以前iPadのスクリーンショットをpdfに変換する方法について書きました。記事の一部を貼り付けておきます。
図書館でiPadについての新刊を借りてきました。iPadクリエイティブという本です。紙の本と電子ブック両方があります。これはおすすめです。たとえばiPadで読んでいる電子ブックの必要ページをpdfにする方法とか、アップルペンシルの賢い使い方などいろんなtipsが満載で、買って損がない本です。著者のamity_senseiの本の紹介動画とtipsの動画の一例を、下に貼り付けておきます。

https://youtu.be/WwSTBwVMbO0?list=PLLgF0rfDxaurNw93Ru5q12-CZkVC9EyCR
こちらは、
「みんなが知らない、純正アプリのiPad読書術。【Kindle × Apple Books】」という動画で、Apple BooksやKindleといった電子ブックの紹介、およびpdf化のやりかたの紹介です。
https://youtu.be/fzND33RF7l4

是非チャンネルをご覧ください。ホームの記事では、上の動画とはちょっと違う方法でスクリーンショットからpdfを作る方法を説明していますのでご覧ください。

2022/5/26
ホームにゲノムについてのわかりやすい入門書を2冊紹介しましたのでご覧ください。一冊は一般向けで、もう一冊は、ゲノム解析を本格的に始めたい初心者向けの本です。オンリーワン・ゲノム―今こそ『遺伝と多様性』を知ろう 単行本(ソフトカバー) –
鎌谷 直之 (著), 早未 恵理 (イラスト)という本と
ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー?疾患とゲノムを結びつける 
岡田 随象 (著) 羊土社という本です。この本、Linuxを使うのにCygwinを使っていてちょっと古いのかなと思いましたが、著者が開催されていた、2021年の大阪大学での講習会資料を参考にすれば、最新の本によみがえります。著者の岡田先生は、東京大学大学院医学系研究科遺伝情報学教室に移行されたようですが、以下のサイトに大阪大学で開催された「遺伝統計学夏の学校@大阪大学」の講義資料があります。上の本もこの夏の学校から生まれた本だそうです。本を購入して読みながら、2021年の講義資料を勉強しましょう。それが一番だと思います。http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/school_2021.html
この本は、ゲノム解析に必要な事柄を、いうならば、「ゲノム解析ミニマム」のように網羅して展望しており、GWASとかも詳しく解説されているので初心者に一番のおすすめです。いろんな本をあちこち読んでみるより、これ一冊を基本として読んであとは自分で勉強していくとよいと思いました。
岡田先生の2021年の講習会のスライドでは、Linuxの入門には、今後はWindows10以降使えるようになったWSL2を利用する方向に移行すると書かれています。WSL2については以下のマイクロソフトのページをご覧ください。windows11ではコマンドラインから一発でwsl2とubuntuをインストールできるそうです。wsl –installとうつだけ。
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/install
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/tutorials/gui-apps
2022/5/25
internet archiveで本を借りる方法を簡単に紹介しました。詳しくはホームの記事をご覧ください。
internet archiveは学術研究教育、研究用途の用途でのコレクションの利用が許されているサイトですのでそれ以外の用途の利用は禁止されています。また、コレクションの内容には不快感を与えるものも含まれていますから、各利用者の属する国の法律(著作権や刑法その他法律など)にのっとった利用が必要なことには留意してください。こちらに詳しく書かれています。https://archive.org/about/terms.php貸し出しの方法はホームの記事のとおりです。以下はリンクのみをあげておきます。
https://archive.org/account/signup
https://help.archive.org/help/borrowing-from-the-lending-library/
2022/5/24
4/28の「日替わりリンクなど」で、紹介した画像閲覧・処理ソフトの追加記事ですFastStone Image Viewerというソフト(ホームユーザーは無料使用可能なソフトウエアです)はこちらからダウンロード可能ですので使ってみてください。https://www.faststone.org/FSViewerDetail.htm
日本語はサポートされていないので英語のままで使いましょう。検索すると日本語化パッチというのもあるみたいですが、どんな人が作っているのかよくわからないので、日本語化はおすすめしません。このソフトでどうやってjpeg画像 (tiffとかも可能です)から不要な余白を切り取るかを紹介しておきます。一括でやる方法があるのかもしれませんが、今回は手動でやる方法を試してみたので報告します。
①FastStoneImage viewerで処理したい複数の画像ファイルのあるフォルダを開きます(フォルダを作って処理したいjpeg画像をまとめておくのが便利です)。
②画像viewerで画像を一つ開いて、画像上で右クリック。
EditのプルダウンメニューからCrop Boardを開きます。下の写真のようになります。
Crop Boardをクリックすると下の写真のような画面に替わります。
中央真下にある#マークをクリックすると、マウスでcropしたい範囲を選択できるようになります。マウスで余分な部分を切り取って残しておきたい範囲を選択します(上の写真のグリッド線)。この時、下にあるスライダでjpeg画質を設定できるので100%とかに設定しておきます。右下のCrop to Clipboardボタンの上にあるLossless Crop to Fileボタン(あるいはCrop to Fileボタンになっているかもしれません)でファイル名を指定して保存場所を指定した上でOKを押して保存します。下の写真のような画面で保存先、保存ファイル名、保存ファイル形式を選んで保存ボタンを押します。

