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PyMOLでAlphaFold2 databaseのpdbファイルを一発で取り込んで表示するプラグインの紹介

投稿日: 2023年8月7日投稿者: root

PyMOLでは、PDBのサイトにあるタンパク質なら、登録番号をいれるだけで一発で立体構造を表示できます。しかし、AlphaFold2で予測されたpdbファイルはPDB のサイトにはないので、AlphaFold　Prot…

投稿日: 2023年8月6日投稿者: root

78年前の今日、米国が広島に原子爆弾を投下して、多くの市民を虐殺しました。その米国では今年の7月21日に、映画「オッペンハイマー」が公開されて絶賛されているようです。米国が人類初の原子爆弾実験に成功したのが1945年7…

昨日は人工雪の作成の時に使うバクテリアがもつ、雪の結晶形成促進作用があるタンパク質inaZの立体構造をweb pageに埋め込んでみました。コードを書かかったので、今日はコードと、それをhtmlファイルに書き込んだ後の…

投稿日: 2023年8月4日投稿者: root

私のブログの様なweb pageで、分子の立体構造を表示して、マウスで動かしたりできるようにするにはどうしたらよいでしょうか。昨日紹介した山本典史先生がこちらのページで、そのやり方をわかりやすく書いてくださっています…

投稿日: 2023年8月3日投稿者: root

今日は九州大学化学科卒で、九州大学大学院で修士、博士の学位をとられた、山本典史（Yamamoto, Norifumi）先生のサイトを紹介します。現在、千葉工業大学 / 応用化学科 / [計算化学研究室 https://y…

本日のカレントアウエアネスポータル（国立国会図書館のポータルサイトです https://current.ndl.go.jp/）に「アカデミックライティングにおけるChatGPTの活用法（文献紹介）」という記事がでました…

投稿日: 2023年8月1日投稿者: root

毎日暑いですね！暑いからかどうかはわかりませんが、午後、PCが起動しなくなってあせりました。HDDドライブを認識しなくなったので、入っているHDDを一つずつ止めて起動するかどうか調べていきました。外したら起動するという悪…

投稿日: 2023年7月30日投稿者: root

「予測: 原理と実践 (第3版)」という教科書があります。Rob J Hyndman と George Athanasopoulos（オーストラリア　モナシュ大学）による教科書で日本語版、英語版、ギリシャ語版、イタリア語…

投稿日: 2023年7月29日投稿者: root

今年2023年はスペースシャトルのコロンビア号の悲惨な空中分解事故から20年目にあたります。20年前の2003年2月１日　コロンビア号はミッションを終えて帰還する際、大気圏突入後　空中分解して搭乗員７名が犠牲になりました…