野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
Zennというサイトhttps://zenn.dev/aboutにでていた記事を二本紹介します。
2022年末、Rでcsvを読む
https://zenn.dev/eitsupi/articles/r-read-csv-2022
巨大なファイルをRに読み込む時の様々な方法のレビューです。
生命科学系でも巨大csvファイルを読み込むことが多いので参考になります。
こちらはLatexとVSCode、Zotero、BibTexによる論文執筆法の紹介記事です。
VSCode + Zotero + BibTeXによる論文執筆ワークフロー
https://zenn.dev/nicetak/articles/zotero-tex-bibtex
私は文献管理に Zoteroを使っています。Latexで論文を書く方法についての紹介記事で、Windows、」Mac、Linuxを問わず使える方法が紹介されています。
昨日は国立国会図書館のサイトのリニューアルを紹介しました。今日、私がよくみる国立国会図書館のサイトCurrent Awareness Portal （https://current.ndl.go.jp/）で、来年1月18日から、個人送信資料で印刷機能が使えるようになるとのお知らせをみました。
国立国会図書館、「個人向けデジタル化資料送信サービス」に1月18日から印刷機能を追加予定
いままでは印刷ボタンがなくて印刷して保存することができなかったのです。できるようになると、調べ物をしたときの記録もとりやすくなって、ますます便利で手放せない情報ツールになりますね。国立国会図書館にまだ利用申請登録をしていない方は是非登録して活用してみてください。
あと今日知ったのですが、Amazon のKindle unlimitedが2か月間99円で利用できるキャンペーンをやっています。まだ使ったことがない方は試してみるとよいと思います。
https://forest.watch.impress.co.jp/category/book/
福岡はクリスマスイブ、クリスマスは極寒でした。24日の朝には自宅の屋根の波板にバネのようなつららが下がっていました。もうすこし伸びると本当のバネのようになるつららです。11年ほど前の記事に本当にバネのようになった写真がありました。ひさしぶりのバネ型つららです。春を呼ぶつららですね。
https://glycostationx.org/2011/01/10/217/
昨日、今日は快晴。お昼間はあたたかくて今日は日向では20度近くまで温度が上がっていました。
国立国会図書館デジタルコレクションが改訂されています。
私は時々、個人送信資料を利用します。最近、デジタルコレクションのトップページ以下の大改訂が行われて大変みやすく探しやすくなりました。
https://dl.ndl.go.jp/
所蔵資料の全文検索、画像を利用した検索などいろいろな新機能が満載です。また本を読むときもページのめくり方を、左から右、右から左のどちらかを選べるようになっています。詳細検索を選択して、検索範囲を”送信サービスで閲覧可能”だけにチェックをいれて、検索窓のタイトルの部分に「現象の数学」というキーワードを入れて検索してみてください。
表示された検索結果を図書にチェックを入れて絞り込みます。これで図書だけが表示されます。1969-1969年に出版されたシリーズ「現象の数学」の第１巻から４巻までが表示されます。この本は、科学技術者向けに、「使える」数学を解説するスタンスの物理数学の教科書シリーズです。微分・積分、無限級数、ベクトル、常微分方程式、ベクトル解析、偏微分方程式や差分方程式などがわかりやすく解説されています。ちょっとのぞいてみて気に入ったところを読んでみると役立ちます。次のリンクをくりっくすると、個人送信資料がよめる人（ログイン名とパスワードをいれて、ログインしている人）は「現象の数学3」が開きます。個人送信資料が読めるようにするのはオンラインで手続き可能（昔の本ブログの記事参照）ですので、是非登録してみてください。
https://dl.ndl.go.jp/pid/2519856
物理関係のプレプリントサーバーにhttps://arxiv.orgがあります。コーネル大学が運営している老舗のプレプリントサーバーで、最新の論文の他、物理教育に役立つ本などもアップロードされていて初心者にも役立つことも多いサイトです。
ただダウンロードするとき保存するときに名前を変更しない限り、登録IDが入ったファイル名で保存されてしますので、後で本や論文を探す時にめちゃくちゃ不便です。例えば、arxiv.orgで必要な文献を見つけてダウンロードボタンを押して保存されるファイル名は、こんな感じになります。2111.15352.pdfとか1403.7050.pdfとかいうファイル名をみても、何の本か全くわかりません。この仕様は文献がたまってくると極めて不便なのです。この不便さを解消するために作られた、自動で論文の名前を参照して保存ファイル名をつけてくれるブラウザのプラグイン arxiv-utils がありました。こちらからお使いのブラウザに応じたバージョンをインストールして使ってみてください。
https://github.com/j3soon/arxiv-utils
