「赤毛のアン」や、「アルプスの少女ハイジ」をとりあげたNHKの100分de名著はおすすめです。

今日は計算生命科学の基礎10の講義の第二回目でした。「タンパク質の機能の進化とその情報解析」というタイトルの講義です。
http://www.eccse.kobe-u.ac.jp/dうistance_learning/life_science10/#lec2
九大で博士の学位をとられて九大医学部の生医研の教授もされていた藤 博幸(関西学院大学)先生のわかりやすい講義でした。
タンパク質タンパク質相互作用の解析やネットワーク解析は、私もやっていましたが全部論文を読みながら手探りでやっていたもので、独学では気付かなかった点も理解できて大変役立つ講義でした。
後半三分の一にあたる部分、ネットワーク解析とネットワークの中心性の話などはこの講義を契機にいろいろ調べてみようと思いました。

話は変わりますが、今、NHKオンデマンドというのを試しています。NHKは無料お試しはやっていないので、U-NEXTの無料お試しを契約して付与されるポイントを利用して、安く一か月のお試しをしているところです。「人類誕生」というNHKスペシャルをみたかったのでNHKオンデマンドをAmazonで見ようとしたのですが、なぜか「人類誕生」の第一回は配信されないとのことでした。探すとU-NEXTで配信しているのがわかったので、U-NEXTの無料お試しを申し込んだという経緯です。

NHKオンデマンドにはいろんな番組があって面白いです。今は100分de名著の見逃していた回をいろいろ見ています。「赤毛のアン」とか、「アルプスの少女ハイジ」とかの回をみましたが、どちらもよい番組した。いわゆる神回でした。「赤毛のアン」は茂木健一郎さんが「赤毛のアン」の大フアンだそうで、解説役でした。ほんとうにこの本がお好きなようで、この作品を熱く語られていて、いろいろ知らなかったことがわかって原作をじっくり読んでみたいと思うようになる、よい番組でした。「アルプスの少女ハイジ」のほうも同じく、感動的な番組でした。ドイツ文学者で早稲田大学教授の松永美穂さんの解説で、アニメとは違う原作のよさがよくわかりました。原作の第一巻では、クララは立たないのも驚きでした。松永先生は角川文庫から「アルプスの少女ハイジ」の原作の完訳をだしておられます。AmazonのKindle unlimitedで無料で読めることがわかったので、早速読み始めているところです。ハイジは最近、NHK BSでやっていた実写映画版をみました。この映画がアニメよりは原作に近いんですね。

100分de名著にはほかにも面白そうなものがいろいろあります。スピノザのエチカとか、ソラリス、万葉集や源氏物語、荘子、パンセ、茶の本などなど面白そうなタイトルが並んでいます。生命科学関係では種の起源や、細胞周期の研究でTim Huntさんと同時にノーベル賞を受賞したポール・ナースさんの「HAT IS LIFE?(ホワット・イズ・ライフ?)生命とは何か」もとりあげられていました!
https://www.diamond.co.jp/book/9784478111079.html

ファラデーをヒーローとして敬愛する宇宙論者Brian Keatingの宇宙の進化についての講演動画とフラデーの言葉を紹介します。

今日は英国Royal Institutionでのマイケル・ファラデーを尊敬してやまない研究者の講演動画を紹介します。
Charting the evolution of the Universe – with Brian Keating
著名な宇宙論の研究者であるBrian Keatingがビッグバンはなかったのか?インフレーション宇宙とマルチバースなどについて生き生きとわかりやすく講義してくれる動画です。
https://youtu.be/xKfWuRJFH7Y?si=GWOBdPIN7lwvitds

今日は見る時間がなかったのですが、時間を見つけて視聴したいと楽しみにしている講演動画です。内容目次をあげておきます。

00:00 Introduction
2:02 Early models of the universe’s origin
4:40 Newton and Einstein’s models of the universe
07:38 Lemaitre’s Big Bang
10:12 The four pillars of the Big Bang Theory
12:39 What’s the problem with the Big Bang theory?
16:06 Discovery of cosmic microwave background radiation
19:54 Alternatives to the singular Big Bang
24:41 The inflationary multiverse theory
33:09 The double slit experiment
36:10 Disproving other theories with polarisation
42:41 B-mode polarisation – the decisive experiment
49:28 Losing the Nobel Prize due to meteorites
51:08 The Simons Observatory and the next experiment
54:44 Problems with the multiverse theory
57:40 Michael Faraday and experimental science

