The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

あけましておめでとうございます。皆様にとって本年が素晴らしい年となりますように。MPG Primerの臨床ゲノム関係の動画を紹介します。

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あけましておめでとうございます。皆様にとって本年が素晴らしい年となりますように。本年もどうぞよろしくお願いいたします。
今日の元旦は初日の出の時刻には晴れていて初日が拝めました。しかし午前中から曇りになって一日中、曇って寒い一日でした。近所の宇美八幡宮
https://www.umi-hachimangu.or.jp/へ参拝にいきましたが、ものすごい人出でした。

神社の入り口から本殿まで人の列がつながっている、と思ったのですが　なんと入り口の大鳥居のあたりが列の末尾ではなく、なんと神社の外側を半周する列になっていました。寒い中、本当にたくさんの方が並んで参拝しておられました。

さて今日は、いつも紹介しているMITの集団遺伝学の医学への応用についての講義シリーズMPG Primerの最新の動画2本を紹介します。
MPG Primer （Medical and Population Genetics Primer）については、末尾の過去記事リンクを参考にしてください。

MPG Primer: ClinGen, ClinVar and other Clinical Genomic Resources (2025)
https://youtu.be/hqefb2FI-EE?

遺伝子配列の変異を臨床での症状につなげるためのデータベースClinGen, ClinVar(二つは共同して開発されているデータベースです）についていろんな病気を例にしながら解説している入門動画です。

MPG Primer: Iqbal Lab | The Genomics 2 Proteins Portal (2025)
https://youtu.be/K_uFIJocNAM?

タイトルに含まれている２はtoの意味です。ゲノム解析の結果からタンパク質情報（アミノ酸配列や立体構造）へのリンクを発見するためのポータルサイトについての講演です。
https://g2p.broadinstitute.org/　がサイトで、論文はこちら。
Genomics 2 Proteins portal: a resource and discovery tool for linking genetic screening outputs to protein sequences and structures
Nature mehtodsのオープンアクセスの論文です。論文も動画と合わせてご覧になるとよいでしょう。
https://www.nature.com/articles/s41592-024-02409-0

関連する過去記事の一例です。

MPG Primer講義シリーズの最新動画二本を紹介します！

本年もこのブログを読んでいただきましてありがとうございました。

投稿日: 投稿者: root

本年もこのブログを読んでいただきましてありがとうございました。来年もどうぞよろしくお願いいたします。また、皆様にとって来年が素晴らしい一年となりますようにお祈り申し上げます。

今日はオープンアクセス本をいくつか紹介します。
1) 生命科学のための微分積分学―線形代数学をいたるところで利用して解説してあるので、線形代数も学べる初学者向けの教科書
https://open.library.ubc.ca/soa/cIRcle/collections/facultyresearchandpublications/52383/items/1.0450085
2) Scientific Computing for Chemists with Python
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/scientific-computing-for-chemists-with-python
Publisher: Charles J. Weiss3) Introduction to Technical Writing: A Rhetorical Approach
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/introduction-to-technical-writing-a-rhetorical-approach
Publisher: The Pennsylvania Alliance for Design of Open Textbooks (PA-ADOPT)
テクニカルライティングというタイトルですが、これは如何に技術的な注意や情報を一般に伝えるかについて書かれた本です。たとえば飛行機に乗るときに流される安全のための注意がどのように改良されていったか、コロナで人と人との間隔をあけるようにという注意をどんな看板とかでおこなったのか、どんなのが効果があったのかなど、実用的なマニュアル作成の極意を探る教科書になっています。例えばこんな面白い動画へのリンクも載っている本です。
The Most Epic Safety Video Ever Made #AirNZSafetyVideo
https://youtu.be/qOw44VFNk8Y?

