The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

生化学者のための、無料の3DCGアニメーション作成ソフトBlenderの使い方動画の紹介

投稿日: 投稿者: root

先日 MRC LMBのセミナーで、Brady Johnstonさんの講演「Blending proteins- Democratising access to beautiful molecular landscapes」を見ました。Blenderというのは、日本語の公式サイトhttps://blender.jp/によると、
「Blender は3DCGアニメーションを作成するための統合環境アプリケーションです。オープンソースのフリーウェアであり、本格的かつ商用アプリにも負けない機能を持ち、世界中のユーザに利用されています。」というソフトウエアで、Windows用、Mac用、Linux用などがあります。Brady Johnstonさんのおかげで、生化学者が有料ソフトウエアを使わずにタンパク質やDNAの立体構造アニメーション、分子動力学解析結果のトラジェクトリのアニメーション、電子顕微鏡画像の立体再構築アニメーションなどの作成ができるようになっています。pdbファイルなどの生命科学で使われるファイルを読み込むためのBlenderのaddon　”Molecular Nodes”を開発してくれており、無料のBlenderでpdbファイルを表示して自由にアニメーションを作成することができるようになっているそうです。
私はまだ使ったことがありませんが、BlenderとMolecular Nodesの組み合わせは、世界中の生命科学者が使っているようです。JohnstonさんのYouTubeチャンネルにBlenderのインストールからはじまる
Blender for Biochemistsという一連の動画があります。
https://youtube.com/playlist?list=PLQyfz7398elUxrY_5NbqvN0ve7hqlz_mW
また、Blenderの生命科学者用のアドオンMolecular Nodesのインストールの仕方からはじまる一連の使い方の動画が公開されているので興味のある方は挑戦してみてください。
https://youtube.com/playlist?list=PLQyfz7398elUYMdeaSYVAcXffzlSIzuSw

どんなことがBlenderとMolecular Nodesでできるかは、Johnstonさんのtwitterなどをみるとよくわかります。
https://twitter.com/bradyajohnston

 

MRC LMBの講演は公開されるかどうか不明ですが、以下の動画は内容がほぼ同じです。
https://youtu.be/adhTmwYwOiA

青空文庫の全文検索ツールが役立ちます！

投稿日: 投稿者: root

青空文庫の全文検索ができるんですね。こちらのサイトで可能です。
https://myokoym.net/aozorasearch/

今日このツイートで初めて知りました。


複数の単語を並べての検索もできます。
たとえば、「中原中也　宮沢」と検索してみてください。中原中也の宮澤賢治全集への序文などがヒットします。宮沢を宮澤に変えるとヒットがなくなります。

前に紹介した寺田寅彦のジャーナリズム雑感も、たしか三原山で心中したカップルの会話がさも側で速記したように新聞に書かれていたというようなことが書いてあったのは、誰の文章だったかな？と思い出せれば、「三原山　心中」と検索窓にいれるとヒットします。
https://www.aozora.gr.jp/cards/000042/files/2492_10275.html

寺田寅彦随筆集より―「ジャーナリズム雑感」を紹介します。

公式サイトのtwitterはこちらです。
https://twitter.com/aozorasearch
使い方の記事もあります。
https://qiita.com/myokoym/items/a97f6901d4fa12bb8cb9

青空文庫を活用するのに役立つツールですね。

オンライン公開されている因果推論の教科書とその日本語解説動画シリーズ、そして研究生活に役立つtips満載のブログを紹介します。

投稿日: 投稿者: root

こちらのブログの以下の記事を読みました。このサイトは
https://nothing-without-poison.com/
疫学を中心に、研究に役立つ情報が満載です。今までこのサイトを知らなかったのが残念に思えるサイトです。たとえばChatGPTに英語の論文を書かせてみるという面白い記事もありました！このサイトにある以下の記事も役立ちます。
https://nothing-without-poison.com/epi12/