保存が終わると、自動的に次の画像が表示されています。cropの範囲は前の時と同じなので、一連のスキャン画像で同じ範囲を切り取るのは簡単です。前と同様にLossless Crop to Fileボタン(またはCrop to Fileボタン)を押してOKを押すと、前に選択した範囲と同じ範囲で、クロップされた画像が保存されます。こうして保存すると次の画像に替わるのでどんどん同じ範囲をクロップしていくことができます。こうして余分な領域を除いた画像ファイル群が簡単に作れますので、お試しください。スキャンした画像から自炊pdfファイルを作ったりするのもwindowsの標準機能で簡単です。Crop Boardで次の画像を選ぶには、矢印キーを押しても可能です。
2022/5/23
「ビーカーくんがゆく! 工場・博物館・実験施設: そのこだわりにはワケがある! 実験器具たちのふるさと探訪」という本はものすごく面白いのでおすすめします。
https://www.seibundo-shinkosha.net/book/kids/67578/
これは大学生や大学院生も読んで面白い本だと思います。もともとは雑誌「子供の科学」に連載されていた記事で、それを大幅に改訂、追加を行い、連載記事よりずっと面白い本になったというようなことが始めのほうに書いてあります。小学生が読めるようにマンガで紹介するスタイルですが、内容は濃いです。最初の方では、リトマス試験紙の製造法やビーカーの製造法、pHメーターの作動原理などがわかりやすく紹介されています。ぐいぐいと引き込まれてスーパーカミオカンデやニュートリノにまで及ぶ実験装置の理解が進むという本です。紙の本とKindle版その他の電子書籍版がでているようです。出版社のサイトでの試し読みや、Kindle版の試し読みができるのでご覧ください。買おうと思うこと請け合いの本です。
2022/5/22
今日の福岡はとてもいい天気でした。日曜日なのでベニス(ベネチア)の風景のライブカメラ映像を楽しみたいと思います。

https://youtu.be/HpZAez2oYsA
このYouTubeチャンネルhttps://www.youtube.com/c/ILoveYouVenice
にはほかにもいろんなライブカメラがあって、
Live Webcam around the World – Cámaras en vivo – Rolling Cam World
では世界各地の今のライブカメラ映像が次々に切り替わって面白いです。https://youtu.be/8KGXSjtS5pk
ページの下には各ライブカメラ単独のリンクアドレスものっていて、たとえば東京とかもみられます。https://youtu.be/QOjmvL3e7Lc
動画の再生はホームでみられます。

2022/5/21
このブログでもたびたび触れているMathematicaの入門動画と、Mathematicaを使って機械学習を学ぶという入門書のリンクを、こちらとホームに載せておきます。簡単な入門はYouTubeのWolfram Japanのチャンネル(再生リストはこちら。https://www.youtube.com/c/WolframJapan/playlistsにMathematica First Stepという日本語の動画がありますのでこれで入門するのがいいと思います。
https://youtu.be/R35pBPWenYU機械学習の入門本:英語ですが無料公開されているこの本で機械学習をMathematicaを使って学ぶのもよいかもしれません。ちょっとみただけですが、なかなかよさそうです。https://www.wolfram.com/language/introduction-machine-learning/
2022/5/20
Juliaというプログラム言語は今人気急上昇中のようですが、最近このJuliaに否定的な意見がでているようです。https://yuri.is/not-julia/ をご覧ください。
Juliaのコアやパッケージがエラーだらけであるので使い物にならない。もうJuliaを使うのをやめたというような内容です。RとかPythonとかに較べると新しいプログラム言語ですので、これからの改善が望まれるわけですが、筆者によるとちゃんと改善する体制には今はなっていないとのことです。これから反論も出てくると思いますので注目したいと思います。
では世界中で十分使い込まれているpythonやRがいいのでは、ということになりますね。Pythonといえば、さっきYouTubeでJuliaに否定的な動画をみていたら右のほうにPython入門動画がでてきました。これは面白そうですので紹介しておきます。

こちらが再生リストです。https://www.youtube.com/c/kinocode/playlists
紀貫之の子孫という方の動画でどれもずいぶんわかりやすそうです

2022/5/19
ホームのほうにプログラムのソースコードエディタの一番人気、VSCode入門について書きました。ご覧ください。以下にはリンクだけあげておきます。

https://tech-blog.rakus.co.jp/entry/20220428/vscode
UdemyにはVSCode入門の講座があります。丁度今セールをやっていて、多くの講座が1220円より受講できますのでご覧ください。無料の講座がいいという方は、Udemyの講師の方によるYouTube動画があるのでご覧ください。
https://youtu.be/e3DmHK2PDGA

再生リストは以下の場所にあります。9本の動画があります。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLh6V6_7fbbo8GHGIT2YUN56OcwEpz5I5n
本で勉強したい人には、ちょうど今、3日間限定で「Visual Studio Code完全入門」というインプレスから発行されている入門書が無料で公開されています。見るのに登録とかは不要で読めますので、是非ご覧ください。5月19日から5月21日土曜日の午後11時59分までの期間限定公開とのことです。
https://book.impress.co.jp/items/vs-code

