The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

ムチンという糖タンパク質の立体構造を計算生物学で予測して、トンネル顕微鏡での結果と比較検討している論文がでています。

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ツイートをログインせずによめるnitterの、まだ生き残っているインスタンスの一つで、クリックケミストリーの研究でノーベル化学賞を受賞した糖鎖科学者Carolyn Bertozziさんのツイートを読んでいます。
https://nitter.esmailelbob.xyz/CarolynBertozzi
こちらのリツイートが面白いプレプリントを紹介してくれていますのでお勧めです。

プレプリントのリンクはこちらです。pdfをダウンロードできるリンクもありますのでご覧ください。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.09.588790v1
分子動力学の糖鎖生物学への応用の論文ですが、新しい時代の到来を告げる論文ですね。

ゲノム編集を使う医療についての対談動画や柳瀬陽介先生の新しい講演動画などを紹介します。

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ゲノム編集を使った治療が始まりつつあります。ゲノム編集の開発者でノーベル賞受賞者のDoudnaさんのポドキャストビデオが公開されていたので紹介します。

ビデオ
Jennifer Doudna: The Exciting Future of Genome Editing
https://youtu.be/D4FOtJoqoKM?si=zdF__D079gbg7-sb

また、英語学習と教育についての柳瀬陽介先生のブログ記事が更新されています。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2024/04/ai-ai.html
昨日、以下の有料のウエビナーが開催されていたようで先生の発表の予行演習動画や、ウエビナーで学べたことなどが記事に取り上げられています。先生のブログ記事冒頭から引用します。

『2024/04/14（日）に、『通訳翻訳ジャーナル』の「第12回つーほんウェビナー：翻訳者&専門家が大激論！　生成AIで良質な良質な翻訳はできるのか？」に登壇しました。登壇の理由は、私にとっての異分野の翻訳業界の方々とお話ができること、しかも発表は1人10分でそれに対して原則として20分の対話の時間が発表直後に設けられるのでいろいろ学べそうなことでした。果たせるかな私にとってもとても面白く勉強になる対話ができました。主催者によると多くの視聴者を集め感想も好評だったそうです。』

「AI活用型英語ライティング授業を行う大学教師の実践と構想」　–　日本語話者は外国語の学習と使用においてAIの使い方を間違ってはならない
動画は限定公開のようですのでこの記事に埋め込むのはやめておきます。柳瀬先生のブログからご覧ください。

ChatGPTを英語教育に活用されている柳瀬先生の動画は英語学習者にとっていつも参考になります。是非ご覧になって英語を活用して世界に向けて発信するのに役立ててください。

映画『オッペンハイマー』の評判

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映画『オッペンハイマー』が評判になっているようです。私はまだ見ていませんが、3回もみたという先生もいるそうです。私は藤永茂さんが書かれた『ロバート・オッペンハイマー―愚者としての科学』（ちくま学芸文庫2021）を読みました。Kindle版で読んだのですがこの本は本当に良い本です。まだ読んだことがない方には是非購入して読むことをおすすめします。科学と戦争、科学と社会、科学者と戦争・社会について考える際の基盤になる、よく調べて書かれた立派な本です。

