The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

Glycobioinformaticsの動画を紹介します―NIH videocastです

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昨日は糖鎖生物学へのバイオインフォマティクスの応用Glycobioinformaticsについて書かれた、創価大学の細田 正恵 先生と木下 聖子 先生が書かれた日本語の総説を紹介しました。日本の研究については先生がたの総説を手掛かりに、GlyCosmos Portal　https://glycosmos.org/ などからいろいろたどっていくことができますので、後日紹介します。

今日はこの季節、例年恒例行事となっている、NIH videocastのGlycobiology関係のシンポジュウムの紹介です。今年の4月26日から２日にわたって行われた講演会で、NCBI, EMBL-EBI, UniProt, PDB, CAZy, Gene Ontology などのデータベースを使っているが、糖鎖生物学が専門でない人向けに行われたGlycobioinformaticsについてのおすすめの講演会です。是非ご覧ください。どちらのビデオも+Moreと書かれている部分をクリックするとダウンロードリンクが出てきますのでダウンロード可能です。超高画質でダウンロードできますので、ダウンロードしてゆっくりご覧になるのをお勧めします。Caption textもダウンロードできますので、字幕付きでダウンロードした動画をみることもできます。
Glyco-Informatics at the Interface of Disease and Data – Day 1
https://videocast.nih.gov/watch=45185

詳しいプログラムこちらにあります。
https://mregs.nih.gov/nigms/a5lb-d131
Glyco-Informatics at the Interface of Disease and Data (Day 2)
https://videocast.nih.gov/watch=45187

「糖鎖関連インフォマティクスへの入り口」という総説がでています。おすすめです！

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糖鎖生物学の有用なリンクを紹介します。「糖鎖関連インフォマティクスへの入り口」という題の総説が、JSBi Bioinformatics Reviewというオープンアクセスの総説誌にでていて誰でも読めます。糖鎖配列をデータベースで扱う時の表記法なども詳しく解説されていますので、糖鎖に関心のある方には必須の知識が学べる良い総説です。是非読んでみてください。https://www.jstage.jst.go.jp/article/jsbibr/2/1/2_jsbibr.2021.10/_html/-char/ja
この総説誌は 特定非営利活動法人 日本バイオインフォマティクス学会 https://www.jsbi.org/が発行しているもので、糖鎖に限らずバイオインフォマティクス一般の興味深い総説が掲載されているのでおすすめです。

新型コロナウイルスSARS-CoV-2の最新の動画です

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今日は新型コロナウイルスの動画を紹介します。
https://videocast.nih.gov/Summary.asp?file=32427

NIH Videocastの動画でYouTube版はまだ公開されていません。ウイルス研究で有名な河岡　義裕 先生(東大特任教授でウイスコンシン大学Madison校教授）が新型コロナウイルスの動物モデルについて講演された動画です。ccボタンを押すと字幕が表示されますし、字幕をダウンロードできますので、是非ご覧ください。

講演はどんな実験動物に感染するのかという話からはじまります。マーモセットやマウスは武漢株に感染せず、なんとハムスターとネコに感染することがわかったのだそうです。ネコはヒトから感染しますし、他の同居ネコにも感染させます。ネコは感染しても全く無症状だそうです。ハムスターは肺の症状が人間とそっくりだそうで役立つ動物モデルだそうです。講演内容の要旨は以下のとおりです。
Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2 (SARS-CoV-2), which is responsible for COVID-19, continues to spread around the world and has caused millions of deaths to date. In an effort to develop therapeutics and preventive measures, we are performing numerous research projects with this virus and its variants. In this presentation, I will discuss our findings regarding animal models and their value as tools for evaluating countermeasures against SARS-CoV-2.
以下のリンクにある新型コロナウイルスについての講演シリーズの最新版で、5月26日現地時間の講演の動画です。https://www.niaid.nih.gov/research/covid-19-sig-lecture-series
私が別の仕事で共同研究している先生はハムスターを使って新型コロナウイルスの研究をされていますが、これがとても良い実験動物だということが納得できました。

宮澤賢治の有機交流電燈とは？

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宮澤賢治の詩集「春と修羅」（大正13年1924年１月20日発行）には印象深い詩がいろいろのっています。最初のページ（序）はこんな風にはじまります。https://dl.ndl.go.jp/info:ndljp/pid/979415/3

わたくしといふ現象は
假定された有機交流電燈の
ひとつの青い照明です
（あらゆる透明な幽霊の複合体）
風景やみんなといっしょに
せはしくせはしく明滅しながら
いかにもたしかにともりつづける
因果交流電燈の
ひとつの青い照明です
（ひかりはたもち、その電燈は失はれ）

