The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

複雑系の研究で有名なストロガッツさんの本や動画の紹介。

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Steven Strogatzさんは複雑系の研究で有名なコーネル大学の数学者です。ときどき彼のtwitterをみていましたが今日でツイートとをやめるとのことでびっくりしています。

Strogatzさんはたくさん本を書いており、
https://www.stevenstrogatz.com/all-books
いろいろ邦訳があります。たとえばSyncという本は有名です。紙の本は1183円ですが
https://www.hayakawa-online.co.jp/product/books/90403.html
Kindleの日本語版は今600円で買えるようです。

Netflixで配信されているドキュメンタリー「インフィニティ：無限を旅する」A Trip to Infinityはもおすすめです。

YouTube動画では次の二本がわかりやすそうです。
The Story of Calculus – Steven Strogatz 2022 Ulam Memorial Lecture
https://www.youtube.com/live/S1gXA4B8DL0?si=HGsXF9FKe1EEzkod

The Story of Sync – Steven Strogatz 2022 Ulam Memorial Lecture
https://www.youtube.com/live/RpU7JrE1uCk?si=A-fFMIx80Uq7YAGi

仮想マシン作成ソフトのVirtualBoxを、新しいPCに移動させる方法の紹介です。

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自宅のメインPCが故障してしまったので、新しいPCに故障したPCのデータを移動しています。
メインの内蔵HDDドライブを取り出して、HDDスタンドにたててUSB接続で新PCにつないで中身を回収中です。
今日は旧PCで使っていたVirtualBoxを新PCにうつしてみました。やり方は簡単でしたので、メモしておきます。

１）まず旧PCで使っていたVirtualBoxのバージョンを確認します。わからない場合は、旧PCの\Program Files\Oracle\VirtualBox\VirtualBox.exeを探し出して、右クリックしてプロパティから詳細を表示してバージョンを確認してください。
２）Oracleのサイトから１）で確認したVirtualBoxのインストーラーをダウンロードして、新PCにインストールします。
私のは6.1シリーズだったのでこちらのページからダウンロードしました。https://www.virtualbox.org/wiki/Download_Old_Builds_6_1
３）インストールが終わったら、できあがった新PCの\Program Files\Oracle\VirtualBoxとたどっていって、VirtualBoxフォルダを丸ごと削除します。そしてOracleフォルダ内に旧PCのVirtualBoxフォルダをまるごとコピーします。これで旧PCにあったVirtualBoxoプログラムの設定が移動できました。
４）次に、このフォルダ内にあるVirtualBox.exeをクリックしてソフトを起動します。Oracle VM VirtualBox マネージャーが表示されるので、ファイル(F)とある部分をクリックしてファイルメニューを開き、「一般」メニューを開いて「デフォルトの仮想マシンフォルダー」の部分を確認します。そこに仮想マシンの設定フォルダであるVirtualBox VMsという名前のフォルダの場所が表示されます。ここに旧マシンの「VirtualBox VMs」フォルダのコピーがある場所を指定すれば移動は完了です。指定にはプルダウンメニューから「その他」を選んでコピーしたフォルダのありかを指定します。

旧PCにあるVirtualBox VMsフォルダのありかの探し方は簡単です。VirtualBox VMsという名前でコンピュータを検索してみてください。このフォルダは数十ギガバイトの大きさであることが普通だと思います。見つかったフォルダを新PCにコピーして、その場所を上の手順で指定したら終わりです。このフォルダには自分のつくった仮想マシン　（Ubuntu とかlinux Mintなどなど）とその仮想マシンで使っているソフト、ファイル、フォルダなどの情報が全部入っています。

５）以上で移動は完了です。VirtualBox.exeをクリックすると、旧PCで使っていた仮想マシンがすべて表示されているはずです。仮想マシンを起動して、自分が使っていた設定やファイルが使えることを確認してください。

glycoRNAは細胞膜上のRNA結合蛋白質とナノクラスターを形成してウイルスの侵入などに働いているというプレプリントがでています！

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糖鎖生物学のニュースです。以前紹介したRNAにシアル酸やN形糖鎖が結合している分子であるglycoRNAについて研究の画期的な進展がありました。

