糖鎖科学関係の情報配信サービス「Glycoforum News」への配信登録のおすすめ。

今日は蒸し暑い梅雨の一日でした。しかし夕方にはヒグラシの声を今年はじめて聞きました。季節は着実に移っていきますね。

さて今日は生化学工業という会社がやっているGlycoforumというサイトと、
https://www.glycoforum.gr.jp/indexJ.html
そのメール配信サービスGlycoforum Newsの紹介です。

生化学工業は、世界の糖質科学の発展を試薬や研究資金の提供、情報提供など多方面から強力にサポートしている日本の会社です。Glycoforumは生化学工業が運営しているオープンアクセスジャーナルで、全世界的な糖鎖情報ネットワークのメンバーの一つです。
https://www.glycoforum.gr.jp/about/indexJ.html
先日の記事で紹介したGlycoword
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/indexJ.html
もGlycoforumのサイトですが、
Glycoforum Newsというメール配信サービスもやっていて、糖鎖関係の興味深い情報を配信してくれています。今日届いたメールには、末尾に並べたような、糖鎖関係のわかりやすい講義の動画と資料の紹介がのっていました。

末尾の動画をみたい方はこちらのフォームから、Glycoforum Newsの配信登録(無料)をしてください。
https://www.glycoforum.gr.jp/about/inquriesJ.html
氏名、ふりがな、メールアドレスの入力のみが必須です。メール配信の部分で「希望する」を選ぶと、メールが届くようになります。是非登録してみてください。日本語で糖鎖科学について知りたい方には必須のサイトです。

なお講義のスライドなどの資料はこちらからダウンロードできます。
https://www.glycoforum.gr.jp/glycotext/index.html

以下は動画のタイトルです。面白そうな講義が並んでいます。
Glycoforum. 2022 Vol.25 (SI), G5
GAGを用いた核酸デリバリーシステム
慶應義塾大学理工学部 佐藤 智典

Glycoforum. 2023 Vol.26 (SI), G3
生物医薬糖タンパク質生産に向けた糖鎖改変と糖鎖代謝経路可視化ツール開発
東海国立大学機構岐阜大学 糖鎖生命コア研究所(iGCORE)  藤田 盛久

Glycoforum. 2023 Vol.26 (SI), G2
N型糖鎖分岐形成酵素の活性・特異性の制御と疾患関連性
東海国立大学機構岐阜大学 糖鎖生命コア研究所(iGCORE)  木塚 康彦

Glycoforum. 2023 Vol.26 (SI), G1
外科医と研究者で挑む膵癌研究
筑波大学医学医療系消化器外科 下村 治

Glycoforum. 2022 Vol.25 (SI), G3
糖鎖・レクチン創薬の基礎と糖鎖解読の新技術(scGR seq)
産業技術総合研究所/筑波大学医学医療系 舘野 浩章

AIを活用して英語のプレゼンテーションの練習をしましょう!

昨日は、スライドでの発表で注意すべき点をいくつかあげました。

では英語でのプレゼンテーションの組立や練習をどうやったらいいでしょうか。大規模言語モデルLLMが爆発的に普及している現在では、DeepLやChatGPTを使って英語のプレゼンテーションを組み立てたり、発表の練習をしたりすることができます。
最近の柳瀬陽介先生のブログ記事
【AIを活用した英語プレゼンテーションの練習方法】はそのやり方の懇切丁寧な紹介です。先生の作られたChatGPTの練習用プロンプトがありますので是非使ってみてください。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/06/ai.html
この記事には、プレゼンテーションの達人へのインタビュー動画などを見た後、自分のプレゼンテーションを作って練習する具体的方法が書かれています。
これから英語でプレゼンテーションをやろうとする学生さんに是非一度はみてもらいたい記事です。

この記事のプレゼンテーションの達人に対するインタビュー動画に登場するのは、京都大学の森和俊先生です。
このブログでも先生の著書や動画は紹介したことがあります。(たとえばこちらこちら)ノーベル賞候補にもあがっている有名な生命科学の先生です。
動画は以下にありますので、是非ご覧ください。京大の研究室での英語指導の一端をかいまみることができると思います。

【京都大学自律的英語ユーザーインタビュー:森和俊先生(理学研究科)】
アカデミアの世界に行くと、ポジションを取るときには、最後はプレゼン勝負になります(14:25 どのように話すと伝わるか)

以下のようにYouTubeの動画の共有リンクhttps://youtu.be/9UOhoud85S8のあとに、&t=866sとつけると、動画開始部分から866秒後の部分にリンクがはれるんですね。
https://youtu.be/9UOhoud85S8&t=866s
知りませんでした。これから使ってみます。

