ミースフェルド生化学の第二版(英語版)を買ってみました。

今年の3月の記事(本記事の末尾参照)で、生化学入門におすすめの教科書として、ミースフェルド生化学(東京化学同人)を紹介しました。生化学を学び始めた方には日本語版をおすすめします。日本生化学会の推薦教科書です。これは初版の日本語版ですが、2021 年に第二版がでています。Amazonでこの第二版の中古本が安かったので購入し、一昨日 本が自宅にとどきました。International Student Editionという米国内とカナダでは販売できないタイプの版本でした。税込8000円ちょっとの値段がついていたので、即ショッピングカートにいれて購入しました。未読本と書かれていたのですがたしかに届いたものは未読本でした。ebookがついているのかと思いましたが、表紙の裏にスクラッチがついていて、それを削るとネットでの登録コードがあらわれてそれで出版社のサイトで登録すると、オンライン版のBiochemistryが読めるようになっていました。オンライン版は紙の本よりきれいで見やすいので良いと思いました。ただオンラインで読んでいるときにLife Science Dictionaryはひけませんでした。また単語を選択して訳がポップアップするFirePOP!も動きません。コピー回数を計測するような仕組みになっているようで、日本人がオンライン辞書を引きながら読むのには向いていないようです。Kindle版もないようですのでちょっと残念です。なおPDICは動くのでコピーすると訳がポップアップするのは確認できました。

本の内容は、生化学入門に最適の読みやすいいい本です。初版以降の生化学の発展ももりこまれて、さらに動画やPDBのデータなども活用して生化学が学べるようになっています。また生化学の反応機構についても増補されているようです。英語自体はやさしいし、興味深いエピソードをまじえながら、読んでいける本になっていますので、学部生や修士の人は、この英語の第二版にチャレンジしてみるのもよいと思います。おすすめの本です。

これは余談ですが、アマゾンの中古本は、一度アクセスして値段を確かめた後、しばらくしてそれを買うことにきめて再アクセスすると値段が数時間前にアクセスした時よりつりあがっていることがよくあります。それも各出品者一斉にあがっているのです。以前Molecular Principles of Animal Developmentという授業でよく使っていた教科書を再度購入しようとしたとき、このような体験をしました。結局 再度購入はやめて、Internet Archiveで読んでいます。Amazonで中古本を購入するときには、値段をメモしておくこと、これは買おうかなとまよっているときにはショッピングカートにいれておくことをお勧めします。ショッピングカートにいれた本も値段がつりあがるのでしょうか。その辺のところも気を付けておきたいものです。

(以下は2022/3/21の記事の再録です。)
今日は生化学のおすすめ教科書を紹介します。翻訳書で「ミースフェルド生化学」(東京化学同人)という本です。日本生化学会のおすすめ教科書です。はじめて生化学をしっかり学ぼうと考えている人のために、翻訳者の先生たちが、訳語と英語をともに掲載するようにするなどいろいろ工夫も凝らされていて、この本を一冊読めば原著論文も読めるようになるすぐれた教科書です。出版社のサイトで立ち読みもできますし、推薦の書評も掲載されているのでご覧ください。2017年発行の教科書の翻訳ですが、まず慣れ親しんだ日本語で生化学を学べる上に、生化学の専門語を英語も一緒に学べるので、生化学を初めて学ぶ人にしっかりとした基盤をこしらえることができる教科書です。勉強の仕方としては、まず日本語版を読むのを強くすすめます。原著の第二版(2021年発行の英語版)はまだペパーバック版がでておらず高いのでおすすめしません。まずこの日本語版を読み終えてから、今後発行される第二版のペーパーバック版を読めば、自分の英語読解力が驚くほど進歩しているのを実感できると思います。

WordPress 6.1に更新したときの不具合の対処法とチームリーダー科学者のための本の紹介です

昨日、ホームに記事を投稿してから固定ページを開こうとすると編集ボタンをおしても記事がでてこなくなっているのに気づきました。編集画面は開いているのですが、画面の右側に、「サイトで重大なエラーが発生しました。対応手順についてはサイト管理者のメールボックスを確認してください。」と表示されています。昨日、記事を投稿する前にWordPressの更新を行って、version をあげて、WordPress 6.1にしたのが原因だと思いました。私のメールボックスには何もメールがきていません。対策をネットでちょっと調べて昨夜は寝ました。

