発明の心理(ジャック・アダマール著)は面白い本です。

今夜は皆既月食でしたね!快晴で星もきれいで最初から最後まで雲一つない空で月食を満喫できました。さておそくなりましたが、今日は面白い本を一冊紹介します。
ジャック・アダマール(Jacques Hadamard)というフランスの有名な数学者が書いた「発明の心理」(みすず・ぶっくす)という本があります。原著はAn Eassay on the Psychology of Invention in the Mathematical Fieldというタイトルです。著者のアダマール(1865年生まれ、1963年没)はほとんどすべての数学分野で有名な業績をあげており、アダマール行列や量子コンピュータのアダマールゲイトも彼にちなんだ命名です。有名なアンリ・ポアンカレが「科学と方法」という本でポアンカレ自身の発見体験について詳しく考察しているのは有名です。アダマールのこの本は、ポアンカレの考察をさらに深く追求したものになっています。ポアンカレ、パスカル、ガウス、デカルト、ヘルムホルツなど有名な科学者の発見体験について詳しく考察している他、アインシュタインをはじめ、多くの当時生きていた数学者、物理学者、芸術家などに発見体験についてのアンケートをとって、その回答についても深く考察しています。付録にはアインシュタインからの返事も載せられています。さらに大数学者のアダマール自身の発見と失敗についての考察も含まれています。意識的な研究作業の後、ちょっと他の事をしていると突然、解けなかった問題の解が浮かび上がってくるというのが、多くの科学者が体験している発見のプロセスだそうです。無意識のあいだに発見が熟成されているというようなイメージでしょうか。アダマール自身も眠っていて目が覚めた瞬間に答えが浮かび上がってきたという経験をしたと書いています。とにかく発見について知りたい人には、とても興味深い必読書ですので、一読をおすすめします。余談ですが、私が高校生のときこの訳本をはじめて読んで一番印象にのこったのは、数学者の中には、言葉で考えるのではなくてイメージや画像で考えている人がいるという部分でした。私は言葉で考えているのでイメージで考えるとはどんなことなのか当時は想像できませんでした。その後、結婚してみると、奥さんや子供たちは、考える時、目の前の空間に映像が浮かんでそれで考えているということがわかりました。びっくりです。私が知らなかっただけで、そういう人も多いのかもしれませんね。

さて、今調べてみると、私の持っている本(180円で買ったみすず・ブックス版)はもう絶版で、amazonの古本で7千円以上の値がついていました。その後、「数学における発明の心理」というタイトルで再販されていましたが、これももう古本でしか入手できず、今のところ送料込みで千円ほどで買えるようです。残念ながら国立国会図書館の個人送信資料の「みすず・ぶっくす」のコレクションにはこの本は入っていません。古本が入手できない方はお近くの図書館をあたってみてください。また英語版で良ければInternet Archiveに原書がアップロードされているので読んでみるとよいでしょう。 pdf版やKindle版(なんかタイポが目立つ本でおすすめしません)や画像版が無料でダウンロードできます。
https://archive.org/details/eassayonthepsych006281mbp
ポアンカレ自身による発見についての考察については、「科学と方法」の他に、フランス心理学会での回想講演のの英訳をご覧になると面白いと思います。

https://fabricebaudoin.files.wordpress.com/2013/07/www-ias-ac-in_resonance_feb2000_pdf_feb2000reflections.pdf

AlphaFoldを発明したDeepMindのYouTubeチャンネルには強化学習の講義やAlphaFoldのやさしい解説などいろいろ動画があります!

タンパク質の立体構造予測でAlphaFold2の威力をまのあたりにしたことから深層学習・強化学習に興味をもちました。AlphaFold2やAlphaGo(囲碁のAI)をつくっているDeepMindもYouTubeチャネルをもっています。
https://www.youtube.com/c/DeepMind/videos
AlphaFoldの話
https://youtu.be/gg7WjuFs8F4

やAlphaGoの話の動画シリーズもありますが
https://youtu.be/WXuK6gekU1Y

強化学習の講義動画もいっぱいあります。
https://www.youtube.com/c/DeepMind/playlists?view=50&shelf_id=10
いろいろ再生して自分に向いている動画を探して学んでみるのもいいかもしれません。
https://youtu.be/2pWv7GOvuf0

よいバイオインフォマティクスの教科書を紹介します。

良いバイオインフォマティクスの教科書が出版されました。
「Web連携テキスト バイオインフォマティクス   基礎から応用」
門田幸二・清水謙多郎・岸野洋久・寺田 透 共編著
2022-10-19発行 税込価格 ¥4620 というものです。
http://www.baifukan.co.jp/cgi-bin/db/baifu_new_search.pl?ISBN=4-563-07832-8

