柳瀬陽介先生の講演のスライドがダウンロードできます。動画もおって公開されるそうです。

台風が近づいているので、今日一日中風が強いです。明日は丸一日台風の強風域に入るとの予報で、福岡への再接近は夜になるらしいです。以前紹介した風を可視化してくれるサイトをみると、二つの台風ができているのがよくわかります。

https://earth.nullschool.net/jp/#current/wind/surface/level/orthographic=-218.57,24.59,1139

基調講演:柳瀬陽介氏

明日8月9日に、柳瀬陽介先生の基調講演があるのを先生のブログで知りました。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/08/let62ai.html

明日の講演で使うスライドを既にpdfで公開してくださっています。動画もおって公開されるとのことです。スライドを拝見すると、今回の御講演は、以前紹介した動画での先生の講演と相補うもののようです。前回の御講演動画はこちらで紹介しました。

ChatGPT時代の論文執筆のための英語教育はどうあるべきか?―この京大式英語教育の動画は必見です。

今回は英語教育に関する先生の考え方が学べる内容だと思います。もちろんChatGPTのプロンプトの作り方がのっているスライドもありますのでこちらだけご覧になっても良いと思います。

PyMOLでAlphaFold2 databaseのpdbファイルを一発で取り込んで表示するプラグインの紹介

PyMOLでは、PDBのサイトにあるタンパク質なら、登録番号をいれるだけで一発で立体構造を表示できます。
しかし、AlphaFold2で予測されたpdbファイルはPDB のサイトにはないので、AlphaFold Protein Structure Database ( DeepMind と EMBL-EBIが開発)https://alphafold.ebi.ac.uk/ のサイトから、表示したいタンパク質を探し出してpdbファイルをダウンロードして、PyMOLからそのファイルを選んで表示させる必要がありました。別の方法としては、UniProtのサイトhttps://www.uniprot.org/にもpdbファイルは登録されているので、そちらUniprotからpdbファイルをダウンロードしてそのファイルをPyMOLから選んで表示させるという方法も可能です。しかし どちらも面倒です。

実は、UniProtIDをいれるだけでAlphaFold Protein Structure Databaseから構造をPyMOLに取り込むプラグインがあります。
https://github.com/APAJanssen/Alphafold2import
このプラグインはpdb ファイルやmmCIF-formatのファイルに対応しており、かつ複数のタンパク質のUniProtIDをいれるだけで、全部一括でとりこむことも可能です。これをインストールしておけば、UniProtIDを入れるだけでAlphaFold2 databaseにある任意のタンパク質の立体構造を手軽に表示できて便利です。まだ使ったことがない方は、是非インストールして使ってみてください。

作者のGithubページにインストールの仕方が書いてあります。とても簡単です。私はUbuntu 22.04.3 LTSにインストールしたPyMOL にインストールしました。

1)まず、上のGithubのサイトを開き、右上の緑のCodeボタンを押して、出てくるプルダウンメニューの一番下にある、Download ZIPボタンを押してzipファイルをダウンロードしてください。
2)PyMOLを起動して、メニューバーにあるPluginをクリック、Plugin Managerをクリックしてください。
3)Install New Pluginをクリックして、開いたメニューにあるChoose fileボタンを押して、ダウンロードしたzipファイルを選びます。
4)pluginをインストールするディレクトリをきいてきますので、デフォルトのままにするか、あるいは自分のすきなディレクトリを指定します。
5)これで、PyMOLのplugin menuにImport Alphafold2 entry from EMBLが追加されているはずです。選んでクリックすると、Get Alphafold2 modelという画面が開きます。上のボックスにUniProt-identifierをいれて、下のバックスに必要なら分子名を入浴してLoad modelボタンをおすとすぐに構造が表示されますので試してみてください。上のボックスに複数のUniProtIDを入れると、一括して構造をとりこんで表示することもできます。
6)UniProtIDはAlphaFold2 databaseに書いてありますのですぐにわかります。いちいちUniProtデータベースで調べる必要はありません。
7)コマンドラインで複数の分子を一括して取り込むには、次の書式を使います。

