「#名画で学ぶ主婦業」という本が面白いです。

#名画で学ぶ主婦業という本を読みました。twitterで名画についての主婦目線の大喜利のtweetを集めた本です。名画の解説のそばに、主婦目線の大喜利ツイートが並んでいて、思わず時間を忘れて読みふけってしまいました。暑い夏の日はクーラーにはいってこの本を読むのも楽しいです。

今ではこのシリーズは3冊出版されていますす。宝島社から著者:田中久美子 監修ででています。タイトルは最初に♯がついたタイトルですのでこのままネット検索してみてください。

#名画で学ぶ主婦業
#名画で学ぶ主婦業 主婦は再びつぶやく
#名画で学ぶ主婦業 傑作選プラス

どんな内容かというのは、以下のtwitterのまとめなどでご覧になるとよいと思います。
https://togetter.com/li/1224086
nitterのリンクも紹介しておきます。
https://nitter.net/meiga_gensen

 

最初の二冊の紹介はこちらのYouTubeビデオがわかりやすいです。
https://youtu.be/tdIUZXCERbk

核兵器と核抑止論についての参考書

台風は九州の西の海上を北上していきました。風と雨は結構強かったです。海のにおいが庭でしました。台風が通過すると海水をまきあげるので庭に塩水が降り注いで塩害が庭木にでると聞いたことがあります。庭に散水してうすめるのがよいそうです。

さて広島と長崎の原爆記念日も終わりましたので、今日は核兵器についての本を数冊紹介したいと思います。
まずそのものずばりのタイトルの本、「核兵器」(多田将 著、明幸堂)を紹介します。
https://www.hanmoto.com/bd/isbn/9784991034824

著者は高エネルギー加速器研究機構でニュートリノなどを加速器で研究している物理学者です。
「すごい実験 ―高校生にもわかる素粒子物理の最前線」 や 「すごい宇宙講義」という啓蒙書の名著の著者でもあります。(これらはどちらもKindle unlimitedで読めます)この二冊は、生命科学系の学生でもちゃんと理解できるように書かれていて、啓蒙書のお手本のような素晴らしい本ですので読むのをお勧めします。

今回紹介する「核兵器」という本は、帯によると「極小の世界が生み出す、極大の破壊力。人類史上最強の兵器を純粋に物理学の側面から解明する。」という本です。原子炉の原理から原水爆の原理と製造法など、さまざまなsimulation計算結果のグラフや表を含めながら わかりやすく解説してある本です。核兵器についての本格的入門書としておすすめします。

広島、長崎の原爆記念日の市長の演説で、核抑止論の話がでたそうです。核抑止論について基礎から理解するための本としては以下の二冊をおすすめします。どちらも国立国会図書館の送信サービスで無料で読むことができます。著者の豊田利幸先生は立教大学や名古屋大学、明治学院大学などで教えておられた素粒子物理学、原子核物理学の専門家です。核兵器廃絶のために尽力されていた先生で、かつ物理学の発展の歴史についても深く研究されていた先生です。世界の名著21のガリレオの巻(これも国立国会図書館の送信サービスで無料でよめます)には、豊田先生の解説「ガリレオの生涯と科学的業績」が新書一冊分をこえる分量で記載されています。https://dl.ndl.go.jp/pid/2934598

話がそれましたが、核抑止論についての先生の二冊の本についてです。どちらも国立国会図書館の個人送信資料で読むことができます。新・核戦略批判のほうから読まれるとよいと思います。どちらも岩波新書で、湯川秀樹先生の序文がついています。

核戦略批判 https://dl.ndl.go.jp/pid/9544597
新・核戦略批判 https://dl.ndl.go.jp/pid/11894416

GLPだのGMP、APIなどという略語や、Due Diligence(DD)などという意味不明の言葉満載の生物医学系の文書の解読の手引き

医学生物学の創薬のサイトなどをみていると、トランスレーショナルリサーチとか、トランスレーショナルサイエンスなどというカタカナ語が頻出して、なんのことやらよくわからなくなりませんか?あるいは意味不明の英語の略語が頻出してネット検索しなくてはならないのはうっとうしいですね。例えば、GLPだのGMP、あるいはAPIとかの略語や、Due Diligence(DD)などという言葉がでてくると、私などは????状態です。GMPはグアノシン1リン酸( グアノシン一リン酸)ではなく、APIはアプリケーション・プログラミング・インターフェイスではありません。