【厳選】無料の疫学・統計学オンライン講座11選！

色々役立つオンライン講座が紹介されているので是非記事をご覧ください。この記事の中に、因果推論についての講座や本も紹介されていました。この記事ではじめて知ったのですが、今年刊行予定の因果推論の教科書Causal Inference: What If (Hernan MA, Robins JM) (2020): Boca Raton: Chapman & Hall/CRC.という本がオンラインで公開されています(2023年5月改訂版）。こちらのサイトのリンクからダウンロードしてください。このサイトから、この教科書にのっている、解析のためのコードやデータもダウンロードできます。https://www.hsph.harvard.edu/miguel-hernan/causal-inference-book/

この本の勉強会の資料や動画が以下からたどれますので、是非読んでみてください。
この勉強会を主催されていた長崎大学の佐藤俊太朗先生の「因果推論本『Causal inference: What if』のまとめページ」
https://zenn.dev/shuntarosato/articles/0316df77e19858
https://zenn.dev/shuntarosato/articles/3800e1e4f0349e
https://zenn.dev/shuntarosato/articles/04bbe8a017ab74
https://zenn.dev/shuntarosato/articles/e05e0ed66e8984

や、そのほかの記事
https://zenn.dev/shuntarosatoも大変役立ちますのでご覧ください。
佐藤先生のYouTubeチャンネルにも勉強会の動画がまとまっています。
https://www.youtube.com/@Sato-
たとえば勉強会の最初の回の動画はこんな感じです。
Chapter.0 疫学のための確率の基礎（『Causal Inference: What If』勉強会）
https://youtu.be/efT7gPjTpHI

無料で読める英語の数学書や講義資料があつめてあるサイトOpen Math Notesを紹介します。

投稿日: 投稿者: root

今日は、英語で無料で読める数学書や講義資料があつめてあるAMSのサイトOpen Math Notesを紹介します。
ASMS はアメリカ数学会American Mathematical Societyの略です。AMSのOpen Math Notesというサイトには無料の英語の数学の教科書や講義資料がいろいろ公開されていて無料でダウンロードできます。
https://www.ams.org/open-math-notes

サイトの左にあるプルダウンメニューから、出版された日付や、トピックス、対象読者（学部生向け、大学院生向け、高校生向け）などで絞り込んで、各種の教材、教科書をダウンロードすることもできます。掲載されている本は、しばらくすると出版されて読めなくなるものもあるので、必要な本や資料がみつかったら、早めにダウンロードすることをおすすめします。

たとえばこんなタイトルがあります。関数解析の最新の教科書です。
https://www.ams.org/open-math-notes/omn-view-listing?listingId=111364


 

他にも幾つかタイトルをあげておきますす。小中学校の先生むけの現代数学からみた初等数学についての本があります。

Blue Book of Mathematics for Elementary School Teachers　（Natasha Rozhkovskaya, Kansas State University）
https://www.ams.org/open-math-notes/omn-view-listing?listingId=111324
In these lectures, we review elementary mathematics within the larger picture of modern mathematics. The main audience of the course are students with prospective careers in elementary school education. The topics include: sets, properties of arithmetic operations, culture of calculations, exponents, decimal and non-decimal base systems, historical numeration systems, GCF(a,b) and LCM(a,b), prime factorization, divisibility tests. Each chapter includes definitions, examples, exercises.

常微分方程式の教科書もあります。https://www.ams.org/open-math-notes/omn-view-listing?listingId=111313
Ordinary Differential Equations: A First Course　（Mohammad Niksirat · University of Alberta · Date posted: November 14, 2021 · Date revised: December 26, 2021 ）This volume is an elementary textbook on ordinary differential equations that most students in science and engineering faculties take in their second year. All topics in this book are organized into chapters, sections, and subsections. There is at least one solved example for each subject in the book, and most of them are accompanied by graphs and drawing to illustrate the main point visually. The book is self-contained. The appendix chapter summarizes the essential pre-requisite for the course.