fetchAF2 uniprot1 uniprot2 … uniprotN, name1 name2 … nameN

写真は、今朝散歩道でみつけた野生のユリです。

米国の原子爆弾による初の死者の噂と、オッペンハイマーについての本について。

78年前の今日、米国が広島に原子爆弾を投下して、多くの市民を虐殺しました。その米国では今年の7月21日に、映画「オッペンハイマー」が公開されて絶賛されているようです。
米国が人類初の原子爆弾実験に成功したのが1945年7月16日でした。
私が聞いた日本人研究者の話によると、この最初の原爆実験の際、主要な科学者は退避壕の中から爆発を観察していたのですが、若い研究者(多分大学院生といっていたと思います)は外で退避壕の上などに陣取って双眼鏡をもって、爆発を観察していたのだそうです。核爆発が終わったあと、退避壕からでてみると、外にいた彼らは爆風で吹き飛ばされて、皆いなくなっていたとのことです。ロスアラモスにいた研究者のラボに留学した日本人研究者が、ボスから聞いた話だそうで、本当だったら恐ろしいことです。

最近話題のオッペンハイマーについては、九州大学の教授、カナダのアルバータ大学の教授をしておられた計算科学のパイオニア、藤永茂先生の著書をおすすめします。

藤永茂 著『ロバート・オッペンハイマー 愚者としての科学者』(ちくま学芸文庫)という本で、筑摩書房から出ています。
https://www.chikumashobo.co.jp/product/9784480510716/
以下の内容紹介を読むと、引き込まれます。丁度Kindleで割引セールをやっていた(今日まで)ので先ほど購入しました。藤永先生のお兄さんは長崎で被爆されたそうです…。
https://www.webchikuma.jp/articles/-/2478
写真は夜明けの月が輝いている青空をバックに咲いている百合の写真です。毎年、広島、長崎の原爆忌のころに庭や山際に百合が咲きます。

pdb ファイルの立体構造表示を自分のホームページに埋め込む方法の例

昨日は人工雪の作成の時に使うバクテリアがもつ、雪の結晶形成促進作用があるタンパク質inaZの立体構造をweb pageに埋め込んでみました。
コードを書かかったので、今日はコードと、それをhtmlファイルに書き込んだ後の結果をならべてみることにします。

こちらは、3Dmolのホームページにリンクがあるembed (埋め込み)についてのページにのっているコードです。
http://3dmol.csb.pitt.edu/doc/tutorial-embeddable.html
これを自分のweb pageのhtmlに書き込むと、書きこんだページで立体表示をすることができます。このコードでは、data-pdb=’2POR’でPDBの2PORというエントリを読み込んでいます。この部分をdata-href=’https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v4.pdb’にすると、https://以下で指定したサイトにあるpdbファイルを読み込んで表示します。またdata-style=’stick’のstickをline, cross, stick, sphere, cartoonのどれかに変えると立体構造表示が指定した表示に変わります。コードは上が、2PORの表示。その次が、昨日表示したinaZの立体構造の表示です。inaZは横に長いので、800ピクセル四方に表示するようにしてあります。

2PORの表示コード:

<script src=”https://3Dmol.org/build/3Dmol-min.js”></script>
<script src=”https://3Dmol.org/build/3Dmol.ui-min.js”></script>

<div style=”height: 400px; width: 400px; position: relative;” class=’viewer_3Dmoljs’ data-pdb=’2POR’ data-backgroundcolor=’0xffffff’ data-style=’stick’ data-ui=’true’></div>

inaZのAlphaFold2データベースにある予測構造のpdbファイルを指定して表示するコード;

<script src=”https://3Dmol.org/build/3Dmol-min.js”></script>
<script src=”https://3Dmol.org/build/3Dmol.ui-min.js”></script>

<div style=”height: 800px; width: 800px; position: relative;” class=’viewer_3Dmoljs’ data-href=’https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v4.pdb’ data-backgroundcolor=’0xffffff’ data-style=’stick’ data-ui=’true’></div>


 


ブラウザで分子を立体表示する方法の紹介。

私のブログの様なweb pageで、分子の立体構造を表示して、マウスで動かしたりできるようにするにはどうしたらよいでしょうか。
昨日紹介した山本 典史先生がこちらのページで、そのやり方をわかりやすく書いてくださっています。

「ブラウザーで分子を立体表示する」https://yamnor.me/2022-03-14-2020/#03

先生の記事にある、3Dmol で、私が以前紹介した雪をつくるときに働くバクテリアのタンパク質inaZを立体表示したのが以下の図です。タンパク質の立体構造予測ツールのAlphaFold2のデータベースにのっている以下の予測結果を使いました。
https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v4.pdb
マウスでドラッグしたり、拡大縮小したりできるのを確認してください。

