The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

ChatGPT plusの新機能Code interpreterでどんなファイルが扱えるのかを解説した記事がでていました。

投稿日: 投稿者: root

「Code Interpreterでどんなファイル操作ができるのか調べてみました」
というタイトルのIT naviさんのnote記事を紹介します。どんなPythonライブラリをつかってどんなファイルが扱えるかを実験してみた結果をまじえて詳しく解説してあります。wordファイルやExcel、PowerPointファイルやpdfファイルもPython のライブラリで扱える限り操作できることがわかります。ピカチューに似た画像を創ったりする例も面白いです。またcode interpreterでは音声ファイルや画像ファイルも扱えるし、英語なら画像ファイルのOCRもできるようです。code interpreterが使えるようになると、できることの幅が格段に広がることがわかります。是非一度ご覧ください。

https://note.com/it_navi/n/n8ddee31d6cf2

twitterはこちらです。

IT naviさんのtwitterは役立ちそうです。nitterのリンクをあげておきます。
https://nitter.net/itnavi2022

Neural Networks and Deep Learning という教科書の最新版が発行されました。GPT-4についても載っています！

投稿日: 投稿者: root

Neural networkとdeep learningについての教科書として定評がある本の第２版がでました。

Charu C. Aggarwal 著( Springer Nature 2023 年6月30日発行）
Neural Networks and Deep Learning–A Textbook　第2版
https://doi.org/10.1007/978-3-031-29642-0

nitterで、ログインせずにtwitterをみている時に知りました。この本は無料公開されていません。
幸い、九州大学の図書館が使える人は、九大が契約しているSpringer Linkからダウンロードすることができます。pdf版やEpub版がダウンロードできますので、Springer Linkが使える人はダウンロードして勉強するとよいと思います。transformerやattentionについても取り上げられており、GPT-4まで載っています。
最新の教科書ですのでダウンロードできる方は是非眺めてみてください。
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-29642-0
著者のAggarwalさんは、IBM（ IBM T. J. Watson Research Center ）のトップ・サイエンティストです。 IEEE ICDM Research Contributions Award (2015) and ACM SIGKDD Innovation Awardというデータマイニング分野で最高の賞の他、数々の賞を授賞している方です。20冊以上の本(教科書を含む)も書いています。この本の初版は日本語版もでています。あまり数学的にならないで深層学習とニューラルネットワークが学べる教科書だそうで、魅力的ですね。

これは有料本の紹介でした。今日の無料本の情報としては以前紹介したR for Data Science　第2版の書籍版がでたというニュースを紹介します。前に記事にしたようにオンラインで第二版は無料で読むことができます。こちらをご覧ください。https://r4ds.hadley.nz/
また以下の記事もご覧ください。

プログラミング言語Rの初心者向け教科書(オンライン版、無料）2冊と、Ｒの教材満載のサイトを紹介します。

また、RStudioを使ってRプログラミングの入門を行う講習会の教材(英語）がこちらで公開されているのもnitterで知りました。ワシントン大学での
PSYCH 548 Exploratory Data Analysis in Psychologyという講習会の資料です。スライドはわかりやすいですし、医学部の心理学科での資料ですので生命科学の人に役立つと思います。RStudio とMarkdownから始まっているので最初の部分を見るだけでも参考になります。
https://adamkucz.github.io/psych548/

ChatGPT Plusの新機能Code interpreterを使ってみましょう！

投稿日: 投稿者: root

twitter ログインしないと見れない、Twitterのログインウオール（login wall）の回避法：nitter.netでログインせずにtwitterを見よう！

ChatGPT plusでコードインタプリタ―（Code interpreter）という機能が使えるようになったと話題になっています。私が受講しているUdemyのコースの講師である中村祐太先生の最新のYouTube動画で、コードインタープリターについてやさしく解説してくださっているものがあるので紹介します。昨日みましたが初心者にとてもわかりやすい良い動画だと思います。
「話題のCode Interpreterってなに？」と思っている方が最初にみるのに最適の お勧め動画です。Code interpreterを使うとファイルのアップロードやダウンロードができるようになり、ファイル操作をプロンプトで要請するだけで、操作完了。その操作を行うPythonコードも作ってくれて、ダウンロードできるようになるそうです。またExcelのcsvファイルをアップロードして解析したりグラフを書いてもらうこともできます。解析結果やPython のコードは、ダウンロードできます。大変画期的な機能が導入されたようで、活用したいものです。是非この動画をご覧ください。