英語は漢字のように一文字に豊富な表現力がないので、単語の先頭の文字をならべる方式では、いろいろな全く異なるものが、全く同じ略語になるわけです。これファベットを使う言語の欠陥です。こうした欠陥も自動翻訳がもうちょっと進歩すると補える時代になるでしょうが、それまでは用語集やポップアップ辞書を使いながらこの欠陥言語に対処していくほかないでしょう。適切な一目でわかるような日本語の用語をつくってもらいたいものです。ChatGPTの登場以来、スタートレックのユニバーサルトランスレータの時代がもう すぐそこに見えてきているので、そうなれば視認性のよい日本語の学術用語で研究して、必要に応じて自動翻訳で英語にするというのも簡単になるでしょう。是非、明治時代の先人にならって、日本語のわかりやすい専門用語をつくっておくべきだと思います。

さて、そうした未来の話はさておき、当座のカタカナ英語や英語の略語の解読、利用に使えるすぐれた用語集が以下のAMED研究グループのサイトに公開されています。https://id3catalyst.jp/
このサイトにある、用語集・リンクのコーナーをみてくささい。
https://www.id3catalyst.jp/j/words.html

 

「アカデミア研究者のための、創薬分野におけるTranslational Researchの専門用語ハンドブック Ver.1.0」というpdfファイルがおすすめの用語集です。
https://www.id3catalyst.jp/images/technical_terms_handbook_ver1.pdf

柳瀬陽介先生の講演のスライドがダウンロードできます。動画もおって公開されるそうです。

台風が近づいているので、今日一日中風が強いです。明日は丸一日台風の強風域に入るとの予報で、福岡への再接近は夜になるらしいです。以前紹介した風を可視化してくれるサイトをみると、二つの台風ができているのがよくわかります。

https://earth.nullschool.net/jp/#current/wind/surface/level/orthographic=-218.57,24.59,1139

基調講演:柳瀬陽介氏

明日8月9日に、柳瀬陽介先生の基調講演があるのを先生のブログで知りました。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/08/let62ai.html

明日の講演で使うスライドを既にpdfで公開してくださっています。動画もおって公開されるとのことです。スライドを拝見すると、今回の御講演は、以前紹介した動画での先生の講演と相補うもののようです。前回の御講演動画はこちらで紹介しました。

ChatGPT時代の論文執筆のための英語教育はどうあるべきか?―この京大式英語教育の動画は必見です。

今回は英語教育に関する先生の考え方が学べる内容だと思います。もちろんChatGPTのプロンプトの作り方がのっているスライドもありますのでこちらだけご覧になっても良いと思います。

PyMOLでAlphaFold2 databaseのpdbファイルを一発で取り込んで表示するプラグインの紹介

PyMOLでは、PDBのサイトにあるタンパク質なら、登録番号をいれるだけで一発で立体構造を表示できます。
しかし、AlphaFold2で予測されたpdbファイルはPDB のサイトにはないので、AlphaFold Protein Structure Database ( DeepMind と EMBL-EBIが開発)https://alphafold.ebi.ac.uk/ のサイトから、表示したいタンパク質を探し出してpdbファイルをダウンロードして、PyMOLからそのファイルを選んで表示させる必要がありました。別の方法としては、UniProtのサイトhttps://www.uniprot.org/にもpdbファイルは登録されているので、そちらUniprotからpdbファイルをダウンロードしてそのファイルをPyMOLから選んで表示させるという方法も可能です。しかし どちらも面倒です。

実は、UniProtIDをいれるだけでAlphaFold Protein Structure Databaseから構造をPyMOLに取り込むプラグインがあります。
https://github.com/APAJanssen/Alphafold2import
このプラグインはpdb ファイルやmmCIF-formatのファイルに対応しており、かつ複数のタンパク質のUniProtIDをいれるだけで、全部一括でとりこむことも可能です。これをインストールしておけば、UniProtIDを入れるだけでAlphaFold2 databaseにある任意のタンパク質の立体構造を手軽に表示できて便利です。まだ使ったことがない方は、是非インストールして使ってみてください。

作者のGithubページにインストールの仕方が書いてあります。とても簡単です。私はUbuntu 22.04.3 LTSにインストールしたPyMOL にインストールしました。

