アルゴリズムの英語の定番教科書や日本語のアプリ  アルゴリズム図鑑の紹介です。

今日は京都の五山の送り火でしたね。残念ながらNHK BSでの生中継は今年はなかったようでみられませんでした(BS11でやっていたのを今知りました。残念)。代わりにYouTubeでの中継があることを娘が教えてくれました。見逃し配信でまだみられるようです。

さて今日はアルゴリズムの英語の教科書を紹介します。
Algorithms by Jeff Ericksonという本です。著者はイリノイ大学教授です。この本は中級者むけのアルゴリズムの教科書で、Amazonで絶賛されている本です。pdf版は著者のサイトから無料でダウンロードできます。またこの教科書を学ぶための予備知識はどこで学べるかについても親切な案内がこのサイトにありますので、そちらをまず学んでみるのも良いかもしれません。
http://jeffe.cs.illinois.edu/teaching/algorithms/
上のリンクは本の詳しい紹介でしたが、もっと広範囲の教材や著者の講義ビデオはこちらからたどれます。
http://jeffe.cs.illinois.edu/
YouTubeにも著者の講義があります。
https://www.youtube.com/@erickjefferson4759/playlists

私もこのブログで、いろいろなアルゴリズムの教科書を紹介していますので、検索窓にalgorithmなどといれて記事を探してみるとよいでしょう。
あと、初歩のアルゴリズムの解説アプリもあります。アルゴリズム図鑑というアプリで、apple用とandroid用があって、無料でみられるアルゴリズムだけでも随分わかりやすくて勉強になるのでおすすめします。
http://algorithm.wiki/ja/app/

今日は終戦記念日ですね。義父から聞いたビルマ従軍敗戦の話を思い出しました。

今日は一日小雨が降り、福岡では気温も上がらず涼しい一日でした。
皆さん台風の被害はなかったでしょうか。被害を受けた方は一日も早い復旧をお祈りします。

今日は終戦記念日なので義父から聞いた戦争の話を書いてみます。
義父は終戦をビルマで迎えました。騎兵でしたがビルマに到着すると馬が死んでしまい、戦車兵として従軍していたそうです。戦車で、包囲されていた日本軍を救出したときには勲章ももらったそうです (実は父の戦車隊が道に迷って、たまたま英軍に包囲されていた日本軍に遭遇したという、まったくの偶然の戦功だったとのことです)。その戦車も、ビルマは暑いのでハッチをあけて走行していたところ、手榴弾を投げ込まれたので爆破されてしまったそうです。「映画のように手榴弾をつかんで投げ返したりなどはしない、爆発する前に皆一目散に戦車から脱出するだけ」、と話していました。

終戦後は英国軍の捕虜収容所に収容されていました。アーロン収容所(会田 雄次)という有名な本がありますが(文末の註参照)、あの収容所ではなかったようです。捕虜収容所での待遇は、会田雄次が書いているような陰湿・陰険で劣悪なものでは全然なかったそうで、義父はあの本には批判的でした。どちらかというと、国会図書館個人送信資料で読める、「ビルマ敗戦記」の著者が書いている収容所の様子に近い待遇だったようです。
浜田芳久 著『ビルマ敗戦記』,図書出版 https://dl.ndl.go.jp/pid/12228426

義父は電気技師だったので、収容所の作業では、英軍の電気設備の修理や整備にかりだされたそうです。英軍が映画館を開設する際には、電気配線や電気工事もしたそうです。その映画館のお披露目の日には、工事にたずさわった日本兵捕虜を英軍は映画館に招待してくれたとのことでした。朝起きてみると、洗濯してピシッとアイロンのかかった軍服を英軍が用意してくれていて、それを着用して映画館にでかけたそうです。

