野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
今日は忙しかったので簡単な記事です。
AlphaFold3の解説動画がでているのをYouTubeがおすすめ動画として教えてくれました。
Review and discussion of AlphaFold3 （Boston Protein Design and Modeling Clubのチャンネル）
https://youtu.be/qjFgthkKxcA?si=TzA6gvaBEsRHr1OA
AlphaFold2の論文解説からはじまって、AlphaFold3がどう違うのかなど詳しく解説してくれています。そしてAF3のハックについての紹介もあるなど盛りだくさんな内容です。
またスライドもダウンロードできるのも助かります。
5月に紹介したこちらの記事も参考にしてください。
AlphaFoldの解説動画―MRC LMBのBiophysical Techniques Course 2024を紹介します。
こんなツイートがありました。中国の研究者の方々が発表された、タンパク質の糖鎖結合サイトを高い精度で予測することができる深層学習を使ったアルゴリズムの論文です。
Highly accurate carbohydrate-binding site prediction with DeepGlycanSite https://t.co/PM9xJuZ9xK
— Glycobiology.UK (@GlycobiologyUK) June 20, 2024
He, X., Zhao, L., Tian, Y. et al. Highly accurate carbohydrate-binding site prediction with DeepGlycanSite. Nat Commun 15, 5163 (2024). https://doi.org/10.1038/s41467-024-49516-2
でオープンアクセスです。
論文の内容を自前のコンピュータで追試したり、新規のトレーニングをすることもできるそうです。以下のGitHubのサイトから必要なデータをダウンロードできるほか、アルゴリズムを自前で実装する方法も解説されています。残念ながら、オンラインで予測ができるサイトはまだ公開されていないようです。
今日は二つほどおすすめの動画を紹介します。
伊藤 由佳理「美しい数学入門―特異点の謎に迫る」2021年度冬学期：高校生と大学生のための金曜特別講座
おなじみの東大テレビで最近公開された動画です。大変わかりやすい代数幾何学と特異点についての解説です。
https://youtu.be/Fc0Caf6-GGw?si=nQe9o_xlQJ8Pr9i1
もう一つはThe Royal Institution（英国）の動画です。
超常現象、UFOなどについて研究しているChris Frenchさんの講演動画です。彼はthe Head of the Anomalistic Psychology Research Unit in the Psychology Department at Goldsmiths, University of Londonとのことです。
タイトル：Paranormal activity: science or fiction? – with Chris French
https://youtu.be/i8mjM3PB_Tk?si=8MzWUAq_QBWnTFjQ
本はこちら。多くのthe Royal Institution の講演動画は新刊の本の著者をよんで本の内容紹介を含む著者の仕事の紹介になっています。本のタイトル：The Science of Weird Shit: Why Our Minds Conjure the Paranormal
https://www.amazon.com/Science-Weird-Shit-Conjure-Paranormal/
今日は無料公開された物理化学の英語教科書の紹介です。
Peter Atkinsは量子化学や物理化学のすぐれた業績と、多くの教科書の執筆で有名です。彼の教科書Physical Chemistryは、世界中で採用されている教科書で去年第12版が出版されました。彼は今はOxford大学教授を引退していますが、彼の教科書の一つ、Concepts in Physical Chemistryの電子版を無料公開することに踏み切ったのだそうです。
こちらのリンクから電子版をみることができます。アルファベット順に500の物理化学の重要な概念の解説をならべた本ですが、大変役立つリソースになっていると思います。
https://books.rsc.org/books/monograph/2194/Concepts-in-Physical-Chemistry
公開の理由はこちらに書かれています。McMurryのOrganic Chemistryの教科書の無料公開を高く評価していたAtkinsがMcMurryにならって公開を決めたそうです。
https://www.chemistryworld.com/news/physical-chemistry-textbook-now-free-to-download-as-a-gift-to-the-community/4019535.article
以前のマクマリー有機化学の無料公開についての記事もまだ見たことななければご覧ください。
100万人以上の学生が使った教科書 「マクマリー有機化学」の最新版(2023年9月発行の第10版）がなんと完全無料公開されました！
上の記事にあるリンクから、Organic Chemsitryの最新版のダウンロードができます。また、正誤表もこちらからみることができます。
https://openstax.org/errata/?book=Organic%20Chemistry%3A%20A%20Tenth%20Edition
写真は散歩の途中でみつかった四葉のクローバーです。皆様にもこれからよいことが起こりますように。
