糖鎖化学の教科書の紹介  (2009/10/17)

前回はオハイオ州立大学がうんだ大科学者Paulingさんのことにふれました。先日99才でなくなった阿武 喜美子(あんの きみこ)先生(お茶の水女子大学名誉教授)もオハイオ州立大学に留学されていたのを思い出しました。阿武先生は日本の女性科学者の地位を確固としたものにするのに大きく貢献された有名な糖化学者です。

糖鎖生物学を学ぶとき糖の化学をどんな本で勉強したらいいですかと先生にきいたとき、まず推薦されるのが
「糖化学の基礎」 (阿武 喜美子・ 瀬野 信子 著) というすぐれた教科書です。残念ながら絶版になっているようで古書でしか手に入りませんが、図書館には所蔵しているところが多いので是非、手にとって勉強してみて下さい。

阿武 喜美子先生の業績については「女性科学者のパイオニア達」というシリーズのテレビ番組で詳しく紹介されています。番組をみてから上の教科書を開いてみるとまた理解も格段にすすむのではないでしょうか。

理化学研究所のビデオ配信サービスYouTubeでみられますので、是非ご覧下さい。

 

 

 

 

 

実験ノートについて (3) (2009/10/10)

ノーベル賞のわくわくする発表も終わりに近づいてきました。イギリスのケンブリッジにあるMRC LMBからまた一人、(出身者というのなら二人)の受賞者が化学賞(リボソームの構造に関する業績)に選ばれています。ざっと数えて15個ほどのノーベル賞メダルがこの研究所からでています。

さて先日紹介したポータルサイトをみていたらノーベル賞を2つもらった科学者Linus Paulingさんの実験ノートがオレゴン州立大学の図書館のサイトに公開されているのに気づきました。以前紹介したBrennerFaradayの実験ノートとあわせてのぞいてみてください。そしてどんなことをノートに書かなくてはいけないかを考えてみて下さい。(最近ではコンピュータが発達してきたのでパソコンで電子ノートブックというのが使われるようにもなってきています。ノートにどのようなことを書くべきかをしっかり考えてこうしたノートを使うことが大切です。)

この大学の図書館にはLinus Pauling onlineというサイトができていて、彼の実験ノートの写真や鎌状(鎌形)赤血球貧血症の研究、化学結合論の研究、DNAの構造の研究などの紹介などの他に、長時間の講演会の動画も公開されています。DNAの構造解明でノーベル賞を受賞したCrickPaulingを回顧する講演などもありますし、講演のスクリプトがついていますので英語の勉強にも使えます。是非ご覧下さい。

Paulingは化学結合論の権威で量子化学を創始した科学者の一人です。DNAの構造を研究していたWatsonがPaulingさんの本「化学結合論 The Nature of the Chemical Bond…」が必要になって探し回っていた場面が有名な「二重らせん」という本の中にあったと思います(11章後半)。今話題のノーベル化学賞と平和賞を、後者は核兵器根絶運動の功績で受賞しています。47年も前のノーベル平和賞ですが、まだ核兵器はいっぱいあります。Paulingのノート(画面一番下のSelected Highlightsを見ると面白いです)には奥さんのコメントなどもはいっていてほほえましいものもあります。画像を拡大して上の方をご覧下さい。

科学を学ぶ人のためのポータルサイトの紹介(2009/10/2)

夏休みにこのホームページをつくりかえてもらった後、ホームページ作成ソフトの動かし方を勉強していたので、ひさびさの更新です。前よりずっとみやすいページになったのではと思っています。
今日は、ポータルサイトを二つほど紹介します。ポータルサイトというのはインターネットの玄関口にあたるホームページのことで、自分の関心のある内容とサイトへのリンクがあるようなサイトです。科学をまなぶ人に有益なサイトとしてはいろいろあるのですが、今回は次の二つを紹介しておきますので、おためし下さい。