先生のページには他に、Molmilをつかって埋め込む方法も書かれています。Molmil は、分子を立体表示する WebGL (JavaScript) プログラムで Protein Data Bank Japan(PDBj) で開発されています。Molmilの使い方については以下の動画をみるとよいでしょう。

分子ビューアMolmilの使い方
https://youtu.be/aCWyTOmdO88

 

量子化学入門に最適の資料が公開されています―千葉工業大学の山本典史先生のサイトをご覧ください。

今日は九州大学化学科卒で、九州大学大学院で修士、博士の学位をとられた、山本典史(Yamamoto, Norifumi)先生のサイトを紹介します。現在、千葉工業大学 / 応用化学科 / [計算化学研究室 https://yamlab.net] / 教授の先生です。
コンピュータ化学を専門とされている先生で、https://scrapbox.io/yamnor/には、量子化学入門や密度汎関数法計算についての資料などがあって、とても参考になります。教科書や参考書があげてあるのはもちろん、具体的な計算プログラム、計算手法の実際などが入門者にやさしく、かつ本格的に書かれている資料です。量子化学に興味があるかたは是非ごらんになるとよいと思います。

先生の研究室のホームページhttps://yamlab.net/ にも「GAMESSではじめる量子化学計算」などのわかりやすい資料がありますので、是非ご覧ください。
https://yamlab.net/gamess-intro/
また先生のブログも役だちます。
https://yamnor.me/
先生のtwitterへのリンクを張っておきます。


nitterでtwitterを見る時はこちらからどうぞ。https://nitter.net/yamnor

アカデミックライティングにおけるChatGPTの活用法(文献紹介)という記事を紹介します。

本日のカレントアウエアネスポータル(国立国会図書館のポータルサイトです https://current.ndl.go.jp/)に
「アカデミックライティングにおけるChatGPTの活用法(文献紹介)」という記事がでました。
https://current.ndl.go.jp/car/186055

これはPerspectives on Medical Educationというオランダで発行されているオープンアクセスの雑誌の最新号にのった次の記事の紹介です。
Lingard L.   Writing with ChatGPT: An Illustration of its Capacity, Limitations & Implications for Academic Writers. Perspectives on Medical Education. 2023, 12(1),p. 261?270.
https://doi.org/10.5334/pme.1072

オープンアクセスなので、論文をダウンロードしてざっと論文を読んでみました。この論文にはChatGPTのプロンプトの使い方の例が詳細に書かれているので大変役立ちます。自分の目的に合致するChatGPTの応答を導くためには、どのようにChatGPTと対話をすすめていくとよいかが、例を挙げてあるのでとてもよくわかります。各自の目的に応じてプロンプトは自作するのがよいのですが、プロンプト自作の要点がよくわかる論文です。

論文にはChatGPTが、文献をでっちあげたりすることがよくあることも書かれていて、例も挙げてあって具体的によくわかります。

また論文執筆時のパラグラフを改良するにもChatGPTが使える例もあげてあります。left-branching sentencesとright-branching sentencesというのを知っていますか? 最初に例などをいろいろあげる文を並べた後に、結論の文が並んでいるのが、left-branching sentencesです。パラグラフの左の方に、ごちゃごちゃと枝葉末節みたいに文が並んでいることから、left-branching sentencesといいます。これとは逆に、結論の文が最初で。結論に関する説明やデータの文が後に並んでいるのを、right-branching sentencesというのです。left-branching sentencesは読者にわかりにくいので、ChatGPTに(プロンプトで)お願いして、right-branching sentencesに変えてもらう例が詳しくこの論文胃書いてあります。文法チェックや論文のスタイルの変更も、うまくプロンプトをつかいながらChatGPTにやらせることもできるのです。面白いことに、ChatGPTはleft-branching sentencesとright-branching sentencesの意味を逆に思い込んでいたようで、最初は真逆の説明をしていたそうです。著者がプロンプトで誤りを指摘すると、ChatGPTは謝ってきます。ChatGPTの誤りを訂正した後、スタイルの変更をさせる例が載っていて大変参考になります。ChatGPTと対話しながら、最適の応答をかえしてくるように導いていくテクニックがいろいろな例について詳細に書かれているので、これは必読の論文だと思います。

さらに、最後の方には、私達のように英語を母国語としない論文著者が英文を書くのに、ChatGPTはとても役立つとも書かれています。皆さんもこの論文などを読んで、ChatGPTを活用することで、成果や意見をどんどん発表していってください!