これらは二十二箇月の
過去とかんずる方角から
紙と鑛質インクをつらね
（すべてわたくしと明滅し
　みんなが同時に感ずるもの）
ここまでたもちつゞけられた
かげとひかりのひとくさりづつ
そのとほりの心象スケッチです

https://web.archive.org/web/20160325205750/http://why.kenji.ne.jp/haruto_f.html

だいぶ前になりますが、論文を読んでいる時、哺乳類のほとんどすべての遺伝子の発現はサーカディアンリズムによる日周変動をしているという論文をみつけました。そしてその発現変動を電気の交流回路になぞらえて説明しているのを読んで、賢治のこの詩を思い出して驚いたのを覚えています。その論文(下のリンクの一番下の論文）のとおりだとしたら、私達はたしかに有機交流電燈で、遺伝子の発現は交流を記述する理論のような遺伝子回路に従って、増えたり減ったり、つまり明るくなったり暗くなったりしているのです。私達の体は様々な遺伝子が細胞内でせわしく明滅している有機交電燈の集積なのかもしれません。賢治の詩人と科学者としての洞察あるいは直観の鋭さに驚かされます。下の詩も私の好きな詩です。ここより画像を引用しております。
関連する遺伝子発現変動の論文のリンクを三つあげておきます。
https://europepmc.org/article/pmc/5836834
https://www.tandfonline.com/doi/pdf/10.3109/07853890.2010.538078?needAccess=true
https://journals.plos.org/ploscompbiol/article?id=10.1371/journal.pcbi.0030120

原子論と般若心経　（１）

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手元にあるファインマン物理学の日本語版第1巻(岩波書店）にノーベル賞物理学者のファインマンさんの以下の言葉が書かれています。
「もしもいま何か大異変が起こって，科学的知識が全部なくなってしまい，たった一つの文章だけしか次の時代の生物に伝えられないということになったとしたら，最小の語数で最大の情報を与えるのはどんなことだろうか．私の考えでは，それは原子仮説（原子事実，その他，好きな名前でよんでよい）だろうと思う ． すなわち，すべてのものはアトム一一永久に動きまわっている小さな粒で，近い距離では互いに引きあうが，あまり近付くと互いに反揺するーーからできている，というのである．これに少レ洞察と思考とを加えるならば，この文の中に，我々の自然界に関して実に露大な情報量が含まれていることがわかる」
原文はこんな感じです。(ファインマン物理学オンライン版https://www.feynmanlectures.caltech.edu/より）
1–2　Matter is made of atoms
If, in some cataclysm, all of scientific knowledge were to be destroyed, and only one sentence passed on to the next generations of creatures, what statement would contain the most information in the fewest words? I believe it is the atomic hypothesis (or the atomic fact, or whatever you wish to call it) that all things are made of atoms—little particles that move around in perpetual motion, attracting each other when they are a little distance apart, but repelling upon being squeezed into one another. In that one sentence, you will see, there is an enormous amount of information about the world, if just a little imagination and thinking are applied.
（https://www.feynmanlectures.caltech.edu/I_01.html#Ch1-S1）．

原子論といえばルクレチウスやデモクリトスを思い起こしますが、古代インドの古い文献にも原子論のことが書かれているそうです。 以下の日本語の論文をみつけました。
「インドの自然観　ヴァイシェーシカ学派の自然観－インド多元実在論哲学の自然観」
というタイトルの、野沢正信という先生の論文です。今西順吉編著『インド的自然観の研究』（国際仏教学大学大学院、1999年）所収の論文をほぼ採録したものである。とのことです。https://user.numazu-ct.ac.jp/~nozawa/c/contents.htm
古代のインドでも原子論がとなえられていたというのは確かのようです。ヴァイシェーシカ・スートラとよばれる文献がこの学派の基本経典だそうですが、原子論の成立年代については紀元前6世紀から紀元2世紀までの説があって決着はついていないようです。ブッダより古いヒンズー経の経典であるともいわれているそうです。もしそうなら、古代インドとギリシャとは交流があったと思われますので、ギリシャの原子論はインドの原子論に影響されたものかもしれません。また逆にギリシャの原子論がインドの原子論に影響を与えたのかもしれません。（WikipediaのVaisheshikaの項目の英語版https://en.wikipedia.org/wiki/Vaisheshika　には、この経典の英語版などへのリンクがありますので興味がある方はご覧ください。）
ヴァイシェーシカ学派の原子論では、地・水・火・風が、自然界の全物質を構成し、その究極の姿は原子であると考えていたそうです。またエーテルに相当するもの　(虚空）も実体の構成要素と考えていたそうで、ギリシャ哲学のエーテルから逆にインド哲学の虚空の意味がわかるかもしれません。つまり般若心経の「空」というのは、ギリシャ哲学のエーテルそのものではないかということです。そう考えると、なにやらわけのわからない「空」について書かれている、般若心経のすべての文言がすとんとわかった気になってしまいます。これは私の考えではなくて、昔読んだ本の受け売りです。「化学者槌田龍太郎の意見」（化学同人　発行）の「般若心経」という章に書かれている大阪大学教授をつとめておられた槌田龍太郎先生のお考えです。先生の原子論と般若心経についての論説はとても説得力があると感じています。（この項続く）

