無料で読める生命科学と化学のための数学の教科書(英語ですがやさしい英語です)があります!

“Applying Maths in the Chemical & Biomolecular Sciences   an example-based approach” by Godfrey Beddard (Oxford University Press)
という本は、私が以前英国の書店で買った本です。生物学者や化学者むけのやさしい数学の入門書でおすすめの本です。Mapleコードが書かれていて数式処理言語のMapleで実際にプログラムを動かしながら学べるのもよいと思いました。ただ、私のもっていたMapleも古くなって動かなくなって、MathematicaにMapleコードを読み込んで使うしかなかったです。
ところが、この本、改訂をして最新版にアップデートされ、かつMapleではなく、Pythonで動くコードが入っているJupyter Notebookで読める最新バージョン(更新履歴をみると2023年7月にも改訂されています)が無料公開されているのを知りました。https://applying-maths-book.com/intro.html
著者のGodfrey Beddardが、息子さんのTom BeddardさんのGitHubで改訂版を公開されています。GitHubはこちらからどうぞ。
https://github.com/subblue/applying-maths-book

ページ数の多い本ですから、自分の興味のあるテーマの部分を選んで読んでみるのも良いと思います。元の本の練習問題の解答も全部pdfでダウンロードできるので、独学の人にも役立つと思います。以下のリンクに解答や正誤表へのリンクがあります。
https://global.oup.com/uk/orc/chemistry/beddard/
書影が入っている息子さんのツイートをはりつけておきます。

スライドのお手本と、スライドの作り方の手引きを見ることのできるサイトを紹介します。

スライドがいろいろ集められていて自由に見たり、ダウンロードしたりできるサイトを一つ紹介します。
以前、ポスターのお手本がみられるというので紹介した
F1000Researchというサイトです。
https://f1000research.com/

このサイトにはポスターを集めたページ https://f1000research.com/browse/posters
スライドを集めたページ  https://f1000research.com/browse/slides
があって、
世界中の科学者がつくったポスターやスライドを自由に見たり、ダウンロードしたりすることができます。

気軽にいろいろ見てまわったり、検索で探したりして、これはうまいスライドだ、うまいポスターだと思うものをみつけてみませんか?
スライドやポスターを自作するときに(特に英語で作る時に)大いに役立つと思います。是非活用してみてください。

あと、日本語でスライドをつくるときに参考になる記事もあります。
医学界新聞で昨日から始まった以下の連載はよさそうです。
「スライド作成のABC [第1回] AI時代になぜ,スライドの作り方なのか」連載;柿崎真沙子
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/archive/y2023/3529_05

同じく医学界新聞の過去の連載記事も参考になります。
「医学界新聞プラス 医療者のスライドデザイン――プレゼンテーションを進化させる、デザインの教科書」連載; 小林啓
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/series/0031

連載第一回はこちらです。
医学界新聞プラス [第1回]デザイン実例集――タイトルスライド
『医療者のスライドデザインーープレゼンテーションを進化させる、デザインの教科書』より
https://www.igaku-shoin.co.jp/paper/archive/y2023/design_01

あとパワーポイントの使い方については、以前紹介した早稲田大学の早水先生のこちらの動画が必見です。
https://youtube.com/playlist?list=PLCo60G1m_ibpf1tnAnTX5yNJh7rZPk4p6

パワーポイントで図を作る方法の動画を紹介します。

今日8月21日は「女子大生の日」です。日本の女性科学者の黎明の記念日でもあります。

本日8月21日は、「女子大生の日」だそうです。
東北大学のサイトによると、「1913年(大正2)8月、3人の女性が東北帝国大学への入学が許可されました。日本で初めての女性「大学生」となった彼女たちの名前は、時代を切り拓いた女性として、1世紀を経た今も語り伝えられています。合格者が官報告示された8月21日について、日本記念日協会は2020年(令和2)から女子大生の日として登録しました。また、2021年には、UNESCOの「世界の記憶」の ‘Women in History’ Online Exhibitionに東北大学のWomen’s Student Record in Japan’s Higher Educationが選出されています。
ということで、1913年8月21日、東北帝国大学への3人の女性の入学が官報に告示されたことを記念して、この日を女子大生の日に制定したそうです。」

