The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

Code interpreterを自分のパソコンで動かす方法の解説動画があります。

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無事に京都から戻ってきました。福岡も数日前よりもずいぶん涼しくなっていて快晴でした。京都も今日は快晴で、朝はやくから京都駅の近くにある東本願寺の飛地境内地の庭園である渉成園（しょうせいえん）を見に行きました。
https://www.higashihonganji.or.jp/about/guide/shoseien/
こちらの庭園ではテレビドラマの暴れん坊将軍のロケもたびたびおこなわれていたそうです。園内の池にはアメンボがたくさんいました。また池の傍の木にはなんと鷹がとまっていて、みつめていると大きく羽ばたいて飛び去っていきました。京都駅のすぐ近くに鷹がいるんですね。びっくりしました。

さて今日はよくわかるYouTubeチャンネルを一つ紹介しておきます。
「にゃんたのAI実践チャンネル【Python × 機械学習 × ChatGPT】」というチャンネルです。
https://www.youtube.com/@aivtuber2866/featured
こちらにはChatGPTについての有益な動画があります。またコードインターブリターの自分のパソコンへのインストール法についての動画もあります。みましたがwindowsへのインストールの仕方なども動画を見ながら自分のパソコンにインストールできるように説明されていて秀逸です。是非ご覧ください。二つほど動画のリンクを張っておきます。この動画のはじめにはすこしだけ予告編のような動画が流れます。すこしまっていると動画が始まりますので安心してください。まずは動画リストのページのリンクから紹介します。
https://www.youtube.com/@aivtuber2866/videos

話題のOpen Interpreterを解説！Windowsでの使い方なども紹介
https://youtu.be/kwFd_jA0G54?si=WfUw3f-iZiel-agA

Open Interpreterをオープンソースのモデルで使えるのか検証！Code Llamaの使い方を解説
https://youtu.be/afVVyOJvtPI?si=IZxtvpF8Dt1KPigy

 

Mathematicaで量子化学計算をするモジュールが開発中とのニュースです。

投稿日: 投稿者: root

約一年ぶりに京都にきています。昨年はコロナで人出が少なかったですが、今年は外国人観光客も激増していて賑わいがもどったようです。和服をきて歩いている外国人観光客がとても多いです。またホテルのスタッフもマスク着用は任意になっていて、ほとんどの方がノーマスクです。久しぶりに河原町にいきましたが、昔あったいろんな店がなくなってさみしい気がしました。丸善、駸々堂京宝店、オーム社、京都書院、文祥堂、まんじ堂、河原町の冨美家、不二家など河原町の有名なお店は消えて、ユニクロとか薬局とかの外国人観光客向けの店がほとんどになってしまっています。錦市場も昔の京都市民の台所の性格が消えて、これも外国人観光客向けになっている気がしました。京都の山並みは昔のままですが、比叡山の山頂展望台も消えてもうだいぶになります。年月を感じさせる変化でした。

さて今日はMathematicaで量子化学計算をてがるにできるようにしようというMathematicaのモジュールが開発中であるというニュースです。こちらのツイートをご覧ください。いつも有益な情報を提供してくださっている酒井雄志さんのツイートで知りました。https://nitter.net/830RDEkpvteEODM


こちらのGitHubのサイト
https://github.com/LCPQ/qcmath

およびこちらのプレプリントリンクからご覧ください。
https://arxiv.org/abs/2308.14890

このモジュールはLinuxのMathematicaで動かすようです。動作条件と必要なMathematicaとPython, Python モジュールは以下のとおりです。

Linux OS
Wolfram Mathematica>12.1
PySCF (これはThe Python-based Simulations of Chemistry Frameworkというモジュール集です。これにあうようにPythonとNumpyのバージョンが設定されています)
Python ≧3.6.0
Numpy ≧1.13

意識の進化についてオリジナルな進化心理学的アプローチで考えるという講演動画がでています。

投稿日: 投稿者: root

明日はお彼岸ですね。亡くなった人を思い出し未来を考える機会になるよい習慣だと思います。Royal Institutionの講演動画に、「意識はどのように進化したか」How did consciousness evolve? という有名な進化心理学者で哲学者のNicholas Humphreyの講演があったのでお知らせします。https://youtu.be/9QWaZp_2I1k?si=wYA1zcBnFGryyIqs

