野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
今日はカロリー制限で寿命が延びるという線虫C. elegansなどでわかった現象についてカリフォルニア大学で研究している先生の動画を紹介します。英国のRoyal Institutionの講演会の最新の動画です。
Metabolites: the key to treating Alzheimer’s? – with Priyanka Joshiというタイトルです。
https://youtu.be/aMycpGP2RJY
低分子量の代謝産物がいかにタンパク質の立体構造に影響するか、寿命やアルツハイマー発症メカニズムへどう影響するか、コロナウイルス後遺症にどう関係しているかなどのテーマについて模型やスライドを使いながら、とてもわかりやすく講義してくれています。タンパク質の合成からはじまるタンパク質の一生についても手っ取り早く理解できます。とても教育的な講義ですので、是非ご覧ください。
連休の後半は雨が降って、ゴールデンウイーク最後の2日間の降水量は5月としては新記録だったそうです。130 mm-150 mmほどの記録的雨量を福岡県各地で記録しました。昨日の月曜から今朝にかけては曇っていましたが、午後は快晴。庭のバラの花も綺麗でした。毎年このバラの花の中でカエルが眠っていたのですが、今年はみかけません。鳴き声だけは聞こえるので今年は別のホテルを見つけたのかもしれません。
さて、今日は英語のラジオドラマを紹介します。私がイギリスにいたときに本屋でみつけて購入したカセットテープに入っていたBBCのSFドラマです。出張のときなどよく新幹線の中で訊いていたのを思い出します。Journey into Spaceという4つのエピソードからなるBBCのラジオドラマで1953年ー1956年にわたって放送された番組です。
https://en.wikipedia.org/wiki/Journey_into_Space
私は第一シーズンのカセットテープを聞いていました。４話のタイトルは以下のとおりです。
Journey into Space, series 1: Operation Luna
Journey into Space, series 2: Red Planet
Journey into Space, series 3: World in Peril
Journey into Space, series 4: Return from Mars
人類初の月着陸と、月での謎のUFO・エイリアンとの遭遇、タイムトラベルなどスリル満点の展開を聞くことができます。さらに火星への宇宙飛行、そこで明らかになる地球を長年にわたり監視し、地球文明の発展をコントロールしていきたエイリアンの存在。人類を滅亡させようとするエイリアンとの戦い、等々とても面白いSFドラマです。詳しい内容は上のWikipediaの記事を参照してください。
昨日 YouTubeで検索してみたところ、全編がアップロードされているのを見つけました。是非聞いてみてください。あのホーキング博士やメージヤー首相(サッチャーの後継者の英国首相）などもこの番組のフアンだそうです。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLb_reFs62QjWAJW8q616qGkXIGKgbl-I0
去年、新時代のmarkdown言語としてQuartoというのを紹介しました。
これはRStudioが生み出したmarkdown言語で英語も日本語も同じように扱えます。本を作るのによく使われていますが、今日、奥村先生のtwitterで、Quartoで自分のweb pageを作成して、公開することができるのを知りました。科学者が手軽に発振するのに大いに役立つと思います。作り方がRを知らない人、RStudioを知らない人でも作成できるように、詳細に書かれています。
_φ(･_･ “Create Your Website with Quarto: Complete Tutorial and Template” https://t.co/PdqkoT6gzz
— Haruhiko Okumura (@h_okumura) May 8, 2023
https://www.marvinschmitt.com/blog/website-tutorial-quarto/
公開する場所として、 GitHub pagesというGitHubユーザーが無料で公開できるweb pageを使うので、無料で公開できます。レンタルサーバーにお金をはらってドメインを取得して公開する必要がありません。公開用のテンプレートも無料で提供されています。こんなサイトができます。
https://marvinschmitt.github.io/quarto-website-template/
GitHubを使ったことのない人でも公開できるように、詳細な解説がのっています。頑張れば、自分で無料でweb pageを公開できそうです！
ChatGPTに関する素晴らしい日本語の動画を紹介します。
