中澤港先生のtwitterで科学史研究という雑誌に、九州大学の
横山尊先生による論文「科学史入門 日本の優生学史研究のこれからを考えるために : 相模原事件と優生保護法報道への所見」（『科学史研究』2020 年 60 巻 297 号）が掲載されており、J-Stageで読めるようになっていることを知りました。
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jhsj/60/297/60_66/_article/-char/ja/
生命科学を学ぶものにとって、考えるべき、大変重い問題ですので是非読んでみられることをおすすめします。「科学史研究」には他にも、小特集 「進化論誤用・悪用・濫用」問題
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jhsj/60/299/60_245/_article/-char/ja
など面白い記事があります。ご覧になると面白いと思います。
The Nomura Institute of Glycosciece Blog
野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
とてもわかりやすい高校数学の基礎についての教科書がダウンロードできます。
皆さんお正月はいかがお過ごしですか。福岡では大晦日から本当によい天気が続いていて、これほど天気がつづく暖かいお正月は珍しいです。私達は今朝は宇美八幡宮に参拝にでかけました。10時過ぎに到着したのですがものすごい人出でした。鳥居の外から長い列ができていて、本殿での参拝はあきらめて神功皇后を単独で祭っている聖母宮（しょうもぐう）と応神天皇の産湯につかったという産湯の水を参拝しました。名物のおいしい子安餅も長蛇の列でこれも買うのをあきらめました。
twitterはこのごろイーロンマスクさんのおかげで、従来のうっとおしい嫌がらせ風の仕様がなくなり、アプリを使わず登録せずに普通のブラウザで快適にみることができます。逆に以前紹介したnitterのいろんなinstancesでは、ちゃんとみられないことが多いですね。ということで、今日、 Firefoxでtwitterをみていてhttps://twitter.com/jujulife7/status/1609803658392408067 本当にやさしい高校数学の基礎についての無料pdfファイルがあることを教えてもらいました。文字式と方程式からはじまって、場合の数、確率と期待値、統計的な分析、関数や三角比、、証明の仕方や微分、積分、ベクトルなどがとてもわかりやすく解説されています。
「150分で学ぶ高校数学の基礎」というスライドのpdfです。
https://speakerdeck.com/e869120/150-fen-dexue-bugao-xiao-shu-xue-noji-chu
スライドは右下のダウロードボタンを押すとダウンロードできます。
著者の米田優峻さんは東京大学二年生だそうで、国際情報オリンピック ’18, ’19, ’20 の金メダリスト、『「アルゴリズム×数学」が基礎からしっかり身につく本』や『競技プログラミングの鉄則』という本も書いておられます。https://speakerdeck.com/e869120
やさしい数学の入門書を探しておられる方におすすめします。巻末にはもっと深く学ぶための教科書やサイトも紹介されています。
分子動力学入門の講義動画（日本語）が公開されています。
自然科学研究機構 生命創成探究センター/分子科学研究所/計算科学研究センターの奥村久士先生の分子動力学シミュレーション講義が公開されています。先生はタンパク質の分子動力学研究を精力的に進められている方で、生命科学に興味を持つものが分子動力学を学ぶには最適の先生だと思います。講義のテキストも先生のホームページhttp://okweb.ims.ac.jp/からダウンロードできますのでテキストを見ながら講義を聞くことができます。pdfファイルのパスワードは動画で紹介されています。
講義動画はこちらです。分子動力学シミュレーション講義動画 第一章 解析力学
https://youtu.be/6B3BE7-iIPk
第二章 統計力学
https://youtu.be/LYS52olpGGw
第三章 分子動力学シミュレーションの基礎
https://youtu.be/tnKWqTZQS9c
テキストは12章までありますのでそのうちの3章分の講義が5日前に公開されています。是非ご覧ください。
新年あけましておめでとうございます。元旦は世界遺産の古墳群にいってきました！
新年あけましておめでとうございます。本年も皆様にとってよいお年でありますように、お祈り申し上げます。また本年も当ブログをどうぞよろしくお願いいたします。
今日の元旦は、世界遺産の「神宿る島」宗像・沖ノ島と関連遺産群
https://www.okinoshima-heritage.jp/を構成している古墳群新原・奴山古墳群を見学に出かけました。
https://www.okinoshima-heritage.jp/know/shimbaru.html
快晴で暖かく、古墳訪問日和です。広い駐車場にはうちの車だけでした。案内所は無人でしたがパンフレットはもらえました。他に人がいなかったので、ゆっくり思う存分きれいな空気をすいながら古墳群を散策できました。この古墳群は、本当に古墳が群れをなして築造されています。