ニコラス・ハンフリーについてのウイキペディアはこちらです。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8B%E3%82%B3%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%83%BB%E3%83%8F%E3%83%B3%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC
私は全く知らなかったのですが、例によって最近でたばかりの彼の本 ‘Sentience: The Invention of Consciousness’ の紹介もかねた講演のようです。https://mitpress.mit.edu/9780262548311/sentience/

彼の現象的意識の理論をはじめて詳しく紹介する講演になっているそうです。この講演では、現象的意識は最近の進化の産物であり、哺乳類や鳥類など温血の動物だけにみられるものだとされているそうです。タコやミツバチとかは知性をもつようにみえますが、原料的意識はもたないといっているそうです。現象的意識というのははじめて聞く言葉でしたがhttps://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%8F%BE%E8%B1%A1%E7%9A%84%E6%84%8F%E8%AD%98
という解説がウィキペディアにありました。Humphreyは1943年生まれで、彼の著作は二冊ほど邦訳されています。いわゆるクオリアというのも現象的意識に属する概念だそうです。

邦訳されている著書は
『赤を見る』紀伊國屋書店 (2006/11) 柴田裕之訳
『ソウルダスト――〈意識〉という魅惑の幻想』紀伊国屋書店（2012/04）柴田裕之訳の二冊です。

意識について進化論的に考えるアプローチの一つとして動画が参考になるかと思います。

メンデレーエフの無煙火薬製造法の発見のエピソードについて書かれている本をみつけました。日本語で無料で読めます。

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去年の記事で、周期律表を発見したメンデレーエフがフランスで極秘とされていた無煙火薬の成分をつきとめたという話を紹介しました。増山元三郎先生が「数に語らせる」 （岩波書店1952年）という本で紹介されている逸話です。

周期律の発見者メンデレーエフが無煙火薬の製造法の秘密を探った方法とは？

これは公開情報だけを利用して秘密を探る、いわゆるオシントといわれる手法の教科書的な例だと思いました。去年記事を書いたときに、この逸話がのっているメンデレーエフの伝記を探したのですが見つかりませでした。一昨日、このエピソードの載っているメンデレーエフの伝記をたまたま見つけたので紹介します。これは国立国会図書館の個人送信資料で読める本です。
「メンデレエフ : 周期表の発見者の業蹟と思想」　オ・ピザルジェブスキー 著 共立出版1956
https://dl.ndl.go.jp/pid/1376094
昨年紹介した話が単なるうわさ話にすぎない   とこの本には書かれているので驚きました。でもひろく流布している話だそうです。それが書いてあるのはこちらのページです。
https://dl.ndl.go.jp/pid/1376094/1/173

メンデレーエフについてはこちらの本にも簡単な伝記があります。
「化学を築いた人々」　原光雄 著　中央公論社 1954
https://dl.ndl.go.jp/pid/1374129

周期表についてはこちらの動画がよいと思います。
https://youtu.be/KjsyekeSeOo?si=pfCyRbCC6eXo4Y7X

研究で得られるデータの収集、解析、公開などについての最新の手法を学べるサイトを九州大学が公開しています。ぜひご覧ください。

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研究で得られるデータの正しい収集法、正しい取扱い方、整理法などについて役立つ情報を集めたサイトがあります。
九州大学が公開しているこちらのサイトをご覧ください。
「研究者や、研究者の支援に関わる担当者を対象に、研究データ管理に関するワークショップや教材を提供します。」
と書かれているページです。
https://rds.dx.kyushu-u.ac.jp/workshops_learning_materials

最近では、研究成果の再現性が問題になる事例が頻発しており、結果を再現できるように研究過程と得られたデータ、収集法などを明確に記録しておく必要があることが常識化してきています。このブログで以前紹介していた「再現可能性のすすめ―Rstudioによるデータ解析とレポート作成」という本などは、データ解析の課程を逐一再現できるように記録して研究する方法のよい紹介になっていました。
今回上にリンクを紹介した九州大学のサイトには、もっと広い範囲を扱っていて、どのような研究をしている研究者にも必須の教材や動画がまとめられています。
研究者や研究支援者がみにつけておくべきデータマネジメントの手法とは何かがよくわかるように、具体的かつわかりやすく解説してあるので、是非各項目をクリックして勉強してみてください。デジタル時代の研究マネジメントについての理解が深まり、必ず研究に役立つと思います。
とりあえずは、ページにリンクがある、
「研究者のための研究データマネジメント」
https://jpcoar.repo.nii.ac.jp/records/294
や
「RDMトレーニングツール」(RDMというのはresearch data managementの略です）
https://jpcoar.repo.nii.ac.jp/records/34
あたりから学び始めるのもいいと思います。
資料にある様々なデータベースの紹介や、手法など役立つ情報が満載です。是非ご覧ください。