Royal Institutionはファラデーが研究していて講演もしていた場所ですので、演者も力が入っています。ファラデーの実験器具ももってきてとても面白そうな講演ですので是非ご覧ください。最後のほうのスライドではファラデーの次の言葉があげられています。

‘I think it likely that I have made many mistakes in the preceding pages, for even to myself my ideas on this point appear only as the shadow of a speculation, or as one of those impressions upon the mind which are allowable for a time as guides to thought and research. He who labours in experimental inquiries, knows how numerous these are, and how often their apparent fitness and beauty vanish before the progress and development of real natural truth.’

簡単な私が作った訳を載せておきます。
「私は、ここに至るまでのページで多くの間違いを犯している可能性が高いだろうと考えています。なぜなら、私自身にとってさえも、この点に関する私の考えは、具体的な証拠や確証に基づかない非常に曖昧な「仮説の影」や、一時的な感じや直感としての「心の印象」としてしか見えないからです。これらは、研究や考察の方向性を示す「思考や研究の指針」として一時的に許容されることもあります。実験や試験を通じて真実や事実を探求する「実験的な研究に従事する」者は、こうした仮説や考えがどれほど多くあらわれるものか、そして初めはうまくいきそうですばらしく美しいと思われた考えや仮説が、真実の発見によって誤りであることが明らかになる「実際の自然の真実の進展と発展の前で消え去る」現象をよく知っています。」

この文章は、Experimental Researches in Chemistry and Physicsにのっている、Mr. Phillipsへの手紙にある言葉です。この文章の前に、重力や光、熱などをエーテルの振動としてとらえる力線の仮説を展開していてその最後をしめくくる言葉です。
こちらのinternet archiveサイトから本のpdfをダウンロードして、mistakesというキーワードで本文を検索してみてください。該当する文章が簡単に見つかると思います。
https://ia800901.us.archive.org/32/items/experimentalrese00fararich/experimentalrese00fararich.pdf
こちらのpdfにはファラデーのこの文章の由来が詳しく書かれているので是非ご覧ください。
Faraday and the Electromagnetic Theory of Light
https://rua.ua.es/dspace/bitstream/10045/49547/1/Faraday-OpenMind-24-08-2015-ENG.pdf
Faradayの実験日記や著作は以前紹介したこちらの記事をみてダウンロードしてみてください。Internet Archiveの検索機能ではうまくヒットしないと思います。

マイケル・ファラデーの著作集がダウンロードできます―Faradayの日記(Faraday’s Diary)も全巻公開されました!

 

OBS-StudioをUbuntuにインストールする方法を紹介します。

私はブラウザで再生している動画の録画にOBS studioというソフトを使っています。
https://obsproject.com/ja
このソフトはゲームの中継、配信に使われることが多いようですが、デスクトップ画面や特定のソフトの再生画面の録画にも簡単に利用できます。使い方は以前紹介したことがあるので、記事をOBSなどのキーワードで検索してください。結構、丁寧に使い方を説明してあります。

私は普段はWindowsで使っているのですが、LinuxのPCのほうがスペックがいいので、今回はLinuxのUbuntu 22.04.3 LTSで動いているPCにインストールしてみました。
インストールは簡単です。コマンドラインで
sudo apt install obs-studio ffmpeg v4l2loopback-dkmsと入力してこのコマンドを実行するだけです。このコマンドの意味をChatGPTに解説してもらった内容を以下にペーストしておきますので参照してください。
1. **sudo**: これは「superuser do」の略で、LinuxやUnixベースのシステムで管理者権限(root権限)でコマンドを実行するためのコマンドです。`sudo`を使用することで、システムの設定を変更するための権限を一時的に取得できます。