何故か知りませんが、Amazon Primeでは送料無料のものがありませんでした。先日みたときは定価プラス500円以上の送料の業者が売っていたのですが、今日みると7000円以上の中古品しか掲載されていません。紀伊国屋書店やRakuten booksでは在庫ありになっています。私はRakuten Booksで注文済みで、まもなく届くようで楽しみにしています。東京大学の門田先生たちの東京大学での講義をもとにした本ですので、わかりやすいこと請け合いだと思います。培風館のページにあるリンクが Web連携というこの教科書の名前の由来である、Web資料へのリンクです。
https://www.iu.a.u-tokyo.ac.jp/textbook/
これは自由にアクセスできるので、まだ購入していない方も是非アクセスしてみてください。きっと教科書のほうも買いたくなると思います。実は私はこのWeb資料の内容をみて、これはよい本に違いないと思い注文した次第です。届いて読んでみたら再度紹介します。

写真は散歩道に生えているすすきです。10月26日の記事に載せた写真です。今日このすすきのいっぱい生えている道を散歩していると、イノシシが目の前を横切って田んぼのほうへおりていきました。一週間ほどまえにはタヌキにも出会いました。どちらもちょっと止まって、こちらを ふてぶてしくにらんだ後、人間を無視して去っていきました。動物王国です。

「ロウソクの科学」再び―ファラデーの「ロウソクの科学」の動画などを紹介します。

最近の記事に書いたように、https://glycostationx.org/2022/10/07/%e3%80%8c%e9%95%b7%e3%81%84%e9%95%b7%e3%81%84%e3%81%8a%e5%8c%bb%e8%80%85%e3%81%95%e3%82%93%e3%81%ae%e8%a9%b1%e3%80%8d%e3%82%92%e8%aa%ad%e3%82%93%e3%81%a7%e3%81%84%e3%81%be%e3%81%99%e3%80%82/
Amazon のKindle unlimitedでは、最近多くの岩波書店の本が読めるようになっています。

その中にはファラデーの「ロウソクの科学」の岩波文庫版も入っていて読むことができます。これは私が持っている旧岩波文庫版ではなくて、竹内敬人先生による新訳です。図も補われていて旧岩波文庫版より格段に読みやすくなっています。無料で読める本としては、山形浩生 訳 『ロウソクの科学』 – プロジェクト杉田玄白.があります。
https://www.genpaku.org/candle01/
原著はThe Chemical History of a Candleという本ですが、historyは歴史という意味ではないということなどを含めて、薀蓄のあるあとがき(山形さんによるファラデーが霊界から語っているかのように書かれたあとがきです)が面白い訳本です。

原著はいろんな版がInternet Archiveでみられます。以前 ロウソクの科学について紹介した記事をご参照ください。
https://glycostationx.org/2019/10/23/%e3%80%8c%e3%83%ad%e3%82%a6%e3%82%bd%e3%82%af%e3%81%ae%e7%a7%91%e5%ad%a6%e3%80%8d%e3%82%92%e8%aa%ad%e3%82%93%e3%81%a7%e3%81%bf%e3%82%88%e3%81%86%ef%bc%81%e7%a7%8b%e3%81%ae%e8%aa%ad%e6%9b%b8%e3%81%ae/
ビデオでファラデーのロウソクの科学を扱ったものがないかなと探してみると、つぎのYouTubeのビデオシリーズが力をいれて製作されていてとてもよさそうです。

https://youtu.be/6W0MHZ4jb4A

このビデオが掲載されているページには、無料のビデオにあわせて製作された無料のロウソクの科学のpdf本(ビデオのセリフすべてや、補足内容を含む副読本です)へのリンク
https://engineerguy.com/faraday/pdf/faraday-chemical-history-complete.pdf
や、コメント入りのビデオへのリンクなども掲載されていて、ちょっと読みにくい「ロウソクの科学」を、実験を目でみながら読んでいけると思います。