ムービー・動画の形式変換、音声抽出、DVDからの動画・音声抽出などができるおすすめソフトを紹介します

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今日は簡単な記事です。講演会のビデオファイルをiPadに移動してiPadで通勤途中によく観ていました。こういう場合は、ビデオのファイル形式を変更する必要がでてきますし、ビデオのサイズも減らすほうがいい場合も多いです。動画の型式変換をGoogleなどで検索すると、有料ソフトの紹介がトップにでてくることが多くて辟易します。次に紹介するフリーソフトは結構有名なソフトで、世界中で使われているようです。XmediaRecordという名前のWindowsで動くソフトです。mp4、wmv、mov、avi、vobなどなどを相互に変換できます。
https://www.xmedia-recode.de/en/index.php
のdownloadタブからダウンロードして使ってください。プロテクトのかかっていないDVDをmp4やmp3、vobやwavファイルにも変換できます。
実験で撮影したムービーの型式変更などにも必須のソフトです。メニューの日本語化もできます。オプションメニューの設定から言語を選んで、日本語を選ぶだけです。

twitterのどうしようもない仕様の回避法（5/30追記あり）

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以前、iPhoneのブラウザをBraveにかえてtwitterをみると、とても快適だと言う記事を書きました。TwitterはJavaScriptを頻繁に変更して、twitterアプリを導入させようと変質狂的に改悪を続けているようにみうけられます。今まで快適にログインなしでみられていたブラウザが突然twitter社からのメッセージが必ずはさまれるようになってスムーズに見られなくなるという経験を何度もしています。今やiPhoneでの閲覧は快適とはいえず閲覧が不快になってきました。（私のiPhoneは古いiOSで、私のiPadとちがって最新のiOSではありません。最新版のiOS搭載のiPhoneで同じように不快かどうかは不明です）そこで対抗策を探したので報告します。

PC版のFirefoxやBrave、そして最新版のiPadでは、まだなんとかみられるようですのでまずその方法を報告します。これも現時点での対策なので、そのうちにだめになるかもしれません。古いiPhoneでの閲覧対策は最後にまとめておきます。

PCのFirefoxでのtwitterの見方を書きます。
アドレスを入力してtwitterを閲覧しはじめると以下の画面になります。例として九州大学の公式twitterアカウントをみてみましょう。

下の方へスクロールしていって、「おすすめトピック」をすぎると、
以下の画面がでてこれを消すことができません。
再読み込みをしてもまた同じことでどうしようもないのですが、実はこの画面の 「登録する」をクリックすると画面が替わって閉じるボタンｘが左上に表示された画面になるので閉じれば、下の方を続いて閲覧できます。
PC版のBraveの場合は、おすすめトピックをすぎると下の画面になり、
閉じるボタンがはじめからあるので(iPad版Braveにはないので、Firefoxと同じ対処が必要。iPad版のSafariでは閉じるボタンがありました）この画面を閉じれば閲覧を継続できます。

さて問題の古いiPhoneですが、まず新しいuserをみようとすると、必ず毎回毎回、「Twitterアプリをおすすめします」というメッセージがでて、「今はしない」を押さなくてはならないように仕様が変更されてしまいました。そして「おすすめトピック」をすぎると、必ず「‥‥さんのツイートをさらに表示」というアプリの使用を促す画面がでて、閉じるとまたトップ画面にもどってしまいます。今度は「おすすめトピック」以降のツイートもみられますが‥‥。毎回二度手間が必要になったので閲覧がストレスフルになりました。その対策ですが‥‥。