RNAに糖鎖が付加されることがあるのをご存知ですか？ glycoRNAと名付けられた分子です。

glycoRNAは細胞表面に存在しているのですがどのようなメカニズムで細胞膜表面にいるのでしょうか？おそらくRNAを結合するタンパク質であるRNA binding protein（RBP）と結合しているのではないかと想像するのが普通です。ハーバード大学のFlynnラボからのプレプリントはたしかにRBPが細胞膜表面に存在することを明らかにしてcell surface RBP (csRBP)と名付けています。同定されたcsRBPはナノスケールのクラスターを細胞膜表面で形成しており、glycoRNAがそのクラスターに含まれているそうです。またこのナノクラスターは正の電荷をおびたペプチドで細胞内に侵入するもの（CPPs: Cell penetrating peptides）と強く結合して、ペプチドの細胞内侵入メカニズムの一つになっていることもわかったそうです。CPPの代表例はエイズウイルスのつくるTATというペプチドでこれは転写にかかわるRNAと強く結合してエイズウイルスの増殖を助けます。

以下はFlynnラボのツイッターです。


以下からプレプリントを読んだり、ダウンロードすることができます。
論文のタイトルと、アブストラクトを引用しておきます。
”RNA binding proteins and glycoRNAs form domains on the cell surface for cell penetrating peptide entry”
The composition and organization of the cell surface determine how cells interact with their environment. Traditionally, glycosylated transmembrane proteins were thought to be the major constituents of the external surface of the plasma membrane. Here, we provide evidence that a group of RNA binding proteins (RBPs) are present on the surface of living cells. These cell surface RBPs (csRBPs) precisely organize into well-defined nanoclusters that are enriched for multiple RBPs, glycoRNAs, and their clustering can be disrupted by extracellular RNase addition. These glycoRNA-csRBP clusters further serve as sites of cell surface interaction for the cell penetrating peptide TAT. Removal of RNA from the cell surface, or loss of RNA binding activity by TAT, causes defects in TAT cell internalization. Together, we provide evidence of an expanded view of the cell surface by positioning glycoRNA-csRBP clusters as a regulator of communication between cells and the extracellular environment.

京都大学の柳瀬陽介先生の最新の講演動画とスライドが公開されています。

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京都大学の柳瀬陽介先生の最新の講演動画とスライドが公開されています。

JACET全国大会シンポジウム「AIの台頭とこれからの大学英語教師–始めに行為ありき」のスライドと解説動画を公開します。

https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/09/jacetai.html

AIをつかった英語教育の理念と現状、そして展望がよくわかる講演ですのでお勧めします。講演スライドには、先生のChatGPTの各種プロンプトも紹介されているのでとても役立ちます。

230831 JACET全国大会シンポ 柳瀬解説録画
https://youtu.be/a4KRS_OpIKM?si=TWY8cp2FBpUqJO_T

柳瀬先生のブログには、プロンプトの他に英語を使うための記事が満載されています。たとえば米語の発音の勉強になるリンクが集まっているこちらなどもお勧めです。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/07/voa.html

米語の聞き取りについてはこんなYouTube動画もよさそうです。
「ホロライブENで学ぶ英語の音声変化講座」https://youtube.com/playlist?list=PLubDgYtfIZYUyGse6ly1UjLjSoq1BOnZP&si=wYSq9cNwWy2nOX_S
初回はこんな感じです。
https://youtu.be/yQn0Mih5RTg?si=xIEwlOHtlS2qiuVO

Andrew McLachlanさんが亡くなっていました。

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今日はメインのPC故障のため個人的な記事ですみません。

日本でも広く読まれていた有名な教科書「化学者のための磁気共鳴」（Introduction to magnetic resonance） の著者で、タンパク質のアミノ酸配列のバイオインフォマティクス研究でも有名だったAndrew McLachlanさんが昨年7月に亡くなっていたのを今日知りました。
業績と私生活については英国Royal Societyのサイトのこちらの記事をご覧ください。
https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsbm.2023.0014
私がMRC LMBに滞在していたとき住んでいた借家の大家さんです。奥さんによると今はバイオインフォマティクスをやっているという話でした。当時MRC　LMBにおられて、研究所内でもお目にかかったことがあります。当時は核磁気共鳴の本を書かれた大先生ということしか知りませんでしたが、Londonのvan der Waals力の研究を一段と発展させた方でもあったんですね。Perutzとも研究されいたのも全く知りませんでした。Royal Societyの記事には、銀婚式で奥さんと一緒に移っている写真があって、なつかしかったです。私たちにとっては良い大家さんでした。