ミースフェルド生化学の第二版(英語版)を買ってみました。

今年の3月の記事(本記事の末尾参照)で、生化学入門におすすめの教科書として、ミースフェルド生化学(東京化学同人)を紹介しました。生化学を学び始めた方には日本語版をおすすめします。日本生化学会の推薦教科書です。これは初版の日本語版ですが、2021 年に第二版がでています。Amazonでこの第二版の中古本が安かったので購入し、一昨日 本が自宅にとどきました。International Student Editionという米国内とカナダでは販売できないタイプの版本でした。税込8000円ちょっとの値段がついていたので、即ショッピングカートにいれて購入しました。未読本と書かれていたのですがたしかに届いたものは未読本でした。ebookがついているのかと思いましたが、表紙の裏にスクラッチがついていて、それを削るとネットでの登録コードがあらわれてそれで出版社のサイトで登録すると、オンライン版のBiochemistryが読めるようになっていました。オンライン版は紙の本よりきれいで見やすいので良いと思いました。ただオンラインで読んでいるときにLife Science Dictionaryはひけませんでした。また単語を選択して訳がポップアップするFirePOP!も動きません。コピー回数を計測するような仕組みになっているようで、日本人がオンライン辞書を引きながら読むのには向いていないようです。Kindle版もないようですのでちょっと残念です。なおPDICは動くのでコピーすると訳がポップアップするのは確認できました。

本の内容は、生化学入門に最適の読みやすいいい本です。初版以降の生化学の発展ももりこまれて、さらに動画やPDBのデータなども活用して生化学が学べるようになっています。また生化学の反応機構についても増補されているようです。英語自体はやさしいし、興味深いエピソードをまじえながら、読んでいける本になっていますので、学部生や修士の人は、この英語の第二版にチャレンジしてみるのもよいと思います。おすすめの本です。

これは余談ですが、アマゾンの中古本は、一度アクセスして値段を確かめた後、しばらくしてそれを買うことにきめて再アクセスすると値段が数時間前にアクセスした時よりつりあがっていることがよくあります。それも各出品者一斉にあがっているのです。以前Molecular Principles of Animal Developmentという授業でよく使っていた教科書を再度購入しようとしたとき、このような体験をしました。結局 再度購入はやめて、Internet Archiveで読んでいます。Amazonで中古本を購入するときには、値段をメモしておくこと、これは買おうかなとまよっているときにはショッピングカートにいれておくことをお勧めします。ショッピングカートにいれた本も値段がつりあがるのでしょうか。その辺のところも気を付けておきたいものです。

(以下は2022/3/21の記事の再録です。)
今日は生化学のおすすめ教科書を紹介します。翻訳書で「ミースフェルド生化学」(東京化学同人)という本です。日本生化学会のおすすめ教科書です。はじめて生化学をしっかり学ぼうと考えている人のために、翻訳者の先生たちが、訳語と英語をともに掲載するようにするなどいろいろ工夫も凝らされていて、この本を一冊読めば原著論文も読めるようになるすぐれた教科書です。出版社のサイトで立ち読みもできますし、推薦の書評も掲載されているのでご覧ください。2017年発行の教科書の翻訳ですが、まず慣れ親しんだ日本語で生化学を学べる上に、生化学の専門語を英語も一緒に学べるので、生化学を初めて学ぶ人にしっかりとした基盤をこしらえることができる教科書です。勉強の仕方としては、まず日本語版を読むのを強くすすめます。原著の第二版(2021年発行の英語版)はまだペパーバック版がでておらず高いのでおすすめしません。まずこの日本語版を読み終えてから、今後発行される第二版のペーパーバック版を読めば、自分の英語読解力が驚くほど進歩しているのを実感できると思います。

WordPress 6.1に更新したときの不具合の対処法とチームリーダー科学者のための本の紹介です

昨日、ホームに記事を投稿してから固定ページを開こうとすると編集ボタンをおしても記事がでてこなくなっているのに気づきました。編集画面は開いているのですが、画面の右側に、「サイトで重大なエラーが発生しました。対応手順についてはサイト管理者のメールボックスを確認してください。」と表示されています。昨日、記事を投稿する前にWordPressの更新を行って、version をあげて、WordPress 6.1にしたのが原因だと思いました。私のメールボックスには何もメールがきていません。対策をネットでちょっと調べて昨夜は寝ました。

今日午前中、昨夜調べた方法で無事、不具合を解消できたのでやり方をメモしておきます。要は、レンタルサーバーの自動バックアップ機能を利用して、不具合が出る前のWordPressの状態にバックアップデータから復元するという方法です。

