|
The Nomura Institute of Glycosciece Blog
野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
アセチルCoAトランスポーターの総説を書きました。(2013.3.26)
今日は九大の卒業式、はれやかな学部卒業生、大学院卒業生が集っています。私達の研究室からも修士、学部併せて3名の学生さんが卒業です。桜が満開でとてもきれいな卒業式です。
さて、昨年原稿がアクセプトされて出版をまっていた
Molecular Aspects of Medicineのトランスポーター特集号がonlineでみられるようになりました。私達も理化学研究所の脳科学総合研究センターの平林義雄先生と一緒に The acetyl-CoA transporter family SLC33というタイトルでミニレビューを書きました。
acetyl-CoAはトランスポーターで輸送される分子のなかでは極めて大きな分子です。線虫を使ったトランスポーターの研究もこれからますます盛んになっていくと思います。特集号の最初の項目
The ABCs of membrane transporters in health and disease (SLC series): Introduction はトランスポーターについてのわかりやすい序論になっています。機関が契約していて無料で読める方はどうぞ。
acetyl-CoAというのは生化学ではじめのほうで習う分子ですね。生化学の歌の本というのを昔買いました。イギリスなどのfolｋ songを替え歌にして歌うというもので、The Biochemists’ Songbook（なんとクエン酸サイクル発見者のSir Hans Krebsが序文を書いています！）というのが第２版になってまだ売っています。カセットテープがあったのですがそれは入手不可となったそうで、歌のほうだけは著作権者の許諾をうけカセットテープからmp3ファイルにしたファイルがダウンロードできるようになっています。歌詞もネット検索したらあちこちでみられますのでどうぞ。もっともこの歌詞を覚えるよりは、そのままクレブス回路などを思える方がはやいという噂です……。とにかく一度聞くと、妙に耳にのこる音楽です。
遺伝子ネットワーク解析ソフト VISANTの使い方です！(2013.03.08)
VISANT超入門：
VISANT (Integrative Visual Analysis Tool for Biological Networks) というサイトは遺伝子の遺伝的相互作用、タンパク質‐タンパク質相互作用を、免疫沈降、yeast two hybrid等によって相互関係やその可能性を画面で表示して解析するプログラムのサイトである。ヒトやマウス、ショウジョウバエや線虫、酵母やバクテリアなど、様々な生物の持っている遺伝子の間の相互作用を、遺伝学的相互作用やタンパク質間相互作用などのビッグデータに基づいてネットワーク表示して解析できる。自分の研究している遺伝子のリストを検索用ボックスに入れて、それらの相互作用、その他の遺伝子との相互作用を調べるのに便利で、各自の遺伝子について試してみると思いがけない相互作用が見つかるかもしれない。このVISANTは、遺伝子-遺伝子相互作用の解析に有用であるにもかかわらず、日本語の使用の手引が現在も存在せず、なんとなく使いづらいものであった。そこで、私達の研究室で卒業研究を行った学生さんが卒業論文の一部として、VISANTの使い方を日本語でまとめてくれた。その卒論では糖鎖遺伝子のネットワークを解析する際，VISANTを活用した。その卒論から遺伝子ネットワーク解析サイトVISANTの使い方の解説部分を抽出し、野村が最近のサイトの些細な改変について加筆したものをpdfファイルでおいておくのでダウンロードして利用していただきたい。下に線虫での糖鎖を合成する酵素の一つのグループであるN-アセチルガラクトサミン転移酵素GalNAcT（N-acetylgalactosamineを付加していく酵素で多数の遺伝子がある）の遺伝子についてのVISANTによる解析結果の画像(全体図) を挙げてみた。この解説でVISANTの使い方がだいたいわかったら、次に英語のチュートリアル（http://visant.bu.edu/tutorials/tutorials_list.html ）やヘルプを読んで、このプログラムサイトを大いに活用していただきたい。
あけましておめでとうございます。(2013.01.18)
年末は福岡市で分子生物学会、生化学会が開催され私達の研究室メンバーの発表がつづきました。分子生物学会はiPad貸し出しなんかもあって、iPadで要旨やポスター発表のチェックなどができたほか、発表に「いいね」がつけられるなど画期的な改革で開催されました。生化学会もiPadで要旨がみられるようなアプリができていて面白かったです。村田大輔君の博士論文を中心としたGPI anchor型タンパク質についての研究発表を生化学会でしたのですが、質問に立たれた先生に思いがけず私達の研究を大変ほめて頂きました。古細菌からヒトにいたるまでGPI anchor型タンパク質は存在しており、質問者の先生は古細菌にもGPI anchor型タンパク質があることを示したのだが、なんで生物みんながGPI anchor型タンパク質をもっているのかはわからなかった。先生達の研究でそれがはじめてわかったのでとてもよかったといっていただきました。
