オープンな基礎研究がノーベル賞を生んだ―線虫C. elegans研究の威力の証明

私達がモデル生物として利用している線虫C. elegansからすでに8人のノーベル賞受賞者がでています。まだまだノーベル賞は続出するのは確実です。現在までのこの線虫研究の威力を振り返る論文が去年でているので紹介します。論文へのリンクを含む紹介はこちらです。
https://blog.wormbase.org/2025/11/25/a-message-from-iva-greenwald/

線虫の研究分野はオープンで研究材料を共有するという方針を徹底しているコミュニティーです。その具体的の研究発展史、どのような方法で研究データを共有してきたかなどをノーベル賞受賞者をふくむ著者たちが簡潔かつ明解に解説している総説です。

様々なサイトも紹介されているので、まだ見たことが無い人は是非アクセスしてみてください。
V.R. Ambros, M. Chalfie, A.L. Daul, A.Z. Fire, D.H. Hall, H.R. Horvitz, C.C. Mello, G. Ruvkun, N.E. Schroeder, P.W. Sternberg, & A.E. Rougvie, From nematode to Nobel: How community-shared resources fueled the rise of Caenorhabditis elegans as a research organism, Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. 122 (48) e2522808122, https://doi.org/10.1073/pnas.2522808122 (2025).

論文の概要がサイトにでているのでGemini3での翻訳をペーストしておきます。


ご提示いただいた英文は、線虫(C. elegans)の研究史や主要なデータベース、および関連するノーベル賞受賞業績をまとめた論文の目次や見出しのようです。

文脈に合わせた日本語訳は以下の通りです。

要旨

モデル生物としての線虫(Caenorhabditis elegans)の簡史と「ワームコミュニティ」

2002年ノーベル賞:「器官発生およびプログラム細胞死の遺伝的制御に関する発見」

  • Caenorhabditis Genetics Center (CGC)、1979年設立

  • 厳密性、再現性、およびスケールメリット(規模の効率性)の追求

  • 研究および教育へのアクセス拡大

  • 科学的遺産の保護

2006年ノーベル賞:「RNA干渉(二本鎖RNAによる遺伝子サイレンシング)の発見」

  • WormBase(2000年設立)および Alliance of Genome Resources(2016年設立)

  • 正確かつ包括的で、アクセスしやすいゲノムデータ

  • 拡大する研究ツールキットへの支援

  • イノベーションと Alliance of Genome Resources

2008年ノーベル賞:「緑色蛍光タンパク質(GFP)の発見と開発」

  • WormAtlas、1998年設立

  • 自活性および寄生性線虫の研究を支援する動的な解剖学的リファレンス

  • 新たな発見と仮説を生み出し続けるアーカイブされた電子顕微鏡データ

2024年ノーベル賞:「マイクロRNAの発見と転写後遺伝子発現調節におけるその役割」

未来:積み重なる発見の層

データ、マテリアル、およびソフトウェアの利用可能性

謝辞

著者貢献

利益相反

参考文献

私の好きな映画―Space Camp

昨日、ひさしぶりにスペースキャンプという映画の録画を見ました。スペースキャンプというのは、NASAが子供向けに開催していた宇宙飛行士の教育や訓練を実際に模擬体験するという催しです(今もやっているでしょうか?)。映画はこれに参加した子供たちが様々な訓練・学習をした後、スペースシャトルの打ち上げ体験学習(実際にはうちあげないがシャトルに乗り込んで打ち上げのシミュレーションを体験する)をしている最中にエンジントラブルがおこり実際に打ち上げないと爆発するということになって指導教官の女性宇宙飛行士とともに宇宙にでてしまうという話です。無線も短距離無線しか積んでいないシャトルであったため、管制センターとの連絡も取れません。テレメトリーのみ生きているという状態です。そして問題は空気。酸素タンクも搭載していないシャトルなので自動操縦で地球に戻そうにも戻る前に窒息してしまうという問題がまず明らかになります。これをどのようにして回避するか、そしてその過程で指導教官の宇宙飛行士が負傷するなど、はらはらどきどきの展開が続きます。子供たちがそれぞれの役割分担をこなしてチームワークで無事全員帰還するまでの展開が見事です。リーダーの資質とは何かなど大人が子供たちに伝えたいメッセージが、子供たちにもよくわかるように丁寧に作られているよい映画です。この映画が公開された後、スペースシャトルの事故が続いて多くの犠牲者がでたので、せっかくのよい映画が広く見られなかったのは残念なことです。ネット配信で観ようと思いましたがTSUTAYAの配信(どんなのかは全然知りません)ぐらいしか配信もないようで、これも残念です。DVDレンタルとかなら日本語字幕付きでみることができます。昔は日本語吹き替えのテレビ放送があったので私達家族は、ご飯をたべながらみんなでその録画を何回もみていました。子供向け映画ですので是非、家族でご覧になるのをお薦めします。英語版はなんとYouTubeにアップロードされていました。Language reactorというChromeの機能拡張を使ってみると字幕の日本語訳も見ることが出来ると思います。