以下は中村先生のYouTube動画の解説（動画の下に表示される「もっと見る」を押すと表示されます）からの引用です。
【ChatGPTの新機能「（コードインタープリター）」について詳しく解説し結果をパワーポイントスライドます！この新機能を使うと、話し言葉でPython コードを生成し、さらにPythonコードの実行も可能になります。

この動画では、コードインタープリターの具体的な使用例を通じて、その可能性を探ります。具体的には以下のような操作を紹介します：

・計算の実行
・csvファイルの読み込みと分析
・Pythonのコードの読み込みと解析
・画像のアップロードと加工（顔検出やトリミングなど）
・OCR（光学的文字認識）
・テキストファイルの読み込みと利用】

動画はつぎのリンクからみられます。
「コードインタープリターの壮大な可能性とは？ChatGPT新機能解説！」
中村祐太のプログラミング入門ナビ
https://youtu.be/80260-E8VoI

twitterでCode interpreterは話題ですが、twitterのアカウントを作っていないので全然ツイートが見られない人もいるかもしれません。幸い、nitterがtwitterのログインウオールを回避するようにアップデートされて、nitterのインスタンスのurlでtwitterのアカウント名をいれればtwitterのアカウント内容は読めるようになりました（この記事の最初に埋め込んだ記事をご覧ください）。twitter本家の、temporaryといって始めたlogin wallの設置はまだ解除されていないようですので、困っている人はnitterを使いましょう。ただ、まだnitterでは検索機能が動かないようです。
（追記：2023/07/12朝には検索機能もnitterで復活しています。）

たとえばツイッターでこんな紹介をしてくれている人がいます。


こんなツイートもありました。

https://nitter.net/usutaku_com/status/1678391834937262082#m
役だつ新機能ですね！

twitter ログインしないと見れない、Twitterのログインウオール（login wall）の回避法：nitter.netでログインせずにtwitterを見よう！

投稿日: 投稿者: root

以下の昨日の記事ですが、タイトルを今日 (7/11) 変更しました。

Twitterで市や町などの災害情報をみようとしても、ログインしてください、アカウントをつくってくださいというページにとばされてしまう仕様になって10日あまりたちました。昨日の大雨でもtwitterの情報をみられなくて困った人が多かったと思います。

今朝 (7/10) 確認すると、twitterのかわりにnitterを使うとログインしなくても読めるようになっていました。まだ読めないnitterのinstance　（インスタンス）もありますが、nitter.net/アカウント名では正常に読めるようです。たとえばノーベル化学賞を受賞されたBertozziさんのtwitterはこちらからログインしなくても読めます。
https://nitter.net/CarolynBertozzi

(7/11に追記：他のnitterのインスタンスでも読めるようになっているものが徐々に増えているようです。nitterのインスタンスのurlはこちらから調べてください。)

こちらのサイトの方々が対策をとってくれたようで、詳しく経過がのっています。

https://github.com/zedeus/nitter/issues/919

”We’re back for now. https://nitter.net is up and running with an experimental patch that provides all previous functionality, except search (I have a potential fix, needs more research), without suffering from the awful rate limits imposed on the previous endpoints.

The code is on a separate branch: #927“

昨夜は寝る時は雨も全く降っていなかったのですが、夜1時過ぎ雨音と雷鳴で目覚めました。雨音と雷鳴がものすごく、窓から外をみると稲妻が凄かったです。光った時はあたりが昼間ほど明るくなりました。線条降水帯が発生して停滞していたので雨と雷光は朝まで続き、福岡県に警報がでたり町にも避難指示がでたりしました。朝早くには小中学校も休校との放送もはいりJRも止まっています。今は普通の雨になっていますが、皆さんのところに被害がありませんようにお祈り申し上げます。

RやPythonを使って統計学と機械学習を一挙に学べる入門書(英語版）が無料公開されています。

投稿日: 投稿者: root

今日は結構雨が降って近所の川も濁流で水音も凄かったです。
今回は、スタンフォード大学、ワシントン大学、南カリフォルニア大学の統計学者による統計学と機械学習の入門書を紹介します。どちらの本も発行以来、絶大な人気を博している教科書で、日本語訳もすでにでています。今回紹介するのは英語の原著最新版です。最初の本は、
An Introduction to Statistical Learning with applications in R (ISLR) という本で、データサイエンス入門レベルの読者が学ぶのに最適の本になっています。2013年に初版がでて、2021年に第二版がでています。2023年にはPython 版がでたところです。こちらのサイトからダウンロードできます。https://www.statlearning.com/
このページの一番下のほうに、第１版、第２版、Python版へのダウンロードリンクがありますのでダウンロードして読んでみてください。このサイトのリンクから、プログラムコードや資料もダウンロードできますし、講義のビデオもみられます。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLoROMvodv4rOzrYsAxzQyHb8n_RWNuS1e