私達が英国に留学するときには、父は英国人はたとえ事故があっても紳士的にきちんとルールを守って救助してくれるから、信用できるので安心だと話していました。ケンブリッジ大学にいたとき、ラボのニュージーランド人の同僚に、義父が第二次世界大戦で英軍の捕虜になって、マウントバッテン将軍の司令部の電気工事とかもしていたと話すと、「Kazuのお父さんはprisoner of war やったんだって」と、皆に話してもりあがっていました。もちろん捕虜収容所生活ではつらいこともあったようですが、インド兵は日本兵を尊敬してくれていたそうです。外にでたときには監視役のインド兵と日本兵捕虜が一緒になって、川で魚をとったと話してくれました。インド兵はその時は鉄砲とかもほっぽりだして、みんなで夢中で魚をとっていたそうで、鉄砲を奪うこととかもできそうだったけど、「そんな怖いことはしませんでした」、とのことでした。雨で野外作業ができないときには、京大の学生さんの兵隊が、ためになる話を皆にしてくれるのだそうです。野外作業のときには、この京大の学生さんは荷物の見張り役とかをしていたそうです‥‥。

義父は捕虜になっていたので、日本への帰国は遅れました。そして帰国船に乗ってやっとなつかしい日本の島々が見えるようになった時のことです。何人かの兵隊がなにやら、こそこそと話しています。何かよからぬたくらみをしているようなので、訊いてみると、「やっと日本に帰ってきた。港に着く前に、あのひどい上官を海に投げ込んでしまおう」と言う相談だったそうです。父がやめさせたので誰も死ななかったそうですが、日本軍というのは内部でも酷い制裁などをしていたのですね。私の実父も同じようなことをいっていました。兵隊たちが戦闘中にひどい上官を撃ち殺すこともあったようです。「弾は前からだけとんでくると思うなよ」、と兵隊がいっていたと聞きました。

分子動力学MD法の無料教科書が公開されています。

分子動力学はタンパク質などの生体高分子の挙動を計算するのによく用いられる手法です。このブログでも何度か紹介しましたが、今日は分子動力学の無料でよめる教科書が公開されていますので紹介します。こちらからダウンロードできます。
https://cbi-society.org/home/pub_ebook.html

古明地勇人著「分子動力学法の基礎 第1版」(eBook No.6)
-2023年8月1日発行-

本文中には、数多くの参考書もあげられているので、それをみるだけでも役立つと思います。ダウンロードしてみて読めそうだったら勉強してください。

以前紹介した分子研の分子動力学の講義は完結しており、現在、全講義をみることができます。興味のある方はこちらからご覧ください。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLFeFFDIymHoNKMqUYPgIPIOCe3x6faQTs

AIの危険性についてのGeoffrey Hintonの講演がYouTubeで視聴できます!Hinton は深層学習、AI研究の今日の隆盛をもたらした開拓者です。

Geoffrey Hintonは深層学習分野の巨人であり、2000年代前半までのニューラルネットワーク研究の停滞期を終わらせ、今日の隆盛の基盤を築いたことで知られています。彼は、彼が開発したディープビリーフネットワークを用い、事前学習(pretraining)という手法で多層ニューラルネットワークの学習に成功を収めました。彼はコンピュータ科学のノーベル賞とも称されるTuring賞を受賞しており、AI や深層学習のGodfatherとよばれています。彼は、Google Brainとトロント大学の教授を兼担しながら、この分野のトップリーダーとして、活発に研究を展開してきました。しかし、今年の5月、AIの危険性について自由に意見を述べるために、Google Brainを退職したことは世界中で大きく報道されました。
https://www.technologyreview.com/2023/05/01/1072478/deep-learning-pioneer-geoffrey-hinton-quits-google/

今回紹介する講演動画は、核戦争やAGI(汎用人工知能)など、人類の存続に関わる危機を研究しているケンブリッジのThe Centre for the Study of Existential Riskでの一般向け講演です。これはGoogle退職後の約1ヵ月後に行われたものです。ユーモアを交えたわかりやすい内容と、最後の質疑応答セッションも含めて非常に参考になります。

Geoffrey Hinton – Two Paths to Intelligence
(25 May 2023, Public Lecture, University of Cambridge)
https://youtu.be/rGgGOccMEiY