SciencePortal (―科学技術 全て伝えます―) 
これは科学技術振興機構のつくっているサイトです。ニュース、データベース、楽しむ科学、産学連携、国の政策、国際動向、イベント、学会、求人などなどいろんな内容がみられます。今日ならイグ・ノーベル賞を田口文章先生が受賞されたというニュースがさっそくのっています。以前紹介したWebラーニングプラザやサイエンスチャンネルなどへのリンクや紹介ものっていますので小学校から大学院生、社会人、研究者まで幅広く利用できるポータルサイトとなっています。研究者はデータベースのリンクの中に知らなかった新しい内容を見つけるのではないでしょうか。

二つ目は、上のサイトにもリンクがある

英国のサイエンスポータルサイトIntuteです(これは2011年に閉鎖されたサイトです)。12,5000以上のリンクが集めてある英国の便利な学術用サイトです。ここの中にあるVirtual Training Suiteというのをお試し下さい。法律や文学、芸術や哲学、そして医学や農業、航空工学、数学などなどあらゆる学問分野それぞれでのインターネットの使い方をonlineで教えてくれるチュートリアルが用意されています。インターネット検索の落とし穴や注意点を教えてくれます。またチュートリアルの途中では随時、すぐれたサイトの紹介をしてくれて必要なリンクはどんどん自分で記録して、自分宛にメールで送ることもできます。すぐれた解説チュートリアルがさまざまな分野について用意されていますので、英語ですが自分の好きな分野からおためし下さい。LSDMouseover Dictionaryを使いながら読んでいくと良いと思います。

LSD(ライフサイエンス辞書ツール、Firefox用マウスオーバー辞書アドオン)の使い方

2018年4月追記:この記事は古くなっていますので最新のLSDなどについての情報をごらんください。)前々回はブラウザFirefoxのアドオン(お好みにあわせて追加できる機能)としてブラウザの画面をそのまま記録しておけるScrapbookと、自動英語辞書ひきアドオンであるLSDを紹介しました。私はWindowsを使っていますがMacで動くLeopard LSDも同様にマウスオーバーで訳がポップアップするそうです。

さて今日は前々回のLSDの話の補足です。論文をよむときはpdfファイルを開くことが多いと思いますが、残念ながらLSDはpdfをブラウザで表示したときには辞書をひいてくれないようです。ホームページを表示するのに使われるhtmlファイル形式の英文の辞書ひきが可能な優れたアドオンのようです。それなら読みたい論文や本などのpdfファイルをhtmlファイルに変換すればLSDが使えるはずです。これを試してみたので紹介します。

もし市販の優良ソフトAcrobatをお持ちでしたらpdfファイルをAcrobatで開いておいて、「ファイル-名前をつけて保存」とすすみ、保存するファイルの種類をHTML 4.01-CSS1.0準拠などとするとhtmlファイルができあがります。このファイルをクリックしてFirefoxで開くとLife Science Dictionaryのアドオンが使えます。論文を読んで発表しなくてはならない大学4年生や大学院生のかたはすぐにお試し下さい。効率が格段にあがることうけあいです。

1. もし表示される英文の文字が見にくかったらFirefoxのツールバーにある「表示」をクリックし、文字エンコーディングをUnicodeなど別の物にして試して下さい。ちょっとは見やすくなると思います。

2.またFirefoxではコントロールキーをおしながら+をおしていくと画面の文字と図と一緒に拡大します。コントロールキーを押しながら-を押すと縮小します。見やすい大きさにしてweb pageをみてください。ホイール付きマウスをお使いのかたはコントロールキーを押しながらホイールをくるくる回すと画面が拡大縮小します。

試してはいませんが、その他の市販のソフトにもpdfファイルをhtmlファイルに変換できるものがあるようです。もちろん無料ソフトや、Firefoxや Internet Explorerの無料のアドオンにもpdfファイルをhtmlファイルに変換するというものがあります。しかしこうした無料のソフトやアドオンの使用はおすすめしません。検索で上位に表示されるものを含めて幾つか試してみましたが変換するときにインターネットで何処かの会社のコンピューター(サーバー)につながってそこにファイルを送って変換作業をして結果を表示するというタイプのものがほとんどのようです。どこの誰かよく知らない会社のサーバーに毎回自分の読みたいファイルを転送することになるのでそういうアドオンや無料ソフトは使ってはいけません。FirefoxのアドオンとしてFirefoxのアドオンサイトにおいてあるものでも毎回宣伝がでたり pdfファイルを自社のサーバーに送って変換したりするなど危険そうなものもみうけます。使う前にaddonの reviewなどをよく読むなどしてインストールしないように注意しましょう。

オープンキャンパスでにぎわっています!