阪神優勝、歴史に残る写真はどのように撮られたのか。ニューラルネットワークのやさしい日本語紹介動画も載せておきます。

投稿日: 投稿者: root

阪神タイガーズがシーズン優勝したので恒例の道頓堀川へのとびこみがみられました。
昔の優勝のときには、カーネルサンダースを川に投げ込んだりしていたという話です。

しかし今回話題沸騰している、次の写真はいい写真ですね。歴史に残る写真だと思います。
平和な日本が、世界中に平和をあまねく届けてもらいたいものです。


次の記事は、この写真がどのようにして撮影されて誰がとったのかがよくわかるよい記事でした。

https://note.com/kyodonews_osaka/n/n79d4c04a967b

さて今日は、YouTubeの3Blue1Brownというサイトを紹介します。日本語の公式チャンネルがあってまずそちらをご覧になることを薦めます。
https://www.youtube.com/@3Blue1BrownJapan

このサイトは、YouTubeチャンネルの説明によると、「3Blue1Brownの日本語版公式チャンネルです。東京大学の学生有志団体が本家3Blue1Brownの公式ライセンスのもと、動画を日本語に翻訳・再編集し公開しています。元のチャンネル（英語）https://www.youtube.com/c/3blue1brown」　ということです。東京大学の学生さんたちが日本語版にしてくださっているようです。
このチャンネルにはいろいろ役立つ動画がそろっています。たとえば次の動画はニューラルネットワークや深層学習の入門に最適ではないでしょうか。
「ニューラルネットワークの仕組み | Chapter 1, 深層学習（ディープラーニング）」
https://youtu.be/tc8RTtwvd5U?si=1Pynd8F3WOcAaTVV

本家の英語版チャンネルでは、chapter 4が今日公開されました。こちらもご覧ください。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLZHQObOWTQDNU6R1_67000Dx_ZCJB-3pi

英語圏の無料のコンピューターサイエンスの講義をあつめたポータルサイトがあります。

投稿日: 投稿者: root

英語での講義になりますが、コンピュータサイエンスのの無料の講義をあつめたポータルサイトがあります。
https://github.com/Developer-Y/cs-video-courses

なんと800もの講義が無料で学べるそうです。YouTubeの動画もたくさんあります。
目次は以下のようになっています。一度サイトを訪れてみて、よさそうな講義があれば学んでみてはいかがでしょうか。

Introduction to Computer Science
Data Structures and Algorithms
Systems Programming
Database Systems
Software Engineering
Artificial Intelligence
Machine Learning
Computer Networks
Math for Computer Scientist
Web Programming and Internet Technologies
Theoretical CS and Programming Languages
Embedded Systems
Real time system evaluation
Computer Organization and Architecture
Security
Computer Graphics
Image Processing and Computer Vision
Computational Physics
Computational Biology
Quantum Computing
Robotics
Computational Finance
Blockchain Development
Misc

個人送信資料の紹介―Turingのお母さんが書いたチューリング伝、長岡半太郎伝、物理学入門書、子供向け科学の名著など

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今日は国立国会図書館の個人送信試料で無料で読める本を紹介します。

チューリングはコンピュータ科学のパイオニアで、生物の形態形成の理論も作り上げた天才です。第二次世界大戦中のドイツ軍の暗号解読にも大きく貢献したのも有名です。このブログでも何度もとりあげています。今日、国立国会図書館のサイトを見ていたとき、チューリングのお母さんが書かれたチューリング伝が読めることに気づきました。

電算機の予言者　アラン・チューリング伝　（サラ・チューリング著、渡辺茂・丹波冨士男　共訳）講談社
https://dl.ndl.go.jp/pid/12286546

お母さんの書かれた伝記ですので、愛情にあふれた筆致に感動します。Turingのお母さんからみた成長の様子、ちょっとしたエピソードなどがこころに響きます。お母さんは彼の死が自殺ではなかったと思っておられることもよくわかります。

