最近のニュースをいくつか紹介します‥‥。

今日はいくつかニュースを書いておくことにします。

1)このブログで閉鎖の危機にあると書いていた京都大学のオープンコースウエアは、閉鎖を免れて強化されるようです。京大のホームページでアナウンスがありました。
https://www.kyoto-u.ac.jp/ja/news/2023-01-17

いままでのコンテンツも維持されるとのことでよかったですね。

2)国立国会図書館の個人送信資料の印刷機能は無事実装されて動き出しているようです。印刷が一度に画像50コマですが可能になっています。一コマに2ページはいていますから100ページ印刷できることになります。ただしpdfのページ下に、印刷者のIDと氏名が透かしではいるようになっています。

3)英語を読む時には、DeepLなどの翻訳サイトを使っている方が今や主流だと思います。最近、英語で書いたものを書き直してくれるDeepL Writeというのも無料で利用できるベータ版が公開されました。
英文を左側の欄にいれると、校閲した文が右側に表示されるという簡単なしくみです。チェックしたい英文を左にペーストすると自動的に右に校閲済みの文が表示されます。こちらで試してみると英文を書くときに役立ちそうです。https://www.deepl.com/write

4)AIのChatGPTで遊んでいる方が多いようですが、けっこういいかげんな答えを教えてくれるようです。Wolfram 言語を開発した(MathematicaやWolframAlphaの開発者)の Stephen WolframさんがChatGPTに質問して誤った答えを返してくる例を、WolframAlphaとの対比でいろいろあげてくれています。こちらをご覧ください。https://writings.stephenwolfram.com/2023/01/wolframalpha-as-the-way-to-bring-computational-knowledge-superpowers-to-chatgpt/

 Wolfram 言語は自然言語を解するように設計されているので、これを自然言語を解するChatGPTとつなぐことができれば強力なAIができるというようなことが書かれています。ChatGPTがめちゃめちゃな答えを返してくるという例とともに、その将来性を考察している文章なので一読をおすすめします。そのブログをみているとWolframさんが書かれた本、Combinatorsの宣伝が載っていました。日本のKindle unlimitedでも米国と同様、無料で読めますので契約している方は読んでみると面白いかもしれません。」

2022年度 PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会の動画や講義資料が一般公開されました!是非ご覧ください。

先日実施された講習会 <2022年度 PAGS・DDBJ合同 中級者情報解析講習会>の配布資料と講義ビデオが今日公開されました。以下のサイトに動画と配布資料、講習会のときの質疑応答へのリンクがのっていますので是非ご覧ください。
https://www.genome-sci.jp/lecture202212

このサイトから、配布資料のあるGithubサイトにいけば資料をダウンロードできます。YouTubeのPAGS-Genomeチャネルでも動画がみられます。https://www.youtube.com/@pags-genome

受講のための事前準備についてはこちらのサイトをご覧ください。https://www.genome-sci.jp/bioinformatic#1
開いたページの、2022年度の中級講習会のアナウンスの部分の一番下にある「詳しくは」という部分をクリックすると事前準備やPythonの入門書などが紹介されているので参考にしてください。
https://youtu.be/EIQLd8KGYAc
これは一番最初のイントロをかねた講演動画です。

私はLinuxでMinicondaではなくAnacondaをインストールして、資料のJupyter notebookをひらきながら受講しました。

講習会を受講するより動画サイトでみるほうが、断然ゆっくり勉強できるので是非受講してみてください。
ちょっとむずかしいと思われる方でも一応、全編ご覧になるのをすすめます。これくらいできればゲノム解析をPythonでやっていけるんだというのがわかると思います。この講習会の動画をみると、ゲノム解析にはPythonをどの程度やればよいのか、Pythonの何をまず学べばゲノム解析に役立つのかがわかります。詳しい事はわからなくても、ゲノム解析でPythonの何が役立つのかをこの動画で把握してから、Pythonを学ぶのが初心者にはおすすめです。そうすれば学習意欲も増して、スムーズに余計なことを学ばずにPythonを使ったゲノム解析にはいっていけると思います。もちろん統計解析にはPythonよりRの方が向いているわけですし、Rで行ったほうが簡単なゲノム解析も多いので、そのあたりは門田先生のサイトで補っていくのをお勧めします。

 