2022/5/18
先日は漱石の弟子、寺田寅彦のことを書きました。寅彦は漱石が熊本で高等学校の先生をしていたときの生徒でした。物理学が大変革を経験していた時代に生きた漱石はロンドン滞在時代に化学者の池田菊苗が同じ下宿に滞在したこともあり、科学への興味をかきたてられて、文学を科学として考えるプランをたてたようです。その成果が、帰国後東京大学で行った講義をもとに刊行された「文学論」です。漱石はあのラフカディオ・ハーンの後任だったため、独創的な科学としての文学をねらう講義は大変不評であったと伝えられています。その後も漱石の科学への興味は続いて、原子論なども寅彦と議論していたようです。この辺のところは中公新書の「漱石が見た物理学 首縊りの力学から相対性理論まで」)小山慶太著(古本で入手できます)に詳しく書いてあるのでおすすめします。
このように科学に強い漱石でしたが、漱石の「夢十夜」(1908年)を読むと、まるで映画のタイムマシンでみたような描写に驚かされます。リンクをクリックするか、ホームの記事をご覧ください。第一夜の描写は映画のタイムマシンを思わせますね。ウエルズがタイムマシンを書いたのは1895年ですので、漱石が英国滞在中、あるいは帰国後にタイムマシーンを読んでいたかもしれませんね。漱石の蔵書にはウエルズのタイムマシンは無いみたいです。東京大学図書館にはあったはずですので寅彦が紹介していたかもと思っています。寅彦の随筆にはでてきますので。
2022/5/17
国立国会図書館、OCR処理プログラムと学習用データセットを公開という記事をみました。 これはGithubに公開されているプログラムで、たとえば古い日本語の本の画像をよみこんで、OCR処理をしてテキストファイルを出力するといった使い方ができるソフトウエアです。プログラムのインストールと使い方はhttps://github.com/ndl-lab/ndlocr_cli
で公開されています。Ubuntuにインストールしてdockerを利用して使うもので、GPUも使うのでそれなりのスペックのLinuxパソコンが必要らしいです。ただもっと簡単に、Google Colaboratoryで試すこともできるようで、まずこちらで試してみるのがよさそうです。https://zenn.dev/nakamura196/articles/a8227f4524570c
2022/5/16
今日はホームの方の記事で寺田寅彦の「
ジャーナリズム雑感」という随筆を紹介していますのでご覧ください。彼の随筆は青空文庫に多数収録されています。寺田寅彦は夏目漱石の弟子だった自然科学者です。随筆集はとても有名で今も読まれていますし、漱石の作品の中にある光圧の実験や首くくりの力学などは寅彦からの情報によるのだそうです。寅彦は優秀な物理学者で、X線回折の実験は英国のブラッグらの実験(ラウエと昨日書いたのは間違いでした。すみません。5/17日追記)に先んじており、彼の論文のほうがノーベル賞をとったブラッグらの発見より時間的には先にでていたが、日本から遠く離れたヨーロッパには論文が届くのが遅れたのだそうです。ノーベル賞を授賞してもおかしくない科学者で、金平糖の形のできかたとか、今日の複雑系物理学のさきがけの実験もやっていた人物です。科学図書館には彼の未完の名著「物理学序説」がおいてあります。http://www.cam.hi-ho.ne.jp/munehiro/science/scilib.html#terada
私が中学生か高校生の時によんだ次の随筆は今も印象にのこっているので紹介しておきます。ジャーナリズム雑感という随筆です。青空文庫に公開されているので読んでみてください。https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/files/2492_10275.html
トップページはこちらです。https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/card2492.html
2022/5/15
先日固定ページで紹介したNHKスペシャル「数学者は宇宙をつなげるか? abc予想証明をめぐる数奇な物語」(=完全版(90分)+簡略版(60分))の望月新一先生による講評が先生のブログに掲載されていました。
「2022年4月のNHKスペシャルに対する「合格発表」: 前半はぎりぎり合格、後半は不合格」というタイトルです。ホームに詳しい紹介を載せましたのでご覧ください。
2022/5/14
R Markdownというのを聞いたことがありますか?これで論文を書いて、できた原稿をWordの原稿やpdfあるいはPower Point ファイルなどに自由に変換することもできます。本を書くことも出来るそうです。再現可能なデータ解析結果をレポートするためには手軽に使えるRStudioから利用できるRMarkdownを利用するのがお勧めだそうです。詳しくはホームの記事をご覧ください。以下は参考になるリンクだけ貼り付けておきます。本としては、おすすめは
「再現可能性のすゝめ―RStudioによるデータ解析とレポート作成― (高橋 康介著)」共立出版です。
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320112438この本の第一章が特に再現可能性の必要性についてわかりやすく書かれており、なぜRマークダウンが必要かがよくのみこめます。この本を買う前に、次のスライドやリンクで概要をつかめるのでまずこれらのリンクをたどってみてください。
R Markdown 入門 (Tokyo.R #91) https://rpubs.com/ktgrstsh/755893
R ユーザー以外も知るべき R Markdown 入門/Introduction-to-R-markdown-for-Everyone https://speakerdeck.com/ktgrstsh/introduction-to-r-markdown-for-everyone?slide=3TokyoR98 RMarkdown入門 Visual modeではじめよう (niszet, @​niszet0)
https://nitter.net/tech_slideshare/status/1522109628125179904
このスライド末尾のほうにいろんな入門サイトのリンクがありますので大変参考になります。
2022/5/13
MRC LMB (英国ケンブリッジ)ではThe 2022 Introduction to Biophysical Techniques lecture seriesというのをやっています。こちらにタイトル一覧があります。下の一覧表のWebinar の部分をクリックすると、該当する講義の動画がみられますので試してみてください。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/research/scientific-training/biophysics-lectures/