スライドでのプレゼンの心得について

プレゼンスライドの作り方についてのメモです。

講演スライドの構成は、朝ドラ方式でつくるのが初心者にはわかりやすいかもしれません。15分の朝ドラ(テーマ曲をのぞくと12分ちょっと)というのは学会での口頭発表の時間とほぼ同じです。学生さんも朝ドラが好きな人が多いので、学会発表の講演の構成を朝ドラのストーリー展開を参考に組み立てるとよいとアドバイスしたりしました。たった12・3分で結構たのしませてくれたり、はらはらドキドキさせてくれたりする朝ドラをお手本に、学会の口頭発表も聴いている人が聴いて良かったと思えるような構成にするのはそんなに難しくないわけです。

科学者が主人公の朝ドラが放送されるようです―牧野富太郎

朝ドラのテーマソングに相当するスライドは次の2枚です。
1)講演タイトルや学会名、開催日、所属、自分の名前などが入った口演の第一枚目のスライド。
2)第2枚目に置くことが多い謝辞のスライド:これは今回発表する仕事の共同研究者、お世話になった方々、研究資金の提供元などを列挙したスライドです。謝辞のスライドは末尾のほうに置く人も多いですが、講演に熱がはいってしまって時間オーバーになった時、さらっとしか見せられなくなるので私は最初のほうに置くようにしていました。初心者は謝辞を忘れることが結構あるので、その防止にもなります。

あとは朝ドラの本篇に相当する講演内容のスライドです。
どのように研究方法や研究成果、結論や今後の展望を語るかが腕のみせどころになります。私は以下のような点に気をつけてスライドを用意していました。

●見やすいスライドにすること。後ろの方からでも見えるようにフォントの大きさや種類を決めてスライドをつくる必要があります。昔、国際学会で日本の演者がスライドで発表していました。大きな会場の入り口で日本の偉い先生がたが二人、そのプレゼンをみて話しておられるのが聞こえました。当時は白黒のスライドかOHPのトラペレというものでプレゼンするのが普通でした、「あのスライドはなんですか。見にくいスライドですねぇ。字が薄くて何が書いてあるか読めませんねぇ。もうちょっと見えるように作れんものでしょうかなぁ」研究費の申請で不利になること請け合いのプレゼンとはこんなものかと、院生時代に実感した恐ろしい風景でした。

●スライドにやたらにアイドルだのピカチュウだのをいれて発表しないこと。たしかにピカチュウだとかR2D2だとか、スタートレックのエンタープライズ号とかをいれて講演すると受けることがあります(昔きいたヒトデの再生に関する講演。スライドにヒトデの形をしたエンタープライズ号が描かれ、下のほうにStarfish the next regenerationと書かれていました! ピカード船長の活躍するSFテレビドラマStartrek the next generationのもじりで、ものすごくうけていました)。そうした面白い発表を何回か聞いたことがあります。しかしこうした人目をひくスライドを使うべきかどうかは、オーディエンスを慎重に考慮してきめてください。これも私の経験なのですが、上に述べたような一般受けするスライドを入れて研究発表をした研究者が、そのプレゼンの態度を最後に酷評されて二度と研究会に呼んでもらえなくなったのを目にしたことがあります。研究会のオーディエンスをあらかじめ予想して、そのオーディエンスにあったスライドをつくらなくてはいけません。

●スライドの配色を統一しましょう。留学生の人にありがちな、カラフルすぎる極彩色のスライドは日本の研究者にはうけません。極彩色の色に気をとられて研究内容に集中できない人が多いので、配色には気を付けてください。

●発表では、研究の結論をはじめのほうに提示することも多いです。またはじめのほうで、この講演の流れをスライドでみせる場合もあります。こうした場合に注意するべきことは、講演の流れや結論をアニメーションで示さないことです。アニメーションでひとつずつ項目をみせていくと、全体を一目で把握することが困難になります。短時間みただけではついてこれない人がでます。どこでアニメーションを使うのが聴衆の理解に最適かどうか、全体を一度にみせておいてポインタで順に説明する方がいいのではないかをよく考えましょう。たいていはアニメーションをやめて、最初から一枚のスライド全体をみせるほうがいいと思います。