著者たちは数学出身ではないので、数学をあまり知らない人間のつまづくところをよく知っており、直観的、概念的に統計学を理解できるように書いてあるそうです。読むのに多変数の微積分や線形代数の知識は不要だとのことです。ネットで探してみると、日本語でこの本の詳しい紹介をしてくださっている方がいます。https://totadata.com/book_islr/
またこちらの英語の書評も参考になります。
https://qz.com/1206229/this-is-the-best-book-for-learning-modern-statistics-its-free
この書評によるとAn Introduction to Statistical Learningをマスターしてもっと学びたければ次の本を勉強するとよいそうです。
The Elements of Statistical Learning (2nd edition)　Hastie, Tibshirani and Friedman (2009). Springer-Verlag. 763 pages.
この書評にある最初の本ISLRへのリンクは切れているので私が上に載せたリンクを利用してください。The Elements of Statistical Learning (2nd edition)　はこちらからダウンロードできます。英語版の第二版2017年の第12刷がダウンロード可能です。
https://hastie.su.domains/ElemStatLearn/
コードその他の資料もダウンロードできるので役立ちます。この本は、カステラの箱ほど分厚いのでカステラ本と呼ばれているようです。

翻訳本のタイトルは以下のとおりです。日本語での紹介をみられます。
ISLRの翻訳本
「Rによる 統計的学習入門」  朝倉書店
https://www.asakura.co.jp/detail.php?book_code=12224

The Elements of Statistical Learningの翻訳本
「統計的学習の基礎 ―データマイニング・推論・予測」　共立出版
https://www.kyoritsu-pub.co.jp/book/b10004471.html

ChatGPTなどの大規模言語モデルの教科書ともいえる総説と、生成AIについての講演会動画を紹介します。

投稿日: 投稿者: root

ChatGPTに代表される大規模言語モデルLarge Language Model (LLM)はAIの時代の到来を告げる画期的研究成果です。このLLMの教科書ともいえる論文が頻繁に改訂されながらプレプリントサーバーにアップされているそうです。中国人研究者によるLLMのサーベイ論文で、”A Survey of Large Language Models”.というタイトルです。https://arxiv.org/abs/2303.18223
これを紹介している東大の今井翔太先生のtwitterを紹介しておきます。

この論文は、GitHubに公式サポートページがあって、いろいろ有用な情報や論文の図(上のtweetにある図もみられます）や表、そして改訂情報などがのっています。The official GitHub page for the survey paper “A Survey of Large Language Models”.　arxiv.org/abs/2303.18223
https://github.com/RUCAIBox/LLMSurvey
この論文では、LLMの発展史もまとめられていますし、実用的に興味があるところでは、
よりよいプロンプトを設計する方針についてもサーベイしてあります。論文内に参考になるプロント作成の原則が書かれています(p53に表があります）。これは役立ちそうです。
https://github.com/RUCAIBox/LLMSurvey/blob/main/Prompts/README.md

最後に今井先生のボスである松尾豊先生が7月4日に講演された以下の会

“東大×生成AIシンポジウム 「生成AIが切り拓く未来と日本の展望」”というタイトルのシンポジュウムのサイトとYouTube動画を紹介して今日の記事を終わります。

https://www.t.u-tokyo.ac.jp/ev2023-07-04
このシンポジュウムの第一部の動画は以下にあります。このシンポジュウムでは岸田総理の挨拶もあったようです。
https://youtu.be/Qms3DsP6NG4

Ubuntu にMathematicaをインストールする方法のメモ。

投稿日: 投稿者: root

MathematicaのUbuntuへのインストール方法：　　今回はMathematicaをUbuntu 22.04.2 LTSという最新版のLinux distributionにインストールしました。やり方を簡単にメモしておきます。

Linux版のMathematicaはshell scriptです。必要なバージョンをFirefoxなどでダウンロードすると、普通Downloadsのディレクトリにシェルスクリプトがダウンロードされます。ダウンロードしたファイルが壊れていないかどうかは、チェックサムを調べることで確認できます。やり方は末尾に書いてありますので参考にしてください。