「Rで塩基配列解析」 (東大 門田幸二先生のサイト)を紹介します

よいバイオインフォマティクスの教科書を紹介します。

The Software Engineering at Googleという本が無料で読めるようになっています。

今日はMRC LMBのWebinarに参加していたので、長い記事の代わりにオンラインで無料で読める本を一冊紹介しておきます。

The Software Engineering at Googleという本は「Googleのソフトウェアエンジニアリング ―持続可能なプログラミングを支える技術、文化、プロセス」というタイトルで翻訳もでていますが、英語の原書はオンラインで無料で読めます。翻訳書についてはこちらのリンクをご覧ください。英語版はO’Reilly Media, Inc.から2020年に出版されています。書籍版や電子ブックも結構な値段ですが、無料公開されたオンライン版でじっくり読むのも良いと思います。興味のある方は以下のリンクで読んでみてください。
https://abseil.io/resources/swe-book
https://abseil.io/resources/swe-book/html/toc.html

九州大学のデータサイエンス講義資料です。

今日は九大が公開している、データサイエンスや統計などの講義資料を紹介します。
九州大学 数理・データサイエンス教育研究センター が公開している講義資料です。
このセンターは文部科学省が全国6大学(北大、東大、滋賀大、京大、阪大、九大)に、数理及びデータサイエンスを中心とした全学的な教育を行うセンターの設置をサポートすることにした結果設置されたセンターです。講談社からでているデータサイエンス入門シリーズもこの企画から生まれた教科書シリーズです。

九大が公開している講義資料は以下のようなものです。詳しくはサイトをご覧ください。
http://mdsc.kyushu-u.ac.jp/lectures
ほとんどの資料はクリックするとpdfがダウンロードされます。ただ講義によってはslideshareを使っているものがあり、こちらはslideshareが有料化されてしまったため、無料お試しでダウンロードする必要があります。ダウンロードしないでもみられますが、広告が頻繁に入るのはうっとおしいです。
肝心の講義資料ですが: 

・データサイエンス概論Ⅰ&Ⅱではわかりやすい以下の講義資料が公開されていて一括ダウンロードも可能です。
  データとデータ分析
  データのベクトル表現と集合
  平均・分散・相関
  データ間の距離と類似度
  クラスタリングと異常検出
  線形代数に基づくデータ解析の基礎
  主成分分析
  予測と回帰分析
  可視化
  確率と確率分布
  信頼区間と統計的検定
  非構造化データ解析
  パターン認識と分類
  データ収集とバイアス
  人工知能入門
他にも以下の3つの講義資料があります。

・データサイエンス実践Ⅰ~Ⅳ
・情報科学 【AI・データサイエンス 】
・統計基礎(英語版)
他に、参考資料へのリンクものっていますので是非、サイトをご覧ください。

余談ですが、よい無料サービスだと喜んで使っていると、突然有料になってサブスクリプション料金が必要になるというのは近頃よく経験する事例です。Udemyの講座などでも、無料のシステムを利用して講義していたところ、有料化されたのであわてて別の無料サービスを探して動画をとりなおしたという講師の先生が多いようです。有料化されると使わなくなりますよね。昔はサブスクリプションに変えてもお金を払って使い続ける人が多かったのでしょう。しかし最近はなんでもかんでもサブスクリプション化されてきていて、サブスクリプション代金がかさんで、もう払えないという人が増えています。サブスクリプションというビジネスモデルも、多分限界がみえてきているのだと思います。

未来を創るナノマティリアルについての講演動画です。マイケル・ファラディーの研究も沢山紹介されています。

英国のRoyal Institutionの講演はいつも面白いものがあって楽しみです。昔Michael Faradayが研究して講演していたところですので、Faradayの業績を引用しながら講演する講演者の方も多いです。今回紹介する2日前に公開された動画もそうした講演の一つです。Nguyen TK Thanh 教授(University college London)https://ntk-thanh.co.uk/による講演で、彼女はナノパーティクルの医学への応用で有名な方です。昔 グリコサミノグリカンの研究もしておられました!
https://youtu.be/SFUgdUWw6S8

彼女の講演ではイントロの部分で、Faradayが金のナノ薄膜をつくって観察していた話(ファラデーの実際につくっていた実物の金の薄膜もみせてくれます)やFaradayの作った金のナノパーティクルの話も聴けますし、本物のファラデーの実験日誌もみられます。講演者は以前このRoyal Institutionのラボで研究していた方で、地下に保存されているファラデーの実験室や実験ノートにもアクセスできたそうです。ファラデーの実験室に残されているサンプルでのgold nanoparticleの示すチンダル現象も実際にみせてくれます。ファラデーの実験室とか作った電磁コイルとかもみせてくれるので、ファラデー・フアン必見の講演です。
彼女はロザリンド・フランクリン賞2019とか、https://youtu.be/Z5FG1dSdI7E これは日本語字幕付きの動画です。

Royal Society of Chemistryの 2022 Interdisciplinary Prizeも獲得しておられます。https://www.rsc.org/prizes-funding/prizes/2022-winners/professor-nguyen-thi-kim-thanh/

