The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

創薬研究のためのRの利用法についてのワークショップの動画をみつけたので紹介します。

投稿日: 投稿者: root

創薬研究のためのR言語についてのワークショップの動画をみつけたので紹介します。
英語ですが以下のチャンネルにあります。
R in Pharma
というチャンネルで、以下が再生リストです。
https://www.youtube.com/@RinPharma/playlists
2023年開催のワークショップの動画リストは以下にあります。
https://youtube.com/playlist?list=PLMtxz1fUYA5C0csy8-wTfFmRYQEB30vr3&si=3HhPhswhxb0QuD2T

その中から二つ動画を紹介しておきます。
１）Introduction to Machine Learning with {tidymodels}
https://piped.video/watch?v=i-Rm2HUWgnc
またはこちらから視聴できます。
https://youtu.be/i-Rm2HUWgnc?si=EbehDMu1DauGEcXW

この機械学習の動画の資料は以下にあります。
https://github.com/nrennie/r-pharma-2023-tidymodels
このリンクには講義のスライドの置き場所や、質問への回答などのリンクものっています。
スライドはこちらです。https://nrennie.github.io/r-pharma-2023-tidymodels/#/title-slide
開いたオープニングスライド画面の左上、線が三本重なっている部分をクリックすると全スライドをみることができます。またこの講演後の質問への回答はこちら。https://nrennie.rbind.io/blog/answering-some-tidymodels-questions/

２）Visual Studio Code for Pharma　これは創薬の研究者むけのVSCodeの使い方の紹介のようです。
https://youtu.be/TclI9DjXK2c?si=IsXfheJdXXme8b-E

資料はこちら。
https://github.com/procogia/VSCodeforPharmaIntro

SLIM (Smart Lander for Investigating Moon)の月面着陸成功おめでとうございます!!

投稿日: 投稿者: root

SLIM(Smart Lander for Investigating Moon)の月面着陸成功おめでとうございます!!!
ライブ中継でみていた人は大成功と大喜びでした。太陽電池パネルも太陽の方向をむいていないだけかもしれないので、太陽の向きが変わるころには動き出すかもしれないそうですね。探査機とはもちろん、切り離したロボットとのリンクもとれていて、ロボットの開発ラボは歓喜しておられます。探査機は着陸するときに加速度を刻々と送ってきていて、着陸したと思われる時点以降は、1.6 m/s2（月面上の重力加速度＝地球の重力加速度9.8 m/s2の1/6）のままで月表面に到達したのが重力からも推察できましたね。

写真は、SLIMが無事着陸したと思われるとのアナウンスがあったあたりでの動画のスクリーンショットです。本日公開された記者会見こみの動画
https://www.youtube.com/live/Udh6kvjZYC8?si=6XjxXExVfr76Z6qc
からスクショしました。探査機の測定している重力加速度は左下のAという緑部分の上にでていて、1.628 m/s2　となっています。

今朝、米国にいる人と話したのですが、向うはちょうど午前中だったのでYouTubeの記者会見がはじまるところから見たそうです。画面をみると皆なんか沈んでいるので、てっきり失敗したのかなと思ってみていたら大成功だったと喜んでいました。日本人はまじめすぎるというか、もっと喜ぶべきだとというのがアメリカ人の感覚だと思います。大成功おめでとうございました。時々刻々と変わる状況にAIで対応しながら自動着陸していく探査機の時代がきたんですね。感無量です。

脳はなんのために存在するのか？　ショウジョウバエの全神経回路網を決定するプロジェクトからの解答：こんな内容の一般向け講演動画があります。

投稿日: 投稿者: root

MRC LMBで行われた一般向け講演動画が昨日公開されました。

The brain: What for? By Albert Cardonaという動画で、YouTubeのMRC LMBのチャンネルで公開されています。
https://www.youtube.com/@LMBCambridge/videos
Albert CardonaのグループはMRC　LMBでショウジョウバエの幼虫の全神経回路網（神経細胞どおしのつながりかたのすべて＝コネクトーム）を決定する研究をおこなっています。昨年その成果が雑誌Scienceに掲載されています。
https://www.science.org/doi/full/10.1126/science.add9330
論文自体はペイウオールの向うにあるのでお金を払わないと読めませんが、今回紹介する動画で研究の内容は一般の方でもよくわかると思います。

