The Nomura Institute of Glycosciece Blog

今年の3月の記事（本記事の末尾参照）で、生化学入門におすすめの教科書として、ミースフェルド生化学（東京化学同人）を紹介しました。生化学を学び始めた方には日本語版をおすすめします。日本生化学会の推薦教科書です。これは初版の日本語版ですが、2021 年に第二版がでています。Amazonでこの第二版の中古本が安かったので購入し、一昨日　本が自宅にとどきました。International Student Editionという米国内とカナダでは販売できないタイプの版本でした。税込8000円ちょっとの値段がついていたので、即ショッピングカートにいれて購入しました。未読本と書かれていたのですがたしかに届いたものは未読本でした。ebookがついているのかと思いましたが、表紙の裏にスクラッチがついていて、それを削るとネットでの登録コードがあらわれてそれで出版社のサイトで登録すると、オンライン版のBiochemistryが読めるようになっていました。オンライン版は紙の本よりきれいで見やすいので良いと思いました。ただオンラインで読んでいるときにLife Science Dictionaryはひけませんでした。また単語を選択して訳がポップアップするFirePOP!も動きません。コピー回数を計測するような仕組みになっているようで、日本人がオンライン辞書を引きながら読むのには向いていないようです。Kindle版もないようですのでちょっと残念です。なおPDICは動くのでコピーすると訳がポップアップするのは確認できました。

本の内容は、生化学入門に最適の読みやすいいい本です。初版以降の生化学の発展ももりこまれて、さらに動画やPDBのデータなども活用して生化学が学べるようになっています。また生化学の反応機構についても増補されているようです。英語自体はやさしいし、興味深いエピソードをまじえながら、読んでいける本になっていますので、学部生や修士の人は、この英語の第二版にチャレンジしてみるのもよいと思います。おすすめの本です。

これは余談ですが、アマゾンの中古本は、一度アクセスして値段を確かめた後、しばらくしてそれを買うことにきめて再アクセスすると値段が数時間前にアクセスした時よりつりあがっていることがよくあります。それも各出品者一斉にあがっているのです。以前Molecular Principles of Animal Developmentという授業でよく使っていた教科書を再度購入しようとしたとき、このような体験をしました。結局　再度購入はやめて、Internet Archiveで読んでいます。Amazonで中古本を購入するときには、値段をメモしておくこと、これは買おうかなとまよっているときにはショッピングカートにいれておくことをお勧めします。ショッピングカートにいれた本も値段がつりあがるのでしょうか。その辺のところも気を付けておきたいものです。

（以下は2022/3/21の記事の再録です。）
今日は生化学のおすすめ教科書を紹介します。翻訳書で「ミースフェルド生化学」（東京化学同人）という本です。日本生化学会のおすすめ教科書です。はじめて生化学をしっかり学ぼうと考えている人のために、翻訳者の先生たちが、訳語と英語をともに掲載するようにするなどいろいろ工夫も凝らされていて、この本を一冊読めば原著論文も読めるようになるすぐれた教科書です。出版社のサイトで立ち読みもできますし、推薦の書評も掲載されているのでご覧ください。2017年発行の教科書の翻訳ですが、まず慣れ親しんだ日本語で生化学を学べる上に、生化学の専門語を英語も一緒に学べるので、生化学を初めて学ぶ人にしっかりとした基盤をこしらえることができる教科書です。勉強の仕方としては、まず日本語版を読むのを強くすすめます。原著の第二版(2021年発行の英語版）はまだペパーバック版がでておらず高いのでおすすめしません。まずこの日本語版を読み終えてから、今後発行される第二版のペーパーバック版を読めば、自分の英語読解力が驚くほど進歩しているのを実感できると思います。

昨日は英語のAlphaFold2の講演動画などを紹介しました。日本語の総説ですが、東京大学の森脇 由隆先生が書かれたオープンアクセスの総説がおすすめです。
「AlphaFold2までのタンパク質立体構造予測の軌跡とこれから」
JSBi Bioinformatics Review　2022 年 3 巻 2 号 p. 47-60
https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/3/2/3_jsbibr.2022.3/_article/-char/ja
この総説誌にはいろいろ参考になる総説が満載です。是非他の総説やバックナンバーもご覧ください。

https://www.jstage.jst.go.jp/browse/jsbibr/list/-char/ja

福岡は毎日快晴です。朝夕は寒い日もあってストーブを燃やすこともあるのですが、日中は暑い日もあって、なんと今日は夏日でした。写真は台風のときに雨宿りしていたカマキリです。寒くなった今はもういなくなってしまいました。卵を産んでいたようなのでまた来年、子供が庭に現れるでしょう。季節の移り変わりを感じます。

英国MRC分子生物学研究所(MRC LMB)で開催されたNext Generation Biophysics Symposium 2022というシンポジュウムの動画がYouTubeのMRC LMBチャンネル
https://www.youtube.com/user/LMBCambridgeで公開されています。
プログラムはこちら。
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/sites/nextgen/programme/
動画がない講演も少しありますが、11の動画がアップロードされています。どれも面白そうです。興味のあるものをご覧ください。

AlphaFold2の講演もあります。John Jumper, DeepMind, London, UK:
AlphaFold and its implications for understanding biology
alphafold2 の論文https://www.nature.com/articles/s41586-021-03819-2
のlead author ,(筆頭著者）による講演です。
https://youtu.be/uejO0Af3eQc

