The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

MRC LMBで開催されるセミナーのいろいろ―Zoomで聴けるものも多いです。

投稿日: 投稿者: root

昨日はMRC LMB　(英国MRC=英国医学研究会議Medical Research Councilの分子生物学研究所）のサイトにアップロードされている、Kendrewの生涯と業績についての動画を紹介しました。KendrewはミオグロビンのX線結晶構造解析手法を開発して、世界ではじめて原子レベルの解像度でミオグロビンの立体構造を解明した研究でノーベル賞を授賞しました。その後は管理職の方向へ仕事をすすめて、有名な雑誌や研究所などの設立に尽力したのでも有名です。昨日は紹介し忘れましたが、日本語で翻訳がでた啓蒙書「生命の糸」は、分子生物学黎明期の本で私も高校生のころに読みました。国立国会図書館の個人送信資料で読むことができてなつかしいです。https://dl.ndl.go.jp/pid/2429699
昔の本ですのでお勧めはしませんが、興味のある方はご覧になると1966年頃の分子生物学の様子がわかって面白いかもしれません。

MRC LMBのYouTubeチャンネルにはMRC LMBで開催された講演の動画がアップロードされますが、すべての講演がアップロードされるわけではありません。こちらのサイトにセミナー開催の一覧が発表されていて、中にはZoomリンクがのっているものもありますので、興味があれば聞いてみるのも良いと思います。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/news-and-events/scientific-seminars/
英国との時差は現在夏時間なので8時間あります。英国時間で午前11時とあれば8時間たして日本時間では19時です。午前中のセミナーなら夜更かししなくて聴くことができます。
今ちょっとみると、 Brady Johnstonさんのセミナーなどがあるようです。彼のtwitterを以下に貼り付けておきます。

 

その他BioinformaticsのセミナーやAlphaFoldのセミナーなどもあるようです。6月9日には一般向けのセミナーで、癌細胞を免疫系がどのようにみつけるかというテーマの講演もあるようで面白そうです。

ノーベル賞受賞者John Kendrewの生涯と業績がわかる動画が公開されました(MRC LMBでの講演です）

投稿日: 投稿者: root

The Extraordinary Life and Legacy of Sir John C. Kendrew by Paul Wassarman
https://youtu.be/YYaS28TxAdU

MRC LMBの新しい講演動画が本日6月6日付で公開されていました。ミオグロビン蛋白質の立体構造を世界ではじめて解明したJohn Kendrewの伝記についての講演です。演者のPaul Wassarmanさんは哺乳類の卵母細胞形成や受精の研究で有名な発生生物学者です。彼は卵が受精する時に働く、透明帯に存在する精子の受容体として働くタンパク質Zona pellucida glycoproteins（ZP1、ZP2、ZP3）の発見と機能の解明で特に有名です。1967年に公式にはJohn KendrewのポスドクとしてMRC LMBに3年ほど在籍したとのことです。Kendrewは1962年には自身で研究することは止めてしまっていたので、実際はKendrewの跡継ぎのHerman Watsonのポスドクとして働き、glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseの立体構造の解明に携わったそうです。実に56年ぶりのMRC LMBでの講演ということになります。彼はKendrewの伝記“A Place in History”をOxford 大学出版会から出版していて、Kendrewの生涯について語るのに最適の人です。本を持っていない人も本の概要を知ることができる講演ですので是非ご覧ください。Kendrewの奥さんと日本軍との関係とかもわかります。