質問というよりコメントをいただいたこの先生は私達がGPI anchor型タンパク質を研究するときに勉強していた論文や総説の著者の先生で、日本のGPI anchor型タンパク質の研究の開拓者、私達の研究で利用しているphosphatidyl inositol 特異的phospholipase CというGPI anchor型タンパク質からGPI anchor部分を切断する酵素の発見者、池澤宏郎先生でした。大先生からとてもありがたいお言葉をちょうだいして、よい新年がすごせました。ありがとうございました。
生化学ということで、今回は糖鎖生物学の基礎を簡明に説明した、カリフォルニア大学バークレー分校のBertozzi先生の講演のムービーを紹介しておきます。YouTubeで字幕付きでみられますので是非ご覧下さい。わかりやすいクリアな英語でききとりやすいです。糖鎖生物学がインフルエンザの治療や炎症の治療に役立つことがよくわかりますよ。糖鎖生物学に興味を持った方は、このブログの糖鎖生物学入門の固定ページもご覧ください。
山中伸弥先生、John Gurdon先生 ノーベル賞おめでとうございます。(2012.10.09)
昨日、 学校からの帰り道、６時半の発表を楽しみにして車のラジオをつけていると、山中先生の医学生理学賞の受賞の臨時ニュースがとびこんできました。他の受賞者については報道されていなかったのでGurdonさんは絶対もらっているはずだなどと話しながら７時のニュースをラジオできくと、やった！Gurdonさんとの共同受賞でした。Gurdonさんは九大の発生生物学講座こられたこともあり、一緒に太宰府を散策したこともある先生です（写真は太宰府散策中の先生。竹藪に入りたいといって、このあと入っておられました）。今回の受賞は現代的に変容した、発生生物学への受賞ともいえると思います。発生生物学を学ぶ人がこれからさらに増えるのではないでしょうか。発生生物学の基礎研究の成果が山中先生の偉業として花開いたのだと思います。BriggsとKingにはじまる核移植とGurdonさんにはじまって、山中先生にいたるこの道を拓いたのは、いったん分化した細胞が別の分化した細胞へと変化する、分化転換の研究（岡田節人先生や江口吾朗先生、 スイスの故Schmid先生などによる精力的な研究）だと思います。
Gurdonさんの業績は教科書にのっており、分化した体細胞の核には受精卵の核の状態に戻って個体をつくれるだけの情報があることを鮮やかに示したものでした。私がCambridgeの動物学教室にいたときはGurdonさんは同じ教室におられたので、DNAの塩基配列の決定をGurdonさんの研究室で机を借りて行っていたのでよく話していました。名前を冠したGurdon Instituteができてからも何度かおじゃましたことがあります。とても紳士的な先生で、九州に以前こられたときは塩川光一郎先生のお宅にとまられて趣味の蛾の採集をされていたときいています。去年も九大医学部にこられておりました。その前には帝京大学で学生相手に特別講義をされたりもしていて、若い人々を鼓舞するのもとてもお上手です。ノーベル賞講演が楽しみですね。山中先生のノーベル賞講演も楽しみですが、その前に、以前紹介したNIHでの山中先生の講演のビデオ（2010.1.29のこの欄）も是非ごらんください。はじめにNIHの所長がいかに信じがたいほどすばらしい業績かというのを述べているところが印象的です。山中先生の論文発表の後、多くの研究者が自分の研究に、山中先生たちが４つの転写因子に絞り込んだ方法をお手本として（Yamanaka methodと称して）使っています。
科学の方法論の提示という業績も山中先生の御仕事には含まれていますね。
真のリーダーシップをもった先生（2012.05.10)
私が大学院に入学した年の夏、東京で国際発生生物会議が開催され（1977年8月29日-9月2日経団連会館）、学会後のオプショナルツアーに同行させてもらいました。鎌倉から三崎の臨海実験所、箱根へと移動して一泊、その後、菅島の臨海実験所や伊勢志摩をめぐり、京都に向かいました。ツアーには岡田節人先生のかつてのボスだったEbert先生、Moscona先生、Abercrombie先生など教科書で名前をみた先生方が、多くはご夫妻で参加されていました。Ebert先生と奥様の隣の席でバスに乗って三崎の臨海実験所での有名な団先生のThe last one to goのエピソード (ここにもpdfがあります）をEbert先生から教えてもらったり、菅島の臨海実験所の先生にわざわざ紹介して頂いたり、かけだしの学生にとても優しい配慮をしていただいたのに今でも感謝しています。
Ebert先生と奥様はドライブの途中の交通事故でなくなってしまって(2001年5月22日)、再びお目にかかってお礼をいう機会もないのは残念です。