【第64回】 大学等におけるオンライン教育とデジタル変革に関するサイバーシンポジウム「教育機関DXシンポ」（4/21 オンライン開催）
「ChatGPTとの付き合い方」中川 裕志 理化学研究所革新知能統合研究センター チームリーダー
国立情報学研究所 – National Institute of Informaticsの動画です。YouTubeでも見ることができます。
https://youtu.be/T6VT7IOocKQ
これは末尾にはりつけてある4月11日に紹介したビデオのシリーズの動画です。国立情報学研究所 の以下のサイトでは、この動画と、スライドの重要部分をpdfにした資料をダウンロードすることができます。
https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/past.html
19分ちょっとの動画ですが、ChatGPTを使う心構えや、ChatGPTにまつわる世界的な倫理を含めた取り組み、今後AIとどのようにつきあっていくことになるかという未来予想もある、とてもよい講演です。特に詳細な利用例が参考になります。ChatGPTに、反ワクチンの意見をどのような戦略で普及させたらよいかを教えてもらう例、ローマ帝国の滅亡原因を教えてもらう例とかで、ChatGPTの悪用、誤りを含む回答への対処法なども学べます。さらに今後のこうしたAIが、一律に保守的な意見だけを学習して回答するようになることの危険性も指摘されています。
革新的技術であるChatGPTのようなLarge Language ModelによるAIが今後どのように世界を変えていくか、そこを考えるための基礎がわかる動画です。すぐに見終わることができるので気軽にご覧になることをおすすめします。必見の動画です。
プログラミング言語のRはゲノム解析や統計解析に活用されています。学んでおいて損がない必須のプログラミング言語といえるでしょう。今日は、オープンアクセスのRの教科書(英語）2冊を紹介します。O’Reilly から単行本や電子ブックがでていてこちらは有料ですが、オンライン版の教科書はどちらも無料です。またこの記事の最後には、Rの初心者、中級、専門家レベル向けの教材が満載のサイトも紹介しますので併せてご覧ください。
Hands-On Programming with R by Garrett Grolemund
https://rstudio-education.github.io/hopr/index.html
これはプログラムがはじめての人にＲ言語の全貌を把握させてくれる本です。
もうすこし進んだ人向けのほんはこちらです。
R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data (2nd Edition) by Hadley Wickham, Mine Çetinkaya-Rundel, Garrett Grolemund
これは2023年中ごろに発売される予定の最新の第二版のオンライン公開版です。
https://r4ds.hadley.nz/
2017年発行の初版も同じくオンライン無料公開されています。こちらからご覧ください。
https://r4ds.had.co.nz/
R for Data Science: Import, Tidy, Transform, Visualize, and Model Data （1st Edition） by Garrett Grolemund, Hadley Wickham
最後に、これらの本や、初心者レベル、中級レベル、専門家レベル向きの各種教材が次のサイトに集めてありますのでいろいろ探してみるとよいでしょう。
https://education.rstudio.com/learn/beginner/
https://education.rstudio.com/learn/intermediate/
https://education.rstudio.com/learn/expert/
以上のリンクとその他の情報は、次のトップページから見ることができます。
https://education.rstudio.com/
ABC予想を解決し、新理論を開拓中の望月新一教授のブログ
昨年、NHKでABC予想についての番組が放送され、望月先生がその番組の採点をされたブログを紹介しました。
さきほど久しぶりに先生のブログを拝見すると2023年の記事が掲載されていました。
https://plaza.rakuten.co.jp/shinichi0329/
2022年には次世代幾何学国際センターが京都大学に設置され、またThe LPP-RIMS Arithmetic & Homotopic Galois Theory IRN (AHGT)というフランスと日本の共同研究プロジェクトも発足したそうです。先生が開拓した宇宙際タイヒミューラー理論を中心とする「次世代幾何学」が着実に発展しているようです。先生のブログの年頭所感の部分と補足をご覧ください。
また以前も紹介しましたが、先生の論文執筆の際の語学の扱いについての記事
https://plaza.rakuten.co.jp/shinichi0329/diary/201711210000/
