The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

応用数学、機械学習、量子コンピュータなどを学びたい人には東北大学の大関真之先生による公開講義をおすすめします！

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昨年12月、仙台にいったときに東北大学の構内やナノテラスを見に行ったので、東北大学のサイトもよく見るようになりました。東北大学の大関真之先生（東北大学大学院情報科学研究科教授）によるYouTubeの動画は秀逸です。これは応用数学や機械学習の数学、量子コンピューターを学ぶのに絶好の講義動画だと思います。教科書で学ぶのとはまた違って、先生の肉声で講義をきくとまた一段と理解が深まると思います。先生のYouTubeチャンネル『大関真之の雑談方程式 – これって人生変えちゃう授業かも -』で公開されています。
大学の授業そのものの公開ですので、大変役に立ちます。https://www.youtube.com/@mohzeki22

このチャンネルではいろんな講義が公開されていますが、
とりあえずは：
１）応用数学A (2023年度分）https://youtube.com/playlist?list=PLsBJ3psEqyr9HlwshX4KgXx3JiMJdsOZK&si=EdQ-Tu2-SRTJ5CXg
第一回の講義の動画を埋め込んでおきます。高校数学からはじまって大学数学へ絶妙にひきこまれていきます。
【東北大ライブ講義】第1回: 高校の数学で一番好きだったのはなんですか？【応用数学A・2023年度東北大学工学部】
https://www.youtube.com/live/wYxrXfdDaKI?si=thborO_-AXLUFCml

今年の講義も第一回が公開されているので、現在進行形で2024年度の講義を聴くのもよいかもしれません。
https://www.youtube.com/live/WZAM8WsDRBg?si=_GtWJo9slQtQUBHd

２）データ科学と機械学習の数理　　(2023年度）https://youtube.com/playlist?list=PLsBJ3psEqyr_7j_Ndsw0L31Jj9IHme_0E&si=bqO9jvtY5Kt3kL2e
をお薦めします。
【東北大ライブ講義】第1回: 確率モデル【データ科学と機械学習の数理・2023年度東北大学工学部】
https://www.youtube.com/live/hrMp1_-2be4?si=4806_sO_JxS1MO9F

他にも量子コンピュータの丁寧な講義も公開されていて貴重です。Quantum Computing for You, The Second Chance!という配信が開始されていて、量子コンピュータを学びながら線形代数も学べるという、すばらしい講義です。再生リストはこちらです。
https://youtube.com/playlist?list=PLsBJ3psEqyr9ruA8__sTul9cpxJQbCXx5&si=IO-G7r2BniUuxhYR
第一回はこちらにあります。
【QC4U2】Quantum Computing for You, The Second Chance!【講義編第1回】

https://www.youtube.com/live/Z2meh_d0cZ0?si=DjaifvMCc2JzHN5m

「計算生命科学の基礎10」の講義動画が公開されはじめました。

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私が昨年秋から今年初めまで受講していた「計算生命科学の基礎10」（今年で10年にわたって続いたこの講義シリーズは、打ち切りだそうです）の主な講義動画が公開されたのでお知らせします。以下のリンクに過去の講義をふくめてリンクがのっていますのでクリックして視聴されるとよいと思います。

https://www.r-ccs.riken.jp/about/careers/e-learning/intro-com-life-sci/
計算生命科学の基礎10のページのリンクはこちらです。このリンクには動画へのリンクだけではなく、講義スライドなど資料へのリンクものっている講義もあるのでおすすめのリンクです。
https://www.r-ccs.riken.jp/about/careers/e-learning/intro-com-life-sci-2023/
YouTubeの動画リストはこちらになります。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLe3_YvWzUtsQDkZEjOMO2g6-FIvciXkut
実施された全講義のリストはこちらです。まだ公開されていない講義があるのがわかります。
http://www.eccse.kobe-u.ac.jp/distance_learning/life_science10/

量子生物学の講義もあります。『光合成系の理論研究と分子シミュレーション』講義は3つの動画にわけて公開されています。
https://www.r-ccs.riken.jp/about/careers/e-learning/intro-com-life-sci-2023/life-science10-8/
このページには動画へのリンクもあります。Part 1の動画へのリンクと、
https://youtu.be/PUiKbO1gIMI?si=cpe9t1S4FieEmQep