国立国会図書館の個人送信資料を気持ちよくモニター画面で閲覧する方法

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私が現在試している国立国会図書館の個人送信資料を気持ちよくモニター画面で閲覧する方法を紹介します。

私はFirefoxユーザーで、ブラウザのFirefoxで国立国会図書館の個人送信資料を閲覧しています。
最初に表示される本のページの画像は下の写真のように目に悪いもので、極めて見にくい画像でこれで本をオンラインで読むのには堪えないものだと感じます。

これを解消するには、上の写真の本のページの画像の右にある、画像調整のタブ(目次タブの右）をクリックして、下のほうにある明度、コントラスト、シャープネス、ガンマ補正、白黒にする、の部分のスライダを動かして、見やすい画像になるように調整します　(下の写真）。

この調整は全ページの画像に適用されるので一回設定するだけでよいので、大変便利です。自動調整というボタンもあるので押してみて、それで見やすければ自動調整ボタンを押すだけでもいいかもしれません。

私のおすすめは、一番下の「白黒にする」ボタンをおして画像を白黒にすることです。見にくい色がなくなってみやすくなります。白黒表示にした上で、上でガンマ補正、シャープネス、コントラスト、明度などを調節して見やすい画像にするとよいでしょう。

図のように随分見やすくなります。上の写真で「コマ番号」とある行にある、「17% +」とある部分の右のボタン（拡大ボタン）を押すと全画面表示になります。これで読むと目に優しく読みやすくなりますのでお試しください。

また、本文が表示されている部分だけをモニターいっぱいに広げて読むのことは、全画面表示にしなくては無理で、Firefoxの表示画面を拡大しても書誌情報のページなどが消えず、ページ部分だけの拡大はできませんでした。ところが今日、ネット検索していたら、たまたま簡単な方法で本のページをモニター画面一杯に表示することができることを知りました。こちらのブログ
https://biochem-fan.hatenablog.com/の「ウィンドウの中でフルスクリーンモード」という記事で紹介されている方法です。上の写真はそういう設定変更をした後の様子です。設定変更の方法は簡単です。

Firefoxのアドレスバーにabout:configとうちこみ、表示される画面で「危険性を承知の上で使用する」をクリックして次にすすみます。表示される設定一覧の中から、検索などで full-screen-api.ignore-widgetsを探し出し、falseになっている場合は、一番右の。右向き矢印と左向き矢印が重なっているアイコンを一回クリックして、　false表示をtrueに変更するだけです。これでfirefoxの表示しているウインドウの領域の部分だけが、全画面表示と同じ画面に表示されるようになります。是非試してみてください。このabout:configでの設定後の全画面表示の例が上の最後の写真です。

以上の方法で、読みやすい画面で、個人送信資料の本を読むことができますのでお試しください。

ChatGPTはなぜ計算が苦手なのか―という講演動画が公開されています。ChatGPTの動作原理の説明がわかりやすい講演です。

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ChatGPTはそのままでは算数や計算問題に誤った解答をすることが多いといわれています。なぜそういうことが起こるのかを、ChatGPTの動作原理から説明する講義が公開されています。スライドのpdfをダウンロードして内容の概略を知りましたが、ChatGPTの動作原理を理解するのに大変よい講演だと思います。是非一度ご覧になることをお勧めします。

【第67回】 大学等におけるオンライン教育とデジタル変革に関するサイバーシンポジウム「教育機関DXシンポ」（7/7 オンライン開催）での講演動画です。

「ChatGPTはなぜ計算が苦手なのか」湊 真一 京都大学大学院情報学研究科 教授
https://edx.nii.ac.jp/lecture/20230707-03
上のリンクから、講義のスライドと動画をみることができます。スライドはpdfをダウンロードできます。
YouTubeはこちらです。
https://youtu.be/61XuTQpm7NU?si=isbi-AhF8dOM8rXK

以前の記事で書いたように、ChatGPTのプラグインであるWolframを使えば誤りは防げるのでChatGPT Plusのユーザーは是非インストールして使ってください。Wolfram Alphaで計算した答えが返ってくるので正確な回答が期待できます。
以前の記事はこちらです。

