線虫が空を飛ぶという論文がでました!

線虫が空を飛ぶという論文がでています。
Caenorhabditis elegans transfers across a gap under an electric field as dispersal behaviorというタイトルで、有名誌のCurrent Biologyに出た論文です。
https://doi.org/10.1016/j.cub.2023.05.042
オープンアクセスの論文なので誰でも読めますのでご覧ください。

モデル生物として研究されている線虫C. elegansは、環境からストレスを受けたり、密集しすぎたり、餌がなくなるなど生育に不利な環境になると、成虫への発生の過程を変化させてL2幼虫にならずに、dauer(ダウアー)とよばれる特殊な状態になって耐え忍ぶようになります。dauer状態では餌もとらず、口も閉じてしまい、腸は電子密度の高い貯蔵顆粒でいっぱいになってしまいます。丁度動物の冬眠のような感じの状態ですね。ほとんど動かなくなりますが、動物や昆虫が近づいて振動などの刺激をうけると、飛びあがってその動物や昆虫にくっついてより良い環境を求めて旅するのです。ダウアーの状態の線虫がよりよい環境に移動できた場合には、発生を再開してL3という幼虫になって正常発生過程に復帰します。ダウアーなんてつまらないものを研究している人がいるんだなぁと思ってはいけません。なんとこのdauerの研究は長寿遺伝子の研究、生物の寿命決定のメカニズムの研究にブレイクスルーをもたらしたのです。そのうちにダウアーの研究をした線虫研究者にノーベル賞が授与されるのは確実だと思います。

ダウアー状態の線虫は尾を下にして立ち上がって、頭を上にした状態で、ときどき頭を揺らして昆虫などが近づくのを待っています。このように動いているダウアーの線虫をnictation状態にあると呼びます。このnictationに関わる神経はIL2ニューロンであることなどもわかっています。今回の論文は、nictation状態にあるダウアー状態の線虫C. elegansが、電場を利用して飛び上がって昆虫(セイヨウオオマルハナバチBumblebee Bombus terrestris―この虫は特定外来生物に指定されています。日本の在来のマルハナバチと競合します。なんと在来種の女王蜂を刺殺するそうです!)にくっつくことを発見したという驚きの報告です。なんと100匹のnictation状態にある線虫の集団も電場を利用して飛び上がるのだそうで、その動画も公開されています。実験室では線虫を寒天をひいたプラスチックシャーレで飼育するのですが、ある時、寒天の上にいたダウアー線虫が突然消えてしまって、探してみるとなんとシャーレの蓋のほうに全部ワープしたかのように移動していたのだそうです。この発見を追及して、今回の電場で線虫が虫にくっつくということを見つけたのだそうです。私達も似た現象を経験をしていたのですが、こんなメカニズムだったとはまるで気づけませんでした!

動画はこちらのtwitterでみられます。面白いです。感動しました。


下の写真は私が授業で使おうと思っていた鳥獣戯画の一場面です。鳥獣戯画にも線虫が描かれているというスライドで授業をはじめようと考えて作ったのですが、今回が本邦初公開です。みるからにダウアー風の線虫数匹の集団が、カエルの口の付近を飛行しているように見えませんか?


下のツイートでは、集団で飛ぶ線虫の動画がみられます。

英語の聞き取り力 向上用の動画

英語の聞き取り力 向上用の動画を紹介します。

映画やドラマの英語を聞き取れないことがよくあります。京都大学の柳瀬陽介 先生のブログサイトには、この聞き取り対策のために役立つ動画のリンクを集めてくださっている記事がありますので紹介します。
「2023/05/01 無料YouTube動画のElementalEnglishでアメリカ英語の発音を学ぶ 」
アメリカ英語ですが、イギリス英語の聞き取りにも同様に役立ちますので紹介されている動画を順にみてください。とても役立つと思います。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/05/youtubeelementalenglish.html
例えばこんな動画があります。
Connected Speech & Linking | English Pronunciation Lesson
https://youtu.be/gAHUTKm_1n0