4) A Contemporary Approach to Research and Statistics in Psychology
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/a-contemporary-approach-to-research-and-statistics-in-psychology
Publisher: Council of Australian University Librarians
これは無料の統計解析ソフト jamovi　（a free and open-source statistical software】を使った統計解析の初心者向け教科書です。

5) Statistics with JASP: First Steps for Psychology Students
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/statistics-with-jasp-first-steps-for-psychology-students
Publisher: University of Sheffield
こちらは、同じく無料の統計解析ソフトJASP（RをGUIで使えるようにしたもの）を使った統計解析の教科書です。JASPは統計解析ソフトの王者Rを利用しているので、Rを手っ取り早く使いたい人には向いています。もっともEZRなどがあるのでそちらを使っている人が多いかと思いますが‥‥。

6) Introduction to Computer Programming with Python
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/introduction-to-computer-programming-with-python
Publisher: Athabasca University
先日紹介した山本先生のPython入門と合わせて読むとよさそうな本です。

７）Engineering Thermodynamics
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/engineering-thermodynamics
熱機関や冷蔵庫の原理などの基礎になっている熱力学の教科書。詳細な計算例と解答付の練習問題がついている教科書だそうです。

8)　Learning Digital Photography
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/learning-digital-photography
Publisher: North Idaho College
これはデジカメで写真撮影するための入門教科書です。お正月休みにどうぞ。

では皆さん、よいお正月をお迎えください。

生命科学研究者のための生成AI活用法の動画―これは今年一番の動画ではないでしょうか！必見です。

投稿日: 投稿者: root

第16回 岡山MUSCATフォーラム特別講演
『医療における生成AIの活用法― 臨床から研究までの実践ガイ ド ―』
昭和医科大学横浜市北部病院 准教授
三澤 将史 先生　MISAWA Masashi MD, Phd
https://youtu.be/9RhCUDjIJa0?
埋め込み再生禁止になっている動画なので、上のリンクからYouTubeでご覧ください。

私が見た中では、今年一番の生成AI活用法の動画です。医療における活用法となっていますが、内容は生命科学系のすべての研究者、そして一般論についてはすべての人に役立つ内容となっています。ChatGPTの科学向けの設定やプロンプトってなんなのかというレベルの初心者向けの解説からはじまります。しかし最後は自分でMCPサーバーをたちあげてPubMed検索することでハルシネーションを防ぐ方法まで解説してくれています。動画の中にあるQRコードからアクセスできる資料には動画で説明されていたすべてのプロンプト、MCPサーバーの設定法など、自分で生成AIを使って研究する練習に必要なすべてのデータがそろっています。

ChatGPT, Gemini, Claudeを例にとりながら例えば以下のような内容を学ぶことが出来ます。
・生成AIで論文を要約したり図解したりする方法
・論文から一気にスライドを作る方法
・実験手法などのマニュアルを動画から作る方法
・医療従事者専用のAIの紹介とAIの使い方の注意点
・プロンプトエンジニアリングのコツ
・論文セミナー準備bに役立つプロンプト
・文献検索のやり方
・類似論文や正反対の結論を出している論文の探し方
・ディスカッションの書き方
・生成AIで論文作成や査読を行おうとする際の注意点
・csvファイルからグラフを作らせる方法
・NoteBookLMの使い方
・生成AIを使って論文を書く方法のいろいろ
・論文のアブストラクトの作り方
・英文校閲用のプロンプト
・リジェクトされた論文の再投稿用に論文のフォーマットを変更する方法
・論文本文中の略語リストをもれなく作る方法　等々

動画を見た後、ChatGPTにPubMedのMCPサーバーを経由する検索法についていろいろ聞いてみました。
ChatGPTはこの手法で必ずPubMed IDのある文献のみが取得できるので、この手法が生成AIがでっちあげる文献をゼロにするのに有効な方法だとこの講義を絶賛していました。
そこで私は、ChatGPTも5.2になって、MCPサーバーを使わなくてもハルシネーションは減ったのではないですかと尋ねてみました。
するとモデルが改良されたのでより巧妙にウソの文献情報をでっちあげる危険性があるので注意してほしいと答えてきました。
講義や論文投稿用の文献調査とかにはMCPサーバーを介した調査が安全なのだそうです。ただし、こうして実在の文献を取得したとしても、その要約などの過程でハルシネーションが起こって、うその要約を行う可能性もあるのでそこは注意すべきだとのことでした。