Part3の後半部分で鳥の渡りの話の部分の動画を埋め込んでおきます。
https://youtu.be/APDuSDmALVA?si=v8VOHDWx44PGVr0L&t=1069s

4/11の英国MRC LMBのセミナー (Zoom Webinar)が面白そうです。細胞内での転写の様子を生きた細胞で可視化したという話です。

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 私は時々こちらでMRC LMB の公開セミナーの予定を調べて参加しています。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/news-and-events/scientific-seminars/
現地参加しかないセミナーもありますが、結構Zoomで視聴できるZoom Webinarが多くて最新情報を仕入れるのに便利です。今週の木曜日4月11日、現地時間午前11時からのセミナーが面白そうです。現地時間グリニッジ標準時の午前11時は、現在時差が8時間なので日本時間の午後7時開始です。時間も好都合なので興味のある方は一度参加してみてください。Zoom linkは上のリンクのページの該当セミナーのFurther informationの部分にのっています。

生きている細胞内でのDNAからRNAが転写される様子を、一分子レベルの超解像顕微鏡で可視化した成果の話だそうです。転写の様子を超解像度イメージングで可視化した成果の話だそうです。ダイナミックな分子集合や相転移がおこっていることが発見されたとのことです。

LMB Seminar: Super-resolution imaging of transcription in living cells
Speaker: Dr. Ibrahim Cissé, Department of Biological Physics, Max Planck Institute of Immunobiology and Epigenetics, Freiburg, Germany
Host: Lori Passmore
Date: 11/04/2024 at 11:00am in the Max Perutz Lecture Theatre, LMB and Webinar.

 

統計力学に興味を覚えた人のための動画を紹介します。

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統計力学についての動画がでていました。
東大の教授に聞いてみた！記憶と統計力学のディープな関係。【学術変革】https://youtu.be/Mf-cwwrDYek?si=Xb9n8xbrb5hK7LjS
物理学者とティータイム の動画です。

物理学者の妻こと、有名な書道家の夏生さん（書画家・夏生嵐彩さん）が東京鎖医学の樺島祥介 教授（専門は、統計力学と情報科学の境界領域の研究。具体的な研究対象は、誤り訂正符号、暗号、CDMAマルチユーザ検出、圧縮符号、圧縮センシング、ランダム行列、機械学習、スピングラスモデルなどに現れる協力現象とそれを理学的に解明または工学的に利用するための数理）にインタビューされている動画です。短いですが続きも公開されるようです。

統計力学の入門としては、生命科学系の本では以前紹介した本が有名です。以下に山下雄史先生 (東京大学と星薬科大学）のYouTube動画の紹介記事（固定ページにある2022/12/24の記事）を再録しておきます。記事の最後に「生体分子の統計力学入門」という教科書の紹介と、山下先生の解説動画のリンクがあります。

さて今日は日本語の科学関係の動画の紹介です。「山下雄史のYouTube研究室」というサイトです。これは東京大学先端科学技術研究センターの山下先生がわかりやすく科学の基礎を解説してくださっている動画サイトです。最新のクリックケミストリーに関するノーベル化学賞の解説や、量子化学の解説、科学哲学や高校数学や高校物理の動画、数学や機械学習の解説、メッセンジャーRNAワクチンの解説やPythonライブラリの解説まであります。昨日紹介したBioNumPyのもとになったNumPyの解説などもありますよ。
https://www.youtube.com/@user-hl6uu8og9g/playlists
https://youtu.be/P1Pc-zmBPDc

また先生は「生体分子の統計力学入門」(Daniel M. Zuckerman著、藤崎弘士・藤崎百合訳、共立出版）という教科書を元にした講義シリーズも公開されているのでご覧ください。https://youtu.be/_DqduSCAqVk

菊池誠先生の講義資料と動画もわかりやすいと思います。

統計力学のはじめの一歩2023年版　http://www.cp.cmc.osaka-u.ac.jp/~kikuchi/kougi/statphys/statphys.pdf
YouTubeにある菊池先生の講義動画をみると、上の講義資料の理解に役立つと思います。資料を読んで疑問に思うことが動画で解決すると思います。
https://youtube.com/playlist?list=PL3hi7UhZBlY7D3iEP8hI60yz-pHcww7yx&si=JXWEawl_WSIA4kXJ