宗像氏の古墳で、円墳と前方後円墳が40以上群れをなして築造されているのをはじめてみました。壮観でした。写真は案内所のモニュメントと、古墳群を駐車場からみた様子です。沢山の円墳がならんでいて奥のほうに前方後円墳がありました。下には一番近くにあった前方後円墳(30号墳）の写真も載せておきます。本当にゆっくり散策できて心洗われる経験ができました。四季折々におとずれてみたい場所です。是非皆様も機会をみつけて訪れてみてください。
予習用にみていた動画もはりつけておきます。https://youtu.be/wl2xjoVzijw
本年もこのブログを読んでいただいてありがとうございました。
今日は大晦日で家族で光正寺古墳にでかけました。しかしなんと年末で駐車場が閉まっていて、やむなくもう一つの目的地 宇美八幡宮を参拝しました。4時まえに駐車場について車からでると、神主さんが沢山ならんで列をつくり、巫女さんも一緒に宇美神宮からでてこられるのに出会いました。宇美神宮の拝殿の入り口の門にも神主さんが立っておられて、みていると先ほどの一行は、いったん外に出た後ぐるっと回って、正面の大鳥居から入ってきてこちらに向かってこられるのでした。なんと今日は宇美八幡宮の大祓式（たぶん おおはらえ式と読むのだと思います）の日だったのです。ラッキーでした。夏の大祓式では茅の輪（ちのわ）くぐりという神事もがあるのですが、大晦日の大祓式ではそれはなくて、終了後はただちに除夜祭にうつるのだそうです。境内には沢山お店もでていて、今夜はにぎわっていることと思います。写真は今日撮影した宇美八幡宮の天然記念物のクスノキと、境内にでていたお店です。
本年もこのサイトをみていただいてありがとうございました。来年も皆様にとってよいお年でありますように。
生命科学のデータベース活用法（分子生物学会2022のフォーラム）の動画が公開されています！
今年もあと一日ちょっとですね。今日は今年の日本分子生物学会で開催されたフォーラムの動画を紹介します。
第45回日本分子生物学会年会 フォーラム「生命科学のデータベース活用法」というタイトルのもので、こちらのリンクに開催趣旨、発表資料、動画へのリンクなどがのっています。https://biosciencedbc.jp/event/exhibition/mbsj45.html
九州大学で沖先生（今は京都大学に移られました）が開発されたデータベースChIP-Atlasの最新情報が聴ける講演
「統合的な転写制御データ基盤の構築 ～ChIP-Atlas update: Bisulfite-seq と ATAC-seq データを統合しエピゲノム制御の全貌に迫る～ 」
https://youtu.be/iOrOJF9_LzU
や
糖鎖科学の最新のポータルサイト「糖鎖科学ポータルGlyCosmos」など、どれも面白い講演ばかりですので是非ご覧ください。
https://youtu.be/SiBCDWmcyI8
最近は学会の動画が、参加しなかったものにも部分的に公開されることが多いのでありがたいですね。知識の共有の時代を活用しましょう！
Ubuntu LTS 20.04をUbuntu LTS 22.04にアップグレードしました。
Linuxは無料で使える安定した優れたOSで、いまや有料のWindowsやMac OSを駆逐する勢いです。数日前、普段利用しているUbuntu LTSのアップグレードをやってみました。Ubuntu LTSというのは、Ubuntuの長期サポート版（LTS：Long Term Supportの略で、最低5年のサポートが保障されているUbuntuバージョン）のことです。
現在私が使っているUbuntu LTS 20.04のサポート終了期限は2025年4月です。2年ぶりにリリースされた最新のLTSである「Ubuntu 22.04 LTS」は、旧版の「20.04」から大幅にバージョンアップさており、サポート終了期限は2027年4月です。今回はUbuntu 20.04 LTSを、ずっと長く安心して使えるUbuntu 22.04 LTSにアップグレードしてみました。（ちなみにUbuntu 18.04 LTSは2023年4月でサポートがきれます）
UbuntuのデスクトップはWindowsなどと同じようにマウスとキーボードで操作できるので画面をみながら、簡単にアップグレードできました。ソフトやファイルは残したままで無事アップグレードできましたが、PCの違いによってはうまくいかないことも考えられます。アップグレードする前に、念のためバックアップをとってから行うようにしましょう。
１）まず「ソフトウエアの更新」でソフトウエアを最新にします。すると、アップグレードの通知ウインドウが開きます。“このコンピュータのソフトウエアは最新です。しかしながらUbuntu 22.04.1 LTSが入手可能です（現在は20.04)”と表示され、アップグレードのボタンが表示されています。ボタンを押して、パスワードを入れて認証をするとアップグレードの手続きがはじまります。
２）新しいLTSのリリースノートが表示され、次にリリースアップグレードツールのダウンロードが始まります。いろいろメッセージがでるので確認してすすんでいくと、下の様な画面がでてアップグレード手続きが始まります。
３）次に「サードパーティーが提供するリポジトリを使わない設定にしました」というメッセージがでて、それを閉じるとこんな画面がでます。
４）右下にあるアップグレードを開始のボタンを押します。するとFirefoxの設定画面がでます。
５）しばらくすると画面がすすんで次のようになります。
