糖鎖生物学の最新の英語講義シリーズの紹介と、その他の面白いサイトの紹介です

このサイトですが、RSSフィードがこのブログページからしかでないというデフォルト設定でした。今日、プラグインをいれて、固定ページからもRSSフィードがでるようにしました。リンク集を今朝、すこし改訂して以下の記事のサイトもとりこみましたが(入れたばかりのリンクを赤い文字で表示してみつけやすくしました)、そうした固定ページへの変更もRSSフィードでわかるようになっているはずですので、是非、RSSフィードも使って訪問してくださるようお願いします。

さて本題です。ジョンズ・ホプキンス大学(Johns Hopkins大学)医学部で2018年におこなわれている糖鎖生物学の最新の講義Introduction to Glycobiology(英語の講義です)が面白そうです。ビデオが順次アップロードされており、みるだけで糖鎖生物学の基本と医学とのかかわりが勉強できます。有名なG. Hart先生やその他の先生が講義されておりシラバスがここにあります。是非聴講してみてください。

その他、リンク集には:
科学技術振興機構JSTのバイオサイエンスデータベースセンターのポータルサイトへのリンクも載せました。中にはいろいろ役立つサイトへのリンクがありますのでクリックして探してみてください。
たとえば、新着論文を紹介している、
ライフサイエンス新着論文レビュー
最新のレビュー記事をのせている、
ライフサイエンス領域統合レビュー
など参考になるリンクがあります。自分に役立ちそうなサイトをブックマークして使ってみてください。

またバイオ系の英語の書き方については以下のブログも参考になります。
http://bioenglish.hatenablog.com/

ノーベル賞受賞者Sulston先生について

線虫C. elegansの研究でノーベル賞をとられたSulston先生が今年3月6日に75歳で亡くなりました。胃癌だったとのことですが、亡くなる一か月前までは仕事をしておられたとか。先生らしい最後だと思いました。昔、私がケンブリッジのMRC LMB (The MRC Laboratory of Molecular Biology )の John White先生のラボにいたとき、ハロウィーンのパーティーをSulston先生のご自宅でやるからということで、皆でうかがいました。夜でしたが、御庭の池のほとりには日本の提灯が灯をともしてぶらさげられていて、私もお土産に、息子の折った折鶴で口に小さな線虫を咥えているものを、何重もの箱の中にいれてお土産に先生に渡しました。先生は面白そうに箱を何回も開けて、やっとでてきた折鶴が、線虫をくわえているのをみて笑っておられました。

MRC LMBの線虫研究者John White先生の手で、世界で初めてレーザー共焦点顕微鏡が実用化された(MRC LMBの工場で組み立てたそうです)のですが、この MRCの線虫ラボには伝説の床というのがありました。Sulstonさんたちが世界ではじめて、線虫のすべての細胞の系譜Cell Linages(どの細胞がどんな細胞になるかという系譜)を明らかにしました。多細胞生物の細胞系譜の完全な記述は世界初の偉業でした。

その実験ノートが残っています。線虫の胚発生を実体顕微鏡で逐一観察し、丸椅子に腰かけて実体顕微鏡で線虫の発生する様子を逐一観察しては、ノートブックへ発生の様子を書き込み、また顕微鏡にもどって観察するという作業を繰り返していたそうです。その作業のたびに丸椅子がくるくる回るので、とうとう床に穴があいたのだそうです。それが伝説の床なのです。左の写真はその床の場所を私が撮影したものですが、さすがに床は修理されていました。

