日替わりリンクなど

2022/1/16
統計ソフトの定番Rとそれを便利に使うRstudio(どちらも無料で使えます)のインストールについては以前紹介しましたが、最新のやり方を学習院大学の麦山 亮太先生が、ブログ記事にまとてくださっているので、興味のある方はご覧ください。
http://ryotamugiyama.com/2020/08/03/rinstall/
2022/1/15
今日はちょっと高度な本の紹介です。私にはまだ歯が立たない本ですが、皆さんの中には興味がある方がおられるかもしれません。Cambridge University Pressから今年出版される本のドラフト版が無料公開されています。ベイズ的最適化というタイトルの本で、機械学習や統計解析などの分野を学んでいる大学院生向きの本ですが、これら以外の分野の実務家や研究者にも役立つことがあるといいと思って書いている本だそうです。以下のサイトに本の概要が書いてあってダウンロードリンクもあります。

Bayesian Optimization Book
このリンクにGitHubへのリンクもあって、そこのbookというフォルダからもpdfがダウンロードできます。

2022/1/14
今日はタンパク質の立体構造を表示するのによく使われているソフトPymolのオープンソース版をLinuxにインストールする方法を説明します。インストールは下のpymol bookには面倒そうに書いてありますが、今日自宅のUbuntu にインストールしたところ、ものすごく簡単にインストールできるようになっていました。Ubuntuの場合は、アプリストアを開き、キーボードのeを押すと検索窓が上に開きます。その検索窓にpymolといれると、pymol-ossというオープンソース版のpymolがヒットします。インストールボタンを押すとインストールが始まり、最新版のpymolオープンソース版がインストールされます。コマンドラインで操作する必要もなく、一発でインストールが終わります。他のLinuxのディストリビューションへのインストールについてはここを参照してください。どのディストロでも簡単にインストールできます。インストールしたpymolの使い方については東京大学の森脇 由隆先生のpymol bookがおすすめです。日本語でほんとうに丁寧に説明されていますし、ページ右上のprinterのアイコンを押せば印刷もできます(pdf printerをプリンタに選べばpdf版の本もできます。)
2022/1/13
神戸大学計算科学教育センターの動画(YouTube チャンネルへのリンクです)は面白そうです。たとえば計算生命科学の基礎Ⅱという15回連続の講義動画では、計算生命科学のための量子化学基礎、タンパク質の量子化学計算、分離動力学計算によるタンパク質の機能解析、分子動力学計算を活用したインシリコ創薬、QM/MMシミュレーションによるタンパク質機能解析など量子生物学を勉強する基礎になる講義がみられるほか、資料のpdfもダウンロードできます。これは2015年度の動画ですが、この講義は毎年開講されていて2020年度分までみることができます。
他にスパコンの紹介とかもありますし、動画「GENESISチュートリアル~水中のBPTIを対象とした分子動力学法計算~」は役立ちそうです。
2022/1/12
今日は日本生化学会の動画チャンネルを紹介します。こちらには2021年11月に行われた日本生化学会年会の特別講演の動画も掲載されています。ノーベル賞受賞者のPhillip A. Sharp(Massachusetts Institute of Technology)先生の遺伝子発現制御に相分離した液滴が働いているという講演や、水島昇先生の細胞内分解―特に小器官の分解についてという講演などを聞いてみてください。https://vimeo.com/channels/jbsoc
2022/1/11
  英語の本ですが図の作り方についての良い本Fundamentals of Data Visualizationがありました。クリックして読んでみてください。とても参考になる内容です。また以下の記事は手っ取り早く良い図の作成について理解できるので有名です。Ten simple rules for better figures (PLOS computational biology 2014) 
2022/1/10
京都大学で英語ライティング、リスニングを教えておられる柳瀬 陽介先生のブログを知りました。今や英文ライティングは機械翻訳の利用が上式だそうです。解説動画「機械翻訳によって、異文化の問題は前景化するのかそれとも後景化するのか:一般学術目的の英語ライティング授業からの考察」
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2021/11/をご覧ください。動画は
https://www.youtube.com/watch?v=piaM2RDBwysでも見られます。講演が行われたシンポジュウムの他の先生の動画は以下からみられます。機械翻訳や英語の国際語化につぃての問題点など大変参考になる講演がきけます。
https://sites.google.com/view/125th-sympo-language-education/schedule
英文ライティングで機械翻訳を利用するのはもう常識になっているそうです。次の記事にはDeepL, Grammarly, WordTuneを連携して英文を書く方法について書かれていて参考になります。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2021/04/wordtune10-ai.html
あと、英語学習全般についてのアドバイスも以下にあります。
「知的な英語を使いこなせるようになりたい大学生のために 」という記事です。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2019/06/blog-post.html
2022/1/9
  大学入試の試験問題をみると、問題文の句読点が「、と。」ではなく、「,と。」になっており、また疑問符?が使われていないのに気づくと思います。これっておかしな話で、なんでコンマを日本語の問題文に使わねばならないのかと思います。これらは問題文を作る時に厳しく訂正される項目のうちの一つです。これは文化審議会の公用文作成の基準に従っているのですが、それがようやく”改良されて”まともなものに近づいたというお知らせです。以下の「公用文作成の考え方について」という建議をご覧ください。建議って何?と思って調べてみると、どうやら建議は意見と違って、委員会が法律上の権限をもって大臣などにだすもののようです。
https://www.bunka.go.jp/seisaku/bunkashingikai/kokugo/hokoku/93650001_01.html
別添の建議自体には作文の上で参考になることも書いてありますのでダウンロードしてご覧ください。とにかく日本語の文章のなかに「、と。と?と!」が使えるようになったという話です。
2022/1/8
NHKでシャーロック・ホームズのドラマを毎週みています。オンラインで日本語でシャーロック・ホームズの日本語訳を読めるのはここがよさそうです。https://221b.jp/