今日午前中、昨夜調べた方法で無事、不具合を解消できたのでやり方をメモしておきます。要は、レンタルサーバーの自動バックアップ機能を利用して、不具合が出る前のWordPressの状態にバックアップデータから復元するという方法です。

私のWordPressのサイトをおいているレンタルサーバー(Xserverを使っています)のサーバパネルにログインして、サーバー管理画面から、バックアップのページを開きました。次に「自動バックアップデータからの復元」にチェックを入れます。さらにバックアップに使う保存データの日付(11月1日)をプルダウンメニューから選び、復元方法は「対象を指定して復元」を選びます。さらに対象ドメインからglycostationx.orgを選びました。そしてglycostationx.orgのWeb領域、Web用設定ファイル、メール領域のすべてにチェックを入れました。以上の設定でOKかどうか、もう一度確認してOKだったので、復元開始しました。Xserverでは14日前までのサイトのバックアップは無料で復元に利用できるので、こういうサイトの不具合がでたときには大変便利です。復元の時間は2時間12分もかかりましたが無事、正常に復元に成功してWordPress本体が11月1日の状態(前のバージョンのWordPress)にもどり、不具合も解消できました。これで解消できない場合はMySQLの復元をする予定でしたが、必要はなかったです。Xserverの管理画面はとても使いやすく、ヘルプもわかりやすいのでバックアップからの復元は簡単にできました。

今日は一つオープンアクセス本を紹介してこの記事を終わります。
Cambridge Coreでは続々とOpen Access本を提供しはじめています。
https://current.ndl.go.jp/node/47097
その中の一冊です。他にも探すと量子重力の本などいろいろ見つかります。
Leading Your Research Team in Science (Cambridge University Press)
https://www.cambridge.org/core/books/leading-your-research-team-in-science/A3AE4F688A6CBD0155625BEBA3DBF228
研究リーダーがどうやって研究メンバーをリクルートするか、その研究室を効率的にひきいていく方法、サポートスタッフとの関係、研究資金をいかに獲得するか、研究成果を公表する最も効果的な方法とは、などなど、さまざまなtipsが満載の本です。現在のチームリーダーやこれからチームリーダーになろうと考えている若い人達におすすめの一冊だそうです。

目次はこちらにあります。
https://www.cambridge.org/core/books/leading-your-research-team-in-science/contents/109D4AAAE3BEDF69F0D82D3E06D807FF

日本語のAlphaFold2の総説を紹介します。

昨日は英語のAlphaFold2の講演動画などを紹介しました。日本語の総説ですが、東京大学の森脇 由隆先生が書かれたオープンアクセスの総説がおすすめです。
「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」
JSBi Bioinformatics Review 2022 年 3 巻 2 号 p. 47-60
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/3/2/3_jsbibr.2022.3/_article/-char/ja
この総説誌にはいろいろ参考になる総説が満載です。是非他の総説やバックナンバーもご覧ください。

https://www.jstage.jst.go.jp/browse/jsbibr/list/-char/ja

福岡は毎日快晴です。朝夕は寒い日もあってストーブを燃やすこともあるのですが、日中は暑い日もあって、なんと今日は夏日でした。写真は台風のときに雨宿りしていたカマキリです。寒くなった今はもういなくなってしまいました。卵を産んでいたようなのでまた来年、子供が庭に現れるでしょう。季節の移り変わりを感じます。

MRC LMBで開催されたシンポジュウムの動画にAlphaFoldやDe Novo Protein Design開発者による講演があります!