今日と昨日は九州大学のオープンキャンパスです。高校生がキャンパスにあふれています。遠くからきた貸し切りバスもいっぱい入っていますね。九州大学をゆっくり見てかえって下さい。私も去年はおそろいのTシャツをきて生物学科の説明会にでていたのを思い出します。今月は理学部生物学科の公開講座(公開講演会)もありますので是非ご参加下さい。8月15日土曜日(箱崎キャンパス)13:30-16:00と8月16日 日曜日(ウェル戸畑2F 多目的ホール)13:30-16:00に両日とも同じ内容で講演が行われますのでお好きなほうに参加して下さい。去年は私も講演させてもらいましたが、2日とも参加したという高校生もいました。わかりやすい講演ですし、演者の方と気楽に話せるチャンスでもありますので科学に興味をお持ちの方は是非お越し下さい。

無料の英語の辞書とweb pageの保存用アドオンの紹介

科学を学ぶ人のためにはホームページ閲覧ソフトであるウエッブ・ブラウザにFirefoxを利用するのがなにかと便利です。アドオンといわれるいろいろな拡張機能を各人の用途に合わせてインストールして使えます。今みているweb pageをそのまま保存出来るアドオンであるScrapBookは特に便利で手放せません。(2018年4月1日追記:ここで書いているscrapbookというアドオンはFirefox ESRでしか使えません。最新のFirefoxについては対応するバージョンアップ版は不完全です)

また英語のページを読んでいるとき、わからない単語にカーソルをあわせると訳語がポップアップするLSDという最近発表されたアドオンも必須のアイテムでしょう。

LSDのページにFirefoxでアクセスし、「インストールはこちらから」というのをクリックしてインストールして下さい。インストール出来ないときはブラウザの上の方にセキュリティの警告がでているのではないでしょうか。インストールを許可するように設定を直してやるとインストール出来ると思います。(2018年4月1日追記:その他のポップアップ辞書もありますので2018.3.15の記事を参照してください。)

これはライフサイエンス辞書プロジェクトが文部科学省の科学研究費の支援を得て作成した辞書で、アドオンには93000語もの生命科学用の辞書がはじめから無料でついています。マウスカーソルを英語の単語の上にあわせるだけで、図のように訳や類義語、用例などがポップアップします。図は私達の以前の論文を文献データベースのPubMedで表示してintercellularという単語の上にマウスカーソルをおいた時の様子です。またマウスをドラッグして単語の原型を選択しても辞書がひけますが、こうすると専門用語でない単語の訳がでてくることも多いので普通の英和辞書としても使えます。類義語や用例も表示されるので英語で論文を書くのには不可欠の道具でしょう。セミナーの準備や論文を読むときにも活用すると能率があがります。

こうした機能を誰でも使えるようにしてくださっている方々に皆で感謝し、訳語のミスや収録されていない単語などに気づいたら報告するなどして協力しましょう。

英語で話すコツ(2):

前回はNIHの英語の話し方の講習会を紹介しました。NIH videocastingでは2008年9月にもGiving a GREAT scientific talkと題して講習会を放映しています。これは学会などで口頭発表するときの心得です。video podcastもありますので見ると参考になります。 講演内容の一部を紹介しておきましょう。

1) 聴衆が自分の話を理解するための予備知識をどれだけもっているかをあらかじめ予測して講演内容を準備しなくてはなりません。.knowing your audienceです。エキスパートの前で基礎知識を長々と講義してはいけませんし、逆に、知的好奇心旺盛な非専門家の聴衆に基礎知識の紹介なしで専門語満載の講演をしてもいけません。どちらの場合でもすくなくとも一つ、この講演をきいてよかったという内容がつたわるようにしたいものです。