アナログの生物コンピュータとしての人類の場合、一人一人の教育は大変で、その人が死ぬとその教育の成果は失われてしまいます。しかし、デジタルコンピュータを使えば、ハードウェアの複製を通じて汎用人工知能を簡単に増やすことができます。このことから、一旦 汎用人工知能(AGI)がデジタルコンピュータ上で完成すれば、それは人類を容易に凌駕してしまう可能性があると懸念されているわけです。この講演を通して、AIと深層学習の先駆者の考えに触れることができますので、是非ご覧ください。

無料で読めるデータサイエンスの教科書、経済とファイナンスへの応用、Rによるメタアナリシスの本などがでています。

無料でよめるデータサイエンス関係の本やRを使ったメタアナリシスの本の紹介です。
1)Foundations of data science 
Microsoft Researchの研究者による教科書で、ダウンロードはこちらから可能です。 https://www.cs.cornell.edu/jeh/book.pdf
本の紹介動画はこちら。https://youtu.be/DqBUALT6dnM

またこの教科書での講義動画はこちら。
https://www.microsoft.com/en-us/research/publication/foundations-of-d
ata-science-2/
なお、YouTubeの再生リストにのっている教科書は上のリンクの本より古いので注意してください。

Foundations of Data Science

2)また経済やファイナンス分野でのデータサイエンスの本がオープンアクセスになっています。
“Data Science for Economics and Finance: Methodologies and Applications“, by Sergio Consoli, Diego Reforgiato Recupero, and Michaela Saisana.
https://www.datasciencecentral.com/new-book-data-science-for-economics-and-finance-methodologies-and/
ダウンロードリンクは上のサイトにありますのでクリックしてダウンロードしてみてください。

3)またオンラインで読める「R によるメタ分析:ハンズオン」の日本語版も評判になっています。
https://bookdown.org/baba_yoshihiko/Doing_Meta_Analysis_in_R/

「#名画で学ぶ主婦業」という本が面白いです。

#名画で学ぶ主婦業という本を読みました。twitterで名画についての主婦目線の大喜利のtweetを集めた本です。名画の解説のそばに、主婦目線の大喜利ツイートが並んでいて、思わず時間を忘れて読みふけってしまいました。暑い夏の日はクーラーにはいってこの本を読むのも楽しいです。

今ではこのシリーズは3冊出版されていますす。宝島社から著者:田中久美子 監修ででています。タイトルは最初に♯がついたタイトルですのでこのままネット検索してみてください。

#名画で学ぶ主婦業
#名画で学ぶ主婦業 主婦は再びつぶやく
#名画で学ぶ主婦業 傑作選プラス

どんな内容かというのは、以下のtwitterのまとめなどでご覧になるとよいと思います。
https://togetter.com/li/1224086
nitterのリンクも紹介しておきます。
https://nitter.net/meiga_gensen

 

最初の二冊の紹介はこちらのYouTubeビデオがわかりやすいです。
https://youtu.be/tdIUZXCERbk

核兵器と核抑止論についての参考書

台風は九州の西の海上を北上していきました。風と雨は結構強かったです。海のにおいが庭でしました。台風が通過すると海水をまきあげるので庭に塩水が降り注いで塩害が庭木にでると聞いたことがあります。庭に散水してうすめるのがよいそうです。

さて広島と長崎の原爆記念日も終わりましたので、今日は核兵器についての本を数冊紹介したいと思います。
まずそのものずばりのタイトルの本、「核兵器」(多田将 著、明幸堂)を紹介します。
https://www.hanmoto.com/bd/isbn/9784991034824

著者は高エネルギー加速器研究機構でニュートリノなどを加速器で研究している物理学者です。
「すごい実験 ―高校生にもわかる素粒子物理の最前線」 や 「すごい宇宙講義」という啓蒙書の名著の著者でもあります。(これらはどちらもKindle unlimitedで読めます)この二冊は、生命科学系の学生でもちゃんと理解できるように書かれていて、啓蒙書のお手本のような素晴らしい本ですので読むのをお勧めします。