英国MRC分子生物学研究所(MRC LMB)で開催されたNext Generation Biophysics Symposium 2022というシンポジュウムの動画がYouTubeのMRC LMBチャンネル
https://www.youtube.com/user/LMBCambridgeで公開されています。
プログラムはこちら。
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/sites/nextgen/programme/
動画がない講演も少しありますが、11の動画がアップロードされています。どれも面白そうです。興味のあるものをご覧ください。

AlphaFold2の講演もあります。John Jumper, DeepMind, London, UK:
AlphaFold and its implications for understanding biology
alphafold2 の論文https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2
のlead author ,(筆頭著者)による講演です。
https://youtu.be/uejO0Af3eQc

Scientific AmericanのサイトにちょうどOne of the Biggest Problems in Biology Has Finally Been Solved―Google DeepMind CEO Demis Hassabis explains how its AlphaFold AI program predicted the 3-D structure of every known protein
というAlphaFoldのプロジェクトリーダーDemis Hassabisへのインタビュー記事がでていたところです。こちらもご覧ください。
https://www.scientificamerican.com/article/one-of-the-biggest-problems-in-biology-has-finally-been-solved/

このシンポジュウムの最後を飾るのKey Note Lectureは
NGBS2022 Talk 11: Protein design using deep learning – David Baker University of Washington, USAというもので、
https://youtu.be/autrSHqzcH4

物理的モデルに基づくタンパク質構造解析ソフトウエア suiteのRosetta
https://www.rosettacommons.org/softwareと深層学習を用いて、全く新しい機能蛋白質を任意に設計できる(De Novo Protein Design)という講演です。SARS-Co-V2のレセプター結合部位に対する抗体の設計とか抗癌効果のある抗体の設計の話からはじまります。光合成に関係するタンパク質とか、科学がここまで発展してきたのかという感慨を生み出す講演です。

マイケル・ファラデーの超常現象実験

今日はハロウイーンですね。昨日の韓国での事故で亡くなられた方々と御遺族の皆様に心からお悔やみを申し上げます。また怪我をおわれた方々の一日も早い、御回復をお祈り申し上げます。
今日の動画はRoyal Institutionのハロウイーン動画です。マイケル・ファラディーの超常現象実験の再現動画です。
Michael Faraday’s supernatural experiment
https://youtu.be/lvB9hZf0hRU

ファラデーの生きたビクトリア朝時代、霊との交流会など超常現象がものすごく流行っていました。その中でも有名なのはTable turnです。Table movingともいわれるこの現象は、テーブルを何人かでかこんでテーブル上に各人の手をのせて手を動かさず、そのままじっとまっていると、霊がやってきてテーブルが霊におされて動き出すというものです。やってみると誰も意識的にテーブルを動かしていないのに自然にテーブルがまわりだすそうです。この現象をファラデーは実験的に研究して、論文にしています。今回の動画はファラディーがどのようにこの現象を解明したかをみせてくれます。各人の手が無意識にテーブルを押しているのか、あるいは霊がテーブルをおしているのかをそれぞれの人が区別できる仕掛けをつくってそれを使ってやってみると、テーブルは全く動かなくなりました。動画では実際のtable movingをやっている様子がでてきて面白い動画になっています。ファラデーの論文は以下のものです。有料ですが大学などから無料で読める方はダウンロードしてみてください。

Experimental investigation of table-moving,
Journal of the Franklin Institute,
Volume 56, Issue 5,1853,
Pages 328-333, ISSN 0016-0032,
https://doi.org/10.1016/S0016-0032(38)92173-8.
(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016003238921738)

私の使っている辞書引きソフトを紹介します。

今日は私の使っている辞書ソフトの紹介をしておきます。Windows PCでは
辞書ソフトはシェアウエアのPDICを使っています。http://pdic.la.coocan.jp/unicode/
”書籍版「英辞郎」を購入された方に限り、送金免除になっています。”とのことですので私は送金していません。機能制限なしのシェアウエアです。上記のサイトに書かれているように辞書データは別途インストールする必要があります。私は書籍版の英辞郎(version 144.8以前のデータはプロテクトがかかっていなかったのでPDICに簡単にとりこめました)の付属ディスクからデータをPDICにとりこんで利用しています。ただし、現在の最新版英辞郎や上に述べたバージョン以降の英辞郎(第九版 version  148以降)のデータはプロテクトがかかっているのでPDICにとりこめませんので、誤ってこれらを購入しないように注意してくだい。プロテクトがかかっている英辞郎には、プロテクトされたデータをよみこめる特殊なPDICがついているようです。プロテクトがかかっていない最も新しい辞書データはこちらから購入できます。https://booth.pm/ja/items/777563
安価なのでこれを購入してPDICにとりこめばよいと思います。ただ私はやったことがないので、サイトからテスト用サンプルデータを無料ダウンロードして、PDICにとりこめるのを確認してから購入するようにしてください(と書いたのですが、現在サイトに書いてあるリンクはアクセスできないようです。Firefox, Chromeでクリックすると、You don’t have permission to access this resource.とでるだけです。)サイトに書かれている注意点をあらかじめよく読んでから購入してください。

