The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

漸近解析についての講義動画が公開されています。

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漸近解析についての講義動画が公開されているのを知りました。


 Steven Strogatzさんの講義動画です。私には初耳の単語だったのでネットで調べてみました。微分方程式の解の挙動を計算機で長時間追っていくと誤差がでてきて手に負えなくなることがよくあります。そういうときに漸近解析を使うと長時間（無限時間を含む）後の解のふるまいを的確に予測できるのだそうです。その他、量子力学とか流体力学などでもよく使われる手法とのことです。江沢洋さんの「漸近解析入門」という岩波書店から出ている本を図書館などで読まれると、漸近解析が物理学や工学でも大いに役立つことがわかると思います。

講義の第一回の動画を埋め込んでおきます。

Asymptotics and perturbation methods – Lecture 1: Asymptotic expansions
https://youtu.be/KZsk8B_z8pI?si=79Mcj47VrS1_iZ07

Terence Tao教授が2024年国際数学オリンピックで講演した動画が公開されています！

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Terence Tao カリフォルニア大学教授は数学オリンピックで最年少の金メダル記録を得たのち大学で数学を専攻しフィールズ賞を受賞した数学者です。以前オックスフォード大学での講演を紹介しました。

AIが科学や数学に今後どのように貢献するかというテーマの、フィールズ賞受賞者の講演を紹介します。

今日は彼が、国際数学オリンピック2024で講演した動画を紹介します。

『Terence Tao at IMO 2024: AI and Mathematics』
https://youtu.be/e049IoFBnLA?si=jbbV-02CTquT-B-z

数学オリンピック2024の参加者向けの講演なのでOxford大学での講演よりわかりやすいと思います。日本語字幕がついているのでそちらで見るとよいでしょう。なおこの動画を掲載しているサイトの主催者は国際数学オリンピックで金メダルを獲得できるみんなが無料で使えるAIを開発した者に、多額の賞金を出すということです。https://aimoprize.com/

GlycoRNAのN型糖鎖は3-(3-amino-3-carboxypropyl)uridine (acp 3 U)を介してRNAと共有結合しているという論文がでました！

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RNAが糖鎖修飾をうけているというGlycoRNAについてはこのブログでも何度もとりあげています。最近ではglycoRNAがアーティファクトである可能性をにおわすプレプリントがでたことを紹介しました。

glycoRNAはアーティファクトなのでしょうか！

さきほどツイートをみているとGlycoRNAの発見者のRyan A. Flynnさんによるツイートで、N型糖鎖がRNAのどの部分に結合しているかを明らかにした論文が有名学術誌のCellに掲載されたのを知りました。

 

ペイウオールの中の論文なのでまだ中身を読んでいませんが、RNAの塩基で修飾されているウリジンである3-(3-amino-3-carboxypropyl)uridine (acp 3 U)にN型糖鎖が結合していることを明らかにした論文のようです。

この論文の元になったプレプリントはこちらから読めます。
The modified RNA base acp3U is an attachment site for N-glycans in glycoRNA
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2023.11.06.565735v3

tRNAがacp3U修飾をうけて細胞表面の sialoglycoRNAsになるという仮説の図がでていました。面白い展開ですね。

国立国会図書館デジタルライブラリの詳細検索のやり方を紹介します。

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いつも国立国会図書館のデジタルライブラリにはお世話になっています。利用登録をすませた方向けに簡単に詳細検索の例をお見せしたいと思います。
まず次の写真にある、トップページhttps://dl.ndl.go.jp/から詳細検索をクリックします。


開いた詳細検索画面の「タイトル」の部分に、本の表題あるいはシリーズ名を入れて検索ボタンを押します。
シリーズ名は、岩波文庫とか自然選書とかを入れて試してみてください。

自然選書の場合、上の写真のように47件ヒットしました。いろんな自然選書(中央公論社発行）のタイトルがでてきますのでやってみてください。
下の写真は、出版者に中央公論社と入れた場合です。これで検索ボタンを押してみてください。

すると、下の写真のようにヒットした資料一覧が表示されます。
右上のプルダウンで「出版日：新しい順」にしています。他の条件でも表示できますので試してみてください。
次に、デジタル化資料とある部分の下にある「図書」にチェックをいれてみましょう。ヒットした図書だけが表示されます。

こうすると、ヒットした図書だけが、下の写真のように表示されました。

ヒットした図書は5000件以上あるので、左のデジタル化資料とある部分の下の方にたどってみてください。
NDC分類とある下の、総記とか哲学とかあるチェックボックスで、表示させたい分野にチェックを入れて
自分の見たい分野の本だけを表示するようにします。下の写真では４番の自然科学にチェックをいれようとしているところです。

結果は下の写真のようになります。

自然科学分野の本だけが表示されるようになりました。
このような要領で、いろいろ条件を変えて検索すると、とても役立つ本や、思いがけない本に出合えることもあるので試してみてください。