1)まず、上のGithubのサイトを開き、右上の緑のCodeボタンを押して、出てくるプルダウンメニューの一番下にある、Download ZIPボタンを押してzipファイルをダウンロードしてください。
2)PyMOLを起動して、メニューバーにあるPluginをクリック、Plugin Managerをクリックしてください。
3)Install New Pluginをクリックして、開いたメニューにあるChoose fileボタンを押して、ダウンロードしたzipファイルを選びます。
4)pluginをインストールするディレクトリをきいてきますので、デフォルトのままにするか、あるいは自分のすきなディレクトリを指定します。
5)これで、PyMOLのplugin menuにImport Alphafold2 entry from EMBLが追加されているはずです。選んでクリックすると、Get Alphafold2 modelという画面が開きます。上のボックスにUniProt-identifierをいれて、下のバックスに必要なら分子名を入浴してLoad modelボタンをおすとすぐに構造が表示されますので試してみてください。上のボックスに複数のUniProtIDを入れると、一括して構造をとりこんで表示することもできます。
6)UniProtIDはAlphaFold2 databaseに書いてありますのですぐにわかります。いちいちUniProtデータベースで調べる必要はありません。
7)コマンドラインで複数の分子を一括して取り込むには、次の書式を使います。

fetchAF2 uniprot1 uniprot2 … uniprotN, name1 name2 … nameN

写真は、今朝散歩道でみつけた野生のユリです。

米国の原子爆弾による初の死者の噂と、オッペンハイマーについての本について。

78年前の今日、米国が広島に原子爆弾を投下して、多くの市民を虐殺しました。その米国では今年の7月21日に、映画「オッペンハイマー」が公開されて絶賛されているようです。
米国が人類初の原子爆弾実験に成功したのが1945年7月16日でした。
私が聞いた日本人研究者の話によると、この最初の原爆実験の際、主要な科学者は退避壕の中から爆発を観察していたのですが、若い研究者(多分大学院生といっていたと思います)は外で退避壕の上などに陣取って双眼鏡をもって、爆発を観察していたのだそうです。核爆発が終わったあと、退避壕からでてみると、外にいた彼らは爆風で吹き飛ばされて、皆いなくなっていたとのことです。ロスアラモスにいた研究者のラボに留学した日本人研究者が、ボスから聞いた話だそうで、本当だったら恐ろしいことです。

最近話題のオッペンハイマーについては、九州大学の教授、カナダのアルバータ大学の教授をしておられた計算科学のパイオニア、藤永茂先生の著書をおすすめします。

藤永茂 著『ロバート・オッペンハイマー 愚者としての科学者』(ちくま学芸文庫)という本で、筑摩書房から出ています。
https://www.chikumashobo.co.jp/product/9784480510716/
以下の内容紹介を読むと、引き込まれます。丁度Kindleで割引セールをやっていた(今日まで)ので先ほど購入しました。藤永先生のお兄さんは長崎で被爆されたそうです…。
https://www.webchikuma.jp/articles/-/2478
写真は夜明けの月が輝いている青空をバックに咲いている百合の写真です。毎年、広島、長崎の原爆忌のころに庭や山際に百合が咲きます。

pdb ファイルの立体構造表示を自分のホームページに埋め込む方法の例

昨日は人工雪の作成の時に使うバクテリアがもつ、雪の結晶形成促進作用があるタンパク質inaZの立体構造をweb pageに埋め込んでみました。
コードを書かかったので、今日はコードと、それをhtmlファイルに書き込んだ後の結果をならべてみることにします。

こちらは、3Dmolのホームページにリンクがあるembed (埋め込み)についてのページにのっているコードです。
http://3dmol.csb.pitt.edu/doc/tutorial-embeddable.html
これを自分のweb pageのhtmlに書き込むと、書きこんだページで立体表示をすることができます。このコードでは、data-pdb=’2POR’でPDBの2PORというエントリを読み込んでいます。この部分をdata-href=’https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v6.pdb’にすると、https://以下で指定したサイトにあるpdbファイルを読み込んで表示します。またdata-style=’stick’のstickをline, cross, stick, sphere, cartoonのどれかに変えると立体構造表示が指定した表示に変わります。コードは上が、2PORの表示。その次が、昨日表示したinaZの立体構造の表示です。inaZは横に長いので、800ピクセル四方に表示するようにしてあります。