Talk Date Technique Speaker Download Talks
1 Tuesday 18/01/2022 Introduction to Light Microscopy Nick Barry Webinar
2 Thursday 20/01/2022 Image Analysis Tools Jérôme Boulanger Webinar
3 Thursday 27/01/2022 Fluorescent Labeling and Light Sheet Microscopy Ben Sutcliffe Webinar
4 Thursday 03/02/2022 Super-resolution Microscopy Jonathan Howe Webinar
5 Tuesday 08/02/2022 Fluorescence Spectroscopy and Microscale Thermophoresis (MST) Stephen McLaughlin Webinar
6 Thursday 10/02/2022 Single Molecule Spectroscopy Chris Johnson Webinar
7 Tuesday 15/02/2022 Biomolecular Thermodynamics and Calorimetry (ITC) Chris Johnson Webinar
8 Thursday 17/02/2022 Biosensor Technologies (Biacore, SPR, SwitchSense, Octet) Stephen McLaughlin Webinar
9 Tuesday 22/02/2022 Introduction to Biomolecular NMR Trevor Rutherford Webinar
10 Thursday 24/02/2022 Advanced NMR applications Jane Wagstaff Webinar
11 Thursday 03/03/2022 Protein Crystallization Fabrice Gorrec Webinar
12 Tuesday 08/03/2022 Structural biology 2.0: Crystallography at the LMB in the era of cryo-EM and AlphaFold Dom Bellini Webinar
13 Thursday 10/03/2022 Light Scattering Techniques Chris Johnson Webinar
14 Tuesday 15/03/2022 Analytical Ultracentrifugation (AUC) Stephen McLaughlin Webinar
15 Thursday 17/03/2022 Curve Fitting, Errors andAnalysis of Binding Data Chris Johnson & Stephen McLaughlin Webinar
16 Tuesday 22/03/2022 Introduction to Flow Cytometry Fan Zhang Webinar
17 Thursday 24/03/2022 Instrument and Sample Optimisation for Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) Pier Andrée Penttilä Webinar
18 Tuesday 29/03/2022 Bioinformatics Tim Stevens Webinar
19 Thursday 31/03/2022 Biological Mass Spectrometry Holger Kramer Webinar
20 Thursday 07/04/2022 Quantitative Proteomics and Omics Data Analysis Holger Kramer Webinar
21 Tuesday 12/04/2022 Alphafold2 at the LMB – Use and Applications Clinton Lau Webinar

去年の録画も公開されていますが、最後のAlphafold2の解説(結果の見方や応用を詳しく解説してくれています)が目新しいですね。ホームにはバラの写真を載せました。今年はカエルの王様はこないみたいです。バラの花の中に入らず、外でやかましく鳴いています。もうすぐ梅雨ですね。

2022/5/12
「いかにして問題をとくか」(丸善出版)という有名な本がリニューアル出版されたそうです。https://www.maruzen-publishing.co.jp/contents/howtosolveit/index.html
スタンフォード大学教授だった有名な数学者のポリア(George Pólya)によって65年ほど前に書かれて世界各国でベストセラーを続けている本です。以前NHKで紹介されて有名IT企業も採用している問題解決に役立つ本ということで、ビジネスマンの間で大ブームになった本ですね。詳しくはホームの方をみてもらうこととして、以下はリンクだけを載せておきます。原書はこちらで読めます。https://archive.org/details/princeton-science-library-g.-polya-how-to-solve-it.-a-new-aspect-of-mathematical/page/n13/mode/1up
あるいはこちら。
https://archive.org/details/howtosolveitnewa00pl/page/n9/mode/2up
また、プログラマーのためにこの本を紹介しているこちらのサイトも面白そうです。
http://www.softpanorama.org/Bookshelf/Classic/polya_htsi.shtmlこの本をよむための手引きにもなる良い本があります。こちらから先に読むとよいかもしれません。「いかにして問題をとくか・実践活用編」(丸善出版)
https://www.maruzen-publishing.co.jp/item/?book_no=294094
他に、ポリアの本で英語で読めるものも紹介しておきます。
Mathematical Methods in Science by George Pólya Edited by Leon Bowden
https://archive.org/details/MATHMETODSSCIENCE
Induction And Analogy In Mathematics; Volume I of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya

https://archive.org/details/Induction_And_Analogy_In_Mathematics_1_/page/n9/mode/2up
Patterns of Plausible Inference; Volume II of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya

