日替わりリンクなど

お知らせ:この「日替わりリンクなど」のページですが、ページのサイズが大きいため携帯で読み込むのに時間がかかります。本日から、前月分のみ残してそれ以前は、月別の子ページにうつすことにしました。3月分、2月分、1月分を見たいときは、それぞれ次のリンクをクリックしてください。2022/012022/022022/032022/04をプルダウンメニューから選んでも見られます。
2022/9/29
論文執筆/プレゼン資料作成時の参考資料
というQiitaの記事には、英語論文作成に役立つ良質な資料がまとめられています。
https://qiita.com/k-kawakami213/items/5e7e1ffccbe708e6ac50
例えばマンチェスター大学のAcademic Phrasebankとか、https://www.phrasebank.manchester.ac.uk/
私が以前推薦したMerriam Websterのオンライン版英英辞典とかhttps://www.merriam-webster.com/
日本語の論文執筆指南書や文法チェッカーなど多彩な資料が紹介されています。いろいろ掲載されているリンクをクリックしてみてください。役立つサイトです。
2022/9/28
英語の記号の読み方について。
英語で>とか<とかの読み方、@の読み方とかについて迷ったことがありませんか。
すこしまとめておくことにします。英語の単語をいれるとその発音をYouTubeの動画で教えてくれるサイト、Youglishも活用してみてください。https://youglish.com/先ず図の読み方です。Fig.2-1というを英語ではどう読むでしょう。
答え:Figure two dash one と読みます。-はダッシュと読むのですね。電子メールのアドレスで*****@gmail.comと書いてあるとき読み方は?
答え:読み方は、*****at gmail dot comです。@はatと読みます。ではアットマークそのもののことを英語ではどう読むのでしょう。
答え:@をアットマークと読むのは日本流で、英米ではat signとかat symbolというようです。

以上とか以下を示すこんなマーク(≤や≥といいます。はどう読むでしょうか。
答え:
≤これはThe “less than or equal to” signといいます。
≥これはThe “greater than or equal to” signです。
関連した記号の読み方は以下のとおりです。
=は equalsとよみます。equals signです。
≠はnot equal to
>はgreater than
<はless than
とよみます。他にもいろいろ記号があります。それらの読み方をまとめた「英語 @ めもらんだむ」というサイトも是非参考にしてください。上にあげた記号の別の読み方もわかります。また記号の読み方だけでなく、日付の読み方とかいろんなことを学べるサイトです。
https://memotec.net/etc/mark.html
英語の勉強に小学校の算数の教科書を読んで英語で問題を解くことが薦められていました。(たとえば国立国会図書館の個人送信資料でよめる本:松本享著 英語で考える本など)
そんな勉強に最適のサイトがありました。Math is Funというサイトです。
https://www.mathsisfun.com/

これは面白いサイトですよ。以上とか以下についてはこちらに説明があります。
https://www.mathsisfun.com/equal-less-greater.html
算数だけでなく数学や物理の記事もあります。またいろんな数学関係ツール集もあって役立ちます。

https://www.mathsisfun.com/math-tools.html
このサイトの英語はやさしいので、英作文の練習に使えます。どうするかというと、一つの古くからあるやり方を紹介しておきます。これは明治時代の先人が英語を学ぶのに使った方法だそうです。まずこのサイトのすきなところを読んでそれを日本語に訳しておきます。しばらくしてからその日本語の文章を、原文をみずに自分で英文に直してみてください。自分で書いた英文と、サイトにある原文を比較してどこが間違っていたかを調べると実力がつきます。

2022/9/27
テキストエディタは何を使っていますか?VSCode (Visual Studio Code)は最近よく使われているマイクロソフト製のエディタです。
https://azure.microsoft.com/ja-jp/products/visual-studio-code/
プログラムを書くのにこのエディタは大変便利です。いろいろ機能拡張が用意されていて、たとえばPython用機能拡張とかR用の機能拡張、そしてMathematicaのWolfram言語用の機能拡張もあります。プログラムを書いた時に全角スペースが入っているところを指摘してくれる機能拡張とか、Pythonプログラムの整形をしてくれる機能拡張とかもあって、とても便利です。書いたプログラムはVSCodeから実行してみることができます。無料ですので是非使ってみてください。使い方は以下の連載などをご覧ください。https://codezine.jp/article/detail/16467
2022/9/26
今日は線虫C. elegansを使って遺伝学を研究しているJonathan Pettitt先生(スコットランドにあるthe University of Aberdeenの遺伝学の教授)の英国Royal Institutionでの講演動画を紹介します。
What Darwin won’t tell you about evolution – with Jonathan Pettittと、いう動画です。ダーウインが進化について触れなかったこと‥‥というようなタイトルです。
集団遺伝学、遺伝的浮動genetic drift、ノンコーディングDNA、スプライシング、トランススプライシングなどダーウィンが知らなかったけれど、進化で重要な概念をとりあげてわかりやすく解説されているようです。私もゆっくり見てみようと思います。
https://youtu.be/7dzoGb-jcW4How did the complexity of life evolve? Was it via finely-tuned natural selection, or a more messy process altogether?https://youtu.be/7dzoGb-jcW414 June 2022の講演で以下のような内容です。0:00 Intro and complexity in the visual system
4:43 Population genetics
5:59 What is genetic drift?
14:46 Where non-coding DNA came from
19:57 Self-splicing introns
22:50 How mechanism that saved eukaryotes
28:00 What C. elegans can teach us about genetics
30:14 How C. elegans translate DNA differently
39:01 Why trans-splicing is important
42:35 Using trans-splicing as a drug target
43:39 Constructive neutral evolution質疑応答も公開されています。
https://youtu.be/TS3uyVtuZGI
2022/9/25
AlphaFold2やAlphaGOで有名なDeepMindではいろいろなAI学習用教材を用意しているそうです。たとえばこちらには、
https://github.com/deepmind/educational
深層学習Deep LearningのためのPython、NumPy講座や、教師あり学習入門、教師なし学習入門、タンパク質の立体構造予測原理の入門講座などすべてGoogle Colabで体験しながら学べる教材各種が用意してあります。
Introduction to Python and NumPy for Deep Learning
Introduction to Supervised Learning 1 – Regression
Introduction to Unsupervised Learning
Protein Folding
また大学レベルの講義も公開されていて、
https://www.deepmind.com/learning-resourcesにいろいろ講義が集められています。一例をあげると、
https://www.deepmind.com/learning-resources/reinforcement-learning-lecture-series-2021は強化学習入門講義ですが、スライドをダウンロードして講義を聴くことができます。スライドには役に立つ強化学習の教科書のダウンロードリンクも載っています。
http://incompleteideas.net/book/RLbook2020trimmed.pdf
2022/9/24
今朝、綺麗な宇宙の写真がみられサイトがあることを教えてもらいました。
英国グリニッジ天文台のそばにある、国立海事博物館が毎年開催している宇宙の写真のコンテストの受賞者が9月15日に発表されたそうで、受賞者のきれいな天体写真がネットでもみられます。Astronomy Photographer of the Year 14というコンテストで世界最大の天体写真のコンテスト(14 回目の開催)だそうです。現在この博物館でコンテストの写真の展示会をしているそうで、きれいな照明で照らされた各部門の優勝者の写真がみられるそうです。ネットでは次のリンクからご覧ください。
http://rmg.co.uk/astrophoto
past winnersはこちら。
https://www.rmg.co.uk/whats-on/astronomy-photographer-year/galleries/past-winners
またhttps://youtu.be/cyz1tEDhySIには受賞者のメッセージビデオがでています。

最初にエリザベス女王の話がでてくるので、一番最初の部分に、この動画は女王のご逝去前にとられたものですという断り書きがつけてありました。月面を横切る宇宙ステーションの写真はどんな人がとったのかとか、よくわかります。アンドロメダの写真で受賞した中国のお子さん、賢そうです。

2022/9/23
Breakthrough Prizesの発表がありました。この賞は2012 にロシア生まれの富豪 Yuri Milnerさんが創設して、現在はMeta (旧称 Facebook)を作った、Mark Zuckerbergその他のインターネットの富豪の夫妻が加わって賞を授与しているものだそうです。Yuri Milnerさんの最近の本はこちらからダウンロードできます。https://breakthroughprize.org/Manifesto今年の受賞者ですが、生物学分野ではまず、
Clifford P. Brangwynneさん( Princeton University, Howard Hughes Medical Institute  and the Marine Biological Laboratory)とAnthony A. Hymanさん(Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics)の相分離生物学の開拓者の二人が選ばれました。膜につつまれていない細胞内小器官を発見し、相分離生物学を開拓した業績です。これは以前のブログの以下の記事をご覧ください。線虫C. elegansのP顆粒という生殖細胞形成の指令役の細胞内小器官が実は膜でつつまれていないものであることを発見した二人です。そしてこの細胞内小器官が液相内での相分離で形成されることを明らかにし、液相内での相分離が、実は核内の転写因子複合体や核小体、アミロイド体、カハール体その他さまざまな小器官形成でも働いているということを明らかにする契機となった、まさにブレイクスルーの発見でした。
https://glycostationx.org/2022/05/09/%e7%9b%b8%e5%88%86%e9%9b%a2%e7%94%9f%e7%89%a9%e5%ad%a6%e3%81%ae%e8%a7%a3%e8%aa%ac%e3%83%93%e3%83%87%e3%82%aa%e3%82%92%e7%b4%b9%e4%bb%8b%e3%81%97%e3%81%be%e3%81%99/For discovering a fundamental mechanism of cellular organization mediated by phase separation of proteins and RNA into membraneless liquid droplets.
またこのブログでもよく紹介しているAlphaFold 2の開発者2人も受賞しました。Demis Hassabis(DeepMind)さんとJohn Jumper(DeepMind)のお二人です。
二人はタンパク質の立体構造を予測する人工知能を利用したAlphaFold2を開発、公開してアミノ酸配列がわかれば立体構造が正確に短時間で予測できるようにすることに成功しました。これは構造生物学に革命的進展をもたらしました。
For developing a deep learning AI method that rapidly and accurately predicts the three-dimensional structure of proteins from their amino acid sequence.日本人の柳沢 正史さん(筑波大学)とEmmanuel Mignotさん(Stanford University School of Medicine)は、睡眠に関する病気であるナルコレプシー(過眠症)の原因である脳細胞とその細胞の産生する物質orexin.の発見に対してやはりBreakthrough Prizeを受賞されています。
For discovering that narcolepsy is caused by the loss of a small population of brain cells that make a wake-promoting substance, paving the way for the development of new treatments for sleep disorders.
柳沢先生については以下の先生のweb siteをご覧ください。
https://wpi-iiis.tsukuba.ac.jp/japanese/research/member/detail/masashiyanagisawa/2023 Breakthrough Prize in Fundamental Physics (基礎物理学)では以下の四名の方が授賞されています。量子コンピュータの開拓者、量子コンピュータのアルゴリズムの開拓者の方々のようです。Charles H. Bennettさん(IBM Thomas J. Watson Research Center)
Gilles Brassardさん(Universite de Montreal)
David Deutschさん(Oxford University)
Peter W. Shorさん(MIT)
For foundational work in the field of quantum information.Deutschさんは量子計算の開拓者で日本語に翻訳された本もいくつかあります。「世界の究極理論は存在するか」(朝日新聞社)は有名です。2023 Breakthrough Prize in Mathematics 数学ではDaniel A. Spielmanさん(Yale University)が受賞されています。
For breakthrough contributions to theoretical computer science and mathematics, including to spectral graph theory, the Kadison-Singer problem, numerical linear algebra, optimization, and coding theory.
2022/9/22
弦理論 string theoryというのはどんなものか、素人ながら興味があります。
YouTubeで弦理論って何だろうという動画がありましたので紹介します。東京大学の立川祐二先生の動画です。

https://youtu.be/lFL7YY3R0Lo
先生の他の動画もわかりやすそうです。興味のある方はご覧ください。https://www.youtube.com/user/iroganai/videos

こういう高度な理論は実は意外にスピントロニクスとかにも応用できるらしいという噂です。よく知りませんが…。こんな書評とかもあります。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/butsuri/75/6/75_365_2/_pdf

2022/9/21
様々な科学関係の講義ビデオをあつめてあるGithubサイトがあることを教えてもらいました。Developer-Yという方のサイトです。
コンピューター関係の講義がいっぱいのっているリンク集もありますが、https://github.com/Developer-Y/cs-video-courses (コンピューターサイエンスの講義集)
それ以外にも、数学、物理、化学、バイオインフォマティクスなどの講義が掲載されているリンク集も掲載されていて、英語で科学を学ぶためのポータルサイトとして役立ちそうです。
https://github.com/Developer-Y/math-science-video-lectures (数学と科学の講義集)有機化学(organic chemistry) の講義もありました。有名なYale大学の講義で、物理学が好きな人向けの有機化学入門というような雰囲気の講義です。物理系の方にもなじめそうな講義です。もちろん量子化学的な説明が十分なされている有機化学の講義で、フロンティア分子軌道のこともちゃんと扱われています。
https://oyc.yale.edu/chemistry/chem-125a
上のリンクで開くページには、講義の動画がのっています。上のほうのSESSIONSをクリックすると、各回の講義へのリンクが開きます。残念ながら、講義のpptファイルのリンクはきれていました。それでちょっとGoogle検索で探してみると、切れていないリンクが掲載されている新しいページをみつけました。以下のリンクがそれで、このページから講義の各回の講義のパワーポイントファイルや、試験問題、試験問題の解答など教材すべてがダウンロードできます。
http://chem125-oyc.webspace.yale.edu/
これは、じっくり物理的な解説をききながら有機化学に入門するのにはよい講義だと思います。立体化学の講義の回では、パスツールの有名な酒石酸の旋光性の話を詳しく解説してくれています。面白い講義ですので、おすすめします。
ホームの方にのせている写真は今年種から育てて開花したローゼルです。ハイビスカスティーの原料で、ジャムにもなる植物です。
2022/9/20
今日は小学生とZoomで話す機会がありました。ゲームを作ったのでみせたいというので画面共有で、作ったゲームをみせてもらいました。「ゲーム作りで楽しく学ぶ Pythonのきほん」(森 巧尚 著、マイナビ出版)を、だいぶ前からやっていたのでPythonのプログラムかと思いましたが、スクラッチ(Scratch)という小学校のプログラミングで習うソフトでゲームを作ったのだそうです。Zoomの合間にネット検索してみると、ScratchはMIT(マサチューセッツ工科大学=アメリカの有名大学です)のメディアラボが作った無料の教育用のプログラミングツール(8歳から16歳向けだそうです)で、世界中でプログラミング学習に使われているのだそうです。オンラインでも使えますし、自分のPCやマック、携帯などにダウンロードして使うこともできます。こちらをご覧ください。
https://scratch.mit.edu/
日本の小中学校のプログラミング教育でも採用されているとのことで、NHKでも番組があります。
https://www.nhk.or.jp/school/sougou/programming/origin/playworld.html
とても使いやすい開発環境付きのプログラミング言語なので、これでプログラミングを学んでおけば、現在使われているPythonなどのプログラミング言語を学ぶのに大いに役立つと思われます。現在はノーコードのプログラミング言語(以前紹介したOrangeは有名です)も増えていますので、ひょっとしたら将来は、このスクラッチの大人版のようなものを使って、ノーコードでプログラムを書くのが普通になるのかもしれません。スクラッチはそういう時代を先取りしているような気がしています。次の動画はOrangeの紹介です。https://youtu.be/HXjnDIgGDuI

下にはPythonの入門書について以前書いた記事を再録しておきます。下で紹介した本はとっても面白い本だそうです。Python入門にはお勧めの本です。

2022/2/9
小学校からプログラミングの考え方を学ぶようになってきましたね。小学生でPythonとか学んでおけば、たとえPythonがJuliaに替わっても、あるいはMathematicaがもっと普及しても対応できるでしょう。実際につかえるプログラミング言語をさっさと小学校の適当な時期に学ぶのが一番いいと思います。たとえばこんな本はどうでしょう。 「
ゲーム作りで楽しく学ぶ Pythonのきほん」(森 巧尚 著、マイナビ出版)という本です。 ちゃんとしたゲームがつくれるので、ABCとタッチタイピングを学びながらプログラムを打ち込んでいけば、小学生でもPythonが学べます。小学1年生でもお母さんやお父さん、あるいは家族と一緒に学べばなんとか読める本です。ゲーム世代には最適の本で、評判の本です。

2022/9/19
今朝の台風は福岡直撃でした。幸い私の近所では被害はなかったようです。風も昨夜鹿児島に上陸した頃から夜半までが最も強かったみたいです。福岡県を通過中は風速30 m/s程度の風だったようで、夜もぐっすり眠れました。去年もそうでしたが、「今まで経験したことのない台風」だの、風速75 m/sの予報だの、いつもながらの気象庁の予告ホームランにはうんざりします。この頃は、昔のように台風の中心に飛行機がとびこんでいって観測したり、ラジオゾンデをばんばん飛ばして観測したりはしないようです。その代わりに衛星からみた雲の形や状態、レーダーでの観測などのデータをつかって理論モデルで台風の中心気圧とかも推定しているそうです(ドボラック法)。
http://agora.ex.nii.ac.jp/digital-typhoon/help/dvorak.html.ja
このところ大きい台風が毎年くるようになったのではなくて、得られたデータと、それから推定したデータから台風の状態を予測するアルゴリズムがおかしいのではないかとさえ思うような、外れ続発です。毎回毎回打席に立っごとにバッターが予告ホームランを宣言しては、だれも信用しなくなります。数十年に一度の水害とかいう表現も、毎年毎年、数十年に一度の災害が迫ってくるようで、聴いていて不快になるばかりです。毎回毎回念のためにと、当らない警報を出し続けることを止めて、なんとか予測精度の向上に努めてもらいたいものです。すくなくとも今年や去年のような空振りの警報(台風にかぎらず水害でも続発しています)がなぜ出されたのか、その再発防止策はどうするのかなどはちゃんとNHKなどで発表、公表してもらいたいものです。そうすれば予算が不足しているのがわかるかもしれません。写真は、昨日の台風接近前に、朝から我が家の波板に避難していたカマキリです。今朝とった写真ですが、昨日から今朝までずっと同じところにいて、御昼過ぎにはいなくなっていました。虫もちゃんと避難しているのですね。
2022/9/18
今夜は暴風雨になるようですので、ブログも早めに更新します。線虫講習会のお知らせです。私もこの春まで委員をつとめさせていただいていたナショナルバイオリソースプロジェクト線虫 (NBRP線虫)の運営委員会で、初心者向けの線虫講習会をすることが決まりました。現在では、高校の先生が教材として線虫を利用したいという要望や、企業の方が動物愛護の3Rsの観点から代替実験動物として線虫を使いたいという要望もとみに高まってきています。この要望にこたえるため初心者向けの線虫の扱い方の基本を体験していただく講習会を12月14日〜15日で計画しているとのことで、お知らせします。
https://nbrp.jp/wp-content/uploads/2022/09/Celegans_training.pdf
申込みフォームはこちらにリンクがあります。
https://nbrp.jp/public/event/training/event-221214/ 
2022/9/17
2022/1/5の以下の記事で紹介した無料で利用できる動画編集ソフトDaVinci Resolveについて、日本語のマニュアルが追加されたようです。こちらからダウンロードできますので、興味のある方はダウンロードしてみてください。編集の方法のマニュアル「DaVinci Resolve 17のエディターズガイド」が新たに追加された日本語版のようです。この編集ソフトはversionが18になっていますが、17の解説でも十分役立ちそうです。
https://www.blackmagicdesign.com/jp/products/davinciresolve/training#books以下の前の記事にあるリファレンスマニュアルのリンクは今は見つけにくいので、下の記事のリンクからリファレンスマニュアルはダウンロードするとよいでしょう。(2022/1/5の記事)
動画編集にはどんなソフトを使っていますか?以前、Scientific Americanという雑誌をパラパラみていたら、DaVinci Resolve  17という動画編集ソフトの広告がでていて、ハリウッドで使われているソフトで、なんと無料で利用できるとありました。Blackmagic Design Pty. Ltd.社の製品ですが最近日本語のリファレンスマニュアルが無料で公開されているのを知りました。チュートリアルとかも充実しているので時間のある方は試してみるのもいいと思います。Windows, Mac-OSX, Linux対応のソフトです。HDビデオの編集程度ならさほど高スペックなコンピュータはいらないもようです。 
2022/9/16
今日は有機化学の理解に役立つYouTubeチャンネルを紹介します。もろぴー有機化学・研究ちゃんねるというチャンネルで学習院大学の諸藤 達也先生の動画チャンネルです。諸藤 先生はこの動画チャンネルでの「動画配信による大学有機化学教育の普及」をたたえて、日本化学連合主催の化学コミュニケーション賞 2021(個人)が授与されています。
こちらが再生リストです。
https://www.youtube.com/channel/UCVdqfcGIhXFEe4JDV97X1ig/playlists
こんな動画もあります。
https://youtu.be/aNn3rdJU6mE

初歩からの解説もあります。
https://youtu.be/IEnL_s5HH6k

2022/9/15
ホームのほうに、昔 私が学生の頃に参加したセミナーで聞いた、驚きの発言について書きました。研究倫理の教育の重要性が納得できる話だと思いますのでご覧ください。
2022/9/14
YouTubeで量子生物学の番組を探していたら、以下の動画の右に表示されるおすすめに
https://youtu.be/wN1vLuNPsfk

AcademicLessonというチャネルのQuantum Mechanics Full Courseというのが表示されていたので見てみました。これはなんと一つの動画が11時間42分余りの動画です。
https://youtu.be/hyctIDPRSqY

ほかの動画リストもみてみると、https://www.youtube.com/c/AcademicLesson/videos
量子力学のadvanced レベルの講義や、線形代数、量子力学のための線形代数、解析学や代数学、グラフ理論、Rを使って学ぶ深層学習Deep Learning with R、LaTex入門コース、Data science with Python course for beginners、近代物理学入門、Git入門などなどいろんな面白そうなコースが満載でした。すべて無料ですので手軽に学べて役立ちそうです。

最初の量子生物学のビデオは、the Quantum Biology Tech Lab (QuBiT) at UCLA on Quantum BiologyというCalifornia NanoSystems Institute at UCLA(カリフォルニア大学ロサンジェルス分校)
https://cnsi.ucla.edu/about-us/what-is-cnsi/
が去年創設した量子生物学の推進を目指した研究所の所長Clarice Aielloさん(an assistant professor of electrical and computer engineering)による今年三月に行われたzoom 会議の記録です。この研究施設については次のNatureの記事も参考になります。https://www.nature.com/articles/d41586-020-02463-6
彼女のサイトもご覧ください。https://samueli.ucla.edu/people/clarice-aiello/
また、こんなサイトも参考になりそうです。世界の量子生物学センターのリストです。
https://www.theguyfoundation.org/quantum-biology-centres/
このリストがのっている The Guy Foundation Family Trust website (私設の財団のようです)のサイトには他にも量子生物学についての情報(有用なテキストのリストとか、動画、論文の一覧など)がいろいろのっています。
https://www.theguyfoundation.org/useful-reading/

2022/9/13
私が糖鎖生物学の研究をはじめたのは、両生類であるアフリカツメガエルの卵母細胞や受精卵、初期卵割胚の細胞表面にB型血液型物質が存在しており、B型血液型物質が初期胚の細胞接着に働いていることを発見したのがきっかけです。それでABO 式血液型物質には特に興味をもっています。今日は植物にもABO式血液型物質が存在するのかというお話です。以前、糖鎖生物学の入門書籍で植物にもABO式血液型があるという話を読んだことがあります。たしかカエデは紅葉する前後で血液型物質の種類が変わると言う話だったと思います。多くの糖鎖生物学の入門書は、退職の時に学生さんにあげたり図書館に寄贈したりしたので、どの本で読んだのか思い出せません。血液型物質の研究で有名な山川民夫先生に、懇親会で植物がABO型の血液型物質をもっているって本当ですかと質問したことがあるのですが、そんな話はきいたことがないというお答えでした。Google検索では、「植物の血液型」で検索するといくつもweb pageがヒットして植物にも血液型があると書いてありますが、文献があげてないので真偽不明です。さっきおもいついて、国立国会図書館のデジタルコレクションの全文検索で、「植物の血液型」というキーワードで検索すると論文がヒットしました。もちろん植物が血液をもっているわけではないので、ABO(ABH)式血液型物質(の糖鎖構造)が存在するかを血液凝集活性阻止実験や吸収実験で確認している論文です。

「植物の血液型学的研究-4-抗H,抗A,抗B凝集素を阻止する高等植物の種子と果実について / 山本茂 ; 森岡ハツ 」科学警察研究所報告. 30(2)(118号) 86-93
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1781133/8
「植物の血液型学的研究-5-ABO式血液型様活性を有する野菜,果物,香辛料の血清学的性状 / 山本//茂」 科学警察研究所報告. 34(4)(136号) 191-196
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3390226/3カエデなどにH型物質(これがO型物質のことです。)やA型物質、B型物質が存在すると書かれています。いろんな植物、種、果物、野菜などでの検索も行われています。
論文が見つかって安心しました。ABH式血液型物質については、これからいろいろ解説していく予定です。
2022/9/12
学習院大学の田崎晴明(たざき はるあき)先生の物理数学の教科書
「数学:物理を学び楽しむために 」が9月2日に改訂されています。https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/mathbook/
目次をご覧になるとわかりますが、微分、積分、常微分方程式、線形代数、偏微分や場の量の微分と積分など。基本的な物理数学がわかりやすく解説されています。また統計力学IとII(培風館、新物理学シリーズ)

https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/statbook/index.html
への修正のweb pageが9月10日更新されているほか、
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/statbook/errata.html
統計力学Iの一部さしかえ用のpdfもアップロードされています。
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/statbook/files/RevP77.pdf
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/statbook/files/RemP77.pdf

田崎先生は他に熱力学の教科書も書いておられますが
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/td/、これもきめこまやかな出版後のfollow upがされています。