この写真でわかるように、映画Back to the Futureシリーズのお母さん役の女優さんも主人公の一人です。

感染症の伝搬をどの様に解析して制御するか、についての一般向け講演が公開されました。

コロナウイルスの蔓延を予防するために疫学やウイルスの感染モデルが活用されたのは記憶に新しいですね。今回は
Oxford大学の一般向け公開講座(YouTubeのOxford Mathematicsのチャンネルhttps://www.youtube.com/@OxfordMathematics)で、人や家畜、野生動物などの感染症の伝搬をどのようにモデル化して解析して感染防御に役立てるか、という講義があったので紹介します。演者は定量的疫学、統計学の専門家でOxford大学応用統計学の教授と Imperial College Londonの統計疫学の教授を兼任しています。統計学で有名なD.R.Coxのお弟子さんで彼と共著のPrinciples of Applied Statisticsという教科書は名著といわれています。様々な感染症(Zika virus, Ebola, MERS, influenza, SARS, bovine TB, foot-and-mouth disease, rabies, cholera, dengue, BSE/vCJD, malaria and HIV/AIDS)を研究してきた人でWHOのエボラプロジェクトの主要メンバーでもあります。医者ではないのですが統計学、疫学の世界トップレベルの研究者ですのでとてもわかりやすい話が聞けます。超おすすめの講演です。

Understanding Infectious Disease Transmission: Insights and Uncertainty – Christl Donnelly
https://youtu.be/-qBNRISU2G8?

甘利俊一先生の京都賞受賞を祝した特集号が公開されています。

甘利俊一先生の京都賞受賞を祝した特集号がでていてJ-STAGEで無料で読めます。ダウンロードも可能です。
日本神経回路学会誌 32 巻 (2025) 4 号が京都賞受賞を祝した特集号です。

甘利先生ご自身による回顧記事も掲載されています。
数理工学を考究して
甘利 俊一
https://doi.org/10.3902/jnns.32.181
この記事は面白かったです。
『大学院修了後に九州大学の通信工学科に奉職した.ここは自由の天地で,好きな研究ができた.』 とか、
『当時欧米はニューロの冬の時代であった.予算がカットされ研究者の数も激減した.しかし,日本で
はそもそも研究予算は乏しくカットしようがないからそれ以上は減らない.その代わりに研究は自由で
ある.だから神経情報処理の研究は日本で勃興した.神経情報科学研究会が発足し,医学部の若手研究
者との交流も進んだ.
1980 年代に入り,欧米では第 2 次ニューロブームが燃え盛る.このとき日本はニューロ先進国であったから,世界の学会で活躍ができた.』というような証言も書かれています。私の大学院生時代でもビーカーが買えないのでワンカップ大関のビンで代りにしているラボがありました。ある人は、予算がなくて困っていたが、今度のラボは予算が潤沢で自由に研究ができる―ピペットマンとかも買えると喜んでいました。しかしそこはオウム真理教のラボだったそうです。ある大学の空調が効いたラボの隣のラボでは窓、扉全開で扇風機をまわして夏中研究しているということでした。しかしこの冷房をガンガン効かせていたラボも、空調が故障したら修理費がなくてすぐに隣のラボと同じになったそうです。上の甘利先生の言葉も本当だと思います。