https://archive.org/details/Patterns_Of_Plausible_Inference_2_/page/n11/mode/2up
2022/5/11
今日は線虫C. elegans(シーエレガンス)の紹介です。ホームには研究室の建物に動物愛護のactivistに爆弾を仕掛けたという犯行声明をうけとって避難した話なども書きましたので読んでみてください。最近、動物愛護の声がたかまってきてマウスやイヌ、サルなど意識のある動物の使用を別の意識のないもの(線虫とかハエとか)に置き換えて実験したり、意識のある動物の使用数を減らしたり、動物の使用方法を改善してよりより苦痛がなく、より無駄な実験がないようにするという機運が高まっています。これをThe 3Rs alternatives (Replacement, Reduction and Refinement)というそうです。次の解説を読んでみてください。
Hubrecht, R. C., and E. Carter. 2019. The 3Rs and Humane Experimental Technique: Implementing Change. Anim. Open Access J. MDPI. 9: 754.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6826930/
線虫はこの流れにピッタリのモデル生物なので今後の活用が期待されるというわけです。英語ですが、次の論文には線虫のわかりやすい解説がのっています。
A Transparent Window into Biology: A Primer on Caenorhabditis elegans
著者はAnn K. Corsi,Bruce Wightman,and Martin ChalfieでChalfieさんはノーベル賞を下村先生と同時受賞した線虫C. elegansの研究者です。無料でダウンロード可能ですのでpdfと書かれている部分をクリックしてダウンロードしてみてください。https://academic.oup.com/genetics/article/200/2/387/5936175
訂正のpdfのリンクもあります。
https://academic.oup.com/genetics/article/201/1/339/5930076
これからおいおい線虫の活用についてもこのブログで触れていく予定です。
2022/5/10
糖鎖生物学の教科書Essentials of Glycobiologyの最新版(第4版)がオンラインで公開されました。ホームでは新型コロナウイルスのスパイクタンパク質の表紙について解説していますのでご覧ください。
Essentials of Glycobiology [Internet]. 4th edition.
Varki A, Cummings RD, Esko JD, et al., editors.
Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2022.という本です。これは糖鎖生物学の標準的な教科書ですので是非オンラインで読んでみてください。Cold Spring Harbor Laboratory Pressから書籍としても販売中です。ブラウザでよむので、Life Science Dictionaryを使って辞書を引きながら読むことができます。オンライン版のリンクです。また
こちらは印刷に適したオンライン版の一例です。上の行にあるリンクで好きなページを表示して、ページの右上にあるViewsのところにあるPrint Viewをクリックすると表示されます。
2022/5/9
ホームのほうに相分離生物学の簡単な解説を載せましたのでご参照下さい。相分離生物学という新しい分野が注目を集めています。細胞内で相分離(液体―液体の相分離です)でできた液滴が形成され、その液滴内に重要な分子群が濃縮されることで様々な機能を実現させていることがわかってきたのです。線虫の生殖細胞を決定する働きをもつP顆粒がこうした相分離でできた液滴(膜は持っていなくて、液体中で相分離がおきて顆粒になっているだけです)あることの発見を皮切りに、細胞核内の仁とか、カハール小体とかの有名な細胞内小器官も相分離でできた液滴だとわかってきました。さらに遺伝子の転写に働いているスーパーエンハンサーも液滴だったのです。日本語の解説書として一番のおすすめは「相分離生物学」白木 賢太郎  著(東京化学同人)です。以下のリンクのビデオは最初の三本が相分離生物学の創始者による解説です。最後のビデオはNIH videocastの講演です。

https://www.youtube.com/watch?v=AP47mIkd-h0
https://www.youtube.com/watch?v=HzG5_Q1whiI
https://www.youtube.com/watch?v=6k8m-7y7zkY
https://www.youtube.com/watch?v=Vezrj7FqMlY
2022/5/8
ホームのほうにTwitterをブラウザで見る方法を書きました。Braveというブラウザは大変優秀で、しばらくtwitterをブラウザでみていると邪魔なメッセージがでて見られなくなるという現象を解消する方法を備えています。プライベートデータを消去するだけです。具体的なやり方はホームのブログをご覧ください。BraveはスマホやPCで使えるブラウザでChromeの機能拡張が使えるほか、Firefoxからのブックマークやログインパスワードなども初回起動時に自動でとりこまれるので乗換えも大変スムーズにいきます。私はFirefox、Chrome、Braveを使い分けています。
2022/5/7
今日はRを用いた統計学などについての大変役立つサイトを紹介します。神戸大学の中澤港先生のサイトです。公衆衛生学/国際保健学 | 人類生態学 | 人口学 の先生でブログでは、人口学や新型コロナウイルスの統計解析などのほか、Rでの統計解析についての役立つ情報も随時発信してくださっています。Rによる統計解析の教科書もpdfでサイトにおいておられますので探してみてください。いろいろありますが、RとEZRの入門については今年の講義資料などが大変参考になります。https://minato.sip21c.org/ebhc/ebhc-text.pdf
余談になりますが、先生が以前の記事で触れておられた
主成分分析の理屈の理解に役立つKindle本 「多変量解析の基礎 II 主成分分析(改訂版): 理論とRによる演習 Kindle版」古橋武 (著) は250円のKindle本です。
AmazonのKindle unlimitedを契約すると無料で読むことができます。今までKindle unlimitedを契約したことがない人は、二か月間無料のお試しが5/9日までなら契約できるそうです。該当する方は試してみると、この本にかぎらず、いろんな分野の本やコミック、雑誌などを無料で読むことができます。私は去年お試しをして有料契約しなかったので、99円で二か月無料というオファーがきています。
2022/5/6
今日のリンクは以下です。
https://datachemeng.com/ (明治大学、金子研究室トップページ)
ホームのほうには最初の部分に、私の母の不思議な体験談を紹介しています。ご覧ください。
昨日、講談社のKindle ポイント50%セールで明治大学の金子先生の教科書を買いました。「Pythonで学ぶ実験計画法入門 ベイズ最適化によるデータ解析」金子弘昌著
とても面白い本ですのでおすすめします。先生の研究室のホームページの上にあるタブにある「データ解析・研究者に関する情報」というプルダウンメニューをご覧ください。いろんな研究に関する知識をおしげもなく公開されているのでおすすめです。たとえば「データ解析・機械学習」のメニューhttps://datachemeng.com/summarydataanalysis/などをみてください。「学生・研究者へ」というメニューもお勧めします。https://datachemeng.com/forstudentsresearchers/
2022/5/5
今日は動画を一本紹介します。今年の2月に行われた第4回オンラインサロン「スパコンコロキウム」講演動画
題名:生体分子系の分子動力学シミュレーションデータの解析入門
講演:松永 康佑(埼玉大学大学院理工学研究科)