また量子力学についても第二量子化の解説その他、有益な記事を公開されています。
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/qmbj/
動画とかもいろいろ公開されているので先生のホームページ
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/indexJ.htmlでご覧ください。勉強になります。https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/mgr/2021_qm1/とか
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/mgr/2020_qm3/とかが面白そうです。

https://youtu.be/v-auy9yseJ0

2022/9/11
「デモクリトスと量子計算」(森弘之訳、Scott Aaronson著)という本がでています。https://www.morikita.co.jp/books/mid/087201
訳者の森先生は東京都立大学の教授でブルーバックスの「二つの粒子で世界がわかる」https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000322626を書かれた先生です。この本「デモクリトスと量子計算」の著者Scott Aaronsonさんは、現在テキサス大学(Austin)のコンピューター科学部の教授で、量子情報センターの所長をしておられる先生です。以前はMIT(マサチューセッツ工科大学)のElectrical Engineering and Computer Scienceで9年ほど教えておられたそうです。量子コンピュータに何ができて何が限界かを研究しておられる専門家だそうです。
https://www.scottaaronson.com/
上のホームページにリンクが載っていますが、最近、先生の学部向け講義のノートが公開されました。最近公開されたのはIntroduction to Quantum Information Science II (undergraduate, 2022)という講義の講義ノートのpdfで、以前公開されていた講義Introduction to Quantum Information Science (undergraduate, 2016)の講義ノートの続きになっています。まず2016年の講義ノートから勉強してくださいとのことです。
https://scottaaronson.blog/?p=6685
2016年の講義ノートのほう(2018年発行)を読み始めてみると、大変わかりやすい講義ノートのようです。Church-Turing Thesisとは何か、という解説から始まっていますが、わかった気にさせてくれる説明でした。二重スリットの実験の話が次に続いていて、読みやすい講義ノードです。興味のあるかたは一度ダウンロードして読んでみてください。
2022/9/10
今日は中秋の名月です。ここ数年 福岡では、中秋の名月は雲に隠れてちらっとしかみえなかったり、雨だったりしたのですが、今日は快晴で丸い美しい満月を堪能できました。(15夜の月は必ずしも毎年満月とはかぎらないのです)
東の山から高く上った月の左下には、木星がでていました。今日は数学関係の本を二冊紹介して寝ることにします。
一冊目は、今日AmazonのKindle unlimitedで偶然見つけた本です。「世にも美しき数学者たちの日常」(二宮敦人著、幻冬舎2019年)という本で、日本の数学者の方々(黒川信重、加藤文元、千葉逸人、高瀬正仁など著名な数学者や数学教室講師、芸人などへのインタビューが集められている本です。
https://www.gentosha.co.jp/book/b13642.html
最初に九州大学におられた高瀬正仁先生(九大名誉教授)のインタビューを読みました。先生とは残念ながらお話したことがないのですが、岡潔やガウス、リーマンなど数学史に名を刻んでいる数学者の原著の解説本や数学史の本、岡潔の伝記など様々な興味深い本を書かれている先生です。現代数学は間違った方向にいってしまっていて、しょうむない問題を設定してそれを高度な数学を構築して解いているというような現代数学批判の発言が収録されています。鶴亀算の解き方を例にとって、亀がぱっと二本足で立ったとしたらというアイデアで問題を解くのが岡潔やオイラー、リーマンの情緒の数学、鶴亀算から連立方程式を考案して、一般化して様々な問題が解けるようにするのがカルタンなどが創始した現代数学だという話をされています。高瀬先生がなぜ数学史や偉大な数学者の原典解説本を著されているかがよくわかりました。他の先生がたへのインタビューもとても面白そうでこれから読んでみようと思います。
もう一冊は、「ガロアの夢―群論と微分方程式」(久賀道郎 著 日本評論社)という本です。東京大学教養学部のゼミナールで行われた講義の記録という本で、名著という評判の高い本です。これは購入しなくても国立国会図書館の個人送信資料で読めます。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1383206
こちらでパラパラ眺めてみて読めそうだったら読んでみてください。私は昔 紙の本を購入して読み出しましたが、挫折中です。
2022/9/9
今日は以前紹介したことがあるサイト 科学図書館
http://www.cam.hi-ho.ne.jp/munehiro/science/scilib.html#top
にある本をいくつか再紹介しておきます。是非サイトを訪れてダウンロードして読んでみてください。私は、パスツールの「自然発生説の検討」を高校の時によんで感動しました。このサイトには国立国会図書館の個人送信資料でよめる本もはいっていますが、その場合でもTexでくみなおされたpdfは、個人送信資料のみにくいスキャン画像を凌駕しています。『数学史散策」(増補版)村田全
『科 学の価値』ポアンカレ・田辺元訳
『科学者と詩人』ポアンカレ
ハーヴェイ 『動物の心臓ならびに血液の運動に関する解剖学的研究』
ルグロ 『科学の詩人――ファーブルの生涯』
ダーウィン 「人 及び動物 の表情について」〔改訂版〕
パストゥール 「自 然発生説の検討/自然発生について」
アーレニウス 「史的に見たる科学的宇宙観の変遷」〔改訂版〕寺田寅彦訳
オストワルド 「エネ ルギー」 全面改訂版。
『量 子力学史」(改訂版) 天 野清の主著。
「熱輻射論と量子論の起源(改訂版)」天野清
「光 と生命」(N・ボーア著)
「物理学序説〔改訂版〕」寺田寅彦 (物理学の哲学的考察を目指しながら、惜しくも 未完に終わった論考。附録として「自然現象の予報」をつけた)以前の記事はこちらです。
https://glycostationx.org/2018/06/06/%e7%84%a1%e6%96%99%e3%81%ae%e7%84%a1%e6%96%99%e3%81%ae%e7%a7%91%e5%ad%a6%e3%81%ae%e6%9c%ac%e3%82%92%e3%83%80%e3%82%a6%e3%83%b3%e3%83%ad%e3%83%bc%e3%83%89%e3%81%97%e3%81%a6%e8%aa%ad%e3%82%81%e3%82%8b/ 
2022/9/8
東京大学の進矢 先生の研究室ホームページ
http://enzyme13.bt.a.u-tokyo.ac.jp/fushi/index.htmlと
twitterをときどき拝見して勉強させてもらっています。
https://nitter.net/sugargroove
今日みた先生のtwitterでは論文で%や℃の前にスペースをいれるのかどうかということについて議論されていました。
一般に単位で測る量を論文に書くときは、単位の前にスペースを入れるのが原則です。これは数字のあとのスペースが、掛け算を意味していると考えるとわかりやすいです。プログラミングでスペースは乗算を意味するので、なじみやすい解釈ですね。ということで30 kmとか100 mAのように、測定値のあとにスペースをいれて単位を書き込むわけです。それから唯一の例外は、角度を表す度(°)と分(′)と秒(″)でこれはスペースなしで使いなさいと教えてきました。また単位ではない℃や%を使う時には、数字のあとにスペースを入れてはいけませんと教えてきました。27℃とか100%とか書きなさいということです。
しかしtwitterの議論によると、最近では、この℃と%の前にもスペースをいれなさいという規則ができてきたようです。
国際度量衡局(BIPM)の決めたSI単位系の使い方の基準 国際単位系(SI)という冊子によると、℃もパーセントも共に数字の後にスペースをいれるそうです。こちらからhttps://www.bipm.org/en/publications/si-brochure
冊子をダウンロードして5.4.7節や5.4.3節をごらんなさい。
SI Brochure: The International System of Units (SI)
pdfファイルへのリンクはこちらです。
The International System of Units – 9th edition – Text in English (2019)
https://www.bipm.org/documents/20126/41483022/SI-Brochure-9-EN.pdf
日本語版は計量標準総合センターのサイト
https://unit.aist.go.jp/nmij/
の以下にあります。SI文書第9版(2019)日本語版及び関連資料
https://unit.aist.go.jp/nmij/public/report/SI_9th/index.html
pdfへのリンクはこちらです。

https://unit.aist.go.jp/nmij/public/report/SI_9th/pdf/SI_9th_%E6%97%A5%E6%9C%AC%E8%AA%9E%E7%89%88_r.pdf
正誤表もご覧ください。
https://unit.aist.go.jp/nmij/public/report/SI_9th/pdf/20220714_seigohyo.pdfでもいまのところ、℃と%の前にスペースを入れない流儀が生命科学系では主流みたいです。また、角度の表記についてのスペースをいれないという例外慣習は、国際単位系の冊子でも守るようにと書かれています。
2022/9/7
YouTubeをみていたら、右のほうにでてくる おすすめ動画に大隅 良典先生の講演「半世紀の研究を振り返り、コロナ禍に思う ー基礎科学の大切さと魅力ー」が表示されたので見てしまいました。基礎研究の大切さをうったえる先生のこの講演動画をおすすめします。大隅先生は福岡の高校、福岡高校(通称 福高)の卒業生です。ノーベル賞をもらわれたあと、母校の復興で講演されたと聞いています。

https://youtu.be/8IGJ802yYPI

 

東京理科大学創立140周年記念講演会・招待講演「半世紀の研究を振り返り、コロナ禍に思う ー基礎科学の大切さと魅力ー」

東京工業大学 栄誉教授 2016年ノーベル生理学・医学賞受賞 大隅良典氏の動画です。細胞周期研究、液胞研究、オートファジー研究の歴史をふりかえり、基礎研究の軽視に警鐘を鳴らしておられます。

2022/9/6
こちらでは台風11号の被害はあまりありませんでした。福岡は暴風域がかすめたので風はすごかったです。でも対策が進んでいるのか、いつも台風が通過したあとにみられる倒れた屋根の上のアンテナとか、カーポートの波板がはがれているというような風景はみかけませんでした。直撃の台風でなくてよかったです。私の家では南風で郵便受けの蓋が外れて飛んで落ちたくらいの被害でした。あとはご近所の庭の木が風で傾いたり、草花が倒れたりしていました。温帯低気圧になったようですが、北日本の皆様も被害がないことを祈っています。さて、今日はYouTubeをみるときの広告を消す機能拡張を紹介しておきます。Braveのブラウザではなにもせずとも広告は自動で除去されます。FirefoxではAdBlocker for YouTube™という機能拡張https://mybrowseraddon.com/adblocker-for-youtube.html
をあらかじめ入れておくと、広告は表示されなくなります。いつもでてくる英文文法チェッカーの広告とかがなくなるので快適です。たとえばこんな動画をみることができます。
https://youtu.be/B8WnCAOcheMhttps://youtu.be/B8WnCAOcheMこの動画は以下のチャンネルの動画の一つです。人気のチャンネルだそうです。マイクロソフトのエディタのVSCodeの入門動画ですね。
https://www.youtube.com/channel/UC5Kgc_HNzx4GJ-w4QMeeKiQ/playlists
VSCodeのプログラミング用のおすすめ機能拡張については以下のQiitaにでている記事をご覧ください。とても参考になります。

https://qiita.com/KNR109/items/5f933df1292564e6dc70
下の動画はMRC LMBの動画です。これも見る時に広告がでます。私はヘッドホンを使っているので広告がでてもヘッドホンを外すだけですけれど‥‥。
https://youtu.be/D8xv_pJvD1ghttps://youtu.be/D8xv_pJvD1g
2022/9/5
今日は福岡に台風が接近しています。夕方、玄関でガシャーンとガラスの割れる音がしました。あわてていってみると飾ってあった額が風で落ちてガラスが散乱していました。たいした風も吹いていなかったので玄関を網戸にしていたのが悪かったのでした。突風が突然吹き込んできたようです。
天気予報をみると、台風の風向きをベクトル場のように動画で表現した画面で解説している場面をよくみかけます。それによると今夜は台風の風は南から吹き付けてくるそうです。ニュースでやっているような、ベクトル場表示の風向き地図はこちらで見ることができます。
https://earth.nullschool.net/jp/
NHKもdigital earthというのを作っているはずなんですが、今夜はみつけられませんでした。このサイトでは風向きの他、海流や波浪も動画表示で見られます。また気温やオーロラとか、湿度、降水量などなどいろんな情報が地球儀上でみられますので面白いです。みたいももは、下の写真の左下にあるearthという部分をクリックすると選択窓が開くのでそこで選べます。Copyright (c) 2022 Cameron Beccario
詳しくはこちらでどうぞ。
https://earth.nullschool.net/jp/about.html
2022/9/4
Mathematicaを使って量子力学を学ぶための教科書の紹介をホームに書きましたのでご覧ください。無料で公開されている、量子力学をMathematicaを使って学ぶという教科書については以前紹介しました(ホームの方の記事の末尾にペーストしておきますのでご覧ください)。別の先生の教科書をみつけたので紹介しておきます。Daniel V. Schroeder先生(アメリカのオレゴンにある大学の先生のようです。Department of Physics and Astronomy,Weber State University のMathematicaを使った量子力学の講義本(ドラフト版でNotes on Quantum Mechanics (unpublished, 2022) という本です。a draft textbook for a one-semester undergraduate course in Quantum Mechanicsと書かれていますが、次のweb pageにあるリンクからダウンロードできるので、ご覧ください。https://physics.weber.edu/schroeder/quantum/QuantumBook.pdf
この先生のページhttps://physics.weber.edu/schroeder/#booksにはMathematicaを使った量子力学の講義がいかに優れているかを紹介している次の動画もありますのでご覧ください。Liberating undergraduate quantum mechanics through computation (21-minute video of talk for AAPT summer meeting, 2021)という動画です。
https://1533221.mediaspace.kaltura.com/media/Liberating+undergraduate+quantum+mechanics+through+computation/1_ta4qsdny他にもhttps://physics.weber.edu/schroeder/software/には、物理の教育用のソフトがおいてあります。分子動力学のデモソフトとかいろんなソフトもありますので面白いと思います。
2022/9/3
今日はThe 24th Collegium for Comparative Glycomics(毎年開催されている比較グライコーム研究会の国際的な新しい名称です)にオンラインで参加しました。興味深い講演ばかりでしたが、長崎国際大学の藤井 佑樹先生のお話のなかにブリコラージュ bricolageという言葉が紹介されたので、皆さんにも紹介しておこうと思います。これはノーベル賞を授賞したFrançois Jacob( フランソワ ジャコブ)が進化の機構として紹介した概念です。藤井先生によると、Jacobの本  The possible and the actualにのっているとのことで、さっそくInternet archiveで探してみました。貸出可能な本でこちらから借りられます。https://archive.org/details/possibleactual00fran
本の中身を検索するとbricolageではヒットしませんがbricoJageでヒットして以下の記述がでてきました。(OCRしたテキストを検索しているのがわかりますね!)
Page 34
In contrast to the engineer, evolution does not produce innovations from scratch. It works on what already exists, either transforming a system to give it a new function or combining several systems to produce a more complex one. Natural selection has no analogy with any aspect of human behavior. If one wanted to use a comparison, however, one would have to say that this process resembles not engineering but tinkering, bricolage we say in French. While the engineer’s work relies on his having the raw materials and the tools that exactly fit his project, the tinkerer manages with odds and ends. Often without even knowing what he is going to produce, he uses whatever he finds around him, old cardboards, pieces of string, fragments of wood or metal, to make some kind of workable object. As pointed out by Claude Levi-Strauss, none of the materials at the tinkerer’s disposal has a precise and definite function. Each can be used in different ways. What the tinkerer ultimately produces is often related to no special project. It merely results from a series of contingent events, from all the opportunities he has had to enrich his stock with leftovers. In contrast with the engineer’s tools, those of the tinkerer cannot be defined by a project. What can be said about any of these objects is just that “it could be of some use.” For what? That depends on the circumstances.生物の進化におけるイノベーションは、技術者が一から設計するようなイノベーションではなくて、生物が既にもっているもの=既存のシステムに新しい役割をわりふったり、あるいは既存のシステムをいくつか併せて新しい複雑なシステムに仕上げたりすることで実現するというのです。これはちょっとした手直しをして道具を改良したり修理したりする作業(tinkering)=鋳掛屋仕事といえるものであり、これをフランス語でbricolageというのだというようなことが書いてあります。Jacobのインタビューでbricolageに触れているYouTube番組はこちらです。英語字幕付きです。https://youtu.be/P5TNjLzy6QI ホメオティック遺伝子とブリコラージュというフランス語のインタビューです。

このサイトWeb of Stories – Life Stories of Remarkable Peopleには有名な科学者のインタビューがいろいろあります。
https://www.youtube.com/c/webofstories/playlists
Brennerさんとか、物理学者のフリーマンダイソン、コンピューター科学者のKnuthとかいろんな方の話が聴けますので一度みてみるとよいでしょう。

2022/9/2
京都大学の京都大学図書館機構から小冊子「あなたのための推薦図書」 vol.1~vol.3が発行されました。学生がこんなことを学ぶのにいい本はないか、こういう目的にかなった本はなにかないかなどを図書館にリクエストして、大学院生のスタッフが答えた内容をまとめたパンフレットだそうです。たとえば圏論の入門書でいいのはありませんかとか、Pythonのいい入門書、テキスト処理のいい入門書なども含まれています。哲学のいい本、生命科学のよい入門書などなどいろいろな本の紹介が読めます。これはよくある、先生が推薦するおかたい名著をあつめたものではないので、ダウンロードしてゆっくり眺めてみると とても参考になると思います。こちらからダウンロード可能です。
https://www.kulib.kyoto-u.ac.jp/bulletin/1394993
2022/9/1
9月になりました。8月の末に、一年に一回受講することが大学できめられているeLearningの受講をすませました。日本学術振興会の「研究倫理eラーニングコース」というオンライン研修です。登録すればどなたでも受講できるそうです。
https://elcore.jsps.go.jp/top.aspx
その内容は別途発行されている
「日本学術振興会『科学の健全な発展のために』編集委員会編『科学の健全な発展のために-誠実な科学者の心得-』
丸善出版株式会社、2015(平成27)年」にもとづいているそうです。ですから登録が面倒な一般の方はこちらから
https://www.jsps.go.jp/j-kousei/data/rinri.pdf
pdfをダウンロードして読まれるとよいと思います。大学や研究所に所属しているかたはすでに受講を済ませておられるか、あるいはそのうちに受講指示がきて受講することになるので、個人で登録して受講する必要はないと思います。私は九大時代から結構な回数受講しています。昔と比べると、内容は徐々に改良されているのがわかります。以前こうしたeLearningの中にしばしば無批判に含まれていた、物理学者ミリカンのcherry picking疑惑とかメンデルのデータ操作疑惑の話(いずれもしっかりとした反論がなされていて、研究不正の例にするには問題がある話でした)などはこのeLearningの内容には含まれていませんでした。学生や研究者、事務の方などは受講が義務付けられていることが多いと思いますが、一度は受講しておくとよい内容の研修です。科学に興味がある一般の方もいちどはpdf版に目をとおしておかれることをお勧めします。研究不正といえばこんなYouTube番組がありました。音声読み上げソフトをつかった動画で聞き取りにくいので、私は音を消して字だけを読むようにして視聴しようと思います。
https://youtu.be/OtXTv9KF1eY

この動画シリーズにもとづく本で、Kindle unlimitedに含まれている「奇書の世界史」という本にも収録されていますので、「ゆっくり」と俗称される音声読み上げソフトの声が嫌いなかたは、この本を読まれても良いと思います。とても面白い本なので一読をおすすめします。

2022/8/31
2022/2/13に以下の記事を書きました。医学書院の医学界新聞のサイトはいろいろ生命科学研究者や学生に参考になる記事があるので是非、ちょくちょく見てください。今日は医学界新聞(医学書院発行)を紹介します。医学に興味のある理系の研究者におすすめのサイトです。いろんな連載や記事があって参考になります。連載では、「臨床研究・疫学研究のための因果推論レクチャー」や「今日から使える医療統計講座」、その他学会発表のやり方や英語論文の書き方などいろいろありますので探してみてください。連載中のものはこちら。連載終了のものはこちらにリンクがあります。さっき教えてもらったのですが、この医学界新聞に昨年、サイバー攻撃についての記事が昨年出ていました。ランサムウエアをパソコンに入れるために犯人が送りつけてきたメールの実例と、その攻撃に対する対策が書かれている記事です。届いたのは受け取った先生が最近公表して評判になった論文についてのメールで、医学部の学生である私の先生の書かれた論文に対する意見を、個人情報が入っている内容なのでzipファイルで暗号化して添付ファイルにつけています。添付ファイルを開いてみていただいて先生の御意見をいただけたらありがたいですというような慇懃丁寧なメールです。これは私も添付ファイルを開いてしまいそうな文面です。標的型攻撃メールというのだそうです。宛先の業務内容や人物を詳しく研究してそれにあわせた内容をつくりあげて、標的型攻撃メールを作成して送ってくるというのは、ランサムウエアの犯人たちが常用する手段だそうです。どんなものかは以下のリンク先の記事で皆さんご確認ください。対策も書かれているので勉強になります。https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/archive/y2021/3411_02
2022/8/30
九州大学が3次元立体モデルで生物標本を表示するデータベースを公開しました。昆虫や魚、植物などの標本を三次元立体モデルで表示して観察することができます。

世界に先駆けてリアルな「3Dデジタル生物標本」を1400点以上公開」という九州大学のサイトにのっているニュース記事をご覧ください。
https://www.kyushu-u.ac.jp/ja/researches/view/802/
実際の立体モデルをみるのはこちらのページからどうぞ。
https://sketchfab.com/ffishAsia-and-floraZia/models

「公開された3DモデルのほとんどはCC BY 4.0ライセンスの下、誰でも自由にダウンロード・利用できます。」とのことです。埋め込み用のコがページから取得できるので、自分のweb pageにモデルを埋め込むこともできます。
実際に一つ3Dモデルを埋め込んでみましょう。コオニユリという花を表示したのが次の写真です。下のほうに青い字でDownload 3D modelという表示があります。その隣の隣に</>Embedというボタンがあります。これをクリックしてembed用のコードをコピーして、自分のweb pageにはりつければ終わりです。
こんな感じになります。full screenをクリックすると全画面表示で立体モデルを観察できますのでお試しください。

Credit表記は animal類は ffish.asia | plant類は floraZia.comでお願いしますということです。
論文はこちらを見てください。https://riojournal.com/article/86985/
論文にのっているYouTubeビデオを一つ挿入しておきます。くさいちごの立体標本です。

立体図鑑の登場ですね。子供から大人まで楽しめるサイトです。是非活用してください。

2022/8/29
ホームのほうに私の中学生のときクラスメートが発掘した円筒埴輪に関する思い出話を書きました。国立国会図書館の個人送信資料で読めるおすすめの京都名所案内書も紹介していますのでご覧ください。以下はリンクのみ掲載しておきます。京都の本屋の駸々堂という出版社が昭和京都名所図会という全7巻からなる本をだしていたのですが、その本の第6巻 洛南の巻に坂上田村麻呂の墓のことが書かれていました。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/9576300
このシリーズは京都の有名な史跡や神社、寺などを網羅しており、京都観光の前に予習で読んでみると、お寺や神社、その他史跡の知識が満載されていますので、観光が一段と楽しくなると思います。キーワード「昭和京都名所図会」で個人送信資料を検索してみてください。あと「京都の自然」(ナカニシヤ出版)という本もおすすめです。昔の本ですので山登りの情報は事前に再調査する必要があると思いますが、地質や植生などについての記述は参考になると思います。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/9575661
京大の正門前にあった本屋さんの本です。
下の動画は九州国立博物館の円筒埴輪についての動画です。参考までに。

 

2022/8/28
去年の年末には近所にある前方後円墳 光正寺古墳に登りました。今朝は天気がとてもよかったので、急遽 春日市にある日拝塚古墳(ひはいづかこふん)に連れていってもらいました。下のギャラリーの写真をクリックすると大きな写真がみられます。写真とリンクのみ以下には記載しておきますので、詳しくはホームのほうでご覧いただければと思います。

文化遺産オンラインにはこの古墳のことも掲載されています。
https://bunka.nii.ac.jp/heritages/detail/202886

春日市は魏志倭人伝の伝える奴国があったところとされています。いろんな遺跡がありますのでこちらに来られた時は訪れてみてください。春日市の遺跡については以下のpdfがわかりやすいです。

https://www.city.kasuga.fukuoka.jp/_res/projects/default_project/_page_/001/002/250/naruhodokasuga.pdf
以下のブログの記事も大変参考になります。
https://koikoi2011.blog.fc2.com/blog-entry-499.html
https://koikoi2011.blog.fc2.com/blog-entry-857.html

2022/8/27
ホームのほうの記事に武道と五輪書、そして地水風火空の五輪の意味について書きました。以下にはリンクのみ集めておきます
生命知としての場の論理」(中公新書1333)という本です。
生命を捉えなおす 生きている状態とは何か」がベストセラーになったのでお読みになった方もいるかもしれません。清水先生の本のおかげで、生命科学の研究の役に立つかもと思って、いろんな武道の伝書を読むようになりました。清水先生の「生命を捉えなおす」と言う本はビジネスパーソンに感動を与えて、先生はいろんな企業や政府の会にも呼ばれてお話をされていたようです。企業戦士に影響を与えたといえば、宮本武蔵も世界的ですね。宮本武蔵についてはその著書 五輪書(ごりんのしょ)が、Book of Five Ringsというタイトルで英訳されて世界中のビジネスパーソンに読まれているそうです。日本語で五輪書の原文と現代語訳が読めるのは国立国会図書館の近代デジタルライブラリーにある、この本(宮本武蔵五輪書詳解 1943年刊)が手軽です。また最近使えるようになった国立国会図書館の個人送信資料の中にも五輪書が入っています。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1265872
また、同じ個人送信資料にある日本武道全集の第一巻にも五輪書がよみやすい形で含まれています。これには柳生新陰流、タイ捨流、心形刀流、二天一流などの解説と伝書がいろいろはいっていますので時代劇ファンの方にも興味がもてる本だと思います。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2466845
また
NHKの100分de名シリーズでも五輪書をとりあげていました。
2022/8/26
以前、京都大学のPython演習本を紹介したことがあります。この本(こちらからダウンロード可能です)の欠点は解答がないことだという指摘をもらいました。大学生の授業用教材を公開しているだけなので解答を提供していないのは理解できるのですが、Python初心者はちょっとしたところでうまくプログラムが動かず、模範解答がないので、結局有料コースを探してそちらで学ぶということになるようです。東京大学のこちらの教材はその点、解答つきなので京大版よりずっとよいかもしれません。
https://sites.google.com/view/ut-python/html版やpdf版、jupyter版などダウンロードして勉強できます。Google Colaboratoryを使うのでGoogleアカウントをつくって利用すると便利です。もちろんanacondaなどでColabを使わずに勉強してもいいと思います。
2022/8/25
ホームのほうに、ラッセル・アインシュタイン宣言について書きました。以下に日本語訳のリンクがありますのでお読みください。ラッセルアインシュタイン宣言は、核兵器廃絶をねがって湯川さんはじめアインシュタインやバートランドラッセル、マックスボルンなどなど著名な科学者が名を連ねた宣言です。核戦争が話題になるこの頃ですが、読み返してみるべき文書だと思い翻訳ののっているサイトを以下に紹介しておきます。https://www.pugwashjapan.jp/russell-einstein-manifesto写真はニュースでやっていたJames Webb Space Telescopeが撮影した木星の写真の一枚です。きれいに木星の環も写っています。
こちらのサイトに写真へのリンクがあります。https://webb.nasa.gov/
高解像度版もダウンロードできますのでサイトでオリジナル版もご覧ください。https://www.flickr.com/photos/nasawebbtelescope/albums/72177720301006030
2010年宇宙の旅というクラークのSFを思い出しました。
2022/8/24
Qiitaの英語版の様なサイトであるdev.toをみていたら、英語でPythonを学ぶ無料コースを特集した記事がでていました。
Top 10 Free Online Python Coursesというタイトルで、10のpython無料コースが紹介されています。こちらからどうぞ。
https://dev.to/todaydealsorg/top-10-free-online-python-courses-48ne
記事にはUdemyの無料チュートリアルというのも幾つか紹介されています(英語の記事なので英語版の動画です)。Udemyに無料チュートリアルという無料コースがあるのは知りませんでした。Udemy以外のものも紹介されているのでよかったらみてみるといいでしょう。字幕もだせるので、英語の勉強にもいいと思います。例えばこんな動画があります。
https://www.udemy.com/course/python-free-intro/
英語の勉強といえば、Udemyの無料チュートリアルの英語版の動画は面白いと思います。native speakerでない方の英語講義もありますので、サンプルビデオで聞き取りやすい動画を選ぶといいと思います。YouTubeとはまた一味違った動画があります。
https://www.udemy.com/ja/topic/math/free/
あたりで検索するといろいろ数学の動画がヒットします。
物理ならこちら。
https://www.udemy.com/ja/topic/physics/free/
pythonとかR言語とかの無料チュートリアルも以下から探せます。
https://www.udemy.com/ja/topic/python/free/
https://www.udemy.com/ja/topic/r-programming-language/free/
freeの前にいろいろ単語をいれると無料チュートリアルが探せます。
Rstudio Cloudというのもあるんですね。こちらは日本語の無料チュートリアルです。
https://www.udemy.com/course/lets_start_rstudio-cloud/
今、ちょうと今、Udemyはセール(8月31日まで)をやっているようです。有料コースも安い価格で購入できるようです。
2022/8/23
先日写真を紹介したアサガオの根元にあるジュズサンゴの花が咲きました。今日は個人送信資料(国立国会図書館)で読める文学の本を紹介します。
ドイツのシュトルムの作品集はいかがでしょうか。「みずうみ」は有名ですね。中学校卒業のとき、先生が卒業祝いに下さった本です。「茶の本」と「みずうみ」があって、私はこちらを選びました。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1698176

https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1697923
茶の本はこちら。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3022027
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1668475 