1913年、東北帝国大学を 東京女子高等師範学校・授業嘱託の牧田らく(24歳)、同助教授の黒田ちか(29歳)、同助教諭の江澤駒路(30歳)、日本女子大学校・助手の丹下ウメ(40歳)の四名の女性が受験しました。皆 当時の女子教育機関の立派な先生たちです。江澤駒路は物理学科を受験して残念ながら不合格でしたが、黒田ちか・丹下ウメは化学科を受験して合格、牧田らくは数学科を受験して合格という結果でした。ここに日本初の女子大学生が誕生したのです。黒田と丹下は生物有機化学、生化学、栄養学の研究者として日本の有機化学の発展に大きく貢献しました。丹下はジョンズホプキンス大学に留学して博士号を取得しています。帰国後は理化学研究所でも研究、その生涯は次のリンクにあるpdfによくまとまっています。https://www.kagoshima-u.ac.jp/shoujukai/aoki.pdf

黒田はお茶の水女子大学教授もつとめ、日本の糖鎖生物学をリードする研究者も育てました。同大学名誉教授の阿武喜美子(あんの きみこ)先生(1910-2009)の次の回想をご覧ください。https://teapot.lib.ocha.ac.jp/records/35104
牧田は数学専攻で卒業後も女子教育につくし、画家と結婚して授業は止めてしまったそうです。

日本の女性科学者については、黒田さんや丹下さんを含めて以下の動画で紹介されているので是非ご覧ください。https://youtu.be/qEH9y7gokuY
総集編なので個別編もあります。黒田さんについての個別動画もありますし、糖鎖生物学のパイオニアである、阿武喜美子先生についての動画https://youtu.be/83n2TQW17Cc
もあります。

東北大学の特設サイトはこちらです。大作で読みごたえのあるサイトです。
https://www.tohoku.ac.jp/tohokuuni_women/

UNESCOのサイトはこちらです。

日本初の男女共学の大学に東北帝国大学がなったというスタンスで紹介されています。
http://mowherstory.org/items/show/20

Women’s Student Record in Higher Education in Japan
In 1913 Tohoku University became the first co-educational university in Japan that admits male and female students. The University accepted four women applicants for the entrance examinations at a time when only male high school graduates could apply for admission. Three of these applicants were accepted as students at the university.

1000種類を超える元素の周期表を網羅したデータベースがあります!現代的な化学のオンライン教科書もみられます。

元素の周期表は、その発見談の面白さでまず興味をかきたてられますね。ツイッターをみていると、色々な周期表がまとまっているサイトがありました。


上のtwitterのリンクからも探せますが、次のサイトにいろいろ詳しい説明があります。
12 Different Ways to Organize the Periodic Table of Elements
https://www.visualcapitalist.com/different-periodic-table-visualizations/

また今までに知られているすべての周期表を網羅したデータベースもあるのには驚かされます。こちらには1100もの異なる周期表があるので、いろいろ眺めてみると面白いです。
https://www.meta-synthesis.com/webbook/35_pt/pt_database.php
うえのツイートの図の一つ、ノーベル賞を二回受賞している科学者 Linus Paulingの「一般化学(General Chemistry)」という教科書にのっている、周期表を電子殻で説明する図もありました。https://www.meta-synthesis.com/webbook/35_pt/pt_database.php?PT_id=1188

このデータベースでは、周期表ができた年代、年号、らせん状の周期表とか立体周期表などの周期表のタイプなどで検索することもできます。またテキスト検索も可能です。Paulingで検索するとこのようになります。
https://www.meta-synthesis.com/webbook/35_pt/pt_database.php?textfield=Pauling

このサイトは、英国の科学者Dr Mark R. Leachが作成している、化学を学ぶ人のためのサイトmeta-synthesis の一部です。
https://www.meta-synthesis.com/

このサイトには周期表データベースの他に、化学の現代的なオンライン教科書The Chemogenesis Web Book
https://www.meta-synthesis.com/webbook.htmlや化学のドリルその他の項目もありますので是非見てください。
The Chemogenesis Web Bookというオンライン教科書は面白いです。ブックマークしておいて隙間時間に見るとよいと思います。

ChatGPTの無料版と有料版にCustum instructionsという新機能が搭載されたのを今日知りました!