ちゃんとしたファイルがダウンロードされてるのを確認したら早速インストールしていきましょう。まずコマンドラインでcd DownといれてTab補完でDownloadsディレクトリにうつり、コマンドラインで
$ sudo bash Mathematica_12.3.1_Japanese_LINUX.shなどといれてenter,
すると管理者パスワードを聞いてくるのでパスワードを入力します。正しいパスワードをいれると、ダウンロードしたファイルの整合性チェック(Verifying archive integrity) が始まり、OKならインストーラーの解凍が始まります。あとはinstallation directoryなどいろいろきいてくるので原則enterですすむとNow installingというメッセージがでて、[　　　]が表示されます。初めてのインストールの時はそのまま何も起こらないのでハングアップしたかと思い何回もやり直したのですが、じっと待つこと！10分もすれば[　　　　]の中に#が並んで進捗状況が示されるようになる。終わるとまたいろいろ聞いてくるので原則enterで進む。これでインストールが完了する。アップグレードの場合は、activation keyは引き継がれるのであらためて入れる必要はなかったです。はじめてのインストールのときはMathematicaを起動した後にactivation keyを入れる必要があります。

なおダウンロードしたMathematicaのシェルスクリプトが壊れていないかをあらかじめチェックしておくと安心です。チェックサムの調べ方は、WolframのMathematicaのインストーラーが置いてあるサイトにMD5のチェックサムが表示してあるので、そのチェックサムの値をあらかじめそれをメモしておきましょう。Linuxのコマンドラインで、Downloadディレクトリに移動。そこにダウンロードしたMathematicaのファイルの存在を確認します。存在が確認できたら、コマンドラインでmd5sumといれてそのあとにchecksumを調べたいファイル名をいれます。たとえばmd5sum Mathematica_13.3.0_BNDL_Japanese_LINUX.shなどとコマンドラインでいれてエンターを押します。でてきたchecksumの値と、サイトのチェックサムの値が一致すればOKです。

田崎晴明先生のオンライン講義『非平衡統計力学入門：現代的な視点から』をおすすめします。

投稿日: 投稿者: root

私が九州大学の生物学科に就職したときの学部生向きの授業には、不可逆過程の熱力学入門の講義がありました。Prigogine, I. (1955). Introduction to Thermodynamics of Irreversible Processes. Springfield, Illinois: Charles C. Thomas Publisher.が教科書に指定されていて、生物学科の大学院を受験する学生はこんな勉強もしているのかとびっくりした覚えがあります。私は授業をうけることはできなかったのですが、いつかはこういう分野も理解できるようになれたらなと思ったのを覚えています。
さて、それからずいぶん年月がたって、現代では非平衡の統計力学入門という講義もオンラインで聴講できる時代になりました。おすすめの講義が以下のものです。

学習院大学の田崎晴明先生がオンライン講義をYouTubeにアップロードしてくださっています。NEJ00 田崎晴明『非平衡統計力学入門：現代的な視点から』
Hal Tasaki / 田崎晴明　https://youtu.be/uowGMIQzabk

日本語の講義と英語版の講義があって、後者は日本語版のあとに収録されているのでより詳しくなっているところなどもあるそうで、興味がある人は英語版もみるといいでしょう。講義全体についてはこちらに詳しく紹介されています。
https://www.gakushuin.ac.jp/~881791/OL/ne/j/
に講義全体のリストがあります。スライドもダウンロードできます。ランジュバン方程式やアインシュタインのブラウン運動の理論ではじめる旧来のスタイルではなく、現代的にもっとも初学者にわかりやすいと思われるスタイルで講義を設計してくださっているそうです。まず最初にJarzynski等式やゆらぎの定理というモダンな題材からはじめて、最後によりむずかしいランジュバン方程式やアインシュタインのブラウン運動の理論を解説するという講義になっています。昨日全編アップロードが完了したようですので以下の動画リストなどからも視聴できます。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLYhBJtIRxi8wcev2MDStS7odXx8upSNT8
英語版はこちらです。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLYhBJtIRxi8z0sxhuKCZ3HZK0GZUAlrKg

ログインなしでtwitterを使う方法。悪質サイトにひっかかりました！

投稿日: 投稿者: root

twitterはtweetの中からtweetへのリンクが張ってある場合は、下に紹介しているtwilogからtweetリンクが開けるようになっているみたいです。しかし依然として、アカウントをもっていない私などはtweetを読むことはできません。twilogなどでみると、やはり企業や公共団体が公報用に活用していたtwitterはもはや無用の長物になっている状態のようです。Google検索にもヒットしづらくなってきており、 twitterを止めてblueskyへ移動中の人や、ブログにするという人などが増えている模様です。

私が今、twitterを読んでいる方法を紹介します。日本のアカウントなら、twilog　(ついろぐ）というサービスにアカウント名をいれると　ついろぐに登録している方のtweetは読めます。ただ登録していない人のtweetは読めません。奥村先生は登録されているので、こちらtwilogからtwitterを読めます。
https://twilog.togetter.com/h_okumura