他にも、検索してみると、サマセットモーム全集とか、モームの「人間の絆」とかも読めることがわかります。中学校のときはクラスメートが探偵小説を次々と読んでいたのを思い出しました。アガサクリスティやクリスチーで検索すると、ABC殺人事件https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1670948とかオリエント急行殺人事件https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1671273などいろいろヒットします。もちろんクイーンだのシャーロックホームズなどもあります。今NHKのBSでポアロを放送していますが、原作と比べるのも面白いかもしれません。https://www.nhk.jp/p/poirot/ts/1K56ZK71Q9/
2022/8/22
進化の本を先日紹介しましたが、無事本日「進化と人間行動第2版」のほうも到着しました。著者のお一人、大槻久先生は九大生物学科のご出身と知りました。なかなかよさそうな本です。今日は進化の動画で面白そうなものが公開されたので紹介しておきます。閉鎖とのことで話題の京都大学OCW(オープンコースウエア)にて、昨年11月に京都大学の第17回MACSコロキウムで行われた以下の二つの講演が動画公開されています。
https://ocw.kyoto-u.ac.jp/course/1101/
早水先生の講演は進化系統樹についての話で、倉谷先生のほうは進化と発生のパターンについての講演です。要旨を読むとどちらも面白そうです。それぞれ1時間程度の動画です。

第17回 MACSコロキウム
進化の系統樹と系統ネットワークに関する組合せ論
早水 桃子(早稲田大学・専任講師―当時 : 現在は准教授)
https://youtu.be/mBHRueanQoY

進化と発生のパターンについて
倉谷 滋(理化学研究所・主任研究員)
https://youtu.be/1d_m39AzbfQ

 

2022/8/21
昨日注文した進化政治学の本が今日とどきました。長谷川先生達の書かれた本も今日注文して、明日届くそうで楽しみです。今日は統計解析で使うプログラミング言語の標準であるR言語をつかって疫学研究をするための手引きの紹介をしておきます。詳しくはホームをご覧ください。こちらにはリンクを載せておきます。疫学の研究向けのEpi R Handbookという本がオンラインで読めますので、疫学に興味のある方はご覧ください。

詳しくはhttps://www.epirhandbook.com/en/
の中にあるダウンロードページを見てください。https://epirhandbook.com/en/download-handbook-and-data.html
日本語版も9月中旬公開予定だそうで楽しみですね。
また関連情報がこちらApplied EpiTMのページにまとまっています。
https://www.appliedepi.org/
登録が必要ですがオンラインチュートリアルもあるそうです。
https://appliedepi.org/tutorial/
2022/8/20
本を二冊紹介します。進化論の観点から考察することで人間の行動、戦争の起こる原因などが解き明かせるかもという学問(進化政治学)に関する本です。詳しくはホームをご覧ください。
進化政治学と平和 科学と理性に基づいた繁栄:伊藤 隆太 著
芙蓉書房出版
https://www.amazon.co.jp/dp/4829508329こちらに詳細な書評がでています。https://shorebird.hatenablog.com/entry/2022/06/11/115732
関連した本として、長谷川真理子先生他による今年出版されたこの教科書も面白そうなので紹介しておきます。
進化と人間行動 第2版:長谷川 寿一,長谷川 眞理子,大槻 久 著
東京大学出版会
https://www.amazon.co.jp/dp/4130622307
2022/8/19
先日のDNAの突然変異メカニズムの量子力学的モデリングの論文の著者 Jim Al-Khaliliさんの新しい動画です。Oxford philosophy of physics seminarsというオックスフォード大学のセミナーシリーズでの講演です。この方は、テレビなどで科学解説番組にいろいろ出演されているようです。YouTubeで名前で検索するとBBCほかいろんな番組の動画がみられます。

Life on the Edgeはこの前紹介した彼の有名な本の原著のタイトルです。このオックスフォード大学提供のセミナーシリーズ
https://www.youtube.com/c/OxfordPhilosophyofPhysics/videosは面白そうです。
ざっとタイトルを見てみたのですが、みてみたい動画が色々ありました。
https://youtu.be/OmaSAG4J6nw

上の動画のタイトルは、Title: Why We Shouldn’t Believe in Hilbert Spaces Anymore, and the Case for Platonic Quantum Theory というものです。ハーバード大学の先生の講演です。動画の最初のほうは生物をやっている私などにもわかりやすい導入でした。ヒルベルト空間を使った量子力学の定式化はだめだというお話です。提唱したフォンノイマンも1935年に自分ではヒルベルト空間による定式化を絶対的には信じていないといっているという話もありました。かわりになるのは、Gelfand–Naimark–Segal construction (GNS構成法)というC*代数というものを用いる理論だそうです。ハーバード大学のこちらの動画シリーズは物理の人には面白いかもしれません。https://www.youtube.com/channel/UCPRe-yID_EaQwvCZM7hU9Hw/videos
この先生の以下の動画は、物理と哲学の話でより一般向けでわかりやすいかもしれません。同じ画像ですがこちらのほうがより最近の講演です。

 

2022/8/18
THE ROYAL INSTITUTIONの講演動画の紹介です。
Physics experiments that changed the world – with Suzie Sheehyという動画です。
20世紀のはじめ、21世紀はこんなのになるのではというカードがでていたそうです。

https://commons.wikimedia.org/wiki/Category:France_in_XXI_Century_(fiction)
上のリンクのような未来予測のカードがフランスででていたそうですが、この時代には、物理学にもう画期的進歩はなかろうという意見も結構有力視されていたそうです。しかし20世紀への変わり目から、次々と新しい実験的発見がありました。この講演は

1900年あたりのレントゲンによるX線の発見の紹介からはじまります。ラザフォードの実験と彼のグループにいた忘れ去られた優秀な女性研究者Harriet Brooksの話、テスラの1200万ボルトの高電圧発生装置が物理学の発展に及ぼした決定的役割、原子爆弾の開発と、核分裂を発見したLise Meitnerのマンハッタン計画への参加拒絶の話 (彼女はこういって参加を断ったそうです。I will have nothing to do with a bomb!)、広島・長崎への原爆投下で物理学者が物理学の社会とのかかわりに目覚めた話、ウイルソンの霧箱や粒子加速装置の開発からハドロンコライダーまでの話など興味深い話が、デモ実験と併せて展開されています。Sheehyさんは最近The matter of everything twelve experiments that changed our worldという本を書かれたそうで、この講演はその本の内容紹介にもなっています。https://www.amazon.co.jp/Matter-Everything-Twelve-Experiments-Changed/dp/1526618966
https://youtu.be/aXg3edeUrtc

 

2022/8/17
DNAの突然変異の過程に量子現象が関与しているのではないかという議論はずいぶん昔からありました。最近、Nature系列の雑誌Communications Physicsに面白い論文がでていました。オープンアクセスですので誰でも自由に読むことができますのでご覧ください。
An open quantum systems approach to proton tunnelling in DNA というタイトルで
Jim Al-Khaliliのグループ(Department of Physics, University of Surrey, Guildford, GU2 7XH, UK)からの論文です。 この人は昨今の量子生物学ブームに火をつけた方です。このブログでも以前の記事でとりあげています。「量子力学で生命の謎を解く」(SB Creative社発行)という本はベストセラーになりました。Slocombe, L., Sacchi, M. & Al-Khalili, J.
An open quantum systems approach to proton tunnelling in DNA. Commun Phys 5, 109 (2022). https://doi.org/10.1038/s42005-022-00881-8
論文はこちらからダウンロードできます。
https://www.nature.com/articles/s42005-022-00881-8#Abs1

DNAの塩基G(グアニン)とC(シトシン)は水素結合でDNAの二重らせんの中で結合しています。一方の鎖のGはもう一方の鎖のCと三本の水素結合で結合するというわけです。(塩基のアデニンAは塩基のチミンTと二本の水素結合で結合します)。この論文ではこれら核酸塩基の間に働いている水素結合を担う水素原子(プロトン)が量子トンネル効果で移動して核酸塩基が互変異性体(tautomer)へ変化する現象を量子力学でモデル化して研究しています。例えばG–C ↔ G*–C* → G*–T(註:アスタリスクはGやCの互変異性体を示します)となって、本来Cであるべきところがプロトン移動による互変異性体の形成の結果、Tに変わってしまうという突然変異がおきるわけです。論文ではこうした突然変異が起こる確率を計算しています。プロトンの量子トンネル効果によって互変異性体ができて平衡に達する時間や確率を量子力学と統計力学を用いて計算しています。絶対温度300ケルビン(だいたい摂氏27度の室温です)での計算結果は、互変異性体による突然変異のおきる確率が従来の古典モデルで予想した値の10000倍になることを示しているそうです。今まで量子現象は突然変異にはほとんど寄与指定いないと考えられていたのですが、どうやら突然変異には量子効果が極めえ重大な役割をはたしているようです。今回の論文のように、量子力学を常温での生命現象に応用する試みがこれからどんどん増えていくと思われます。面白い時代になってきました。以前のブログの記事はこちらです。
https://glycostationx.org/2018/10/02/%e7%a7%8b%e3%81%ae%e3%81%8a%e3%81%99%e3%81%99%e3%82%81%e6%9c%ac%e3%81%9d%e3%81%ae%ef%bc%91%e2%80%95%e9%87%8f%e5%ad%90%e7%94%9f%e7%89%a9%e5%ad%a6%ef%bc%88%ef%bc%91%ef%bc%89/
2022/8/16
AlphaFold2を自分のパソコンにインストールする方法についてはこちらのQiitaの記事が参考になりそうです。
https://qiita.com/suginaga/items/b487293c1b54d51714c9
またGoogleのColabFoldをクラウドではなく、自分のパソコンで使えるようにしたシステムLocalColabFoldの利用法もQiitaに記事がでています。
https://qiita.com/Ag_smith/items/fca48002fbdcb15145c0
これはGPUが本家の無料版では安物しかつかえない、使用時間の制限があって使い物にならないなどの場合の対策として利用されているシステムです。
LocalColabFoldのインストールの仕方はこちらにあります。
https://github.com/YoshitakaMo/localcolabfold/blob/main/README_ja.md
これらの記事は、ColabFoldの論文(オープンアクセスでダウンロードできます)
https://www.nature.com/articles/s41592-022-01488-1
の著者でもある東大の森脇先生の書かれた記事です。

森脇先生のこちらのページもMD simulationとかpymolとかいろいろ面白そうな記事があって参考になります。
https://github.com/YoshitakaMo
2022/8/15
お盆なので不思議な話の続きです。ずいぶん前に亡くなった父の体験談です。父が小さかったころ 夜 鉱山から帰る途中 山道を歩いていました。あたりは夜で真っ暗。家路を急いでいると前にある山の斜面の上のほうから、灯(あかり)がゆっくり降りてきたのが見えたそうです。一瞬、提灯を持った人がいるのかなと思ったのですが、山の斜面を提灯をもって人が下りるはずもなく、浮かんでいるその灯はリズミカルに上下しながら、ゆっくり斜面をおりてくるので、ちょっと怖くなって眺めていたそうです。大きさは、ちょうど今でいうサッカーボールほどで、空中に浮かびながら斜面をおりてきて、父に近づいてきて、目の前までくると、パッと消えてしまったそうです。色は提灯の灯のような色だったとのことです。結構長時間観察できたそうで、あれは本当に不思議な体験だった、あれが何だったのかは未だにわからないけれどなどと、時々思い出しては話していました。私は球電ではないのかなと父に話していました。(球電Ball Lightningについては以下のリンクにある英語版Wikipediaが詳しいです)
https://en.wikipedia.org/wiki/Ball_lightning
中谷宇吉郎さんが書かれた岩波新書の「雷」という本には球電のことが詳しく書いてあってそれを読んでいたのでそう思ったのでした。別に雷が鳴っていたわけではなかったそうですが、球電であったとしても そうでなかったとしても、とても珍しい現象にでくわしたのは間違いありません。中谷宇吉郎の本は「雪」とか「雷」とかいう本が個人送信資料で読めます。「雷」については今私の持っている本とくらべると、個人送信資料に収録されている本が戦前のものなので、写真図版がついていないようで残念です。青空文庫では「雪」は読めますが、「雷」は作業中とのことです。下の写真は昨日収穫した我が家のブドウと赤唐辛子です。どちらも無農薬で育てましたが、今年はカメムシやコガネムシの食害がほとんどなくて、先月の収穫分とあわせて写真の倍以上の量のブドウ (デラウエア)が収穫できました。
2022/8/14
Mathematicaは便利なソフトウエアです。以前紹介したMathematicaのYouTubeチャネルhttps://www.youtube.com/c/wolframjapanに新しい動画が入っていますので紹介します。これなどはMathematicaの入門後に、ソフトを使いこなすのには必須の動画ではないでしょうか。
https://youtu.be/b2i96d0rJJA

&, /@, @@, #って? (Function, Apply, Mapの概要)というタイトルの動画です。MathematicaのWolfram 言語で書かれたコードによくでてくる記号を解説してくださっています。演者の丸山先生はWolframの方ですが、微分方程式の入門セミナーを去年されました。丸山先生については去年の記事をご覧ください。
https://glycostationx.org/2021/09/27/mathematica%e3%81%ae%e7%b4%b9%e4%bb%8b%e3%81%a7%e3%81%99%ef%bc%81/

同様の微分方程式の丸山先生によるセミナーが以下から登録できますので登録されるとよいでしょう。「微分方程式を解こう!—教科書の課題から流体計算まで2022」というタイトルです。
https://www.bigmarker.com/series/solving-difference-equation-JP-2022/series_details

2022/8/13
今年6月16日の記事で、国立国会図書館デジタルコレクションで世界の名著シリーズが読めることを紹介しました。

世界の名著 現代科学Ⅱ https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2988842
これにはポアンカレの「科学と仮説」やワトソンとクリックのDNAの二重らせん構造の発見のNature論文、ノイマンの「人工頭脳と自己増殖」の論文、マッカローの「なぜ心は頭にあるか」という論文、そしてセントジェルジの「医学の将来」という論文などがのっています。この本に収録されているノイマンの論文の翻訳をされた品川嘉也先生によると、本当はノイマンの「電子計算機と頭脳」を収録しようと思っていたのだが、版権の関係で果たせなかったということです。デジタルコレクションの個人送信資料にはこの本の翻訳書が入っています。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2504659
また英語版では2000年発行のものがInternetArchiveで貸出できます(写真には裏表紙に書いてある推薦文などが写っています。Ulamの推薦文もありますね)。
https://archive.org/details/computerbrain0000vonn/mode/2up
ホームの記事にはノイマンの論文を推奨しておられたBrenner先生についての過去記事を付けておきますのでご覧ください。
2022/8/12
生化学で糖やアミノ酸などを扱う時、enantiomerというのがよくでてきます。
enantiomer : 鏡像異性体, 鏡像体, 対掌体, エナンチオマー という訳がLife Science Dictionaryのサイトにでています。こんな例があります。
(R)-1-bromo-1-chloroethane と
(S)-1-bromo-1-chloroethaneと書かれている化合物の違いはなんでしょうか。これらの化合物は、正四面体の中心に位置する炭素原子Cに、臭素原子Br・塩素原子Cl・メチル基CH3・水素Hが結合している分子です。鏡像異性体が二つあってそれぞれR型、S型と呼ばれます。このRとSを使った立体構造の記述法では、(R) はラテン語のrectus;  right, correct or properという意味の単語、(S) はラテン語のsinister; left or improperという意味の単語に由来しています。どのようにRとSを決めるかについては、以下のサイトのゲームが面白いです。
https://rschemistry.com/
カリフォルニア大学ロサンゼルス分校UCLAのGarg Labの作ったフリーのゲームです。https://garg.chem.ucla.edu/のeducationの部分をクリックすると他のゲームもありますので遊んでみるといいでしょう。説明をじっくり読んでから(英語が苦手な人は日本語の適当な説明を読んでから(たとえばこちらhttps://www.t.soka.ac.jp/chem/yuki/text/OC1ch7.pdf)やってみると絶対配置を記述するRS表示が使いこなせるようになると思います。
2022/8/11
YouTubeのRoyal Institutionのチャンネルに、Nick Laneの新しい動画がアップロードされました。https://youtu.be/vBiIDwBOqQA

How the Krebs cycle powers life and death – with Nick Lane
What process animates cells and gives life to lifeless matter? What brings our own lives to an end? The Krebs cycle is the answer – and it could turn our picture of life on Earth upside down. Watch the Q&A here: https://youtu.be/UqsqJM8g604

Nick Laneはとても優秀な生命科学の解説者だと思います。彼の本や動画にはいつも感銘をうけます。今回は彼が5月に行った講演の動画です(NIHでの生命の起源の動画はこの記事の末尾をご覧ください)。新しい本を出版したそうで、新しい本を書いた著者はちょくちょく、このRoyal Institutionの講演を依頼されるようです。Nick’s book ‘Transformer: The Deep Chemistry of Life and Death’ is out now: https://geni.us/X1cOOL8
今回の動画はKrebsサイクルを中心に生命とは何かを考えるという内容です。Krebsサイクルが生命の中心に存在して、生きているという状態を特徴づける代謝経路であるとともに死とも関係していることをわかりやすく、また斬新な観点から解説しています。癌のワールブルック効果の話や生命の起源の話もありますので是非ご覧さい。眼細胞は解糖系を活性化させているというWarburg効果は一度は批判にさらされましたが、今では様々な実験から確認されて、広く受け入れられている事実です。癌とKrebsサイクル、どんな関係があるかは動画で確認してみてください。Royal Institutionのチャンネル登録はこちらです。Subscribe for regular science videos: http://bit.ly/RiSubscRibe
KrebsサイクルやNick Laneの他の動画についてはホームの本日の記事をご覧ください。

2022/8/10
今日は著作権についての論文の紹介です。
早稲田大学の上野達弘教授は著作権についての教科書や弁理士の知識のブラッシュアップや政府委員などもつとめられている著作権の専門家です。
http://www.f.waseda.jp/uenot/profile.html
Twitterで先生の以下の論文が話題になっていました。
アーティクル:情報解析と著作権——「機械学習パラダイス」としての日本
人工知能 36 ( 6 ) 745 – 749 2021年
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jjsai/36/6/36_745/_article/-char/ja/
論文はこのようにはじまります。以下に引用します。
情報解析と著作権──「機械学習パラダイス」としての日本
1.は じ め に
とかくドメスティックになりがちな(日本の)法学分野において,できるだけ国際的な発信を心掛けている筆者にとって,近時最大の持ちネタが,「情報解析のための権利制限」という著作権法上の規定である.これは,日本法の中では珍しく外国に自慢できるものだからである.簡単にいうと,この規定によって,機械学習など情報解析を目的とするのであれば,著作権等のあるコンテンツを自由に利用できるのである.したがって,この規定は人工知能の研究開発にとっても極めて有用な規定のはずである.諸外国にも同様の規定を設ける動きはあるが,日本法ほど広範で強力な規定は見られない.日本は,世界に例を見ない “ 機械学習パラダイス” なのである。極端な例としてはたとえば、AIにディズニーの映画やアニメのDVDなどを見せて学習させて、ディズニー風の新しいアニメを作って販売することは、たとえディズニー社が反対しても、法律違反にならないということだそうです。これはすごいことですね。日本では有料論文を学習させてAIを作って売ったり、無料公開したりしても著作権に触れないということになるのでしょうか。もしそうなら日本人の英文での執筆に計り知れない貢献をすることになりますね。著作権というものに興味がなかった方も、この日本語論文を読んで興味がもてたら、上野先生の他の本や論文を勉強してみたらいかがでしょうか。先生のホームページも紹介しておきます。http://www.f.waseda.jp/uenot/
httpsで見たい方は以下の早稲田大学のデータベースをどうぞ。
https://w-rdb.waseda.jp/html/100000865_ja.html
2022/8/9
Windowsの場合、WinShotというソフトがスクリーンショットをとるのに便利です。WinShotはhttp://www.woodybells.com/winshot.htmlに作者による解説があり、ダウンロードは窓の杜などから可能です。https://forest.watch.impress.co.jp/library/software/winshot/
Windows10でも作動します(ヘルプは表示されないです)。このソフトではホットキーの登録もできmす。たとえば、環境設定のホットキーメニューで、PrtScrキーを「jpeg保存・矩形(くけい)範囲指定」のホットキーに指定します。WinShotを起動しておいて、PrtScrキーを押すと、矩形指定用の十字の形のカーソルがあらわれ、この十字のカーソルを動かして、選択したい範囲を設定できます。これで自分の好きな範囲の画面をPrtScrキーを一回押すだけで、指定してあるフォルダに連番でjpegで保存できます。これを利用して、PCで電子ブックのページを表示しておき、電子ブックのページをめくりながら、PrtScrキー一発で同じ範囲を次々と指定したフォルダに連番でjpeg保存することも出来ます。あるいは、定期実行キャプチャモードを使えば、指定した秒数ごとに指定範囲をキャプチャすることもできます。これも、矢印キーでページをめくりながら、キーを押さずに次々とキャプチャすることができて便利です。WinShotは極めて丁寧に作りこんであるソフトで、いろいろ工夫すると便利に画面キャプチャができるので、一度使ってみることをお勧めします。
2022/8/8
とても面白い教育的な動画をあつめているサイトとして、京都大学のOCWを紹介してきました。残念なニュースです。京都大学オープンコースウェア(OCW)の閉鎖についてというニュースが飛び込んできました。https://ocw.kyoto-u.ac.jp/news/6/
「京都大学高等教育研究開発推進センターは2022年9月末に廃止されることになりました。京都大学オープンコースウェア(OCW)も、残念ながら9月中旬以降にサイトを閉鎖することになりました。2005年以来、京都大学OCWをご利用いただき誠にありがとうございました。」とあります。
このOCW閉鎖のニュースのページに書いてある参考になりそうな部分を引用します。「OCWの講義ビデオは10月以降すべて削除されてしまうのですか」
本学のOCWの動画についてはYouTubeチャンネルを利用して運用してきました。10月以降、動画が直ちにアクセスできなくなることはありませんが、OCWの運用組織がなくなることから安定的な運用が困難となりました。「動画以外のコンテンツのバックアップを保存したい」
ウェブページに掲載されているテキスト情報については、お使いのブラウザで「保存」「別名で保存」することで保存できます。各ページからリンクされているPDFファイル等はリンク先を右クリックなどでデータを保存して下さい。動画のYouTubeからのバックアップ方法が書かれていたそうですが、YouTubeの規約違反になるとのことで削除されたようです。後日、対処方法がアップされるようですので楽しみに待ちましょう。こうしたOpen Course Wareは外国にもいっぱい公開されています。
今日、量子力学の教科書を探していたらMITから今年刊行された Mastering Quantum Mechanics Essentials, Theory, and Applications という本の著者 Barton Zwiebach教授は、MITで量子科学の学部生用講義を長年担当されてきた学部教育に意欲的な先生で、かつ有名な弦理論の物理学者だそうです。この先生の講義が講義ビデオ、講義資料ともにダウンロードできる形でMITのオープンコースウエアとして公開されています。新刊の教科書のホームページhttps://mitpress.mit.edu/books/mastering-quantum-mechanicsにリンクがのっています。ページ左下のReader Resourcesには正誤表の下にOpenCourseWare Quantum Physics I, II, IIIのページへのリンクがあります。OpenCourseWare Quantum Physics I https://ocw.mit.edu/courses/physics/8-04-quantum-physics-i-spring-2016/
をクリックすると、Quantum Physics I のサイトが開き、ビデオレクチャーズをクリックすると、https://ocw.mit.edu/courses/8-04-quantum-physics-i-spring-2016/pages/video-lectures/が開き、Part I Basic conceptsから講義が始まります。
https://ocw.mit.edu/courses/8-04-quantum-physics-i-spring-2016/pages/video-lectures/part-1/
最初の講義は、Quantum mechanics as a framework. Defining linearityというものでビデオやスクリプト、講義資料などをダウンロードできます。ビデオのダウンロードは、再生中にダウンロードボタンをクリックして出てくるポップアップから、ダウンロードをマウスで選ぶ(マウスの右クリック)と自分のパソコンにダウンロードできます。字幕も表示できていたれりつくせりです。