山本 典史先生の大変役立つ第一原理計算の講義資料が公開されています。

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山本先生の講義資料が公開されています。量子化学の第一原理計算の実習付き入門講義ですが、下のほうにまとまっているGoogle Colabの解説、化学者のためのPython入門、GPAWとASEの基本的な使い方の資料は役立つと思います。まずこれらの資料を勉強してから基礎講習の資料を学ぶとよいでしょう。

データ駆動型材料科学・基礎講習：第一原理計算でデータをつくる
https://yamnor.me/ddms/

資料①｜Google Colab とは？
資料②｜化学者のための Python 入門
資料③｜GPAW の基本的な使い方
資料④｜ASE の基本的な使い方


化学者のためのPythonの使い方の本としては、英語の本ですがオープンアクセスのこの本などもよさそうです。
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/scientific-computing-for-chemists-with-python
Scientific Computing for Chemists with Python
Charles J. Weiss, Augustana University
Copyright Year: 2025
Publisher: Charles J. Weiss

スピントロニクスの時代です。スピンについて理解しましょう！

投稿日: 投稿者: root

物理の今年のアドベントカレンダーに面白い記事がいっぱいありました。
https://adventar.org/calendars/11490

その中に、スピンとはなにかが、すっきりわかりやすく理解できる解説記事があって、これはわかりやすいと感動したので紹介します。著者の方のツイートはこちらです。


これはとてもわかりやすいスピンの説明の他、スピンの発見史、スピンがなぜ生まれるかの説明もあって素晴らしい記事です。
これを読んでから、朝永振一郎の「スピンはめぐる」などを読むと理解が格段に深まるのではないでしょうか。

他にも、相転移Pさんの物理のための関数解析入門：中高数学からデルタ関数・発散の困難まで
https://phasetr.com/archive/fc/phys/introduction-to-functional-analysislinear-for-physics-students/
も読んでみたくなる記事でした。上のリンクをクリックすると読めますが、pdfがブラウザ内のフレームに埋め込まれて表示されて読みにくいです。pdf表示のフレーム右上にあるポップアップボタンのアイコンをクリックして下さい。新しいタブにpdfが表示されるので、右上のプリンタアイコンの右にある、Open Originalというボタンを押します。するとpdfが普通のpdfの表示モードで読めるようになります。画面にあるダウンロードボタンでダウンロードすることもできます。

その他の記事には、一般相対性理論で水星の近日点移動を厳密に計算するという記事や、LLM(ChatGPTやGemini）を使いながら作られた記事などいろいろあって、LLMの使い方の勉強にもなります。量子力学100年史の記事も面白そうでした。」

理化学研究所による日本語による量子力学の入門講演動画が必見です。量子生物学の入門動画もありますよ！

投稿日: 投稿者: root

これは物理ファンには必見の動画です。理化学研究所主催の量子科学誕生100年記念シンポジュウムの全部の講演を視聴することができます。私は理研の岡田先生の量子生物学の入門紹介動画を特におすすめします。他にも量子についての入門解説、量子コンピュータ、トンネル効果などもりだくさんで、どの講演も面白いので是非全体を視聴しましょう！
シンポジュウムの内容をYouTubeから転載して末尾に載せておきます。

量子科学誕生100年記念シンポジウム 「量子ってなに！？」〜私たちの生活に欠かせない量子の基礎から最前線までまるごと早分かり!!
https://youtu.be/-P39aaRMhcA?