この動画では松永先生が、分子動力学シミュレーション(Molecular Dynamicsという言葉からMDと呼ばれる解析です)について学部4年レベルで解説してくださっています。MD解析の基本の解析の後、データの解析法、解析例をわかりやすく説明してくださっています。一時間弱の動画ですので是非ご覧ください。」https://youtu.be/xQWCA7vWLLE 
MD解析は以前の記事で紹介したように、新型コロナウイルスが細胞表面のレセプターに結合するとき、糖鎖をスイッチとして結合、侵入を行っていることを明らかにした手法です。現在さまざまな生命科学の解析に使われていますので学んでそんはないテーマです。

2022/5/4
機械学習に関する本を時々紹介しています。PRMLと略される本をご存知ですか?生命科学系のラボでも卒論生や大学院生が輪読しているという話をよくききます。Pattern Recognition and Machine Learningという本で、定評のある機械学習の教科書だそうです。英語版のpdfは無料で公開されています。https://www.microsoft.com/en-us/research/uploads/prod/2006/01/Bishop-Pattern-Recognition-and-Machine-Learning-2006.pdf
日本語訳は上下二冊にわかれて出版されています。本に書かれているアルゴリズムをJupyter Notebook(こちらhttps://github.com/ctgk/PRML)やGoogle Colaboratoryで動かして学ぶこともできるそうです。サンミンさんのこちらのnoteに詳しく紹介されているのでご覧ください。https://note.com/sangmin/n/n8ccacd35b9b1

この本の程度は、機械学習の初心者むけではないと思います。pdfをパラパラながめてみると、これなら読めるかどうかわかると思いますのでまずpdfを眺めてみてください。
2022/5/3
今日はホームで紹介したKindle本のセール(講談社で5月5日まで)のお知らせです。
これはたとえば1万円の定価のKindle本だったら、1万円で買うと5000円分Amazonのポイントがつくというセールです。AmazonでポイントはAmazonでいろんなものの購入に使えますので実質半額セールということになります。講談社のKindleタイトル全部が対象というわけではないのですが、多くの本が対象になっているのでこのリンクからみていくと、買いたい本が見つかると思います。講談社現代新書、学術文庫、ブルーバックス、理工系の本などいろんなタイトルが実質半額になっているのでご覧ください。有名な教科書「深層学習(岡谷 貴之著)」は旧版のみセール対象になっているので、「深層学習 改訂第2版 (機械学習プロフェッショナルシリーズ) 」と間違えて買わないようにしましょう。Kindle ストアでは 他のセールもやっています。電子書籍のセール情報はこちらにもでているので参考にしてください。
2022/5/2
今日は電子メールのセキュリティ対策についてホームで紹介しましたのでご覧ください。トラッキングピクセルという1ピクセルからなる透明画像へのリンクをメールに埋め込んでおいて、開封したら開封者に気付かれずに開封者の居場所や開封日時を取得したりできるのだそうです。またトラッキングリンクというリンクを入れておくと、メールを受け取った人固有のコードが入っているので、クリックした人がサイトを訪れた情報を記録しておき、プロファイリングをしたりすることができるそうです。こうした悪質なメールに対する対策を紹介していますのでご覧ください。ちょっと古い記事ですがこちらの記事もトラッキングピクセル対策には参考になりそうです。https://gigazine.net/news/20210807-stop-email-pixel-trackers/
2022/5/1
今日は面白いブログを一つ紹介します。
「とね日記」というブログです。https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw
「理数系ネタ、パソコン、フランス語の話が中心。量子テレポーテーションや超弦理論の理解を目指して勉強を続けています!」という紹介がトップに書かれています。このブログは物理、数学、フランス語などの話題が満載のブログで面白いのでいつも見ています。先日更新されたこの記事は力作で、物理学者のファインマン先生のことが本当に様々な角度から紹介されていて読みごたえがあります。スペースシャトルの事故調査の話やファインマンさんの日本訪問の話、ファインマンさんが小さい時に勉強した数学の本などもダウンロードリンク付で紹介されているという驚きの内容です。皆さんも是非いろんな記事を読んでみてください。(この記事に少し近況を書き加えたものをブログ記事(ホーム https://glycostationx.org/に投稿しました。今後はホームでブログ記事を毎日更新し、簡略化した内容をこちらの固定ページに投稿してみるつもりです。ホームのブログ記事のほうがタグやカテゴリーでの検索、分類が簡単なのでしばらく試行してみて様子をみようと考えています)
2022/4/12
今日は福岡地区は入学式が多かったようです。街には礼服をきたお母さんお父さんにつれられた新小学校一年生があちこちでみられました。赤ちゃんをつれているお母さんもいたりしてほほえましかったです。さて今日は英語の書き方についての検索の問題をだしますのでやってみてください。英語の論文を書いて英文校閲に 出したら校閲者からElements of Styleという本をまず読めとすすめられたという話を聞きました。 Strunk & White とも呼ばれる本で、この二人が昔書いた本です。短い本ですが英文を書くための必携書として知られています。これは著作権がきれているものがネットのあちこちにありますので、探してみてください。同時にこの本は読むべき本ではないという人もいるので、そちらの意見が書いてあるサイトも探してみてください。Elements of Styleの日本語訳というのもありますのでそれも探してみてください。
2022/4/11
昨夜のNHKスペシャルは望月新一先生によるABC予想の解決についての面白い番組でした。望月先生についてはこのブログでも以前紹介したことがあります。 昨夜の放送を見逃した方のために再放送の日程と、BS1での放送時間を90分に拡大した完全版の放送日程を書いておきます。
数学者は宇宙をつなげるか?abc予想証明をめぐる数奇な物語
4月14日(木)午前1時10分〜(水曜深夜)[総合]で再放送。
数学者は宇宙をつなげるか?(完全版)
NHK BSプレミアム 2022年4月15日(金) 夜11:00