このPart 1 のLecture 2で、すでに量子的もつれなども紹介されていて、量子力学ネイティブな時代の講義のようです。教科書もKindle版では1万円程度ですので、講義をきいてよさそうだったら買うとよいでしょう。
2022/8/7
科学者の随筆といえば私達の年代は寺田寅彦を思い浮かべます。今でも広く読まれていますが、今日は個人送信資料から、科学随筆全集を紹介します。科学随筆全集続もあります。
こちらから検索するといろんな日本の科学者(数学者、物理学者、医学者、生命科学研究者、化学者などなど)の随筆が読めます。
木下是雄、秋月康夫、吉田耕作その他いろんな方の随筆があります。夏休みの読書にいいかもしれません。あと、さっき気づいたのですが、AlphaFold2より優れた立体構造予測力を持ち、複合体のタンパク質立体構造解析につよいUni-FoldというAIプログラムが発表されています。
Uni-Fold: An Open-Source Platform for Developing Protein Folding Models beyond AlphaFoldというタイトルの論文がこちらにプレプリントででているのでご覧ください。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.08.04.502811v1
中国からの論文で、オープンソースでトレーニング資料も公開されています。まさにオープンソースサイエンスの精神を具現化した論文のようです。
2022/8/6
今日は8月6日です。朝、防災無線で広島原子爆弾犠牲者追悼の鐘がなりました。福岡は広島や長崎に近いので、原子爆弾の犠牲になった方の身内や被曝二世とかの方も多く暮らしておられます。あの戦争のことは、私の父親や家内の両親からいろいろききました。そんな話もブログに書いておくことにしました。ホームのほうに詳しく書きましたのでよかったらご覧ください。 
2022/8/5
国立国会図書館デジタルコレクションでは小説もいろいろ読めるということで、前回はボーヴォワールの「人はすべて死す」を紹介しました。今回は医療小説を紹介します。イギリスで医師をしていたこともある作家 クローニンの「城砦」という作品です。若い医師の青春、仕事、挫折と再生というテレビドラマに最適な内容で、実際日本でも翻案されてドラマになったこともあり、私は観たことがあります。市販本は絶版になっているのでお近くの図書館や個人送信資料でお読みになるとよいと思います。個人送信資料で読まれるときは、画像が読み難いと思いますので、必ず画面上に並んでいるメニューの中から、「印刷するには」の隣にある、「画質調整ダイアログ」を利用して画質を読みやすく調製してお読みください。ガンマの調節が一番有効だと思います。あるいはスクリーンショットをとってjpegなどの画像にしてから一括で画質調整して読みやすくするのもよいでしょう。
クローニン全集第八巻 城砦のリンクはこちらです。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1695760
2022/8/4
iBiologyの動画は時々紹介しています。iBiologyのトップページを是非ご覧ください。https://www.ibiology.org/
最新の研究の紹介のほか、生命科学の歴史に関する動画シリーズ Featured Playlist: Famous Discoveriesや、登録が必要ですが、よい講演をするためのコースとかもあります。今日は顕微鏡の動画シリーズを見つけたので紹介します。光学顕微鏡のすべてというような内容の動画シリーズで、時間があるときに見ると大変役立つと思います。https://www.ibiology.org/online-biology-courses/microscopy-series/
に動画がいろいろありますのでご覧ください。こちらはイントロの動画です。
https://youtu.be/4c5ILWQmqRY

なんと井上信也先生の動画もありました。https://youtu.be/_-C2Db-aBuU

井上先生は偏光顕微鏡やビデオ顕微鏡の発明で有名(シンヤスコープって聞いたことがあるかもしれませんね)ですし、wikipediaによると、息子さんと共同で画像解析ソフトMetamorphを開発されたそうです。Metamoprhは私達がいつもお世話になっていた有料ソフトです。

2022/8/3
今日も個人送信資料の紹介です。
SFではないのですが、ボーヴォワールの「人はすべて死す」という文学作品が読めるのをお知らせします。私が岩波文庫版で読んで感動した作品です。国立国会図書館デジタルコレクションんの個人送信資料の中に、ボーヴォワール著作集というのがあって、その第4巻です。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1695176
岩波文庫本ではタイトルが「人はすべて死す」となっていますが、この著作集では、「人はすべて死ぬ」となっています。ストーリーは、ヨーロッパ中世のころ、あるきっかけで、一匹の二十日鼠といっしょに不死になった男が、世代を越えて生き続ける話です。愛するものとの別れ、戦争と平和の繰り返し‥‥。作品を通じて不老不死というのがどんなものか、考えさせられます。岩波文庫の帯にはこうあります。「”不死の薬”を飲んだフォスカは戦いにも倒れず、ペストにも冒されない。だが、人類の歴史を眺める」彼の深い悲しみは癒えないのだ」個人送信資料には岩波文庫版もあります。どちらも同じ訳者による翻訳です。夏休みの読書にもおすすめの作品です。
写真は今、我が家の庭に咲いているジュズサンゴの花と実です。綺麗な実ができますね。 
2022/8/2
毎日猛暑が続いています。福岡も気温が体温より高くなったりしています。頼みの夕立はまったくきません。自宅付近では風が結構ふいて、湿度は低いので市内ほどではないのですが、やはり暑いです。自宅では百合の花がいっぱい咲きだしました。

今年はブドウ(デラウエア)もカメムシにほとんどやられなかったので、葉っぱもきれいに実が色づいてきています。色づいたものはみんなで食べましたがとてもおいしかったです。さて今日はFoldseekを動かしていましたが、使い方はまだ慣れないところがあるので後日記事を掲載することにします。かわりに国立国会図書館で個人送信で読める本を二冊紹介しておきます。一冊目はトルストイです。昨日NHKの100分de名著で取り上げられた本「人は何で生きるか」(トルストイ)が無料で読めます。番組の再放送は2022年8月8日(月)午後1時5分~1時30分/Eテレだそうです。
https://www.nhk.jp/p/meicho/ts/XZGWLG117Y/blog/bl/pEwB9LAbAN/bp/p5oJ1oXpM0/
トルストイの番組でとりあげられた作品はトルストイ全集第5巻にのっています。こちらから読めます。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1699150/8
デジタルコレクションの個人送信資料には、世界文学全集や日本文学全集がはいっているので、トルストイの他の本も翻訳で皆よむことができます。ドストエフスキーとかもありますので探してみてください。もう一冊は現代代数学概論改訂3版(白水社)という本です。バーコフとマクレーンによる教科書で、じっくり現代代数学を学ぶのに最適というようなことが秋月康夫先生の序文にかいてあります。訳者序文にも幅広い分野の人に役立つ本だとありました。値著者は圏論でも有名な方ですよね。こちらにありますのでご覧ください。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2422244
2022/8/1
今日はタンパク質のpdbファイル(タンパク質の立体構造―原子の座標などを記述してあるファイルで、タンパク質のデータベースのPDBファイルのリンクからダウンロードできる)を用いて、類似の立体構造を持っているタンパク質を探すプログラム Daliの使い方を簡単に紹介します。
まず調べたいタンパク質の立体構造を記述してあるファイルPDBファイルをAlphaFoldのサーバーなどからダウンロードします。
https://www.alphafold.ebi.ac.uk/
今日は線虫C. elegansのN型糖鎖合成経路の遺伝子の一つ algn-13の立体構造を使ってみることにします。AlphaFoldのサーバーで「algn-13  C. elegans」のキーワードで検索して(Uniprotでも可能です)algn-13の項目を表示してPDBファイルをダウンロードします。
https://www.alphafold.ebi.ac.uk/entry/P92012
AF-P92012-F1-model_v3.pdbというファイルがダウンロードできたと思います。
そのファイルを保存した上で、Daliサーバーにアクセスします。
http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/
Daliサーバーのトップページには様々な便利なプログラムがおいてあります。今回はプログラムの中からAF-DB comparisonを使ってみましょう。これはAlphaFoldが予測したタンパク質の立体構造のPDBファイルを入力して、類似の立体構造を持っているタンパク質を(一つの種)から探しだすプログラムです。サーバーの負荷の観点から、検索は一つの種内でだけ実行できます。以下のリンクをクリックして表示されるページのSTEP 1からSTEP 4で検索が始まります。
http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/index.html#AFDB
STEP 1でパソコンに保存してあるpdbファイルの場所を入力します。
STEP 2で検索する種を一つ選びます。今回はHumanにしてあります。
STEP 3はオプショナルで、入力しなくてもいいですが、emailアドレスを登録しておくとメールで完了通知がとどきます。上のjob titleは今回の検索ジョッブのタイトルを適当につけます。
STEP 4でsubmitします。
画面が替わって、実行順番待ちの画面にかわります。Status: Queuedと表示されています。
画面がRunningになったら検索中です。
終わるとこんな画面になります。結果は一週間保存されるそうです。

Interactiveを押します。画面が替わって結果が一覧できます。

今回は試しに一番上のヒットであるNo.1を選択して、3D表示してみましょう。Expand gapsの隣にある3D superposition (PV) ボタンを押します。
結果が表示されます。
緑が線虫のタンパク質(Queryにチェックが入っています)、茶色がヒトのタンパク質(e7raA)です。薄く表示されているのはヒトのタンパク質のほうの全体です。線虫とヒトの二つのタンパク質の立体構造が見事に一致しているのがわかると思います。右の図はマウスで拡大縮小、回転など自由に動かして眺めることができます。Tutorialをみながらいろいろ試してみてください。これはBLASTとちがって直接、類似の立体構造をさがしてくれるのでとても有用です。私達がpsi-blastにもとづいて立体構造の類似を議論したがあったのですが、Daliでやってみると確かに類似の立体構造が確認できました。別のプログラムであるFoldseek
https://search.foldseek.com/searchもDaliとはまた違った結果がみられるのでこちらも結構役立ちそうです。
2022/7/31
AlphaFold2というAIによる高精度のタンパク質の立体構造予測プログラムが公開されて一年になります。ヒトやマウス、ショウジョウバエ、線虫その他のモデル生物の予測立体構造が35000余り一斉に公開されて世界に衝撃を与えました。一昨日(7月28日付発表)さらなる衝撃のニュースがとびこんできました。
‘New era in digital biology’: AI reveals structures of nearly all known proteins
https://www.science.org/content/article/new-era-digital-biology-ai-reveals-structures-nearly-all-known-proteinsAlphaFold reveals the structure of the protein universe
https://www.deepmind.com/blog/alphafold-reveals-the-structure-of-the-protein-universe 
こちらにはこんなことが書いてありました。
Today’s update means that most pages on the main protein database UniProt will come with a predicted structure. All 200+ million structures will also be available for bulk download via Google Cloud Public Datasets, making AlphaFold even more accessible to scientists around the world.
既知のほぼすべてのタンパク質(バクテリアからヒト、植物などを含む)2億種類以上の立体構造予測結果がデータベース公開されたのです。たとえばこちらから検索できて、pdbファイルなどもダウンロードできます。
https://www.alphafold.ebi.ac.uk/
構造予測の結果を、すべてダウンロードすることもできるようになっています。
https://alphafold.ebi.ac.uk/downloadタンパク質のデータベースである
UniProt https://www.uniprot.org/
のほぼすべての項目にAlphafold2による立体構造予測が載せられています。立体構造がわかれば、その構造予測ファイルを利用して、Dali http://ekhidna2.biocenter.helsinki.fi/dali/や、Foldseek https://search.foldseek.com/searchといったプログラムを用いて、似た立体構造をもっている他のタンパク質を検索することができます。やりかたは明日簡単に紹介します。
AlphaFold2を用いた成果も続々と発表されていて、たとえば1000個ほどのタンパク質からなるヌクレオポア複合体(核膜孔複合体)の立体構造の決定に大きく貢献したそうです。https://unfolded.deepmind.com/
https://www.science.org/doi/10.1126/science.abm9506 
2022/7/30
塩沢先生の文庫本は今日届きました。なかなか面白そうです。
昨年のAIを用いたタンパク質立体構造予測プログラムAlphafold2は革命的な成果でした。これに続いてこのブログでもOmegaFoldという新しいプログラムができたそうだというニュースを記事にしていました。OmegaFoldはAlphafold2のようにmultiple sequence alignments (MSA)を用いないので、より速く計算できるという画期的プログラムということでした。最近その論文も公開されました。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.21.500999v1
同じタイミングでESMFoldというプログラムも公開されてこちらも優秀らしいです。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.07.20.500902v1
中国からさらに最近、
HelixFold-Single: MSA-free Protein Structure Prediction by Using Protein Language Model as an Alternativeという論文も公開されました。
https://arxiv.org/abs/2207.13921
タンパク質立体構造をアミノ酸配列だけを入力すると正確に予測できる時代がきているのを実感します。TwitterでOmegaFoldなどの検索語で検索するといろいろ最新情報がでてきます。nitterをつかうとストレスがたまらないのでおすすめです。田口善弘先生の市民講演会もみるとよいと思います。

https://youtu.be/3Rm9x7j-ClA

2022/7/29
ちくま学芸文庫から「増補 複雑系経済学入門」塩沢 由典 著が出版されました。初版から20年の進歩を書き加えた補章がついた増補版だそうです。https://www.chikumashobo.co.jp/product/9784480099785/
さっそく注文しました。
こちらに書評などがあつめられています。
http://www.shiozawa.net/chosho/index.html
これは塩沢先生のホームページ
http://www.shiozawa.net/にある著書紹介のページです。
先生の公式ホームページのトップページに次のような文を見つけました。
「2022.6.21 ちょうど20年前に『数学セミナー』の姉妹誌ともいえる『数学のたのしみ』に「数学とオカルトのあいだ」という文章を書いていた。今回の”To be, or nto to be”とある意味、好対照なものだ。関心のある方は、ぜひ一読いただきたい。」
早速リンク
http://www.shiozawa.net/ronbun/sugakunotanoshimi.htmlから「数学とオカルトのあいだ」という記事を読みました。
経済学と数学について書かれていますが、私が昨日、生命科学と数学についてかいたのと同じ考えを述べておられると思います。
塩沢先生からは高校の時、数学を習いました。高校に講師でこられていたのですが先生に習った時だけ成績がよかったです。ちょうどベトナム戦争の最中だったので、講義に「ベトナムに平和を」のバッジをつけてこられていたのを覚えています。試験の監督中、黒板に数式を書いて考えておられたのも印象的でした。今も大活躍されているご様子で、私もがんばらねばと思います
Microfoundations of Evolutionary Economics
という最近の本は先生のお仕事の集大成の共著だそうでドラフト版の一部は先生のホームページに公開されています。http://www.shiozawa.net/chosho/index.html
2022/7/28
昨日はLシステムの本の紹介をしました。植物の形態をうまく説明できるモデルとして有名なモデルです。MathematicaやPython, Javaなどで動かして試してみることができるのでネット検索してみてください。Mathematicaな以下のリンクなどをご覧ください。
https://resources.wolframcloud.com/FunctionRepository/resources/LSystem/生命科学のモデル、確かに面白いのですが注意しなくてはならないことがあると思います。ある生命現象をうまく記述できる場合には二通りがあると思うのです。一つはその生命現象を支配している分子メカニズム、あるいは物理メカニズムを的確にとらえているので現象の時間的発展(時間スケールをふくめて)を記述できるのみならず、それに対する外部からの搖動にシステムがどう応答するかも予測できるという理論です。これは真に有効な理論です。もう一つは、生命現象をパラメータの調節でうまく記述できるのですが、予測力がないものです。これはたとえて言うと、生命現象を数学の言葉で描写しているだけというものです。生命現象をフランス語で記述しているのがAさんのモデルで、Bさんは英語で記述しているというようなものです。微分方程式を使ってモデルを作っている人の中には、生命現象を微分方程式のパラメータ合わせで記述している(持ち合わせている自分の言葉で生命現象を記述している)だけという人がいるのではないでしょうか。そういうモデルは現象を数学の言葉で描写しているだけですから、類似の現象はうまく記述できますが、予測力はない。そしてそのモデルは、その生命現象を支配している分子メカニズム、物理メカニズムを明らかにするには無力だというものです。生命科学のモデルを作る人は、そういうわなにかからないように注意しなくてはいけないと思っています。
2022/7/27
植物の形態形成を中心に形態形成の数理モデルを研究しているグループを紹介します。こちらはカナダのカルガリー大学のPrzemyslaw Prusinkiewicz教授のグループのホームページです。
http://algorithmicbotany.org/virtual_laboratory/
教授の主要著書の2冊(どちらもSpringerから出版されています)が無料でダウンロードできます。詳しくはホームをご覧ください。
The Algorithmic Beauty of Plants
http://algorithmicbotany.org/papers/#abop
高解像度版をダウンロードしてお読みください。私は原書をもっています。また、上の本の中で使われているL-systemやフラクタルについての本もあります。
Lindenmayer Systems, Fractals, and Plantsという本で無料でダウンロードできます。
http://algorithmicbotany.org/papers/#lsfp
Fractals: Introduction, basics, and applicationsという講義のノートがもとになってできた本だそうです。また、ホームページには学位論文(修士や博士の学位論文)もダウンロードできるようになっています。
http://algorithmicbotany.org/papers/#theses
海外の学位論文は、日本の学位論文にくらべてきわめて詳細で、わかりやすく、基礎知識も丁寧に記述されています。私も糖鎖関係の海外の大学の博士の学位論文をときどき読みますが、大変役立ちますので皆さんも是非関連分野の海外のPhD Thesisを入手して読んでみてください。
こちらの研究室のものでは修士の学位論文のこれはいかがでしょう。
Modelling Natural Phenomenon with Reaction-Diffusion
http://algorithmicbotany.org/papers/ringham.th2020.html
Turingの反応拡散方程式について詳しく書かれていて面白そうです。テントウムシやヘビの模様、花の花弁の模様や自己免疫疾患の乾癬(かんせん)のモデルなどが載っています。 
2022/7/26
これは全く知らなかったのですが、円周率はすでに100兆桁まで計算されているのですね。この仕事はGoogle Cloudの開発者で、Google Cloudで2019年に円周率 31 兆 4000 億桁という当時の世界記録を樹立した岩尾エマハルカさん(この2019年の仕事で女性として史上3人目の円周率計算の世界記録保持者になったそうです)の主導で行われた業績です。岩尾さんについては、去年のNHKの記事にある対談をご覧ください。

https://www3.nhk.or.jp/news/special/news_seminar/senpai/senpai75/100兆桁の計算については、岩尾さんが書かれた2本の記事(いずれも日本語)がわかりやすいです。
https://japan.googleblog.com/2022/06/new-digit-pi-2022.htmlhttps://cloud.google.com/blog/ja/products/compute/calculating-100-trillion-digits-of-pi-on-google-cloud
詳しくはホームの記事をご覧ください。全桁の結果は、こちらのデモサイトでみられるそうです。計算結果を全部ダウンロードできるほか、円周率の音楽なども聞くことができますのでご覧ください。
https://pi.delivery/また岩尾さんの2019年の円周率計算結果をもとに、
偉大なコンピュータ科学者Don Knuth スタンフォード大学名誉教授が講演した
Stanford Lecture: Don Knuth – “Pi and The Art of Computer Programming” (2019)
もご覧ください。

https://www.youtube.com/watch?v=3DKo219ZHMw&t=356s
超越数である円周率Piの配列の中に、宇宙の創造者のメッセージがはいっているというカール・セーガンのSF 「コンタクト」の最終章をまた読みたくなってきました。この本のなかでセーガンがワームホールで宇宙旅行するというアイデアをキップソーン(Kip Stephen Thorne)から教えてもらったというのは有名な話です。ソーンは映画インターステラ―の監修もつとめていてSFに強い物理学者だと思っていましたが、2017年のノーベル賞物理学賞を授賞しましたね。
https://www.nobelprize.org/prizes/physics/2017/thorne/biographical/

2022/7/25
ときどきSFを紹介しています。Kindle unlimitedでカタログをみているとき、小松左京の「日本沈没」が入っているのをみつけました。いままでテレビドラマや映画はみたことがあるのですが、原作は一回も読んだことがなかったのです。たしか原作では、日本が沈没するメカニズムにトンネル効果のようなものを想定していると聞いたことがありました。このKindle本は検索できるものだったので、さっそく「トンネル」で検索してみました。山をくりぬいたトンネルもいくつもヒットしましたが、たしかにトンネル効果という言葉もヒットしました。日本沈没のメカニズムが書かれている部分があるんですね。面白そうなので読んでみようと思います。
https://books.bunshun.jp/ud/book/num/1692042600000000000QあとKindle unlimitedには山本弘さんの「プロジェクトぴあの」も入っています。これもおすすめの作品です。私は紙の本を昔買ってもっています。アイドルをやっている女の子が世界的な大発明をする話です。これって朝ドラに最適の話だと思いますが、どうでしょう。未読のかたは読んでみてください。山本弘さんの多くのSFの中で、最高傑作であると思います。https://www.php.co.jp/books/detail.php?isbn=978-4-569-82026-2
文庫化もされています。
2022/7/24
電子ブックをよく読むようになりました。紙の本は割引販売がないですが、電子書籍はセールがあると割引価格で買えるのがいいですね。下に載せたサイトはKindleにかぎらず電子書籍の割引セールの最新情報が頻繁に更新されて集められているのでおすすめします。パソコンソフトを調べるのに昔からお世話になっている、窓の杜のサイトです。
https://forest.watch.impress.co.jp/category/book/index.html
いまなら198円で講談社からでている
「Google英文ライティング 英語がどんどん書けるようになる本 Kindle版
遠田和子 (著) 」が買えたりします。こちらはKindle unlimitedでは無料で読めます。そのほか、園芸の本もいろいろ198円で売っています。この本のリンクを調べていたら他にもこんなKindleセールのサイトを見つけました。これもよさそうです。
https://premium.gamepedia.jp/kindle/
2022/7/23
科学の動画サイトはいろいろありますが、このブログでは時々 Royal Institution(英国王立研究所)のYouTube チャンネルの紹介をしています。これは面白いチャンネルです。是非定期的に視聴されることをおすすめします。聞き取りにくい時はChromeやBraveブラウザの機能拡張 Language Reactorをオンにして視聴するとよいでしょう(詳しくは固定ページの記事を末尾にペーストしておきますのでご覧ください)。https://www.youtube.com/c/TheRoyalInstitution/video
今日は、この動画リストから面白そうな動画を二本紹介します。
ウイルスは生きているか?
Carl Zimmerはアメリカのサイエンスライターでhttps://carlzimmer.com/
A Planet of Viruses: Third Edition(2021年発行) や進化についての本(「進化 生命のたどる道」岩波書店)などは有名です。動画はこちらです。
https://www.youtube.com/watch?v=Tryg5UCp6fI

初心者のためのブラックホール入門
A Beginner’s Guide to Black Holes with Amélie Saintonge
Amélie SaintongeさんはUniversity College London (UCL)のProfessor of Astrophysics in the Department of Physics & Astronomy の天文学の教授です。映画インターステラ―のブラックホールのスライドを見せながら、ブラックホールについてわかりやすく説明してくれます。動画はこちらです。
https://www.youtube.com/watch?v=dOGjpkv-fWw

Language Reactorについての記事再録はホームの本日の記事をご覧ください。

2022/7/22
学生のとき本屋でみかけた物理学の問題集(解答付)が個人送信資料にありました。
みすず書房で検索しているときにみつけたのでリンクを紹介しておきます。
これは英国ケンブリッジ大学の二年生の期末に行われる自然科学優等試験 Triposの第一部で出題された問題を元にして作成された、物理学を学ぶ人のための問題集です。
キャベンディッシュ研究所のスタッフが集めた問題からなっています。
東京都立大学と名古屋大学の先生が訳して解答をつけてくださった本で演習に役立つ本だと思います。
以下が国立国会図書館デジタルコレクションの個人送信資料のリンクです。
キャベンディッシュ物理学 : トライポスの問題と解法 第1
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2422278
キャベンディッシュ物理学 : トライポスの問題と解法. 第2
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2422304
の二冊です。
2022/7/21
国立国会図書館のデジタルコレクションの個人送信資料からインフェルトという物理学者の本を紹介します。本登録するとこんな本も自由に読めるので是非登録してみてください。ホームに詳しく書いてありますのでご覧ください。以下はリンクのみおいておきます。インフェルトが書いた数学者エバリスト・ガロアの伝記「神々の愛でし人」も有名で、抄訳は以下にあります。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2938862
次の二冊はインフェルトの自叙伝で、アインシュタインとの共同研究についても詳しく書かれています。
真実の探究 https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2995715
他にフエルミの伝記や湯川秀樹の自叙伝「旅人」も収録した多分抄訳版です。
完全版はこちらにあります。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1161777上の本の続きともいえる本がこちらです。
真実を求めて  https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1381568「物理学の革命」という本もあります。この原著は「アルバートアインシュタイン:その業績と世界へ及ぼした影響」というようなタイトルの本です。アインシュタインの思い出という付録つきです。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1376344 
2022/7/20
ホームのほうにエボデボとよくいわれる進化発生生物学の本の紹介と、良い講義とはなにかというようなことを書いていますのでご覧ください。紹介した本は以下の二冊です。倉谷滋先生の「新版動物進化形態学」http://www.utp.or.jp/book/b307379.html
同じく倉谷先生の講談社現代新書の「進化する形―進化発生学入門」https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000313636 この本は倉谷先生の本の中では一番読みやすい本だと思いますのでおすすめします。私は良い講義というのは、それを聴いた後、その講義で取り上げているテーマを自分で調べて理解できるようになるような講義だと思っています。この現代新書はそういう良い講義に相当する本だと思います。大学で岡田節人先生の講義を聴きましたが、先生の講義は良い講義でした。終わった後、その講義の要点はこれと、これだったと短く要約できる講義で、講義内容は忘れませんでしたし、自分で他の本を読むのにも役立ちました。これと正反対だったのは特別講義にこられた光合成の先生です。出版されたばかりのご自分の光合成の本の内容を、2日ほどで最初から最後までプリントを配りまくって講義されました。量が多すぎて結局、頭にはなにも残りませんでした。先生の本を買って持っていましたが、講義を聴いたあと、その本を読む気も失せました。倉谷先生の現代新書は岡田先生の講義のほうに近いので、是非手に取ってみてください。おすすめします。 Kindle版もあります。
2022/7/19
プログラミング言語Rのよい教材が公開されています。
https://comicalcommet.github.io/r-training-2022/
名古屋大学理学研究科の石川 由希先生が公開してくださっている
「Rを用いたデータ解析の基礎と応用2022」というスライド形式のR入門教材です。ざっと拝見しましたが、これは初学者にとって最高の教材だと思います。まずRとRStudioのインストールの解説から始まり、なぜ再現可能な「研究実施手順の記録」が必要か、それにはどうするかという問題意識をもたせて、研究の再現可能性をどう実現していくかもわかるように構成してある優れた教材です。実習から生まれた教材だそうで、参加者からのフィートバックが反映されているので、ものすごくわかりやすい教材になっています。グラフの書き方や生データの整形、統計解析も詳しく解説されています。これ一つでデータ解析の入門としては必要十分だと思います。おすすめの教材です!
下のリンクにある、「進化学実習2022牧野研」の資料も参考になりますのでご覧ください。これは東北大学 生命科学研究科進化ゲノミクス分野 牧野研究室の 岩嵜 航先生による教材です。
https://heavywatal.github.io/slides/tohoku2022r/
2022/7/18
Decision Making Under Uncertainty についての教科書(Algorithms for Decision Making)が無料公開されています。詳しくはホームの記事をご覧ください。ここではリンクのみ下にあげておきます。
サイト https://algorithmsbook.com/のDownloadをクリックして開くページで、最初の文”The full book is available as a PDF.”のPDFの部分にリンクがありますので右クリックでsave asをするか、クリックしてブラウザでpdfを開いて表示してこの教科書を保存することができます。興味のある方はご覧ください。スタンフォード大学ではこの本を教科書にした講義も公開するようですのでチェックしてみてください。https://web.stanford.edu/class/aa228/cgi-bin/wp/
2022/7/17
リンドバーグ第二次大戦日記(上、下)の(上)がKindle unlimitedに入っていたので読みました。去年会員だった時には(下)のほうが読めて(上)は読めませんでした。この(下)ですがリンドバーグが第二次大戦中、太平洋戦線を回っていた時の日記があって去年読んで衝撃を受けました。アメリカ軍が、ナチスのユダヤ人に対して行った戦争犯罪と同じ戦争犯罪を、日本人に対しておこなっているという意味の言葉に驚きました。詳しくはホームの記事をご覧ください。Internet Archiveで検索するとBooks to Borrowの中に原書がありました。
https://archive.org/details/wartimejournalso0000lind
The wartime journals of Charles A. Lindberghというタイトルです。
さっそくInternet Archiveで貸出手続きをして本を表示し、japという日本人の蔑称で検索してみました。するといろいろ日本兵についての記事がでてきて、翻訳どおりの記述もみつかりました。戦争とはいえ、従軍して投降したのに殺された日本兵が多数いたということで、ご家族の皆さんの無念を思います。一方、先日紹介していた松本亨先生が書かれた自伝 「続英語と私」には、
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2489884
硫黄島の激戦で負傷した兵隊に対して、松本先生が米国でなさった講演の後、「日本兵は白旗をかかげて来ながら、救いに行ったら俺に向かって銃を放ったのはどうゆう訳か」と松本先生に聞いてきた(続・英語と私、147ページ)という話ものっていました。こういう相互の憎しみを生み出す出来事が、どうしたら二度とおきないようにできるのでしょうか。ただ嘆いたり、こんなことが二度と起きないようにすべきだと思います、などと言うだけではだめなことは歴史が証明しています。プラカードをもって反戦平和を唱えても戦争は今も起こっています。具体的にどういう方策を実施するのが有効なのかを、真剣に議論すべきだと思います。
2022/7/16
エッセイで「わが師・わが友」という本があります。第一と第二が発行されていてどちらも有名な科学者の随筆です。
詳しい内容目次はホームをご覧ください。
わが師わが友 1
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2421413
わが師・わが友 2
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1371042
2022/7/15
今朝は博多祇園山笠2022のフィナーレ、追い山笠(追い山)が雨の中 3年ぶりに開催されました。コロナで二回実施できなかったので久しぶりの追い山笠です。地デジの中継で見ました。下のビデオはRKB放送の期間限定配信動画です。

https://youtu.be/b9Q7Nj6RdZY
動画をみてもらえば、こんな感じのお祭りということがわかると思います。
博多祇園山笠はユネスコ無形文化遺産です。https://www.hakatayamakasa.com/
この動画の最期の方にでてくる千代流(ちよながれ)は、
https://www.hakata-yamakasa.net/yamakasamap/category/chiyo-nagare/
私のいた九州大学医学部キャンパスに近いところの町内がかつぐので、いつも応援しています。今年は7番目に櫛田神社入りしたのですが、5キロほどの行程の完走タイムは3年前のコロナ以前のタイムを大幅に更新し、さらに今回はトップと19秒差の堂々2位だったので大喜びです。千代流の舁き山笠(ひきやまがさ)は期間中に私の子供たちの通っていた高校の運動場にもはいってくれるのです。また身をきよめる真砂をとりにいって沈む夕日に柏手を打って安全を祈願する7月9日 の「全流お汐井とり」(ぜんながれ おしおいとり)の時には、午後6時から7時過ぎにかけて九大医学部の塀の外を「おいさおいさ」のかけごえをかけながら筥崎宮(はこざきぐう)の浜辺(箱崎浜)まで子供たちを含めて、提灯を先頭に行進するのを毎年みかけたものでした。
https://www.hakata-yamakasa.net/word/oshioitori/
マスクのいらない山笠が来年は実施されることでしょうね。