CERNの物理学者による一般向け動画と、ダークエネルギーは要らないという新理論の開拓者の一般向け動画がでています。

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今日は物理の一般向け動画二本を紹介します。

英国Royal Instituteのこの動画はCERNのハドロンコライダーの物理学者 （CMS physicist） Kathryn Coldhamによるわかりやすい動画です。
CMSというのはThe Compact Muon Solenoid (CMS) experimentという実験グループだそうで、ヒグス粒子の発見に大きな役割を果たしたそうです。
動画のタイトルは『Particle physics and the CMS experiment at CERN – with Kathryn Coldham』
https://youtu.be/VcsXn63RbX0?si=0ej3zk8Erl4fhFmC

もう一つは以前紹介したことがあるMassive gravity理論の科学者Claudia de Rhamさんによる一般向けの最新動画です。
彼女については末尾に以前の記事を貼り付けていますのでご覧ください。

ダークエネルギーなどいらなくなる新理論の話ですが、一般の人にもよくわかる講演です。
The Dark Energy Delusion | Claudia de Rham Public Lecture
https://youtu.be/NSgSpwlgUn8?si=os5rR3n3_LdG2C3s

 

重力の新理論 （massive gravity理論）の一般向け解説動画が公開されました。著者による本も出版されています。

動画からpdfを作成するPython コードが公開されていました！

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動画をpdfにする方法を探してみました。オンライン変換サービスやAIを利用したツールはプライバシーの問題があるので使いたくないと思います。Google検索するとPythonで授業のmp4型式の動画をpdfにするやり方が書いてあるサイトを知りました。

『プレゼン形式の動画からスライドのpdfを自動作成する＋OCRをつける 』というタイトルの大阪大学医学部Python会のサイトにある記事です。
オンライン授業の動画からpdfをつくるというPythonプログラムでOCRもできるとのことです。
https://oumpy.github.io/blog/2021/03/movie2pdf.html
これはものすごく役立つPythonコードではないでしょうか。まだ使ってみていませんが、試してみようと思います。動画をpdfにして読むというのは動画を見るより時間が節約できて見直すのも簡単なので使えそうです。講義からスライドpdfをつくるだけではなく、いろんな使い方ができそうですね！

松岡正剛さんがなくなったんですね。

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松岡正剛さんが亡くなったというニュースをみました。NHKで放送していた「世界遺産～1万年の叙事詩」は、松岡さんと華恵さんが案内役をつとめる番組で歴史の切り口がユニークで家族で楽しんで見せてもらいました。録画で結構なんども見返しましたが、番組で華恵さんが訪れておられた文化遺産にあふれていたシリアが、今は戦争で破壊されてしまっているのを知りながら昔の映像を見るのは本当に残念です。

松岡さんが編集された『情報の歴史21』は、このブログでも何度もとりあげていますが日本の江戸時代に世界では何がおこっていたかとか、簡単に調べることができるので楽しい電子ブックです。買って損はない本だと思います。

熱力学の第二法則が誕生してから今年で200年。カルノー・サイクルについて学びましょう。

歴史年表　「情報の歴史21」（pdf版）を買いました。

また松岡さんのブログ「千夜千冊」https://1000ya.isis.ne.jp/
は膨大な冊数の本についての記事があるのでよくみていました。闘病されていることもブログで時々ふれておられました。ご冥福をお祈り申し上げます。

追悼で動画を無料公開しているサイトもありました。
https://newspicks.com/movie-series/87?movieId=3414

創薬のための機械学習入門の動画を紹介します。

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創薬のための機械学習入門

創薬に機械学習が活用されています。日本語でのよい入門講義としては、
京都大学大学院医学研究科　鎌田 真由美 准教授による次の講義の動画がおすすめです。
計算生命科学の基礎10 ｜ 創薬のための機械学習 ①
https://youtu.be/JVmoPS_qa_Y?si=H-UNLguOaI_e7KtS

私も聴講した講義ですが、とてもわかりやすくておすすめの動画です。去年の講義が三つに分割されてYouTubeで公開されています。②と③もリンクがYouTubeの動画サイトにのっているので、さがして見てください。

この動画を見た後、本格的に創薬のための機械学習を学ぶにはつぎの英語の講義動画シリーズをおすすめします。
今年行われたML for Drug Discovery Summer Schoolという創薬のための機会学習夏の学校の動画です。
再生リストはこちら。
https://youtube.com/playlist?list=PLoVkjhDgBOt3NyXcTGg_fi-H8qBzNnKgk&si=PirP29CSuwuU3KYF
こちらからはダウンロードもできるようです。
https://youchu.be/playlist?list=PLoVkjhDgBOt3NyXcTGg_fi-H8qBzNnKgk&si=vsmYeaV-1PfY42kE

