昨日の続きです。
Europe PMCは、デフォルトで本文も検索対象にしているため、PubMedで検索できない論文も検索でヒットする可能性が高い上に、PubMed, PubMed Central, preprint serverを一括して検索できるので、論文検索のもれが無くなる可能性が高いということを書きました。
一方で、
fat
division
のような一般的な単語を含む検索では、本文中にたまたまその語が登場しただけの論文まで拾い、検索結果がかなり増える可能性があります。その場合には、Europe PMCの
TITLE_ABS:
を使う方法がおすすめです。
これは検索対象をtitleとabstractに限定するフィールドです。Europe PMCでは2023年にtitleとabstractを同時に検索する TITLE_ABS: フィールドが追加されました。
たとえば、より厳密にするなら、
TITLE_ABS:elegans AND
(
TITLE_ABS:glyco* OR
TITLE_ABS:sugar OR
TITLE_ABS:transferase OR
TITLE_ABS:proteoglycan OR
TITLE_ABS:fatty OR
TITLE_ABS:fat OR
TITLE_ABS:division OR
TITLE_ABS:meiotic OR
TITLE_ABS:meiosis OR
TITLE_ABS:GPI OR
TITLE_ABS:lipid OR
TITLE_ABS:sphingo*
)
AND
FIRST_PDATE:[2003-01-01 TO 2030-12-31]
という検索式にするというのもありです。
こちらは全文中に単語が出てくるだけの論文を除外できるので、毎日見るRSSとしてはこちらの方が扱いやすい可能性が高いかもしれません。
ただし、Europe PMCの特徴である全文検索能力を積極的に利用したければ、最初のフィールド指定なしの検索式を使う方がよいでしょう。
まとめると：
広く文献を拾いたい場合 → フィールド指定なし
PubMedに近い感覚で新着論文を監視したい場合 → TITLE_ABS:
の使い分けが可能であるということになります。
実際にRSS feedを作る
操作は簡単です。ただ注意したいのは、昨日書いたようにRSS feedを作成する検索式にFIRST_PDATE:[2003-01-01 TO 2030-12-31]などのFIRST_PDATE:が入っているとRSS feedが作れないことです。詳しくいえば、Europe PMCでは FIRST_PDATE:[2003-01-01 TO 2030-12-31] のような日付範囲は通常のWeb検索では利用できます。しかし、2026年9月現在、この日付範囲の入っている検索式からRSSを生成しようとすると HTTP 400 Bad Request というエラーがでてRSS feedは作れませんでした。ということで、継続的な新着文献チェックを目的とするRSSでは日付条件を外し、キーワード部分のみをRSS検索式として使用するのがおすすめです。過去文献を調査するときには、通常のEurope PMC検索で FIRST_PDATE： を追加すればOKです。
ではRSS feedの作り方です。
- Europe PMCを開く。 Europe PMC
- 検索欄にEurope PMC用の検索式を入力する。たとえば
elegans AND
(glyco* OR sugar OR transferase OR proteoglycan OR fatty OR
fat OR division OR meiotic OR meiosis OR GPI OR lipid OR sphingo*)
- Searchを実行して、検索結果を確認する。
- 検索結果ページ右上から二番目にある Subscribe to RSS を選ぶ。
- 表示されたRSS feedのURLをコピーする。
- Feedly、Inoreader、Thunderbirdなど、自分が使っているRSS readerにURLを登録する。
これで、その検索条件に一致する新しい論文がEurope PMCに追加されると、RSS readerから確認できます。
検索結果が出た直後の画面をペーストしておきますので参考にしてください。
Europe PMCの公式文献によれば、検索結果ページの Subscribe to RSS からカスタムRSS feedを登録でき、RSSにはEurope PMC検索結果の先頭25件が提供されます。
RSS URLを自分で組み立てるよりも、検索を実行して Subscribe to RSSから生成されたURLをコピーする方法の方が、Europe PMC側のURL仕様変更にも強く安全です。
Preprintも同じRSSに入る
ここがEurope PMCを使う大きなメリットです。上の検索式ではpreprintを除外していないので、
PubMed収載論文
+
PMC収録論文
+
preprint
をまとめて検索できます。
Europe PMCではpreprintに PPR というsource codeが割り当てられています。
したがって、preprintだけを検索したければ、検索式に
SRC:PPRを追加します。
例えば、
elegans AND
(glyco* OR proteoglycan OR lipid OR sphingo*)
AND
SRC:PPR
とすれば、該当するpreprintだけを検索してくれます。
逆にPubMed由来の文献は
SRC:MEDで指定できます。研究分野によっては、
全論文＋preprintのRSSと、
preprintのみのRSS
の2つを登録して利用するのも良いと思います。
preprintだけを別feedにしておけば、「昨日から今日にかけてbioRxivなどで何が出たか」を短時間で確認でます。
Preprintから正式論文になった場合
一つ注意したいのは、同じ研究が
preprint
↓
査読
↓
journal article
となった場合です。Europe PMCではpreprintと正式出版版を可能な場合には相互にリンクしています。preprintのページからjournal-published versionへ移動することもできます。したがってRSSでは、以前preprintとして読んだ研究が、後日正式な論文として再び現れることがあるというわけです。これは「以前のpreprintが正式出版された」という情報であり、とても、研究動向を追う用途ではむしろ有用である。
Europe PMCのRSSをPubMed RSSの代わりにできるか
完全に同一の検索結果にはなりません。
PubMedとEurope PMCでは検索エンジンやフィールドの扱いが異なり、特にEurope PMCでは全文検索とpreprint検索が加わるためです。
しかし、「自分の研究テーマについて新しい研究が出たら知りたい」
という目的にはEurope PMCのほうが適していると思われます。特に
PubMed
+
PMC full text
+
bioRxivなどのpreprint
を一つの検索式、一つのRSS feedで監視できる点が秀逸です。
従来PubMed RSSを使っていた方は、PubMed RSSとEurope PMC RSSをしばらく併用して、どの程度検索結果が異なるかを比較してみるとよいでしょう。
Europe PMCでフィールド指定なしの全文検索を使う場合には、思いがけない論文を拾う利点がある一方、検索結果が増えすぎる可能性もあるので、しばらく使ってみて、必要ならTITLE_ABS:を使ってtitleとabstractに限定するのもよいでしょう。