2022/7/14
さきほどネット検索をしている途中で偶然見つけた、とても役立つサイトを紹介します。
国立国会図書館デジタルライブラリにはいろんな本がありますが、古い本は旧仮名遣いなどで読み難いです。こちらのサイトでは、そんな本を現代仮名遣いに直してアップロードされています。ていねいな著作権処理の説明もありますのでおすすめです。
https://linesegment.web.fc2.com/
有名な高木 貞治の著作、「数の概念」、「初等整数論講義」、「増訂解析概論」、「代数的整数論」、「代数学講義改訂新版」などがあるほか、物理学の本などもあります。
またネットで読める数学の書籍
https://linesegment.web.fc2.com/books/onlinefree/Mathematics_books.html
や物理学の書籍
https://linesegment.web.fc2.com/books/onlinefree/Physics_books.html
IT情報学の書籍
https://linesegment.web.fc2.com/books/onlinefree/Infomatics_books.html
などのリンク集もあります。これらは最新版の現代の書籍です。このブログで紹介した田崎先生の物理数学の教科書へのリンクなどものっています。https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/mathbook/
その他の興味深いリンクも満載ですのでご覧になることをお勧めします。
2022/7/13
皆さん今晩は。昨日紹介したJames Webb Space Telescopeのライブ配信の録画がこちらにあります。

https://youtu.be/nmMRMIE3MGw
昨日公開された新しい写真はこちらでみることができます。
https://webbtelescope.org/news/first-images/gallery
高画質で写真をダウンロードすることもできるので壁紙などにして楽しめますね。私は早速iPhoneの壁紙にしました。昨日紹介した地球から46億光年ほど離れている銀河団の写真をダウンロードしてトリミングした写真をのせておきます。46億光年離れた銀河の光というのは、地球ができたころに発せられた光ということになりますね。

渦巻き銀河とか、ジェットがでているように見える銀河も写っているようです。重力レンズで歪んだ銀河の映像も見事ですね。高解像度の画像で結構長時間遊べます。Image Credit: NASA, ESA, CSA, STScI

2022/7/12
さっき息子からJames Webb Space  Telescopeの凄い写真が公開されているのを教えてもらいました。James Webb 宇宙望遠鏡はラグランジュ点に設置されている宇宙望遠鏡ですが、調整がおわって最初の公開画像が発表されたそうです。この宇宙望遠鏡の主力カメラであるNear Infrared Camera (NIRCam) は近赤外光(0.6から5 μmの間の波長)で観測するカメラです。最初の一枚になったのはSMACS 0723という銀河団を観測した画像(赤外線で6種類の波長で12.5時間かけて撮影された画像を重ねて疑似カラーをつけたものだそうです)です。

https://www.nasa.gov/image-feature/goddard/2022/nasa-s-webb-delivers-deepest-infrared-image-of-universe-yet

これは46億光年以上の距離にある銀河団の写真で、何千もの銀河が写っています。歪んでいる銀河も写っていますが、これはこの銀河団の物凄い質量による重力レンズ効果による歪みです。

こちらにはHubble望遠鏡で撮った写真と、今回の望遠鏡で同じ場所を撮った写真を比べていますのでご覧ください。
https://sorae.info/astronomy/20220712-jwst-smacs0723-73.html

今夜11時半からさらに新しい写真が公開されるそうです。公開された写真はこちらにアップロードされるそうです。楽しみです。
https://webbtelescope.org/news/first-images

Image Credit: NASA, ESA, CSA, STScI
NASA – NASA’s Webb Delivers Deepest Infrared Image of Universe Yet
ESA – Webb Delivers Deepest Infrared Image of Universe Yet In Special Briefing
STScI – NASA’s Webb Produces the Most Detailed Image of the Early Universe to Date

 

2022/7/11
ガモフはビッグバンの名残である宇宙背景放射の存在を予想をした物理学者で、α崩壊の原因がトンネル効果によることを明らかにした研究で有名です。生物学にも興味をもっていて遺伝暗号の解読 (コドンの概念の提唱にかかわる先駆的研究)にも携わっていた人です。ガモフ全集はガモフの著作を集めたもので私も「不思議の国のトムキンス」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1371299とか、「1,2,3、無限大」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1371304、「物理の伝記」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1371658などを持っています。これらの本を読んで物理学を専攻したという人も多いようです。ガモフ全集は、国立国会図書館の個人送信資料に全巻入っているので無料で読むことができます。前に紹介した「重力の話」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/9583303や、「現代の物理学 : 量子論物語」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2429599という本も無料で読めます。「トムキンス氏最後の冒険」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1383323には、筋肉の浜という章があって、セントジェルジをモデルにした聖者がトムキンス氏に筋肉のアクチン・ミオシンによる収縮の解説をするシーンがあります。ガモフはセントジェルジとも知り合いだったようですね。個人送信資料の検索ページで「ガモフ」で検索して「図書」を選ぶと一覧表示されるのでいろいろ眺めて好きな本を読むといいと思います。
2022/7/10
時々、機械学習や深層学習の本を紹介しています。
今日は機械学習に必要な数学を学べる英語の本が無料公開されていたので紹介します。Mathematics for Machine LearningというCambridge University Pressから出た本(2020年4月刊)のpdf版です。ケンブリッジ大学出版会のページはこちらです。
https://www.cambridge.org/jp/academic/subjects/computer-science/pattern-recognition-and-machine-learning/mathematics-machine-learning?format=PB
下のほうに書評もでていて、しっかり機械学習の数学を学ぶにはよさそうです。著者の序文によると高校数学と物理がわかっていれば読めるということです。
こちらに著者のホームページがあり、https://mml-book.com
Table of Contentsの下のほうにあるDownloadsのところにPDF of the bookというリンクがあります。これが最新版へのリンクです。クリックしてダウンロードしてみてください。紙の本も売っているのですが高いです。無料版のpdfを読みながら、上に紹介したホームページにある練習問題やJupyter notebookを利用しながら学べます。興味のある方は序文や目次をのぞいてみてください。
2022/7/9
昨日、安倍元首相が暗殺されました。私の子供のころ、ケネディ大統領が暗殺されたのを思い出します。大統領が暗殺された日、日本のテレビで初の宇宙中継があるというので早起きして家族みんなでテレビの前に集まって開始を待っていました。宇宙中継というのは人工衛星経由の生中継のことで、その日が日本で最初の宇宙中継だったのです。ケネディ大統領の演説が生できけるということで皆楽しみにしていました。するとケネディ大統領が暗殺されたという驚きの放送が始まり、皆でびっくりしたのを覚えています。ケネディ大統領は、キューバ危機による核戦争を防いだ大統領というので日本でも世界でも人気の大統領でした。キューバ危機の時は、学校から帰ってくると大人たちが家の前で集まって、新聞をみんなで読んでいたのを思い出します。核戦争になるかもしれないとみんな心配していました。それを防いだ人気の大統領が暗殺され、その後、弟さんのロバート・ケネディも暗殺されました。キング牧師の暗殺とかもあって、当時のアメリカは恐ろしい国だと思いました。そういう暗殺事件が昨日 日本でおこったのは本当になさけないことです。ご家族、関係者の皆さんにお悔やみ申し上げます。昨日は大学院レベルの本の紹介でしたが、今日は高校生、中学生レベルから読める本を一冊紹介します。これは翻訳が国立国会図書館のデジタルライブラリ―にあって、個人送信資料で読むことができます。「自然の驚異 : 星の進化から生命の発生まで」(藤岡由夫訳河出書房)という本で、オーストリア出身でアメリカにわたった物理学者ワイスコップ教授が書いたやさしい啓蒙書です。エジソン賞という本の賞を授賞したと帯にありました。これは太陽系や星までの距離をどうやって測るかという話からはじめて、銀河系におよび、原子や量子の話から化学や生命、進化いたるという本です。とてもわかりやすく書かれており、是非復刊してみんなに読んで欲しい (私は持っています)と思っていた本です。表紙と口絵の一枚を、個人送信資料のページからスクショして貼り付けておきます。口絵には水素原子の電子雲の写真がのっていて、私はこの本ではじめて電子雲を知ってわくわくしました。ワイスコップ教授はハイゼンベルグやニールス ボーアのところで学んだ物理学者で、アメリカでは原子爆弾開発で重要な役割をはたしていたそうです。個人送信資料にはこの本の初版の翻訳があるのですが、https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1382016
この本は改訂版がでています。日本語訳はありませんが、Internet Archiveでは英語で書かれたが貸出できます。https://archive.org/details/knowledgewonder0000unse
原書のタイトルは Knowledge and wonder; the natural world as man knows itで、 Victor Frederick Weisskopfが著者です。
あと日本語版のあとがきに訳者の藤岡先生が書かれていますが、藤岡先生が翻訳されたニールスボーアの伝記(ニールス・ボーア : 世界を変えた科学者 ルース・ムーア 著)があって、ハイゼンベルグの日本語版への序文つきで出版されています。これも個人送信資料で読めますのでご覧くださ。藤岡先生もハイゼンベルグやボーアと親交のあった先生です。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2983497 
2022/7/8
今日はInternet Archiveから本を一冊を紹介します。 Internet Archiveにアカウントをもっている人は簡単に一時間貸出で読むことができます(アカウントは無料で取得できます)。ただ貸出は普通の図書館と同じで、一冊の本を複数の人が同時に借りることはできません。ですから、貸出できないこともあると思います。そういう時は時間をおいてから貸出するとよいでしょう。
以下は私の貸し出しの例を紹介します。手元に有名な物理学者だった渡辺慧先生の「知識と推測―科学的認識論―(村上陽一郎、丹治信春 訳で全4巻)」の第一巻があります。残りの本を買おうか買うまいかと迷っているうちに、もう古書でしか入手できなくなっていました。私の持っている本は、四分冊で一冊1500円でしたが、古書は上下二巻の新装版で一冊11000円、合計22000円の値段がついています。渡辺先生はハワイ大学教授だったのでこの翻訳本の原書は 英語で出版されています。Knowing and guessing; a quantitative study of inference and informationという本です。Internet Archiveで検索してみるとBooks to Borrowになっていて、ネットで借りることができるのがわかりました。
https://archive.org/details/knowingguessingq0000wata/page/n9/mode/2up上は貸出して本を開いたところです。全画面表示でみています。これなら無料で読めるので、内容を知らずにやみくもに日本語訳の古本を注文する前に一度読んでみることができます。さっそく借りて残りの部分をみてみましたが、結構難しい本だとわかりました。目次はこんな感じです。この本は情報理論と推測、量子論理などをあつかっています。翻訳本は大学図書館などにあるかもしれませんので、英語の本をみて読みたいかたは、借りてみるとよいでしょう。明日はもう少しやさしい本を紹介します。
2022/7/7
今日は七夕ですね。ホームのほうに、岡田節人先生の思い出を書きました。ほんとうに先生らしい先生の思い出です。
2022/7/6
今日も個人送信資料の紹介です。
検索キーワードをいろいろ変えて探すと面白い本がみつかります。たとえばアガサ クリスティで検索するとABC殺人事件とか、スタイルズ荘の怪事件などポアロものの推理小説がみつかります。コナンドイルで検索するとシャーロックホームズの本が読めます。エラリークイーンとか、H.G. ウエルズとかいろいろ探してみてください。あるいは、著作集で検索すると、カント著作集、バートランドラッセル著作集、ヒルティ著作集(幸福論とかも読めます)がみつかります。全集で検索すると、寺田寅彦全集とかが見つかります。また漱石全集で検索すると1937年版の漱石全集が読めます。科学史関係で珍しいところではカントの星雲説の著作も読めることをみつけました。
「カント・宇宙論 : 天界の一般自然史と理論」という本です。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1371098 カントがニュートン力学を元に太陽系と惑星の起源を論じたもので、カント・ラプラスの星雲説という名前で有名な説を世界ではじめて提唱した本です。多分 カント31歳の時の出版だったと思います。カントが物理学を駆使できるほどの実力を備えていたのが驚きですね。この本の解説はこのあたりをご覧ください。https://www.jstage.jst.go.jp/article/philosophy1952/1971/21/1971_21_172/_pdf/-char/jaあと、化学の歴史の本でおすすめはこちらです。化学史伝という本です。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1382626
2022/7/5
国立国会図書館デジタルコレクションの個人送信資料で読める本を紹介しています。
結構 少年少女向けの科学の本が含まれています。私の子供が小さかった頃、図書館に少年少女科学名著全集というのがあったので借りてきては読ませていたことがありました。その一巻に「宇宙をつくるものアトム」
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1655694という本があって、それにはルクレチウスの本が子供むけに翻訳されておさめられていました。もう一度読みたいとおもって借りに行ったのですがなんと除籍されていてもう図書館にありませんでした。それが個人送信資料ではよめるのを見つけてうれしかったです。この少年少女科学名著全集の編者は仮説実験授業で有名な板倉聖宣先生たちです。翻訳(抄訳の編集)は綴り方運動で有名な国分一太郎先生です。ルクレチウスの本は詩ですので詩を書ける人にお願いして訳してもらったということです。あとがきには、全訳は岩田義一先生による翻訳を推薦すると書いてありました。岩田義一先生は以前の記事で紹介しましたが、仁科記念賞を1964年に受賞している優秀な物理学者です。ノーベル賞を授賞した南部陽一郎の先生でもあるそうです。ルクレチウスを原語でよむためにラテン語を学ばれたそうです。岩田先生の翻訳書には、岩田先生が訳してギリシャ・ローマの古典が専門の田中美知太郎先生が校訂したと書いてあるそうです。https://clsoc.jp/agora/newbooks/2020/200909.html
この少年少女科学名著全集にはほかにもいろいろ面白い本が訳されています。ロウソクの化学とか、ガリレオの星界の報告、ファーブル昆虫記とかもあります。こちらから探してみてください。
2022/7/4
タンパク質の立体構造を原子レベルで明らかにするcryo-EMの動画があります。英国ケンブリッジのMRC LMBのグループリーダーの一人Dr Sjors Scheresが英国王立協会のレーウェンフック講演賞 Leeuwenhoek Lecture award (微生物学の顕著な業績に送られる賞)をもらって、受賞講演をした動画がRoyal SocietyのYouTubeチャンネルに公開されています。この方はcryo-EMという電子顕微鏡の手法でタンパク質の立体構造を原子レベルであきらかにする手法やソフトウエア(RELION)を開発して、多くの重要なタンパク質の三次元構造を決定している研究者です。とてもわかりやすくタンパク質の立体構造を電子顕微鏡と画像解析で明らかにする方法を説明しているので、是非時間があるときにご覧ください。以前紹介したChromeの機能拡張Language Reactorでご覧になるのも良いと思います。

https://youtu.be/e-jLTGFkp-o
こちらも参考になります。MRC LMBの技術支援室の講習会動画です。

https://youtu.be/_EtqexCTOcs

2022/7/3
2022/1/24の記事の追加です。今日は初めてヒグラシが鳴いているのを聞きました。夏まっさかりです。
以前九大図書館でオーケストラの指揮者をめざす女子高生に「論理力」がもたらした奇跡(永野裕之 著、実務教育出版)を読みました。聖書に次ぐベストセラーとして有名なユークリッドの原論へのよい入門書だと思いました。「なぜ、世界のエリートは
古代ギリシャの数学書『ユークリッド原論』を読んでいるのか?」という宣伝文句が目立つ本です。Kindle版もあって安いので、論理に興味がある方におすすめです。あと10日ほどはKindle版は880円のセール(通常の半額)になっています(2022/7/13まで)。ユークリッドの原論 (Euclid’s Elements)を英文で読んでみたい人には、物理学者であるRichard Fitzpatrick教授によるこちらの無料本がおすすめです。ギリシャ語と英文の対訳になっています。教授は流体力学や量子力学、天体物理学などの多くの本を書いておられるようですが、同じく無料本でプトレマイオスのアルマゲストを現代的に書き直した本A Modern Almagestも無料でダウンロード可能です。国立国会図書館に本登録がすんでいて個人送信資料が読める人はアルマゲストの日本語訳も読むことができます。こちらにリンクをペーストしておきますのでご覧ください。
 アルマゲスト上巻(薮内清訳)恒星社厚生閣
 アルマゲスト下巻(薮内清訳)恒星社厚生閣
2022/7/2
Windows11でlinuxのGUIアプリを動かせるようになったようです!
これは朗報ですね。今まではWindows10などのwindows subsystem for linux (WSLと略します)でコマンドラインのubuntuなどいろんなLinuxを使えたのですが、とうとうGU I(グラフィカルユーザーインターフェイス)が簡単に使えるようになったようです。Microsoft社による解説は以下にあります。https://github.com/MicrosoftDocs/wsl/blob/main/WSL/tutorials/gui-apps.md検索キーワード  ”windows11 linux gui”」でGoogle検索すると以下のページがヒットします。「Linux 用 Windows サブシステムで Linux GUI アプリを実行する
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/tutorials/gui-apps
これは日本語の記事ですが、あきらかに英文を機械翻訳しています。いつもながら、マイクロソフトの機械翻訳による意味不明な日本語を読むのはイライラします。元記事がどこにあるのかも日本語記事からはすぐにはわからないのもどうしようもない仕様です。英語の元の記事を読む方がいいと思います。英語の元記事は下の画像の右上にあるシャープ#をまるで囲んだマーク(地球のつもりだと思います)をクリックすると開きます。
2022/7/1
以下はホームの記事からリンクを中心に抜き出したものです。詳しくはホームの記事をご覧ください。今日はKindle本のなかから美術関係の小説でおすすめの一冊を紹介します。原田マハさんがゴッホについて書かれた小説 「たゆたえども沈まず (幻冬舎文庫) 」Kindle版 です。今月の13日までは割引セールの対象品になっていて、393円で購入できます。文庫本は825円ですから半額以下で買えますのでAmazonのサイトでKindle版をチェックしてみてください。またAmazon prime videoをみていると、ゴッホについてのイギリスBBCのドキュメンタリー「ゴッホ真実の手紙」(2010年)という作品をみつけました。これも面白そうですので紹介しておきます。 
2022/6/30
発生生物学で初のノーベル賞(1935年)を受賞したHans Spemannの代表的な本、Embryonic Development and Induction (胚発生と誘導 1938年出版)は、私の属していた九州大学生物学教室発生生物学講座におられて西南学院大学の教授になられた佐々木直井先生が12章まで日本語に翻訳されています(全体の70%が翻訳されていることになります)。これは国立国会図書館の個人送信資料で読むことができます。5回にわけて翻訳されています。「胚発生と誘導-1- / Hans Spemann」から「胚発生と誘導-5- / Hans Spemann」までは以下のリンクから探せます。翻訳は西南学院大学児童教育学論集の以下の巻に掲載されていますので目次で探してお読みください。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1799069
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1799070
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1799072
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/4419788
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/4419789
これはSpemannがノーベル賞を授賞後、アメリカのYale大学に招かれて講義した講義を出版したものです。未翻訳の部分を含めたこの本の原書(Book to Borrow)は、Internet Archiveの以下のリンクから貸出処理して読むことができます。発生生物学の古典とよばれる名著です。
https://archive.org/details/embryonicdevelop0000spem/page/n7/mode/2up
2022/6/29
国立国会図書館の個人送信資料にはポーリングの本もあります…‥
ポーリング(Linus Pauling)はノーベル化学賞と平和賞をダブル受賞したアメリカの偉大な科学者です。2つのノーベル賞を授賞した科学者は何人かいますが、それぞれの賞を単独で2つ受賞したのはポーリングだけだそうです。詳しくはホームの記事をご覧ください。ここではリンクのみあげておきます。以前の記事で彼の実験ノートを紹介したことがあります。奥さんとの愛情を示す奥さんによるほほえましい書き込みI love youが残っている実験ノートです。
PaulingについてはPauling onlineというサイトがあって、http://scarc.library.oregonstate.edu/coll/pauling/index.html
彼の実験ノートや写真、Pauling本人の講演ビデオや関連ビデオや資料が網羅的に集められていますので是非訪れてみてください。面白いことうけあいです。
http://scarc.library.oregonstate.edu/digitalresources/pauling/
http://scarc.library.oregonstate.edu/coll/pauling/bond/index.html
平和運動についてもまとめてあって、現在おきている、第三次世界大戦が勃発するかもしれないような行動をとっている愚かな国々の行動を止めさせるためのヒントにもなると思います。http://scarc.library.oregonstate.edu/coll/pauling/peace/index.html
個人送信資料にはポーリングの翻訳書がいくつもありますのでご覧ください。
私が高校、大学生の時に読んでいたポーリングの化学の教科書や、高校生の時に読んでいた化学の絵本「分子の造型―やさしい化学結合論」もみつけました。
ワトソンとクリックが読んでいた化学結合論第二版はこちら。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2440315
Paulingの大学用教科書College chemistryの翻訳書はこちら。われらが科学 化学Iと化学IIという二分冊で翻訳されたものです。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2421549
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2421550
分子の造型という絵本はこちらです。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1382524
2022/6/28
今日福岡に梅雨明け宣言がでました。観測が始まって以来、最も早い梅雨明けだそうです。雨が不足なので農家は水不足を心配されています。小学校のプール授業をやめたところもあるそうです。毎日30度を越える気温ですが、風が強いのでからっとしていて快適です。ホームのほうにjpegファイルからpdfを作る簡単な方法を紹介しました。スクリーンショットのjpegファイルを一発でpdfにまとめるにはこの方法が一番簡単だと思います。私はスキャナで作成したjpegファイルをpdfにするのには画像を右クリックして印刷を選び、パソコンにインストールされているpdfプリンタでpdfにする方法をもっぱら使っています。
2022/6/27
ホームの方に、スクリーンショットからpdf をつくる方法について書きましたのでご参照ください。jpegファイルを例にしましたが、他の画像形式でも同じようにpdfにできます。
2022/6/26
上の記事に電子メールのセキュリティ対策について書きました。トラッキングピクセルだのトラッキングリンクなどを埋め込んだメールの場合、それを読んだかどうかが発信者に通知され、開いた人間の個人情報も盗める可能性があるというお話をしました。相変わらずスパムメールは毎日届いています。スパムメールについて参考になるサイトは以下です。
日本データ通信協会 迷惑メール相談センター
https://www.dekyo.or.jp/soudan/index.html
こちらには迷惑メールについてのパンフレットもあります。
迷惑メール対策BOOK 『撃退!迷惑メール』のご紹介
最近届いたスパムメールのタイトルをいくつか記しておきます。
Your package is waiting for you   DHL Express
【JR西日本:Club J-WEST】お客様への重要なお知らせです。
www.jr-odekake.net:パスワード変更の連絡
三越伊勢丹オンラインストア 【公式】 【重要なお知らせ】エムアイカードカードご利用確認のお願い
あなたのアカウントは停止されました、情報を更新してください amazon,co.jp
“VISA JAPAN【最終警告】VISAカード からの緊急の連絡
申し訳ありませんが、ETCアカウントのセキュリティを確認してください
ヨドバシドットコム:「お客様情報」パスワード変更の連絡
【重要】ビューカードご利用確認
【JR西日本:Club J-WEST】お客様への重要なお知らせです。
一番上のDHL Expressと称するメールはまだ上の日本データ通信協会のサイトに出ていませんが、他のは上のサイトにもリストされています。メールの内容も、「最終警告」だの、「残念ながら」だの日本の会社なら絶対使わない日本語の使い方をしているのが多いし、発信元をメールソフトで眺めるとほとんどが中国、香港、上海などで詐欺メールだと見分けるのは比較的簡単です。メールの迷惑メールフィルタでほとんどはスパムと判断されます。
ただ最近は、日本の会社の発信した文面をそっくり頂いて、リンクだけを詐欺リンクにおきかえたものがちらほら見られます。上にあるJRのおでかけネットやj-westのメールはその代表例で、私も騙されそうになりました。内容は、サービスをリニューアルしたので、最後にログインした日より起算して2年以上ログインが確認できないアカウントは自動退会処理になりますというものでした。一度ログインしてもらえば退会処理しないと書いてあって、ログインのリンクがはってあります。コロナでJRの利用もなかったので仕方ないなと思いましたが、自動退会してもまた登録すればいいわけで、ログインをあせってすることもないと思い、何もしなかったのです。最近知ったのですがこれはおでかけネットなどが送っているメールの文章を利用した、詐欺メールでした。https://secure.okbiz.okwave.jp/eki-net/faq/show/3422?category_id=106&site_domain=default
注意しなくてはいけませんね。メールからリンクをたどるのではなく、自分で公式サイトにいってログインするなどの注意が必要ですね。
2022/6/25
以前、佐々木閑(しずか)先生の仏教講座を紹介したことがあります。自然科学系出身 (京都大学工学部工業化学科と同文学部哲学科仏教学専攻を卒業されています)の花園大学の先生ですので、私達自然科学を学ぶものに理解しやすいバックグラウンドで仏教の話をされます。YouTubeチャネルに一連の公開講義がいっぱい公開されているので興味のあるものから見ると面白いと思います。https://www.youtube.com/channel/UChq_H8QwhyHlL_JR83vgpGw/videos
今日紹介する動画は化学同人から出版されている『仏教は宇宙をどう見たか』という本の出版記念トークです。