2022/1/7
機械学習の教科書の紹介です。 Dive into Deep Learning (Dが二つ続くのでD2Lと省略して紹介されることも多い本です)という教科書で、スタンフォード大、マサチューセッツ工科大、ハーバード大、ケンブリッジ大など世界の300の大学で採用されている教科書だそうです。Jupyter notebookで手を動かしながら学んでいくというスタンスの教科書で評価の高いものだそうです。
https://github.com/d2l-ai/d2l-enのサイトにある、Book Websiteをクリックして開くページで、MXNetやPyTorch, Notebooks,Coursesなどとあるタブの最初のMXNetをクリックするとpdf版がダウンロードできます。Coursesをクリックすると授業のシラバスやスライドなども見られます。最初のほうの日本語訳もできているようでここから見られます
2022/1/6
  ものすごい図鑑 NHKのサイト
これは子供だけでなく大人も楽しめるデジタル昆虫図鑑です。
カブトムシ、モンシロチョウ、ハンミョウ、キリギリス、ノコギリクワガタなど、いろんな虫を画面上で回転、拡大、縮小して立体的に観察することができます。複眼の電子顕微鏡写真もあったりして、楽しいサイトです。お子さんと一緒にどうぞ。
2022/1/5
動画編集にはどんなソフトを使っていますか?以前、Scientific Americanという雑誌をパラパラみていたら、DaVinci Resolve  17という動画編集ソフトの広告がでていて、ハリウッドで使われているソフトで、なんと無料で利用できるとありました。Blackmagic Design Pty. Ltd.社の製品ですが最近日本語のリファレンスマニュアルが無料で公開されているのを知りました。チュートリアルとかも充実しているので時間のある方は試してみるのもいいと思います。Windows, Mac-OSX, Linux対応のソフトです。HDビデオの編集程度ならさほど高スペックなコンピュータはいらないもようです。
2022/1/4
Juliaというプログラミング言語が注目を集めています。前もちょっと紹介しましたが、Pythonより早くて使いやすいそうです。Juliaをつかったデータサイエンスの入門書(英語)が以下に公開されています。興味のある方はご覧ください。

Introduction to Datascience: Learn Julia Programming, Math & Datascience from Scratch

2022/1/3
今日は、わかりやすい量子化学計算の解説ページを紹介しておきます。元旦に紹介した「ノーコードではじめる機械学習」の著者である久我涼子さんのホームページで、pythonによるアプリケーション開発などの記事もあってきわめて参考になります。このブログの記事から生まれた本は

ゼロからわかる!! 独習 量子化学計算: 理論からはじめない新しい量子化学計算の本

というKindle本で、これは解りやすい本です(紙の本はありません)。またこちらのページには、tsujimotterさんこと辻順平さんによる、簡単な分子軌道法の入門解説記事があります。

2022/1/2
QDくんの過去ツイまとめ(機械学習、時系列分析、確率・統計に関する有益記事紹介)というtwitterの記事に有益なリンクがまとめられています。日本語字幕付きのハーバード大学コンピュータサイエンス入門講義の動画とか、いろいろありますので参考になります。
2022/1/1
機械学習に興味がある方へ
:プログラミングなしで機械学習が学べるOrange 3というのをご存知ですか?日本語の解説書としては「ノーコードではじめる機械学習」がよさそうです。Kindleなど電子書籍版と紙の本が最近発行されたばかりですが、買ってみる価値があると思います。YouTube動画を見るのも参考になります。https://www.youtube.com/watch?v=HXjnDIgGDuI