今日はめでたく、nitterの機能=「ログインせずにX (旧twitter)のツイートを見る機能」が復旧しました。

今日はChatGPTの使い方について参考になるブログ記事を紹介します

最近、ChatGPTにカスタム指示という新機能が追加されたのを今日知りました。
こちらのブログhttps://blog.kabocy.com/web-service/9026/によると、カスタム指示というのは、
「Custom instructions (カスタム・インストラクション)機能は、ChatGPTのユーザの情報や、求める出力形式などを事前にChatGPTに登録できる機能です。
つまり、従来は毎回入力していたプロンプトをCustom instructions (カスタム・インストラクション)機能を使用して事前に登録することによって省略できるといった機能です。」というものだそうです。

カスタム・インストラクションを使えば、今までプロンプトに毎回入力していた背景情報や、ChatGPTからどんな形式や内容の回答を得たいかなどの要望を、あらかじめ登録しておけるそうです。(登録しておいて、普段はこのCustum instructions機能をオフにしておき、必要な時にだけCustum instructions機能を有効にして使うことができます。)
これは論文を書いたり、校閲するときに大変便利ですので是非使いこなしたいものです。

この記事が掲載されているブログ「あの角を曲がれば、かぼしー」は、ChatGPTに限らず、Macの使い方やWindowsの使い方などもわかりやすく解説してくださっているのでお勧めです。またツイッターも参考になります。https://nitter.net/namespace_

またこちらのブログ記事
「長文(5000字以上)の小説をChatGPTで自動生成する方法 」
https://note.com/it_navi/n/n1470d9224f75
は、ChatGPTで小説を書く(長い小説を書く)方法です。私も自分で以前簡単な小説を書いてみるのを試してみたことがありますが、長いものはどうして書くのかわかりませんでした。なるほど、こういうふうにするとよいのかと納得できる記事でした。プロンプト・エンジニアリングのよい例でもあるので是非ご覧ください。
このブログの他の記事はこちらのトップページをご覧ください。https://note.com/it_navi  先月紹介したIT_naviさんの記事です。いろんな記事がありますが、どの記事もとても役立ちます。

力学系の学部向け講義がYouTubeではじまっています。カナダの大学の先生による講義です。

生命科学でよく使われるモデリング理論の一つに力学系の理論があります。このブログでも時折、力学系の話題を書いています。

今回は、英語ですが YouTubeで力学系の本格的な講義がはじまっていますので紹介します。まだ二回分しかアップロードされていませんが面白そうです。
https://youtu.be/Gw19VCtHYcs&t=810

https://www.youtube.com/playlist?list=PLXsDp0z6VWFQlsNP4tamU-QtSAG77u4T9
講義してくれるのはJason Bramburgerさんで、彼はカナダのケベックにあるConcordia Universityのassistant professorです。研究分野は、力学系、機械学習、計算科学の境界領域のようです。はじまったのは学部生向きの力学系の講義です。
彼のYouTubeチャンネルをみると
https://www.youtube.com/@jasonbramburger/playlists
他にも数理モデルの作り方や、常微分方程式、一変数の解析学、解析幾何学などの講義もあります。きちんと定義からはじまる証明を含む講義もありますので、一度みて気に入ったら視聴するとよいと思います。
イントロはこちらから視聴できます。
https://youtu.be/41P4vFP7RWo

Nitterがまたみられなくなっています。Twitter側の変更のせいでしょうか?対策は?(追記:8/19 復旧しました!)

追記:本日8/19日nitterがもとどおりみられるようになっています。関係者の多大の努力に感謝します!