倶舎論(「くしゃろん」と読むそうです)という仏教の教義の体系がどんなものか、自然科学とどんな関係にあるのかなど興味深い話が聴けると思います。https://youtu.be/ygj7853dtXw

2022/6/24
2017年9月6日、それはVegaの方角から飛来して、地球の太陽公転面をよこぎり9月9日には近日点を通過、9月29日に金星の公転軌道をよこぎり10月7日には地球の軌道を横切って高速で太陽系からはなれてペガサス座の方向へと去っていきました。人類がこの天体に気付いたのは10月19日でした。この天体こそ、以前の記事で紹介した太陽系外から飛来した物体Oumuamuaです。これが地球人以外の知性体によってつくられた人工物であるという説を詳しく紹介した本が出版されました。ハーバード大学の有名な天文学者 Avi Loeb教授の本 ExtraterrestrialーThe First Sign of Intelligent Life Beyond Earthという本です。翻訳が早川書房から「ウムアムアは地球人を見たか?──異星文明との遭遇」という題で出版されています。
https://www.hayakawa-online.co.jp/shopdetail/000000015095/
Amazonの試し読みでも本の最初のほうは読めますので、読んでみると面白いと思います。これは人工物ではないという説を唱えるほうが暮らしやすい世の中ですが、そういうバイアスをもった態度は、結局昔、ガリレオを宗教裁判にかけ、ブルーノを火あぶりにした性質がまだ人類から消えていないことを意味するのかもしれません。
2022/6/23
国立国会図書館デジタルコレクションで、Albert Szent-Györgyi博士のIntroduction to a Submolecular Biologyの訳本(廣川書店発行)を探し当てた話を前に書きました。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2428890
探しているとき偶然、化学英語の本をみつけたので紹介します。有名な有機化学の教科書の著者、Fieser夫妻(Harvard大学教授とResearch fellow)の著書 STYLE GUIDE for Chemistsの翻訳本です。「化学英語の13章 : 書きかた話しかたの手引き」というタイトルで翻訳されていました。ちょっと読んでみたのですが、私が昔疑問に思っていたことなどが選んで書いてあるように思える、とても良い本でした。135ページの短い本ですので皆さんも是非読んでみてください。きっと得るところがあると思います。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2429348
2022/6/22
英語のjoke:科学界で有名なものを一つ紹介します。
こんなjokeです。
In relation to the problem of the connection between mind and matter, I may perhaps tell a small joke about an English philosopher, who had fond and excellent solution to this question: “What is mind – it does not matter, What is matter – never mind“. Unfortunately, it is untranslatable.
1979年に京都の宝ヶ池国際会議場で開催された第三回国際量子化学会議のLöwdin先生による開催挨拶からの引用です。
Opening address at the third international congress of quantum chemistry by Per-Olov Löwdin, President of the International Academy of Quantum Molecular Science. from Horisons of Quantum Chemsitry, xv-xviii, K. Fukui and B. Pullman (eds), copyright 1980 by D. Reidel Publishing Company 詳しくはホームの記事をご覧ください。
2022/6/21
今日は少し忙しいので、国立国会図書館デジタルコレクションの個人送信資料の面白そうな本のリンクを紹介するだけにしておきます。私が中学生や高校生のときに持っていた本の中には、「日本の詩歌(中央公論社)」シリーズの本、数冊がありました。石川啄木https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1356615とか宮澤賢治https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1356622とかをもっていて繰り返して読んだものでした。その他の日本の詩歌シリーズの本も全部読めるようです。日本文学全集(河出書房新社)全巻とか、日本現代文学全集とかもありますので、読み物に不自由はしないですね。全集という検索キーワードで検索して、左側の絞り込みで、図書を選び、NDC分類で文学を選ぶと文学全集がヒットします。哲学にするとアリストテレス全集全巻とかプラトン全集とかも読めます。ニーチェ全集とかもありましたので、検索してみてください。アリストテレス全集には動物発生論とかもあって、生物学の歴史に興味のある人にはおすすめです。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2971850
世界大思想全集というのもあって、これにはルクレチウスの宇宙論が含まれています。物理学者の岩田義一先生の名訳です。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934639パスカル全集もよめて第一巻は科学論文が訳されています。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3034935真空論とか確率論とか計算機の論文などもありますので面白いです。高校生の時図書館で借りて夢中で読んでいたのを思い出します。高校生の時といえば、化学の先生が授業でゲーテの色彩論の話をしておられました。一度読んでみたいと思っていましたが、個人送信資料の中にはゲーテ全集もあって、中に物理学者の石原純先生の訳されたゲーテの色彩論がありました。自然科学論集という巻の中にあります。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1132610/3?tocOpened=1
マニアックなところでは、柴谷篤弘さんの書かれた「理論生物学 : 動的平衡論」 https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1378824という本もみつけました。柴谷先生は九大生物学教室の私のボスだった山名清隆先生と日本に分子発生学を興そうとRNAの研究を日本で始められた開拓者の一人です。九大の山名研究室にもこられたのでお目にかかったことがあります。動的平衡論というのも書いておられたんですね。
2022/6/20
ホームにAlphafold2に勝るとも劣らないタンパク質立体構造予測AIが開発されたというニュースを報告していますのでご覧ください。またAlphafold2の開発者による開発秘話の日本語訳がこちらにあります。https://www.technologyreview.jp/s/272116/this-is-the-reason-demis-hassabis-started-deepmind/
日本語訳は無料では途中までしか読めませんが、英語版の全文は日本語版のページ上部にリンクが張ってあるこちらから読めます。https://www.technologyreview.com/2022/02/23/1045016/ai-deepmind-demis-hassabis-alphafold/
Demis Hassabis CEOの講演は以前も紹介したのですが以下でみられます。

Twitterをみていたら、Alphafoldにまさるとも劣らない新プログラム、その名もOmegafoldというのが開発されたようです。
https://twitter.com/peng_illinois
まだ論文発表はないそうですが、MSA (multiple sequence alignment)を用いずsingle sequenceの入力のみで、普通サイズのタンパク質なら数秒で立体構造予測できるそうです。また一段と生命科学が進歩しそうです。

2022/6/19
毎日 国立国会図書館の本の紹介を続けています。今日はこのブログで何度かふれている岡潔関係の本と偽書として有名な東日流三郡誌(つがるそとさんぐんし)も読めますよという話をしておきます。ホームにはもう少し詳しく書いていますのでそちらもご覧ください。以下のような岡潔の本が簡単にみつかります。「昭和への遺書」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934708
「春の雲」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934437
「月影」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934709
また古本では5000円以上の値がついている胡蘭成の書いた「建国新書」という本も探すとでてきます。これは岡潔が推薦していた本ですが、無料で読むことができます。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3446248
この本についての岡潔が書いた書評や、手紙などはこちらの本で読めるようです。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/3451695
また、国語の教科書などに掲載されていて有名な春宵十話も、単行本のなかの10話の部分のみなら読むことができます。こちらなどにありますのでご覧ください。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2966234/65また面白いところでは、「東日流外三郡誌」で検索すると偽書として有名なこの本のいろんな版を読むことができます。https://dl.ndl.go.jp/search/searchResult?featureCode=all&searchWord=%E6%9D%B1%E6%97%A5%E6%B5%81%E5%A4%96%E4%B8%89%E9%83%A1%E8%AA%8C&fulltext=1&viewRestricted=0&viewRestricted=2
2022/6/18
今日は国立国会図書館の個人送信サービスで読める発生生物学関係の本を紹介します。私の大学院の指導教官だった岡田節人先生と奥様の岡田瑛さんが訳されたWaddingtonの本Principles of Development and Differentiationの訳「発生と分化の原理」が読めます。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2429808/75?tocOpened=1
以前このブログで紹介したepigenetic landscapeの解説ものっています。また岡田夫妻が訳された「発生そのメカニズム」というEbertさんが書いた本も読めるようになっています。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1382429
これは古いですが、とてもわかりやすい通読可能な発生生物学の教科書でした。Ebertさんについては前にこのブログでも書きました。あと、オーガナイザーの研究でノーベル賞を授賞したシュペーマンの伝記も読むことができますので紹介しておきます。「発生生理学への道」という絶版本です。シュペーマンの学生で弟子、そして共同研究者であるオットー・マンゴルド(オーガナイザーを発見したヒルデ・マンゴルドは、この本を書いたマンゴルドの奥さんです)の書いたシュペーマンの科学的伝記です。シュペーマンの仕事を発展させた福岡大学の景浦宏先生が大学院生時代、熟読していた本です。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1374616
2022/6/17
このブログで何回か、Albert Szent-Györgyi博士のことをとりあげました。昨日の記事にのせた中央公論社の世界の名著66 現代の科学Ⅱには博士の短い講演が掲載されています。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2988842
今日はセントジェルジ博士の著書を何冊か、国立国会図書館の個人送信サービスの本から紹介します。詳しくはホームにゆずることにして、ここではリンクだけあげておきます。博士のベトナム戦争反対は有名な話です。このあたりを博士が書かれた本、「科学・倫理・政治」もオンラインで読めるようになっています。巻末には博士の簡単な自叙伝もついていますのでとても参考になると思います。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1381746
最初によむ本としてはこれがおすすめです。
また、博士の量子生物学についての初期の著書 Introduction to a Submolecular Biology の翻訳もオンラインで読めますので興味のある方はご覧ください。廣川書店から「分子生物学入門―電子レベルからみた生物学」というタイトルで出版された本です。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2428890 この本はセントジェルジで検索してもヒットしませんでした。私が今も持っている本ですので、出版元の廣川書店をキーワードにして検索して探しだすことに成功しました。国立国会図書館でセントジェルジで個人送信資料を検索すると、他にも「生命の本質」(Nature of Lifeという題の筋収縮の本です。中にはタンパク質が半導体として機能しているのではないかという仮説も述べられています)https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1371660やBioenergeticsの翻訳書https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1377188がヒットします。「生命の本質」の中には、アクトミオシン線維がATP を加えた後、収縮している写真がのっています。
2022/6/16
連日紹介している国立国会図書館の個人送信資料ですが、私の持っている本もいっぱい公開されていて面白いです。今日は面白そうな本のリンクをいくつか紹介しますので登録して是非お読みください。
世界の名著 現代科学Ⅱ https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2988842
これにはポアンカレの「科学と仮説」やワトソンとクリックのDNAの二重らせん構造の発見のNature論文、ノイマンの「人工頭脳と自己増殖」の論文、マッカローの「なぜ心は頭にあるか」という論文、そしてセントジェルジの「医学の将来」という論文などがのっています。
世界の名著シリーズにはメンデルの雑種植物の研究が載っている 現代科学Ⅰhttps://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2990581や、ニュートンのプリンキピアの全訳が載っている、「ニュートン」https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2982556。そしてガリレオの巻https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2934598やギリシャの科学https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2935182の巻など面白い本がいっぱいあるので、ご覧ください。あと変わったところでは、ノーベル化学賞を日本人としてはじめて授賞された福井謙一先生の量子化学という本が公開されています。著者名で検索してもヒットしませんのでこちらのリンクからご覧ください。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2463524
最後に原子爆弾を製造するようにアインシュタインをたきつけて大統領に手紙を書かせた人物 レオ・シラードの本を紹介しておきます。「イルカ放送」というタイトルの短編集で、連鎖反応が爆弾製造につながるのを初めて思いついた彼の本は、政治と科学を考える上で是非読んでおくべき本だと思います。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1697577
2022/6/15
朝ドラの「カムカムエヴリバディ」を途中から最終回まで全部みました。ラジオ英会話を軸に話が進む朝ドラで、戦後最初の英会話番組の平川先生のカムカム英語がまず登場します。平川先生の後は松本亨先生が引き継がれました。この松本亨先生はなぜか、今回の朝ドラに出てこなかったのです。不思議に思いました。これは昨日紹介した松本亨先生の著書「続・英語と私」を読むとなんとなく理由がわかるような気がします。この疑問についてホームで書きましたのでご覧ください。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2489884
2022/6/14
ホームのほうに昨日の記事の続きを書きましたのでご覧ください。
https://glycostationx.org/2022/06/14/3893/
2022/6/13
国立国会図書館デジタルコレクションを使ってみましょう!
https://dl.ndl.go.jp/
上の画像がトップページですが、ページの上のほうに図書館・個人送信資料という項目があります。これにだけチェックをいれて検索すると、個人向けデジタル化資料送信サービスでオンラインで読める本が簡単に探せます。たとえば「世界の名著 中央公論」といれると、中央公論社で発行された世界の名著シリーズがズラーッと表示されます。ニュートンの「プリンキピア」の全訳とか、デカルトの「方法叙説」とか、リーマンの「幾何学の基礎をなす仮説について」とか、メンデルの「雑種植物の研究」など、数えきれないほどの名著をこのシリーズで読むことができます。
この使い方ですが、登録が必須です。
まず国立国会図書館に登録しましょう。登録の仕方はこちらをご覧ください。
https://www.ndl.go.jp/jp/use/digital_transmission/individuals_index.html
最低5開館日で本登録ができるはずです。今は申し込みが殺到しているそうで、相当の時間がかかと書かれていますので急いで登録しましょう。登録には本人確認ができる資料の画像のアップロード(学生証や、運転免許証の表裏両面とかマイナンバーカードの表面の画像などいろいろなものから選べます)が必須です。よく申込みのページを読んで、本人確認資料の画像ファイルを用意してから申込み手続きを始めてください。私は5月31日に申し込んで本日、本登録完了のお知らせメールをうけとりました。
【国立国会図書館】本登録完了のお知らせ というメールです。詳しい使い方は明日書きますのでご覧ください。
2022/6/12
コーパスや映画を活用した英語の勉強法について書かれている岩波新書の英語独習法 (今井むつみ 著)を読みました。今井先生のホームページには、この本のもとになったNHKのやさしいビジネス英語での先生の連載が公開されており、zipファイルでもダウンロードできますので読んでみてください。(NHK ラジオビジネス英語 連載(12回)2018年4月-2019年3月. 大人の英語の学び方 PDFというのが先生のホームページのこちらにあります。zipファイルです。)
はじめはこの連載で十分かと思っていましたが、この本は買う価値があると思います。是非購入して読んでみてください。詳しくはホームをご覧ください。
2022/6/11
国立国会図書館のリサーチナビというサイトの紹介です。
国立国会図書館にはリサーチナビというサイトがあります。https://rnavi.ndl.go.jp/rnavi/research-navi.php 詳しくはホームをご覧ください。このトップページにも調べ方の技術が詳細に紹介されています。
さらに調べ方ガイドというページもあって、https://rnavi.ndl.go.jp/research_guide/
考えられるほとんどの分野について、それぞれの調べ方が紹介されています。新型コロナウイルス関連情報もありますので、このあたりから使い始めるとよいでしょう。
分野別の検索法紹介ページもあります。https://rnavi.ndl.go.jp/research_guide/archives.php
ネット検索の技術向上にも役立つサイトですので、ときどき見て検索技術を向上させるとよいでしょう。
2022/6/10
海外留学は視野を拡げ新しい人的ネットワークをつくることができるのでお勧めです。留学先の先生から、またあんな人がいたら是非紹介してくださいといわれるのは推薦状を書いたものとしては、大変うれしいことです。留学先のボスからHe is a gem.と評価された人もいます。新型コロナも落ち着いてきたのでこれから海外留学を考えている人も多いと思います。そんな人のために、海外留学の支援制度のデータベースができているので、どんな支援制度があるか一度みて留学を検討してみてはいかがでしょうか。
一般社団法人 海外日本人研究者ネットワーク
United Japanese researchers Around the worldが提供してくださっているデータベースです。
https://www.uja-info.org/funding-search
このデータベース、Firefoxではうまく表示されなかったので、ChromeやBraveでみるとちゃんと表示されました。プルダウンメニューから留学目的や分野、給付どうかなどを選ぶと、条件にピッタリの留学支援制度が表示されます。是非いちど試してみてください。
このデータベースのあるサイトのトップページも留学関連情報が満載で是非ご覧ください。https://www.uja-info.org/
2022/6/9
5月21日の記事でMathematicaの入門動画と機械学習の無料本を紹介しました。入門動画は3回目がアップロードされたようです。今回はListの扱い方です。
https://youtu.be/yxmJzooCpuM

Mathematicaに限らず、リストは行列や表形式のデータなどをプログラミング言語で扱う時に必須のアイテムです。リストをマスターすれば、プログラミングはずいぶん楽になりますし、Mathematicaのリストは扱いやすいのでこれさえマスターすれば、学習や研究に役立つ極めて強力なツールを手に入れることになります。是非リストをマスターしてください。
またMathematicaのウエビナーが開催されるそうですので、お知らせしておきます。簡単な登録で無料で参加できますので利用して学ぶとよいと思います。リンクと内容をあげておきます。
https://www.bigmarker.com/series/mathematica-2022-JP/series_details
6月21日(火)11:00–12:00

初めてMathematicaを使う方へ
Wolfram Cloudのアカウントの作成方法,クラウド上でもすぐに試せる面白い例題

6月22日(水)11:00–12:00
Mathematica 基礎編
数式・数値処理の基礎から,グラフ描画,簡単なアニメーション作成

6月28日(火)11:00–12:00
Mathematica 応用編
常・偏微分方程式の求解から,データ解析,簡単な機械学習

6月29日(水)11:00–12:00
Wolfram 言語による機械学習
すぐに実行可能な教師あり・なし機械学習,ニューラルネットワークのカスタマイズ,訓練法など

2022/6/8
新型コロナウイルスSARS-COV-2のスパイクタンパク質が糖鎖と結合するという話をホームに書きました。ワクチンの副作用のメカニズムについての手がかりになるかもしれませんので、ご覧ください。下はオープンアクセスの解説(総説)からとったmRNAワクチンの作用メカニズムの解説図です。総説はこちらから読めます。mRNAワクチンについての概観を得るのに最適の解説だと思います。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8071766/
An external file that holds a picture, illustration, etc. Object name is ijbsv17p1446g002.jpg
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/core/lw/2.0/html/tileshop_pmc/tileshop_pmc_inline.html?title=Click%20on%20image%20to%20zoom&p=PMC3&id=8071766_ijbsv17p1446g002.jpg
上が図へのリンクです。さて、このワクチンに含まれているmRNAの配列は公表されていますが、ワクチンそのものからmRNAを回収して配列決定した方もいます。その配列はたしかにSタンパク質のmRNAのものであり、間違いなくSタンパク質を体内で作ると期待されます。
https://github.com/NAalytics/Assemblies-of-putative-SARS-CoV2-spike-encoding-mRNA-sequences-for-vaccines-BNT-162b2-and-mRNA-1273/blob/main/Figure1Figure2_032321.fastaこのSタンパク質、実は糖鎖と結合するのですが、この事実はあまり知られていません。Sタンパク質はタンパク質なので、特定の配列のアミノ酸がつらなって配列している分子です。Sタンパク質の中にある、アルギニンなどプラスの電荷をおびているアミノ酸がつらなって並んでいる配列の部分が、細胞表面の糖鎖の一種であるグリコサミノグリカン(グリコサミノグリカンglycosaminoglycan: GAGと略されます)と強固に結合します。グリコサミノグリカンというのはマイナスに電荷を帯びている糖鎖で多くの場合、タンパク質と結合してプロテオグリカンとよばれる糖タンパク質として存在しています。Sタンパク質のアミノ酸配列中にはプラス電荷の多いアミノ酸からなる部分が最低3つあり、これがマイナスの電荷をおびているグリコサミノグリカン(ヘパリンやヘパラン硫酸、コンドロイチン硫酸、ヒアルロン酸などの糖鎖部分をいいます)と結合するのです。日本やスエーデン、米国など世界各国でSタンパク質がグリコサミノグリカン、特にヘパリンと強固に結合することが論文発表されています。一例としてEsko先生のグループの論文を紹介しておきますので興味のある方はご覧ください。https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/32970989/
このリンクから論文がダウンロードできます。
https://www.cell.com/cell/fulltext/S0092-8674(20)31230-7?_returnURL=https%3A%2F%2Flinkinghub.elsevier.com%2Fretrieve%2Fpii%2FS0092867420312307%3Fshowall%3Dtrue
その他のレセプターについては以下をご覧ください。https://www.nature.com/articles/s41392-021-00653-w新型コロナウイルスは血管の内皮細胞(血管をつくっている上皮細胞を内皮細胞とよびます)を攻撃することが知られています。そして内皮細胞はびっしりと糖衣(とうい=グライコケイリックス)でおおわれており、糖衣の成分としてヘパラン硫酸などおプロテオグリカンが存在するのでこれとACE2 の複合体にウイルスがくっつくわけです。
一つ面白い論文を紹介します。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7347485/
この論文によるとSARS-COV-2のSタンパク質は以前流行したSARSやMERSウイルスよりもはるかに強くヘパリンと結合するそうです。肺にはヘパラン硫酸やコンドロイチン硫酸が豊富に存在し、ウイルスがこれらと結合する可能性は高いそうです。さらに肺には多量のmast cellが存在しており、この細胞は上で述べたように大量のヘパリンをふくんでいます。ヘパリンはヘパラン硫酸やコンドロイチン硫酸よりも強くS タンパクに結合することもわかっています。要するに新型コロナウイルスのSタンパク質の単量体や三量体は、従来のコロナウイルスよりはるかに強くヘパリンやその他のグリコサミノグリカンに結合するのです。また興味深いことに肺ではSARS-COV-2のレセプターであるACE2タンパク質の発現は極めて少ないとされています。肺での感染には肺の細胞表面に存在しているグリコサミノグリカンが、ACE2よりもさらに大きく感染に関与しているのかもしれません。Sタンパク質がグリコサミノグリカンに結合するための結合領域は、次の配列です。The SGP contains three putative GAG-binding motifs with the following sequences: 453–459 (YRLFRKS), 681–686 (PRRARS), and 810–816 (SKPSKRS), which we define as sites 1, 2, and 3, respectively.
これは以下の論文(下のリンクから無料ダウンロード可能です)からの引用です。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7347485/2022/6/7
教育系YouTuberで有名なYobinoriというのをご存知ですか。
予備校のノリで学ぶ「大学の数学・物理」というサイトです。
https://yobinori.jp/
大変わかりやすく数学、物理を中心としたトピックスを解説しているサイトです。動画一覧のリンクも紹介しますので興味がある方はご覧になるとよいでしょう。
https://yobinori.jp/video.html
大学レベルと高校レベルの動画が満載です。
おすすめの参考書や書籍の紹介というのもよさそうです。
https://yobinori.jp/review.html
ヨビノリたくみという、twitterもあります。

https://twitter.com/Yobinori
YouTubeのチャンネルはこちらです。

https://www.youtube.com/c/yobinori
最近話題になった私達の銀河中心にあるブラックホールの観測についての必見の動画を紹介しておきます。こんな学術対談もあるのを初めて知りました。

https://youtu.be/pfCIo4a8L5s
2022/6/6
暗いニュースばかりのこの頃でしたが、今日、はやぶさ2の持ち帰った小惑星リュウグウの砂から20種類以上のアミノ酸が検出されたと言う報道をNHKニュースでみました。
新聞はとっていないのでさっそくネットで朝日新聞を確認しました。さわりだけ読める有料記事…。でも無料公開されているさわりの部分によると、グリシンやイソロイシン、バリン、グルタミン酸などもみつかっているようですね。小惑星にアミノ酸がみつかったのははじめてだそうで、画期的な発見です。石質隕石で見つかっている糖もあるのではないかと思います。そして糖鎖もみつかるのではないでしょうか。欲を言えば、Fred Hoyleの唱えていたようなバクテリアなども見つかるといいのですが。近く論文発表されるとかで、とても楽しみです。
リンクははやぶさ2のサンプルの写真ののっているページです。上の写真もこのJAXAのサイトに載っています。
https://www.hayabusa2.jaxa.jp/topics/20201225_samples/index.html