毎日4時間休みなしで観察する作業を2回くりかえし、18か月におよぶ観察で約1000個の体細胞からなる線虫のすべての細胞の発生の様子(細胞系譜:どの細胞が分裂して、どの細胞になり、どの細胞がいつ死ぬかなど)が明らかになりました(White先生が書かれたSulstonさんへの追悼の辞をごらんください)。そのノートの一例がMRC のサイトにありますのでご覧ください(写真)
A4のノートの一行目に日付が書いてあります。細胞は色鉛筆で色分けされて示してあります。観察しているSulstonさんに一番近い細胞が赤、その下が緑、次に離れているのが黒、次が青、次が紫という色分けで3次元の細胞配置をスケッチしています。、観察している時間が発生中の胚の部分の絵の左上に書き込んであります。丸で囲んであるのは、胚の発生開始後の時間です(分表示で205分、215分とか書いてありますね)。
当時は、自動で胚発生を観察して記録するシステムもなかったので、すべて直接観察で手書きでスケッチしていったのですね。ものすごい努力です。
私がMRC LMBの線虫ラボに留学していたときには、White先生がパイオニアのレーザーディスクに発生の様子を自動記録するシステムを完成させておられて、観察と記録がもうすこし楽にできるようになっていました。ちなみに、White先生はレーザー共焦点顕微鏡の開発の他、線虫の300個程度の全神経回路網(どの神経が体のどこにあって、その神経細胞がどの細胞と接触しているかというのの全貌:今でいうコネクトーム)を解明したのでも有名です。

Sulston先生はその後、線虫ゲノムの配列解析の偉業にとりくまれて、完成。多細胞生物ではじめての全ゲノム配列の決定に成功しました。このプロジェクトの経験は、続いてSulstonさんと Bob Waterston先生(当時MRC LMBのポスドクで、セントルイスのワシントン大学へ移動)がとりくんだヒトゲノム配列の決定に大きく寄与したのです。Sulstonさんや線虫の研究者は、得られた成果を囲いこむことなく広く皆で共有するという秀逸な方針をもちつづけたため、ヒトゲノム配列の決定結果を売りだしたVenterたちとは対立し、急いでヒトゲノム計画を完成させました。、他にも乳癌遺伝子の成果を特許で囲い込もうとする動きにも鋭く対立しておられたと記憶しています。近年は生命科学と倫理の問題にとりくんでおられたと聞いています。

ここに載せている実験ノートの写真もCC BY 4.0といういう自由に利用できるという宣言がなされているものです。Sulstonさんの研究データの公開、共有という方針とおなじですね。

歴史にのこる科学者Sulston先生のご冥福をお祈りするとともに、その精神を受けついていくのが大事だと思います。

NCBI Bookshelfの紹介と、糖鎖生物学の教科書、糖鎖科学のロードマップの紹介です。

ランチョンセミナーでも紹介しましたし、またこのサイトのリンク集にもあげてありますが、NCBI Bookshelfには様々な生命科学の本がアップロードされており、自由にオンラインで読めたり内容を検索して読んだりできるので、勉強や研究にとても役立つ、活用できるサイトです。ストライアーの生化学(第5版)だのMolecular Biology of the Cellの古い版(第4版)などもありますので、本のタイトルを見るだけではなく、ページの一番上にある、キーワード検索ボックスを活用していろんな本を縦断検索してみてください。レポート作成や、新しい分野の研究のための予備知識の収集、セミナーや授業の準備などに大いに役立ちます。

私達の研究している糖鎖生物学の定番の教科書Essentialsof Glycobiologyの第3版(Cold Spring Harbor Press社、2017年発行の最新版です)がこのサイトにあるので、オンラインで無料で読むことが出来ます。編集者のEskoさんのカリフォルニア大学サンディエゴ分校のサイトには、この本の図(低解像度版)と図のパワーポイントスライドをダウンロードできるようにしてありますので、興味のある方は訪れてみてそこに書いてある著作権に留意した上でご利用ください。
糖鎖生物学は、アメリカでは研究のロードマップが公開され、集中的な予算投下で研究が猛烈に進んでいる分野です。アメリカの医療研究機関では糖鎖生物学の研究者がひっぱりだこで、人材不足になっているという話です。この糖鎖科学研究のロードマップ(Transforming Glycoscience
A Roadmap for the Future, National Research Council (US) Committee on Assessing the Importance and Impact of Glycomics and Glycosciences))もBookshelfに公開されていますのでご覧ください。pdf版もここからダウンロードできます。
これは日本語訳も発行されていますが、日本でも最新の研究成果をふまえたグライコサイエンスのロードマップが完成しており、ほどなく公開される予定です(私も執筆しています。英語版も発行されます)。

 