ChatGPTを使いながら英作文を学び、効率的に論文を書く方法―京都大学の柳瀬 陽介先生のプロンプトが役立ちます！

投稿日: 投稿者: root

昨年、京都大学で英語ライティング、リスニングを教えておられる柳瀬 陽介先生のブログを紹介しました。
DeepL, Grammarly, WordTuneを連携して英文を書く時代になったという記事でしたが、ChatGPTが出現した現在、英語教育はどのように変わったのでしょうか。今日、久しぶりに先生のサイトを拝見しました。ChatGPTで英語教育が革命的に変化しつつあることが実感できまので、以下のリンクにある、先生のブログをご覧になることを薦めます。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/
先生のブログには、英語で論文を書く必要がある私達にとって、ものすごく役立つChatGPT用のプロンプトが公開されているので、是非使ってみて英語の学習を効率化してみてください。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/05/chatgptver2.html
この記事から少し引用します。

「このプロンプトは、学習者（大学レベル以上）が学術英語執筆を自学自習することを助けます。
下のプロンプトの指定欄に英文を入れると、ChatGPTが以下の6つを出力します。
1) 入力したオリジナル英文
2) 語法（＝文法・句読点・綴り）だけを添削した英文
3) その語法添削のポイント
4) 語法添削した英文をさらに文体的に改善した改訂英文
5) その英文改訂のポイント
6) 英文執筆者へのコメント
<中略＞
なお、このプロンプトはChatGPTのGPT-4を前提としていますが、GPT-3.5でもBingでもBardでも使えます。下にその出力例をつけていますが、GPT-3.5とBardの出力の質は低いです」とのことです。

この記事のプロンプトは英語での指示で、実際の使用例がのっています。大変役立つプロンプトですので、是非自分の英文に使ってみてください。とうとう日本人が英語で論文を書くときの障壁が消えましたね。英文校閲に余分な時間をかける時代が終わりました。余分な時間と費用をかけずに、各自のすばらしいアイデア、研究成果をどんどん英語で発信できるようになりました。まさに革命ですね。

なお、このブログで柳瀬先生は高校生向けの英作文学習用のプロンプトも公開してくださっています。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/05/chatgptbing.html
先生のTwitterにも高校生用のプロンプト(中学生でも使えるようにプロンプトを変更する方法も載っています）の紹介がありますので、「Twitterで会話をすべて読む」の部分をクリックして連続ツイートを読んでみてください。こんなふうにプロンプトが使えるんですね。すばらしい記事でした。

以前のブログの記事も、以下に再録しておきます。

2022/1/10
京都大学で英語ライティング、リスニングを教えておられる柳瀬 陽介先生のブログを知りました。今や英文ライティングは機械翻訳の利用が上式だそうです。解説動画「機械翻訳によって、異文化の問題は前景化するのかそれとも後景化するのか：一般学術目的の英語ライティング授業からの考察」
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2021/11/をご覧ください。動画は
https://www.youtube.com/watch?v=piaM2RDBwysでも見られます。講演が行われたシンポジュウムの他の先生の動画は以下からみられます。機械翻訳や英語の国際語化につぃての問題点など大変参考になる講演がきけます。
https://sites.google.com/view/125th-sympo-language-education/schedule
英文ライティングで機械翻訳を利用するのはもう常識になっているそうです。次の記事にはDeepL, Grammarly, WordTuneを連携して英文を書く方法について書かれていて参考になります。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2021/04/wordtune10-ai.html
あと、英語学習全般についてのアドバイスも以下にあります。
「知的な英語を使いこなせるようになりたい大学生のために 」という記事です。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2019/06/blog-post.html

ChIP-Atlasの使い方やタンパク質の言語モデル、その他の最新の日本語総説が無料で読めます。

投稿日: 投稿者: root

今日はJSBi Bioinformatics Reviewの最新号を紹介します。この雑誌は日本バイオインフォマティクス学会が発行するオープンアクセスの日本語総説誌です。
https://www.jstage.jst.go.jp/browse/jsbibr/_pubinfo/-char/ja

以前にこの雑誌にAlphaFold2の良い総説が載っているのを紹介したことがあります。

日本語のAlphaFold2の総説を紹介します。

 