Twitterがログインしなくてはみられなくなってだいぶたちます。Elonは一時的なものだといっていたはずですが、今もログインなしでアカウントを表示すると、古いツイートがぞろぞろ表示されるだけです。Xという名前にかわったようですが、ブックマークをみるとバツがならんでいるように見えるのは私だけでしょうか? それでnitterを使うのがよいという記事を前に書きました。ところが一昨日の午後から急に、nitterでツイートがみられなくなりました。他のインスタンスを使ってもみられず、以下のような表示がでます。

An error has occured in one of your routes.

Detail: fatal.nim(53) sysFatal
asyncfutures.nim(385) read
asyncfutures.nim(385) read
asyncfutures.nim(385) read
asyncfutures.nim(385) read
asyncfutures.nim(385) read
asyncfutures.nim(385) read
packedjson.nim(294, 19) `false` unexpected end of object
エラーが表示されているページの表題は、Jester route exceptionです。

この問題と対策は、nitterのGitHubのページでも議論されている最中です。
https://github.com/zedeus/nitter/issues/983
ふたたびnitterでツイートが読めるようになるのは、なかなか難しそうです。ただこの上のGitHubのスレッドにある投稿によると、
どうして読めるのかその実装法はわからないのですが、Twitter Web Viewerというサイトで、アカウント名を検索してツイートを表示させることができます。サイトのトップページにはRealtime Worldwide Twitter Trendsも表示されています。

このサイトがどれほど信用できるかは私には判断できませんので、アクセスするにはTorブラウザを使うか、BraveブラウザのTorモードでアクセスするのが良いと思います。サイトのトップページはこちらです。https://twstalker.com/
あるいは、https://twistalker.com/アカウント名 で任意のアカウントのツイートを直接表示することもできます。たとえば、
https://twstalker.com/CarolynBertozziで昨年ノーベル化学賞を序章した糖鎖生物学者Bertozziさんのツイートが表示出来ます。

nitterがまた使えるようになったらいいのですが、とりあえずはtwistalkerでしのげると思います。

アルゴリズムの英語の定番教科書や日本語のアプリ  アルゴリズム図鑑の紹介です。

今日は京都の五山の送り火でしたね。残念ながらNHK BSでの生中継は今年はなかったようでみられませんでした(BS11でやっていたのを今知りました。残念)。代わりにYouTubeでの中継があることを娘が教えてくれました。見逃し配信でまだみられるようです。

さて今日はアルゴリズムの英語の教科書を紹介します。
Algorithms by Jeff Ericksonという本です。著者はイリノイ大学教授です。この本は中級者むけのアルゴリズムの教科書で、Amazonで絶賛されている本です。pdf版は著者のサイトから無料でダウンロードできます。またこの教科書を学ぶための予備知識はどこで学べるかについても親切な案内がこのサイトにありますので、そちらをまず学んでみるのも良いかもしれません。
http://jeffe.cs.illinois.edu/teaching/algorithms/
上のリンクは本の詳しい紹介でしたが、もっと広範囲の教材や著者の講義ビデオはこちらからたどれます。
http://jeffe.cs.illinois.edu/
YouTubeにも著者の講義があります。
https://www.youtube.com/@erickjefferson4759/playlists

私もこのブログで、いろいろなアルゴリズムの教科書を紹介していますので、検索窓にalgorithmなどといれて記事を探してみるとよいでしょう。
あと、初歩のアルゴリズムの解説アプリもあります。アルゴリズム図鑑というアプリで、apple用とandroid用があって、無料でみられるアルゴリズムだけでも随分わかりやすくて勉強になるのでおすすめします。
http://algorithm.wiki/ja/app/

今日は終戦記念日ですね。義父から聞いたビルマ従軍敗戦の話を思い出しました。

今日は一日小雨が降り、福岡では気温も上がらず涼しい一日でした。
皆さん台風の被害はなかったでしょうか。被害を受けた方は一日も早い復旧をお祈りします。

今日は終戦記念日なので義父から聞いた戦争の話を書いてみます。
義父は終戦をビルマで迎えました。騎兵でしたがビルマに到着すると馬が死んでしまい、戦車兵として従軍していたそうです。戦車で、包囲されていた日本軍を救出したときには勲章ももらったそうです (実は父の戦車隊が道に迷って、たまたま英軍に包囲されていた日本軍に遭遇したという、まったくの偶然の戦功だったとのことです)。その戦車も、ビルマは暑いのでハッチをあけて走行していたところ、手榴弾を投げ込まれたので爆破されてしまったそうです。「映画のように手榴弾をつかんで投げ返したりなどはしない、爆発する前に皆一目散に戦車から脱出するだけ」、と話していました。