夏目漱石や芥川龍之介、その他日本の著者の本を読んでみよう―Internet Archiveの使い方4

私の昨年12月のランチョンセミナー(ConBio2017)では、Internet Archiveの使い方に軽くふれただけでしたので、このブログでYouTubeの動画よりももっと詳しく紹介する記事を続けています。
私が英国のケンブリッジ大学に留学していた時、ケンブリッジ大学図書館の利用票をもらったので、よく大学図書館に通いました。図書館には英語の本だけではなく、中国語や日本語の本も沢山所蔵されていました。日本語の本では、夏目漱石全集だの芥川龍之介全集、坪内逍遥訳のシェークスピア全集など様々な本があったので、当時小学校に通っていた子供の勉強にも役立ちました。
Internet Archiveには、下で紹介した寺田寅彦の青空文庫だけではなく、寺田寅彦全集も収録されています。私がみた範囲では一巻だけ欠落していますが、ほぼ全巻収録されています。また夏目漱石全集、芥川龍之介全集、小泉八雲(ラフカディオ・ハーン)全集、夏目漱石の奥さんの「漱石の思い出」、芭蕉の俳句集、その他いろんな日本語の本が読めることがわかるでしょう。多くは外国の大学図書館の日本語書籍コレクションをネット公開しているものです。探し方はいろいろあるとおもいますが、夏目漱石の本を探す時の一例を画像を交えて紹介します。(画像はギャラリー表示しているのでクリックすると大きく表示されます。)

Internet Archiveのホームページにアクセスして、Search Metadataにnatsumeと入れる。漱石がsosekiになるのか、sohsekiか などがわからないので名字だけいれます(一番上の画像)。
そして左のMedia Typeのtextsのボックス(上から二番目の画像)にチェックを入れ本や論文など、テキストファイルだけに表示をしぼります。さらに、AvailabilityのところにあるAlways Availableにチェックを入れると無料で読めるものだけに表示がしぼられます(上から3番目の画像)。本の表紙などの画像が自動で表示されますので、あとは画像を上から順にみていくだけです。マウスをドラッグして表示の下まできたら、 マウスをさらに下にドラッグするとFetching more resultsというメッセージがでて矢印がくるくるまわり、さらに本が表示されますので、どんどん表示させてみていってください。画像をみていくとマンガとかもヒットしていますが、それはnatsumeで検索しているから漱石でないnatsumeさんがヒットしているわけです。今回はそれは無視して画像をみていくと、漱石の作品の英訳本や漱石の伝記、「漱石の思い出」などがあって、その下あたりに漱石全集の画像があると思います(一番下の画像)。クリックすると本が表示されますので読んでみてください。虫メガネのアイコンをクリックすると画像を大きくして読むこともできます。
今回はtextにチェックをいれて表示を本に絞りましたが、チェックをいれないで検索するのもやってみてください。漱石の作品の朗読なども聞けます。いろいろ試してみてください。

ノストラダムスの大予言がふっとぶ予言書? ルクレチウスの事物の本性について-Internet Archiveの使い方3

このところ紹介しているInternet Archiveは、様々な本が登録されていて、pdfのほか、epub形式その他 様々な形式でダウンロードできます。iOSの人もwindowsの人も、Linuxの人もKindleの人も、それぞれにあった形式の電子書籍をダウンロードできるのがすごいところです。もちろん動画や音楽なども登録されているのでそちらをいろいろみてみるのも楽しそうです。今日はInternet Archiveに入っている、紀元前のローマの詩人、古代ギリシャの原子論を現代に伝えているルクレチウスの本(英語への翻訳版)”On the Nature of Things”「物の本質について」を紹介します。この本は、ピュリッアー賞をとった「1417年その一冊がすべてを変えた」(原題はThe Swerve: How the World Became Modern という本によって、一躍 欧米で注目された本で、有名なビーナスの誕生の絵はルクレチウスの著作の始めの部分をモチーフにして描かれているという説もあります。
日本では寺田寅彦が随筆「ルクレチウスと科学」でやさしく紹介したので、昔から有名で、私が初めてルクレチウスの名前を知ったのも岩波文庫で寺田寅彦随筆集を読んだ時でした。子供向けの本(「原子の歌 宇宙をつくるものアトム」 (科学入門名著全集)など)としても翻訳がでていました。寺田寅彦のこの随筆はInternet Archivesにも収録されていて、全文はここにあります。これは日本の青空文庫のものをアップしてあるのです。この随筆をみてすぐに岩波文庫の「物の本質について」を買ってきて読みました。