あと、望月先生のブログも是非ご参照ください。
https://plaza.rakuten.co.jp/shinichi0329/diary/202201010001/
”宇宙際タイヒミューラー理論の数値的に精密化された改良版​​[ExpEst]の、(東京工業大学が発行する)数学雑誌Kodai Mathematical Journalへの掲載が決定しました。”とあります。この論文はフェルマの最終定理の全く異なる方法での証明をふくんでいる論文でpdfのリンクがあげられています。https://www.kurims.kyoto-u.ac.jp/~motizuki/Explicit%20estimates%20in%20IUTeich.pdf
2022/4/10
昨日 NHKテレビの地上波で、岡田准一さんが解説者をつとめる、明鏡止水 〜武のKAMIWAZA〜 「一の段 空手の一撃必殺」という番組を放送していました。BSで時々放送している同名の番組の地上波版(BSでは放送したことのない新しい内容)で空手を人体の動きと関連づけて合理的な観点にたちながら解説するという番組でした。4月16日の土曜日の次回放送は、明鏡止水 〜武のKAMIWAZA〜 「二の段 最強!?武蔵の剣」ということで、宮本武蔵の二天一流、円明流の紹介、武蔵に勝ったという夢想権之助「神道夢想流杖術」、鎖鎌なども紹介されるとのことで面白そうです。宮本武蔵についてはその著書 五輪書が、Book of Five Ringsというタイトルで英訳されて世界中のビジネスパーソンに読まれているというのでも有名ですね。日本語で五輪書の原文と現代語訳が読めるのは国立国会図書館の近代デジタルライブラリーにある、この本(宮本武蔵五輪書詳解 1943年刊)が手軽です。NHKの100分de名シリーズでも五輪書をとりあげていました。生命科学と武道の関係については、昔 九大生物学科の数理生物学生体高分子学講座の教授をされていた清水博先生(私が生物学教室に入ったときは松田博嗣先生が数理生物学講座の教授をされてたころですので、清水先生にはおめにかかったことはありません)の「
生命知としての場の論理」(中公新書1333)が面白かったです。私が武道に興味を持ったのはこの本を読んだからです‥‥。
2022/4/09
Perimeter Institute for Theoretical Physicsでは様々な講演、デモ実験などの動画を公開しています。昨日紹介したパルサーの発見の講演はその一例です。
この研究所の提供している資料についてはこちらの一覧をごらんください。https://perimeterinstitute.ca/perimeter-resources
YouTubeのチャンネルでもいろんな動画がみられます。カナダにある研究所なので、英語、フランス語の動画があります。こちらにはPublic Lecturesがあつめられていて、公開講演がみられます。理論物理学だけではなく、新型コロナウイルスの話や形態形成の話もありますので視聴してみてください。次の動画はワープドライブとエイリアンと題する講演です。
https://youtu.be/fzweIEvN8sc
2022/4/08
Jocelyn Bell Burnell Special Public Lecture: The Discovery of Pulsars

パルサーを発見した女性科学者Jocelyn Bell Burnellの話をご存知ですか。1967年、ケンブリッジ大学の大学院生のとき彼女はパルサーを発見したのですが、ノーベル物理学賞は彼女ではなく指導教官に与えられたというので大問題になった発見です。彼女は王立天文学会会長やエジンバラ王立協会会長などを歴任しハワイにあるthe James Clerk Maxwell Telescopeのプロジェクトマネージャーなどもつとめ、 2018年にはブレイクスルー財団の Special Breakthrough Prize in Fundamental Physicsを授賞し230万ポンドをうけとりました。その全額を寄付して、女性や民族的マイノリティ、難民などが物理学教育をうけられるようにするための基金を設立したそうです。彼女の発見談をこの動画でご覧になると、科学の発見の一コマを発見者の口からきくことができるという貴重な経験ができるでしょう。会場には2018年のノーベル物理学賞受賞者Donna Stricklandも出席していて拍手で迎えられていました。