ここで紹介されている程度のことは知っているという方には、柳瀬先生の別の記事が役立つと思います。こちらは映画のクリップを使って映画のセリフが聞き取れるようになるための解説をしてくれている動画のリンク集です。
「2023/06/13 映画で学ぶアメリカ英語の発音とリスニング (Rachel’s English) 」
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/06/rachels-english.html

たとえばこんな動画があります。Top Gunの映画を使って学ぶというレッスンです。
English Movie – How To Speak English Like an American With Top Gun
https://youtu.be/OhZ-YG7SYRI

Top Gun: MaverickはNetflixの配信で見ました。Netflixは英語字幕をだせるので英語の勉強には最適です。映画は面白かったです。Top Gunの第一作へのオマージュが満載ですが、最初の超音速飛行のシーンは、映画ライトスタッフでのチャック・イエーガーの新型超音速機のテスト飛行と墜落シーンへのオマージュでしょう。ストーリー展開からすると、米国版の水戸黄門映画だと思いました。

 

ChatGPTについての講演動画がいろいろでています‥‥

国立情報学研究所の「教育機関DXシンポ」シリーズはよい講演が満載の講演会です。以前も紹介したことがありますが、今日も二つほど最新の動画を2本紹介します。(過去の動画一覧はこちらからどうぞ。このサイトには動画へのリンクのほか、講演資料のダウンロードリンクもあって親切です。
https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/past.html

1)【第66回】 大学等におけるオンライン教育とデジタル変革に関するサイバーシンポジウム「教育機関DXシンポ」(6/9 オンライン開催)
https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/#edx66

「言語生成AIの仕組み -対話を可能にするための学習-」
鶴岡 慶雅 東京大学大学院情報理工学系研究科 教授
https://youtu.be/hMiL3E_C_oc

この動画の内容は、先生の書かれた概要を少し短く要約すると以下のようになります。「ChatGPTをはじめとする言語生成AIは大規模言語モデ ルとも呼ばれ、大量のテキストを用いて、言語モデル(次の単語を予測するモデル)として学習されていることはよく知られています。この大規模言語モデルを人間との対話ができるモデルにするためには、それだけでは不十分だそうです。この講演ではインストラクションチューニングや人間のフィードバックによる強化学習など、大規模言語モデルを人間との対話が可能なモデルとして構築するための技術について紹介する。」

2)【第65回】 大学等におけるオンライン教育とデジタル変革に関するサイバーシンポジウム「教育機関DXシンポ」(5/12 オンライン開催)
「大規模言語モデルの原理と可能性」(5/12 オンライン開催)
宮尾 祐介 東京大学大学院情報理工学系研究科 教授
 https://youtu.be/8-58PkqCek4

こちらは先生の書かれた概要をそのまま引用しておきます。
「ChatGPT に代表される大規模言語モデルを実現している理論・技術や応用について概説し、教育や社会に対する影響や可能性を議論します。理論・技術として言語モデルの基礎やTransformerなどの代表的なニューラルネットワークを解説し、機械翻訳や対話システム、その他最近の大規模言語モデルの応用技術について紹介します。また、現在の大規模言語モデルのしくみやその問題点について説明し、今後の言語モデルの発展の可能性や教育・社会に対する影響について議論します。」
どちらの動画もわかりやすく知らなかったことがいろいろ紹介されていて参考になりました。

牧野富太郎自叙伝は青空文庫で読めます。

NHKの朝ドラは面白いですね。毎日みています。牧野富太郎の自叙伝を読んでみたいと思い探してみると、青空文庫で読めることがわかりました。

第一部 牧野富太郎自叙伝
https://www.aozora.gr.jp/cards/001266/files/55789_52788.html
第二部 混混録
https://www.aozora.gr.jp/cards/001266/files/56695_52793.html

第三部は「父の素顔」 牧野鶴代 というタイトルで牧野富太郎の娘さんの回顧録のようです。
これは青空文庫にはないみたいです。https://www.aozora.gr.jp/cards/001266/card55789.html