●図などを他人の資料から引用している場合は必ず出典を書きこんでおくことも忘れないようにしましょう。スライドにのせてある総説とかを後で読もうと思って、熱心にメモする人も多いです。講演でこの研究に興味を持った人が、文献を探せるように自分の論文や他人の論文、そして総説などのソースが書き込まれていると喜ばれます。PubMedとかで検索する人が多いので、筆頭著者名と雑誌、発行年が書いてあればよいでしょう。著者名と発行年だけでも捜せると思います。もちろん、学会のアブストラクトなどに文献をあらかじめ載せておくのもよい習慣です。

●最後のスライドは、質問の時間の間に出したままになる場合もあるので、そういう場合には講演の結論やこれからの展望、そしてメールアドレスなどを書き込んでおくとよいでしょう。またスライドの最後に、予想される質問回答用のスライドをあらかじめ数枚用意しておくのも役だちます。四年生が、そうした予想質問への回答用スライドがさっとでてきた大学院生の発表をみて、「かっこいい」と卒論発表で真似していました。

この講演をきいて良かったと一人でも多くの人に思ってもらえることを目指して発表しましょう。

武谷三男の本について

武谷三男は日本の湯川、朝永、坂田昌一らと同時代の素粒子論研究者です。
武谷は有名な「弁証法の諸問題」で大学生に人気のあった学者です。原子力問題にも詳しく許容量にもとづいて公害問題や原水爆実験を議論した「安全性の考え方」は面白い本だと思いました。個人送信資料で読めます。
https://dl.ndl.go.jp/pid/2514144

個人送信資料では著者 武谷三男で検索するといろんな本が読めますので興味のある人は探してみてください。物理学の歴史や、湯川や坂田との対談本などもあります。

その中に、量子力学の形成と論理 I 原子模型の形成
という日本語の本がありますが、https://dl.ndl.go.jp/pid/11292426
volume 1からvolume 3にわたる全三巻の英語版が刊行されていて Internet Archiveで借りることができます。
英語でよむほうがきれいな本が読めます。クオーク模型以前の物理学者がかいた量子力学の発展史ですので、面白いかもしれません。

https://archive.org/search?query=creator%3A%22Taketani%2C+Mitsuo%2C+1911-%22

ChatGPTによる英語学習用のプロンプト、英文校閲用のプロンプトなどなど。

今日も京都大学の柳瀬陽介先生のブログ記事を紹介しておきます。
柳瀬先生は、ChatGPTを使って英語学習をするためのChatGPT用のプロンプトを沢山作成しておられます。以前の記事で紹介してプロンプトへのリンクなども今回の記事にありますので是非つかってみてください。結構、丁寧で長いプロンプトをつくっておられます。

「2023/06/24
無料のGPT-3.5のChatGPTで大学入試レベルの英作文を自学自習するためのプロンプト
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/06/gpt-35chatgpt.html

これを参考に自分用のプロンプトを作成することも容易だと思います。是非、自分用のプロンプトを作って役立つときは公開してみてください。私も以前、科学論文校正用のプロンプトを記事にしていますのでご覧ください。

ChatGPTに論文の英文校閲をしてもらうための”良い”プロンプト(prompt)の作り方

ネット検索してみると、アカデミックライティング用のプロンプトを公開している方もいろいろみつかります。例えばトルコの方のこちらのサイトなども参考になります。

https://github.com/ahmetbersoz/chatgpt-prompts-for-academic-writing

量子生物学の解説ニュース記事と、Nature VideoのYouTubeチャンネルを紹介します。

Clarice D. Aielloさんは、このブログでたびたび紹介している量子生物学の研究者です。彼女がThe Conversationという政治問題から科学、医学、健康まで広い範囲の話題を扱っているニュースサイト
https://theconversation.com/global/
に簡単な量子生物学の紹介記事を書いていますので紹介しておきます。
Quantum physics proposes a new way to study biology – and the results could revolutionize our understanding of how life works
Published: May 15, 2023
https://theconversation.com/quantum-physics-proposes-a-new-way-to-study-biology-and-the-results-could-revolutionize-our-understanding-of-how-life-works-204995

記事内のリンクをクリックすると記事内の用語についての解説記事に飛ぶようになっています。動画へのリンクもあって、たとえばこんな動画が載っています。
How quantum mechanics help birds find their way
https://youtu.be/0SPD2r0xV8k

これは雑誌Natureの配信している動画です。他のビデオも以下のチャンネルからみると面白いです。https://www.youtube.com/@NatureVideoChannel/videos