Ebert先生はすぐれたリーダーシップをもつ学者の見本の先生といわれています。リンク先のEbertご夫妻を悼む言葉を読んではじめて、先生が第二次大戦中は海軍で駆逐艦にのっておられて、日本の特攻機に船が撃沈されて海をただよっておられたことがあるのを知りました。生き残った最上級士官として、乗組員の戦死を家族に知らせる責務を果たす際に、同じ海軍にいた女性隊員の奥様と出会われたのだそうです。戦後、実験発生学を学び、カーネギー研究所の所長、ウッズホール臨海実験所の所長などの他、アメリカ科学アカデミーのVice-Presidentなどを歴任されました。戦争が終わってからは日本の発生学、発生生物学の発展のために40年以上にわたって格段の助力をいただいたと聞いています。そして亡くなる前には中国の発生生物学を学ぶ人たちを援助することに大変な力を注いでおられたのだそうです。
各人の才能を開花させることの天才というような先生で、花を育てる時、個々の植物に応じた水やりや肥料やりが大切ですが、科学者 個人個人によって異なる長所と、それぞれの個性によって違う研究方向をみきわめて、援助と財源獲得をすすめることで、米国の科学のみならず日本や中国の科学の発展にも大きく貢献されたと思います。Brown博士の弔辞の結びです。
In summary, Jim Ebert’s major contribution to 20th century biology was one of leadership. He directed others with common sense and intelligence removing obstacles so that scientists could mature and follow their own instincts. We have come to identify these principles with the highly successful administration of science that is practiced in the United States. （Donald D. Brown, Staff member, Department of Embryology , Carnegie Institution of Washington, September 2001）
写真は我が家のサクランボです。研究室のみんなと食べました。
新学期が始まっています！ （2012.04.18)
線虫 C. elegansのデータベースWormbaseが一新されました。 前のWormbase(今はlegacy siteにあります）とはデザインが全く違うので、慣れないとめちゃめちゃ使いにくいです。そこでごく簡単な使い方入門のpdfをこしらえました。ここにありますので、ダウンロードしてお使い下さい。
卒業式が終わり、あっという間に新学期がはじまりました。GPIアンカー合成の意義を明らかにした博士論文で学位を取得した村田大輔君は、大阪大学医学部の金井好克先生の研究室に就職しました。ミネソタ大学の中藤先生のところでポスドクをしていた出嶋克史君は、今年から米国のカリフォルニア大学サンディエゴ分校で学術振興会のJSPS postdoctoral fellowとして活躍を始めました。線虫の研究をしているChisholmさんの研究室ですが、近くには糖鎖生物学の大家のJeff Eskoさんもおられるようです。私達も新しい卒論生を迎えて新年度早々から実験に励んでいます。
桜の花は散りましたが私達のいるコラボステーションIIがある馬出地区のキャンパスでは八重桜や写真のような緑の桜の花がきれいに咲いています。大学病院にこられる患者さんや家族の方々も見物しておられます。
新学期ですので、新入生や進級した学生のみなさんに参考になるような話をまとめておこうと思います。
英語を使う能力は今後、在学中、卒業後を通じて絶対役立ちますから、時間をみて向上させておいてください。今はYouTubeなどで英語のプレゼンを聞くのも簡単ですし、無料の英語講座などもYouTubeなどにありますからいろいろ視聴してみると、リスニングも上手になると思います。
大学院入試でTOEICが英語の試験の代わりになっているところが激増しています。就職活動のとき企業にだすエントリーシートにもTOEICの得点を書き込む欄があるところが増えているようです。TOEICテストは練習しだいで結構点数が上がるようですから、皆さんの大学などで提供されているTOEIC練習用の無料プログラム（以下はリンク切れです。2018年４月追記：九州大学ならここにあります技術英語や医学英語の勉強コースも同じ所にあります。試してみて下さい。）や授業をせいぜい利用して、一年生から勉強をはじめて卒業前には750点以上はとれるようにするとよいようです。
コンピュータは今や必須の勉学アイテムですから、絶対自分のパソコンをもって勉強に役立ててください。
九大ではこのアドレスからたどれるソフトウエアのライセンスプログラムもありますので、Microsoft Officeなどは学生個人のコンピュータに無料でインストール可能です（制限など詳細は大学のホームページをご覧なさい）。九大のようなライセンスプログラムをもっていない大学も多いので、九大はとても恵まれていると思います。）Windowsも下位バージョン（Home editonとかです）がインストールしてあるコンピュータさえあれば、九大のライセンスで無料でバージョンアップして最上位バージョンにグレードアップすることができます。