付記;この論文はThe Writer’s Craftというカテゴリーの記事です。トップページの検索窓にWriter’s Craftなどといれてこの雑誌の記事を検索してみてください。論文の書き方についての有用な記事や、レフリーのやり方、論文へのコメントの仕方など大変有用な発信法jに関する記事がヒットします。
今日検索したところでは、以下のようなタイトルの記事が読めるのがわかります。役立ちそうですね。興味のある記事から読んでみてください。The Writer’s Craftと検索窓にいれて、Theをつけて検索するともっとヒットしますが、あまり関係のなさそうな記事もヒットするようです。

When English clashes with other languages: Insights and cautions from the Writer’s Craft series

The story behind the synthesis: writing an effective introduction to your scoping review

Collaborative writing: Strategies and activities for writing productively together

Writing for the reader: Using reader expectation principles to maximize clarity

Developing and piloting a well-being program for hospital-based physicians

Pace, pause & silence: Creating emphasis & suspense in your writing

Don’t be reviewer 2! Reflections on writing effective peer review comments

The academic hedge Part I: Modal tuning in your research writing

Giving feedback on others’ writing

From semi-conscious to strategic paragraphing

Beyond the default colon: Effective use of quotes in qualitative research

Writing an effective literature review: Part I: Mapping the gap

Writing an effective literature review: Part II: Citation technique

Using rhetorical appeals to credibility, logic, and emotions to increase your persuasiveness

Expressive instructions: ethnographic insights into the creativity and improvisation entailed in teaching physical skills to medical students

Mastering the sentence

To fail is human: remediating remediation in medical education

Tuning your writing

Taking presentations seriously: Invoking narrative craft in academic talks

Get control of your commas

Does your discussion realize its potential?

Physicians’ professional performance: an occupational health psychology perspective

Academic promotion packages: crafting connotative frames

Bonfire red titles

The writer’s craft

Enlisting the power of the verb

The three ‘S’s of editing: story, structure, and style

The art of limitations

Avoiding prepositional pile-up

Joining a conversation: the problem/gap/hook heuristic

The power of parallel structure

Beyond feedback: 11 tips for coaching writing

Strategic Paragraphing 2.0: Techniques for Enhancing Inter-Paragraph Coherence

Metacommentary: Identifying and Mastering ‘Dear Reader’ Moments

The Art of Revising

Writing with ChatGPT: An illustration of its capacity, limitations & implications for academic writers

「シン・ウルトラマン、シン・仮面ライダーの裏話。物理学者はゼットン?」という動画が面白かったです。

毎日暑いですね!暑いからかどうかはわかりませんが、午後、PCが起動しなくなってあせりました。HDDドライブを認識しなくなったので、入っているHDDを一つずつ止めて起動するかどうか調べていきました。外したら起動するという悪いHDDを見つけたので、そのHDDを止めたまま起動させ、その後 悪いHDDを修復して無事もとどおり起動できるようになりました。時間が結構かかったので今日は映画の話です。

前にシン・ウルトラマンの話をしましたが、同じ監督さんで今度はシン・仮面ライダーという映画ができたのですね。Amazon Prime Videoに入ったので、さっそく見始めたのですが最初だけみて観るのを止めてしまいました。今日、この二作品について、科学監修をしているお二人がインタビューをうけるという動画が公開されました。お二人とも物理学者で、映画の科学監修というのをどのようにするのかが良くわかる面白い動画でした。シン仮面ライダーのほうはAIがでてくるのですね。時間ができたら見てみようと思います。朝ドラの「らんまん」の寿恵子役の浜野美波さんもでておられるようです。

シン・ウルトラマン、シン・仮面ライダーの裏話。物理学者はゼットン?【京大収録】#001-1
https://youtu.be/5DE1YZX_TdQ

最新の医学・生物・臨床系の文献検索サイトを網羅的に紹介している論文がでました。ChatGPT時代の無料文献検索サイト一覧ができる論文です。

ChatGPT時代の最新の医学生物学・臨床医学系の文献検索法のまとめ論文がでました。
プレプリントサーバーにでいている以下の論文がそれです。
PubMed and Beyond: Recent Advances and Best Practices in Biomedical Literature Search
https://arxiv.org/abs/2307.09683