RNA-seqのデータ解析をやってみよう!わかりやすい日本語の動画が公開されました。

昨夜から今朝にかけては福岡ではかなり激しい雨が長く降りました。暖かでまるで4月の雨のようでした。自宅の周辺では今朝はめずらしくかなり深い霧がかかっていました。春の朝という感じでした。

今日は最近公開されたTogoTVの動画 「ブラウザ上でRNA-seqデータを解析する @ AJACSオンライン14」 を紹介します。RNA-seqは現在の生物学では必須の解析技術です。実際にバルクRNA-seq解析をブラウザ上でやってみるというハンズオン講習の動画です。バルクRNA-seqは組織など多細胞をまるごとRNA-seqするという方法で、昔から行われている方法で、最近可能になってきた単一細胞のRNA-seq (シングルRNA-seq)に対する手法です。RNA-seq解析がどんなふうに行われるかを一度体験してみるのに絶好の動画だと思います。興味のある方は是非講習をやってみてください。大変わかりやすい解説動画で参考書やウエット実験の参考資料も紹介してくださっていますので、初心者にも絶対おすすめの動画です。https://youtu.be/IiHlJ2d661s

 

氷と水。水素結合の偉大さを実感させてくれるシミュレーション動画がありました。

氷と水、踊る水分子と整列する水分子の動画を紹介します。分子科学研究所のYouTubeチャンネルにある動画です。

https://www.youtube.com/playlist?list=PLFeFFDIymHoPaG7BJ_f4B-OCUOXhm5IlP
水と氷について、高校生のときに読んだポーリングの本 「分子の造型」 ではじめて氷の中での水分子の様子の絵をみたのが強く印象に残っています。この本は前に紹介したように国立国会図書館の個人送信資料で読むことができます。2022年6月29日の記事です(この記事の末尾に再録しておきます)。
Linus Pauling, Roger Hayward 著 ほか『分子の造型 : やさしい化学結合論』,丸善,1967. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/1382524 (参照 2023-01-13)

氷をどのように水分子が形成しているかという絵はこちらにあります。41番目の項目です。(個人送信資料が読めるように登録していないとみられません。登録してからログインしてからみてください。)
https://dl.ndl.go.jp/pid/1382524/1/49

原著を見たい人は、はInternet Archiveで貸出してもらうこともできます。
https://archive.org/details/architectureofmo00paul/mode/2up

昔はこうした絵でしか見られなかった氷の中の水分子の様子ですが、今では分子動力学の計算などで動画で氷の出来る様子、融ける様子などのシミュレーションをじっくり見ることができます。
以下の分子研の動画を是非ご覧ください。水素結合についての興味がかきたてられますね!
水が氷になるまで https://youtu.be/8eXdXHP5dk8

氷が融解して液体の水になるまで
https://youtu.be/5mPL6BgIohk

https://youtu.be/pYoZ3Cy0fmw
以下は以前のブログ記事の再録です。
2022/6/29
国立国会図書館の個人送信資料にはポーリングの本もあります。 ポーリング(Linus Pauling)はノーベル化学賞と平和賞をダブル受賞したアメリカの偉大な科学者です。2つのノーベル賞を授賞した科学者は何人かいますが、それぞれの賞を単独で2つ受賞したのはポーリングだけだそうです。詳しくはホームの記事をご覧ください。ここではリンクのみあげておきます。以前の記事で彼の実験ノートを紹介したことがあります。奥さんとの愛情を示す奥さんによるほほえましい書き込みI love youが残っている実験ノートです。 PaulingについてはPauling onlineというサイトがあって、http://scarc.library.oregonstate.edu/coll/pauling/index.html 彼の実験ノートや写真、Pauling本人の講演ビデオや関連ビデオや資料が網羅的に集められていますので是非訪れてみてください。面白いことうけあいです。 http://scarc.library.oregonstate.edu/digitalresources/pauling/ http://scarc.library.oregonstate.edu/coll/pauling/bond/index.html 平和運動についてもまとめてあって、現在おきている、第三次世界大戦が勃発するかもしれないような行動をとっている愚かな国々の行動を止めさせるためのヒントにもなると思います。http://scarc.library.oregonstate.edu/coll/pauling/peace/index.html 個人送信資料にはポーリングの翻訳書がいくつもありますのでご覧ください。 私が高校、大学生の時に読んでいたポーリングの化学の教科書や、高校生の時に読んでいた化学の絵本「分子の造型―やさしい化学結合論」もみつけました。 ワトソンとクリックが読んでいた化学結合論第二版はこちら。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2440315
Paulingの大学用教科書College chemistryの翻訳書はこちら。われらが科学 化学Iと化学IIという二分冊で翻訳されたものです。 https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2421549  https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2421550
分子の造型という絵本はこちらです。 https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/1382524