私が小学生のころ、キューバ危機がありました。核戦争になるかもしれないと大人の人たちがみんなで集まって新聞を囲んで心配していた姿が目に焼き付いています。広島・長崎の原爆攻撃の惨禍を体験した大人の人たちの心配は、どれほどだったでしょう。私が中学、高校にすすむ頃も、核戦争についての危機感は日本社会にあふれていたと思います。小学校のころは水爆実験や原爆実験でまき散らされた放射性物質が雨にまじって空から降ってきて、雨水にガイガーカウンターをむけるとガリガリ鳴っているニュース映像があったのも覚えています。戦略爆撃といって一般市民のすんでいる街に爆弾の雨を降らせるという、今では考えられないようなこと（人の住んでいるところに空から爆弾を無差別に落とすというのは、テロですよね）が行われていた時代です。焼夷弾や爆弾だけでなく、爆撃機と一緒に飛んできた戦闘機が、小学生が船をこいで魚をとっているとき、子供めがけて機銃掃射して殺すというようなことをするのが戦略的爆撃です（私のお世話になった先生のお友達がこのように殺されたそうです）。ソビエトが原爆を作る前に原爆攻撃して滅ぼしてしまえとか、水爆ができたら先に戦略的にソビエトに使用すべきだとかいう政府や軍関係者があふれていた時代です。オッペンハイマーが水爆の開発に反対したのは戦略的使用を止めたかったのだと思われます。悲惨な戦争の直後だったので、こうした人道的な風潮は今よりもっと強く、核兵器反対の運動をしている人たちの危機感もひとしおだったと思います。今はヨーロッパやイスラエルで核兵器が使用される可能性が高まっているわけですから、再び広島・長崎への関心、核兵器開発史への関心が高まっていることはよいことだと思います。映画『オッペンハイマー』も、そういう平和につながる知識の入り口として役立つとよいと思っています。

藤永先生はこの映画に批判的です。こちらの先生の記事をお読みください。映画『オッペンハイマー』に物申す
https://shuzinaga.hatenablog.com/entry/bfa8ece4a6a3879b312f54d766c3260f
藤永先生の本は映画をみた人が是非読むべき本ですし、映画をまだみていない人も見る前に読むことをおすすめします。
藤永先生の記事には、おすすめのオッペンハイマーの伝記や、オッペンハイマーの聴聞会についての本なども紹介されているので是非読んでみてください。また、先生のおすすめの映画とオペラのYouTube動画も紹介されていましたので埋め込んでおきます。
戦後まもなくつくられた『ひろしま』という映画です。
https://youtu.be/O66BcBeoSj8?si=O7GpAfkp50wB2EEM

オペラはこちらから聞けます。https://youtube.com/playlist?list=OLAK5uy_ng1r_d5GwbJ4hhgqApPNPYd1p0zSV8LEE&si=FB6BrU3gM6NreKbz

最後の部分には鐘の音をバックに、日本語で「お水をください。子供たちがお水を欲しがっているんです。たにもとさん、たすけてください。夫がみあたらないんです。」といった被爆者の言葉が続いて終わります。

Doctor Atomic, Act II, Scene 4: Countdown　https://youtu.be/uX050NbSFmA?si=fPFE7JNDm5LRciUc&t=311

「面倒なことはChatGPTにやらせよう」、「ダーウィンの呪い 」、「学び直し高校物理 挫折者のための超入門」その他Kindle本が半額ポイント還元セールで安く買えます。

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評判の本、「面倒なことはChatGPTにやらせよう」がAmazonのKindleの
【最大50％OFF】Kindle本 高額書籍セール
期間：2024/4/12(金)00時00分～2024/4/25(木)23時59分(日本時間)

で半額分のポイントが付く条件で販売されています。この本の場合、実質半額の1375円で購入できるセールです。
実はこの本にのっている全プロンプトは著者のnoteで公開されていますし、
【「面倒なことはChatGPTにやらせよう」のサポートサイトを一般公開します 】
https://note.com/currypurin/n/n9fd8ac23470a
このnoteの記事にのっている、この本のサポートサイトはこちらです。https://let-chatgpt-do-the-troublesome-work.notion.site/ChatGPT-4b826218a1fb40ffa97c84518f0fff22
さらに全プロンプトの実行の様子の動画も公開されています。【「面倒なことはChatGPTにやらせよう」の全プロンプトを実行した配信のリンクを整理しました
カレーちゃん】
https://note.com/currypurin/n/n18616b72e940
YouTubeの再生リストはこちらです。
https://youtube.com/playlist?list=PLbYWQaw_XwaYwnHqIrG7Ic3ixuM7yQ9GV&si=0evBSPUNx9hfMv6r
例として一つ動画を埋め込んでおきます。