ちょっと検索してみると、国立国会図書館の個人送信資料で読める「植物学九十年」とい牧野富太郎著の本には、娘さんの鶴代さんが書いた「父の記―牧野鶴代」という章があります。
https://dl.ndl.go.jp/pid/1375853
興味のある方はこの本もとても面白いので読んでみてください。牧野富太郎の文章を集めた本で、序文 を長谷川如是閑が書いて、末尾に娘さんの回想録がついているという本です。

下の写真は散歩の途中で咲いていたねむの木の花です。毎年この季節に綺麗にさきます。今日は福岡は34度越えのところもあって、全国一暑かったようです。梅雨の中休みです。

英国で大学レベルの講義の無料ビデオを配信しているGresham Collegeを紹介します。

英国のGresham Collegeは1597年にSir Thomas Greshamの遺言によって創設された、無料で大学レベルの講義を一般人に公開するための組織です。大学のように学生はとるわけではないのですが、OxfordやCambridge大学その他の大学の教授の協力で講義を一般公開してきました。現在は無料で大学レベルの講義を動画で公開しています。https://www.gresham.ac.uk/

とても面白い動画が多いです。大学レベルの講義の一般公開サイトなので、経済学や文学(シェイクスピアとかもあります)、法律の講義などもあります。たとえば検索ページで以下のようにmathで検索してみると以下のような動画がリストされます。
https://www.gresham.ac.uk/watch-now/browse-all?radio=3&type=569

今日はその中で、Professor Sarah Hartによる動画を紹介しておきます。
Alan Turing: Pioneer of Mathematical Biology というタイトルの動画です。
https://youtu.be/JtGIc18CGgo

この動画のGresham Collegeの解説ページは必見です。
https://www.gresham.ac.uk/watch-now/turing-biology
このページの上にある、Downloadsからはこのビデオの字幕がダウンロードできます。また、
Extra Readingのタブをクリックすると、TuringのReaction-Diffusionモデルの原論文へのリンクや興味深い参考文献やサイトの紹介がみられます。Turingモデルをオンラインで試せるサイトも紹介してあります。
https://jasonwebb.github.io/reaction-diffusion-playground/app.html

技術者とコンピュータ科学者のための最新の機械学習の教科書(第2版)がダウンロードできます!

以前紹介した教科書 Data-driven Science and Engineering (Cambridge University Press)の第二版が
無料でダウンロードできるようになっています。

物理や工学で機械学習を使うすべての人(良くできる学部学生や修士の学生など)にピッタリの教科書(英語)を紹介します。

著者のSteve Brunton教授は流体力学が専門のようで、高次元のデータから扱いやすいパターンをみつけだして制御するという、技術者のかかえる問題を機械学習で解決したいという人に最適の教科書とのことです。すべての内容についてPythonとMatlabのコードが公開されており、RやJuliaのコードもあるそうです。またすべてのセクションに動画が公開されていて、本でわからなかったら動画をみて理解を深めることもできます。
実際に機械学習を技術的問題の解決や物理の問題の解決に役立てようと思う人には最適の本らしいので是非、著者のサイトから教科書をダウンロードしたり、著者の動画をみたりして気に入ったら勉強してみてください。
https://youtu.be/oEXR9EnAtm4

この教科書の著者のYouTube動画の「もっと見る」の部分をクリックすると、第二版、第一版のpdfへのリンクがあります。

糖鎖科学のことばを日本語と英語両方で解説しているサイトGlycowordを紹介します。

Glycowordというサイトをご存知ですか?
糖鎖科学の基本的な言葉や概念あるいはトピックスを、わかりやすくかつ最新の知見をまじえて解説するサイトです。昨日、新しい項目が多数追加されました。今後もさらに項目が増える予定とのことです。糖鎖科学の入門サイトとして活用できると思います。私の書いた項目も公開されています。以下は昨日配信されたGlycoforum Newsのお知らせの一部を引用してリンクを張ったものです。是非ご覧ください。