(5/30追記:古いiPhoneのBraveブラウザで以前の記事のようにキャッシュその他を削除すると、最初の毎回毎回でていた表示はでなくなりました。Brave shieldsの全体のデフォルト設定の中で、閲覧履歴とキャッシュを消去するとうまくいくようです。「おすすめトピック」を過ぎるところのいやがらせはまだ続いているので、一度手間になりました。）

根本的な対策はtwitter.comではなくて、nitterを使うことです。
nitterはtwitterのフロントエンドで、JavaScriptを使わないので、twitterが収集している個人情報（IPアドレスとかブラウザのフィンガープリンティングとか）をtwitterに渡すことなく閲覧が可能です。詳しくはこちらをみてください。
https://gigazine.net/news/20200309-nitter/
https://github.com/zedeus/nitter
この後者のほうのサイトに掲載されているインスタンスを使えば、twitterを閲覧することができます。上のtwitterの煩わしい仕様はすべて消え去ります。nitterの公式サイト、nitter.netを使うのでよいと思います。つながりにくい時は、このサイトにあるinstancesのどれかを使ってみてください。https://github.com/zedeus/nitter/wiki/Instances#official

閲覧方法は以下のとおりです。
https://twitter.com/KyushuUniv_JPをnitterで見たいときは、twitter.comの部分を上のリストのインスタンスの一つに変えるだけでよいのです。たとえばnitter.netに変えるだけです。
https://nitter.net/KyushuUniv_JP
nitterはダークモードでサイトを表示するので背景が黒いのがいやなら、
https://nitter.net/KyushuUniv_JP?theme=Twitterのようにurlの後に?theme=Twitterを付ければOKです。ブックマークに?theme=Twitterを付けたものを登録しておけばもとのtwitterと同じようにあかるい背景で閲覧できます。（5/30追記：ブラウザでクッキーを受け入れる設定にしておけば、nitterの画面のトップのNが表示されている行の右端の歯車マークをクリックして設定画面をひらいて、DisplayのThemeをプルダウンからTwitterに変えて、一番下にあるSave Preferencesを押しておけば、れば以降はダークモードでなくなります。）

iPadのスクリーンショットをpdfにする方法

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iPad で表示した画面のスクリーンショット（スライドやムービー、電子書籍など）の画像を、まとめてpdfにして活用すると便利です。やり方はごく簡単です。

iPadで撮影した画面のスクリーンショットは、写真フォルダにpngファイル形式で保存されています。このpng形式の写真をまとめてPCへ転送し、PCで一括でpdfにします。

まずiPadをUSBケーブルでPCにつなぎます。つないでしばらくするとこのコンピュータを信頼しますかというメッセージがiPad側にでるので信頼するを押します。するとPCのマイコンピュータにipadが表示されるはずです。そのアイコンをクリックしてフォルダを開くと、中に写真フォルダの画像が表示されると思います。必要な写真を全部選択して、PC上の適当なフォルダへコピーします。これでpngファイルが全部一箇所に集められました。pdf にしたい画像を複数選択して、右クリックで印刷を選びます。プリンタが表示されますのでpdfプリンタを選びます。pdfプリンタはpdfを読むソフトAcrobat ReaderとかFoxit readerとかをインストールしてあれば存在しますので、それを利用するわけです。プリンタの設定をしっかり読んで、ページサイズや画像がページいっぱいにfitするように設定して画像解像度も選んで印刷すれば終わりです。pdfファイルが出来上がっています。

前のiPadの記事で紹介していた方法では、iPad内部でpdfをこしらえていました。PCで、完成したpdfを使いたいときには、iPadからPCへのpdfの移動が必要になります。iTuneでできるかもしれませんが、私はiTuneを使っていないので今回紹介した方法が便利です。

ゲノム解析のおすすめの入門書を紹介します。

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先日　東京女子医科大学の三谷昌平先生の講演をオンデマンド配信で拝見しました。三谷先生の書かれた総説 (Comprehensive functional genomics using Caenorhabditis elegans as a model organism.  Proceedings of the Japan Academy. Series B, Physical and biological sciences  93 (8) ：561-577 , 2017.10   DOI:10.2183/pjab.93.036) の流れに従ったお話で、大変勉強になりました。御講演の最初のほうで紹介されたゲノムについての、初心者にわかりやすい入門書というのは読んだことがなかったので、早速古書で入手しました。