「面倒なことはChatGPTにやらせよう」のプロンプト、全部実行します配信 その４PowerPoint、Excel操作、Word・PDFファイル、データからグラフ作成
https://www.youtube.com/live/n3gu88ww_y8?si=QGhc_vT24nwdeFQl

この本は、　ChatGPT有料版の使い方についての本ですが、ChatGPTは使い方がいろいろ変るので、まだ活用していない使い方が見つかるかもしれません。正誤表なども上のサポートサイトにあります。

なおこの　Kindleのセールでは、講談社の科学系の書籍も50%ポイント還元で販売されています。講談社現代新書の千葉聡先生の
「ダーウィンの呪い (講談社現代新書)」 や、田口 善弘先生の「学び直し高校物理 挫折者のための超入門 (講談社現代新書)
その他、ブルーバックスの最近刊から古いものなどが半額ポイント還元で買えるので探してみてください。

ニューロンの研究をヒントに考案されたニューラルネットワークとAIの歴史を解説する動画が面白そうです。

投稿日: 投稿者: root

今日はYouTubeのおすすめにでてきた動画を紹介します。生物のニューロンをヒントにいかにしてニューラルネットワークが開発されたかの歴史を教えてくれる動画です。英国でひも理論を量子色力学に応用するという研究で博士号をとり、現在ケープタウン大学の準教授のJonathan Shock先生による講演動画です。先生は物理学にもとづいて、感染症の研究や機械学習の研究も活発におこなっておられるようです。
https://shocklab.net/
http://13.244.252.124/research/
動画では、1943年のマカロック-ピッツ(McCulloch-Pitts)のモデルで有名なPitts先生とMcCulloch先生の写真などもみられるので興味を惹かれました。コンピュータの黎明期からニューラルネットワークの誕生、最新のAIにいたる歴史が学べるよい動画だと思います。

Part One: From biological neurons to artificial neural networks: the history of AI.
https://youtu.be/wyAGVhNxIhU?si=c9G6ty3-kI0avI4W

バイオインフォマティクスでの遺伝情報解析についてのわかりやすい日本語動画がありました。

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今日はMRC LMBのWebinarを聞いていました。英国の午前11時からの講演を日本では夜の7時から聞けます。以前紹介したセミナーです。

4/11の英国MRC LMBのセミナー (Zoom Webinar)が面白そうです。細胞内での転写の様子を生きた細胞で可視化したという話です。

内容は後日紹介することにして、今日は時間がないので、バイオインフォマティクスの日本語解説動画を一本紹介します。

『たかとーと学ぶ 生物学x○○　第二回「情報工学・ゲノム解析・FPGA』という動画です。ゲノム解析の実際と、使われるアルゴリズムの解説などとても役立つ内容のようです。（まだ視聴していません）。ちょっと再生してみて面白かったら他の動画もご覧になるとよいと思います。
https://www.youtube.com/live/Cmdg7qK3IJA?si=VP64wUQde8lcT4aF

生命科学の最新の進歩を学べるフィリップ・ボールさんの動画や本をお薦めします。

投稿日: 投稿者: root

生命科学は目覚ましい進歩をとげています。英国のThe Royal Institutionの動画でその最新情報をわかりやすく解説しているものがありました。
What is life and how does it work? – with Philip Ball
https://youtu.be/tw54LmxR21A?si=JAYPH2qavHcvBg6m