2. **apt**: これは「Advanced Package Tool」の略で、DebianベースのLinuxディストリビューション(例:Ubuntu)でソフトウェアパッケージを管理するためのツールです。
3. **install**: `apt`コマンドのサブコマンドの一つで、新しいソフトウェアパッケージをインストールするためのものです。
4. **obs-studio**: OBS Studioはオープンソースのビデオ録画およびストリーミングソフトウェアです。このコマンドの一部として指定することで、OBS Studioをインストールします。
5. **ffmpeg**: これはマルチメディア処理のための非常に強力なツールで、ビデオとオーディオの変換、ストリーミング、録画などのタスクを行うことができます。OBS Studioは内部でffmpegを使用している場合があるため、一緒にインストールすることが推奨されます。
6. **v4l2loopback-dkms**: これはカーネルモジュールで、仮想的なビデオデバイスを作成するためのものです。これにより、一つのビデオソースを複数のアプリケーションで同時に使用することができます。OBS Studioでこの機能を使用する場合、このモジュールが必要となります。
要するに、このコマンドは管理者権限でOBS Studio、ffmpeg、およびv4l2loopback-dkmsをUbuntuにインストールするためのものです。

日本語での簡単な解説は以下のサイトが秀逸です。
https://mekou.com/linux-magazine/ubuntu-%E3%81%A7%E5%8B%95%E7%94%BB%E9%85%8D%E4%BF%A1-obs-studio/

Ubuntu で動画配信 OBS Studio

ゲームの理論の入門書が無料ダウンロードできます。

進化生物学ではゲーム理論がよく使われています。以前ゲーム理論の入門書や講義ビデオを紹介したことがあります。

ゲーム理論のいい入門書って ないものでしょうか?

今日は英語で書かれた、無料で読めるゲーム理論の入門教科書があるので紹介します。
カリフォルニア大学Davis (UCDavis)経済学部教授のGiacomo Bonanno先生のゲーム理論の入門書(二冊本でAmazonなどで販売されています)です。
先生は教科書数冊を無料でインターネットで公開されていて、この二冊本も一つの合本pdfで公開して下さっています。
こちらのページからダウンロードして読んでみてください。
https://faculty.econ.ucdavis.edu/faculty/bonanno/GT_Book.html

Bonannoo先生が公開されている教科書のリストはこちらです。
https://faculty.econ.ucdavis.edu/faculty/bonanno/Books.html

Game Theory の教科書の他にも、”Decision Making”、”Uncertainty, Risk and Information”、”Uncertainty and Insurance” の三冊の教科書が無料で公開されています。
最後の本は二番目の本に含まれているので実質二冊が公開されていることになります。上のリンクをクリックすると、pdf版教科書へのリンクの他、紙の本の購買用リンク、講義のYouTube動画へのリンクがあらわれます。充実した教科書になっているので是非ながめてみてください。Game Theoryは初心者向けの教科書です。経済学の先生なので、経済学に興味のある方にも向いていると思います。

Game theoryのYouTube動画はこちらにリンクがあります。YouTubeのチャンネルには動画なしと表示されていて何も動画が無いことになっているので先生のサイトのリンクを使ってください。
https://faculty.econ.ucdavis.edu/faculty/bonanno/Youtube%20Recorded%20Lectures%20Game%20Theory.html

第一回目の講義動画はこんな感じです。
https://youtu.be/y90km53pGMA?si=n-4EO2cIqsSAo_qc

ついにRstudioでGitHub Copilotが使えるようになりました。

ついにRstudioでGitHub Copilotが使えるようになりました。要は、生成AIが利用者が入力したプロンプトとコマンドに応じて、利用者の目的にかなうようなプログラミング・コードを作ってくれとるサービスです。Pythonとかでは活用されていますが、Rでは使えなかったのがとうとう使えるようになったそうす。動画があるのでまずそれを見てから、このサイトで使い方を確認するとよいです。

