野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
このブログでたびたび紹介している佐藤竜馬先生（国立情報学研究所 (NII) ）の記事を紹介します。
この記事を読めば機械学習理論がわかります https://t.co/U73fqbpTt5
— 佐藤 竜馬 / Ryoma Sato (@joisino_) March 17, 2025
2025-03-17
『絶対に分かる機械学習理論』
https://joisino.hatenablog.com/entry/theory
ざっと終わりまで眺めてみると、たしかにわかりやすい記事です。機械学習に使われている数学についての理解も深まると思います。参考になると思いますので皆さんも是非読んでみてください。
また次の記事も面白かったです。
2025-01-15
『人間には認知できない情報を活用するAIたち』
https://joisino.hatenablog.com/entry/superai
どう見ても犬の写真をなぜAIはネコと判断するのかという話でひきこまれて、AIについての認識を新たにすることができる記事でした。おすすめします。
Mathematical Foundation of Reinforcement-Learningという教科書を著者 Shiyu ZhaoのGitHubのページから読んだりダウンロードしたりすることができます。Amazonで買うとKindle版で13808円となっています。
https://github.com/MathFoundationRL/Book-Mathematical-Foundation-of-Reinforcement-Learning
この教科書の講義動画もあります。 video course, textbook, lecture slidesが提供されています。
https://youtube.com/playlist?list=PLEhdbSEZZbDaFWPX4gehhwB9vJZJ1DNm8&si=McjJ1Flk-3jsKEsX
AIで生命科学の研究をすすめる例を知ることが出来る動画がありました。
またAIを活用して中学校の英語教育に勝章されている先生のインタビュー記事があったのでそちらも紹介しておきます。AI英語教育ラボという先日発足したサイトにある記事です。
https://ai-eigo-lab.com/
次にリンクするインタビュー記事には、先生が使っておられるGPT も紹介されているのでどなたにも役立つ内容だと思います。
【インタビュー】「もうAIがない世界には戻れない」― 聖光学院中高・髙木俊輔先生に聞く、地に足のついたAI活用と英語教育の未来
https://ai-eigo-lab.com/2025/05/31/interview-takagi/
Steven Strogatzさんは、昨日紹介した蔵本先生の蔵本モデルを詳細に解説している教科書を書いている、有名な複雑系の研究者で教育者です。教科書はこちら。
https://www.stevenstrogatz.com/books/nonlinear-dynamics-and-chaos-with-applications-to-physics-biology-chemistry-and-engineering
この教科書を参考書に指定しているこんな講義動画もあります。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLUeHTafWecAUqSh3Gy0NNr7H3OsXoC-aK
彼が米国科学アカデミーの会員に選ばれたという記事はちょっと前に書きました。そのストロガッツさんの公開講演会の動画がアップロードされていました。
https://www.nitmb.org/public-lectures
Recorded on 5/7/2025
Title: From Math to Bio and Back: Reflections on a Two Way Street
私は知らなかったのですが、Strogatzさんは最初は生物学専攻で数学を生物学に応用するという仕事で研究生活をスタートされたのですね。びっくりしました。こんな論文があるそうです。PNASですね！クロマチンの構造形成の数学モデル！講演会動画のスクショです。
ストロガッツさんについてはこのブログで何度も触れていますので検索してみてください。一つだけ過去記事を埋め込んでおきます。
ツイートはやめるといっておられましたが、しばらくして再開されて現在にいたっています。
話は変わりますが、先日用があって「三井ショッピングパークららぽーと福岡」に行きました。時間があったので自動車税の支払いをしようと近くのコンビニの場所を教えてもらって外へ出ると、なんとガンダムがそびえていました。写真はその時撮った、実物大のガンダム立像で日本一とかで少しは動くようです。
https://mitsui-shopping-park.com/lalaport/fukuoka/event/2718166.html
ガンダムのアニメは見たことがないのですが、観光に来た外国の人たちが写真を熱心に撮っていました！すごい大きさですね！下に歩いている人とくらべると大きさがよくわかります。
日付が未来になっていますが、これが昨日あった講演会の動画です。
蔵本先生が京都大学を退官されるときの講義録もオンラインで読めます。読んでから上の動画をみると理解しやすいと思います。
無料の英語教科書を集めたサイトを紹介します。こちらのサイト
https://collection.bccampus.ca/は、次の本ブログの過去記事
で紹介した無料教科書もはいっている優れたポータルサイトです。リンクを開くと様々な分野が表示されて
クリックすると無料教科書や無料のコースパックが利用できます。サイトのスクショを貼り付けておきます。
ビジネスや数学・統計学、生命科学・医学、コンピュータ科学や法律など人文科学や自然科学、技術などの分野の教科書、教材があつまっています。
Academic Writing, English, Communication, Professional Communicationの本としては論文の書き方やファクトチェックのやり方、大学レベルの英語の教科書、プレゼンのやり方などの教科書がいっぱいあります。一例としてファクトチェックのやり方の教科書へのリンクを転載しておきます。
https://collection.bccampus.ca/textbooks/web-literacy-for-student-fact-checkers-361/
よくできた教科書だと思います。
柳瀬陽介先生のツイートで面白そうな英語の朗読サイトが紹介されていました。英語朗読チャンネル Fireplace Tales
https://www.youtube.com/@FireplaceTales
英語朗読チャンネル Fireplace Tales https://t.co/EZQjANsVgC 世界の名作を英語で朗読しています。ゆっくりした気持ちで、英語で英語を理解する習慣をつけるのにいいYouTubeチャンネルかもしれません。
— Yosuke YANASE （柳瀬陽介） (@yosukeyanase) May 27, 2025
昔の本、「不思議の国のアリス」や「オズの魔法使い」、「グリム童話」や「シンデレラ」などおなじみの作品の日本語字幕付の朗読を聴くことができます。私のお気に入りはこちらです。
【英語朗読・読み聞かせ】ピーターラビットのおはなし 日本語字幕付き The Tale of Peter Rabbit【焚火音あり】【女性ナレーション】
https://youtu.be/4Oek2ccCu2w?