他にもいろんなおもしろい記事があります。ピックアップしてならべておきます。

巻頭言
神経回路網の自己組織化と数理モデル
塚田 稔

特別寄稿
数理工学を考究して
甘利 俊一

祝辞
甘利先生から学ばせていただいたこと
銅谷 賢治

甘利先生とはじめて会った頃の思い出
篠本 滋

甘利研での思い出
―甘利俊一先生の京都賞受賞を祝して―
池田 和司

ちょっくら冒険,カオスの世界へ
豊泉 太郎

解説
高次相関をめぐる冒険:甘利俊一先生の京都賞受賞に寄せて
島崎 秀昭

情報幾何学による情報統合の定量化
大泉 匡史

最適輸送と情報幾何
松田 孟留

この特集号のことは、こちらのツイートで知りました。このアカウントの他のツイートも興味深いのでご覧になるとよいと思います。


甘利先生が最近書かれた次の本も面白いと評判です。

甘利俊一(2024):目くるめく数理の世界―情報幾何学,人工知能,神経回路網―,サイエンス社,東京.

国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介(第40回)高市首相の本とかアインシュタイン関連の本などなど。

今日は国立国会図書館の個人送信サービスで読める本を紹介します。
438) 高市早苗 著『アズ・ア・タックスペイヤー : 政治家よ、こちらに顔を向けなさい』,祥伝社,1989.11. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12702512 (参照 2026-01-10) 高市首相の昔の本。首相の本というのは少ないらしく、X(旧twitter) のツイートでも話題になっていた本です。
439) オットー・ネーサン, ハインツ・ノーデン 編 ほか『アインシュタイン平和書簡』1,みすず書房,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/11926320 (参照 2026-01-10)
440) オットー・ネーサン, ハインツ・ノーデン 編 ほか『アインシュタイン平和書簡』2,みすず書房,1975. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/11926429 (参照 2026-01-10)
441) アインシュタイン 著 ほか『アインシュタイン平和書簡』3,みすず書房,1977.2. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/11926498 (参照 2026-01-10)
442) フォン・ベルタランフィ 著 ほか『生命 : 有機体論の考察』,みすず書房,1974. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12604243 (参照 2026-01-10)
443) 由良君美 編集・構成『ノヴァーリス全集』第1巻,牧神社,1977.2.. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12625390 (参照 2026-01-10)
444) ジャン・ピアジェ [著] ほか『発生的認識論序説』第1巻 (数学思想),三省堂,1975. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12224903 (参照 2026-01-10)
445) 中岡哲郎 著『イギリスと日本の間で : ケンブリッジの日記から』,岩波書店,1994.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/13256377 (参照 2026-01-10) 1979年3月からケンブリッジで暮らした宇宙物理学出身の技術史の研究者とその家族のケンブリッジ滞在記録。私たち家族がケンブリッジで暮らしたのはこれより後ですが、ケンブリッジの様子、外国ではじめて暮らすということはどんなことかがよく書きこまれています。この先生のような先輩のおかげで、ケンブリッジでの日本人に対する扱いはとても気持ちの良いものになっていたのだと思います。
447) リワノワ 著 ほか『リーマンとアインシュタインの世界』,東京図書,1985.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12608031 (参照 2026-01-10) 119) のランダウの素顔を書いたリワノワの本。リーマン幾何学とアインシュタインの相対性理論の関係についての一般向けの本です。
448) リワノワ 著 ほか『ロバチェフスキーの世界』,東京図書,1975. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622197 (参照 2026-01-10) 同じくリワノワの本ですが、上の本を読む前に非ユークリッド幾何学についての啓蒙書として読むとよい本です。

pdf閲覧ソフトのPedaruというのはよさそうですね。pdf版の教科書や論文の著者原稿版などを読むのにピッタリみたいです。

この記事を読みました。

「ずっと欲しかったPDFリーダーを個人開発している話」
https://zenn.dev/togatoga/articles/e1e1e316491003
このソフトはよさそうです。pdf版の教科書を読んでいるとき、巻末の問題解答のページを見ながら、本文の問題の前後を同時に表示して並べて読みたいというようなことがよくあります。また論文の著者原稿などのpdfでは、図が末尾に集められているので本文と末尾の図の部分をいったりきたりして読まなくてはなりません。これを同時にならべて表示して読めるのはこのソフトの最大のメリットでしょう。さらにLLMのGeminiと連携して英文など外国語を翻訳することもできるようで、勉強のときにも大いに役立ちそうです。これならフランス語の本とかも読めそうですね。
Linux, Mac OS版, Windows版があるようです。まだiPadでは使えないですが対応を期待しています。
こちらから最新版のソフトや、ソースコードその他がダウンロードできます。