オンリーワン・ゲノム―今こそ『遺伝と多様性』を知ろう 単行本（ソフトカバー） –
鎌谷 直之 (著), 早未 恵理 (イラスト)という本です。

大変わかりやすく書かれている本です。これくらいは今の時代、常識になっていないとパンデミックを煽るニセ情報の波にのみこまれかねません。ゲノムについて知りたい一般の方に特にお勧めできる本だと思います。この本をネットで検索しているときに次の本が出ているのを知りました。
ゼロから実践する 遺伝統計学セミナー?疾患とゲノムを結びつける 
岡田 随象 (著) 羊土社という本です。この本、Linuxを使うのにCygwinを使っていてちょっと古いのかなと思いましたが、著者が開催されていた、2021年の大阪大学での講習会資料を参考にすれば、最新の本によみがえります。著者の岡田先生は、東京大学大学院医学系研究科遺伝情報学教室に移行されたようですが、以下のサイトに大阪大学で開催された「遺伝統計学夏の学校@大阪大学」の講義資料があります。上の本もこの夏の学校から生まれた本だそうです。本を購入して読みながら、2021年の講義資料を勉強しましょう。それが一番だと思います。http://www.sg.med.osaka-u.ac.jp/school_2021.html
この本は、ゲノム解析に必要な事柄を、いうならば、「ゲノム解析ミニマム」のように網羅して展望しており、GWASとかも詳しく解説されているので初心者に一番のおすすめです。いろんな本をあちこち読んでみるより、これ一冊を基本として読んであとは自分で勉強していくとよいと思いました。

岡田先生の2021年の講習会のスライドでは、Linuxの入門には、今後はWindows10以降使えるようになったWSL2を利用する方向に移行すると書かれています。WSL2については以下のマイクロソフトのページをご覧ください。windows11ではコマンドラインから一発でwsl2とubuntuをインストールできるそうです。wsl –install

https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/install
https://docs.microsoft.com/ja-jp/windows/wsl/tutorials/gui-apps

いつも思うのですが、統計学を生命科学の実験に使うのであればRをRStudioで使い、EZRから統計解析をすればことたります。あとは実験計画法とかも学んでおけばよいと思います。Rはゲノム解析やバイオインフォマティクスに利用されるので次はそういうRの使い方を学んでいけばよいでしょう。忙しい生命科学研究者ですから、統計学を数学的基礎から学ぶのは時間の無駄です。必要なら専門の統計学の先生に質問しましょう。Pythonだって、機械学習だって、生命科学に使える部分をまず学んでいくのがお勧めです。というより、それ以上学ぶのは若い人にはかえって有害な学習だと思います。特に若い人には、時間が大切なので、そういうことは止めるようにと強調したいと思います。(生命科学以外の方は自分の興味のある分野に使える内容をまず学ぶというふうに読み替えてください。）

internet archiveで本を借りる方法

投稿日: 投稿者: root

internet archiveで本を借りる方法を簡単に紹介します。
internet archiveは学術研究教育、研究用途の用途でのコレクションの利用が許されているサイトですのでそれ以外の用途の利用は禁止されています。また、コレクションの内容には不快感を与えるものも含まれていますから、各利用者の属する国の法律（著作権や刑法その他法律など）にのっとった利用が必要なことには留意してください。こちらに詳しく書かれています。https://archive.org/about/terms.php

貸し出しの方法は以下のとおりです。
まずアカウントを作ります。無料です。アカウントを作れば資料のアップロードや図書の借用が可能になります。
https://archive.org/account/signup
アカウントですが、Google accountを使うのも可能です。それがいやなら、emailアドレスを入力、screen nameを好きな名前に決めて、さらにログイン用のパスワードを設定すると、アカウントが作成されます。登録完了メールが登録したアドレス宛てにとどいたらOKです。

あとは本を検索して、Book to Borrowとなっていたら先ほど作ったアカウントでログインして借りることができます。Log in and Borrowボタンを押して、あとはBorrow for 1hrとかいう短時間貸出モードで貸出すれば自由にブラウザ上で読むことができます。1時間貸出はすべての貸し出し可能な本で使えるブラウザで本を読むモードです。他に誰も同じ本を借りなければ自動更新で貸出期間は延長さます。貸出用の本が2冊以上登録されている場合には、14日間の貸し出しモードも表示されていますので、14日間貸出してもらうこともできます。この場合はブラウザで14日間自由に読めるのはもちろんですが、Adobe Digital Editionsの暗号化ファイルをダウンロードしてパソコン上で読むこともできます（煩わしい著作権管理システムをインストールする必要があるので私は途中でインストールをするのがいやになってインストールを止めました）。詳しくは以下のリンクをご覧ください。
https://help.archive.org/help/borrowing-from-the-lending-library/