【Glycoword (糖質科学のことば)、新用語公開のお知らせ】
「現代の糖質科学の手引き書」になることを目指して、FCCA(Forum:
Carbohydrates Coming of Age)の全面監修によりGlycowordの新用語
追加を再開いたしました。Glycowordは17カテゴリーに分類されており、
日本語・英語のバイリンガルになっています。CC-BY4.0ライセンスで
公開いたしますので、是非ご活用ください。

Forum: Carbohydrates Coming of Age (FCCA)
http://www.fcca.gr.jp/FCCA-J/index.html

CC-BY4.0ライセンス
https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.ja

【Glycoword目次ページ】
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/indexJ.html
*タイトル・著者名で検索いただけます。

——————————————————–
【Glycolipid】
GPIアンカー型タンパク質の構造変化 藤田盛久
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycolipid/GLC06J.html

【Glycopathology】
ムコ多糖症 山田修平
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycopathology/GD-C06J.html

【Glycotechnology】
シングルセル糖鎖・RNAシーケンス法 舘野浩章
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/glycotechnology/GT-E01J.html

【Lectin】
40アミノ酸から構成されるミニレクチンPhoSL 山崎和彦
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC01J.html

アトピー性皮膚炎とCタイプレクチン受容体 重松克伸/渋谷彰
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC02J.html

Mincleの非自己および自己リガンド認識と機能 長江雅倫/山崎晶
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/lectin/LEC03J.html

【Proteoglycan】
コンドロイチン硫酸/デルマタン硫酸の生合成機構 三上雅久/北川裕之
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD02J.html

ケラタン硫酸生合成およびその硫酸化制御 赤間智也
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD04J.html

ヒアルロン酸合成酵素 板野直樹
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD05J.html

グリコサミノグリカンの分解機構 山田修平
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD06J.html

コンドロイチン硫酸欠損マウス 三上雅久/北川裕之
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD07J.html

デルマタン硫酸欠損マウス 吉沢隆浩
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD08J.html

ヒアルロン酸合成酵素遺伝子のノックアウトマウス 板野直樹
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD11J.html

アグリカン、バーシカン遺伝子変異マウス 渡辺秀人
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD12J.html

モデル生物 線虫 (Caenorhabditis elegans) のグリコサミノグリカン 野村一也
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD13J.html

硫酸化グリコサミノグリカンと多能性幹細胞 平野和己/西原祥子
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD14J.html

神経可塑性におけるコンドロイチン硫酸の役割 宮田真路
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD15J.html

グリコサミノグリカンによるdystrophic endball形成機構 坂元一真
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD16J.html

細胞外スルファターゼSULF1およびSULF2 内村健治
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD17J.html

ヒアルロン酸プロテオグリカンリンクプロテインの役割 大橋俊孝
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/proteoglycan/PGD18J.html

【Quality Control, Trafficking and Sorting of Glycoproteins】
UGGTによる糖タンパク質ミスフォールディングの識別 戸谷希一郎
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/qualitycontrol/QS-A05J.html

小胞体におけるN型糖鎖のマンノーストリミング機構を中心とした糖鎖依存分解経路の概要 蜷川暁
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/qualitycontrol/QS-A06J.html

【Saccharide】
緑色植物におけるstarch synthaseの研究状況 藤田直子
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/saccharide/SA-C08J.html

システイン残基が触媒する糖鎖の加水分解 伏信進矢
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/saccharide/SA-B06J.html

【Structural Glycobiology】
X線結晶構造解析の進展 佐藤匡史
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR03J.html

糖鎖の分子動力学シミュレーション 李秀栄
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR04J.html

糖鎖のイオンモビリティースペクトロメトリー 真鍋法義
https://www.glycoforum.gr.jp/glycoword/Structural/STR05J.html
——————————————————–

