Why are we here?という科学についての動画サイトを紹介します

今日は科学についての動画を紹介します。
https://www.whyarewehere.tv/

このサイトの動画はvimeoを使っているのですが、動画にドメイン制限がかかっており、動画をこのブログに埋め込むことができません。超有名な科学者や哲学者へのインタビューを見ることができます。動画リストはこちらです。
https://www.whyarewehere.tv/people/
たとえばノーベル物理学賞を授賞したFrank Wilczek: A Beautiful PuzzleやRoger Penrose、数理生物学者のMartin Nowak、物理化学の教科書が世界中で使われている化学者のPeter Atkins、チンパンジーが道具を使うことを発見した霊長類学者のJane Goodallなど、興味深いインタビューがいろいろありますのでご覧ください。英語が聞き取りにくい場合は、インタビューの書きおこし(transcript)がついていますので、それをダウンロードするとよいでしょう。

https://www.whyarewehere.tv/people/frank-wilczek/
https://www.whyarewehere.tv/people/roger-penrose/
https://www.whyarewehere.tv/people/martin-nowak/
https://www.whyarewehere.tv/people/peter-atkins/
https://www.whyarewehere.tv/people/jane-goodall/
インタビューをみてみると、宗教に対して批判的な方が多いような気がします。たとえばhttps://www.whyarewehere.tv/people/alex-rosenberg/
をご覧ください。

私の知り合いにイギリスの科学者de Pomeraiさんがいます。以前、de Pomeraiさんが来日したときは自宅に泊めて、九大でセミナーをしてもらいました。その来日の折、九大に来る前に京大に招かれていて、京大の竹市先生のところで、新発見の細胞接着分子にカドヘリンという名前を提案したのは彼だと聞いています。英国人の命名なので、世界にあっというまにカドヘリンの名前がうけいれられたのだと。岡田先生はいっておられました。彼は牧師の資格をもっていて、英国でRichard Dawkinsと大論争をやっていました。上の動画のAlex Rosenberg先生(Duke大学の哲学者)はDawkinsと同じ立場の方です。英国での宗教と科学についての議論を知るのによい動画だと思います。

本日、本ブログサイトの外観を携帯で見やすくするために変更しました(告知)

告知です。このブログを携帯でみると大変見にくくなっていることがわかりました。使っていた Wordpressのテーマが携帯対応になった最初のversionだったので、現在の携帯ブラウザとあわなくなったようです。それでテーマを本日変更しました。PCで見る場合は固定ページなどが依然と同じように並んだタブで表示されます。携帯でみるときには「サイトナビゲーション」と白字で書いてある青い線の部分をタップすると固定ページ(リンク集や糖鎖生物学入門、研究概要等)へのメニューがでますのでご利用下さい。

アーサー ケストラーを知っていますか?

アーサー ケストラーをご存知ですか。彼の本には死刑廃止論や鈴木大拙との禅についての論争、「真昼の暗黒」というソビエト批判本、「機械の中の幽霊」という生命科学に関連した本(ホロンの概念の提唱で有名)などがあって多くの読者を得ています。今日は彼の科学関連の著作を少し紹介します。

「サンバガエルの謎―異端の生物学者カンメラーの悲劇」
これは獲得形質の遺伝を実証したというウイーンの科学者カンメラーの伝記です。中古本で入手可能です。原著はThe case of the midwife toadというタイトルで、Internet Archiveで以下のリンクから貸出可能です。
https://archive.org/details/caseofmidwifetoa0000koes_e3f4
これは私の先生だった岡田節人先生が喜んで読んで皆に紹介しておられました。

「機械の中の幽霊」 日本語訳は中古本で無茶な値段がついています。以下から英語版は貸出可能です。The ghost in the machineというタイトルです。
https://archive.org/details/ghostinmachine0000koes_w6k4

「創造活動の理論(上下)」これはThe act of creationというタイトルの創造性についての本です。翻訳が国立国会図書館個人送信資料で読めます。
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2979351
https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/2979352
原著は以下から貸出可能です。
https://archive.org/details/actofcreation0000koes