６）アップグレードのインストールがはじまり、サポートが中止された（あるいはリポジトリに存在しない）パッケージを削除しますか？と聞いてきます。＞の部分をクリックして、詳細を確認して問題なければ削除してください。
このように詳細を確認して削除して問題なければ削除します。だいたい終わるまでに1時間以上かかると思いますが何事もなくすすんで以下のようなメッセージがでたら終わりです。再起動して起動すれば完了です。今までインストールしていたソフトウエアや、存在したファイルは消えることなく残っており、ソフトウエアも問題なく使えます。
今回書いたGUIでインストールする前に、以下の記事をタブレットや別のPCで開いておくと、問題がおこったとき解決しやすいと思います。
https://tech.uzabase.com/entry/2022/10/05/163458
この記事にはFUSEをインストールするとぶっ壊れるとありましたが、今回のインストールでは対策がなされているようで、インストールしても問題ありませんでした。
Rでcsvファイルを読み込む方法のレビュー記事と、Zoteroを使ってLatexで論文を書くワークフローの記事をみつけました。
Zennというサイトhttps://zenn.dev/aboutにでていた記事を二本紹介します。
2022年末、Rでcsvを読む
https://zenn.dev/eitsupi/articles/r-read-csv-2022
巨大なファイルをRに読み込む時の様々な方法のレビューです。
生命科学系でも巨大csvファイルを読み込むことが多いので参考になります。
こちらはLatexとVSCode、Zotero、BibTexによる論文執筆法の紹介記事です。
VSCode + Zotero + BibTeXによる論文執筆ワークフロー
https://zenn.dev/nicetak/articles/zotero-tex-bibtex
私は文献管理に Zoteroを使っています。Latexで論文を書く方法についての紹介記事で、Windows、」Mac、Linuxを問わず使える方法が紹介されています。
国立国会図書館の「個人向けデジタル化資料送信サービス」に印刷機能が追加されます！！
昨日は国立国会図書館のサイトのリニューアルを紹介しました。今日、私がよくみる国立国会図書館のサイトCurrent Awareness Portal （https://current.ndl.go.jp/）で、来年1月18日から、個人送信資料で印刷機能が使えるようになるとのお知らせをみました。
国立国会図書館、「個人向けデジタル化資料送信サービス」に1月18日から印刷機能を追加予定
いままでは印刷ボタンがなくて印刷して保存することができなかったのです。できるようになると、調べ物をしたときの記録もとりやすくなって、ますます便利で手放せない情報ツールになりますね。国立国会図書館にまだ利用申請登録をしていない方は是非登録して活用してみてください。
あと今日知ったのですが、Amazon のKindle unlimitedが2か月間99円で利用できるキャンペーンをやっています。まだ使ったことがない方は試してみるとよいと思います。
https://forest.watch.impress.co.jp/category/book/
福岡はクリスマスイブ、クリスマスは極寒でした。24日の朝には自宅の屋根の波板にバネのようなつららが下がっていました。もうすこし伸びると本当のバネのようになるつららです。11年ほど前の記事に本当にバネのようになった写真がありました。ひさしぶりのバネ型つららです。春を呼ぶつららですね。
https://glycostationx.org/2011/01/10/217/
昨日、今日は快晴。お昼間はあたたかくて今日は日向では20度近くまで温度が上がっていました。
国立国会図書館デジタルコレクションがとても使いやすく改訂されています！
国立国会図書館デジタルコレクションが改訂されています。
私は時々、個人送信資料を利用します。最近、デジタルコレクションのトップページ以下の大改訂が行われて大変みやすく探しやすくなりました。
https://dl.ndl.go.jp/
所蔵資料の全文検索、画像を利用した検索などいろいろな新機能が満載です。また本を読むときもページのめくり方を、左から右、右から左のどちらかを選べるようになっています。詳細検索を選択して、検索範囲を”送信サービスで閲覧可能”だけにチェックをいれて、検索窓のタイトルの部分に「現象の数学」というキーワードを入れて検索してみてください。
表示された検索結果を図書にチェックを入れて絞り込みます。これで図書だけが表示されます。1969-1969年に出版されたシリーズ「現象の数学」の第１巻から４巻までが表示されます。この本は、科学技術者向けに、「使える」数学を解説するスタンスの物理数学の教科書シリーズです。微分・積分、無限級数、ベクトル、常微分方程式、ベクトル解析、偏微分方程式や差分方程式などがわかりやすく解説されています。ちょっとのぞいてみて気に入ったところを読んでみると役立ちます。次のリンクをくりっくすると、個人送信資料がよめる人（ログイン名とパスワードをいれて、ログインしている人）は「現象の数学3」が開きます。個人送信資料が読めるようにするのはオンラインで手続き可能（昔の本ブログの記事参照）ですので、是非登録してみてください。
https://dl.ndl.go.jp/pid/2519856