福岡は桜満開です。理論発生生物学の講義動画が面白そうです！

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福岡は桜が満開です。今日は久しぶりに日が照ってとても暑い一日でした。でもまだ真っ青な空を背景にした桜はみられません。しかし今日の曇り空の桜もきれいでした。宇美神宮の外苑にはお母さんと小学校一年生の入学記念撮影にきている女の子がいてかわいかったです。きっと一生の思い出になる一日だったことでしょう。写真は昨日夕方に撮った近所の桜です。

ほぼ満開の桜と、桜を背景に咲くシャクナゲです。
今日はYouTubeでホヤの発生の理論の動画をみつけました。カリフォルニア大学バークレー分校での講義の動画です。最近はいろいろ生物の理論の動画が公開されています。この講義、近所であれば絶対見に行くと思います。アメリカ西海岸での講義が日本で簡単にみられるのは素晴らしいですね。Waddingtonの写真がのっているスライドもありました。
On the many-body physics of embryonic development　（February 26, 2024: Madhav Mani）
https://youtu.be/vsxztDiAFjA?si=SGlEbo-Ea25c_5mF

 

ツイートをログインしないで読む方法：nitterはいくつかが 生き残っています。twstalkerは広告収入ねらいの改悪がすすんでいるようですZ(4/16に追記有）。

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いまだにXのアカウントはつくらずにツイートを読んでいます。最近はtwstalkerを主につかっていたのですが、利用が増えてきたからでしょうか、iPhoneにインストールしたBraveブラウザで開くと、アカウントの上部に女の人の写真がずらずらと並ぶようになりました。これはBraveの詳細設定で「スクリプトをブロック」をオンにするとでなくなりました。PCでFirefoxでtwstalkerをみているとそれはなかったのですが、多分昨日か今日あたりから、Load Moreボタンを押すとまったくツイートに無関係のサイトが開くようになりました。そしてLoad Moreボタンは正常に機能しないようです。これはPCのBraveブラウザでも同じでした。結局、twstalkerは使い物にならなくなりつつある、というのが現状のようです。(4/09追記：twstalkerでツイートを表示して、ツイート内のリンクをクリックするとやはり興味のないサイトにとばされます。これを避けるにはリンクを右クリックして別のブラウザのタブに貼り付けるか、右クリックして新しいタブで開くなどを選べばよいことがわかりました。Load Moreボタンは新しいタブが開いた瞬間にタブを閉じてもう一回ボタンを押すと正常に表示されるようです。）
唯一動いているnitter のインスタンスは、https://nitter.privacydev.net/だけの模様です(4/16日追記。いくつかのnitterのインスタンスが復活しているようです。https://nitter.poast.org/　やhttps://nitter.esmailelbob.xyz/　　あるいはこhttps://nitter.no-logs.com/などです。こうした情報は、こちらのインスタンスの稼働状況調べのページ（https://status.d420.de/）をみて利用してみてください。たとえば今ためしてみたところ、https://nitter.esmailelbob.xyz/CarolynBertozziでアクセスすると、Firefoxからベルトジさんのツイートが読めます。これうした使い方については前の記事へのリンクを張っておきますのでご覧ください。どうしてこれらのインスタンスはずっと使えるのかは不明です。Torブラウザや、BraveのTorモードでないと使い物にならないインスタンスもあります）。

X (旧twitter）のツイートをログインせずに読む方法。nitter.netがほぼ全滅した今、まだ使える方法を紹介します。

今日のYouTube動画はこんなのが面白そうでした。短い動画ですがよくわかる動画だと思います。おすすめです。

知の拠点【すぐわかアカデミア。】（2024年(令和6)3月配信） 講演94：すぐにわかる非平衡物性物理学の最前線 花井　亮（京都大学　基礎物理学研究所　助教）
https://youtu.be/DDY3l2bbgos?si=MTt06GM0QMcIbzwd