<script src=”https://3Dmol.org/build/3Dmol-min.js”></script>
<script src=”https://3Dmol.org/build/3Dmol.ui-min.js”></script>

<div style=”display: flex; gap: 20px; flex-wrap: wrap;”>

<div>
<p>2POR</p>
<div
style=”height: 400px; width: 400px; position: relative;”
class=”viewer_3Dmoljs”
data-pdb=”2POR”
data-backgroundcolor=”0xffffff”
data-style=”stick”
data-ui=”true”>
</div>
</div>

<div>
<p>inaZ AlphaFold model</p>
<div
style=”height: 800px; width: 800px; position: relative;”
class=”viewer_3Dmoljs”
data-href=”https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v6.pdb”
data-type=”pdb”
data-backgroundcolor=”0xffffff”
data-style=”stick”
data-ui=”true”>
</div>
</div>

</div>


2POR

inaZ AlphaFold model

ブラウザで分子を立体表示する方法の紹介。

私のブログの様なweb pageで、分子の立体構造を表示して、マウスで動かしたりできるようにするにはどうしたらよいでしょうか。
昨日紹介した山本 典史先生がこちらのページで、そのやり方をわかりやすく書いてくださっています。

「ブラウザーで分子を立体表示する」https://yamnor.me/2022-03-14-2020/#03

先生の記事にある、3Dmol で、私が以前紹介した雪をつくるときに働くバクテリアのタンパク質inaZを立体表示したのが以下の図です。タンパク質の立体構造予測ツールのAlphaFold2のデータベースにのっている以下の予測結果を使いました。
https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v4.pdb
マウスでドラッグしたり、拡大縮小したりできるのを確認してください。

先生のページには他に、Molmilをつかって埋め込む方法も書かれています。Molmil は、分子を立体表示する WebGL (JavaScript) プログラムで Protein Data Bank Japan(PDBj) で開発されています。Molmilの使い方については以下の動画をみるとよいでしょう。

分子ビューアMolmilの使い方
https://youtu.be/aCWyTOmdO88

 

量子化学入門に最適の資料が公開されています―千葉工業大学の山本典史先生のサイトをご覧ください。

今日は九州大学化学科卒で、九州大学大学院で修士、博士の学位をとられた、山本典史(Yamamoto, Norifumi)先生のサイトを紹介します。現在、千葉工業大学 / 応用化学科 / [計算化学研究室 https://yamlab.net] / 教授の先生です。
コンピュータ化学を専門とされている先生で、https://scrapbox.io/yamnor/には、量子化学入門や密度汎関数法計算についての資料などがあって、とても参考になります。教科書や参考書があげてあるのはもちろん、具体的な計算プログラム、計算手法の実際などが入門者にやさしく、かつ本格的に書かれている資料です。量子化学に興味があるかたは是非ごらんになるとよいと思います。

先生の研究室のホームページhttps://yamlab.net/ にも「GAMESSではじめる量子化学計算」などのわかりやすい資料がありますので、是非ご覧ください。
https://yamlab.net/gamess-intro/
また先生のブログも役だちます。
https://yamnor.me/
先生のtwitterへのリンクを張っておきます。


nitterでtwitterを見る時はこちらからどうぞ。https://nitter.net/yamnor

アカデミックライティングにおけるChatGPTの活用法(文献紹介)という記事を紹介します。

本日のカレントアウエアネスポータル(国立国会図書館のポータルサイトです https://current.ndl.go.jp/)に
「アカデミックライティングにおけるChatGPTの活用法(文献紹介)」という記事がでました。
https://current.ndl.go.jp/car/186055

これはPerspectives on Medical Educationというオランダで発行されているオープンアクセスの雑誌の最新号にのった次の記事の紹介です。
Lingard L.   Writing with ChatGPT: An Illustration of its Capacity, Limitations & Implications for Academic Writers. Perspectives on Medical Education. 2023, 12(1),p. 261?270.
https://doi.org/10.5334/pme.1072

オープンアクセスなので、論文をダウンロードしてざっと論文を読んでみました。この論文にはChatGPTのプロンプトの使い方の例が詳細に書かれているので大変役立ちます。自分の目的に合致するChatGPTの応答を導くためには、どのようにChatGPTと対話をすすめていくとよいかが、例を挙げてあるのでとてもよくわかります。各自の目的に応じてプロンプトは自作するのがよいのですが、プロンプト自作の要点がよくわかる論文です。