◼️チャプター◼️
0:00 オープニング
1:07 「ご挨拶」　五神 真
7:46 「ご挨拶」　小林 誠
13:56 「量子って何？」 野村 泰紀
1:07:15 「日本における量子力学の事始め」 伊藤 憲二
1:25:30 「分子のふるまいを決める“見えないルール”―それが量子科学です！―」 畑中 美穂
1:46:25 「固体中での量子現象：電子がたくさん集まると何がおこる？」 川上 則雄
2:05:00 「神様はサイコロで生き物を作った！？」 岡田 康志
この量子生物学についての講演は以下の埋め込み動画を再生するとすぐにみることができます。
https://youtu.be/-P39aaRMhcA?&t=7500

2:27:30 「通れないはずの壁を原子核が通りぬける：星が輝くわけと量子力学のふしぎ」 萩野 浩一
2:49:24 「光子のふしぎな性質と、光量子センシング」 竹内　繁樹
3:10:25 「量子コンピュータを作ろう！」　中村　泰信

創薬や数学やR言語のアドベントカレンダーがおすすめです。

投稿日: 投稿者: root

今日は福岡は初雪を観測したそうです。外を眺めると、ちらちらと雪が舞っているのが見えました。しかし本当にちらっと舞っていただけで米国時間のホワイトクリスマスでした。
さて年末の12月になると、クリスマスや新年が近いので、アドベントカレンダーというのがネットで盛んですね。
ADVENTERというサイトに、https://adventar.org/
いろんな分野のアドベントカレンダーが公開されています。キーワードを適当にいれて検索してみると面白いですよ。
数学で検索すると、日曜数学 Advent Calendar 2025がでてきます。これは昨日紹介したtsujimotterさんのアドベントカレンダーです。
https://adventar.org/calendars/12125
中にある次の記事は面白かったです。
『普通の会社員が新しい図形を発見したのでハンガリーのポスドクの助けを借りてarXivに論文を投稿した話 』
https://note.com/tairu_mk/n/nbf238ec63c96

これはニュース記事になった有名な話を本人が解説してくださっているものです。ニュース記事は次の記事の他にもいろいろあります。
https://www.itmedia.co.jp/news/articles/2512/22/news034.html
『日本の会社員が発見、数学界を賑わせた「新図形」とは？　論文も5日間で執筆、arXivにも掲載』

さて本題は、アドベントカレンダーを創薬で検索した時にでてくる記事です。
創薬dryとwetの二つのアドベントカレンダーがあります。
創薬（dry）にある、次の記事はAlphaFold2やAlphaFold3、Boltz-2などによる創薬がどの程度有効かについて大上雅史先生が最新の情報をまとめてくださっていて、勉強になります。

『AlphaFoldは創薬の役に立つのか？ – tonetsの日記』
https://tonets.hatenablog.com/entry/2025/12/22/012417
次のツイートで存在を知った記事です。


創薬（dry）の他の記事(バイオインフォマティクス系）も面白いですし、創薬（wet)の方の記事(実験系）
https://adventar.org/calendars/11854
も面白いので読んでみてください。

それからQiitaにはR言語のアドベントカレンダーがあるのでそちらも必見です。

R言語 Advent Calendar 2025
https://qiita.com/advent-calendar/2025/rlang

ガウスによる正17角形の作図可能性の証明―素晴らしい日本語解説が公開されました。

投稿日: 投稿者: root

このブログで時々とりあげているガウスによる正17角形が作図可能であるという発見の日本語による解説がでました。まず、以前のブログ記事を貼り付けておきます。日本語による解説本の紹介と、英語による高校生むけのオープンアクセス本での解説を紹介していますので読んでみてください。

青年ガウスは目覚めとともに 正17角形の 作図法を発見した―本の紹介です。

今回の正17角形の作図についての記事は、計算を丁寧に追って解説してあるので大変わかりやすいと思います。以前量子化学の解説の記事を紹介した、tsujimotterさんこと辻順平さんによる解説です。