終戦後は英国軍の捕虜収容所に収容されていました。アーロン収容所(会田 雄次)という有名な本がありますが(文末の註参照)、あの収容所ではなかったようです。捕虜収容所での待遇は、会田雄次が書いているような陰湿・陰険で劣悪なものでは全然なかったそうで、義父はあの本には批判的でした。どちらかというと、国会図書館個人送信資料で読める、「ビルマ敗戦記」の著者が書いている収容所の様子に近い待遇だったようです。
浜田芳久 著『ビルマ敗戦記』,図書出版 https://dl.ndl.go.jp/pid/12228426

義父は電気技師だったので、収容所の作業では、英軍の電気設備の修理や整備にかりだされたそうです。英軍が映画館を開設する際には、電気配線や電気工事もしたそうです。その映画館のお披露目の日には、工事にたずさわった日本兵捕虜を英軍は映画館に招待してくれたとのことでした。朝起きてみると、洗濯してピシッとアイロンのかかった軍服を英軍が用意してくれていて、それを着用して映画館にでかけたそうです。

私達が英国に留学するときには、父は英国人はたとえ事故があっても紳士的にきちんとルールを守って救助してくれるから、信用できるので安心だと話していました。ケンブリッジ大学にいたとき、ラボのニュージーランド人の同僚に、義父が第二次世界大戦で英軍の捕虜になって、マウントバッテン将軍の司令部の電気工事とかもしていたと話すと、「Kazuのお父さんはprisoner of war やったんだって」と、皆に話してもりあがっていました。もちろん捕虜収容所生活ではつらいこともあったようですが、インド兵は日本兵を尊敬してくれていたそうです。外にでたときには監視役のインド兵と日本兵捕虜が一緒になって、川で魚をとったと話してくれました。インド兵はその時は鉄砲とかもほっぽりだして、みんなで夢中で魚をとっていたそうで、鉄砲を奪うこととかもできそうだったけど、「そんな怖いことはしませんでした」、とのことでした。雨で野外作業ができないときには、京大の学生さんの兵隊が、ためになる話を皆にしてくれるのだそうです。野外作業のときには、この京大の学生さんは荷物の見張り役とかをしていたそうです‥‥。

義父は捕虜になっていたので、日本への帰国は遅れました。そして帰国船に乗ってやっとなつかしい日本の島々が見えるようになった時のことです。何人かの兵隊がなにやら、こそこそと話しています。何かよからぬたくらみをしているようなので、訊いてみると、「やっと日本に帰ってきた。港に着く前に、あのひどい上官を海に投げ込んでしまおう」と言う相談だったそうです。父がやめさせたので誰も死ななかったそうですが、日本軍というのは内部でも酷い制裁などをしていたのですね。私の実父も同じようなことをいっていました。兵隊たちが戦闘中にひどい上官を撃ち殺すこともあったようです。「弾は前からだけとんでくると思うなよ」、と兵隊がいっていたと聞きました。

分子動力学MD法の無料教科書が公開されています。

分子動力学はタンパク質などの生体高分子の挙動を計算するのによく用いられる手法です。このブログでも何度か紹介しましたが、今日は分子動力学の無料でよめる教科書が公開されていますので紹介します。こちらからダウンロードできます。
https://cbi-society.org/home/pub_ebook.html

古明地勇人著「分子動力学法の基礎 第1版」(eBook No.6)
-2023年8月1日発行-

本文中には、数多くの参考書もあげられているので、それをみるだけでも役立つと思います。ダウンロードしてみて読めそうだったら勉強してください。

以前紹介した分子研の分子動力学の講義は完結しており、現在、全講義をみることができます。興味のある方はこちらからご覧ください。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLFeFFDIymHoNKMqUYPgIPIOCe3x6faQTs