私のWordPressのサイトをおいているレンタルサーバー(Xserverを使っています)のサーバパネルにログインして、サーバー管理画面から、バックアップのページを開きました。次に「自動バックアップデータからの復元」にチェックを入れます。さらにバックアップに使う保存データの日付(11月1日)をプルダウンメニューから選び、復元方法は「対象を指定して復元」を選びます。さらに対象ドメインからglycostationx.orgを選びました。そしてglycostationx.orgのWeb領域、Web用設定ファイル、メール領域のすべてにチェックを入れました。以上の設定でOKかどうか、もう一度確認してOKだったので、復元開始しました。Xserverでは14日前までのサイトのバックアップは無料で復元に利用できるので、こういうサイトの不具合がでたときには大変便利です。復元の時間は2時間12分もかかりましたが無事、正常に復元に成功してWordPress本体が11月1日の状態(前のバージョンのWordPress)にもどり、不具合も解消できました。これで解消できない場合はMySQLの復元をする予定でしたが、必要はなかったです。Xserverの管理画面はとても使いやすく、ヘルプもわかりやすいのでバックアップからの復元は簡単にできました。

今日は一つオープンアクセス本を紹介してこの記事を終わります。
Cambridge Coreでは続々とOpen Access本を提供しはじめています。
https://current.ndl.go.jp/node/47097
その中の一冊です。他にも探すと量子重力の本などいろいろ見つかります。
Leading Your Research Team in Science (Cambridge University Press)
https://www.cambridge.org/core/books/leading-your-research-team-in-science/A3AE4F688A6CBD0155625BEBA3DBF228
研究リーダーがどうやって研究メンバーをリクルートするか、その研究室を効率的にひきいていく方法、サポートスタッフとの関係、研究資金をいかに獲得するか、研究成果を公表する最も効果的な方法とは、などなど、さまざまなtipsが満載の本です。現在のチームリーダーやこれからチームリーダーになろうと考えている若い人達におすすめの一冊だそうです。

目次はこちらにあります。
https://www.cambridge.org/core/books/leading-your-research-team-in-science/contents/109D4AAAE3BEDF69F0D82D3E06D807FF

日本語のAlphaFold2の総説を紹介します。

昨日は英語のAlphaFold2の講演動画などを紹介しました。日本語の総説ですが、東京大学の森脇 由隆先生が書かれたオープンアクセスの総説がおすすめです。
「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」
JSBi Bioinformatics Review 2022 年 3 巻 2 号 p. 47-60
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/3/2/3_jsbibr.2022.3/_article/-char/ja
この総説誌にはいろいろ参考になる総説が満載です。是非他の総説やバックナンバーもご覧ください。

https://www.jstage.jst.go.jp/browse/jsbibr/list/-char/ja

福岡は毎日快晴です。朝夕は寒い日もあってストーブを燃やすこともあるのですが、日中は暑い日もあって、なんと今日は夏日でした。写真は台風のときに雨宿りしていたカマキリです。寒くなった今はもういなくなってしまいました。卵を産んでいたようなのでまた来年、子供が庭に現れるでしょう。季節の移り変わりを感じます。

MRC LMBで開催されたシンポジュウムの動画にAlphaFoldやDe Novo Protein Design開発者による講演があります!

英国MRC分子生物学研究所(MRC LMB)で開催されたNext Generation Biophysics Symposium 2022というシンポジュウムの動画がYouTubeのMRC LMBチャンネル
https://www.youtube.com/user/LMBCambridgeで公開されています。
プログラムはこちら。
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/sites/nextgen/programme/
動画がない講演も少しありますが、11の動画がアップロードされています。どれも面白そうです。興味のあるものをご覧ください。

AlphaFold2の講演もあります。John Jumper, DeepMind, London, UK:
AlphaFold and its implications for understanding biology
alphafold2 の論文https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2
のlead author ,(筆頭著者)による講演です。
https://youtu.be/uejO0Af3eQc

Scientific AmericanのサイトにちょうどOne of the Biggest Problems in Biology Has Finally Been Solved―Google DeepMind CEO Demis Hassabis explains how its AlphaFold AI program predicted the 3-D structure of every known protein
というAlphaFoldのプロジェクトリーダーDemis Hassabisへのインタビュー記事がでていたところです。こちらもご覧ください。
https://www.scientificamerican.com/article/one-of-the-biggest-problems-in-biology-has-finally-been-solved/

このシンポジュウムの最後を飾るのKey Note Lectureは
NGBS2022 Talk 11: Protein design using deep learning – David Baker University of Washington, USAというもので、
https://youtu.be/autrSHqzcH4

物理的モデルに基づくタンパク質構造解析ソフトウエア suiteのRosetta
https://www.rosettacommons.org/softwareと深層学習を用いて、全く新しい機能蛋白質を任意に設計できる(De Novo Protein Design)という講演です。SARS-Co-V2のレセプター結合部位に対する抗体の設計とか抗癌効果のある抗体の設計の話からはじまります。光合成に関係するタンパク質とか、科学がここまで発展してきたのかという感慨を生み出す講演です。

