PymolをUbuntu にインストールして使おう!

日替わりリンクなどのページのほうに簡単に書いたUbuntu (Linuxのもっとも普及しているディストリビューション)への分子グラフィックスソフトPyMOLのインストール法をまとめておきます。写真はPymolで表示したInaZというバクテリアのタンパク質の立体構造(AlphaFold2による予測構造)です。驚くような不思議な構造をしていますね!
https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v2.pdbからInaZタンパク質の立体構造情報が記述されているpdbファイルをダウンロードして、PyMOLの画面(一番下の写真)にドラッグアンドドロップすれば表示されます。タンパク質を立体的に表示することができて、自由に拡大、回転、反転もできます。さらに立体構図の描画方法も様々に変化させて表示することができます。構造生物学には必須のソフトウエアです。

Ubuntu の最新版LTS20.04へのインストール法は簡単です。デスクトップ左端にあるAと書いてあるアイコン(Ubuntu Softwareという、Ubuntuでソフトウエアをインストールするときに使うツールのアイコンです)をクリックします。開いたウインドウで検索窓にpymolといれてエンターを押すとpymol-ossというソフトウエアがヒットします(下の写真)。
上の写真ではインストール済みとなっていますが、初めてのインストール時には、インストールボタンが表示されているので、それを押すとインストールが始まります。インストール中と表示されて、インストールの進み具合がインストール中24%などと表示され、100%になると、権限の設定画面がでます。デフォルトでチェックが入っていない、USB上のファイルの読み書きを許可すると言う英語の表示にもチェックをつけて、閉じるボタンを押したらおしまいです。ソフトを起動すると以下のような画面になります。

この画面に立体構造を表示したいpdfファイルをドラッグアンドドロップすればただちに立体構造が表示されます。これでPyMOLが使えるようになりました。この後は、東京大学の森脇 由隆先生のpymol bookを読むといいでしょう。日本語でほんとうに丁寧に説明されていますし、ページ右上のprinterのアイコンを押せば印刷もできます。そのときプリンタをpdf printerに指定すればpdf版の本もできます。

一週間分の日替わりリンクなどを掲載しておきます。

元旦から毎日更新の固定ページをつくりました。まだご存知ない方が多いようなので、一週間分の掲載内容をトップページにもまとめておきます。庭の水仙が咲きだしました。

2022/1/8
NHKでシャーロック・ホームズのドラマを毎週みています。オンラインで日本語でシャーロック・ホームズの日本語訳を読めるのはここがよさそうです。https://221b.jp/


2022/1/7
機械学習の教科書の紹介です。 Dive into Deep Learning (Dが二つ続くのでD2Lと省略して紹介されることも多い本です)という教科書で、スタンフォード大、マサチューセッツ工科大、ハーバード大、ケンブリッジ大など世界の300の大学で採用されている教科書だそうです。Jupyter notebookで手を動かしながら学んでいくというスタンスの教科書で評価の高いものだそうです。
https://github.com/d2l-ai/d2l-enのサイトにある、Book Websiteをクリックして開くページで、MXNetやPyTorch, Notebooks,Coursesなどとあるタブの最初のMXNetをクリックするとpdf版がダウンロードできます。Coursesをクリックすると授業のシラバスやスライドなども見られます。最初のほうの日本語訳もできているようでここから見られます
2022/1/6
ものすごい図鑑 NHKのサイト
これは子供だけでなく大人も楽しめるデジタル昆虫図鑑です。
カブトムシ、モンシロチョウ、ハンミョウ、キリギリス、ノコギリクワガタなど、いろんな虫を画面上で回転、拡大、縮小して立体的に観察することができます。複眼の電子顕微鏡写真もあったりして、楽しいサイトです。お子さんと一緒にどうぞ。
2022/1/5
動画編集にはどんなソフトを使っていますか?以前、Scientific Americanという雑誌をパラパラみていたら、DaVinci Resolve  17という動画編集ソフトの広告がでていて、ハリウッドで使われているソフトで、なんと無料で利用できるとありました。Blackmagic Design Pty. Ltd.社の製品ですが最近日本語のリファレンスマニュアルが無料で公開されているのを知りました。チュートリアルとかも充実しているので時間のある方は試してみるのもいいと思います。Windows, Mac-OSX, Linux対応のソフトです。HDビデオの編集程度ならさほど高スペックなコンピュータはいらないもようです。
2022/1/4
Juliaというプログラミング言語が注目を集めています。前もちょっと紹介しましたが、Pythonより早くて使いやすいそうです。Juliaをつかったデータサイエンスの入門書(英語)が以下に公開されています。興味のある方はご覧ください。

Introduction to Datascience: Learn Julia Programming, Math & Datascience from Scratch

2022/1/3
今日は、わかりやすい量子化学計算の解説ページを紹介しておきます。元旦に紹介した「ノーコードではじめる機械学習」の著者である久我涼子さんのホームページで、pythonによるアプリケーション開発などの記事もあってきわめて参考になります。このブログの記事から生まれた本は

ゼロからわかる!! 独習 量子化学計算: 理論からはじめない新しい量子化学計算の本

というKindle本で、これは解りやすい本です(紙の本はありません)。またこちらのページには、tsujimotterさんこと辻順平さんによる、簡単な分子軌道法の入門解説記事があります。

2022/1/2
QDくんの過去ツイまとめ(機械学習、時系列分析、確率・統計に関する有益記事紹介)というtwitterの記事に有益なリンクがまとめられています。日本語字幕付きのハーバード大学コンピュータサイエンス入門講義の動画とか、いろいろありますので参考になります。
2022/1/1
機械学習に興味がある方へ
:プログラミングなしで機械学習が学べるOrange 3というのをご存知ですか?日本語の解説書としては「ノーコードではじめる機械学習」がよさそうです。Kindleなど電子書籍版と紙の本が最近発行されたばかりですが、買ってみる価値があると思います。YouTube動画を見るのも参考になります。
https://www.youtube.com/watch?v=HXjnDIgGDuI 

謹賀新年―2022年元旦

あけましておめでとうございます。福岡は快晴で初日の出も拝めて穏やかな元旦です。年賀状もどっさりとどいて、懐かしい方々からの便りになごませてもらっています。本年もどうぞよろしくお願いいたします。

新年元旦から本の紹介や参考になりそうなリンクなどを毎日、新しい固定ページ(「日替わりリンクなど」という名前です)にまとめることにしました。従来の投稿よりは簡単な紹介ですが参考になるかと思いますので、是非毎日アクセスしてみてください。ページ上部の画像の下にあるタブ(日替わりリンクなど)をクリックしてもページが開きます。

年末に近くの古墳にのぼってきました。光正寺古墳(国指定史跡)という前方後円墳です。古墳公園になっていて古墳のてっぺんまで歩いて登れます。

左の写真は駐車場から歩いてすこしのところにあるのぼり口、古墳がみあげられます。右の道路をすすんでいくと古墳の上に歩いて登れます。右の写真は円墳部分から方墳部分をみた写真です。丘の上にあるので海が遠くに眺められます。海を臨むように古墳が建造されたものと思われます。下の写真は方墳の部分から円墳の部分をみた様子です。大きさがわかると思います。

この古墳、魏志倭人伝にでてくる不彌国(ふみこく)の王のものという説が有力だそうです。福岡市は奴国(なこく)で隣にあったのが不彌国です。