あと、仮説実験授業で有名な板倉聖宣さんの本がいろいろ読めます。出版当時　高額でとても買えなかった本　長岡半太郎伝も無料で読めるようになっていました。長岡半太郎は原子模型の提唱で世界的に有名な科学者です。この本には、元素変換で金を作ったという彼の報告についても詳しく書かれています！
「長岡半太郎伝」（板倉聖宣, 木村東作, 八木江里 著）朝日新聞社1973
https://dl.ndl.go.jp/pid/12194633

もう少し一般読者向けの短い長岡半太郎の伝記はこちらです。上の詳細な伝記に基づいて書かれたより読みやすい伝記です。まずこれを読んでから、上の本を読むとよいそうです。
「長岡半太郎 (朝日評伝選 ; 10)」（板倉聖宣 著）朝日新聞社　1976
https://dl.ndl.go.jp/pid/12194643

板倉聖宣さんの他の本もいろいろ読めます。次の本は以前の記事で紹介した本で、ルクレティウスの本の子供向けの抄訳が含まれてます。
少年少女科学名著全集 4　（板倉聖宣 等編）国土社　昭和40
https://dl.ndl.go.jp/pid/1655694

この少年少女科学名著全集には他にも湯川秀樹や寺田寅彦の随筆選や、ローソクの科学、ファーブル昆虫記の抄訳、微生物を追う人々、ガリレオの星界の報告の抄訳など様々な名著が集められており、小中学生から読み始められるように企画されているよいシリーズだと思います。

同じようなシリーズに、発明発見物語全集 （板倉聖宣 等編）国土社というのもあります。第9巻は生命科学を扱っているのでちょっと内容を見てみました。すると中に、なんとルイセンコ、ミチューリンの項目があるのに驚きました。ソビエトの生命科学をめちゃめちゃにした擬似科学です。日本でもこの説をもてはやしたグループもあったのは忘れてはならない事実だと思います。こういう古い本をみると、科学の発展について深く考えるきっかけになるものですね。

他に板倉聖宣さんの本では、有名な物理学者　江沢洋先生との共著
「物理学入門 : 科学教育の現代化」（板倉聖宣, 江沢洋 著）国土社　1964
https://dl.ndl.go.jp/pid/1380181

「現代物理学の基礎」（玉木英彦, 板倉聖宣 共著）東京大学出版会1960
https://dl.ndl.go.jp/pid/1378375
があります。

量子力学の歴史についての日本語での動画（２時間で語る量子の歴史【天才大集合】）がでました。

投稿日: 投稿者: root

今日は福岡は気温が35°Cのところもあって蒸し暑かったです。夕方にはまだツクツクボウシが鳴いていて夏の終わりを感じさせます。今日は気楽に楽しめる動画を紹介します。予備校のノリで学ぶ「大学の数学・物理」の最新のYouTube動画です。令和5年度の「科学技術分野の文部科学大臣表彰」科学技術賞を受賞されたのでも有名ですね。

2時間で語る量子の歴史【天才大集合】
https://youtu.be/8c25qbCpFOU?si=O8kjfo8oUW65MKGh

 

ChatGPT plusのプラグインで自分の作ったプロンプト（日本語、英語）を改良してくれるものがあります！

投稿日: 投稿者: root

ChatGPTのプロンプトを改良してくれるプラグインがあります。こちらのブログの記事で知りました。これは使えそうです。

【ChatGPTプラグイン】Prompt Perfectを用いたプロンプトの改善

https://self-development.info/%e3%80%90chatgpt%e3%83%97%e3%83%a9%e3%82%b0%e3%82%a4%e3%83%b3%e3%80%91prompt-perfect%e3%82%92%e7%94%a8%e3%81%84%e3%81%9f%e3%83%97%e3%83%ad%e3%83%b3%e3%83%97%e3%83%88%e3%81%ae%e6%94%b9%e5%96%84/

このブログ記事はとても分かりやすくてお勧めの記事です。ただインストールする際、ChatGPTのプラグインストアからインストールしようとすると、emailアドレス聞いてくるのでメールアドレスを入力する必要があります。そのアドレスにメールで確認コードの数字が送られてくるので、それをブラウザ画面で入力すると使えるようになります。自分が入力するプロンプトを、perfect:ではじめると、このプラグインが英語でプロンプトを改良してChatGPTに送り、その改良型プロンプトへの応答がもどってくるという仕組みです。

どんなプロンプトを送ったかは、Used Prompt Perfectと表示されている部分の下向き矢印をクリックすると表示されます。英語でのプロンプトの書き方の見本にもなっているので参考になります。一度試してみてください。