マイケル・ファラデーの超常現象実験

今日はハロウイーンですね。昨日の韓国での事故で亡くなられた方々と御遺族の皆様に心からお悔やみを申し上げます。また怪我をおわれた方々の一日も早い、御回復をお祈り申し上げます。
今日の動画はRoyal Institutionのハロウイーン動画です。マイケル・ファラディーの超常現象実験の再現動画です。
Michael Faraday’s supernatural experiment
https://youtu.be/lvB9hZf0hRU

ファラデーの生きたビクトリア朝時代、霊との交流会など超常現象がものすごく流行っていました。その中でも有名なのはTable turnです。Table movingともいわれるこの現象は、テーブルを何人かでかこんでテーブル上に各人の手をのせて手を動かさず、そのままじっとまっていると、霊がやってきてテーブルが霊におされて動き出すというものです。やってみると誰も意識的にテーブルを動かしていないのに自然にテーブルがまわりだすそうです。この現象をファラデーは実験的に研究して、論文にしています。今回の動画はファラディーがどのようにこの現象を解明したかをみせてくれます。各人の手が無意識にテーブルを押しているのか、あるいは霊がテーブルをおしているのかをそれぞれの人が区別できる仕掛けをつくってそれを使ってやってみると、テーブルは全く動かなくなりました。動画では実際のtable movingをやっている様子がでてきて面白い動画になっています。ファラデーの論文は以下のものです。有料ですが大学などから無料で読める方はダウンロードしてみてください。

Experimental investigation of table-moving,
Journal of the Franklin Institute,
Volume 56, Issue 5,1853,
Pages 328-333, ISSN 0016-0032,
https://doi.org/10.1016/S0016-0032(38)92173-8.
(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016003238921738)

私の使っている辞書引きソフトを紹介します。

今日は私の使っている辞書ソフトの紹介をしておきます。Windows PCでは
辞書ソフトはシェアウエアのPDICを使っています。http://pdic.la.coocan.jp/unicode/
”書籍版「英辞郎」を購入された方に限り、送金免除になっています。”とのことですので私は送金していません。機能制限なしのシェアウエアです。上記のサイトに書かれているように辞書データは別途インストールする必要があります。私は書籍版の英辞郎(version 144.8以前のデータはプロテクトがかかっていなかったのでPDICに簡単にとりこめました)の付属ディスクからデータをPDICにとりこんで利用しています。ただし、現在の最新版英辞郎や上に述べたバージョン以降の英辞郎(第九版 version  148以降)のデータはプロテクトがかかっているのでPDICにとりこめませんので、誤ってこれらを購入しないように注意してくだい。プロテクトがかかっている英辞郎には、プロテクトされたデータをよみこめる特殊なPDICがついているようです。プロテクトがかかっていない最も新しい辞書データはこちらから購入できます。https://booth.pm/ja/items/777563
安価なのでこれを購入してPDICにとりこめばよいと思います。ただ私はやったことがないので、サイトからテスト用サンプルデータを無料ダウンロードして、PDICにとりこめるのを確認してから購入するようにしてください(と書いたのですが、現在サイトに書いてあるリンクはアクセスできないようです。Firefox, Chromeでクリックすると、You don’t have permission to access this resource.とでるだけです。)サイトに書かれている注意点をあらかじめよく読んでから購入してください。

PDICにはFirefoxあるいはChrome用の機能拡張FirePop!が用意されています。
http://firepop.osdn.jp/
この機能拡張を有効にしておくと、画面の英単語にカーソルをあわせておいてAlt+右クリック(左クリックにも設定変更できます)すると、訳がポップアップします。便利ですので使ってみてください。またPDICはEPWING形式の辞書その他を利用することもできます。ネットで検索すれば、EPWING形式の辞書をPDIC形式の辞書に変換する方法も見つかりますので、辞書の拡張も簡単にできます。

あと、iPadでは次の辞書を使っています。
ウイズダム英和、和英辞典2(物書堂)
Merriam-Webster Dictionary & Thesaurus
この英英辞典は古いバージョンです。英英辞書の中では最高の辞書だと思います。ただ最新版は改悪されています。それで旧版を、時々起動時にバージョンアップのおすすめがでても無視して使い続けています。それで皆さんにはオンライン版の辞書サイトの利用をおすすめします。

https://www.merriam-webster.com/
このサイトを利用すると、私の使っている旧版と同じようにDictioanry とThesaurusが使えることがわかりました。ブックマークして是非活用してください。