Powers of Tenの動画、DNA研究の歴史の動画などを紹介します。

Royal Institutionのチャンネルをみていたら懐かしいビデオがリストされていました。
Powers of Ten これは有名なビデオです。本にもなっていますね。本は子供とよく一緒にみたものです。だいぶ昔の記事でも紹介したことがあります。今見ても面白いビデオです。科学はだいぶ進んでいて内容も一部は旧くなっていますけれど、今でも子供にも推薦できるビデオです。また以前紹介したこちらのサイトも面白いと思います。https://htwins.net/scale2/
https://youtu.be/0fKBhvDjuy0

もっと新しいバージョンはこちらがあります。
Scales of the Universe in Powers of Ten – Full HD 1080p
https://youtu.be/Hy8VtYYdI9g

今日みていたRoyal Institutionの動画はこちらです。
The hidden history of DNA – with Gareth Williams
https://youtu.be/_w2453iom9s

このビデオは2019年7月25日に行われた講演の録画だそうです。昨日公開されました。DNAの研究はワトソン、クリック、ウイルキンス、フランクリンだけで行われたものではありません。余り知られていないが研究の発展に大きく貢献した科学者たちを知り、研究の歴史を振り返ることができるよくまとまった講演です。これをみて興味をもったかたは2019年にでた彼の本「Unravelling the Double Helix: The Lost Heroes of DNA」を読むといいでしょう。こちらから購入できます。
https://geni.us/Ec34Agv
Kindle版は今471円です。

質疑応答はこちら。
https://youtu.be/XscH3mbyQU4

あと現在Amazonのプライム会員向けに、Kindle unlimited 3ヶ月無料キャンペーンというのをやっています(7月12日までの期間限定)。Kindle unlimitedも最近はずいぶん内容の改善がみられるので、まだ試したことのない人は、一度ためしてみるとよいと思います。一般会員向けのキャンペーンもあるようです。https://forest.watch.impress.co.jp/docs/bookwatch/sale/1510423.html

線虫が空を飛ぶという論文がでました!

線虫が空を飛ぶという論文がでています。
Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behaviorというタイトルで、有名誌のCurrent Biologyに出た論文です。
https://doi.org/10.1016/j.cub.2023.05.042
オープンアクセスの論文なので誰でも読めますのでご覧ください。

モデル生物として研究されている線虫C. elegansは、環境からストレスを受けたり、密集しすぎたり、餌がなくなるなど生育に不利な環境になると、成虫への発生の過程を変化させてL2幼虫にならずに、dauer(ダウアー)とよばれる特殊な状態になって耐え忍ぶようになります。dauer状態では餌もとらず、口も閉じてしまい、腸は電子密度の高い貯蔵顆粒でいっぱいになってしまいます。丁度動物の冬眠のような感じの状態ですね。ほとんど動かなくなりますが、動物や昆虫が近づいて振動などの刺激をうけると、飛びあがってその動物や昆虫にくっついてより良い環境を求めて旅するのです。ダウアーの状態の線虫がよりよい環境に移動できた場合には、発生を再開してL3という幼虫になって正常発生過程に復帰します。ダウアーなんてつまらないものを研究している人がいるんだなぁと思ってはいけません。なんとこのdauerの研究は長寿遺伝子の研究、生物の寿命決定のメカニズムの研究にブレイクスルーをもたらしたのです。そのうちにダウアーの研究をした線虫研究者にノーベル賞が授与されるのは確実だと思います。

ダウアー状態の線虫は尾を下にして立ち上がって、頭を上にした状態で、ときどき頭を揺らして昆虫などが近づくのを待っています。このように動いているダウアーの線虫をnictation状態にあると呼びます。このnictationに関わる神経はIL2ニューロンであることなどもわかっています。今回の論文は、nictation状態にあるダウアー状態の線虫C. elegansが、電場を利用して飛び上がって昆虫(セイヨウオオマルハナバチBumblebee Bombus terrestris―この虫は特定外来生物に指定されています。日本の在来のマルハナバチと競合します。なんと在来種の女王蜂を刺殺するそうです!)にくっつくことを発見したという驚きの報告です。なんと100匹のnictation状態にある線虫の集団も電場を利用して飛び上がるのだそうで、その動画も公開されています。実験室では線虫を寒天をひいたプラスチックシャーレで飼育するのですが、ある時、寒天の上にいたダウアー線虫が突然消えてしまって、探してみるとなんとシャーレの蓋のほうに全部ワープしたかのように移動していたのだそうです。この発見を追及して、今回の電場で線虫が虫にくっつくということを見つけたのだそうです。私達も似た現象を経験をしていたのですが、こんなメカニズムだったとはまるで気づけませんでした!