上に紹介した鎌田先生の動画を見た後なら、この夏の学校の次の動画が理解できると思います。
Day 1 – Intro to ML in Drug Discovery: Principles & Applications | Bharath Ramsundar
https://youtu.be/j-oLfEm7xD8?si=jWB8X5rVbi0u4dRZ

その他、タンパク質の立体構造の講義もあったり参考書も紹介されているなど、生命科学分野での機械学習の現在がよくわかる講義シリーズです。
創薬と機械学習に興味のある学生さんにも新学期前にみるとよさそうな動画です。

また主催しているValenceラボのポータルが面白いと思います。
https://portal.valencelabs.com/
リンクには無料ソフトとかもありました。
https://portal.valencelabs.com/datamol

統計的機械学習(松井 孝太先生）の特別講義のスライドが公開されています！

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今日は一日ChatGPTにExcelデータファイルの整形をやってもらう作業をしていました。日本語でプロンプトを書いていたのですが、できたファイルをダウンロードしてみるとうまくできていない→ここがまちがっているからやりなおして→また同じ間違い→プロンプトを書き直して再実行→まだだめ→プロンプトを箇条書きにして論理的にAIが理解しやすいように書き換えて実行→やっと整形成功

というような作業でした。プロンプトの書き方の勉強になった一日でした。

今日はそんなわけでツイートの引用をしておきます。名古屋大学医学部の松井 孝太（まつい こうた）先生のツイートです。

 

先生が阪大で『統計的機械学習』というタイトルで特別講義をされるそうで、そのスライドが(大作です）公開されているというお知らせです。先生は転移学習などの本も何冊か書いておられる専門家でスライドは参考になりそうです。下の先生のホームページhttps://sites.google.com/site/matsuikotaswebpage/homeのLecturesのページからスライドがダウンロードできます。

https://sites.google.com/site/matsuikotaswebpage/lectures/%E7%B5%B1%E8%A8%88%E7%9A%84%E6%A9%9F%E6%A2%B0%E5%AD%A6%E7%BF%92

Carl Saganの1977年のクリスマスレクチャーのリマスター版動画がRoyal Institutionから公開されました。

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Carl　Saganのテレビ番組『コスモス』は1980年頃に日本語版がテレビ放映されて皆を夢中にさせました。知識の宝庫だったアレキサンドリアの図書館がキリスト教徒に襲われて放火され人類の知的財産が灰燼に帰したという話を初めて知ったのもこの番組を通じてでした。セーガンは科学啓蒙でも大きな業績を上げた宇宙科学者、宇宙生物学の開拓者です。

数日前YouTubeで彼の1977年の英国王立研究所でのクリスマスレクチャーが、デジタルリマスター版で公開されました。1977年から現在までの科学の発展を考えると、歴史的興味を掻き立てられる講演です。全6回の講義の4回分が無料公開されており、最後の二回はメンバー限定でメンバーにならないとみることができません。メンバー料金は高いので私はメンバーにはなりません。昔は講演の後の質疑応答も無料で公開されていたのですが、今はこれもメンバー限定になっています。どこも財政難なのかもしれません‥‥。

The earth as a planet – Carl Sagan’s 1977 Christmas Lectures 1/6
https://youtu.be/aAxvxIOwnWM?si=c5vKkyIhNgHVQBVE

プレイリストはこちらです。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLbnrZHfNEDZygWxt60aCWSgDcoazRdTY7
セーガンはSF小説『コンタクト』も書いています。この小説での宇宙旅行の方法については後にノーベル物理学賞を受賞することになる物理学者キップ・ソーンが監修しているのでも有名です。円周率πがエンディングで重要な役割を果たしています。
セーガンの本で、国立国会図書館の個人送信資料で読める本をいくつか以下にあげておきます。核の冬を提唱したのも彼ですが、その核の冬についての本も読むことができます。

カール・セーガン [ほか]著 ほか『核の冬 : 第三次世界大戦後の世界』,光文社,1985.7. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/11926387 (参照 2024-08-18)

カール・セイガン 編 ほか『異星人との知的交信』,河出書房新社,1976. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12621140 (参照 2024-08-18)
この本には、ダイソンやクリックなども寄稿しており面白そうです。

カール・セーガン 構成『コスモス/宇宙』第1巻,旺文社,1981.. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12621291 (参照 2024-08-18)

カール・セーガン 構成『コスモス/宇宙』第2巻,旺文社,1981.. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12621293 (参照 2024-08-18)

カール・セーガン 構成『コスモス/宇宙』第3巻,旺文社,1981.. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12621296 (参照 2024-08-18)

カール・セーガン 構成『コスモス/宇宙』第4巻,旺文社,1981.. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12621298 (参照 2024-08-18)

核の冬については、岩波新書のこちらも参考になります。
M.ロワン=ロビンソン 著 ほか『核の冬』,岩波書店,1985.9. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/9585598 (参照 2024-08-18)