GitHub Copilot in Rstudio, it’s finally here!
https://piped.video/watch?v=yVq-b5xHmac&t=3250
この動画では、Copilotというのがどんなものかからはじまって、RStudioでどのようにCopilotを使うかなどを実例をみせながら、極めて丁寧にわかりやすく解説されているのでお勧めです。GitHub CopilotはRStudio Desktop 2023.09.0 以降のRStudioで利用できます。利用にはGitHubのアカウントが必要で、さらに料金がかかりますが60日間無料トライアルがあるそうなので無料で試すこともできます。動画をみて役立ちそうだったら試してみるとよいでしょう。

動画の最後のほうで紹介されいる使い方の手引きのサイトはこちらです。https://docs.posit.co/ide/user/
のページの左側のメニューからToolsをクリックして展開すると、GitHub Copilotがあるのでそれをクリックするとわかります。
https://docs.posit.co/ide/user/ide/guide/tools/copilot.html

X/twitterのアナウンスはこちらです。

小学校で人気のプログラミング言語Scratchで機械学習を学ぶ本がでているそうです!

最近は小学校でプログラミングを教えるようになっています。小学校で使われているのはScratchというプログラミング学習のために作られたプログラミング言語です。ブロックを組み合わせてプログラムが作れるので、楽しくプログラミングを学んでいる小学生がとても多いと聞きます。スクラッチで機械学習を学ぶという内容の本がでていて、10月9日までKindle版が無料で入手できるというツイートをみたので早速ダウンロードしてみました。

Amazonのページにいって、kindle unlimitedで無料で読めるのですが、そちらではなく¥0で購入のほうのボタンを押して購入します。
Kindle unlimitedは本の貸出なのでAmazonが貸し出しをやめれば読めなくなります。Kindle unlimitedでは最大20冊までしか借りることができません。この本をKindle unlimitedで読むと、借りている本にカウントされて、あと19冊しか貸出できなくなるというデメリットが生じます。

これに反して、0円で購入しておけば貸出ではないので、 Kindle unlimitedで貸出可能な冊数も減りませんし、端末で永久的に読めるわけです。ということで、この本は0円で購入することをお勧めします。

ツチノコを捕まえる時は注意しましょう。毒ヘビかもしれせん!

昨日、庭仕事をしていると外の水道栓のそばにマムシがいるのを奥さんが発見しました。ほおっておけばよいと庭仕事をしていたのですが、また水栓のところにいくとまだいます。スコップで攻撃したのですが、何回かスコップの先があたったはずなのに、どこかに逃げて見失ってしまいました。付近の植木鉢やレンガを起こしたのですがいません。するとなんと玄関においてある菊の植木鉢の中にいて、菊の茎にまきついていると奥さんがみつけてくれました。みていると、するすると移動して雨どいのパイプの周りに巻き付いてしまいました。
さっそく剪定ばさみをとってきて、鎌首をあげているマムシの首を後ろからはさんで地面に押し付けて固定。スコップの先で体を切断して殺しました。庭にマムシがでたのは10年か20年ぶりくらいです。暗いときにかまれたりすると、なにに咬まれたかわからなかったりするので、治療が遅れて死ぬこともあるそうです。年間10人くらいはなくなっていると聞いたことがあります。田舎暮らしの注意点の一つです。

このマムシで思い出したのは、滋賀県のツチノコ騒ぎです。1980年の7月ごろ、農作業で草刈りをしていた人たちが、草むらの中に奇妙なヘビが潜んでいるのを見つけました。見たこともない珍しいヘビで、見るからに毒ヘビ風の鎖模様のヘビだったので、ツチノコかもなどと期待して、みんなでよってたかって捕獲して、役場にもちこみました。ヘビに詳しい京都教育大学の深田教授に問い合わせたところ、深田先生曰く 「それはラッセルクサリヘビという猛毒のヘビです。咬まれたら死にます。近くに血清をもっているところはありません。」
咬まれたら死んでいるところだったんですね。恐ろしい話です。