2) 下調べは大事です。学会にでかけていくとき先方のコンピュータがマックかウインドウズか、自分のパソコンで講演できるのかUSBでデータをわたすのか、あらかじめ調べておきましょう。先方からパソコンの種類などの問い合わせが普通ありますのでそれをちゃんと読んでおくことも大事です。会場であわてないように会場への行きかた、パソコン周りのことをよく調べて準備しておくことです。会場の大きさ、マイクなども講演前に必ずみて準備しましょう。

3) tell a story これはよくききますね。論文でも同じだといわれています。
・どういう点でこの仕事は重要なのか。
・この問題の解決への自分の独自の貢献とは何か。
・この仕事は今後どうなっていくのか。
この三つの質問の答えができるようにして講演内容をねりあげていきましょう。

4) スライドでの発表ですが、話しはじめて最初の90秒から2分までが第一の勝負です。ここで聴衆をつかめるかつかめないかが勝負どころです。

5) 10分とか12分の短い口頭発表では最初に結論の一部をちらっと紹介して繰り返し論点を強調したりするのがよいでしょう。

その他スライドの作り方(どれくらいの大きさの字を使うのがよいかなど)なども教えてくれます。今忙しくて時間がないのでまた後日ふれることにします。

英語で話すコツ(1):

リンク集にあるNIH videocastingで英語の講演を聴くと英語で発表をするためのよい勉強になります。一流の科学者の一流の研究所での公開講演がいながらにして聴けるのは英語で研究成果の発表をしようという私達には見逃せない機会です。このNIHのビデオ放映では生命科学の最新の研究成果の発表(セミナー)だけではなく、以前紹介したように科学論文の書き方や論文の投稿の仕方、データベースの使い方など科学研究のプロフェッショナルを目指す人の助けになるような講習会も放映されています。

今年の6月5日にはImproving Spoken Englishと題してScott Morganさんが講習会を行いました。英語を母国語としない科学者のためにどのように英語を話したらよいかを楽しく解説してくれているので是非ご覧ください。[追記(2010.04.15) 現在このビデオはNIH ONLYのカテゴリーのビデオに変更されているためwebページではビデオが再生されません。ビデオのダウンロードと音声のダウンロードリンクは利用可能なようですのでおためし下さい。] 講師のMorganさんは科学のプレゼンテーションの専門家で俳優としてもテレビで活躍している方です。Speaking about Science: A manual for creating clear presentations(Cambridge University Press)という本も書いておられます。アメリカ人に理解してもらえるように話すにはどのような点に注意すればよいのかについて、7つのコツを教えてくれます (7 Secrets to Improving Spoken English)。

ビデオはVideo Podcastsのリンクからダウンロードしてゆっくり好きなときにみることもできます。一時停止させたりしながら、ゆっくり見ることもできますのでお試しください。最後のほうでスライドを何枚かとばしていますが、一時停止してみればそれらも読めて参考になります。

いろいろ参考になる話がありますが、たとえばアメリカ人には母音はどうでもよいという話がありました。eitherはイーザーでもアイザーでもよい。 tomatoはトメイトウでもトマートーでもどっちに発音しても気にしないのだそうです。ligandという単語の発音をリガンドといったり、ライガンドといったりしてもどちらでもよい。演者が講演の最中にライガンドといったすぐあとにリガンドといっても誰も何とも思わないのだそうです。それよりも子音が大事、声が大きいことが大事、聴衆をみて話すことが大事、文の最後を聞こえないように話す(飲み込む)のはいけない、単語の音節syllableを一つ一つ丁寧に省略せずに発音することが大事なのだそうです。neovascularization(血管新生)とかallele(対立遺伝子)とか、生命科学向けの単語を実際に発音して解説してくれています。最後に勉強のアドバイスとしては、ビデオをみるのもよいのですが、ビデオで英語になれたらラジオ (National Public Radioがおすすめ)を聞くようにすると話す力が上がるのだそうです。