このプラグインをFirefoxやChrome, Microsoft Edgeなどにいれておくと、文献をブラウザで表示させた時に、右上のDownloadのコーナーに、Direct Downloadというボタンが新たに表示されます。Chromeでためしてみると、そのボタンをおすと、適切な名前が自動でつけられて保存が始まるので、先ほどのわけのわからない管理番号ではなく、それぞれUnderstanding Quantum Technologies 2022, Olivier Ezratty et al., 2021.pdfと
Using Mathematica for Quantum Mechanics A Student’s Manual, Roman Schmied et al., 2014.pdf
という名前で保存されます。Firefoxの場合は、Direct Downloadを右クリックして、名前をつけてリンク先を保存をクリックして保存する必要があるかもしれません。ファイル名がちゃんと入った形で保存ダイアログがでますのでクリックして保存するだけで簡単です。
BioRχivにも対応していたらいいのですが、今のところ対応していないようです。残念。
今日はクリスマス・イブです。福岡で雪が積もっているクリスマスをむかえるの珍しいです。雪がちらついているクリスマスイブの夜に講義をしていた覚えはあります‥‥。大学の冬休みがもうすこしはやかったらいいのにねと、学生と話していました。昨日から雪が降っていたので、今朝は近所のお母さんと娘さんが、積もった雪で小さな雪だるまをつくっておられました。サンタさんの村のYouTube中継もあるんですね。沢山の人が訪れているのがみられます。Live at Santa Claus Villageというサイトです。
https://youtu.be/Cp4RRAEgpeU
フィンランドのラップランドからの生中継です。思わず手を振りたくなります。
さて今日は日本語の科学関係の動画の紹介です。「山下雄史のYouTube研究室」というサイトです。これは東京大学先端科学技術研究センターの山下先生がわかりやすく科学の基礎を解説してくださっている動画サイトです。最新のクリックケミストリーに関するノーベル化学賞の解説や、量子化学の解説、科学哲学や高校数学や高校物理の動画、数学や機械学習の解説、メッセンジャーRNAワクチンの解説やPythonライブラリの解説まであります。昨日紹介したBioNumPyのもとになったNumPyの解説などもありますよ。
https://www.youtube.com/@user-hl6uu8og9g/playlists
https://youtu.be/P1Pc-zmBPDc
また先生は「生体分子の統計力学入門」(Daniel M. Zuckerman著、藤崎弘士・藤崎百合訳、共立出版）という教科書を元にした講義シリーズも公開されているのでご覧ください。https://youtu.be/_DqduSCAqVk
BioNumPyについて。
先日参加した先進ゲノム支援開催の 2022年度 PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会 でPython よりRを使うほうがバイオインフォマティクスのビッグデータの読み込みと整形（データの前処理）が楽だと言う話を聞きました。NumPyとPandasなどを使ってPythonでシークエンサのデータを読み込んだりする時、バイオインフォマティクスで扱う配列データなどは長さがまちまちであるため、Pythonだけでデータの前処理をする場合は工夫がいることが多いようです。それでRで解析するほうが便利ということになるのですが、先ごろNumPyの上に構築されたバイオインフォマティクス用のライブラリBioNumPyが公開されました。論文はこちらです。PythonのパッケージマネージャーのPipでインストールすることができます。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2022.12.21.521373v1
論文には簡単な利用ものっていますし、ベンチマークものっているので読んでみてください。
さらに豊富な学習資料も用意されており、こちらからインストール法、利用法、利用例などをみることができます。https://github.com/bionumpy
使い方はこちらが詳しいです。
https://bionumpy.github.io/bionumpy/
またノルウェーで今年開催されたBioNumPyのワークショップの資料（Jupyter notebook,)もこちらからダウンロードできます。NumPyの使い方からはじまるので、わかりやすいと思います。BioNumPyはNumpyをもとに構築されたライブラリですのでNumPyを知っているとすぐ使えます。
https://github.com/bionumpy/bionumpy-workshop
なお、上のgithubにのっている「最新のマニュアルはこちら」というリンクは、現在リンク切れのようでした。
今夜の福岡はこの冬一番の冷え込みになってきています。お昼はとても良い天気で暖かく、庭の手入れとかもできたのですが、午後になると雪がちらつきはじめ、寒風が吹きこんできました。明日は雪がつもるかもしれません。今回はブログのトラブルであわてましたが、無事。誤動作は解消したので症状やトラブル解消法についてメモしておきます。