寺田寅彦の紹介を読んでもらえばわかりますが、この本は19世紀から20世紀にかけて多くの科学者に読まれ、インスピレーションの源泉として利用された本です。成立したのは紀元前1世紀、原子論で有名なエピクロスの学説を詳しく伝えているとされる本です。1417年、ドイツのとある修道院でこの写本がみつかりこの一冊がルネサンスをよびよせたともいわれるほど大きな影響を与えました。神々の怒りに恐れている人々に、この世には原子と空虚しかなく、原子は不滅であるので何も恐れることはないと説くこの本は、宗教に脅されている人々には強い味方となったと思います。すべてが決定論的におこらないように、ルクレチウスのアトムはときどきランダムなずれの運動(swerveと訳されています)をおこなうと書かれています。まるで量子力学の波束の収縮の予言、あるいは波動関数の確率解釈の予言みたいですね。

寺田寅彦の紹介を読むと、ルクレチウスは現代科学を生む原動力になったのがよくわかります。ノストラダムスの大予言というのが昔、はやりましたが、ルクレチウスの本は、ノストラダムスよりも、もっともっと影響力の大きい予言書として働いたという言い方も可能かもしれません。さまざまな科学者がルクレチウスを読んでそれをどう解釈して科学に役立てるかを考えたようです。ルクレチウスと科学についてはInternet Archiveにもいろいろ本がならんでいます。寺田寅彦の随筆には、Munro訳のOn the Nature of Thingsについて触れられていて、これはInternet Archiveにアップロードされており(全3巻)、 その第2巻に、寺田寅彦の紹介している物理学者のAndradeの序論(The Scientific Significance of Lucretius)が載っています。寅彦の読んだ本を今、ネットで自由にダウンロードしてタブレットやパソコンで読める時代になっているのですね。感慨もひとしおです。

この原稿を書こうとネット検索しているとき以下のページにルクレチウスの本の英訳をみつけました。Vancouver Island Universityの名誉教授Ian Johnston先生が、なくなったお子さんに捧げているページです。そこにはルクレチウスのほか、ホメロスモンテーニュ、カフカカントの著作(「永遠平和のために」など)もアップロードされていますし、「ダランベールの夢」とか、デカルトの方法序説省察ニーチェの著作などもあって、とてもいいサイトになっていましたので、ご覧ください。ルクレチウスについての紹介の他、Munro訳をもとにした新訳がアップロードされていてオンラインで読める他、rtf版もダウンロード可能です。(2022/3/2追記:日本語で読めるルクレティウスの解説本について記事を書きましたのでそちらも参照してください。

 

宇宙から見た地球

国際宇宙ステーションからみた地球のライブ映像がインターネットで提供されています。iPhoneとかAndroidとかの携帯のアプリ ISS HD Liveをダウンロードしてインストールすると、写真のようなライブ映像(iPhoneのiOS対応アプリで撮影)がみられます。携帯を90度かたむけると地球の映像がフルスクリーンになります。地図とともにあと何分で夜に入る、あと何分で朝になるなどが表示されますので、この図のような写真をとるのも簡単です。

パソコンで見られるサイトはいろいろありますが、たとえば例えばこことかこことかがあるようです。

宇宙からみた地球はとてもきれいで感慨もひとしおです。是非ごらんください。

ライフサイエンス辞書のコーパス活用法の動画がでています

ライフサイエンスディクショナリーのページに、「ライフサイエンス辞書・英語共起表現の活用法(広島大学ライティングセンター・河本健」が紹介されていました。まだみていませんが、とても役立ちそうです。こちらには河本先生のコーパスについての解説もあります。

近所のキンランは、合計5株花が咲いています。すこし画質のいい写真をならべておきます。

キンランの花が咲いていました!ヨーグルトと血液型の関係

キンランの花をみつけました。

近所を散歩していると、公園の斜面にキンラン(金蘭)が咲いていました。絶滅危惧II類 (VU)(環境省レッドリスト) に指定されている植物で、黄色い小さな花をつけていました。この斜面は金蘭の自生地として立ち入り禁止になっていて、さらにその中の特定の場所は四角にロープが張ってあって保護されています。今年はその四角の中に2株が花をつけており、写真の花はもう一つの四角エリアの外に咲いていました。きれいですね。毎年4-5月に咲くとのことです。キンランは、地中の、菌根菌(菌類です。fungi)と共生するそうで、株を掘り出して家にもちかえっても長く生かすことはできないし、繁殖させることももちろん不可能だそうです。生育条件がよくわからないので、この花の種子だけを保存しても、花を再生することはできないことになります。