埋め込みはできないそうです。残念！（他のウェブサイトでの再生は、動画の所有者によって無効にされています、とのことです）
YouTubeのおすすめに、計算物理春の学校2025の最新動画がでていたので紹介します。
このブログでも時々とりあげている量子化学、量子物理の計算手法である密度汎関数法の入門講義です。
計算物理 春の学校 2025 密度汎関数理論の基礎と応用
https://youtu.be/sNZY2Unm1M0?
予備知識として第二量子化と量子統計力学があげられていますが、話のすじをおっていくことはこれらの予備知識なしでも可能だと思います（最初の部分をみただけですが‥‥）。密度汎関数法DFT(Density Functional Theory)は量子化学の計算プログラムに実装されているのでブラックボックスとして使いはじめている人も多いかもしれません。第一原理計算というタイトルの本などにソフトウエアの使い方などは載っているので(本のタイトルは過去記事を検索してみてください）、実際計算している人が原理を学ぶのには絶好の講義であると思います。参考書も参考文献もしっかり紹介して下さっているのでそれらをみたり、生成AIに質問したりしながら学ぶとよさそうです。一回通して講義を聴くと、新しい展望が得られると思います。密度汎関数法を機械学習にのせるという話のありますよ。
参考文献としてこの講義で紹介されている『密度汎関数法の基礎(講談社）』常田貴夫著は、すばらしい量子化学の入門教科書だと思います。 Kindleの半額セールで先日購入しましたが、これはよい本です。
この動画をみるとアレルギー反応についての理解が深まります。是非ご覧ください。
WALS: William E. Paul Lecture- Immunology From First Principles
https://youtu.be/_hIWt-J_0_E?
https://www.youtube.com/@NIHVideoCast
この動画はNIHで先日行われた、アレルギーがなぜ起きるのかについての講演の録画です。
YouTubeの動画のほうはダウンロードできませんが、本家のNIH videocastのほうでは動画のダウンロードはもちろん、字幕のダウンロードも可能です。またYouTubeにはない動画もいっぱいあるのでNIH videocastは本家のほうで視聴してください。
https://videocast.nih.gov/watch=55037
WALSというのは Wednesday Afternoon Lecture Seriesの略で、水曜日の午後におこなわれる講演シリーズについてる名前です。
今回の講演では、アレルギー反応というものについての興味深い研究が紹介されています。なぜアレルギー反応やアレルギー病というのが起こるのか？アレルギー反応には生体防御の意味があるのではないか？ こうした疑問に答えてくれる講演です。SPFマウスは生物学の実験で使う標準的なSPFマウス(特定の病原菌から隔離した状態で生まれて育っているSpecific Pathogen Free （SPF)）マウスです。いろんな種類・系統のマウスが動物商から購入できて実験に使われますが、そうしたマウスはSPFのものを指定して購入するのが普通です。この講演動画では、SPFマウスとペットショップで売っているマウス（こちらは各種の微生物にさらされています）を比較した実験が紹介されています。なんとペットショップマウスはSPFマウスよりも格段にアレルギー反応を起こしにくいそうです。なぜか?そのメカニズムの研究が紹介されています。面白かったのは、腸での病原体との接触によってシグナルが神経系につたわって病原体の忌避行動につながるというところです。講演では線虫の話はなかったのですが、私の研究している線虫の生体防御メカニズムとマウスのメカニズムは全く同じみたいです。線虫も有害な病原体や物質を認識すると、それに対する忌避行動を起こします。線虫は抗体をつくらないので、こうした忌避行動は線虫の最も重要な生体防御メカニズムの一つです。線虫とマウス、これほど進化的に離れた生物間で病原体や有害物質の忌避反応が共通の生体防御メカニズムだということがわかりました。線虫の研究も結構、ヒトの病気の研究に役立ちそうです。
今日も一日ChatGPTにいろいろ簡単なコードを作ってもらって作業していました。８Gとかの大きさのあるWormBaseのファイルGFF3ファイルをあつかうことがなんとかできるようになったのも、ChatGPTがつくってくれるPython scriptのおかげです。
さて今日はこんなニュースも飛び込んできて、ますます科学研究に役立つ生成AIになってきましたね。
ChatGPT now can analyze, manipulate, and visualize molecules and chemical information via the RDKit library.
Useful for scientific work across health, biology, and chemistry. pic.twitter.com/WfbjuSMFVR
— Greg Brockman (@gdb) May 23, 2025
ChatGPTのプロンプトで「RDkitを使って〜〜」という指示をするだけで結果が得られるというすごいことになってきています。
RDkitについては以前の記事をご覧ください。
擬人化ドラマ✕情報解説 ＼世界は元素でできている／が明日放送だそうです。バイオ・ケモインフォマティクスのよいブログも必見です。