天文学の歴史を扱った本もあります。ギリシャ天文学から暗黒時代、そしてコペルニクス、ケプラー、ガリレオ、ニュートンに至る歴史をたどっている本です。ケプラーの伝記の部分の翻訳も昔でていました。中古本で入手可能と思います。原著はThe sleepwalker : a history of man’s changing vision of the universeという本でこちらから貸出できます。
https://archive.org/details/sleepwalkerhisto00koes

英語論文執筆に参考になる資料がまとめられているサイトの紹介

「論文執筆/プレゼン資料作成時の参考資料」
というQiitaの記事には、英語論文作成に役立つ良質な資料がまとめられています。
https://qiita.com/k-kawakami213/items/5e7e1ffccbe708e6ac50
例えばマンチェスター大学のAcademic Phrasebankとか、https://www.phrasebank.manchester.ac.uk/
私が以前推薦したMerriam Websterのオンライン版英英辞典とかhttps://www.merriam-webster.com/
日本語の論文執筆指南書や文法チェッカーなど多彩な資料が紹介されています。いろいろ掲載されているリンクをクリックしてみてください。役立つサイトです。

@はアットマークとは英語ではいわないそうです。英語の記号の読み方について

英語の記号の読み方について。
英語で>とか<とかの読み方、@の読み方とかについて迷ったことがありませんか。
すこしまとめておくことにします。英語の単語をいれるとその発音をYouTubeの動画で教えてくれるサイト、Youglishも活用してみてください。https://youglish.com/

先ず図の読み方です。Fig.2-1というを英語ではどう読むでしょう。
答え:Figure two dash one と読みます。-はダッシュと読むのですね。

電子メールのアドレスで*****@gmail.comと書いてあるとき読み方は?
答え:読み方は、*****at gmail dot comです。@はatと読みます。

ではアットマークそのもののことを英語ではどう読むのでしょう。
答え:@をアットマークと読むのは日本流で、英米ではat signとかat symbolというようです。

以上とか以下を示すこんなマーク(≤や≥といいます。はどう読むでしょうか。
答え:
≤これはThe “less than or equal to” signといいます。
≥これはThe “greater than or equal to” signです。
関連した記号の読み方は以下のとおりです。
=は equalsとよみます。equals signです。
≠はnot equal to
>はgreater than
<はless than
とよみます。他にもいろいろ記号があります。それらの読み方をまとめた「英語 @ めもらんだむ」というサイトも是非参考にしてください。上にあげた記号の別の読み方もわかります。また記号の読み方だけでなく、日付の読み方とかいろんなことを学べるサイトです。
https://memotec.net/etc/mark.html
英語の勉強に小学校の算数の教科書を読んで英語で問題を解くことが薦められていました。(たとえば国立国会図書館の個人送信資料でよめる本:松本享著 英語で考える本など)
そんな勉強に最適のサイトがありました。Math is Funというサイトです。
https://www.mathsisfun.com/

これは面白いサイトですよ。以上とか以下についてはこちらに説明があります。
https://www.mathsisfun.com/equal-less-greater.html
算数だけでなく数学や物理の記事もあります。またいろんな数学関係ツール集もあって役立ちます。

https://www.mathsisfun.com/math-tools.html
このサイトの英語はやさしいので、英作文の練習に使えます。どうするかというと、一つの古くからあるやり方を紹介しておきます。これは明治時代の先人が英語を学ぶのに使った方法だそうです。まずこのサイトのすきなところを読んでそれを日本語に訳しておきます。しばらくしてからその日本語の文章を、原文をみずに自分で英文に直してみてください。自分で書いた英文と、サイトにある原文を比較してどこが間違っていたかを調べると実力がつきます。

テキストエディタは何を使っていますか?

テキストエディタは何を使っていますか?