このブログでも何度もとりあげている京都大学数理解析研究所教授の望月新一教授のABC予想の解決についての論文の話です。外国の著名な研究者が間違いを見つけたというコメントを出したのを契機に日本でも怪しいという論調がでてきていました。望月先生は論文を書いて反論されているのですが、それに対する応答はなく、ただあやしいという噂だけが広まっているようです。（望月先生のブログのこちらの記事など：https://plaza.rakuten.co.jp/shinichi0329/）
最近、世界でも望月先生の理論を理解できる人が少ないわけや、疑わしいという話を広めがちな非専門家に対するコメントが発表されました。科学の社会の中での発展の生の姿を知るのに絶好のコメントなので、まだ読んでいない方はご覧ください。本当の科学の発展がどんなふうにおこっているのかが、リアルタイムで見られるのはすばらしいことで、これから科学を進めていこうと思う若い人にもとても役立つと思います。
6/11再掲載されました。
記事「最近のIUT界隈」（しぶんぎ社）に関するコメント｜Reiya Tachihara #note https://t.co/I9me2vsC5w#IUTABC#abc予想#望月新一 https://t.co/7RdTouNdYa— math_jin (@math_jin) June 12, 2024
こちらが直リンクです。
https://note.com/reiya_tachihara/n/n7fabafac5fc5?sub_rt=share_b
筆者は京都大学数理解析研究所の博士課程二年の大学院生の方です。望月理論は勉強中とのことですが、大学院博士課程二年（D2）というと研究の最先端をになう数学の専門家です。専門家の意見はとても貴重だと思います。
こちらのXのツイートでは、望月先生の理論の動向を知ることができる貴重な情報が掲載されているので興味のある方にはおすすめします。望月先生の日本語による解説論文や動画などのリンクも紹介されています。
https://nitter.poast.org/math_jin
タンパク質の立体構造を予測するAlphaFold 3については以前ふれました。以前紹介したように、その論文が雑誌Natureに掲載されましたが、
Abramson, J., Adler, J., Dunger, J. et al. Accurate structure prediction of biomolecular interactions with AlphaFold 3. Nature 630, 493–500 (2024).
https://doi.org/10.1038/s41586-024-07487-w
予測の手法の詳細が公開されず、追試できないためそのような非公開のアルゴリズムを使った論文を科学界はうけいれるべきでないという議論も沸騰していました。
今日はこのAlphaFold3の論文を二か月ほど勉強したというYouTuberの物理学者の動画を紹介します。
Deep dive into the AlphaFold 3 algorithm
https://youtu.be/Or3iq4_9-wA?si=tWxlu1mcrl6-NVS7
あるいはもう少し短い動画二本からみるとよいと書いてありました。
How AlphaFold solves protein folding（これはAlphaFold2の論文の解説です）
https://youtu.be/3gSy_yN9YBo?si=6gmd5dxOVQ2aAwYi
What’s changed in AlphaFold 3?
https://youtu.be/CYncNBMPLLk?si=y7X4a-RlOIyD-F2_
彼女は量子コンピュータの専門家でケンブリッジ大学でクリフォードサーキットに関する論文などを書いている人です。タンパク質の立体構造を高精度で予測するのに成功したAIの科学への応用の成功例に興味をもって勉強してみたとのことです。
以前紹介した日本語の解説記事とあわせて勉強するとわかりやすいと思います。
AlphaFold3の日本語解説記事や、PubMed SearcherというPubMedの網羅的検索用GPTの作り方の記事が公開されています！
とても面白そうな一般市民向けの物理講演会動画がありました。
これは科研費の一つ、『学術変革領域研究（A)極限宇宙の物理法則を創る』
http://www2.yukawa.kyoto-u.ac.jp/~extremeuniverse/
のアウトリーチ活動の動画のようです。この領域のYouTubeのチャンネルにはもう少し専門性の高い、場の量子論の解説動画などもありますので、興味がある方は次のリンクをご覧になるとよいと思います。
https://www.youtube.com/@extremeuniverse4346/playlists
動画を以下に埋め込んでおきます。やさしく解説されているよい動画だと思います。
第二回「極限宇宙」市民講演会２「量子情報 -量子の奇妙から情報へ、情報から物理へ-」
https://youtu.be/3siqENC7V_I?si=jsauM5v-Ou4qP6uo
今日は紺野大地さんの『研究者のための生成AI活用セミナー』というのをZoomで聴講していました。
ChatGPTやGoogleのNotebookML https://notebooklm.google/
の使い方など最新の情報が学べてよいセミナーでした。
さて今日は、以前紹介したホーキング博士の共同研究者だったGeorge Ellis名誉教授の新しい動画をみかけたので紹介します。
新しい動画のタイトルです。
A universe of possibility
How reality emerges from chance
13th May 2024
The fundamental structure of the cosmos is not atoms, particles, or even thoughts or mind; the fundamental structure of the universe is possibility. Join one of the world’s leading cosmologists and Hawking collaborator, George Ellis, as he argues possibilities underlie our whole physical and mental existence.