https://github.com/togatoga/pedaru/releases


まだダウンロードもしていないのですが、使ってみたいと思います。

有名な統計学の教科書の著者によるベイズ統計と因果推論に関する講義が始まりました。

今朝はnitter.netがつながらないで、携帯でアクセスするとなんかpdfをダウンロードさせようとする不審な挙動をしていました。
こちら(Nitter Instance Health)でnitter instanceの状態をチェックすると真っ赤でダウンしているのがわかりました。今は完全に回復しているようです。
https://status.d420.de/
なぜ挙動不審になったのかはわかりません。アクセスして今回のようにツイートをみることができず、ダウンロードさせようとするような挙動の時はアクセスしないようにしましょう。上のNitter Instance Healthのページも活用してください。

さて今日は統計学の講義の話です。
有名なベイズ統計学の教科書Statistical Rethinkingの著者の2026年の講義のYouTube公開が始まりました。この講義はデータ処理にはどんなモデルを仮定して統計解析するのかがエッセンシャルだという観点から展開される有名な講義です。著者のYouTubeチャンネルに過去の講義動画などもそろっているので以下のリンクから確認してください。
https://www.youtube.com/@rmcelreath
前の講義は2023年なので、今回の講義が最新版になります。教科書は第二版ですが、未出版の第三版の内容も入るようです。
また今回は初めての試みとして本の前半の初心者向け講義と後半の中級者向け講義を交互に行うようです。
初心者向け講義は因果推論やベイズ統計の入門の内容です。毎週火曜が初心者向け、金曜が中級者向けの講義の日だそうです。
第一回の初級者向け講義の動画が二日前に公開されました。
Statistical Rethinking 2026 – Lecture A01 – Introduction to Bayesian Workflow
https://youtu.be/ztbYkBPDOgU?

今年のこの講義やテキストについては以下のリンクをご覧ください。
https://github.com/rmcelreath/stat_rethinking_2026?tab=readme-ov-file

以前のこのブログの記事も埋め込んでおきます。

有名なベイズ統計学の教科書が賞を受賞したそうです。

昨晩、スターリンク衛星がとてもきれいに見えました!

昨日、夜6時過ぎに家族が散歩にでかけました。オリオンがとてもきれいなのでもっと暗いところで観ようと空を眺めていると、明るいシャンデリアの灯のような光が並んで空を横切っていくのを見つけました。ものすごくきれいでこんなきれいに輝く光の行列はみたことがなかったそうです。感動的な光景だったそうです。福岡の夜空には飛行機の光がしばしば見えるのですが、飛行機とは全然ちがう光だったそうです。昔ならUFOというところですが、多分スターリンク衛星の行列ではと家に戻ってきたそうです。さっそくしらべてみました。

Starlink satellites trackerというサイト https://findstarlink.com/ (アプリもあるそうです)にいって
国と都市名をいれるといつどの方角でどれくらいの明るさでスターリンク衛星が見られるかがわかります。

昨日は明るくbrightな衛星を見ることが出来ると書いてありました。

Fukuoka, Japan
Sunrise: 7:24 am, Sunset: 5:25 pm
All times displayed in JST
Please note, these timings are not 100% accurate, since the orbit of the satellites change often, and without warning. Even if the satellites pass over you, many things need to go right for them to reflect enough sunlight to be seen. I apologize if there are failed attempts. Thanks!
If you found this site useful, please consider buying me a coffee to help keep the site ad-free.
Actual times may vary by 10 mins. Please let me know if you see Starlink using this page (or if you don’t).
An app for iPhone/iPad and Android is also available, to set reminders.
Timings with good visibility
(past) 6:16 pm, 6 Jan 2026 これを見たようです。時間も方角もピッタリです。
Starlink-340 (G6-88) (new), BRIGHT (1.5) for 4 mins
Look from SOUTHWEST to NORTHEAST (details)
Elevation (from horizon): start: 10°, max: 80°, end: 25°