講演しているPhilip Ballさんはフリーランス・ライターで、20年以上にわたって有名な科学雑誌Natureの編集者の一人として活躍していた方です。著書も多数あり、多くは日本語に翻訳されています。Amazonでフィリップ　ボールで検索してみると、きっと一度は見たことがある本が見つかると思います。
今回の講演は彼の最新の本(500ページ以上ある分厚い本です）How Life Works: A User’s Guide to the New Biology
の紹介をかねています。生命とは何かという問いからはじまって、遺伝子、RNA、タンパク質というふうにボトムアップの話が続きますが、天然変性タンパク質とか遺伝子制御とか、最新の話題が満載です。どうやって器官ができ生物の形がつくりあげられるのかという最新の発生生物学の話題が続きます。生命科学の最新の進歩と、生命とは何かについて学びたい人には必見の講演ですので、是非みてください。面白かったら彼の本を読んでみるのがよいと思います。What is Life?というテーマの本の中では最高の本だと思います。
動画では、後半は発生と形態形成の話が中心となり、マウスのES細胞と初期胚の幹細胞を組み合わせて培養すると、初期のマウス胚がin vitroで出来上がるという話も取り上げられています。目や脳、神経管や拍動する心臓、腸などをそなえたマウス胚がES細胞と初期胚の幹細胞だけから培養皿の中で作り上げられた話はニュースでとりあげられていたので知っている人の多いかもしれません。この画期的な研究の元論文はこちらから読めます。
Amadei, G., Handford, C.E., Qiu, C. et al. Embryo model completes gastrulation to neurulation and organogenesis. Nature 610, 143–153 (2022).
https://doi.org/10.1038/s41586-022-05246-3
https://www.nature.com/articles/s41586-022-05246-3
この研究のリーダーのMagdalena Zernicka-Goetzさん(英国Cambridge大学）はさらにヒトの細胞でも同様の成果をあげていて、
2023年度の2023 Ogawa-Yamanaka Stem Cell Prize を受賞しています。彼女の受賞講演をご覧ください。
2023 Ogawa-Yamanaka Stem Cell Prize Awarded to Magdalena Zernicka-Goetz, PhD
https://youtu.be/qsX3oTyV46I?si=M0PE7ZbY1dZ4MoHG

応用数学、機械学習、量子コンピュータなどを学びたい人には東北大学の大関真之先生による公開講義をおすすめします！

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昨年12月、仙台にいったときに東北大学の構内やナノテラスを見に行ったので、東北大学のサイトもよく見るようになりました。東北大学の大関真之先生（東北大学大学院情報科学研究科教授）によるYouTubeの動画は秀逸です。これは応用数学や機械学習の数学、量子コンピューターを学ぶのに絶好の講義動画だと思います。教科書で学ぶのとはまた違って、先生の肉声で講義をきくとまた一段と理解が深まると思います。先生のYouTubeチャンネル『大関真之の雑談方程式 – これって人生変えちゃう授業かも -』で公開されています。
大学の授業そのものの公開ですので、大変役に立ちます。https://www.youtube.com/@mohzeki22

このチャンネルではいろんな講義が公開されていますが、
とりあえずは：
１）応用数学A (2023年度分）https://youtube.com/playlist?list=PLsBJ3psEqyr9HlwshX4KgXx3JiMJdsOZK&si=EdQ-Tu2-SRTJ5CXg
第一回の講義の動画を埋め込んでおきます。高校数学からはじまって大学数学へ絶妙にひきこまれていきます。
【東北大ライブ講義】第1回: 高校の数学で一番好きだったのはなんですか？【応用数学A・2023年度東北大学工学部】
https://www.youtube.com/live/wYxrXfdDaKI?si=thborO_-AXLUFCml

今年の講義も第一回が公開されているので、現在進行形で2024年度の講義を聴くのもよいかもしれません。
https://www.youtube.com/live/WZAM8WsDRBg?si=_GtWJo9slQtQUBHd

２）データ科学と機械学習の数理　　(2023年度）https://youtube.com/playlist?list=PLsBJ3psEqyr_7j_Ndsw0L31Jj9IHme_0E&si=bqO9jvtY5Kt3kL2e
をお薦めします。
【東北大ライブ講義】第1回: 確率モデル【データ科学と機械学習の数理・2023年度東北大学工学部】
https://www.youtube.com/live/hrMp1_-2be4?si=4806_sO_JxS1MO9F