他にも面白そうな動画があるチャンネルです。https://www.youtube.com/@user-ph4lv6od1r/videos

生成AIの生命科学・医学への応用についての必見の解説動画(英語）が公開されました。

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生成AIの生物学（生命科学、医学）への応用についての必見の動画がでていました。

MITの入門コースFuture of AI: Foundation Models & Generative AI（基板モデルと生成AI)という講義シリーズが一般公開されています。その講義では基盤モデルとよばれる大規模なニューラルネットワークにもとづいて動く生成AIについて、基礎と応用をわかりやすく講義しています。
https://www.futureofai.mit.edu/が講義のホームページです。講義の動画リストはYouTubeのこちらのページからも見ることができます。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLXV9Vh2jYcjbnv67sXNDJiO8MWLA3ZJKR
今日、お勧めする動画は
Guest lecture by Professor Manolis Kellis　で、マサチューセッツ工科大学のコンピュータサイエンスと計算生物学の教授による講演です。
Foundation Models & Generative AI. BIOLOGY
https://youtu.be/pHzdw6YWB9I?si=Lyvm9wqcbsAF3DE8

内容は以下のとおりです。
0:00 Welcome and Intro
1:17 Data Increases in Medicine
3:23 Paradigm Shifts: Data, Genomes, AI
5:00 Disease Circuitry Dissection
10:05 Regulatory Genomics + CNNs
12:01 Impact of Genetic Variation
13:02 Single-cell and VAEs
15:03 Electronic Health Records + LLMs
17:43 Imaging Pathology Annotations + CLIP
19:25 Drug Development/Chemistry + GNNs
21:15 Protein structure + Transformers
22:01 Therapeutics
23:19 Idea Navigation
24:58 Summary
26:00 Questions

この講義シリーズは、経済学への応用とかAIの基礎などを講義してくれているので大変役立つと思います。
YouTubeのページから引用しておきます。
『In this comprehensive program, you’ll discover the latest breakthroughs in the AI world:
– ChatGPT
– Stable-Diffusion & Dall-E
– Neural Networks
– Supervised Learning
– Representation & Unsupervised Learning
– Reinforcement Learning
– Generative AI
– Self-Supervised Learning
– Foundation Models
– GANs (adversarial)
– Contrastive Learning
– Auto-encoders
– Denoising & Diffusion
Don’t miss this opportunity to learn from the experts at MIT and take your AI skills to the next level. Subscribe now and be at the forefront of the AI revolution!』

基盤モデルという言葉ははじめてだという人には、こんな日本語解説ページがあります。
「基盤モデルとは？新たなAI開発の形？代表11モデル・導入方法・選び方の重要性について解説」
https://ai-market.jp/technology/foundation-model/

こちらのAmazonの解説もよさそうです。
「基盤モデルとは何ですか?」
https://aws.amazon.com/jp/what-is/foundation-models/

福岡は桜が満開になりました！総務省のインターネットトラブル事例集 2024年版が公開されました。

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今日の福岡は暖かく、桜の満開宣言がでたそうです。近くの公園に散歩にいくと、たしかにほぼ満開の桜が堪能できました。今日は一日曇りで青空に映える桜はみられませんでしたが、満開の桜から花びらが時々舞い落ちてきて、とてもきれいでした。写真は散歩の途中でとった写真です。