町がたてたキンランの自生地の看板には、天皇陛下御歌が書いてありました。
 「語りつつあしたの苑(その)を歩み行けば林の中にきんらんの咲く」(平成30年1月12日「歌会始の儀」)

共生といえば、人間も腸内細菌と深くかかわりあい、相互作用しながら生きていますが、この花も地中の菌類の生命活動とともに繁殖しているわけです。生物が相互作用しながら生きていることを教えてくれる花ですね。

余談ですが、人間の腸内細菌といえば、ヨーグルトの乳酸菌もいろいろありますね。もともとは人間の腸由来の乳酸菌を使っているので、ヨーグルトを食べる人の腸細胞表面の糖鎖配列の違い、たとえば血液型の違い(ABO式血液型は糖鎖配列の違いの一例です)によって定着しやすい乳酸菌とそうでないものがあるそうです。つまりヨーグルトの乳酸菌をもっていた人の腸細胞表面の糖鎖配列と同じ糖鎖をもっている人の腸には、より乳酸菌が定着しやすいはずだというわけです。市販のヨーグルトをたべてみて、自分にあうと思う製品は、ひょっとしたらその人の血液型にあった乳酸菌を使ったヨーグルトなのかもしれません。

ファラデーの日記をダウンロードしてみよう。Internet Archiveの使い方2 J-STAGEとの組み合わせ。

マイケル・ファラデーはイギリスの生んだ偉大な科学者です。彼の実験ノートについては以前ふれましたが、Internet Archiveからその実験ノート(Faraday Diary)のvol.1-vol. 5までをダウンロードすることができます(全7巻なのですが残りはまだアップロードされていません)。(2019/08/25 追記;以下のリンクからFaradayの多くの著作がダウンロード可能になっています。ここにアクセスして、Scientific Books Collectionのページを見てください。Faradayの主な著作―「ロウソクの科学」「力と物質」、あるいは書簡集Experimental Researches in Electricityその他の著作、そしてFaraday Diaryの一冊本がダウンロードできます。表示された画面の上部にあるInfoボタンの左側の下矢印のボタンをクリックするとpdf, ePub, Kindle、Plain textなどでのダウンロードボタン(ポップアップ)が現れます。好きな形態を選んでクリックしてダウンロードしてくださいこれでFaradayの実験ノートは全部ダウンロードできるようになりました。全文検索可能ですし、なんと3272ページの本ですが是非ダウンロードしてご覧ください。)
Experimental Researches in Electricityや、有名なロウソクの科学、その他いろいなFaradayの本がありますので検索してみてください。ファラデーはモーターも発明していますが、動いている様子は以下のYouTubeの動画にあります。この動画はアインシュタインのE=mc2をテーマにした優れたドラマ仕立ての作品です。日本語吹き替え版も探せばありますが、やさしい英語ですので英語でみるほうが画質もいいのでおすすめです。この中にはアインシュタイン、ファラデー、ラボアジエ、エミリー・デュ・シャトレ、リーゼ・マイトナーなどが登場します。若いファラデーの物語のほか、老いたファラデーをマックスウェルが訪れて、ファラデーに電磁場の真空中の速度が光速と等しいと告げて、ファラデーの予言(光は電磁波である)どおりだったと告げる感動の場面も描かれています。(2019年8月25日追記:YouTube動画のリンク切れを修正しました。NOVAの動画はサイトで見られなくなり、以前のせていた英語版の高画質版も消えたようなので、新しい英語版と日本語版にリンクを修正しました。日本語版のほうは画質が悪いようにみえますが皆さんはどうでしょうか?)
https://www.youtube.com/watch?v=mvW93cxd2o8