Windows7 EnterpriseエディションではVirtual PCがはじめからついてきますし、XPモードもあります。Virtual PCやVirtualboxというソフトを使えばWindowsのパソコンでLinux（下を参照）を動かすのも簡単です。
プログラムをやってみようかなと思っている人もいると思います。私の時はFortranとかBasicの時代でしたが、今はいろいろプログラム言語があります。私は統計解析によく使われるRから勉強しておくとすぐ役立つのでおすすめだと思います。全く無料ですし、以前紹介したように大量の無料の解説サイト、ビデオ、わかりやすい書籍などがあふれています。統計解析を使ってなれながら、理論面を授業で学ぶとよいと思います。PerlとかRubyとかいうプログラム言語も生物科学ではよく使われています。Rの次におすすめです。
また無料のOS（オペレーティングシステム）であるLinux（りなっくす）をコンピュータにインストールして使うのもやってみると良いと思います。最近ではubuntuなどインストールしやすいLinuxがありますので、、インストールして使ってみるとよいでしょう。(Virtualboxをインストールして仮想マシーンを作成し、仮想マシーンにubuntuのisoイメージをつかってubuntuをインストールするのが簡単でしょう。詳しくはいつか時間があるときに書きます） LinuxはUNIXをモデルに開発されたオペレーティングシステムですので、コマンドも昔からずっと同じで一回学んだコマンドが何十年も使えるというメリットも大きいと思います。バージョンアップも無料ですし、世界中で使われていて、バイオインフォマティクスなど生物学の分野でもLinuxでしか動かない有用なプログラムが多いため、Linuxでプログラムを動かせる能力が研究に不可欠になりつつあるのが現状です。
また物理や数学の好きな人、逆に数式の苦手な人は、数式処理言語のMathematicaの学生版を買って（大学のライセンスを使える人は大学のライセンスを利用して無料で）大学の数学や物理の授業に並行して遊んでみると良いでしょう。Rとならんでこのソフトも将来の仕事で大いに役立つものですので、おすすめです。
今は就職活動の真っ最中の時期ですね。エントリーシートを書いて、何回も面接にいって内定がでた人もいるかもしれませんが、まだまだ活動は続く人がほとんどでしょう。今年卒業して公務員になった私達のところの四年生も内定は秋にずれこんでいました。卒業生には獣医さんをめざしてセンター試験を突破して再入学した人もいます。各卒論生の成果はおいおいデータベースや論文として公開していく予定です。第一弾として遺伝子相互作用の解析システムVisantの使い方をマスターして使い方の手引きもつくった21世紀プログラムの卒業生の「Visant使用のてびき」を近々このサイトにアップロードする予定です。
皆さん、健康に留意してがんばって能力を向上させていってください。
春めいてきました！（2012.03.03)
今週は雪が積もったりしましたが、ずいぶん地面があたたかくなったのでしょうか。夕方にはとけてしまいました。
おひな祭りの今日は田圃のあぜに満開のオオイヌノフグリをみつけました。もう春が近いようです。
写真は先月１９日に積もった雪を背景の寒梅です。
今はもう満開になっています。先月は糖鎖科学分野での著名な国際的助成金である水谷糖質科学振興財団の国際的助成金をいただけることが決定しました。
糖鎖による細胞分裂制御機構という新しい分野の発展に精進したいと思います。どうもありがとうございました。
さて今日は英文作成の際に私達が苦手とする冠詞（a, an, the) の使い方についての わかりやすい解説を紹介します。
私の経験ですが、これを読んでからは冠詞の間違いがずいぶん減ったと実感しています。皆さんも是非読んでみて下さい。
東京大学の トム・ガリー先生の１１回にわたる「科学英語を考える」という解説です。英語を書かなくてはならない人に絶対お勧めの記事です。
あけましておめでとうございます！（2012.01.02）
|
トップジャーナルに投稿しよう！ 3 （図の説明の書き方） （2011.12.28）
論文の原稿が完成した段階で図には説明を付けなくてはなりません。英文で図の説明を書くのですが、短く簡潔に書く必要があります。
そういうときのお手本探しに大いに役立つのは例えばJournal of Biological ChemistryのサイトにあるAdvanced Searchです。画面下のほうをみていくとSearch Figures and Tablesという検索フィールドがあります。ここに図の説明に使うキーワードを入れてSubmitボタンを押すと図やテーブルの説明文が図と一緒にあらわれます。図の説明を読んで代表的な説明の仕方をまねればよいでしょう。それを元に英文を仕上げていくとずいぶんよい英文になります。是非試してみて下さい。
では皆さん良いお年を！