今回紹介する「核兵器」という本は、帯によると「極小の世界が生み出す、極大の破壊力。人類史上最強の兵器を純粋に物理学の側面から解明する。」という本です。原子炉の原理から原水爆の原理と製造法など、さまざまなsimulation計算結果のグラフや表を含めながら わかりやすく解説してある本です。核兵器についての本格的入門書としておすすめします。

広島、長崎の原爆記念日の市長の演説で、核抑止論の話がでたそうです。核抑止論について基礎から理解するための本としては以下の二冊をおすすめします。どちらも国立国会図書館の送信サービスで無料で読むことができます。著者の豊田利幸先生は立教大学や名古屋大学、明治学院大学などで教えておられた素粒子物理学、原子核物理学の専門家です。核兵器廃絶のために尽力されていた先生で、かつ物理学の発展の歴史についても深く研究されていた先生です。世界の名著21のガリレオの巻(これも国立国会図書館の送信サービスで無料でよめます)には、豊田先生の解説「ガリレオの生涯と科学的業績」が新書一冊分をこえる分量で記載されています。https://dl.ndl.go.jp/pid/2934598

話がそれましたが、核抑止論についての先生の二冊の本についてです。どちらも国立国会図書館の個人送信資料で読むことができます。新・核戦略批判のほうから読まれるとよいと思います。どちらも岩波新書で、湯川秀樹先生の序文がついています。

核戦略批判 https://dl.ndl.go.jp/pid/9544597
新・核戦略批判 https://dl.ndl.go.jp/pid/11894416

GLPだのGMP、APIなどという略語や、Due Diligence(DD)などという意味不明の言葉満載の生物医学系の文書の解読の手引き

医学生物学の創薬のサイトなどをみていると、トランスレーショナルリサーチとか、トランスレーショナルサイエンスなどというカタカナ語が頻出して、なんのことやらよくわからなくなりませんか?あるいは意味不明の英語の略語が頻出してネット検索しなくてはならないのはうっとうしいですね。例えば、GLPだのGMP、あるいはAPIとかの略語や、Due Diligence(DD)などという言葉がでてくると、私などは????状態です。GMPはグアノシン1リン酸( グアノシン一リン酸)ではなく、APIはアプリケーション・プログラミング・インターフェイスではありません。

英語は漢字のように一文字に豊富な表現力がないので、単語の先頭の文字をならべる方式では、いろいろな全く異なるものが、全く同じ略語になるわけです。これファベットを使う言語の欠陥です。こうした欠陥も自動翻訳がもうちょっと進歩すると補える時代になるでしょうが、それまでは用語集やポップアップ辞書を使いながらこの欠陥言語に対処していくほかないでしょう。適切な一目でわかるような日本語の用語をつくってもらいたいものです。ChatGPTの登場以来、スタートレックのユニバーサルトランスレータの時代がもう すぐそこに見えてきているので、そうなれば視認性のよい日本語の学術用語で研究して、必要に応じて自動翻訳で英語にするというのも簡単になるでしょう。是非、明治時代の先人にならって、日本語のわかりやすい専門用語をつくっておくべきだと思います。

さて、そうした未来の話はさておき、当座のカタカナ英語や英語の略語の解読、利用に使えるすぐれた用語集が以下のAMED研究グループのサイトに公開されています。https://id3catalyst.jp/
このサイトにある、用語集・リンクのコーナーをみてくささい。
https://www.id3catalyst.jp/j/words.html

 

「アカデミア研究者のための、創薬分野におけるTranslational Researchの専門用語ハンドブック Ver.1.0」というpdfファイルがおすすめの用語集です。
https://www.id3catalyst.jp/images/technical_terms_handbook_ver1.pdf

柳瀬陽介先生の講演のスライドがダウンロードできます。動画もおって公開されるそうです。

台風が近づいているので、今日一日中風が強いです。明日は丸一日台風の強風域に入るとの予報で、福岡への再接近は夜になるらしいです。以前紹介した風を可視化してくれるサイトをみると、二つの台風ができているのがよくわかります。

https://earth.nullschool.net/jp/#current/wind/surface/level/orthographic=-218.57,24.59,1139