上の日本語の動画はテレビで視聴すると解像度が悪いのがわかります。上の英語のほうがよさそうです。字幕を英語にしてご覧になると聞き取りの練習にもなると思います。

ファラデーは電気分解のファラデー定数でわかるように電流と化学を結びつけたほか、電気と磁気、重力の関係を探る実験も繰り返していました。場の概念は現代物理学の基礎ですが、彼は電気力線の概念を提唱して物理学に場の概念を持ち込んだ偉大な科学者です。このへんのところは、ファラデーの電磁気学研究における力・力能・粒子」夏目賢一著という論文をご覧ください。

また町の図書館で借りて読んだ本ですが、物理学を変えた二人の男―ファラデー,マクスウェル,場の発見(岩波書店)も良い本でした。下はガモフの「重力の話」(伏見康治 訳)ではじめて読んで感激したファラデーの言葉です。重力と電気の関係を探る一連の実験の締めくくりの言葉です。

2717 Here end my trials for the present. The results are negative.They do not shake my strong feeling of the existence of a relation between gravity and electricity, though they give no proof that such  a relation exists. Royal Institution, July 19, 1850. (Experimental Researches in Electricity, Dover版、第二巻、168ページより)

ファラデーの日記ですが、関連した論文をJ-STAGEからダウンロードできるので紹介しておきます。1932年の応用物理に「フアラデーの日記」(矢島 祐利)という記事がのっています。ファラデーの日記が出版されるごとに解説を加えたものでファラデーの日記(2)、ファラデーの日記(3)とつづき、(6-完)まで記事があります。どれもJ-STAGEからダウンロードできますのでご覧ください。最近の日記の解説では「実験の天才ファラデーの日記」(木原 壯林)が同じくJ-STAGEからダウンロードできます。この記事に書いてあるペーパーバックス版のファラデーの日記は、私も出版されたときすぐ購入して全巻持っています。J-STAGEについてはこちらをご覧ください。

謎のVoynich手稿:ボイニッチ手稿をダウンロードしてみよう (Internet Archiveの使い方1)

今回は、Internet Archiveの使い方の練習です。

ボイニッチ手稿Voynich manuscriptというのをご存知ですか?図のような不思議な文字と絵が満載の古い本です。NHKのBSで幻解!超常ファイルというシリーズがありますが、最近その番組で紹介されていました。何が書いてあるのかいまだに解読されていないという謎の手稿です。解読しようと多くの暗号解読者が挑戦しましたが誰一人として解読に成功していません。何語で書かれているのかもわからないという絵だけがやたらきれいな謎の手稿です。でたらめが書かれているのではなさそうである、という統計解析の結果もでていますが、何の意味もないでっちあげの本で高値で販売するために作ったという説もあるようです。ときどき、解読の突破口というようなニュースもでます。

不思議な植物や入浴中(?)の女性、そして天体のような図が満載の本ですが、未知の言語で書かれている不思議な本です。昔、町の図書館で「ヴォイニッチ写本の謎」(青土社)という本を読みましたが、この本は暗号解読の解説がとてもわかりやすくおすすめです。

さて、本題ですが、Voynich manuscriptを無料でダウンロードしてみましょう。高解像度の各ページのjpegファイルをダウンロードすることもできますし、Yale大学図書館に所蔵されている原本をスキャンした本を一冊まるごとダウンロードすることも可能です。Internet Archiveからダウンロードします。サイトにアクセスして、右上のSIGN INの右のほうにある、SearchのところにVoynich manuscriptといれます。プルダウンでSearch metadataにチェックが入っているのを確認してください。エンターを押すと検索が始まり、Voynich manuscriptのテキストやオーディオファイルその他がリストされます。この中からtextのファイルを左のmedia typeの中からtextsにチェックして選ぶと23個のテキストファイルが表示されます(high resolution jpeg imagesもあります)。一番上のファイルをクリックすると、ダウンロードページが開きます。画像をクリックすると1ページずつ読めますし、ダウンロードするファイルの形式(pdfやepubその他いろいろ)を選んで自分のディバイスにダウンロードして保存することも可能です。以下の画像を参照しながらやってみてください。

答え合わせとして、リンク集に直リンクが載せてありますので、参考にしてください(5月16日追記)

Internet Archiveは私の電子資料の活用法の動画でも紹介しましたが、きわめて有用なサイトです。このような面白い例で使い方に慣れてください。