動画はこちらのtwitterでみられます。面白いです。感動しました。


下の写真は私が授業で使おうと思っていた鳥獣戯画の一場面です。鳥獣戯画にも線虫が描かれているというスライドで授業をはじめようと考えて作ったのですが、今回が本邦初公開です。みるからにダウアー風の線虫数匹の集団が、カエルの口の付近を飛行しているように見えませんか?


下のツイートでは、集団で飛ぶ線虫の動画がみられます。

英語の聞き取り力 向上用の動画

英語の聞き取り力 向上用の動画を紹介します。

映画やドラマの英語を聞き取れないことがよくあります。京都大学の柳瀬陽介 先生のブログサイトには、この聞き取り対策のために役立つ動画のリンクを集めてくださっている記事がありますので紹介します。
「2023/05/01 無料YouTube動画のElementalEnglishでアメリカ英語の発音を学ぶ 」
アメリカ英語ですが、イギリス英語の聞き取りにも同様に役立ちますので紹介されている動画を順にみてください。とても役立つと思います。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/05/youtubeelementalenglish.html
例えばこんな動画があります。
Connected Speech & Linking | English Pronunciation Lesson
https://youtu.be/gAHUTKm_1n0

ここで紹介されている程度のことは知っているという方には、柳瀬先生の別の記事が役立つと思います。こちらは映画のクリップを使って映画のセリフが聞き取れるようになるための解説をしてくれている動画のリンク集です。
「2023/06/13 映画で学ぶアメリカ英語の発音とリスニング (Rachel’s English) 」
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/06/rachels-english.html

たとえばこんな動画があります。Top Gunの映画を使って学ぶというレッスンです。
English Movie – How To Speak English Like an American With Top Gun
https://youtu.be/OhZ-YG7SYRI

Top Gun: MaverickはNetflixの配信で見ました。Netflixは英語字幕をだせるので英語の勉強には最適です。映画は面白かったです。Top Gunの第一作へのオマージュが満載ですが、最初の超音速飛行のシーンは、映画ライトスタッフでのチャック・イエーガーの新型超音速機のテスト飛行と墜落シーンへのオマージュでしょう。ストーリー展開からすると、米国版の水戸黄門映画だと思いました。

 

ChatGPTについての講演動画がいろいろでています‥‥

国立情報学研究所の「教育機関DXシンポ」シリーズはよい講演が満載の講演会です。以前も紹介したことがありますが、今日も二つほど最新の動画を2本紹介します。(過去の動画一覧はこちらからどうぞ。このサイトには動画へのリンクのほか、講演資料のダウンロードリンクもあって親切です。
https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/past.html

1)【第66回】 大学等におけるオンライン教育とデジタル変革に関するサイバーシンポジウム「教育機関DXシンポ」(6/9 オンライン開催)
https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/#edx66

「言語生成AIの仕組み -対話を可能にするための学習-」
鶴岡 慶雅 東京大学大学院情報理工学系研究科 教授
https://youtu.be/hMiL3E_C_oc

この動画の内容は、先生の書かれた概要を少し短く要約すると以下のようになります。「ChatGPTをはじめとする言語生成AIは大規模言語モデ ルとも呼ばれ、大量のテキストを用いて、言語モデル(次の単語を予測するモデル)として学習されていることはよく知られています。この大規模言語モデルを人間との対話ができるモデルにするためには、それだけでは不十分だそうです。この講演ではインストラクションチューニングや人間のフィードバックによる強化学習など、大規模言語モデルを人間との対話が可能なモデルとして構築するための技術について紹介する。」

2)【第65回】 大学等におけるオンライン教育とデジタル変革に関するサイバーシンポジウム「教育機関DXシンポ」(5/12 オンライン開催)
「大規模言語モデルの原理と可能性」(5/12 オンライン開催)
宮尾 祐介 東京大学大学院情報理工学系研究科 教授
 https://youtu.be/8-58PkqCek4

こちらは先生の書かれた概要をそのまま引用しておきます。
「ChatGPT に代表される大規模言語モデルを実現している理論・技術や応用について概説し、教育や社会に対する影響や可能性を議論します。理論・技術として言語モデルの基礎やTransformerなどの代表的なニューラルネットワークを解説し、機械翻訳や対話システム、その他最近の大規模言語モデルの応用技術について紹介します。また、現在の大規模言語モデルのしくみやその問題点について説明し、今後の言語モデルの発展の可能性や教育・社会に対する影響について議論します。」
どちらの動画もわかりやすく知らなかったことがいろいろ紹介されていて参考になりました。