この雑誌の最新号が発行されていて、以前紹介した使いやすいChIP-seqのデータをまとめて手軽に調べられるデータベースChIP-Atlasの詳しい使い方が開沖先生と鄒 兆南さんによって紹介されているので是非ご覧ください。（私も論文でこのデータベースを使わせてもらいました！）抄録の一部を引用しておきます。
「ゲノム上のタンパク結合を調べるChIP-seqデータを網羅的に解析し、転写因子の結合とヒストン修飾をゲノムワイドに閲覧できるChIP-Atlas（https://chip-atlas.org）を開発している。最近では、ATAC-seqとBisulfite-seqデータを新たに統合し、転写調節領域のエピゲノム状態をより多面的に捉えられるようになった。」次のリンクから読めますし、pdfをダウンロードもできますのでこのデータベースを活用してください。

https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/4/1/4_jsbibr.2023.primer1/_article/-char/ja

また昨年末には、このブログで、鄒 兆南さんのChIP-Atlasの使い方の動画も紹介していますので、そちらも併せてご覧ください。

生命科学のデータベース活用法（分子生物学会2022のフォーラム）の動画が公開されています！

 

以下に昨日（2023年6月3日）公開された最新号の目次をまとめました。興味がある記事を選んで読むと大変参考になると思います。

ChIP-Atlas 〜転写制御ランドスケープの歩き方〜
鄒 兆南, 沖 真弥
2023 年 4 巻 1 号 p. 1-9

COVID-19パンデミック下におけるウイルスゲノム疫学の発展
川崎 純菜, 伊東 潤平
2023 年 4 巻 1 号 p. 10-25

難病・希少疾患のためのゲノム医療とバイオインフォマティクス
三嶋 博之
2023 年 4 巻 1 号 p. 26-34

ゲノムワイド関連解析のその先へ：統計的fine-mappingの基礎と発展
王 青波
2023 年 4 巻 1 号 p. 35-51
発行日: 2023年

タンパク質の言語モデル
山口 秀輝, 齋藤 裕
2023 年 4 巻 1 号 p. 52-67

日本語の折り紙の本が無料公開されています―藤本修三さんの本5冊がInternet Archiveにあります。

投稿日: 投稿者: root

このところ折り紙をZoomで折ることが時々あります。孫は折り紙にこっていて、いろいろな折り紙の折り方をZoomで教えてくれます。結構高度な折り紙を教えてくれるので私にはついていけません。そこで折り紙の本を読まなくてはと思って探してみると、ネットに藤本修三氏の折り紙の本5冊がご遺族の承諾をえてInternet Archiveに公開されていることを知ったので紹介します。
https://archive.org/search?query=creator%3A%22Shuzo+Fujimoto%22
この公開については以下のGigazineの記事を読んでみてください。
https://gigazine.net/news/20221025-shuzo-fujimoto-origami-books-public-domain/
藤本氏は高校の化学の先生だったそうで、高校生に化学を教えるときに役立ついろんな折り紙を考案されました。例えば正四面体を炭素原子にみたてて、沢山の正四面体でダイアモンドの結晶構造模型を作る方法を考案されました。藤本先生は幾何学的折り紙のパイオニアとして世界的に有名です。今回紹介している本（「創造する折り紙遊びへの招待」）にも正多面体の折り方がのっているので折ってみようと思います。先生は界中に多くの支持者、後継者を生み出された方です。https://origami.kosmulski.org/
https://origami.kosmulski.org/blog/2022-03-11-celebrating-shuzo-fujimoto-centenary
　YouTubeにもいろいろ先生の折り紙が紹介されているので参考にしてみてください。
例えばこんな折り紙があります。
https://youtu.be/up6FZLFkVSM

こちらのOrigamiのサイトには、藤本さんの伝記が掲載されています。
https://cfcorigami.com/creator/shuzofujimoto

オープンアクセスの教科書や画像、ビデオ、雑誌などへのリンクを集めたポータルサイトを紹介します。

投稿日: 投稿者: root

 