是非ご覧ください。
https://youtu.be/mcZwH5MYkFU?si=zXQH6JMn-IYazSFj

この動画を見てから、論文を読むと論文がよくわかるので、まずこの動画を見ることをおしすめします。そのうえで、以下のサイトから著者のScienceの論文の原稿を無料で読むことをすすめます。興味のある方はPubMed Centralの以下のリンクから読んでみるとよいでしょう。
https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC7614541/

MRC LMBのその他の一般向け講演動画は以下から見ることができます。
https://youtube.com/playlist?list=PLQbPquAyEw4cL38rgPGkUC46QJWngG–r&si=3p08Xf6f91geiDnq

日本の探査機SLIMの月面着陸は明日から明後日にかけて実施されます！

投稿日: 投稿者: root

明日１９日の夜中から、日本の月面探査機SLIMの月面着陸があります。着陸は1/20(土曜日）午前０:２０分ごろの予定だそうです。
こちらに今までの日本の月探査の歴史とこれからの展望が動画でまとまっています。
SLIM 月着陸 〜月探査の過去から未来へ〜
https://youtu.be/lHkSx696fuc?si=Ep63gs3opTVQvcZr

明日のライブ中継はこちらからみられます！
小型月着陸実証機SLIM ピンポイント月着陸ライブ・記者会見
https://www.youtube.com/live/Udh6kvjZYC8?si=UJNHchU0BN6MAGAj

楽しみですね。

MITのオープンコースウエアから、コンピュータサイエンスのための数学、科学者のための圏論の２冊と、話し方のビデオを紹介します。

投稿日: 投稿者: root

福岡は今日は暖かかったです。明日はもっとあたたかくて四月上旬並みの気温になるとのことです。冬もちょうど半分おわったとNHKテレビでいってました。
今日も忙しかったので簡単な記事ですみません。マサチューセッツ工科大学MITのOpen Course Wareにはいろいろオンラインでよめる教科書がアップロードされています。その中から、英文の教科書を２冊紹介します。

１）コンピュータ・サイエンスのための数学
https://ocw.mit.edu/courses/6-042j-mathematics-for-computer-science-spring-2015/resources/mit6_042js15_textbook/
またはこちらからダウンロードできます。
https://ocw.mit.edu/courses/6-042j-mathematics-for-computer-science-spring-2015/pages/readings/
講義の資料はこちら。
https://openlearninglibrary.mit.edu/courses/course-v1:OCW+6.042J+2T2019/9817b7d039b942c3aad1cdb9524b7c5d/

２）科学者のための圏論
こちらからダウンロードできます。
https://ocw.mit.edu/courses/18-s996-category-theory-for-scientists-spring-2013/pages/textbook/
また講義の案内はこちらです。
https://ocw.mit.edu/courses/18-s996-category-theory-for-scientists-spring-2013/

また話し方についてのこんなビデオも公開されています。
How to Speak
https://youtu.be/Unzc731iCUY?si=2zIjhO0_rwPWn0Co

講義の案内はこちらです。
https://ocw.mit.edu/courses/res-tll-005-how-to-speak-january-iap-2018/

機械学習やタンパク質のバイオインフォマティクスの英語の無料版教科書をいくつか紹介します。

投稿日: 投稿者: root

今日は何かと忙しかったので、無料の教科書がダウンロードできるリンクをいくつか紹介するだけにします。

Understanding Deep Learning
by Simon J.D. Prince
Published by MIT Press Dec 5th 2023.
深層学習の最新の教科書です。
https://udlbook.github.io/udlbook/

こちらは機械学習の教科書
Understanding Machine Learning: From Theory to Algorithms
By Shai Shalev-Shwartz and Shai Ben-David
Cambridge University Press
https://www.cs.huji.ac.il/~shais/UnderstandingMachineLearning/index.html
個人使用のみ限定でダウンロードできます。

こちらもdeep learningの教科書です。プレプリントサーバーにアップロードされている本です。
Mathematical Introduction to Deep Learning: Methods, Implementations, and Theory
Arnulf Jentzen, Benno Kuckuck, Philippe von Wurstemberger
https://arxiv.org/abs/2310.20360