Scientific AmericanのサイトにちょうどOne of the Biggest Problems in Biology Has Finally Been Solved―Google DeepMind CEO Demis Hassabis explains how its AlphaFold AI program predicted the 3-D structure of every known protein
というAlphaFoldのプロジェクトリーダーDemis Hassabisへのインタビュー記事がでていたところです。こちらもご覧ください。
https://www.scientificamerican.com/article/one-of-the-biggest-problems-in-biology-has-finally-been-solved/

このシンポジュウムの最後を飾るのKey Note Lectureは
NGBS2022 Talk 11: Protein design using deep learning – David Baker University of Washington, USAというもので、
https://youtu.be/autrSHqzcH4

物理的モデルに基づくタンパク質構造解析ソフトウエア　suiteのRosetta
https://www.rosettacommons.org/softwareと深層学習を用いて、全く新しい機能蛋白質を任意に設計できる(De Novo Protein Design）という講演です。SARS-Co-V2のレセプター結合部位に対する抗体の設計とか抗癌効果のある抗体の設計の話からはじまります。光合成に関係するタンパク質とか、科学がここまで発展してきたのかという感慨を生み出す講演です。

今日はハロウイーンですね。昨日の韓国での事故で亡くなられた方々と御遺族の皆様に心からお悔やみを申し上げます。また怪我をおわれた方々の一日も早い、御回復をお祈り申し上げます。
今日の動画はRoyal Institutionのハロウイーン動画です。マイケル・ファラディーの超常現象実験の再現動画です。
Michael Faraday’s supernatural experiment
https://youtu.be/lvB9hZf0hRU

ファラデーの生きたビクトリア朝時代、霊との交流会など超常現象がものすごく流行っていました。その中でも有名なのはTable turnです。Table movingともいわれるこの現象は、テーブルを何人かでかこんでテーブル上に各人の手をのせて手を動かさず、そのままじっとまっていると、霊がやってきてテーブルが霊におされて動き出すというものです。やってみると誰も意識的にテーブルを動かしていないのに自然にテーブルがまわりだすそうです。この現象をファラデーは実験的に研究して、論文にしています。今回の動画はファラディーがどのようにこの現象を解明したかをみせてくれます。各人の手が無意識にテーブルを押しているのか、あるいは霊がテーブルをおしているのかをそれぞれの人が区別できる仕掛けをつくってそれを使ってやってみると、テーブルは全く動かなくなりました。動画では実際のtable movingをやっている様子がでてきて面白い動画になっています。ファラデーの論文は以下のものです。有料ですが大学などから無料で読める方はダウンロードしてみてください。

Experimental investigation of table-moving,
Journal of the Franklin Institute,
Volume 56, Issue 5,1853,
Pages 328-333,　ISSN 0016-0032,
https://doi.org/10.1016/S0016-0032(38)92173-8.
(https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S0016003238921738)

「ロウソクの科学」で有名なMichael Faraday は1821年9月3日に世界ではじめての電気で動くモーターを発明しました。発明に要した時間はたったの一日。それが世界を変えました。このFaradayのようなイノベーションをどうしたら実現できるでしょうか。その秘密を解説する動画が公開されていますので紹介します。Royal Institutionの動画です。
https://youtu.be/z1uOsg2-LTA

ハーバード大学の David Rickettsさんによる講演で、様々なイノベーションを企業（Mastercard, Ubisoft, Disney, General Motors, Dell や Ferrariなど） とともに進めている方だそうです。　201年前の9月3日のFaraday’s Diaryの実物を書画カメラで映しながら電気モータ―の発明の様子が語られているのは必見です。これは観るしかないという動画です！
写真はファラデーの日記の1821年9月3日の最初のページです。以前紹介した記事でダウンロードしたファラデーの日記からとりました。過去記事はFaradayなどでこのブログを検索してみてください。

ファラデーのモーターは再現している方が日本におられます。
こちらも必見の記事で参照をお勧めします。
https://umihoshi.com/index.php?QBlog-20191002-1
「うみほしの部屋」というタイトルのブログで以前の記事でも紹介しましたが、
https://umihoshi.com/index.php?FrontPage
霧箱の作り方やファラデーの様々な実験の再現、放射線の測定など参考になる記事満載です。

COVID-19に対するmRNAタイプのワクチンについての動画をNIH videocastでみることができます。

Understanding adaptive immunity and immune memory to SARS-CoV-2 and COVID-19 RNA vaccines, with lessons for vaccines against other pathogensというタイトルの動画です。（携帯でみたとき技術的な問題によって動画が再生できませんというerror code 100000 がでることがあります。NIH videocastのページでも同じエラーがでてみられないかもしれません。iPadやPCではみられましたので申し訳ありませんが端末を変えてみてください。）
https://videocast.nih.gov/Summary.asp?file=32709

mRNAタイプのワクチンは世界中で接種がすすめられましたが、感染予防にはなぜか効果がないことが確認されているようです。本当に接種が意味があるのかどうか、このビデオをじっくり見てみようと思いました。例によって、英語字幕付でみられますし、動画も字幕もダウンロードできます。上のリンクをクリックして開く動画のページの左下にある「+More…」ボタンをおすと、ダウンロードボタンがでますので、開いたVideoCast Downloaderのメニューから動画のビットレート=解像度をSelect bitrateボタンをクリックして選んでダウンロードしてください。bitrateは150k, 440k, 740k, 1040k, 1240k, 1840kから選べます。携帯で見るには低いbitrateを選び、PCやiPadでみるには最高bitrateでみるとよいでしょう。スライドもくっきり見えます。またCaption textのダウンロードボタンもありますので、必要に応じてダウンロードしてください。）。じっくり見てみたいと思います。