今日はオープンアクセスの教科書や画像、ビデオ、雑誌などへのリンクを集めたポータルサイトを紹介します。
カリフォルニア大学バークレー分校の図書館のサイトです。
Guide to Open, Free, & Affordable Course Materials: Home
https://guides.lib.berkeley.edu/affordable-resources
このページのタブにある以下のリンクをクリックすると無料で読めるオープンアクセスの教科書や、電子ブック、雑誌やオープンアクセスの画像の探し方がリストされているので使ってみてください。
今まで知らなかったよい資料が見つかると思います。

Free and Open Textbooks Online
https://guides.lib.berkeley.edu/c.php?g=623949&p=4397838

eBooks
https://guides.lib.berkeley.edu/c.php?g=623949&p=4397840

Free & Open Journal Articles Online
https://guides.lib.berkeley.edu/c.php?g=623949&p=4397843

Open Access Images
https://guides.lib.berkeley.edu/c.php?g=623949&p=4398830

二枚の写真はPixabayからもらった英国Cambridge大学のキングズカレッジの風景と、京都の金閣寺です。英国に暮していた時、Cam川にいる白鳥に毎日子供たちとパンくずをやりにいっていたのを思い出します。白鳥は野生の鳥ですので、大きな羽音をたてて飛びます。日本のお堀でみかける羽根を切ってある白鳥とは違ってワイルドです。

国産の高性能クライオ電子顕微鏡で、タンパク質内の立体構造や電荷分布とほとんどの水素原子が可視化できたそうです！

投稿日: 投稿者: root

今日は、タンパク質内の水素原子がクライオ電子顕微鏡によって可視化できたというニュースを紹介します。

クライオ電子顕微鏡を用いてタンパク質の立体構造が次々と解明されています。昨日、東北大学と理化学研究所の、高性能国産クライオ電子顕微鏡（CRYO ARM 300）を用いた共同研究で、アポフェリチン（apoferritin）というタンパク質内のほとんどの水素原子の位置や、化学結合の様子、アミノ酸の示す正負の電荷分布などをなんと1.2Å以下の精度で決定することに成功したという論文が発表されました。アポフェリチンというのは、鉄を運ぶタンパク質ですが、クライオ電顕の性能テストに標準品としてよく使われるので有名なタンパク質です。今回の論文の著者らによる立体構造がこちらに掲載されているので眺めてみてください。
https://pdbj.org/emnavi/quick.php?lang=ja&id=emdb-9890
今回は、高性能のクライオ電子顕微鏡を使って、ついにこのアポフェリチンの立体構造を原子が一個一個見えるほどの精度で決定することができたそうです。タンパク質内に存在するほとんどの水素原子を（上のtwitterの図に緑で示しているように）、球殻としてみることができるようになりました。これは水溶液中のほとんどの水素原子の分布が原子レベルでみられるということで、アミノ酸の水素原子や水素結合の他、タンパク質内の水分子も見えています。結晶化することなくタンパク質の構造がわかるクライオ電子顕微鏡をつかって、水溶液中に存在するタンパク質の立体構造を原子一個一個のレベルで見ることができるのは画期的です。サンプルは凍っているので、生体内の体温で動いている分子の構造とは（水分子の空間分布が水溶液と氷とではがちがうので）同じとはいえません。しかしこの凍結しているタンパク質の構造をもとに、常温でのタンパク質の水和構造や水素結合、プロトン移動反応などを解明するための第一歩がふみだされたのは間違いありません。私達の研究している糖鎖が付加された蛋白質の糖鎖の構造も読めるようになることを期待しています。
Saori Maki-Yonekura, Keisuke Kawakami, Kiyofumi Takaba, Tasuku Hamaguchi, Koji Yonekura, “Measurement of charges and chemical bonding in a cryo-EM structure”, Communications Chemistry, 10.1038/s42004-023-00900-x
論文はこちらからダウンロードできます。https://www.nature.com/articles/s42004-023-00900-x