2022/6/5
コロナの流行が蔓延する直前の年末、地上波テレビで石原さとみさん主演のドラマ 「アンナチュラル」の一挙放送があったので録画しました。ドラマ「パズル」で怪演されていた石原さとみさんのドラマなので楽しみに録画しました。その第一回は後で思えばコロナ騒ぎを先取りした内容でした。このドラマで不審死の解明のカギになるのは、遺体や死者のサンプルの保存でした。最終回もそれで犯人が追いつめられるという展開で、どの回も面白いドラマでまだ見ていない方にはおすすめします。このドラマはワクチン接種後の死亡や副反応・副作用について深く考えさせてくれるドラマでもあります。新型コロナのワクチンについてはこのブログでも何度か取り上げました。パブリックコメントにも書きましたのでその一部を転載しておきます。「ワクチン接種を努力義務にする場合、ワクチンで傷害や死亡事象が発生したときの補償体制を構築する必要があります。具体的には、副作用や死亡が発生した場合、遺族や家族、本人や主治医等からの申し入れによって、ワクチン接種との因果関係を後々明らかにするためのサンプルの保存と解析体制が構築されていなくてはなりません。たとえば、本当にワクチン接種の後、Sタンパク質に対する抗体価が上昇していたか。ヘパリン等に対する自己抗体が産生されていなかったか、血栓形成部位にどのような抗体が存在していたか、ワクチンmRNAは接種部位を越えてどのような組織、器官、細胞に存在したかあるいはしなかったか。そしてワクチンの副作用がでる人と出ない人がある(ペニシリンショックなどのように)理由を事後でもしかたないので調べるために、血栓や炎症部位の細胞のRNA-Seqと患者ゲノム配列解析用サンプルの採取、炎症部位、血栓等の形成部位の組織標本の保存などが求められます。このような「因果関係」調査のためのサンプリングなしに被害者が火葬されてしまうという現状では、本当に因果関係のない場合を含めて訴訟が起こる可能性があります。その場合、裁判や賠償が科学的試料に基づいて行われることがないため、大いなる税金の無駄遣いが起こると思われます。」最近の新型コロナウイルスワクチンの副反応についてはこちらをご覧ください。
https://www.mhlw.go.jp/stf/newpage_19142.html
その中の資料の一例を下にあげておきます。
https://www.mhlw.go.jp/content/10906000/000790032.pdf

子宮頸がんワクチンの接種も再開されそうですが、再開にあたっては、副作用がおこったときに因果関係を調べられるような十分な体制を作ることが必須であると思っています。


2022/6/4

ホームのほうでは、不思議な話を紹介していますのでご覧ください。
今日のリンクはComputation Resources for Molecular Biology というJournal of Molecular Biologyという由緒ある雑誌の特集号です。Open accessの記事が多いので興味のある記事を読むとよいと思います。コンピュータでの実験結果のバイオインフォマティクス解析をやりたい人には大いに参考になる特集号だと思います。
https://www.sciencedirect.com/journal/journal-of-molecular-biology/vol/434/issue/11

2022/6/6
暗いニュースばかりのこの頃でしたが、今日、はやぶさ2の持ち帰った小惑星リュウグウの砂から20種類以上のアミノ酸が検出されたと言う報道をNHKニュースでみました。
新聞はとっていないのでさっそくネットで朝日新聞を確認しました。さわりだけ読める有料記事…。でも無料公開されているさわりの部分によると、グリシンやイソロイシン、バリン、グルタミン酸などもみつかっているようですね。小惑星にアミノ酸がみつかったのははじめてだそうで、画期的な発見です。石質隕石で見つかっている糖もあるのではないかと思います。そして糖鎖もみつかるのではないでしょうか。欲を言えば、Fred Hoyleの唱えていたようなバクテリアなども見つかるといいのですが。近く論文発表されるとかで、とても楽しみです。
リンクははやぶさ2のサンプルの写真ののっているページです。上の写真もこのJAXAのサイトに載っています。
https://www.hayabusa2.jaxa.jp/topics/20201225_samples/index.html
2022/6/3
昨日は糖鎖生物学へのバイオインフォマティクスの応用Glycobioinformaticsについて書かれた、創価大学の細田 正恵 先生と木下 聖子 先生が書かれた日本語の総説を紹介しました。日本の研究については先生がたの総説を手掛かりに、GlyCosmos Portal https://glycosmos.org/ などからいろいろたどっていくことができますので、後日紹介します。今日はこの季節、例年恒例行事となっている、NIH videocastのGlycobiology関係のシンポジュウムの紹介です。今年の4月26日から2日にわたって行われた講演会で、NCBI, EMBL-EBI, UniProt, PDB, CAZy, Gene Ontology などのデータベースを使っているが、糖鎖生物学が専門でない人向けに行われたGlycobioinformaticsについてのおすすめの講演会です。是非ご覧ください。どちらのビデオも+Moreと書かれている部分をクリックするとダウンロードリンクが出てきますのでダウンロード可能です。超高画質でダウンロードできますので、ダウンロードしてゆっくりご覧になるのをお勧めします。Caption textもダウンロードできますので、字幕付きでダウンロードした動画をみることもできます。
Glyco-Informatics at the Interface of Disease and Data – Day 1
https://videocast.nih.gov/watch=45185

詳しいプログラムこちらにあります。
https://mregs.nih.gov/nigms/a5lb-d131
Glyco-Informatics at the Interface of Disease and Data (Day 2)
https://videocast.nih.gov/watch=45187
2022/6/2
糖鎖生物学の有用なリンクを紹介します。「糖鎖関連インフォマティクスへの入り口」という題の総説が、JSBi Bioinformatics Reviewというオープンアクセスの総説誌にでていて誰でも読めます。糖鎖配列をデータベースで扱う時の表記法なども詳しく解説されていますので、糖鎖に関心のある方には必須の知識が学べる良い総説です。是非読んでみてください。https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/2/1/2_jsbibr.2021.10/_html/-char/ja
この総説誌は 特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 https://www.jsbi.org/が発行しているもので、糖鎖に限らずバイオインフォマティクス一般の興味深い総説が掲載されているのでおすすめです。
2022/6/1
今日は新型コロナウイルスについての動画をホームで紹介しています。
今日は新型コロナウイルスの動画を紹介します。

https://videocast.nih.gov/Summary.asp?file=32427

NIH Videocastの動画でYouTube版はまだ公開されていません。ウイルス研究で有名な河岡 義裕 先生(東大特任教授でウイスコンシン大学Madison校教授)が新型コロナウイルスの動物モデルについて講演された動画です。ccボタンを押すと字幕が表示されますし、字幕をダウンロードできますので、是非ご覧ください。
以下のリンクにある新型コロナウイルスについての講演シリーズの最新版で、5月26日現地時間の講演の動画です。https://www.niaid.nih.gov/research/covid-19-sig-lecture-series
2022/5/31
宮澤賢治の詩集「春と修羅」(大正13年1924年1月20日発行)には印象深い詩がいろいろのっています。最初のページ(序)はこんな風にはじまります。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/979415/3わたくしといふ現象は
假定された有機交流電燈の
ひとつの青い照明です
(あらゆる透明な幽霊の複合体)
風景やみんなといっしょに
せはしくせはしく明滅しながら
いかにもたしかにともりつづける
因果交流電燈の
ひとつの青い照明です
(ひかりはたもち、その電燈は失はれ)これらは二十二箇月の
過去とかんずる方角から
紙と鑛質インクをつらね
(すべてわたくしと明滅し
 みんなが同時に感ずるもの)
ここまでたもちつゞけられた
かげとひかりのひとくさりづつ
そのとほりの心象スケッチですhttps://web.archive.org/web/20160325205750/http://why.kenji.ne.jp/haruto_f.html賢治の有機交流電燈というのは現代科学で解釈するとどうなるかという記事をホームに書きました。詳しくはホームの記事をご覧ください。下の詩も私の好きな詩です。ここより画像を引用しております。
関連する論文のリンクを三つあげておきます。
https://europepmc.org/article/pmc/5836834
https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.3109/07853890.2010.538078?needAccess=true
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0030120
2022/5/30
原子論と般若心経というタイトルでホームに記事を書きました。以下にはリンクのみをあげておきます。ファインマン物理学オンライン版https://www.feynmanlectures.caltech.edu/ファインマン物理学最新版がオンラインで無料で全部読めます。以下は原子論の部分です。
https://www.feynmanlectures.caltech.edu/I_01.html#Ch1-S1原子論といえばルクレチウスやデモクリトスを思い起こしますが、古代インドの古い文献にも原子論のことが書かれているそうです。 以下の日本語の論文をみつけました。
「インドの自然観 ヴァイシェーシカ学派の自然観-インド多元実在論哲学の自然観」
というタイトルの、野沢正信という先生の論文です。今西順吉編著『インド的自然観の研究』(国際仏教学大学大学院、1999年)所収の論文をほぼ採録したものである。とのことです。https://user.numazu-ct.ac.jp/~nozawa/c/contents.htm
WikipediaのVaisheshikaの項目の英語版https://en.wikipedia.org/wiki/Vaisheshika には、この経典の英語版などへのリンクがありますので興味がある方はご覧ください。化学者槌田龍太郎の意見」(化学同人 発行)の「般若心経」という章に書かれている大阪大学教授をつとめておられた槌田龍太郎先生の般若心経と原子論についての論説はとても説得力があると感じています。 
2022/5/29
ムービー・動画の形式変換、音声抽出、DVDからの動画・音声抽出などができるおすすめソフトをホームの記事で紹介していますビデオのファイル形式の変換、ファイルサイズの減少に役立つフリーソフトXmediaRecordです。Windowsで動くソフトです。mp4、wmv、mov、avi、vobなどなどを相互に変換できます。
https://www.xmedia-recode.de/en/index.php
のdownloadタブからダウンロードして使ってください。プロテクトのかかっていないDVDをmp4やmp3、vobやwavファイルにも変換できます。
実験で撮影したムービーの型式変更などにも必須のソフトです。メニューの日本語化もできます。オプションメニューの設定から言語を選んで、日本語を選ぶだけです。
2022/5/28
以前、iPhoneのブラウザをBraveにかえてtwitterをみると、とても快適だと言う記事を書きました。TwitterはJavaScriptを頻繁に変更して、twitterアプリを導入させようと変質狂的に改悪を続けているようにみうけられます。今まで快適にログインなしでみられていたブラウザが突然twitter社からのメッセージが必ずはさまれるようになってスムーズに見られなくなるという経験を何度もしています。そこで対抗策を探したので報告します。PCのFirefoxでのtwitterの見方を書きます。
例として九州大学の公式twitterアカウントをみてみましょう。アドレスを入力してtwitterを閲覧しはじめると以下の画面になります。

下の方へスクロールしていって、「おすすめトピック」をすぎると、
以下の画面がでてこれを消すことができません。
再読み込みをしてもまた同じことでどうしようもないのですが、実はこの画面の 「登録する」をクリックすると画面が替わって閉じるボタンxが左上に表示された画面になるので閉じれば、下の方を続いて閲覧できます。
PC版のBraveの場合は、おすすめトピックをすぎると下の画面になり、
閉じるボタンがはじめからあるので(iPad版Braveにはないので、Firefoxと同じ対処が必要。iPad版のSafariでは閉じるボタンがありました)この画面を閉じれば閲覧を継続できます。さて古いiPhoneですが、まず新しいuserをみようとすると、必ず毎回毎回、「Twitterアプリをおすすめします」というメッセージがでて、「今はしない」を押さなくてはならないように仕様が変更されてしまいました。そして「おすすめトピック」をすぎると、必ず「‥‥さんのツイートをさらに表示」というアプリの使用を促す画面がでて、閉じるとまたトップ画面にもどってしまいます。今度は「おすすめトピック」以降のツイートもみられますが‥‥。毎回二度手間が必要になったので閲覧がストレスフルになりました。その対策ですが‥‥。対策はtwitter.comではなくて、nitterを使うことです。
nitterはtwitterのフロントエンドで、JavaScriptを使わないので、twitterが収集している個人情報(IPアドレスとかブラウザのフィンガープリンティングとか)をtwitterに渡すことなく閲覧が可能です。詳しくはこちらをみてください。
https://gigazine.net/news/20200309-nitter/
https://github.com/zedeus/nitter
この後者のほうのサイトに掲載されているインスタンスを使えば、twitterを閲覧することができます。上のtwitterの煩わしい仕様はすべて消え去ります。nitterの公式サイト、nitter.netを使うのでよいと思います。つながりにくい時は、このサイトにあるinstancesのどれかを使ってみてください。https://github.com/zedeus/nitter/wiki/Instances#official閲覧方法は以下のとおりです。
https://twitter.com/KyushuUniv_JPをnitterで見たいときは、twitter.comの部分を上のリストのインスタンスの一つに変えるだけでよいのです。たとえばnitter.netに変えるだけです。
https://nitter.net/KyushuUniv_JP
nitterはダークモードでサイトを表示するので背景が黒いのがいやなら、
https://nitter.net/KyushuUniv_JP?theme=Twitterのようにurlの後に?theme=Twitterを付ければOKです。ブックマークに?theme=Twitterを付けたものを登録しておけばもとのtwitterと同じようにあかるい背景で閲覧できます。
2022/5/27
以前iPadのスクリーンショットをpdfに変換する方法について書きました。記事の一部を貼り付けておきます。
図書館でiPadについての新刊を借りてきました。iPadクリエイティブという本です。紙の本と電子ブック両方があります。これはおすすめです。たとえばiPadで読んでいる電子ブックの必要ページをpdfにする方法とか、アップルペンシルの賢い使い方などいろんなtipsが満載で、買って損がない本です。著者のamity_senseiの本の紹介動画とtipsの動画の一例を、下に貼り付けておきます。

https://youtu.be/WwSTBwVMbO0?list=PLLgF0rfDxaurNw93Ru5q12-CZkVC9EyCR
こちらは、
「みんなが知らない、純正アプリのiPad読書術。【Kindle × Apple Books】」という動画で、Apple BooksやKindleといった電子ブックの紹介、およびpdf化のやりかたの紹介です。
https://youtu.be/fzND33RF7l4

是非チャンネルをご覧ください。ホームの記事では、上の動画とはちょっと違う方法でスクリーンショットからpdfを作る方法を説明していますのでご覧ください。

2022/5/26
ホームにゲノムについてのわかりやすい入門書を2冊紹介しましたのでご覧ください。一冊は一般向けで、もう一冊は、ゲノム解析を本格的に始めたい初心者向けの本です。オンリーワン・ゲノム―今こそ『遺伝と多様性』を知ろう 単行本(ソフトカバー) –
鎌谷 直之 (著), 早未 恵理 (イラスト)という本と
ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー?疾患とゲノムを結びつける 
岡田 随象 (著) 羊土社という本です。この本、Linuxを使うのにCygwinを使っていてちょっと古いのかなと思いましたが、著者が開催されていた、2021年の大阪大学での講習会資料を参考にすれば、最新の本によみがえります。著者の岡田先生は、東京大学大学院医学系研究科遺伝情報学教室に移行されたようですが、以下のサイトに大阪大学で開催された「遺伝統計学夏の学校@大阪大学」の講義資料があります。上の本もこの夏の学校から生まれた本だそうです。本を購入して読みながら、2021年の講義資料を勉強しましょう。それが一番だと思います。http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/school_2021.html
この本は、ゲノム解析に必要な事柄を、いうならば、「ゲノム解析ミニマム」のように網羅して展望しており、GWASとかも詳しく解説されているので初心者に一番のおすすめです。いろんな本をあちこち読んでみるより、これ一冊を基本として読んであとは自分で勉強していくとよいと思いました。
岡田先生の2021年の講習会のスライドでは、Linuxの入門には、今後はWindows10以降使えるようになったWSL2を利用する方向に移行すると書かれています。WSL2については以下のマイクロソフトのページをご覧ください。windows11ではコマンドラインから一発でwsl2とubuntuをインストールできるそうです。wsl –installとうつだけ。
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/install
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/tutorials/gui-apps
2022/5/25
internet archiveで本を借りる方法を簡単に紹介しました。詳しくはホームの記事をご覧ください。
internet archiveは学術研究教育、研究用途の用途でのコレクションの利用が許されているサイトですのでそれ以外の用途の利用は禁止されています。また、コレクションの内容には不快感を与えるものも含まれていますから、各利用者の属する国の法律(著作権や刑法その他法律など)にのっとった利用が必要なことには留意してください。こちらに詳しく書かれています。https://archive.org/about/terms.php貸し出しの方法はホームの記事のとおりです。以下はリンクのみをあげておきます。
https://archive.org/account/signup
https://help.archive.org/help/borrowing-from-the-lending-library/
2022/5/24
4/28の「日替わりリンクなど」で、紹介した画像閲覧・処理ソフトの追加記事ですFastStone Image Viewerというソフト(ホームユーザーは無料使用可能なソフトウエアです)はこちらからダウンロード可能ですので使ってみてください。https://www.faststone.org/FSViewerDetail.htm
日本語はサポートされていないので英語のままで使いましょう。検索すると日本語化パッチというのもあるみたいですが、どんな人が作っているのかよくわからないので、日本語化はおすすめしません。このソフトでどうやってjpeg画像 (tiffとかも可能です)から不要な余白を切り取るかを紹介しておきます。一括でやる方法があるのかもしれませんが、今回は手動でやる方法を試してみたので報告します。
①FastStoneImage viewerで処理したい複数の画像ファイルのあるフォルダを開きます(フォルダを作って処理したいjpeg画像をまとめておくのが便利です)。
②画像viewerで画像を一つ開いて、画像上で右クリック。
EditのプルダウンメニューからCrop Boardを開きます。下の写真のようになります。
Crop Boardをクリックすると下の写真のような画面に替わります。
中央真下にある#マークをクリックすると、マウスでcropしたい範囲を選択できるようになります。マウスで余分な部分を切り取って残しておきたい範囲を選択します(上の写真のグリッド線)。この時、下にあるスライダでjpeg画質を設定できるので100%とかに設定しておきます。右下のCrop to Clipboardボタンの上にあるLossless Crop to Fileボタン(あるいはCrop to Fileボタンになっているかもしれません)でファイル名を指定して保存場所を指定した上でOKを押して保存します。下の写真のような画面で保存先、保存ファイル名、保存ファイル形式を選んで保存ボタンを押します。

保存が終わると、自動的に次の画像が表示されています。cropの範囲は前の時と同じなので、一連のスキャン画像で同じ範囲を切り取るのは簡単です。前と同様にLossless Crop to Fileボタン(またはCrop to Fileボタン)を押してOKを押すと、前に選択した範囲と同じ範囲で、クロップされた画像が保存されます。こうして保存すると次の画像に替わるのでどんどん同じ範囲をクロップしていくことができます。こうして余分な領域を除いた画像ファイル群が簡単に作れますので、お試しください。スキャンした画像から自炊pdfファイルを作ったりするのもwindowsの標準機能で簡単です。Crop Boardで次の画像を選ぶには、矢印キーを押しても可能です。
2022/5/23
「ビーカーくんがゆく! 工場・博物館・実験施設: そのこだわりにはワケがある! 実験器具たちのふるさと探訪」という本はものすごく面白いのでおすすめします。
https://www.seibundo-shinkosha.net/book/kids/67578/
これは大学生や大学院生も読んで面白い本だと思います。もともとは雑誌「子供の科学」に連載されていた記事で、それを大幅に改訂、追加を行い、連載記事よりずっと面白い本になったというようなことが始めのほうに書いてあります。小学生が読めるようにマンガで紹介するスタイルですが、内容は濃いです。最初の方では、リトマス試験紙の製造法やビーカーの製造法、pHメーターの作動原理などがわかりやすく紹介されています。ぐいぐいと引き込まれてスーパーカミオカンデやニュートリノにまで及ぶ実験装置の理解が進むという本です。紙の本とKindle版その他の電子書籍版がでているようです。出版社のサイトでの試し読みや、Kindle版の試し読みができるのでご覧ください。買おうと思うこと請け合いの本です。
2022/5/22
今日の福岡はとてもいい天気でした。日曜日なのでベニス(ベネチア)の風景のライブカメラ映像を楽しみたいと思います。

https://youtu.be/HpZAez2oYsA
このYouTubeチャンネルhttps://www.youtube.com/c/ILoveYouVenice
にはほかにもいろんなライブカメラがあって、
Live Webcam around the World – Cámaras en vivo – Rolling Cam World
では世界各地の今のライブカメラ映像が次々に切り替わって面白いです。https://youtu.be/8KGXSjtS5pk
ページの下には各ライブカメラ単独のリンクアドレスものっていて、たとえば東京とかもみられます。https://youtu.be/QOjmvL3e7Lc
動画の再生はホームでみられます。

2022/5/21
このブログでもたびたび触れているMathematicaの入門動画と、Mathematicaを使って機械学習を学ぶという入門書のリンクを、こちらとホームに載せておきます。簡単な入門はYouTubeのWolfram Japanのチャンネル(再生リストはこちら。https://www.youtube.com/c/WolframJapan/playlistsにMathematica First Stepという日本語の動画がありますのでこれで入門するのがいいと思います。
https://youtu.be/R35pBPWenYU機械学習の入門本:英語ですが無料公開されているこの本で機械学習をMathematicaを使って学ぶのもよいかもしれません。ちょっとみただけですが、なかなかよさそうです。https://www.wolfram.com/language/introduction-machine-learning/
2022/5/20
Juliaというプログラム言語は今人気急上昇中のようですが、最近このJuliaに否定的な意見がでているようです。https://yuri.is/not-julia/ をご覧ください。
Juliaのコアやパッケージがエラーだらけであるので使い物にならない。もうJuliaを使うのをやめたというような内容です。RとかPythonとかに較べると新しいプログラム言語ですので、これからの改善が望まれるわけですが、筆者によるとちゃんと改善する体制には今はなっていないとのことです。これから反論も出てくると思いますので注目したいと思います。
では世界中で十分使い込まれているpythonやRがいいのでは、ということになりますね。Pythonといえば、さっきYouTubeでJuliaに否定的な動画をみていたら右のほうにPython入門動画がでてきました。これは面白そうですので紹介しておきます。

こちらが再生リストです。https://www.youtube.com/c/kinocode/playlists
紀貫之の子孫という方の動画でどれもずいぶんわかりやすそうです

2022/5/19
ホームのほうにプログラムのソースコードエディタの一番人気、VSCode入門について書きました。ご覧ください。以下にはリンクだけあげておきます。

https://tech-blog.rakus.co.jp/entry/20220428/vscode
UdemyにはVSCode入門の講座があります。丁度今セールをやっていて、多くの講座が1220円より受講できますのでご覧ください。無料の講座がいいという方は、Udemyの講師の方によるYouTube動画があるのでご覧ください。
https://youtu.be/e3DmHK2PDGA

再生リストは以下の場所にあります。9本の動画があります。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLh6V6_7fbbo8GHGIT2YUN56OcwEpz5I5n
本で勉強したい人には、ちょうど今、3日間限定で「Visual Studio Code完全入門」というインプレスから発行されている入門書が無料で公開されています。見るのに登録とかは不要で読めますので、是非ご覧ください。5月19日から5月21日土曜日の午後11時59分までの期間限定公開とのことです。
https://book.impress.co.jp/items/vs-code

2022/5/18
先日は漱石の弟子、寺田寅彦のことを書きました。寅彦は漱石が熊本で高等学校の先生をしていたときの生徒でした。物理学が大変革を経験していた時代に生きた漱石はロンドン滞在時代に化学者の池田菊苗が同じ下宿に滞在したこともあり、科学への興味をかきたてられて、文学を科学として考えるプランをたてたようです。その成果が、帰国後東京大学で行った講義をもとに刊行された「文学論」です。漱石はあのラフカディオ・ハーンの後任だったため、独創的な科学としての文学をねらう講義は大変不評であったと伝えられています。その後も漱石の科学への興味は続いて、原子論なども寅彦と議論していたようです。この辺のところは中公新書の「漱石が見た物理学 首縊りの力学から相対性理論まで」)小山慶太著(古本で入手できます)に詳しく書いてあるのでおすすめします。
このように科学に強い漱石でしたが、漱石の「夢十夜」(1908年)を読むと、まるで映画のタイムマシンでみたような描写に驚かされます。リンクをクリックするか、ホームの記事をご覧ください。第一夜の描写は映画のタイムマシンを思わせますね。ウエルズがタイムマシンを書いたのは1895年ですので、漱石が英国滞在中、あるいは帰国後にタイムマシーンを読んでいたかもしれませんね。漱石の蔵書にはウエルズのタイムマシンは無いみたいです。東京大学図書館にはあったはずですので寅彦が紹介していたかもと思っています。寅彦の随筆にはでてきますので。
2022/5/17
国立国会図書館、OCR処理プログラムと学習用データセットを公開という記事をみました。 これはGithubに公開されているプログラムで、たとえば古い日本語の本の画像をよみこんで、OCR処理をしてテキストファイルを出力するといった使い方ができるソフトウエアです。プログラムのインストールと使い方はhttps://github.com/ndl-lab/ndlocr_cli
で公開されています。Ubuntuにインストールしてdockerを利用して使うもので、GPUも使うのでそれなりのスペックのLinuxパソコンが必要らしいです。ただもっと簡単に、Google Colaboratoryで試すこともできるようで、まずこちらで試してみるのがよさそうです。https://zenn.dev/nakamura196/articles/a8227f4524570c
2022/5/16
今日はホームの方の記事で寺田寅彦の「
ジャーナリズム雑感」という随筆を紹介していますのでご覧ください。彼の随筆は青空文庫に多数収録されています。寺田寅彦は夏目漱石の弟子だった自然科学者です。随筆集はとても有名で今も読まれていますし、漱石の作品の中にある光圧の実験や首くくりの力学などは寅彦からの情報によるのだそうです。寅彦は優秀な物理学者で、X線回折の実験は英国のブラッグらの実験(ラウエと昨日書いたのは間違いでした。すみません。5/17日追記)に先んじており、彼の論文のほうがノーベル賞をとったブラッグらの発見より時間的には先にでていたが、日本から遠く離れたヨーロッパには論文が届くのが遅れたのだそうです。ノーベル賞を授賞してもおかしくない科学者で、金平糖の形のできかたとか、今日の複雑系物理学のさきがけの実験もやっていた人物です。科学図書館には彼の未完の名著「物理学序説」がおいてあります。http://www.cam.hi-ho.ne.jp/munehiro/science/scilib.html#terada
私が中学生か高校生の時によんだ次の随筆は今も印象にのこっているので紹介しておきます。ジャーナリズム雑感という随筆です。青空文庫に公開されているので読んでみてください。https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/files/2492_10275.html
トップページはこちらです。https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/card2492.html
2022/5/15
先日固定ページで紹介したNHKスペシャル「数学者は宇宙をつなげるか? abc予想証明をめぐる数奇な物語」(=完全版(90分)+簡略版(60分))の望月新一先生による講評が先生のブログに掲載されていました。
「2022年4月のNHKスペシャルに対する「合格発表」: 前半はぎりぎり合格、後半は不合格」というタイトルです。ホームに詳しい紹介を載せましたのでご覧ください。
2022/5/14
R Markdownというのを聞いたことがありますか?これで論文を書いて、できた原稿をWordの原稿やpdfあるいはPower Point ファイルなどに自由に変換することもできます。本を書くことも出来るそうです。再現可能なデータ解析結果をレポートするためには手軽に使えるRStudioから利用できるRMarkdownを利用するのがお勧めだそうです。詳しくはホームの記事をご覧ください。以下は参考になるリンクだけ貼り付けておきます。本としては、おすすめは
「再現可能性のすゝめ―RStudioによるデータ解析とレポート作成― (高橋 康介著)」共立出版です。
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/bookdetail/9784320112438この本の第一章が特に再現可能性の必要性についてわかりやすく書かれており、なぜRマークダウンが必要かがよくのみこめます。この本を買う前に、次のスライドやリンクで概要をつかめるのでまずこれらのリンクをたどってみてください。
R Markdown 入門 (Tokyo.R #91) https://rpubs.com/ktgrstsh/755893
R ユーザー以外も知るべき R Markdown 入門/Introduction-to-R-markdown-for-Everyone https://speakerdeck.com/ktgrstsh/introduction-to-r-markdown-for-everyone?slide=3TokyoR98 RMarkdown入門 Visual modeではじめよう (niszet, @​niszet0)
https://nitter.net/tech_slideshare/status/1522109628125179904
このスライド末尾のほうにいろんな入門サイトのリンクがありますので大変参考になります。
2022/5/13
MRC LMB (英国ケンブリッジ)ではThe 2022 Introduction to Biophysical Techniques lecture seriesというのをやっています。こちらにタイトル一覧があります。下の一覧表のWebinar の部分をクリックすると、該当する講義の動画がみられますので試してみてください。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/research/scientific-training/biophysics-lectures/