今日はノートパソコンの修理がほぼ終わり、以前より使いよいノートパソコンになりました。HDD を換装して、以前とってあったWindowsのイメージから復元しました。HDDは購入したまま(未フォーマット）でノートパソコンの壊れたHDDと入れ替えて、光学ドライブから起動するようにしたノートパソコンに復元用に以前作成したDVDをいれて起動して、復元を開始します。数時間以上かかりますが、無事Windows7の昔のPCが見事復元されました。使ったのはWindows7のイメージでしたのでRufusでつくったWindows10のセットアップ用USBドライブを差し込み、Windows7を起動した状態で、USBドライブの中にあるsetup.exeを実行します。こうすればアプリケーションや個人のデータファイルをそのままでWindows10にアップグレードできました。Windows7 Proのノートパソコンでしたので、プロダクトキーを入れなおすこともなくWindows10へとアップグレードできました。途中でたとえばこのアプリはもう使えないとか、OracleのVirutualBoxのアプリは削除してくださいとかいってきますので、その指示どおりにして無事アップグレードできました。時間は数時間かかりました。このノートパソコン(Dynabookです）にはToshibaのUtilityがいろいろ入っていて、これがあるとWindows10では不具合がいろいろでることを経験しています。大学時代はこのノートパソコンには大学のライセンスでWindows10 educationを入れていましたが、起動が異様におそかったです。Toshibaのサポートともやりとりしたのですが、解決策はわからないという結論でした。でもWindows10 ProをいれたあとToshiba のアプリを削除したり、起動時にToshiba アプリがロードしないようにしておくと、起動はめちゃめちゃ早くなりました。またToshibaのアプリはバッテリーの充電を100%にできないように『改悪』されてしまったので、バッテリーの充電関係のアプリは絶対削除するべきです。80% で充電を止めればたしかにバッテリーの寿命は伸びるでしょう。しかしこれは台風などで停電が予測されるときに100%に充電しておくことができなくなったという、致命的な改悪です。以前は普段は80%充電で利用していて災害が予想されるときや外出時には100%充電していたので、これができなくなって大変不便でした。とにかく、Toshibaのユーティリティで不要なものを選んで削除したり、スタートアップで起動しないようにしておくのがよかったです。

ということで、ノートバソコンは回復して、前より快適に使えるようになりました。

今日は、役に立ちそうな総務省のサイトを紹介しておきます。インターネットでおこるトラブルの実例集で目を通しておくと役立つと思われます。総務省のこのサイトには他にもいろいろ参考になりそうな情報がありますのでみると役立ちそうです。

『実際に起きていることでネットの使い方を考えよう！
インターネットトラブル事例集
2024年版』
https://www.soumu.go.jp/use_the_internet_wisely/trouble/

glycoRNAはアーティファクトなのでしょうか！

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glycoRNAという新しい分子についてこのブログでも何回かとりあげて紹介しました(リンクを記事の末尾につけておきます）。ところが最近、韓国とオランダの研究者がプレプリントをだして、RNAを生成する際に、N型糖鎖がついている短いペプチド(要するにN型糖鎖がついている糖タンパク質由来の糖ペプチド）が、RNAと一緒に共沈することを明らかにしました。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.12.584655v1
N-glycosylated molecules act as a co-precipitant in RNA purification
Sungchul Kim, Yong-geun Choi, Kirsten Janssen, Christian Büll, Bhagyashree S. Joshi, Adam Pomorski, Vered Raz, Marvin E. Tanenbaum, Pascal Miesen, Zeshi Li, Chirlmin Joo
doi: https://doi.org/10.1101/2024.03.12.584655
pdfの直リンクもあげておきます。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.03.12.584655v1.full.pdf
ツイートでアンケートもとられているようです。glycoRNAというのが疑わしいという人も多いですね。

元論文の執筆者たちの意見が知りたいものです。

RNAに糖鎖が付加されることがあるのをご存知ですか？ glycoRNAと名付けられた分子です。

glycoRNAは細胞膜上のRNA結合蛋白質とナノクラスターを形成してウイルスの侵入などに働いているというプレプリントがでています！

AI研究者の今井翔太さんと、芥川賞作家の九段理江さんの対談が公開されています！

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今年は桜の開花が遅いですね。金曜日に九大医学部にいったのですが私のいたコラボステーションⅡの桜はまだ数輪の花しかつけていませんでした。細菌学教室の前の桜並木は、医学部のお花見スポットですがこちらもほとんど花はなかったです。写真は近所の公園の桜です。毎年、一番早く花をつける木は五分咲きでしたが、周りの桜は全部一分咲きでした。満開は四月にはいってからのようです。

AIのChatGPTを使って芥川賞をとった（『東京都同情塔』）というので話題になった九段理江さんと今井翔太さんの対談が公開されています。

創造とAIについて考えるのによい資料だと思いますので是非ご覧ください。

『「AIが仕事を奪う」は人を過小評価している。芥川賞作家・九段理江と東大AI研究者が語る、人類の未来』
https://www.cinra.net/article/202403-qudanimai_htrmm