ということで、今夜もみることができそうなので期待して待っていました。
6:09 pm, 7 Jan 2026
Starlink-340 (G6-88) (new), BRIGHT (3.7) for 4 mins
Look from WEST (260°) to NORTHEAST (41°)
Elevation (from horizon): start: 11°, max: 42°, end: 17°
残念ながら今夜は空一面の雲で星が見えず、雲の上を明るく輝く衛星が通り過ぎて行ったようです。
私はStarLink衛星を見たことがないので、このサイトでたびたびチェックして絶対見てみようと思っています!
こんなサイトもあります。衛星や宇宙ステーションがどこにいるかを地球儀上で可視化してくれるサイトです。ただこのサイト、衛星だけではなくものすごい数のポップアップ広告がでるのでブラウザはBraveでアクセスすることをお薦めします。
https://www.heavens-above.com/?lat=0&lng=0&loc=Unspecified&alt=0&tz=UCT
中には、国際宇宙ステーションやスターリンク衛星についてのリンクがあります。StarLinkを可視化して調べられるリンクはこちらです。
https://www.heavens-above.com/StarLink.aspx?lat=0&lng=0&loc=Unspecified&alt=0&tz=UCT

このサイトで打ち上げられているすべての衛星を表示したのが下の図です。赤い点一つ一つが衛星です。ものすごい数ですねぇ!暗い部分は地球の夜の部分、明るいのは昼の部分です。サイトではこの地球儀を自由にマウスで回転させて観察できます。

NHKの「3か月でマスターする人体」はおすすめです。明日1月7日お昼すぎに第一回の再放送があります!

NHKの3か月でマスターするシリーズ、今度は人体というのがはじまりましたね。
去年の12月下旬に第一回が放送されたようですが見逃しました。NHK Plusで初回の配信をしていてそちらで観ることもできます。ちょっと調べてみると、テレビでの再放送が明日あるのがわかりました。
明日1月7日Eテレでお昼の0時15分から第一回の再放送があります。ヒトの受精卵からの発生や幹細胞、寿命などの話題がわかりやすく解説されているのでおすすめします。

また明日1月7日のEテレで2026年1月7日(水)21:30〜22:00に第二回ヒトゲノム計画の回が放送されます。再放送もあるのでご覧になることをおすすめします。
(再放送)2026年1月13日(火)1:20~1:50 NHK総合
2026年1月14日(水)12:15~12:45 NHK Eテレ

このシリーズは生命に興味のある人には必見です。
https://www.nhk.jp/g/ts/Y5Y4KYM153/blog/bl/pEZLD37P38/bp/pGBVr5y5vG/

写真は近所で毎年おこなわれる正月の火祭り「ほんげんぎょう」のヤグラです。散歩がてらに見に行ったとき、ちょうど雲の切れ目から光がさして荘厳でした。明日1月7日午前6時半からこれに火をかけて燃やします。全国的には1月15日の火祭り、「どんど焼き」又は「サギッチョ」といわれるものが有名ですが、これは一月7日早朝に実施されます。九州の筑前、筑後、肥前東部には昔、太宰府天満宮の荘園がたくさんあったので太宰府天満宮で1月7日夜に行われる「鬼すべ」と関係がある行事だという説もあります。法華の行、奉献行というのが「ほんげんぎょう」という呼び名の起源だともいわれています。

統計解析の流れ(データ収集から論文投稿まで)を具体的に学べるよい日本語のサイトがあります。

統計についてのサイト紹介です。京都大学医学部の統計解析の専門家で特定教授のた田中司朗先生のサイトです。
https://gestimation.github.io/coffee-and-research/jp/
Coffee and Researchという名前のサイトです。統計家の父と、臨床医師の娘の臨床研究についての対話編です。統計解析、因果推論、論文執筆から投稿までのエッセンスが学べるようです。私は全然読んでいませんが面白そうです。英語版もあり、使っているR言語のコードも公開されています。田中先生はRのパッケージも作成・管理されており、Rの専門家でもあるようです。

はじめての方へというサイトの読み方案内の部分を引用しておきます。

この物語は、研究仮説→統計→因果→言語という順で、ある臨床研究を描いています。迷った方へのおすすめエピソードはこちら。

会話のはじまりと研究仮説(Study Design I)
95%の誤解を一刀両断(Effects and Time I)
交絡・因果推論の入り口(Adjusting for Bias I)
よりよい論文を書くための3箇条(Publish a Paper II)

どのエピソードも独立しているので、興味の向くレイヤーを選んでも構いません。

このサイトを紹介してくれていたこちら
わたヤク@AI臨床研究 (@ai_biostat)のツイートも役立ちそうです。
https://nitter.net/ai_biostat