も、とても貴重なアドバイスですので、是非ご覧ください。先生は語学に堪能で、冠詞をもたないラテン語、定冠詞しかもたないギリシャ語、不定冠詞や冠詞をもたないサンスクリット語なども勉強されたそうです。論文の書き方についてのこの記事は日本の研究者が是非読むべきものだと思います。すこしだけ引用させてもらいます。
ChatGPTやDeepLがある今、最終的な英文のブラッシュアップにこれらを利用すれば、誰でも簡単に論文が書ける時代になりました。英語にわずらわされることがなくなったので、まず日本語でじっくり論文の構成を考えて、論理的な論旨の展開をすることに集中できます。日本語で論旨と構成がすっきりした論文を書けば、あとはAIで完璧な英文ができる時代になりました。これからは日本人が英語の添削に無駄な時間を費やすことなく、すぐれた研究成果をどんどん発表できるに違いありません。今日紹介した望月先生の記事を参考にして、日本語でじっくり構成を練って作成された、世界に通用する優れた英語論文をかける人たちが続出することを期待しています。
今日はNIHの動画の紹介です。
Demystifying Medicine – Out of Africa: Genomic and Environmental Determinants of Global Healthというタイトルです。
https://videocast.nih.gov/watch=48839 演者はCharles Rotimi, （PhD, NHGRI, NIH） と Clement Adebamowo, （BM, ChB, ScD, FWACS, FACS, University of Maryland）のお二人です。
人類がアフリカ起源というのは有名な話です。今日の二人の演者は、アフリカでゲノム配列の解析を行っている方と、それをアフリカでの病気の研究に活用している方です。人類のアフリカ起源の証拠やホモサピエンスの起源、そしてゲノム解析の結果のわかりやすい解説と病気の解析への応用について学べるので、是非ご覧になることをお勧めします。昔、このNIHのvideo castで見た講演では、世界各地の集団のゲノム解析をした結果、アフリカ起源の集団のゲノム配列は、それ以外と際立って異なっており、ありえないことですが、もし今後全く交配がなかったら別の種になってしまうだろうという話をききました。最新の研究ではどうなっているのでしょうか。是非、最新の研究成果を聞いてみてください。
実はChatGPTに講演の字幕をダウンロードして要約してもらおうと作業していました。字幕のダウンロードファイルから必要なテキストを整形するのに手間取っていて、今日は要約ができませんでした。そのままテキストファイルをChatGPTに与えると長すぎるといわれてできなかったので、明日いろいろ試してみようと思っています。
今日はふと、漱石の漢詩のことを思い出しました。両頭の蛇についての漢詩です。
快刀切断両頭蛇
不顧人間笑語譁
黄土千秋埋得失
蒼天万古照賢邪
微風易砕水中月
片雨難留枝上花
大酔醒来寒徹骨
余生養得在山家
読み下し文はこうなります。
快刀 切断す 両頭の蛇
顧りみず 人間(にんげん) 笑語譁(かまびす)すしきを
黄土 千秋 得失を埋ずめ
蒼天 万古 賢邪を照らす
微風 砕き易し 水中の月
片雨 留め難し 枝上の花
大酔 醒め来りて 寒さ骨に徹し
余生 養い得て 山家に在り
これは漱石が東京を去って、四国の松山中学校に教師として赴任してひと月くらいの頃に作って、入院中の畏友正岡子規あての手紙（明治28年5月28日の書簡）に書いた漢詩です。作品「坊ちゃん」のもとになる体験をした四国生活ですが、その際の覚悟を詠んだ漢詩とされています。
漱石の漢詩を高く評価し、岩波新書の「漱石詩註」を書かれた吉川幸次郎先生によると、漱石の漢詩の語法は正確で中国人で激賞するものがあるほどだそうです。語学の天才と言われる漱石の面目躍如たる漢詩です。吉川先生によると漱石の漢詩は、漱石の文学において大きな比重を占めており、おそらく漱石の俳句よりも大きな比重を占めているのだそうです。この漢詩の最初にある両頭の蛇は次の故事をもとにしています。
“楚の孫叔敖（そんしゅくごう）が子供の時、両頭の蛇を見た。それを見たものは死ぬという言い伝えがある。自らの死を覚悟するとともに、あとから来たものが再び見るといけないと思い、蛇を殺して埋め、泣きながら家に帰ると母は言った。「憂うる無かれ。汝は死せず。吾聞く、陰徳有るものは、必ず陽報有りと。」のち果たして、楚国の宰相となった。先生の理想もまた後人のために、いろんな両頭の蛇を、切断し、葬り去ることにあった。その結果として、いろいろと批評されるのは、顧慮すまい、というのが次の句の不顧人間笑語譁である。なおここにある人間というのは、俗人の世界、世間というにひとしい、とのことです。“ （漱石詩註 岩波新書 p17-18より一部改変して引用）
この話の原典は以下などで知ることができます。
https://hokkyodai.repo.nii.ac.jp/?action=repository_action_common_download&item_id=8853&item_no=1&attribute_id=13&file_no=1