PDICにはFirefoxあるいはChrome用の機能拡張FirePop!が用意されています。
http://firepop.osdn.jp/
この機能拡張を有効にしておくと、画面の英単語にカーソルをあわせておいてAlt+右クリック(左クリックにも設定変更できます)すると、訳がポップアップします。便利ですので使ってみてください。またPDICはEPWING形式の辞書その他を利用することもできます。ネットで検索すれば、EPWING形式の辞書をPDIC形式の辞書に変換する方法も見つかりますので、辞書の拡張も簡単にできます。

あと、iPadでは次の辞書を使っています。
ウイズダム英和、和英辞典2(物書堂)
Merriam-Webster Dictionary & Thesaurus
この英英辞典は古いバージョンです。英英辞書の中では最高の辞書だと思います。ただ最新版は改悪されています。それで旧版を、時々起動時にバージョンアップのおすすめがでても無視して使い続けています。それで皆さんにはオンライン版の辞書サイトの利用をおすすめします。

https://www.merriam-webster.com/
このサイトを利用すると、私の使っている旧版と同じようにDictioanry とThesaurusが使えることがわかりました。ブックマークして是非活用してください。

京都大学OCW(Open Course Ware)に掲載されている講義ノートや動画を紹介します。

京都大学のOpen Course Ware (OCW)は大変役立つサイトです。運営母体の高等教育研究開発推進センターの廃止にともない、今後が心配されていましたが、現在のコンテンツは維持するとのことで、京大OCWの今後を検討するタスクフォースが設置されたとのことで年内に結論がでるそうです。
https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/news/2022-09-16

検索機能もまだサイト
https://ocw.kyoto-u.ac.jp/
で使えるので、興味のあるテーマのキーワードで検索して、いろいろ学ぶことができます。
たとえばソフトマター物理学は生命科学におおいに関係する分野ですが、ソフトマターで検索すると、ソフトマター物理学基礎論という講義の講義ノートを読むこともできます。
https://ocw.kyoto-u.ac.jp/course/71/
相転移生物学で注目の相転移についてもこの講義ノートで学べます。

また以前紹介したMACSコロキウムの講演で面白そうなものもいろいろあります。
https://youtu.be/iz1uitO4LOo

この講演は、「形態形成の多細胞力学シミュレーション」井上 康博(工学研究科 教授)2022年4月18日というもので、サイトの他、YouTubeでも見ることができます。
京大OCWのYouTubeチャンネルの動画一覧をみると興味深い動画がいろいろ見つかると思います。
https://www.youtube.com/user/KyoDaiOcw/videos

さらに2022年10月18日、京都大学情報学研究科の有志が、同大学の講義動画や資料を集めたポータルサイト“OCW Central”を作成したことを発表しています。
OCW Central
https://ocwcentral.com/
講義音声の書き起こしもあるそうです。サイトのソースコードも公開されています。
OCW Central(GitHub)
https://github.com/ocw-central

日本のOCWのリストはここ(クリックするとウイキペディアの記事が別タブで開きます)にまとめられているようです。

「Faradayに学ぶイノベーションの方法―電気モーターの発明を例として」というような内容の動画が公開されました。必見です。

「ロウソクの科学」で有名なMichael Faraday は1821年9月3日に世界ではじめての電気で動くモーターを発明しました。発明に要した時間はたったの一日。それが世界を変えました。このFaradayのようなイノベーションをどうしたら実現できるでしょうか。その秘密を解説する動画が公開されていますので紹介します。Royal Institutionの動画です。
https://youtu.be/z1uOsg2-LTA