36の公開ツールを使ってのベストな検索方法を紹介しています。PubMedPubMed Central, Europe PMCなどの よく知られているサイトから始まって、PubMed系列の各種データベースがまず紹介されています。その後、さまざまな検索場面に応じて使えるサイトが次々と紹介されているのは圧巻です。基本的に無料で利用できるツールを利用しているのですが、7日間のトライアル期間のみ無料で使えるというツールもまじっていました(Scite)。また、論文のTable 1のリンクには(まだ全部のリンクを確認したわけではないのですが)つながらないもの(BEST という韓国のサイト)や、リンクが誤っているもの(Sciteのリンクで正しくは、https://scite.ai/)もあるので注意してください。リンク名などでGoogle検索すれば、ただしサイトは簡単に探せます。

この論文は、文献検索の最新事情を知るには大変役立つものです。是非ダウンロードしていろいろなサイトを試して、どれが自分にあっているかを探ってみてください。サイトには大規模言語モデルを利用した検索サイトもリストされています。
このブログでも紹介したElicit https://elicit.org/や、Consensus https://consensus.app/、あるいは
医学系の検索用のstatpearls semantic search https://hippocratic-medical-questions.herokuapp.com/
(このサイトは接続がerrorになる時があります)がそれぞれ役立つと思います。

あと、この論文にはのっていませんが、以前このブログで紹介したTextpressoは線虫や酵母、シロイヌナズナ、コロナウイルス関係の文献検索(全文検索ができます)には最強です。まだ使ったことがないなら、是非こちらから利用してみてください。https://textpresso.org/
アルツハイマー関連の論文検索もできるはずなのですが、今はリンクが動いていませんでした。

「予測: 原理と実践 (第3版)」というRを使った社会人向けの予測の教科書が無料で日本語、英語で読めます。

「予測: 原理と実践 (第3版)」という教科書があります。Rob J Hyndman と George Athanasopoulos(オーストラリア モナシュ大学)による教科書で日本語版、英語版、ギリシャ語版、イタリア語版、中国語版、韓国語版が無料公開されています。
オンラインの英語版はこちらから読めます。https://otexts.com/fpp3/
日本語版はこちらから読めます。
https://otexts.com/fppjp/
まず日本語版でどんな本なのか、読んでみてください。以下のクレジットによると英語版は昨日改訂されたようです。中国語版と韓国語版は第2版、日本語版やギリシャ語版、イタリア語版は第3版の翻訳です。

Hyndman, R.J., & Athanasopoulos, G. (2021) Forecasting: principles and practice, 3rd edition, OTexts: Melbourne, Australia. OTexts.com/fpp3. Accessed on <July 30, 2023>. This online version of the book was last updated on 29 July 2023.
The print version of the book (available from Amazon) was last updated on 31 May 2021.
著者による本の紹介はこちらです、https://youtu.be/7TglVxNgbKQ

この本は、会社経営や経済分野、社会分野での予測を中心にすえて、R言語を用いて予測を行う原理とやり方を解説している、無料公開されている教科書です。ほとんど数学の予備知識なしで読める教科書で、英語版のほうは章のはじめにYouTubeビデオが見られるようになっています。たとえば第一章の付属ビデオはこちらからみられます。https://youtu.be/zvd9oboayEc

こちらが再生リストです。
https://youtube.com/playlist?list=PLyCNZ_xXGzpm7W9jLqbIyBAiSO5jDwJeE

日本語版ですが、翻訳は塩田光男さんが行い、井上智夫教授(成蹊大学)がチェックされたとのことです。塩田光男さんは日立総合計画研究所の元チーフエコノミストで、東京大学法学部卒(1983年)、ニューヨーク大学MBA(経済学専攻、1991年)。現在は引退したエコノミストとして御自身のサイト(英文)に時々ブログ
https://mitsuoxv.rbind.io/
を書いておられる他、twitterも活発に利用されています。
https://nitter.net/mitsuoxv
コロナの感染状況の解析結果も公開されています。
https://mitsuoxv.shinyapps.io/covid/