基調講演:柳瀬陽介氏

明日8月9日に、柳瀬陽介先生の基調講演があるのを先生のブログで知りました。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/08/let62ai.html

明日の講演で使うスライドを既にpdfで公開してくださっています。動画もおって公開されるとのことです。スライドを拝見すると、今回の御講演は、以前紹介した動画での先生の講演と相補うもののようです。前回の御講演動画はこちらで紹介しました。

ChatGPT時代の論文執筆のための英語教育はどうあるべきか?―この京大式英語教育の動画は必見です。

今回は英語教育に関する先生の考え方が学べる内容だと思います。もちろんChatGPTのプロンプトの作り方がのっているスライドもありますのでこちらだけご覧になっても良いと思います。

PyMOLでAlphaFold2 databaseのpdbファイルを一発で取り込んで表示するプラグインの紹介

PyMOLでは、PDBのサイトにあるタンパク質なら、登録番号をいれるだけで一発で立体構造を表示できます。
しかし、AlphaFold2で予測されたpdbファイルはPDB のサイトにはないので、AlphaFold Protein Structure Database ( DeepMind と EMBL-EBIが開発)https://alphafold.ebi.ac.uk/ のサイトから、表示したいタンパク質を探し出してpdbファイルをダウンロードして、PyMOLからそのファイルを選んで表示させる必要がありました。別の方法としては、UniProtのサイトhttps://www.uniprot.org/にもpdbファイルは登録されているので、そちらUniprotからpdbファイルをダウンロードしてそのファイルをPyMOLから選んで表示させるという方法も可能です。しかし どちらも面倒です。

実は、UniProtIDをいれるだけでAlphaFold Protein Structure Databaseから構造をPyMOLに取り込むプラグインがあります。
https://github.com/APAJanssen/Alphafold2import
このプラグインはpdb ファイルやmmCIF-formatのファイルに対応しており、かつ複数のタンパク質のUniProtIDをいれるだけで、全部一括でとりこむことも可能です。これをインストールしておけば、UniProtIDを入れるだけでAlphaFold2 databaseにある任意のタンパク質の立体構造を手軽に表示できて便利です。まだ使ったことがない方は、是非インストールして使ってみてください。

作者のGithubページにインストールの仕方が書いてあります。とても簡単です。私はUbuntu 22.04.3 LTSにインストールしたPyMOL にインストールしました。

1)まず、上のGithubのサイトを開き、右上の緑のCodeボタンを押して、出てくるプルダウンメニューの一番下にある、Download ZIPボタンを押してzipファイルをダウンロードしてください。
2)PyMOLを起動して、メニューバーにあるPluginをクリック、Plugin Managerをクリックしてください。
3)Install New Pluginをクリックして、開いたメニューにあるChoose fileボタンを押して、ダウンロードしたzipファイルを選びます。
4)pluginをインストールするディレクトリをきいてきますので、デフォルトのままにするか、あるいは自分のすきなディレクトリを指定します。
5)これで、PyMOLのplugin menuにImport Alphafold2 entry from EMBLが追加されているはずです。選んでクリックすると、Get Alphafold2 modelという画面が開きます。上のボックスにUniProt-identifierをいれて、下のバックスに必要なら分子名を入浴してLoad modelボタンをおすとすぐに構造が表示されますので試してみてください。上のボックスに複数のUniProtIDを入れると、一括して構造をとりこんで表示することもできます。
6)UniProtIDはAlphaFold2 databaseに書いてありますのですぐにわかります。いちいちUniProtデータベースで調べる必要はありません。
7)コマンドラインで複数の分子を一括して取り込むには、次の書式を使います。

fetchAF2 uniprot1 uniprot2 … uniprotN, name1 name2 … nameN

写真は、今朝散歩道でみつけた野生のユリです。