このブログは WordPressで作成、公開しています。
今回のトラブルの原因はWordPressが自動的につくってくれるリビジョン履歴のたまりすぎでした。今年は毎日記事を投稿しているため、固定ページのリビジョン履歴だけで450もありました。リビジョンは記事を書いているとき修正して保存するたびに作られて、問題がおこった時に、修正前の記事に戻れる機能です。何回も修正した場合でも、任意の修正段階の記事に戻ることができます。とても便利な機能ですが、これがたまりすぎると誤動作が起こるようです。誤動作を解消するため、以前同様のエラーがでたとき解消できたサイトのバックアップからの復元機能をためしました。このブログを設置しているレンタルサーバーである、エックスサーバーのバックアップからの回復機能（14日前までのバックアップによる回復は無料です）を利用しました。14日前までの任意の日のサイトのバックアップを使って、サイトを復元できる機能です。MySQL データベースとWordPress本体両方のバックアップの復元が可能です。バックアップからの復元には十数分から数時間かかるのが普通ですが、今回は復元して固定ページで記事を投稿しようとすると、また同じエラーがでてしまいました。結局エラーの原因はWordPressが自動で作ってくれるリビジョンのたまりすぎによるものでした（詳しくは下のほうをご覧ください。）リビジョン管理のできるプラグインを導入して、リジョンの保存期間を過去7日間分だけ残すようにして、あとは削除すると誤動作がうそのようになくりました。リビジョンをつかった復元やリビジョンの編集も可能になりました。今回たまっていたリビジョン履歴は2メガバイト程度だったのですが、それを削除するだけで、正常に戻りました。今回、リビジョンの削除に使ったのは以下のプラグインです。
https://ja.wordpress.org/plugins/rvg-optimize-database/
英語のページはこちらです。
http://cagewebdev.com/optimize-database-after-deleting-revisions-wordpress-plugin/
WP-Sweepというプラグインもありますが、私の使ったプラグインは固定ページのリビジョンだけの削除とか、ホームの投稿のリビジョンだけの削除とかが選べるので便利です。ただWordPressの6.0.3までの対応なので、最新版のWordPressで利用できるようになるにはしばらくかかるかもしれません。私は6.0.3だったので使えました。
以下は同じような症状でネット検索でこちらの記事にたどりつかれた方と自分用のメモです。
今回経験した誤動作の症状と解決までの顛末は以下のとおりです。
固定ページの記事を書いていて、書き終わって記事の変更を保存しました。すると編集画面が真っ白になり、書いた記事がみえなくなって、ところどころ赤い‥‥が見えるだけになりました。そこで以前の記事に戻そうと、WordPressの機能であるリビジョン表示機能を使おうとしました。リビジョン表示をさせてテキスト表示でみると、左側に今まで編集していた固定ページのhtmlが見え（削除と一番上に書かれていました）、右にも一つ前の編集内容のhtmlが表視されていました。残念なことにリビジョンの復元ボタンはどうしてもアクティブになりません。左の（削除）とある部分だけhtmlをコピーして復元しようと思ったのですが、左右両方のhtmlが選択されてしまって、うまくいきません。ではもう一回前の編集画面から記事を復元しようと、リビジョンボタンで戻ろうとしました。すると編集画面が左右の画面両方とも真っ白になり、こんどは左も右もhtmlの内容が空でした。おまけに画面の右下に縦長に、「WordPressは致命的なエラーをおこしました、管理者あてのメールを参照して対処してください」‥‥などというメッセージが表示されました。もちろんメールなどは送られてきません。しかたなく、WordPressをおいているレンタルサーバーの無料バックアップからサイトを丸ごと回復させました（MySQLデータベースもバックアップからエラー以前のものにもどします）。。これで固定ページもホームもエラーば起きる前の内容にもどりました。以前同様のエラーがおこったときはこれで完全に回復しました。しかし、固定ページの回復作業中にまたもや同じエラーがおました。リビジョンのエラーなどのキーワードでGoogle検索していると、症状は違いますがリビジョンを削除すると、エラーがなくなったというページを見つけました。
https://paso-jiyu.com/wordpress-fatal-error-when-publish-an-article/
その記事を参照してWordPressのリビジョンの削除を行うと、
https://paso-jiyu.com/revision-delete-oddr/
エラーは消えて、固定ページの真っ白な編集画面ももとにもどりました。
リビジョンの削除に使ったのは以下のプラグインです。
https://ja.wordpress.org/plugins/rvg-optimize-database/
英語のページはこちらです。