実はこのラッセルクサリヘビ。暴力団がタイからの短銃密輸に使ったヘビでした。暴力団員達は、現地でコブラ15匹、ラッセイルクサリヘビ30匹、シマヘビ25匹を購入。これら70匹のヘビを7つの袋に詰めて、その袋に短銃を4、5丁づつ入れて税関検査をすりぬけたそうです、毎日新聞の7月13日付の記事によると、犯人はこうして用意した短銃入りのヘビ入りの袋を、ヘビだけの袋と混ぜて金網の貼ってある箱に入れて輸入。スネークセンターでの鑑賞用に輸入しますと申告したそうです。ヘビは検疫対象ではないので、税関検査も金網の隙間から棒をいれて袋をつついて、たしかにヘビが入っていることを確認しただけで通過したそうです。こうしてまんまと短銃を密輸したあと、あらかじめ用意しておいた100キロのドライアイスを箱にいれてヘビを殺し、凍ったヘビを確認した後、袋から短銃を回収しました。凍死したヘビは犯人の実家がある滋賀県の山中に捨てたのだそうです。警察はこの暴力団員を逮捕して短銃の密輸について追及していたところ、ヘビを滋賀県の山中に捨てたと聞いて、急きょ役場に連絡、警官を数十人派遣してヘビが本当に死んでいるか、ヘビの袋がみつかるかなど捜索を開始しました。車に轢かれて死んでいるラッセルクサリヘビが一匹みつかり、袋に入ったまま死んでいるヘビも多数確認したそうです。ただ口の開いた袋も発見されたので、凍死せずに脱走したヘビも多数いる可能性がでてきました。すでに生きているクサリヘビも一匹捕獲されていたので、生きた毒ヘビがもっと多数逃げて生存している可能性が高くなりました。急遽、あちこちに警告の立て看板をたてたり、山に入らないようになどとアナウンスしたりして、地元は大騒ぎになりました。ちょうど夏休みが始まるところでしたが、夏休み中も山中に立ち入ることは禁止となりました。それから一年半あまり、ヘビ狩りと山中への立ち入り禁止がつづいて地元は大迷惑をこうむりました。ちょうど当時私の義弟が、滋賀県の近くの高校に通っていたのでそういう話を詳しく聞きました。

また最初にでてきた、ラッセルクサリヘビに詳しい深田先生ですが、先生の授業をきいたことがあります。「ちょうどヘビの赤ちゃんが生まれたんですよ。かわいいでしょう」、とおっしゃって授業中に小箱にいれたヘビの赤ちゃんを回してみせてくれるとうような授業でした。テレビのインタビューのとき、おもわず「ヘビちゃん」とおっしゃっていたほど、ヘビがお好きな先生でした。先生の部屋にはニシキヘビが飼育されており、ニシキヘビを首にまいた深田先生の写真が飾ってありました。時々、ニシキヘビがいなくなったと、卒論生が探しまわっていたこともあったと聞いています。

ブルーバックス「新しいゲノムの教科書 DNAから探る最新・生命科学入門」の紹介。

今日から神戸大学で開催される「計算生命科学の基礎10」の聴講をはじめました。
このシリーズ講義はこのブログでも何度もアーカイブの動画などを紹介していましたが、今回は自分で聴講することにしました。この「計算生命科学の基礎」の講義は今年で10年目を迎えるそうで、その間にゲノム解析、Cryo電顕技術、AlphaFoldやChatGPTで代表されるAIと機械学習の研究の大発展があったわけです。
まさに今、人類はルネサンス以来の科学の大発展を目撃していることになりますね。
今日は中井 謙太 先生(東京大学医科学研究所 教授)による入門的講義「ゲノムインフォマティクスの基礎」をZoomで視聴しました。

私が九大で担当していた「分子発生生物学」で紹介していた内容: ヒストンコード、RNA-seq、ChIP-seqやATAC-seq、Hi-Cなどがどのように現在発展して、使われているかがよくわかって、古い知識のブラッシュアップができてよかったです。また最新の生成AI とtransformerによる遺伝子発現の推定(Enformer: https://www.nature.com/articles/s41592-021-01252-x)やスプライシング部位の推定などがかなり実用的レベルまですすんでいることも知れてよかったです。
なお、今のべたDeep Mindの開発しているenformerについての日本語の解説は、田口 善弘 先生のこちらの記事がよいと思います。
https://qiita.com/Yh_Taguchi/items/5cc86cf1839eeb9be1fb