論文にはChatGPTが、文献をでっちあげたりすることがよくあることも書かれていて、例も挙げてあって具体的によくわかります。

また論文執筆時のパラグラフを改良するにもChatGPTが使える例もあげてあります。left-branching sentencesとright-branching sentencesというのを知っていますか? 最初に例などをいろいろあげる文を並べた後に、結論の文が並んでいるのが、left-branching sentencesです。パラグラフの左の方に、ごちゃごちゃと枝葉末節みたいに文が並んでいることから、left-branching sentencesといいます。これとは逆に、結論の文が最初で。結論に関する説明やデータの文が後に並んでいるのを、right-branching sentencesというのです。left-branching sentencesは読者にわかりにくいので、ChatGPTに(プロンプトで)お願いして、right-branching sentencesに変えてもらう例が詳しくこの論文胃書いてあります。文法チェックや論文のスタイルの変更も、うまくプロンプトをつかいながらChatGPTにやらせることもできるのです。面白いことに、ChatGPTはleft-branching sentencesとright-branching sentencesの意味を逆に思い込んでいたようで、最初は真逆の説明をしていたそうです。著者がプロンプトで誤りを指摘すると、ChatGPTは謝ってきます。ChatGPTの誤りを訂正した後、スタイルの変更をさせる例が載っていて大変参考になります。ChatGPTと対話しながら、最適の応答をかえしてくるように導いていくテクニックがいろいろな例について詳細に書かれているので、これは必読の論文だと思います。

さらに、最後の方には、私達のように英語を母国語としない論文著者が英文を書くのに、ChatGPTはとても役立つとも書かれています。皆さんもこの論文などを読んで、ChatGPTを活用することで、成果や意見をどんどん発表していってください!

付記;この論文はThe Writer’s Craftというカテゴリーの記事です。トップページの検索窓にWriter’s Craftなどといれてこの雑誌の記事を検索してみてください。論文の書き方についての有用な記事や、レフリーのやり方、論文へのコメントの仕方など大変有用な発信法jに関する記事がヒットします。
今日検索したところでは、以下のようなタイトルの記事が読めるのがわかります。役立ちそうですね。興味のある記事から読んでみてください。The Writer’s Craftと検索窓にいれて、Theをつけて検索するともっとヒットしますが、あまり関係のなさそうな記事もヒットするようです。

When English clashes with other languages: Insights and cautions from the Writer’s Craft series

The story behind the synthesis: writing an effective introduction to your scoping review

Collaborative writing: Strategies and activities for writing productively together

Writing for the reader: Using reader expectation principles to maximize clarity

Developing and piloting a well-being program for hospital-based physicians

Pace, pause & silence: Creating emphasis & suspense in your writing

Don’t be reviewer 2! Reflections on writing effective peer review comments

The academic hedge Part I: Modal tuning in your research writing

Giving feedback on others’ writing

From semi-conscious to strategic paragraphing

Beyond the default colon: Effective use of quotes in qualitative research

Writing an effective literature review: Part I: Mapping the gap

Writing an effective literature review: Part II: Citation technique

Using rhetorical appeals to credibility, logic, and emotions to increase your persuasiveness

Expressive instructions: ethnographic insights into the creativity and improvisation entailed in teaching physical skills to medical students

Mastering the sentence

To fail is human: remediating remediation in medical education

Tuning your writing

Taking presentations seriously: Invoking narrative craft in academic talks

Get control of your commas

Does your discussion realize its potential?

Physicians’ professional performance: an occupational health psychology perspective

Academic promotion packages: crafting connotative frames

Bonfire red titles

The writer’s craft

Enlisting the power of the verb

The three ‘S’s of editing: story, structure, and style

The art of limitations

Avoiding prepositional pile-up

Joining a conversation: the problem/gap/hook heuristic

The power of parallel structure

Beyond feedback: 11 tips for coaching writing

Strategic Paragraphing 2.0: Techniques for Enhancing Inter-Paragraph Coherence

Metacommentary: Identifying and Mastering ‘Dear Reader’ Moments

The Art of Revising

Writing with ChatGPT: An illustration of its capacity, limitations & implications for academic writers