http://cagewebdev.com/optimize-database-after-deleting-revisions-wordpress-plugin/
WP-Sweepというプラグインもありますが、私の使ったプラグインは固定ページのリビジョンだけとか、ホームの投稿のリビジョンだけとか選べるので便利です。ただWordPressの6.0．3まで対応なので、最新版に利用できるようになるにはしばらくかかるかもしれません。私は6.0.3だったので使えました。
日本生化学会の本年度2022年大会の特別講演の動画が三本公開されました。
https://vimeo.com/channels/jbsoc
例によってすべてVimeoのサイトで公開されています。
最後のはノーベル化学賞を受賞されたCarolyn R. Bertozzi さんの特別講演の動画です。今年のノーベル化学賞は、糖鎖生物学の研究者のベルトジさんが受賞して大興奮でした。日本生化学会も受賞の知らせのずっと前に特別講演を依頼していました。残念ながら来日はかなわず、遠隔でのビデオ講演でしたが、是非ご覧ください。
https://vimeo.com/782737103
https://vimeo.com/782740644
https://vimeo.com/782745270
これらの動画は作成者の意向によりブログに埋め込めないのでリンクだけあげておきます。
また彼女のノーベル賞講演はこちらからみられます。https://youtu.be/WyGoeQEHBEk
その他の彼女の講演は以前の記事にまとめてありますので、まだの方はご覧ください。
https://glycostationx.org/2022/10/05/%e7%b3%96%e9%8e%96%e7%94%9f%e7%89%a9%e5%ad%a6%e3%81%ae-carolyn-bertozzi%e3%81%95%e3%82%93%e3%81%ab%e3%83%8e%e3%83%bc%e3%83%99%e3%83%ab%e5%8c%96%e5%ad%a6%e8%b3%9e%ef%bc%81/
一昨日の夜、固定ページの編集中に記事が文字化けして復旧できなくなりました。ブログをおいているサーバー会社では14日間はブログデータを無料で復旧できるので、その復元サービスで不具合がおこる直残の日までデータを戻して復旧作業を行いました。普通は復旧には長くて数時間かかるだけなのですが、今回は会社側のサーバー障害があったためか、復元に1日半ほどかかってしまいました。でもとりあえず復旧して固定ページもみえるようになりました。多分固定ページの長さが長すぎることによる異常だと思いますので、長すぎないように分割して掲載することにします。今のところ、このブログは今年はじめから毎日更新しているので、来年からは固定ページの毎日更新をやめることにして、ホームの記事だけを毎日更新にする予定です。
今日は、以前の記事
https://glycostationx.org/2022/12/04/5108/
の続きです。中平先生の本のサポートサイトに新しい記事が追加されました。
https://sites.google.com/view/nakahira/%E5%9B%B3%E5%BC%8F
先生のtwitterによると、
「拙著『図式と操作的確率論による量子論』の初学者向け資料を作成しました（72ページ）。主に本書の第5章～第7章の内容をわかりやすくていねいに説明しています。本書を読んで難しいと感じた方は，ぜひお読みください！」ということだそうです。
さっそく読んでみたいと思います。こちらのサポートページから無料で資料をダウンロードできます。
https://sites.google.com/view/nakahira/%E5%9B%B3%E5%BC%8F#h.ql5oya340rxq
私が大学院生のころ、新聞でクローン人間が誕生したという本が刊行されたと、大々的に報道されて、大騒ぎになったことがあります。In His Image―The Cloning of a Manという本で、著名な科学ジャーナリストのDavid M. Rorvikの書いた本です。本のカバーによると、
”1973年の9月、科学ジャーナリストのDavid M. Rorvikのところに電話がかかってきました。クローン人間をつくるのでその記録をとってほしいというような内容の億万長者からの電話だったそうです。”
この本は。その顛末を記録した本というふれこみで出版されました。この本によるとクローン人間をつくるという試みは成功し、その子は元気に育っているとあります。Internet Archiveでさがしてみるとこの本が貸出で読めることがわかりました。
https://archive.org/details/inhisimageclonin0000rorv_z1v4
借りて文献をご覧になるとわかりますが、著者はGurdonさんのクローニングの成功や、Mintzのクローニングの業績などもよく調べていて、その当時の知識からするとこの本で述べている方法で、ヒトのクローニングができるのではないかと思わせる内容でした。当時この本を読んで、クローン人間が本当にできている可能性が高いと話していた発生生物学の先生もおられました。クローン人間は本当に誕生したのでしょうか？
可能性について考えてみたいと思います。今日は、ブログサイトの復元がまだ終わらないのでここまでで記事を終えます。