今回の中井先生の授業で教えてくださった基本的な内容については、中井先生が今年だされたブルーバックス「新しいゲノムの教科書 DNAから探る最新・生命科学入門」
https://bookclub.kodansha.co.jp/product?item=0000373371にあるので、興味のある方は読んでみるとよいと思います。授業のスライドの多くはこの本からとったものを使っておられて、授業理解のための教科書として先生も紹介されておりました。 すくなくとも私の授業を聞いたことがある卒業生の方なら、ほぼ完全に理解できるよい教科書だと思います。おすすめの一冊です。

分子動力学のソフトであるGROMACS というのをご存知ですか?

GROMACSは。”A free and open-source software suite for high-performance molecular dynamics and output analysis”
と公式サイトにあるとおり、分子動力学Molecular Dynamics(MD)の計算と解析を無料で行うことができるオープンソースのプログラムです。公式サイトはこちらです。
https://www.gromacs.org/
CPUとGPU両方を利用して分子動力学の計算(ニュートン力学の計算が主です)を行うことができます。
Windows, Mac, Linux版があり、これらのOSで動かすことができます。
インストールの仕方やチュートリアル(オンラインでGROMACSを動かすチュートリアルでは、自分のPCにソフトをインストールする必要なしに試せます)もあって大変初心者に親切なソフトです。
https://tutorials.gromacs.org/

動画も完備しています。
https://youtu.be/MWafKFVgFTU?si=0REQ_VR3Uu8F6kgk

ただサイトや動画の説明が英語なので、まずは日本語のチュートリアルで動かしてみるのがよいかもしれません。

LabCodeというサイト
https://labo-code.com/

には以下のようなチュートリアル(Macでインストールする例です)がのってます。
【GROMACS】GROMACSを用いたタンパク質-低分子リガンドのMD simulation【in silico創薬】【前編】
2023-10-01
https://labo-code.com/bioinformatics/gromax-protein-small-molecule-first-part/
【GROMACS】GROMACSを用いたタンパク質-低分子リガンドのMD simulation【in silico創薬】【後編】
2023-10-01
https://labo-code.com/bioinformatics/gromax-protein-small-molecule-second-part/

Macでない人も、多分この解説をよみながら自分のOSで動かせるのではないでしょうか。私も一度やってみようと思っています。
Ubuntuでうまくいったらまた報告します。

英語を駆使するためのChatGPT用プロンプトや、英語学習の指針と方法についての柳瀬陽介先生の最新記事の紹介です。

ChatGPTの登場で、ついに英語を母国語としない人が、英語を駆使して英語圏の人と対等以上に情報発信、情報交換ができる時代がきました。
このブログでも、その目的に役立つChatGPT用のプロンプトを随時紹介しています。なかでも英語教育の専門家の京大の柳瀬陽介先生のnitter
https://nitter.net/yosukeyanase
やブログ
https://yanase-yosuke.blogspot.com/
はいつも拝見して大いに参考にさせてもらっております。プロンプトの実例以外に、英語を道具として使うためのヒントが満載のブログやツイートですので、みなさんも是非常時フォローして、ご覧になることをすすめます。

最近のツイートはこんな感じです。

 

このtwitterのツイートにあるように以下のページには
「AI活用の決定要因としての教育観と学習観―英語学習者が「語彙学習では間違うことが必要」と自覚するまで―」スライドと解説動画の公開
という記事があり、解説動画やスライドダウンロードリンクなどがあってとても役立ちます。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/10/ai.html
動画の一例を貼り付けておきます。
https://youtu.be/TWBzYC9TVY8?feature=shared

また
「言語教育設計学1」(2023年度後期)のシラバス
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/10/22023.html
という記事には、先生の授業にかかわる資料のリンクがたくさん記載されているのでこれも英語を道具として使う我々には大変ためになる記事です。是非ご覧ください。