2022/4/07
テレビ番組の紹介です。「数学者は宇宙をつなげるか? abc予想証明をめぐる数奇な物語
4月10日(日)午後9:00 NHKスペシャルで放送予定だそうです。
京都大学数理解析研究所の望月新一教授が解決したABC予想ですが、強いABC予想の解決はまだだったそうです。強いABC予想もどうやら解決されたようで、それが証明されたらフェルマの最終定理が証明できるといわれていましたが、その線にそったフェルマの定理の新たな証明に成功したとする論文が出版されたようです。 望月先生の「宇宙際(うちゅうさい)タイヒミュラー(IUT)理論」について紹介されるNHKスペシャルは面白そうで楽しみです。
2022/4/06
今、糖鎖科学に応用しようと量子力学、量子化学や分子動力学の勉強をしているので、物理関係の紹介が多くなってしまっています。いろいろネットで調べていると、大学の講義資料には良いものが多いです。今日はこの4月から、学習院大学から東京大学に移られた白石直人先生のサイトを紹介します。白石先生はこちらのアウトリーチ活動のページにあるように仮面ライダービルドの科学監修をされていた先生です。私はドラマをみたことがありませんが、面白いという話です。先生のホームページはこちらです。大変優れた理論物理学の業績をあげておられる先生だときいています。たとえばこちらのプレスリリースをご覧ください。Nature Communications誌のtop 25 paper in 2021に選ばれた論文のプレスリリースです。
先生がうけもたれている力学の講義の教科書が公開されてます。

https://sites.google.com/site/naotoshiraishiphys/home-jp/lecture/mechanics-2022  随時内容が追加されるとのことで楽しみです。また他の講義の資料もアップロードされていますのでご覧ください。https://sites.google.com/site/naotoshiraishiphys/home-jp/lecture
量子力学の教科書や無料の講義資料のリンクなども資料に掲載されていて参考になります。
https://sites.google.com/site/naotoshiraishiphys/home-jp/lecture/enshu-3-2021
2022/4/05
Qiitaをみていたら次の記事が掲載されていました。
機械学習が独学できる日本語Youtube難易度別まとめ
日本語で学べる様々なレベルの機械学習のコースが紹介されていて面白そうです。量子コンピューターの動画 https://youtu.be/mowHwrV_qJcもあるんですね。
面白そうな記事なので読んでみてください。
 2022/4/4
お勧め本を一冊紹介します。京大の宮沢 孝幸先生が書かれた「
京大 おどろきのウイルス学講義 (PHP新書) 」という本です。ウイルスに対する基本的知識がものすごく読みやすく書かれている上に、高度な最新の知見、オリジナリティにあふれた先生の研究成果などが、すっと頭に入るように書かれています。啓蒙書のお手本のような本です。また新型コロナウイルスについての常識を得る上でも必読の本でしょう。十分な参考文献、論文リストもついているので、自分でさらに深く知識を深めることもできます。先生のお仕事をみていると、Albert Szent Gyorgyi (セントジェルジ)(ビタミンCの発見、Krebsサイクルの基礎となるSzent Gyorgyiサイクルの発見、アクチンとミオシンによる筋収縮の発見、量子生物学の提唱などで有名なノーベル賞受賞者)が著書「狂ったサル」(こちらもおすすめの本です)で引用している次の言葉を思い出しました。「盗賊の中にあって沈黙を守るものは共犯者でしかない。」
2022/4/3
Torを使ってみよう。Torの発音の仕方はこちらで確認してください。Torという有名なブラウザはアクセス先に自分のIPアドレスを知られることなくアクセスできるブラウザです。匿名性に気を使う人は一度は使ってみたいブラウザです。Braveブラウザの「Torでプライベートウインドウを開く」を選べば、BraveブラウザでTorが利用できます。Braveユーザーは何もせずに簡単にTorを使えるのでおすめです。しかしもっと細かく設定できる、Tor本体をちゃんと使うのも簡単です。Torの基本はFirefoxですのでFirefoxのアドオンを利用することができます。アドオンによっては匿名性が守られないこともあるので、インターネットにアクセスするアドオンの場合は十分に調べてから導入するようにするとよいです。ネットにアクセスしない無料の生命科学オンライン辞書Life Science Dictionary Tool(普通のFirefox版とChrome版があります)などは安心して導入できます。導入は簡単で、公式サイトhttps://www.torproject.org/にアクセスしてDownload Tor BrowserボタンをクリックしてWindows、MacOS、Linux、Andoroidから選んでインストールします。匿名性の観点からは世界中で多く使われている英語版を選ぶのが無難です。インストールが終わったら起動してすぐ利用できます。(Google検索すると日本語でインストールの仕方が載っているページがありますので、信用できそうなところを選んで使い始めてみるとよいでしょう。)デフォルトのままで使ってみて、慣れてきたらtorrcという名前の設定ファイルをテキストエディタで書き換えて、特定の国を絶対経由しないように設定したり(たとえばウクライナとかロシアとかアメリカ合衆国とかを排除する)、必ず特定の国のIPアドレスで目的のサイトにアクセスするようにすることも簡単にできます。
2022/4/2
今日は化学のポータルサイト Chem-Station (ケムステ)を紹介します。化学のニュース、ブログ、データベース、化学英語などなど、さまざまな情報が集まっていますので参考になります。YouTubeチャンネル(ケムステチャンネル)もありますのでご覧ください。