ChatGPTのWolframプラグインと、Mathematicaのchat notebookの紹介動画がでていました。

ChatGPTのプロンプトの作り方―参考文献紹介

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ChatGPTのプロンプトの作り方については、Open AIのサイトが有名です。

https://help.openai.com/en/articles/6654000-best-practices-for-prompt-engineering-with-openai-api
以前のいくつかの記事で上のリンクを含めてプロンプトの作成について書きました。（この記事の末尾参照）
今日はOpen AIが先月末に公開した教師向けのTeaching with AIというサイトを紹介します。これは教育にAIをどう生かすかというノウハウをまとめてあるものです。
実際のChatGPTの活用例のあとに、プロンプトの例がならべてあります。結構長いプロンプトですが、こういうふうにプロンプトを書くといいのか、というのがよくわかります。短いプロンプトを駆使している方にも、こういう長いプロンプトの書き方を教えてくれるサイトは貴重で、仕事に役立つと思います。

https://openai.com/blog/teaching-with-ai


以下は以前の本ブログの記事です。

ChatGPTによる英語学習用のプロンプト、英文校閲用のプロンプトなどなど。

ChatGPTに論文の英文校閲をしてもらうための”良い”プロンプト（prompt）の作り方

ChatGPTにうまく答えさせるための入力文の作り方

ダークマターなど存在しないという話があるそうです。修正ニュートン力学MOND

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Modified Newtonian Dynamics （MOND　修正ニュートン力学）という理論は、ダークマターを葬る理論として注目されています。アインシュタインの一般相対性理論で宇宙を説明しようとするとどうしても必要だとされるダークマターですが、その本体はまったく知られていません。このようなものを仮定しなくてもよいというのがMONDです。
Gigazineの日本語解説はこちらです。
https://gigazine.net/news/20220825-dark-matter-doesnt-exist/

こちらの記事にも詳しく書かれています。こちらは英語版ですが
https://academic-accelerator.com/encyclopedia/modified-newtonian-dynamics
日本語版もあります。ちょっと翻訳がおかしいので英語版と見比べるとよいと思います。https://academic-accelerator.com/encyclopedia/jp/modified-newtonian-dynamics
こちらの記事も英語でわかりやすいです。
https://www.popularmechanics.com/space/deep-space/a44776417/study-contradicts-newton-einstein-theory-gravity/

動画では、こちらのYouTubeチャンネルでMONDの最近の発展とこれからどうなるかをレポートしてくれていますのでご覧ください。
https://www.youtube.com/@DrBecky/videos
このチャンネルは、Oxford大学の有名な天体物理学者　Dr Becky Smethurstさんのチャンネルです。最新の動画はこちら。
ベイズ統計学でデータ解析するとMONDにそった結果が出るとかいう話や、MONDの正否に決着をつけるような論文が査読にまわっているという話などの最新の話ももりこまれていて面白い動画です。
MORE evidence AGAINST dark matter? | What does the GAIA data actually show?
https://youtu.be/3o8kaCUm2V8?si=nX07AvP1oRwwvUFM

彼女はA Brief History of Black Holesという本も書いています。Royal Institutionでの彼女の関連講演はこちらです。
https://youtu.be/qtXDF7N1YHQ?si=eWzoEYLvhCxeGUEE

R markdownにつぃての英語の無料で読める教科書が公開されています。

投稿日: 投稿者: root

再現性のある研究をするのにR markdownが役立つという記事を以前書きました。

R Markdownとは？

宿題の答えをR markdownで書いて皆で共有したり、本を書いたり、論文を書いたり、ウエッブサイトを作ったりするのに活用されているのがR markdownです。

マークダウン言語Quartoを使えば、完全無料で自分のホームページが作れて、無料で公開できるそうです。

The R Markdown book coverネットで無料で読めるR markdownの教科書があったので紹介しておきます。
R Markdown: The Definitive Guide
witten by Yihui Xie, J. J. Allaire, Garrett Grolemund
オンライン版は、こちらから読めます。
https://bookdown.org/yihui/rmarkdown/

紙の本や電子ブックは有料で販売されています：https://www.routledge.com/R-Markdown-The-Definitive-Guide/Xie-Allaire-Grolemund/p/book/9781138359338

ブラウザで読むことができるので、オンライン辞書をひきながら気楽に読んでみることができる本と思います。