プレプリントサーバーで検索キーワードをbookとintroductionにして探してみると上の本以外にもいろいろ本がヒットします。たとえば次は蛋白質のバイオインフォマティクスの教科書Introduction to Protein Structural Bioinformaticsの各章がアップロードされているサイトのリンクを含む序文のpdfです。
Preface to Introduction to Protein Structural Bioinformatics
K. Anton Feenstra, Sanne Abeln
https://arxiv.org/abs/1801.09442

プレプリントサーバーには結構、よい教科書がありますので自分の興味のあるキーワードで探してみてください。

生命倫理の京大オープンコースウエアの紹介

投稿日: 投稿者: root

京都大学のオープンコースウエアに生命倫理を扱った一連の講義（英語）がアップロードされています。
https://ocw.kyoto-u.ac.jp/en/course/248/

クローン人間は許されるのか？脳死後の臓器移植はゆるされるべきことなのか？安楽死は？赤ちゃんの性を選択することは？など、身近な問題についての講義です。まず最初に短いマンガを使ってのイントロがあり、その後にそれをもとにした講義が続くという形式です。生命倫理について学ぶのによい動画だと思います。初回はこんな感じです。
https://youtu.be/oHbZ9oz7lm8?si=I1dqNATn0N31_26d

Python入門の初心者向け、理科系大学生向けの動画がよさそうです。

投稿日: 投稿者: root

今日はnitter.netがつながらなくなったので対処法を書きました。困った人が多かったようでアクセス数が1万になりそうです。なおnitter.netのアカウントがサスペンドされたのはセクシャルな内容がでているという通報があったらしいのですが、それはいわれない誤解だったようです。サスペンドしていた会社が、サスペンドに対して激しい世界中からの抗議をうけたとからかもしれませんが、なぜかサスペンドを解消した模様です。つながるようになりました。でもまたこういうことがおこるかもしれませんので、その際は、別のインスタンスを使ってみてください。

ということで、今日は通常の記事は簡単なものにしておきます。

こちらのツイートでのretweetで知りましたが
https://nitter.net/830RDEkpvteEODM

慶應義塾大学公認IT系サークル、Computer Society(KCS)
https://www.youtube.com/@KCSKeioComputerSociety/videos
では、初心者向けや上級者向けの様々な動画を公開してくれています。Python入門とか、
Pytorchを用いた深層学習入門
https://youtube.com/playlist?list=PLBab1cAR4F4wpuR3f7uBXhy50KE7bRyk6&si=HLCiWWYnW9M3keAy
とか、日本語での丁寧な解説動画がいっぱいあるので、ぜひ再生してみてください。役立つと思います。
二つほどPython 関係の動画をはりつけておきます。

理系大学生・工学者のための速習Python【基礎文法から数値シミュレーションまで】
https://youtu.be/4czxr39wJX8?si=ZfYVAZeBcNCRZwxf

こちらのPython入門動画は78本もあってよさそうな講義動画です。再生リストはこちら。
https://youtube.com/playlist?list=PLBab1cAR4F4wbiANj7zF5xepFknYc3iud&si=qki8QcwwYZqns-M4
第一回目の動画を貼り付けておきます。
https://youtu.be/YBNCRJSBuYA?si=UiDs44i9qYKVipyT

nitter.netがつながりませんね（午後9時ごろ確認したところつながるように復活していました！）。とりあえずこちらで違うインスタンスを選んでみてください。

投稿日: 投稿者: root

この記事に検索でたどりついた方は、こちらの記事をご覧ください。nitter.netは完全に動かなくなっています。動いているわずかなインスタンスの探し方と、twitter (X)にログインしなくても記事を見る方法を書いてあります。(2024/3/08追記しました）

nitterがほぼ全滅したようです。

 

また今朝からnitter.netがつながらないようです。こちらのサイトでグリーンになっているインスタンスを選ぶと、ツイートがよめるのでためしてみてください。とりいそぎ。（午後9時過ぎにつながるようになりました）