みなさんのお気に入りのアカウント名をいれてみて、読めればラッキーという状態です。

あと、外国の人や、twilogで読めない人のtweetを読めるサービスというのがあるのですが、以下のような怪しげなサイトなのでurlは紹介しません。このサイト、FirefoxやiPhoneでは問題なくアクセスできてtweetの本文(画像はだめです）は読めるのですが、Chromeではとんでもないことになります。サイトにアクセスすると、写真の様なポップアップがあらわれるように設定されているサイトだとわかりました。Firefoxや携帯などでは普通に読めるので、Chromeでもちゃんと読めるはずだと思い、画面がかわってでてきた「ロボットでなければ押して」という許可ボタンを押したところ、速攻であなたのPCはウイルスに感染しているとか、マカフィーでスキャンしろとか、Microsoftに電話をかけろとかいう表示がでてきました。

通知を許可するボタンを、別の名前に偽装しているようです。上の左の写真のようなポップアップがうるさくでてくるので、右上の×印を押しました（これは押してはいけないと後で後悔しました）。しかしそのポップアップが消えるだけで、右の写真のような別の表示が続々とあらわれてポップアップは消せません。サイトにアクセスしたとたんに他人のPCがウイルスに感染しているかが速攻でわかるわけもないので、悪質なサイトにひっかかったとわかりました。これはChromeの通知機能を利用してポップアップをだしているので、Chromeを閉じれば消えます。しかしChrome を再起動するとまたあらわれますので、通知を送ってくるサイトを設定でブロックすると二度とでなくなります。こういったサイトにひっかかったときの、通知のブロックのやり方はこちらのサイトに詳しく書いてあるので参考にしてください。https://fkc-door.com/tools/1888/#Google_Chrome
通知の許可やブロックの設定画面は、Chromeのアドレスバーにchrome://settings/content/notificationsと入力すると開くこともできます。こちらが簡単だと思います。

ろくでもないサイトにひっかかったものです。私はFirefoxの最新版をつかっていますが、Chromeは最新版でアクセスしてもサイトにアクセス直後に、ロボットでない場合は許可を押してくださいという画面がでて、許可をおすとそれが通知を許可することになるという仕組みだとわかりました。私はChromeはあまり使わないのでセキュリティの設定がデフォルトのままなのが悪いのだと思いますが皆さんも注意してください。ブラウザのBraveはさすがにこのサイトからのトラッカーや通知をしっかりBrave shieldで自動でブロックしてくれていました。この件でみるかぎり、BraveはChromeの拡張機能が利用できるうえに、安全性はChromeより格段に高いようです。今回のような怪しいサイトにアクセスするときにはBraveやFirefoxの最新版あるいはTorがより安全だという話です。

ChatGPT 時代の英語論文作成法のサイトと、英文校正用プラグインを紹介します。

投稿日: 投稿者: root

今日はまず、ChatGPT時代に対応した、英語での論文の書き方についての素晴らしいサイトを紹介します。
臨床研究論文作成マニュアル（旧JEMNet論文マニュアル）というサイトです。
http://gotoresearch.jp/wp/
著者は後藤匡啓（Goto Tadahiro）先生で、初心者むけに懇切丁寧に研究の仕方と論文の書き方を手取り足取り解説してくださっています。
pdfファイルは有料で販売されているようですが内容が古いもので、最新版は無料でオンラインで読めるようになっています。
臨床研究論文とタイトルにありますが、生命科学系の大学生、大学院生、現役の研究者にも最適の解説サイトです。私の学生にも読ませられたらよかったのにと思います。是非読んでみてください。人生が変わるかもしれません。
先生の自己紹介はこちらです。http://gotoresearch.jp/wp/?page_id=38
後藤先生は羊土社から「僕らはまだ、臨床研究論文の本当の読み方を知らない。」という本も出しておられます。この本も、生命科学系の学生、研究者にお勧めできる本だと思います。試し読みできるので羊土社のサイトでご覧ください。
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758123730/

つぎに、ChatGPTで英文校閲をするためのChromeやFirefox用の機能拡張　editGPTというのを見つけたので紹介しておきます。https://www.editgpt.app
私は使ったことがありませんが、よさそうです。Grammarlyとの比較も参考になるでしょう。
https://www.editgpt.app/chatgpt-v-grammarly

類似のChrome用の機能拡張TrackChangeGPTもあるようで、以下のサイトをごらんください。https://ai-popularizer.tech/trackchangegpt/
このサイトの他の記事も参考になります。
TrackChangeGPTのデモ動画はこちらです。https://youtu.be/KyHWohvCE3w