VSCode (Visual Studio Code)は最近よく使われているマイクロソフト製のエディタです。
https://azure.microsoft.com/ja-jp/products/visual-studio-code/
プログラムを書くのにこのエディタは大変便利です。いろいろ機能拡張が用意されていて、たとえばPython用機能拡張とかR用の機能拡張、そしてMathematicaのWolfram言語用の機能拡張もあります。プログラムを書いた時に全角スペースが入っているところを指摘してくれる機能拡張とか、Pythonプログラムの整形をしてくれる機能拡張とかもあって、とても便利です。書いたプログラムはVSCodeから実行してみることができます。無料ですので是非使ってみてください。使い方は以下の連載などをご覧ください。https://codezine.jp/article/detail/16467

ダーウィンが進化について知らなかったこと‥‥

今日は線虫C. elegansを使って遺伝学を研究しているJonathan Pettitt先生(スコットランドにあるthe University of Aberdeenの遺伝学の教授)の英国Royal Institutionでの講演動画を紹介します。
What Darwin won’t tell you about evolution – with Jonathan Pettittと、いう動画です。ダーウインが進化について触れなかったこと‥‥というようなタイトルです。
集団遺伝学、遺伝的浮動genetic drift、ノンコーディングDNA、スプライシング、トランススプライシングなどダーウィンが知らなかったけれど、進化で重要な概念をとりあげてわかりやすく解説されているようです。私もゆっくり見てみようと思います。
https://youtu.be/7dzoGb-jcW4

How did the complexity of life evolve? Was it via finely-tuned natural selection, or a more messy process altogether?

14 June 2022の講演で以下のような内容です。

0:00 Intro and complexity in the visual system
4:43 Population genetics
5:59 What is genetic drift?
14:46 Where non-coding DNA came from
19:57 Self-splicing introns
22:50 How mechanism that saved eukaryotes
28:00 What C. elegans can teach us about genetics
30:14 How C. elegans translate DNA differently
39:01 Why trans-splicing is important
42:35 Using trans-splicing as a drug target
43:39 Constructive neutral evolution

質疑応答も公開されています。
https://youtu.be/TS3uyVtuZGI

DeepMindのAI学習用教材の紹介です。

AlphaFold2やAlphaGOで有名なDeepMindではいろいろなAI学習用教材を用意しているそうです。たとえばこちらには、
https://github.com/deepmind/educational
深層学習Deep LearningのためのPython、NumPy講座や、教師あり学習入門、教師なし学習入門、タンパク質の立体構造予測原理の入門講座などすべてGoogle Colabで体験しながら学べる教材各種が用意してあります。
Introduction to Python and NumPy for Deep Learning
Introduction to Supervised Learning 1 – Regression
Introduction to Unsupervised Learning
Protein Folding
また大学レベルの講義も公開されていて、
https://www.deepmind.com/learning-resourcesにいろいろ講義が集められています。
一例をあげれば、
https://www.deepmind.com/learning-resources/reinforcement-learning-lecture-series-2021は強化学習入門講義ですが、スライドをダウンロードして講義を聴くことができます。スライドには役に立つ強化学習の教科書のダウンロードリンクも載っています。http://incompleteideas.net/book/RLbook2020trimmed.pdf

Astronomy Photographer of the Year 14で綺麗な天体写真がみられます

今朝、綺麗な宇宙の写真がみられサイトがあることを教えてもらいました。
英国グリニッジ天文台のそばにある、国立海事博物館が毎年開催している宇宙の写真のコンテストの受賞者が9月15日に発表されたそうで、受賞者のきれいな天体写真がネットでもみられます。Astronomy Photographer of the Year 14というコンテストで世界最大の天体写真のコンテスト(14 回目の開催)だそうです。現在この博物館でコンテストの写真の展示会をしているそうで、きれいな照明で照らされた各部門の優勝者の写真がみられるそうです。ネットでは次のリンクからご覧ください。
http://rmg.co.uk/astrophoto
past winnersはこちら。
https://www.rmg.co.uk/whats-on/astronomy-photographer-year/galleries/past-winners
また
https://youtu.be/cyz1tEDhySIには受賞者のメッセージビデオがでています。

最初にエリザベス女王の話がでてくるので、一番最初の部分に、この動画は女王のご逝去前にとられたものですという断り書きがつけてありました。月面を横切る宇宙ステーションの写真はどんな人がとったのかとか、よくわかります。アンドロメダの写真で受賞した中国のお子さん、賢そうです。

Breakthrough Prizesに相分離生物学やAlphaFols 2そして量子情報理論の開拓者が選ばれました!