ChatGPT時代の論文執筆のための英語教育はどうあるべきか?―この京大式英語教育の動画は必見です。

このところ紹介している京都大学の柳瀬陽介先生の講演動画とスライド資料が公開されています。先生は京都大学で理系のための英語教育を担当されており、この講演で京大での英語教育の様子を詳しく紹介しておられます。私がこのブログで紹介してきたツールも紹介されていますが、それ以外の様々な英語関連の資料の使い方、英語の学び方についても詳しく話してくださっています。
これから論文を書こうとする学生・院生・研究者に役立つ内容です。今日全部動画を拝見しましたが、必見の動画です。
絶対ご覧になることをすすめます。
「AIの導入で英語授業はより人間的になった ― 実践速報に基づく考察」(2023年6月10日(土) JACET中部支部大会基調講演) 
柳瀬陽介(京都大学・国際高等教育院)
https://youtu.be/JNbyWv4yQng

以下のツイートから動画へのリンク、スライド資料へのリンクの載っているページにいけるのでそちらもご覧ください。

生化学者のための、無料の3DCGアニメーション作成ソフトBlenderの使い方動画の紹介

先日 MRC LMBのセミナーで、Brady Johnstonさんの講演「Blending proteins- Democratising access to beautiful molecular landscapes」を見ました。Blenderというのは、日本語の公式サイトhttps://blender.jp/によると、
「Blender は3DCGアニメーションを作成するための統合環境アプリケーションです。オープンソースのフリーウェアであり、本格的かつ商用アプリにも負けない機能を持ち、世界中のユーザに利用されています。」というソフトウエアで、Windows用、Mac用、Linux用などがあります。Brady Johnstonさんのおかげで、生化学者が有料ソフトウエアを使わずにタンパク質やDNAの立体構造アニメーション、分子動力学解析結果のトラジェクトリのアニメーション、電子顕微鏡画像の立体再構築アニメーションなどの作成ができるようになっています。pdbファイルなどの生命科学で使われるファイルを読み込むためのBlenderのaddon ”Molecular Nodes”を開発してくれており、無料のBlenderでpdbファイルを表示して自由にアニメーションを作成することができるようになっているそうです。
私はまだ使ったことがありませんが、BlenderとMolecular Nodesの組み合わせは、世界中の生命科学者が使っているようです。JohnstonさんのYouTubeチャンネルにBlenderのインストールからはじまる
Blender for Biochemistsという一連の動画があります。
https://youtube.com/playlist?list=PLQyfz7398elUxrY_5NbqvN0ve7hqlz_mW
また、Blenderの生命科学者用のアドオンMolecular Nodesのインストールの仕方からはじまる一連の使い方の動画が公開されているので興味のある方は挑戦してみてください。
https://youtube.com/playlist?list=PLQyfz7398elUYMdeaSYVAcXffzlSIzuSw

どんなことがBlenderとMolecular Nodesでできるかは、Johnstonさんのtwitterなどをみるとよくわかります。
https://twitter.com/bradyajohnston

 

MRC LMBの講演は公開されるかどうか不明ですが、以下の動画は内容がほぼ同じです。
https://youtu.be/adhTmwYwOiA

青空文庫の全文検索ツールが役立ちます!

青空文庫の全文検索ができるんですね。こちらのサイトで可能です。
https://myokoym.net/aozorasearch/

今日このツイートで初めて知りました。


複数の単語を並べての検索もできます。
たとえば、「中原中也 宮沢」と検索してみてください。中原中也の宮澤賢治全集への序文などがヒットします。宮沢を宮澤に変えるとヒットがなくなります。

前に紹介した寺田寅彦のジャーナリズム雑感も、たしか三原山で心中したカップルの会話がさも側で速記したように新聞に書かれていたというようなことが書いてあったのは、誰の文章だったかな?と思い出せれば、「三原山 心中」と検索窓にいれるとヒットします。
https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/files/2492_10275.html

寺田寅彦随筆集より―「ジャーナリズム雑感」を紹介します。

公式サイトのtwitterはこちらです。
https://twitter.com/aozorasearch
使い方の記事もあります。
https://qiita.com/myokoym/items/a97f6901d4fa12bb8cb9

青空文庫を活用するのに役立つツールですね。