糖鎖生物学って何だろう?(1) インフルエンザウイルスの話

インフルエンザウイルスは糖鎖を使って感染する。生物の細胞の表面は糖鎖でびっしり覆われています。これを糖衣glycocalyx(グライコ・ケイリクスと発音します。覚えておくとよいのですが、英語では単語の中にあるa という文字は「ア」と発音しないで「エイ」と発音する場合が多いです)と呼びます。細胞は糖のころもを着ているのです。糖衣は細胞の一番外側にありますから、外から細胞に感染するウイルスやバクテリアが最初に接触するのが糖衣の糖鎖です。今話題のインフルエンザウイルスもこの糖衣を介して細胞に感染し、細胞に侵入していきます。H1N1とかH5N1とか表記されるHがヘマグルチニン(赤血球凝集素Haemagglutinin)の略で、これは糖鎖と結合するウイルスの成分蛋白質を表し、1とか5とかいう数字はその亜型を示します。ウイルスは細胞表面にある酸性の糖であるシアル酸 (ノイラミン酸neuraminic acidの誘導体の総称です)を含む糖鎖と結合して細胞内に侵入、細胞内部で複製します。細胞を殺して外へ飛び出そうとするときウイルスをくっつけるシアル酸があると今度はじゃまで出られません。それでノイラミニダーゼという酵素(これがH1N1Nです。NeuraminidaseNです。)をもっていて、これを使ってシアル酸を分解して外に出ます。この酵素を働けなくするのがタミフルリレンザという薬です。

インフルエンザウイルスに限らず、ウイルスのほとんどすべては糖鎖を介して感染します。糖鎖の機能を調べる糖鎖生物学の研究は、ウイルス感染の克服に必須です。

インフルエンザやウイルスと糖鎖については以下のリンクに更に詳しい説明があります。

Glycomicrobiologyのやさしい解説 (日本語)―インフルエンザウイルスやノロウイルス、C型肝炎と糖鎖の関わりがよくわかるサイトです。

glycocalyxの写真はGoogle 画像検索で探してみてください。

実験ノートについて (2)

英国に保存されている実験ノートで最も有名なのはファラデーの日記Faraday’s diaryと呼ばれている
マイケル・ファラデーMichael Faraday(1791-1867)の遺した実験ノート(写真)です。
彼のクリスマス講演からできた本「ロウソクの科学」で名前をきいた方もあるかもしれません。

生まれたのは寛政3年(1791年) で、歌川広重、遠山金四郎や千葉周作などとほぼ同年代の人です。
1859年にDarwinが「種の起源」を出版していますからダーウインとも同時代ですね。76才でなくなったのは1867年、幕末で坂本龍馬の暗殺された年です。化学者で物理学者、彼の研究の上に現代文明が築かれた といってよい大科学者です。

磁気と電流の関係を発見して世界ではじめての変圧器、モーター、発電機を発明。磁気の光に対する影響の初めての発見(ファラデー効果)、電流の化学結合への影響を示した電気分解の実験(電気分解の実験でファラデーという単位名があります)、ベンゼンの発見、初めての気体の液化に成功、 そして遠隔作用と考えられていた電磁気を、近接作用と考える電磁場の概念のさきがけなど、どれ一つをとっても偉大な発見をした人です。たしか後にゼーマン効果とよばれる現象も予想して観測したのですが当時の観測機器の精度が悪く見つからなかったそうです。

重力と電磁気力の関係の探究などチャレンジングな研究も行っています。彼の研究を数学的にまとめることでマックスエルの電磁気学が完成したのだそうです。この大科学者が詳細な実験ノートを遺していると聞くと是非のぞいてみたくなります。写真はイギリスの王立協会にあるファラデー博物館に展示してあった彼の実験ノートの写真(私の撮影)です。1821年の実験ノートで Very Satisfactory, but make more sensible apparatus.と書かれた9月3日分の日記の下にある、9 月4日火曜日の日記を読んでみましょう。きれいな字で書かれているのに感心させられます。
TuesDay Sept. 4 と下線が引いてあり、その下は

Apparatus for revolution of wire and magnet. A deep basin with bit of wax at bottom
and then filled with mercury, a Magnet struck upright in wax so that pole just above the surface of mercury,
then piece of wire floated by cork, at lower end dipping into mercury and above into silver cup
as before, and confined by wire or capillary attraction from leaving the M. Pole
.“と読めます。

下 の写真(これも野村が撮影)に示した世界初のモーターについて述べている実験ノートの部分です。
彼の自筆の絵も入っています。こんな実験ノートをのこせるような実験がしたいものだと思います。