Talk Date Technique Speaker Download Talks
1 Tuesday 18/01/2022 Introduction to Light Microscopy Nick Barry Webinar
2 Thursday 20/01/2022 Image Analysis Tools Jérôme Boulanger Webinar
3 Thursday 27/01/2022 Fluorescent Labeling and Light Sheet Microscopy Ben Sutcliffe Webinar
4 Thursday 03/02/2022 Super-resolution Microscopy Jonathan Howe Webinar
5 Tuesday 08/02/2022 Fluorescence Spectroscopy and Microscale Thermophoresis (MST) Stephen McLaughlin Webinar
6 Thursday 10/02/2022 Single Molecule Spectroscopy Chris Johnson Webinar
7 Tuesday 15/02/2022 Biomolecular Thermodynamics and Calorimetry (ITC) Chris Johnson Webinar
8 Thursday 17/02/2022 Biosensor Technologies (Biacore, SPR, SwitchSense, Octet) Stephen McLaughlin Webinar
9 Tuesday 22/02/2022 Introduction to Biomolecular NMR Trevor Rutherford Webinar
10 Thursday 24/02/2022 Advanced NMR applications Jane Wagstaff Webinar
11 Thursday 03/03/2022 Protein Crystallization Fabrice Gorrec Webinar
12 Tuesday 08/03/2022 Structural biology 2.0: Crystallography at the LMB in the era of cryo-EM and AlphaFold Dom Bellini Webinar
13 Thursday 10/03/2022 Light Scattering Techniques Chris Johnson Webinar
14 Tuesday 15/03/2022 Analytical Ultracentrifugation (AUC) Stephen McLaughlin Webinar
15 Thursday 17/03/2022 Curve Fitting, Errors andAnalysis of Binding Data Chris Johnson & Stephen McLaughlin Webinar
16 Tuesday 22/03/2022 Introduction to Flow Cytometry Fan Zhang Webinar
17 Thursday 24/03/2022 Instrument and Sample Optimisation for Fluorescence Activated Cell Sorting (FACS) Pier Andrée Penttilä Webinar
18 Tuesday 29/03/2022 Bioinformatics Tim Stevens Webinar
19 Thursday 31/03/2022 Biological Mass Spectrometry Holger Kramer Webinar
20 Thursday 07/04/2022 Quantitative Proteomics and Omics Data Analysis Holger Kramer Webinar
21 Tuesday 12/04/2022 Alphafold2 at the LMB – Use and Applications Clinton Lau Webinar

去年の録画も公開されていますが、最後のAlphafold2の解説(結果の見方や応用を詳しく解説してくれています)が目新しいですね。ホームにはバラの写真を載せました。今年はカエルの王様はこないみたいです。バラの花の中に入らず、外でやかましく鳴いています。もうすぐ梅雨ですね。

2022/5/12
「いかにして問題をとくか」(丸善出版)という有名な本がリニューアル出版されたそうです。https://www.maruzen-publishing.co.jp/contents/howtosolveit/index.html
スタンフォード大学教授だった有名な数学者のポリア(George Pólya)によって65年ほど前に書かれて世界各国でベストセラーを続けている本です。以前NHKで紹介されて有名IT企業も採用している問題解決に役立つ本ということで、ビジネスマンの間で大ブームになった本ですね。詳しくはホームの方をみてもらうこととして、以下はリンクだけを載せておきます。原書はこちらで読めます。https://archive.org/details/princeton-science-library-g.-polya-how-to-solve-it.-a-new-aspect-of-mathematical/page/n13/mode/1up
あるいはこちら。
https://archive.org/details/howtosolveitnewa00pl/page/n9/mode/2up
また、プログラマーのためにこの本を紹介しているこちらのサイトも面白そうです。
http://www.softpanorama.org/Bookshelf/Classic/polya_htsi.shtmlこの本をよむための手引きにもなる良い本があります。こちらから先に読むとよいかもしれません。「いかにして問題をとくか・実践活用編」(丸善出版)
https://www.maruzen-publishing.co.jp/item/?book_no=294094
他に、ポリアの本で英語で読めるものも紹介しておきます。
Mathematical Methods in Science by George Pólya Edited by Leon Bowden
https://archive.org/details/MATHMETODSSCIENCE
Induction And Analogy In Mathematics; Volume I of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya

https://archive.org/details/Induction_And_Analogy_In_Mathematics_1_/page/n9/mode/2up
Patterns of Plausible Inference; Volume II of Mathematics and Plausible Reasoning; By George Polya

https://archive.org/details/Patterns_Of_Plausible_Inference_2_/page/n11/mode/2up
2022/5/11
今日は線虫C. elegans(シーエレガンス)の紹介です。ホームには研究室の建物に動物愛護のactivistに爆弾を仕掛けたという犯行声明をうけとって避難した話なども書きましたので読んでみてください。最近、動物愛護の声がたかまってきてマウスやイヌ、サルなど意識のある動物の使用を別の意識のないもの(線虫とかハエとか)に置き換えて実験したり、意識のある動物の使用数を減らしたり、動物の使用方法を改善してよりより苦痛がなく、より無駄な実験がないようにするという機運が高まっています。これをThe 3Rs alternatives (Replacement, Reduction and Refinement)というそうです。次の解説を読んでみてください。
Hubrecht, R. C., and E. Carter. 2019. The 3Rs and Humane Experimental Technique: Implementing Change. Anim. Open Access J. MDPI. 9: 754.
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC6826930/
線虫はこの流れにピッタリのモデル生物なので今後の活用が期待されるというわけです。英語ですが、次の論文には線虫のわかりやすい解説がのっています。
A Transparent Window into Biology: A Primer on Caenorhabditis elegans
著者はAnn K. Corsi,Bruce Wightman,and Martin ChalfieでChalfieさんはノーベル賞を下村先生と同時受賞した線虫C. elegansの研究者です。無料でダウンロード可能ですのでpdfと書かれている部分をクリックしてダウンロードしてみてください。https://academic.oup.com/genetics/article/200/2/387/5936175
訂正のpdfのリンクもあります。
https://academic.oup.com/genetics/article/201/1/339/5930076
これからおいおい線虫の活用についてもこのブログで触れていく予定です。
2022/5/10
糖鎖生物学の教科書Essentials of Glycobiologyの最新版(第4版)がオンラインで公開されました。ホームでは新型コロナウイルスのスパイクタンパク質の表紙について解説していますのでご覧ください。
Essentials of Glycobiology [Internet]. 4th edition.
Varki A, Cummings RD, Esko JD, et al., editors.
Cold Spring Harbor (NY): Cold Spring Harbor Laboratory Press; 2022.という本です。これは糖鎖生物学の標準的な教科書ですので是非オンラインで読んでみてください。Cold Spring Harbor Laboratory Pressから書籍としても販売中です。ブラウザでよむので、Life Science Dictionaryを使って辞書を引きながら読むことができます。オンライン版のリンクです。また
こちらは印刷に適したオンライン版の一例です。上の行にあるリンクで好きなページを表示して、ページの右上にあるViewsのところにあるPrint Viewをクリックすると表示されます。
2022/5/9
ホームのほうに相分離生物学の簡単な解説を載せましたのでご参照下さい。相分離生物学という新しい分野が注目を集めています。細胞内で相分離(液体―液体の相分離です)でできた液滴が形成され、その液滴内に重要な分子群が濃縮されることで様々な機能を実現させていることがわかってきたのです。線虫の生殖細胞を決定する働きをもつP顆粒がこうした相分離でできた液滴(膜は持っていなくて、液体中で相分離がおきて顆粒になっているだけです)あることの発見を皮切りに、細胞核内の仁とか、カハール小体とかの有名な細胞内小器官も相分離でできた液滴だとわかってきました。さらに遺伝子の転写に働いているスーパーエンハンサーも液滴だったのです。日本語の解説書として一番のおすすめは「相分離生物学」白木 賢太郎  著(東京化学同人)です。以下のリンクのビデオは最初の三本が相分離生物学の創始者による解説です。最後のビデオはNIH videocastの講演です。

https://www.youtube.com/watch?v=AP47mIkd-h0
https://www.youtube.com/watch?v=HzG5_Q1whiI
https://www.youtube.com/watch?v=6k8m-7y7zkY
https://www.youtube.com/watch?v=Vezrj7FqMlY
2022/5/8
ホームのほうにTwitterをブラウザで見る方法を書きました。Braveというブラウザは大変優秀で、しばらくtwitterをブラウザでみていると邪魔なメッセージがでて見られなくなるという現象を解消する方法を備えています。プライベートデータを消去するだけです。具体的なやり方はホームのブログをご覧ください。BraveはスマホやPCで使えるブラウザでChromeの機能拡張が使えるほか、Firefoxからのブックマークやログインパスワードなども初回起動時に自動でとりこまれるので乗換えも大変スムーズにいきます。私はFirefox、Chrome、Braveを使い分けています。
2022/5/7
今日はRを用いた統計学などについての大変役立つサイトを紹介します。神戸大学の中澤港先生のサイトです。公衆衛生学/国際保健学 | 人類生態学 | 人口学 の先生でブログでは、人口学や新型コロナウイルスの統計解析などのほか、Rでの統計解析についての役立つ情報も随時発信してくださっています。Rによる統計解析の教科書もpdfでサイトにおいておられますので探してみてください。いろいろありますが、RとEZRの入門については今年の講義資料などが大変参考になります。https://minato.sip21c.org/ebhc/ebhc-text.pdf
余談になりますが、先生が以前の記事で触れておられた
主成分分析の理屈の理解に役立つKindle本 「多変量解析の基礎 II 主成分分析(改訂版): 理論とRによる演習 Kindle版」古橋武 (著) は250円のKindle本です。
AmazonのKindle unlimitedを契約すると無料で読むことができます。今までKindle unlimitedを契約したことがない人は、二か月間無料のお試しが5/9日までなら契約できるそうです。該当する方は試してみると、この本にかぎらず、いろんな分野の本やコミック、雑誌などを無料で読むことができます。私は去年お試しをして有料契約しなかったので、99円で二か月無料というオファーがきています。
2022/5/6
今日のリンクは以下です。
https://datachemeng.com/ (明治大学、金子研究室トップページ)
ホームのほうには最初の部分に、私の母の不思議な体験談を紹介しています。ご覧ください。
昨日、講談社のKindle ポイント50%セールで明治大学の金子先生の教科書を買いました。「Pythonで学ぶ実験計画法入門 ベイズ最適化によるデータ解析」金子弘昌著
とても面白い本ですのでおすすめします。先生の研究室のホームページの上にあるタブにある「データ解析・研究者に関する情報」というプルダウンメニューをご覧ください。いろんな研究に関する知識をおしげもなく公開されているのでおすすめです。たとえば「データ解析・機械学習」のメニューhttps://datachemeng.com/summarydataanalysis/などをみてください。「学生・研究者へ」というメニューもお勧めします。https://datachemeng.com/forstudentsresearchers/
2022/5/5
今日は動画を一本紹介します。今年の2月に行われた第4回オンラインサロン「スパコンコロキウム」講演動画
題名:生体分子系の分子動力学シミュレーションデータの解析入門
講演:松永 康佑(埼玉大学大学院理工学研究科)

この動画では松永先生が、分子動力学シミュレーション(Molecular Dynamicsという言葉からMDと呼ばれる解析です)について学部4年レベルで解説してくださっています。MD解析の基本の解析の後、データの解析法、解析例をわかりやすく説明してくださっています。一時間弱の動画ですので是非ご覧ください。」https://youtu.be/xQWCA7vWLLE 
MD解析は以前の記事で紹介したように、新型コロナウイルスが細胞表面のレセプターに結合するとき、糖鎖をスイッチとして結合、侵入を行っていることを明らかにした手法です。現在さまざまな生命科学の解析に使われていますので学んでそんはないテーマです。

2022/5/4
機械学習に関する本を時々紹介しています。PRMLと略される本をご存知ですか?生命科学系のラボでも卒論生や大学院生が輪読しているという話をよくききます。Pattern Recognition and Machine Learningという本で、定評のある機械学習の教科書だそうです。英語版のpdfは無料で公開されています。https://www.microsoft.com/en-us/research/uploads/prod/2006/01/Bishop-Pattern-Recognition-and-Machine-Learning-2006.pdf
日本語訳は上下二冊にわかれて出版されています。本に書かれているアルゴリズムをJupyter Notebook(こちらhttps://github.com/ctgk/PRML)やGoogle Colaboratoryで動かして学ぶこともできるそうです。サンミンさんのこちらのnoteに詳しく紹介されているのでご覧ください。https://note.com/sangmin/n/n8ccacd35b9b1

この本の程度は、機械学習の初心者むけではないと思います。pdfをパラパラながめてみると、これなら読めるかどうかわかると思いますのでまずpdfを眺めてみてください。
2022/5/3
今日はホームで紹介したKindle本のセール(講談社で5月5日まで)のお知らせです。
これはたとえば1万円の定価のKindle本だったら、1万円で買うと5000円分Amazonのポイントがつくというセールです。AmazonでポイントはAmazonでいろんなものの購入に使えますので実質半額セールということになります。講談社のKindleタイトル全部が対象というわけではないのですが、多くの本が対象になっているのでこのリンクからみていくと、買いたい本が見つかると思います。講談社現代新書、学術文庫、ブルーバックス、理工系の本などいろんなタイトルが実質半額になっているのでご覧ください。有名な教科書「深層学習(岡谷 貴之著)」は旧版のみセール対象になっているので、「深層学習 改訂第2版 (機械学習プロフェッショナルシリーズ) 」と間違えて買わないようにしましょう。Kindle ストアでは 他のセールもやっています。電子書籍のセール情報はこちらにもでているので参考にしてください。
2022/5/2
今日は電子メールのセキュリティ対策についてホームで紹介しましたのでご覧ください。トラッキングピクセルという1ピクセルからなる透明画像へのリンクをメールに埋め込んでおいて、開封したら開封者に気付かれずに開封者の居場所や開封日時を取得したりできるのだそうです。またトラッキングリンクというリンクを入れておくと、メールを受け取った人固有のコードが入っているので、クリックした人がサイトを訪れた情報を記録しておき、プロファイリングをしたりすることができるそうです。こうした悪質なメールに対する対策を紹介していますのでご覧ください。ちょっと古い記事ですがこちらの記事もトラッキングピクセル対策には参考になりそうです。https://gigazine.net/news/20210807-stop-email-pixel-trackers/
2022/5/1
今日は面白いブログを一つ紹介します。
「とね日記」というブログです。https://blog.goo.ne.jp/ktonegaw
「理数系ネタ、パソコン、フランス語の話が中心。量子テレポーテーションや超弦理論の理解を目指して勉強を続けています!」という紹介がトップに書かれています。このブログは物理、数学、フランス語などの話題が満載のブログで面白いのでいつも見ています。先日更新されたこの記事は力作で、物理学者のファインマン先生のことが本当に様々な角度から紹介されていて読みごたえがあります。スペースシャトルの事故調査の話やファインマンさんの日本訪問の話、ファインマンさんが小さい時に勉強した数学の本などもダウンロードリンク付で紹介されているという驚きの内容です。皆さんも是非いろんな記事を読んでみてください。(この記事に少し近況を書き加えたものをブログ記事(ホーム https://glycostationx.org/に投稿しました。今後はホームでブログ記事を毎日更新し、簡略化した内容をこちらの固定ページに投稿してみるつもりです。ホームのブログ記事のほうがタグやカテゴリーでの検索、分類が簡単なのでしばらく試行してみて様子をみようと考えています)
2022/4/12
今日は福岡地区は入学式が多かったようです。街には礼服をきたお母さんお父さんにつれられた新小学校一年生があちこちでみられました。赤ちゃんをつれているお母さんもいたりしてほほえましかったです。さて今日は英語の書き方についての検索の問題をだしますのでやってみてください。英語の論文を書いて英文校閲に 出したら校閲者からElements of Styleという本をまず読めとすすめられたという話を聞きました。 Strunk & White とも呼ばれる本で、この二人が昔書いた本です。短い本ですが英文を書くための必携書として知られています。これは著作権がきれているものがネットのあちこちにありますので、探してみてください。同時にこの本は読むべき本ではないという人もいるので、そちらの意見が書いてあるサイトも探してみてください。Elements of Styleの日本語訳というのもありますのでそれも探してみてください。
2022/4/11
昨夜のNHKスペシャルは望月新一先生によるABC予想の解決についての面白い番組でした。望月先生についてはこのブログでも以前紹介したことがあります。 昨夜の放送を見逃した方のために再放送の日程と、BS1での放送時間を90分に拡大した完全版の放送日程を書いておきます。
数学者は宇宙をつなげるか?abc予想証明をめぐる数奇な物語
4月14日(木)午前1時10分〜(水曜深夜)[総合]で再放送。
数学者は宇宙をつなげるか?(完全版)
NHK BSプレミアム 2022年4月15日(金) 夜11:00

あと、望月先生のブログも是非ご参照ください。
https://plaza.rakuten.co.jp/shinichi0329/diary/202201010001/
”宇宙際タイヒミューラー理論の数値的に精密化された改良版​​[ExpEst]の、(東京工業大学が発行する)数学雑誌Kodai Mathematical Journalへの掲載が決定しました。”とあります。この論文はフェルマの最終定理の全く異なる方法での証明をふくんでいる論文でpdfのリンクがあげられています。https://www.kurims.kyoto-u.ac.jp/~motizuki/Explicit%20estimates%20in%20IUTeich.pdf
2022/4/10
昨日 NHKテレビの地上波で、岡田准一さんが解説者をつとめる、明鏡止水 〜武のKAMIWAZA〜 「一の段 空手の一撃必殺」という番組を放送していました。BSで時々放送している同名の番組の地上波版(BSでは放送したことのない新しい内容)で空手を人体の動きと関連づけて合理的な観点にたちながら解説するという番組でした。4月16日の土曜日の次回放送は、明鏡止水 〜武のKAMIWAZA〜 「二の段 最強!?武蔵の剣」ということで、宮本武蔵の二天一流、円明流の紹介、武蔵に勝ったという夢想権之助「神道夢想流杖術」、鎖鎌なども紹介されるとのことで面白そうです。宮本武蔵についてはその著書 五輪書が、Book of Five Ringsというタイトルで英訳されて世界中のビジネスパーソンに読まれているというのでも有名ですね。日本語で五輪書の原文と現代語訳が読めるのは国立国会図書館の近代デジタルライブラリーにある、この本(宮本武蔵五輪書詳解 1943年刊)が手軽です。NHKの100分de名シリーズでも五輪書をとりあげていました。生命科学と武道の関係については、昔 九大生物学科の数理生物学生体高分子学講座の教授をされていた清水博先生(私が生物学教室に入ったときは松田博嗣先生が数理生物学講座の教授をされてたころですので、清水先生にはおめにかかったことはありません)の「
生命知としての場の論理」(中公新書1333)が面白かったです。私が武道に興味を持ったのはこの本を読んだからです‥‥。
2022/4/09
Perimeter Institute for Theoretical Physicsでは様々な講演、デモ実験などの動画を公開しています。昨日紹介したパルサーの発見の講演はその一例です。
この研究所の提供している資料についてはこちらの一覧をごらんください。https://perimeterinstitute.ca/perimeter-resources
YouTubeのチャンネルでもいろんな動画がみられます。カナダにある研究所なので、英語、フランス語の動画があります。こちらにはPublic Lecturesがあつめられていて、公開講演がみられます。理論物理学だけではなく、新型コロナウイルスの話や形態形成の話もありますので視聴してみてください。次の動画はワープドライブとエイリアンと題する講演です。
https://youtu.be/fzweIEvN8sc
2022/4/08
Jocelyn Bell Burnell Special Public Lecture: The Discovery of Pulsars

パルサーを発見した女性科学者Jocelyn Bell Burnellの話をご存知ですか。1967年、ケンブリッジ大学の大学院生のとき彼女はパルサーを発見したのですが、ノーベル物理学賞は彼女ではなく指導教官に与えられたというので大問題になった発見です。彼女は王立天文学会会長やエジンバラ王立協会会長などを歴任しハワイにあるthe James Clerk Maxwell Telescopeのプロジェクトマネージャーなどもつとめ、 2018年にはブレイクスルー財団の Special Breakthrough Prize in Fundamental Physicsを授賞し230万ポンドをうけとりました。その全額を寄付して、女性や民族的マイノリティ、難民などが物理学教育をうけられるようにするための基金を設立したそうです。彼女の発見談をこの動画でご覧になると、科学の発見の一コマを発見者の口からきくことができるという貴重な経験ができるでしょう。会場には2018年のノーベル物理学賞受賞者Donna Stricklandも出席していて拍手で迎えられていました。

2022/4/07
テレビ番組の紹介です。「数学者は宇宙をつなげるか? abc予想証明をめぐる数奇な物語
4月10日(日)午後9:00 NHKスペシャルで放送予定だそうです。
京都大学数理解析研究所の望月新一教授が解決したABC予想ですが、強いABC予想の解決はまだだったそうです。強いABC予想もどうやら解決されたようで、それが証明されたらフェルマの最終定理が証明できるといわれていましたが、その線にそったフェルマの定理の新たな証明に成功したとする論文が出版されたようです。 望月先生の「宇宙際(うちゅうさい)タイヒミュラー(IUT)理論」について紹介されるNHKスペシャルは面白そうで楽しみです。
2022/4/06
今、糖鎖科学に応用しようと量子力学、量子化学や分子動力学の勉強をしているので、物理関係の紹介が多くなってしまっています。いろいろネットで調べていると、大学の講義資料には良いものが多いです。今日はこの4月から、学習院大学から東京大学に移られた白石直人先生のサイトを紹介します。白石先生はこちらのアウトリーチ活動のページにあるように仮面ライダービルドの科学監修をされていた先生です。私はドラマをみたことがありませんが、面白いという話です。先生のホームページはこちらです。大変優れた理論物理学の業績をあげておられる先生だときいています。たとえばこちらのプレスリリースをご覧ください。Nature Communications誌のtop 25 paper in 2021に選ばれた論文のプレスリリースです。
先生がうけもたれている力学の講義の教科書が公開されてます。

https://sites.google.com/site/naotoshiraishiphys/home-jp/lecture/mechanics-2022  随時内容が追加されるとのことで楽しみです。また他の講義の資料もアップロードされていますのでご覧ください。https://sites.google.com/site/naotoshiraishiphys/home-jp/lecture
量子力学の教科書や無料の講義資料のリンクなども資料に掲載されていて参考になります。
https://sites.google.com/site/naotoshiraishiphys/home-jp/lecture/enshu-3-2021
2022/4/05
Qiitaをみていたら次の記事が掲載されていました。
機械学習が独学できる日本語Youtube難易度別まとめ
日本語で学べる様々なレベルの機械学習のコースが紹介されていて面白そうです。量子コンピューターの動画 https://youtu.be/mowHwrV_qJcもあるんですね。
面白そうな記事なので読んでみてください
 2022/4/4
お勧め本を一冊紹介します。京大の宮沢 孝幸先生が書かれた「
京大 おどろきのウイルス学講義 (PHP新書) 」という本です。ウイルスに対する基本的知識がものすごく読みやすく書かれている上に、高度な最新の知見、オリジナリティにあふれた先生の研究成果などが、すっと頭に入るように書かれています。啓蒙書のお手本のような本です。また新型コロナウイルスについての常識を得る上でも必読の本でしょう。十分な参考文献、論文リストもついているので、自分でさらに深く知識を深めることもできます。先生のお仕事をみていると、Albert Szent Gyorgyi (セントジェルジ)(ビタミンCの発見、Krebsサイクルの基礎となるSzent Gyorgyiサイクルの発見、アクチンとミオシンによる筋収縮の発見、量子生物学の提唱などで有名なノーベル賞受賞者)が著書「狂ったサル」(こちらもおすすめの本です)で引用している次の言葉を思い出しました。「盗賊の中にあって沈黙を守るものは共犯者でしかない。」
2022/4/3
Torを使ってみよう。Torの発音の仕方はこちらで確認してください。Torという有名なブラウザはアクセス先に自分のIPアドレスを知られることなくアクセスできるブラウザです。匿名性に気を使う人は一度は使ってみたいブラウザです。Braveブラウザの「Torでプライベートウインドウを開く」を選べば、BraveブラウザでTorが利用できます。Braveユーザーは何もせずに簡単にTorを使えるのでおすめです。しかしもっと細かく設定できる、Tor本体をちゃんと使うのも簡単です。Torの基本はFirefoxですのでFirefoxのアドオンを利用することができます。アドオンによっては匿名性が守られないこともあるので、インターネットにアクセスするアドオンの場合は十分に調べてから導入するようにするとよいです。ネットにアクセスしない無料の生命科学オンライン辞書Life Science Dictionary Tool(普通のFirefox版とChrome版があります)などは安心して導入できます。導入は簡単で、公式サイトhttps://www.torproject.org/にアクセスしてDownload Tor BrowserボタンをクリックしてWindows、MacOS、Linux、Andoroidから選んでインストールします。匿名性の観点からは世界中で多く使われている英語版を選ぶのが無難です。インストールが終わったら起動してすぐ利用できます。(Google検索すると日本語でインストールの仕方が載っているページがありますので、信用できそうなところを選んで使い始めてみるとよいでしょう。)デフォルトのままで使ってみて、慣れてきたらtorrcという名前の設定ファイルをテキストエディタで書き換えて、特定の国を絶対経由しないように設定したり(たとえばウクライナとかロシアとかアメリカ合衆国とかを排除する)、必ず特定の国のIPアドレスで目的のサイトにアクセスするようにすることも簡単にできます。
2022/4/2
今日は化学のポータルサイト Chem-Station (ケムステ)を紹介します。化学のニュース、ブログ、データベース、化学英語などなど、さまざまな情報が集まっていますので参考になります。YouTubeチャンネル(ケムステチャンネル)もありますのでご覧ください。
 
 
 
 
 
 
 
 

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