秋が深まってきたようで、近所では稲刈りの真っ最中です。今日からこのブログのスタイルをちょっと変更して、短い記事をこまめに投稿していこうと思います。長い記事は書くのに時間がかかるので、こちらは今までと同じ頻度になると思います。
いつも紹介しているNIHのvideo castのサイトに今月（2021年）9月16日と9月17日にわたって開催されたGlycobiology of Cancerという講演会の動画リンクがアップロードされています。初日の16日の分がこちら、2日目の17日の分がこちらにありますので画面左下の＋Moreの部分をクリックして開く画面で、Downloadのボタンをクリックしてダウンロードしてご覧ください。画質はビットレートで、1240k、1440k、1840kの三種類が選べます。ダウンロードした動画は、f4vファイルという形式で作成されており、1840kの場合は2ギガちょっとのサイズですのでダウンロード先の空き容量を確かめてからダウンロードしてください。f4vファイルはMPC-HCなどの無料版動画プレーヤーで再生できます。英語がちょっとと思われる方は同じDownload画面に、スクリプトのダウンロードリンクもありますので、まずは英語の講演のスクリプトをダウンロードして、それを眺めながら自分の興味のある講演だけをみるとよいと思います。
下には講演の演目を並べておきます。
一日目（September 16, 2021）1:00-5:00p.m., EDT
Session I: Cancer Progression & Metastasis（Chair, Dr. Karl Krueger, Program Director, NCI）
1:00p.m., Dr. Gerard C. Blobe, Duke University Medical School
Loss of ALK4 Function Promotes Cancer Progression Through Reprogramming of Receptor Glycosylation
1:30p.m., Dr. Kevin Yarema, Johns Hopkins Medical School
Metabolic Glycoengineering Labeling of Sialic Acid for Early Cancer Detection
2:00p.m., Dr. Prakash Radhakrishnan, University of Nebraska Medical Center
Cancer-associated Short O-glycans in Pancreatic Cancer Malignancy
2:30p.m., Dr. Charles Dimitroff, Florida International University
The Role of Hypoxia Driving Melanoma Glycobiology Signature
Session II: Diagnostics & Therapeutics（Chair, Dr. Neeraja Sathyamoorthy, Program Director, NCI）
3:15p.m., Dr. Joseph Contessa, Yale University Medical School
Developing an Inhibitor of N-glycosylation for Cancer Therapy
3:45p.m., Dr. Steven Banik, Stanford University
Targeted Protein Degradation from the Extracellular Space
4:00p.m., Dr. Mia L. Huang, Scripps Department of Molecular Medicine
Tools to Discover and Surveil Glycoconjugate Targets in Cancer Biology
4:15p.m., Dr. Dannielle Engle, Salk Institute for Biological Studies
Interception of the Aberrant Glycan CA19-9 in Pancreatic Disease
4:30p.m., Dr. Edgar Engleman, Stanford University School of Medicine
Targeting Dectin-2 for Tumor Immunotherapy
5:00p.m., Adjourn
二日目（September 17, 2021）1:00-5:15p.m., EDT
Session III. Cell Signaling （Chair, Dr. Neeraja Sathyamoorthy, Program Director, NCI）
1:00p.m., Dr. Mauricio Reginato, Drexel University
O-GlcNAcylation: Linking Signaling and Metabolism in Cancer
1:30p.m., Dr. Virginia Shapiro, Mayo Rochester
ST8Sia6 Promotes Tumor Growth in Mice by Inhibiting Immune Responses
2:00p.m, Dr. Anita Hjelmeland, University of Alabama Birmingham
A Protumorigenic Role for ST6Gal1-Mediated Sialylation in Brain Tumor Initiating Cells
2:30p.m., Dr. Thomas Clausen, University of California San Diego
Binding of Malarial VAR2CSA to Oncofetal Chondroitin Sulfate Depends on Sulfation and Ligand Accessibility
Session IV. Glycoproteomics & Informatics （Chair, Dr. Karl Krueger, Program Director, NCI）
3:15p.m., Dr. Richard Drake, Medical University of South Carolina
Integrated Workflows for Carbohydrate Antigen Immunohistochemistry, N-glycan Imaging Mass Spectrometry and Targeted Glycoproteomics on the Same Tumor Tissue Slide
3:45p.m., Dr. Stacy Malaker, Yale University
Revealing the Cancer-Associated Mucinome
4:00p.m., Dr. Hui Zhang, Johns Hopkins School of Medicine
Characterization of Human Cancers by Glycoproteomics
4:30p.m., Dr. Raja Mazumder, George Washington University
Exploring Cancer Mutations and its Effect on Glycosylation Sites Using GlyGen Supersearch
4:45p.m., Dr. Lingjun Li, University of Wisconsin
Development and Application of Chemical Tags for Quantitative Glycomics and Glycoproteomics
5:15p.m., Adjourn
今日も長くなりましたが、面白そうな講演なので是非聴いてみてください。
ヒマワリもアサガオもそろそろ花の数が減ってきて秋を感じさせる毎日です。さて今日はMathematicaの紹介です。MathematicaはStephen Wolframという人が開発した有料ソフトで数値計算と数式処理ができますし、最近では画像や音声、信号処理、機械学習、統計解析、バイオインフォマティクスなど広範囲で利用されています。Pythonなどのプログラミング言語に比べてプログラムが格段に簡単で、自然言語での入力も可能になるなど科学の研究、学習には必須といってよいソフトでしょう。先日、微分方程式の解き方の講演があったのでオンライン参加してみました。講師の丸山 耕司先生は理論物理（御専門は量子情報、量子制御理論など）出身の方で、Wolfram社のブログなどの他、雑誌「数理科学」に寄稿されたり、「動かして学ぶ量子コンピュータプログラミング」（O’Reilly Japan）という本の監修、そして量子力学の定番教科書サクライの現代の量子力学 第2版（最近原書の第3版がでています）の問題解説（演習 現代の量子力学 第2版 J.J.サクライの問題解説）（吉岡書店）の著者の方でした。微分方程式の解き方の基本のキから学べる講義でしたので、以下のリンクから無料登録して講演をご覧になるのをお勧めします(
生物学の革命を今まのあたりにしているのだと思います。タンパク質の立体構造を予測するプログラムのコンテストで驚異の成績で優勝したソフトです。コンテストは、構造解析の実験で立体構造がわかっているがまだ立体構造が未公開のタンパク質のアミノ酸配列を問題として与えて、参加したグループが立体構造の予測を競うというものです。ここのところあまり良い結果がでていなかったそうです。そこに突如参加したAlphaFoldというGoogleのグループが初回でトップの成績をあげ、二回目の去年の大会では、改良版AlphaFold２がほとんどの問題で実験結果とぴったりの予測に成功して世間を震撼させたのでした。このソフトとアルゴリズム、AIの学習データセットの公開が待たれていたのですが、ついに公開されて全世界でAlphaFoldがブームになっているようです。7月16日早朝、雑誌Natureに論文が公開されて