Breakthrough Prizesの発表がありました。

この賞は2012 にロシア生まれの富豪 Yuri Milnerさんが創設して、現在はMeta (旧称 Facebook)を作った、Mark Zuckerbergその他のインターネットの富豪の夫妻が加わって賞を授与しているものだそうです。Yuri Milnerさんの最近の本はこちらからダウンロードできます。https://breakthroughprize.org/Manifesto

今年の受賞者ですが、生物学分野ではまず、
Clifford P. Brangwynneさん( Princeton University, Howard Hughes Medical Institute  and the Marine Biological Laboratory)とAnthony A. Hymanさん(Max Planck Institute of Molecular Cell Biology and Genetics)の相分離生物学の開拓者の二人が選ばれました。膜につつまれていない細胞内小器官を発見し、相分離生物学を開拓した業績です。これは以前のブログの以下の記事をご覧ください。線虫C. elegansのP顆粒という生殖細胞形成の指令役の細胞内小器官が実は膜でつつまれていないものであることを発見した二人です。そしてこの細胞内小器官が液相内での相分離で形成されることを明らかにし、液相内での相分離が、実は核内の転写因子複合体や核小体、アミロイド体、カハール体その他さまざまな小器官形成でも働いているということを明らかにする契機となった、まさにブレイクスルーの発見でした。
https://glycostationx.org/2022/05/09/%e7%9b%b8%e5%88%86%e9%9b%a2%e7%94%9f%e7%89%a9%e5%ad%a6%e3%81%ae%e8%a7%a3%e8%aa%ac%e3%83%93%e3%83%87%e3%82%aa%e3%82%92%e7%b4%b9%e4%bb%8b%e3%81%97%e3%81%be%e3%81%99/

For discovering a fundamental mechanism of cellular organization mediated by phase separation of proteins and RNA into membraneless liquid droplets.
またこのブログでもよく紹介しているAlphaFold 2の開発者2人も受賞しました。

Demis Hassabis(DeepMind)さんとJohn Jumper(DeepMind)のお二人です。
二人はタンパク質の立体構造を予測する人工知能を利用したAlphaFold2を開発、公開してアミノ酸配列がわかれば立体構造が正確に短時間で予測できるようにすることに成功しました。これは構造生物学に革命的進展をもたらしました。
For developing a deep learning AI method that rapidly and accurately predicts the three-dimensional structure of proteins from their amino acid sequence.

日本人の柳沢 正史さん(筑波大学)とEmmanuel Mignotさん(Stanford University School of Medicine)は、睡眠に関する病気であるナルコレプシー(過眠症)の原因である脳細胞とその細胞の産生する物質orexin.の発見に対してやはりBreakthrough Prizeを受賞されています。
For discovering that narcolepsy is caused by the loss of a small population of brain cells that make a wake-promoting substance, paving the way for the development of new treatments for sleep disorders.
柳沢先生については以下の先生のweb siteをご覧ください。
https://wpi-iiis.tsukuba.ac.jp/japanese/research/member/detail/masashiyanagisawa/

2023 Breakthrough Prize in Fundamental Physics (基礎物理学)では以下の四名の方が授賞されています。量子コンピュータの開拓者、量子コンピュータのアルゴリズムの開拓者の方々のようです。

Charles H. Bennettさん(IBM Thomas J. Watson Research Center)
Gilles Brassardさん(Universite de Montreal)
David Deutschさん(Oxford University)
Peter W. Shorさん(MIT)
For foundational work in the field of quantum information.

Deutschさんは量子計算の開拓者で日本語に翻訳された本もいくつかあります。「世界の究極理論は存在するか」(朝日新聞社)は有名です。

2023 Breakthrough Prize in Mathematics 数学では

Daniel A. Spielmanさん(Yale University)が受賞されています。
For breakthrough contributions to theoretical computer science and mathematics, including to spectral graph theory, the Kadison-Singer problem, numerical linear algebra, optimization, and coding theory.