内容はこちらの日本語のプレスリリースを読んでみてください。大変詳しくわかりやすく書かれています。理解できない部分はGoogle検索やChatGPTを使えば理解できると思います。
https://www.riken.jp/press/2023/20230531_3/index.html

宮澤賢治没後90年になるそうです。

投稿日: 投稿者: root

今年は宮澤賢治の没後90年ということで、NHKでも賢治についての番組が放送されています。
https://www.nhk.jp/p/ts/X83KJR6973/episode/te/DWX6897RZP/
また、賢治の父の観点から賢治を描いた映画も上映されているようです。
「銀河鉄道の父」https://ginga-movie.com/

国立国会図書館の個人送信資料で、宮澤賢治を著者とする本を検索してみました。
宮沢賢治の童話や詩集がありますが、中には「宮沢賢治友への手紙」
https://dl.ndl.go.jp/pid/1673685
や、宮澤賢治手帳復元版というのもあります。
https://dl.ndl.go.jp/pid/2515053
雨ニモマケズの原稿もこの手帳にあります。右の写真をご覧ください。

私は以前の記事で、宮澤賢治の「春と修羅」の序文の「有機交流電燈」という表現に関して、遺伝子発現のサーカディアンリズムの解釈に、直流ではなく交流電流の理論が使えるとする論文があるということを紹介しました。毎日毎日、遺伝子発現が昼夜に応じて周期的に変動し、交流電燈のようにせわしく遺伝子のオンオフが繰り返されるありさまは、まさに賢治が書き遺した有機交流電燈の明滅そのものであるように思えてきます。
https://glycostationx.org/2022/05/31/%e5%ae%ae%e6%be%a4%e8%b3%a2%e6%b2%bb%e3%81%ae%e6%9c%89%e6%a9%9f%e4%ba%a4%e6%b5%81%e9%9b%bb%e7%87%88%e3%81%a8%e3%81%af%ef%bc%9f/

私は丁度今、 Kindle本で以前　578円という値段で安売りをしていたので買った本「カント入門講義　超越的観念論のロジック」 冨田恭彦 (著) (筑摩学芸文庫）を読んでいます。この本を読みながら、賢治の「春と修羅」の序文を読み返してみると、賢治はカントを読んでいたのではないかと思いました。そこでさっそくネット検索してみると、そのように論考されている賢治研究者のかたのブログがあることを知りました。
https://ameblo.jp/kaisizu2019/
やはり「春と修羅」が出版された頃は、日本や岩手はカントブームだったんですね。カントの語彙をふまえて読むと、「春と修羅」の序文はとてもわかりやすい納得できる内容だと思えてきます。
詳しくは賢治研究者の石川　朗さんの上記ブログをご覧ください。
余談ですが、上のカント入門講義という本は、今のChatGPTのニューラルネットワークの発展をふまえて読むと、カントの本が、深層学習やニューラルネットワークの入門書として読める様に思えてくる本です。まだ途中までしか読んでいませんが、AIに興味のある人がカントを読むための入門書にもなっていると思いました。カントの自然科学への造詣の深さから講義が始まる、自然科学に興味のある方には特におすすめの本です。

タルコフスキー監督や黒澤明監督の名画をみてみましょう！

投稿日: 投稿者: root

福岡は昨日梅雨入りしました。今日は朝は雨足が強かったですが、午前中に一度止んで、今また降っています。夏日だったのが今日はちょっと寒くて気温の上下がひどいので気をつけなくてはと思っています。さて今日は映画の紹介です。
去年3月15日の記事でタルコスフキー監督の「ソラリス」が良い映画だと推薦しました(末尾にペーストしました）。先日、タルコフスキー監督の映画がいろいろ英語字幕付でみられるという記事をGigazineでみたので、
https://gigazine.net/news/20230529-andrey-tarkovsky-films-online-for-free/
紹介されていたサイト(Mosfilmのサイト)をみてみました。