LinuxでWindows OSを使う方法 (1)

今までWindows OSにVirtualbox https://www.virtualbox.org/を入れて、Linuxを利用してきました (Linux Mint https://linuxmint.com/を使っています)。最近のPCは性能が上がって来たので逆に、UbuntuのパソコンにVirtualboxをインストールして、VirutualboxにWindows OSをインストールすることも試みてみました。WindowsのOSをインストールするにはOSを購入して与えられるプロダクトキーが必要です。従ってWindowsにUbuntuやLinux Mintをインストールするように気軽に無料でインストールできるわけではありません。しかしプロダクトキーさえもっていれば、Ubuntu LTS 22.04の入っているPCにVirtualboxの最新版をインストールして、Windows OSをインストールするのは極めて簡単でした。最新版のVirutualboxにWinodws OSのインストールディスクのISOファイルのありかを指定してやると、自動でOS がWindowsであると認識してくれ、This OS type can be installed unattendedly. The install will start after this wizard is closed.と表示されます。自動インストールができるという意味のメッセージです。次に進むと、プロダクトキーを入力する部分があるので、そこにプロダクトキーをいれてパスワードなども設定して次にすすむだけで、後はなにも入力することもなく、完全自動でISOディスクファイルを使ってWindows OSが動く仮想ディスクを作ってくれるのです。これはものすごく便利です。最近のPCは高性能ですから、Ubuntuのもとで仮想ディスク上のWindowsを動かしてもWindowsがストレスなく利用できることがわかりました。こうしておけば、UbuntuマシーンでWindowsの各種ソフトも使えます。Linuxでしか使えない様々な科学技術系ソフトその他のソフトを利用することもできるので、とても具合がよさそうです。もちろんWindows 11や10の入っているPCでUbuntuを動かすこともできるのですが、私の場合はWindows PCのスペックがUbuntuマシンより低いので、UbuntuでVirtualboxでWindowsを使う方がよさそうです。Windows固有のOfficeなどのソフトをVirutalbox上のWindows内で使い、RやPythonやMathematicaやMD計算ソフトなどはUbuntuで使う方が高性能のPCが安く手に入るのでおすすめです。Virtualboxの詳しい使い方などは順次このブログで紹介していきます。Linuxが主で、Windowsが従というPCがこれからのおすすめになるような気がしています。

最新の著作権についての解説本が公開されています。

著作権といえば、CC by 4.0などと書いてある本をよくみかけます。これはどういう意味なのでしょうか。
著作権についてのわかりやすい本には、学生さんが読むのに最適な本として、

正しいコピペのすすめ―模倣,創造,著作権と私たち
宮武 久佳 著 (岩波ジュニア新書)2017年発行があります。これはAmazon のKindle unlimitedに入っているので会員の方は無料で読めます。
高校生や大学生、そして社会人が楽しんで読むうちに、著作権についての考え方の基本が興味深く理解できる絶好の入門書です。ただ著作権法は2021年にも改訂されているので最新の本が欲しいところでした。

ちょうどCC BY 4.0を宣言している本で、著作権についての最新の解説本がでていたので紹介しておきます。この本をご覧になればこの意味がよくわかります。

「すごくわかる 著作権と授業」という先生向けと書かれている本です。こちらのページからダウンロードして読んでください。
https://axies.jp/report/copyright_education/
大学ICT推進協議会(AXIES)という全国の大学を会員とする組織が作った本です。この本は授業を担当する先生だけでなく、学生も読んで得るところが多い本だと思います。学生向けの動画も順次公開されるそうですので、サイトを時々チェックしてみてください。

私も授業での著作権の扱いについては講習会を受講したことがありますが、著作権法の改正もあったのでもう一度読んでみることにしています。

上にあるCC BY 4.0というのはこちらにも解説がありますのでご覧ください。https://creativecommons.org/licenses/by/4.0/deed.ja

高校の情報の教科書のまちがいについての記事をよみました。

Qiitaをみていたら高校の「情報」という科目の教科書(教科書の見本を最初は使ったそうです)のまちがった記述をならべた記事があることを知りました。

個人情報とかデジタル署名やSSL、あるいは変数とかインタプリタ型言語などなどについて、自分が誤解していたところがあるのがよくわかりました。

「やはり俺の情報教科書はまちがっている。」という本日づけの記事です。皆さんもご覧になることをお勧めします。

https://qiita.com/nodai2h_ITC/items/6c7b7ad029adf17da5f0