ということで、確率空間のアイデアで宇宙や生命をとらえるという講演のようです。
George Ellis is a distinguished professor at the University of Cape Town in South Africa. He co-authored ‘The Large Scale Structure of Space-Time’ with physicist Stephen Hawking, and is considered one of the world’s leading theorists in cosmology.
こちらで全編がみられるのでご覧ください。https://iai.tv/video/a-universe-of-possibility?utm_source=YouTube&utm_medium=description
YouTubeには短縮版の動画がアップロードされています。
今日は国立国会図書館デジタルコレクションでよめる芸術・文学系の本を紹介します。
156)『ヘミングウェイ全集』第1巻,三笠書房,1973. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12585603 (参照 2024-06-22)
有名な「蝶々と戦車」などが収録されている第一巻です。武器よさらばは第4巻に収録されています。https://dl.ndl.go.jp/pid/12585612/1/4
157)宮沢俊一 訳『反世界の島』,プログレス出版所,1973. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12575882 (参照 2024-06-22)これはソビエトのSFです。現代ソビエトSFシリーズでタイトル検索するとたくさんの本がヒットします。私のおすすめはこの第3巻にふくまれている「雪の玉」です。
158)『ホイジンガ選集』6,河出書房新社,1972. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12143719 (参照 2024-06-22)
一昨日紹介した物理学者の立川裕二先生が東大生に進める本の記事で推薦されていた本に、このホイジンガの「中世の秋」があります。私は未読ですが時間があれば読んでみたいと思います。世界の名著版も読めます。
159)『世界の名著』第55,中央公論社,1967. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/2935163 (参照 2024-06-22)こちらは、巻頭にホイジンガについての解説が詳しくのっています。
160)Evan Esar 編 ほか『英語ユーモア辞典』,研究社出版,1976. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12579752 (参照 2024-06-22) 英語の原著を対訳にして改訂して日本人向けにした本。ユーモアとウイットに富む文が単語のアルファベット順にならんでいます。
161)『熊谷守一画集』,日本経済新聞社,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12765256 (参照 2024-06-22)有名な画家、熊谷守一の作品がカラーで鑑賞できます。
162)『東山魁夷全集』1 (風景巡礼 1),講談社,1979.3. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12709412 (参照 2024-06-22)
東山魁夷の全集が全部オンラインで読めるようになっています。タイトル検索してみてください。
163)二見史郎 [ほか]訳『ファン・ゴッホ書簡全集』第1巻,みすず書房,1984.7. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12426619 (参照 2024-06-22) ゴッホの書簡全集も全巻読むことができます。以前紹介した原田マハさんの「たゆたえども沈まず」を読んだ人におすすめの書簡集です。
生成AIのトップラボの研究者(OpenAIを含む）によるこんな論文 (プレプリント）がでています。
The Prompt Report: A Systematic Survey of Prompting Techniques
https://arxiv.org/abs/2406.06608
プロンプトエンジニアリングでよく使われる専門語の解説や、テキストだけのプロンプトの作り方、プロンプトにテキスト以外に、画像や音声、動画などを含める場合があることなどもちゃんと説明してくれています。プロンプトの例もいろいろのっているので、生成AIを使うとき、どんなプロンプトを使うとよいのかの指針となると思います。この論文のサイトはこちら。https://trigaten.github.io/Prompt_Survey_Site/
論文で使われているコードが載っているのはこちらです。再現可能性に配慮してある論文ですね。
https://github.com/trigaten/Prompt_Systematic_Review
動画ではこんなのがありましたので紹介しておきます。英語ですが字幕をだしてご覧になると役立つと思います。OpenAIのチャンネルにある動画です。
A Survey of Techniques for Maximizing LLM Performance
生成AIのパフォーマンスを最大限引き出すためのテクニックについての動画です。プロンプトエンジニアリング、RAG、ファインチューニングについて解説してくれています。
https://youtu.be/ahnGLM-RC1Y?si=elJNkld6Q2_GaBQd