以前の記事を書いた時には、映画「ソラリス」（Solaris）は　part 1とpart 2、それぞれ別々に動画がアップロードされていました。
今見ると、一本の動画にまとまっており、画質もデジタルリマスター版がアップロードされていて、格段によくなっています。
https://youtu.be/Z8ZhQPaw4rE

アナログテレビしかなかった頃、NHKのBSでタルコフスキー監督の映画をよく放送していました。
この頃は全く放送されないですね。残念でしたが、このサイトでいろいろ見ることができるのは素晴らしいことです。
サイトには6本ほどタルコフスキー監督の映画がアップロードされています。
https://www.youtube.com/playlist?list=PL7EqAsBxqGgjarBzACNmCNDdr0y0iFu8U
他にも英語字幕付きのいろいろな映画、「ヨーロッパの開放」とか「戦争と平和」などもあります。
https://www.youtube.com/@Mosfilm_eng/playlists
また黒澤明監督の監督作品でアカデミー外国語映画賞を含む数々の賞を授賞した「デルス・ウザーラ」もみることができます。
https://youtu.be/sFaL03SKEzE

以下は去年の記事です。
2022/3/15
今日は、映画の紹介をします。タルコフスキー監督の映画ソラリス（惑星ソラリス）です。1972年カンヌ国際映画祭審査員特別賞受賞作品です。昔院生の時、生物物理学教室の図書室に貼ってあったポスターをみて、司書さんから切符を買って奥さんと一緒に観にいった映画です。長い映画で途中で上映会場での休憩時間があったりしたのですが、終わっても席を立てない人が私達を含めて沢山いました。この映画は本当に予想もできない結末で、未知との遭遇のシミュレーションとしてもすぐれたものだと思います。本当のSF映画として推薦します。もう一回観たいと思ってもなかなか見られなかったのですが、今では以下のYouTubeで大画面高画質、英語字幕に設定してみることができます（私はFireTV stickをテレビに挿して大画面でみています）。また機械翻訳なら日本語訳もみられますが、まあ訳の水準は低いです。
パソコンでブラウザのBraveで字幕設定ccを英語にしてご覧ください。Language Reactorも活用できます。

　ChatGPTやBERTなどで使われているTransformerについての動画を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

ChatGPTやBERTなど最近のLLMではtransformerという仕組みが使われています。BERTはBidirectional Encoder Representations from Transformersの略で、GPTはgenerative pre-trained transformerの略です。どちらもtransformerを使っていることがわかります。
transformerは機械翻訳だけでなく、コンピュータービジョンにも応用されています。また音声を文章に書き起こしたり、図に説明をくわえたりするのにも利用されており、それぞれの用途で素晴らしい成績をあげています。

transformerについて理解したいと思い解説のYouTubeを探してみました。日本語ではこちらなどはどうでしょう。
https://youtu.be/50XvMaWhiTY

このチャンネルには深層学習の基礎からはじめて、transformerの理解の不可欠なニューラルネットワーク、リカレントニューラルネットワーク（RNN）、注意メカニズム（Attention Mechanism）などを学ぶことができます。必要な線形代数などの知識についての動画もありますので学びやすそうです。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLhDAH9aTfnxKXf__soUoAEOrbLAOnVHCP
英語ではスタンフォード大学の講義もあります。https://web.stanford.edu/class/cs25/
YouTubeで動画がみられますし、上のサイトから資料もダウンロードできます。ただ講師の英語がききとりにくいので、字幕を表示しながら視聴する必要がありました。私は途中で挫折中です。チャンネルはこちらです。https://www.youtube.com/playlist?list=PLoROMvodv4rNiJRchCzutFw5ItR_Z27CM

初回の動画はこちらです。サイトへ埋め込めないのでリンクだけ示しておきます。
https://youtu.be/XfpMkf4rD6E