ハーバード大学の David Rickettsさんによる講演で、様々なイノベーションを企業(Mastercard, Ubisoft, Disney, General Motors, Dell や Ferrariなど) とともに進めている方だそうです。 201年前の9月3日のFaraday’s Diaryの実物を書画カメラで映しながら電気モータ―の発明の様子が語られているのは必見です。これは観るしかないという動画です!
写真はファラデーの日記の1821年9月3日の最初のページです。以前紹介した記事でダウンロードしたファラデーの日記からとりました。過去記事はFaradayなどでこのブログを検索してみてください。

ファラデーのモーターは再現している方が日本におられます。
こちらも必見の記事で参照をお勧めします。
https://umihoshi.com/index.php?QBlog-20191002-1
「うみほしの部屋」というタイトルのブログで以前の記事でも紹介しましたが、
https://umihoshi.com/index.php?FrontPage
霧箱の作り方やファラデーの様々な実験の再現、放射線の測定など参考になる記事満載です。

新型コロナウイルスワクチンの効果についての動画(NIHでの講演)が公開されています。

COVID-19に対するmRNAタイプのワクチンについての動画をNIH videocastでみることができます。

Understanding adaptive immunity and immune memory to SARS-CoV-2 and COVID-19 RNA vaccines, with lessons for vaccines against other pathogensというタイトルの動画です。(携帯でみたとき技術的な問題によって動画が再生できませんというerror code 100000 がでることがあります。NIH videocastのページでも同じエラーがでてみられないかもしれません。iPadやPCではみられましたので申し訳ありませんが端末を変えてみてください。)
https://videocast.nih.gov/Summary.asp?file=32709


mRNAタイプのワクチンは世界中で接種がすすめられましたが、感染予防にはなぜか効果がないことが確認されているようです。本当に接種が意味があるのかどうか、このビデオをじっくり見てみようと思いました。例によって、英語字幕付でみられますし、動画も字幕もダウンロードできます。上のリンクをクリックして開く動画のページの左下にある「+More…」ボタンをおすと、ダウンロードボタンがでますので、開いたVideoCast Downloaderのメニューから動画のビットレート=解像度をSelect bitrateボタンをクリックして選んでダウンロードしてください。bitrateは150k, 440k, 740k, 1040k, 1240k, 1840kから選べます。携帯で見るには低いbitrateを選び、PCやiPadでみるには最高bitrateでみるとよいでしょう。スライドもくっきり見えます。またCaption textのダウンロードボタンもありますので、必要に応じてダウンロードしてください。)。じっくり見てみたいと思います。

自分の論文をどこに投稿しようかと迷った時、投稿先や関連論文候補を教えてくれるサイト Janeがあります!

まだ空色アサガオは毎日咲き続けています。今朝も百余りの花が楽しめました。絞りの朝顔はほとんど種になって来年用の種を集めてかたずけました。しかし庭の芝生にはいつ落ちたのでしょう、小さな絞りの朝顔が花を咲かせ続けています。今日も一日快晴でした。

昨日は英語を母国語としない人むけの英語論文執筆の教科書を紹介しました。とても良い本だと思いますので是非ダウンロードして読んでみてください。この本の中に、自分の論文をどんな雑誌の投稿すればよいかを教えてくれる(投稿先の雑誌候補をあげてくれる)Janeというサイト(Journal/Author Name Estimator) が紹介してありましたので今日はそのリンクを下に張っておきます。
https://jane.biosemantics.org/
論文のタイトルやアブストラクトを検索窓にペーストして、検索窓の下にあるFind journalsボタンを押すと、投稿先の候補がズラーッとランク付けされて表示されます。これで投稿先のJournal候補が選べます。また下のFind articlesボタンを押すと関連のある論文がこれもランク付けされて一覧表示されます。Find authorsボタンを押すと関連のある論文を書いた著者が一覧されます。著者名の右にはemailアドレス(E-mailボタン)やその著者による関連論文を表示するボタン(Show articlesボタン)がありますので、押すとそれぞれの情報が得られます。Show articlesボタンは関連論文を探すのにとても便利です。Janeにキーワードを含む研究のタイトルやアブストラクトをいれて1)Find articlesボタンを押す、2)Find authorsボタンで表示される各authorについてShow articlesボタンで関連論文を表示する、の二つの方法で、関連論文を効率的に探すことができます。自分の論文のタイトルなどをいれて、一度試してみてください。かなり的確な答えがかえってくるので驚きました。これは使えます。