孫叔敖（そんしゅくごう）嬰児（えいじ）たりし時、出遊して両頭の蛇を見、殺して之を埋む。帰りて泣く。其の母其の故を問ふ。叔敖対へて曰はく、 「聞く、 『両頭の蛇を見た者は死す。 』と。嚮者（さき）に吾之を見れば、母を去りて死するを恐るるなり。 」と。其の母曰はく、 「蛇今安くんにか在る。 」と。曰はく、 「他人の又見んことを恐れ、殺して之を埋む。 」と。其の母曰く、 「吾」聞く、 『陰徳ある者は、天報ゆるに福を以てす。 』と。汝死せざらん。 」と。長ずるに及びて楚の令尹（れいいん）と為る。未だ治めずして国人其の仁を信ぜり。 『新序』より。
皆さんも人生で、両頭の蛇を切断する機会がきっとあると思います。その際には、なぜか忘れがたい この漢詩と故事を思い出してがんばってください。
Turingは計算科学の創始者で、コンピュータ科学に燦然と輝く業績をあげた数学者ですが、彼が書いた生命に関する唯一の論文は、生物の形づくりの理論を開拓したもので実験的にも彼の論文で取り上げた反応拡散方程式が働いていることが確認されています。このTuring Patternはとても有名ですが、彼が暗号解読者として、第二次世界大戦のイギリスの勝利に大きく貢献したのをご存知でしょうか。最近NHKのBSでやっていた映画Imitation gamehはTuringが主人公の映画でした。https://youtu.be/ddG9uev2c0U
彼は戦争中、Staiton Xという英国の秘密組織でドイツのエニグマ暗号の解読に携わっていました。彼のアイデアと、Station Xで開発されたコンピュータの元祖ともいえるコロッサスとよばれる装置によってエニグマ暗号が破られたと読んだことがあります。
今日紹介する動画は、彼の属したStation Xがいかにエニグマ暗号を解読したかを、じっくり教えてくれるドキュメンタリー番組です。
Inside Britain’s Top Secret Codebreaking Organisation That Cracked Enigma | Station X | Timelineというタイトルの動画です。
https://youtu.be/ddG9uev2c0U
解読のテクニカルな面ではなく、どのように解読結果が役立ったかを具体的に教えてくれます。Turingは解読プロセスにコンピュータの元祖ともいえる機械、Bombを開発しました。終戦前には200台ものBombが暗号解読に利用され、解読が機械の導入で流れ作業化されたそうです。その後、Station Xではコロッサスというコンピュータが開発されて暗号解読に利用されたそうです。
Rosalind Franklinの墓碑銘
彼女のお墓はロンドンにあるそうです。その墓碑銘にはDNAについては書かれていないのは衝撃的です。
https://historicengland.org.uk/listing/the-list/list-entry/1444176
こちらのtwitterから墓碑銘の写真を引用しておきます。
In my Genetics course- I show my students the tombstone of Rosalind Franklin- to show that even on her grave- her greatest contribution to mankind is ignored… pic.twitter.com/UOIgXMx9rN
— Michael Klutstein (@KlutsteinlbCARL) April 26, 2023
彼女については、こちらのtwitterアカウントをご覧ください。https://twitter.com/WomenScienceRFS
彼女のスナップショット写真や下のNatureの記事のpodcastのurlものっています。
https://www.nature.com/articles/d41586-023-01443-w
4月25日は有名なDNAの二重らせん構造の発見の論文が提出されて70年の記念日だそうで、雑誌Natureにも記念のコメントがでていました。37歳の若さで癌で亡くなった彼女のDNAの構造解明への貢献は大きく、今回の記事でも正当に評価されているようです。
https://www.nature.com/articles/d41586-023-01313-5
それを見た研究者がまた記事をあげています。興味深い記事ですのでご覧ください。
https://www.breakdowneducation.co.uk/post/structural-inequality-the-misogyny-behind-the-discovery-of-the-double-helix
2020年には英国で彼女の生誕100年を記念するコインも発行されていることもこの記事で知りました。買ってみたいですね。
https://www.royalmint.com/our-coins/events/rosalind-franklin/2020-uk-50p-brilliant-uncirculated-coin/