他にも量子コンピュータの丁寧な講義も公開されていて貴重です。Quantum Computing for You, The Second Chance!という配信が開始されていて、量子コンピュータを学びながら線形代数も学べるという、すばらしい講義です。再生リストはこちらです。
https://youtube.com/playlist?list=PLsBJ3psEqyr9ruA8__sTul9cpxJQbCXx5&si=IO-G7r2BniUuxhYR
第一回はこちらにあります。
【QC4U2】Quantum Computing for You, The Second Chance!【講義編第1回】

https://www.youtube.com/live/Z2meh_d0cZ0?si=DjaifvMCc2JzHN5m

「計算生命科学の基礎10」の講義動画が公開されはじめました。

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私が昨年秋から今年初めまで受講していた「計算生命科学の基礎10」（今年で10年にわたって続いたこの講義シリーズは、打ち切りだそうです）の主な講義動画が公開されたのでお知らせします。以下のリンクに過去の講義をふくめてリンクがのっていますのでクリックして視聴されるとよいと思います。

https://www.r-ccs.riken.jp/about/careers/e-learning/intro-com-life-sci/
計算生命科学の基礎10のページのリンクはこちらです。このリンクには動画へのリンクだけではなく、講義スライドなど資料へのリンクものっている講義もあるのでおすすめのリンクです。
https://www.r-ccs.riken.jp/about/careers/e-learning/intro-com-life-sci-2023/
YouTubeの動画リストはこちらになります。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLe3_YvWzUtsQDkZEjOMO2g6-FIvciXkut
実施された全講義のリストはこちらです。まだ公開されていない講義があるのがわかります。
http://www.eccse.kobe-u.ac.jp/distance_learning/life_science10/

量子生物学の講義もあります。『光合成系の理論研究と分子シミュレーション』講義は3つの動画にわけて公開されています。
https://www.r-ccs.riken.jp/about/careers/e-learning/intro-com-life-sci-2023/life-science10-8/
このページには動画へのリンクもあります。Part 1の動画へのリンクと、
https://youtu.be/PUiKbO1gIMI?si=cpe9t1S4FieEmQep

Part3の後半部分で鳥の渡りの話の部分の動画を埋め込んでおきます。
https://youtu.be/APDuSDmALVA?si=v8VOHDWx44PGVr0L&t=1069s

4/11の英国MRC LMBのセミナー (Zoom Webinar)が面白そうです。細胞内での転写の様子を生きた細胞で可視化したという話です。

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 私は時々こちらでMRC LMB の公開セミナーの予定を調べて参加しています。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/news-and-events/scientific-seminars/
現地参加しかないセミナーもありますが、結構Zoomで視聴できるZoom Webinarが多くて最新情報を仕入れるのに便利です。今週の木曜日4月11日、現地時間午前11時からのセミナーが面白そうです。現地時間グリニッジ標準時の午前11時は、現在時差が8時間なので日本時間の午後7時開始です。時間も好都合なので興味のある方は一度参加してみてください。Zoom linkは上のリンクのページの該当セミナーのFurther informationの部分にのっています。

生きている細胞内でのDNAからRNAが転写される様子を、一分子レベルの超解像顕微鏡で可視化した成果の話だそうです。転写の様子を超解像度イメージングで可視化した成果の話だそうです。ダイナミックな分子集合や相転移がおこっていることが発見されたとのことです。

LMB Seminar: Super-resolution imaging of transcription in living cells
Speaker: Dr. Ibrahim Cissé, Department of Biological Physics, Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics, Freiburg, Germany
Host: Lori Passmore
Date: 11/04/2024 at 11:00am in the Max Perutz Lecture Theatre, LMB and Webinar.