Nitter Instance Uptime & Health
https://status.d420.de/

nitter.netのアカウントがサスペンドされたためとのことです。
このページのアクセスがものすごい数になっているので、インスタンスの利用方法を簡単に再録しておきます。

nitterのインスタンスを使ってtwitterをみる方法です。やり方は前に書きましたが、もう一度簡単にまとめておきます。
１）こちらのサイトでhttps://status.d420.de/
どのnitterのサービス（インスタンス）が今　動いているかを調べたうえで

２）動いているインスタンスのurlを開いてユーザー名を入れればアクセスできます。しかしこれは面倒くさいので、私は以下のようにしています。上のサイトで動いているインスタンスのトップにあるのはこちらのurlのインスタンスです。
https://nitter.uni-sonia.com/　これは日本で動いているサービスのようです。

３）例としてこのインスタンスを使って、田口善弘先生のtwitterを読んでみましょう。動いているインスタンスのurlを先ほどのサイトからコピーしてきます。https://nitter.uni-sonia.com/でしたね。次にXの田口先生のツイートのurlを調べて、ユーザー名をコピーします。この例ではhttps://twitter.com/Yh_Taguchiがツイッターのurlです。このurlのスラッシュの後が田口先生のユーザー名Yh_Taguchiです。このユーザー名をコピーして、動いているインスタンスのurlの後に貼り付けます。
https://nitter.uni-sonia.com/Yh_Taguchi
これで田口先生のツイートがログインなしで読めるようになります。

ここまで書いたところで、nitter.netが復活していることがわかりました。（午後9時10分）
また自分の使っているインスタンスがよめなくなったときは、上記の要領で別のインスタンスを使ってください。

大河ドラマ「光る君へ」が始まったので、オンラインで読める源氏物語を探してみました。iPadのアプリ「i文庫HD」は最強のpdfや青空文庫リーダーです。

投稿日: 投稿者: root

NHKの大河ドラマで今年は紫式部のお話大河ドラマ「光る君へ」がはじまりました。私はまだ視ていないのですが源氏物語の作者ですので新機軸の大河ドラマで楽しみです。大河ドラマの平家の年あたりから、画面が黄色味を帯びた美しくない映像になったので大河ドラマは見る気がしなくなりました。また幕末や戦国時代で結末がわかっている話では、新解釈がはいっていたとしても、とうてい毎週一回づつ視る気がおこらなくなったのは年のせいなのでしょうね。

さて源氏物語ですが、源氏物語は現代語訳がいろいろでています。谷崎潤一郎訳とか与謝野晶子訳とかは有名ですね。Amazon のKindle unlimitedを契約していた時には、どちらも読むことができて時々読んでいました。しかし岩波書店の本やブルーバックスがunlimitedのラインアップから消えてしまったので、すっぱりunlimitedの契約は止めて、今は契約していません。それでちょっとオンラインで源氏物語が読めないかを探してみました。与謝野晶子訳の源氏物語は青空文庫でよめるので手軽に読めるのでよさそうです。
https://www.aozora.gr.jp/index_pages/person885.html#sakuhin_list_1
Wikipediaによると、角川文庫版はオンラインで公開されているのですね。今日はじめて知りました。
http://www.genji.co.jp/yosano/yosano.html

英語版はTale of Genjiというタイトルで、作者をLady Murasakiで検索するとInternet Archiveにあるのが見つかります。
1000ページを超える英訳で、一巻で源氏物語全帖の翻訳が読めます。
Tale of Genji in one volume
https://archive.org/details/in.ernet.dli.2015.182984
序文には紫式部の伝記も書いてあって、なかなか読みごたえがある英訳です。もちろんpdfやその他の型式の本をダウンロードできます。

青空文庫は、iPadの有料アプリ「i文庫HD」で手軽にダウンロードして読むことができます。このアプリはftpサーバーになる機能をもってるのでPCからpdfをiPadに送って読むのが簡単にできるので重宝しています。スキャンしてつくったpdfにも対応していますし、ページの左めくりや右めくりも設定で変更できるので、Internet Archiveの本とかを読むのにも便利です。私のおすすめのiPad用アプリです。値段は1000円ですね。
https://apps.apple.com/jp/app/i%E6%96%87%E5%BA%ABhd/id369111608