2025-12-21
cos 2π/17 の計算（正十七角形が作図できるのはなぜ？） https://tsujimotter.hatenablog.com/entry/exact-value-of-cos-2pi-17

2014-12-17
正十七角形は作れる
https://tsujimotter.hatenablog.com/entry/heptadecagon

正十七角形の作図
http://tsujimotter.info/2012/07/14/heptadecagon/

なお国立国会図書館デジタルコレクションで読める本では、以前紹介した次の本をおすすめします。
173) トード・ハッル 著 ほか『数学のアイデア : 甦るガウスの発想』,東京図書,1978.9. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12608807 (参照 2024-07-14)

GoogleのAI Pro年間プラン（Gemini3 ProやNano bananaなどが使える）格安セールが始まっています。

投稿日: 投稿者: root

先日　九大時代にお世話になった矢原先生がGoogleのAI　Gemini 3がすごいという内容のブログ記事を公開されました。私はGeminiは使っておらず、もっぱらChatGPTなので、「へぇー凄そうだなぁ」　と興味を惹かれました。
『Gemini 3のおかげで論文が爆速で書けます』というタイトルの記事で以下のリンクから読めます。具体的に論文執筆用の使い方が書いてあるのでお勧めの記事です。
https://tet-yahara.hatenablog.com/entry/2025/12/17/205449?
なかなかすごいサービスのようです。
今日、これに関連したツイートを見つけたので紹介します。

私のようにGoogleのGeminiの有料版を全く使ったことが無い人向けのキャンペーンです。クラウドサービスのGoogle One　AI Proの一年間利用料金の割引キャンペーン（期間限定：いつまでかは不明）です。年額34800円のサービスが、期間限定で年額14500円で契約できるのでなんと58%オフ、月額換算で月1208円と格安ですね。2Tバイトのクラウドストーレジ付です。Gemini 3　Pro、NotebookLM, Nano Banana Pro, Deep Researchなどの利用時の制限が緩くなって使えるようです。

各自のGoogleのアカウントにログインした状態で、以下のツイートにあるリンクをクリックすると申し込み画面が開きます。ツイートのもっと見るをクリックして開く以下のリンクです。
https://t.co/e2NwCbTEqt

一年後に解約しないと、通常料金に値上がりするようです。申し込み画面が出ない人は、新規利用キャンペーンの対象外になっているようです。ヨーロッパなどではこのキャンペーンんはやっていないみたいですね。

AJACSの講習会「科学研究を加速させる ChatGPT 等の生成 AI ツールを知って・学んで・使う」の動画と講演資料がダウンロードできます！

投稿日: 投稿者: root

先日11月18日に参加したAJACSの講習会「科学研究を加速させる ChatGPT 等の生成 AI ツールを知って・学んで・使う」
https://biosciencedbc.jp/event/ajacs/ajacs2025-11-18-generative-AI.html
　の講演動画が公開されたのでお知らせします。
上のサイトを開くと講演動画と講演資料へのリンクがありますので利用してください。
AJACSの講習会はこのブログでたびたび紹介していますが、大変よい講習会ですので是非ご覧ください。
Togotvのサイトで動画をみることができます。Togotvのサイトの動画は右にあるダウンロードリンクからダウンロードできますので、携帯やタブレット端末などでダウンロードして好きな時に見ることができます。

YouTubeのTogotvチャンネルから見本に一つ講演動画を埋め込んでおきます。YouTubeからはできない動画ダウンロードがTogotvのサイトからはできるので、そちらのリンクも載せておきます。

「今すぐ使える生成AI研究支援ツール実践」
https://youtu.be/mVYZLm7OMXg?

Togotvのサイトにある同じ動画へのリンクはこちらです。ダウンロードリンクが右側にあります。
https://togotv.dbcls.jp/20251220.html