他にも線形代数だの確率、論理、高校数学、偏微分方程式、群論や環論、アダマール行列などなどいろんな資料がありますので探してみるとよいでしょう。

John White先生の研究回顧の動画が公開されました。レーザー共焦点顕微鏡の発明者で線虫の全神経回路網の決定、細胞分裂研究などで有名な先生です。

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YouTubeをみていたら私が以前MRC LMBでお世話になったJohn White先生のインタビュー動画が丁度公開されたところでした。
https://youtu.be/pprP8pFdyb8

White先生は世界ではじめて、今では皆が使っているレーザー共焦点顕微鏡（コンフォーカル）を開発した先生です。昔Scientific Americanの記事でレーザー共焦点顕微鏡を扱ったものを読みましたが、それにはWhite先生がいなかったらレーザー共焦点顕微鏡の実用化はなかっただろうと書いてありました。A Nobel Fellow on Every Floorという本によると、Aaron Klug　（Rosalind Franklinの共同研究者で後にノーベル賞を授賞した有名な先生）が共焦点顕微鏡についての論文をたまたまみつけて、これだと確信し、おなじMRC LMBにいたWhite先生に開発をもちかけたそうです。光学の専門家でもあったWhite先生は先行研究を調べ、俺ならもっとうまくやれると思ったそうです。鏡を動かしてビームを動かしてスキャンする方式（それまではビームは動かず、顕微鏡のステージが動く方式しかなかったそうです）や小さなピンホールを使う方式、通常の顕微鏡のレンズを利用するなど様々な新しいアイデアを導入してMRC LMBの工作室で顕微鏡が組み立てられました。私がMRC LMBに入った時に、ここでレーザー共焦点顕微鏡ができたのだと、工作室をみせてもらいました。先生がレーザー共焦点顕微鏡での研究成果を論文として有名雑誌Journal of Cell Biologyに投稿した時には、アクセプトの通知に編集者の一人からの、すぐにあなたの作った顕微鏡を購入したいという文面が入っていたそうです。そんな論文を書いてみたいですね。先生は他に、世界ではじめて生物の全神経回路網＝コネクトーム（神経のどれとどれがつながっているかの全貌；神経コネクションの全部の集合なのでconnectomeと呼びます）を決定したことでも有名です。この全神経回路網を決定した論文がでた時には、雑誌の一巻まるごと全部がWhite先生の一つの論文で占められていた（340ページの論文）のです。これも凄いことですね。

G White, E Southgate, JN Thomson, and S Brenner. (1986) The structure of the nervous system of the nematode Caenorhabditis elegans (The mind of a worm.) Phil. Trans. R. Soc. Lond. B 314: 1-340.　という論文でこちらから読めます。
https://www.wormatlas.org/MoW_built0.92/MoW.html

線虫C. elegansのコネクトームの解明の他、四次元顕微鏡（私がラボにいたときには、顕微鏡に日本のパイオニア社製のレーザーディスクをつないで使っておられました）の開発、細胞分裂の研究などでも有名です。私が新しい分野を線虫でやろうとすると、どんな分野でも必ずWhite先生の論文がみつかりました。すごい先生です。今回のYouTub eの動画は、前に紹介した女性科学者を扱ったMRC LMBの歴史の本Ahead of the Curveの著者 Kathy Weston さんによるインタビューで、コネクトームの研究やレーザー共焦点顕微鏡の開発秘話も含まれていてとても面白いので是非見てください。Video transcriptも読むことができます。
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/sites/lmbthroughtheyears/transcripts/shortened-transcript-of-interview-with-john-white-jw-27-june-2022/

White先生自身の回顧録はこちら。
White JG. Getting into the mind of a worm—a personal view. In: WormBook: The Online Review of C. elegans Biology [Internet]. Pasadena (CA): WormBook; 2005-2018. Available from: https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK153591/

オープンアクセスのSystems Biologyの教科書第二版がSpringer Natureで公開されています。おすすめです。

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今日は短い記事です。さきほど九大図書館に接続して論文を探していたとき、Springer  Linkをみているとオープンアクセスの教科書があるのに気づきました。
ポーランドとドイツの著者によるSystems BiologyーFunctional Strategies of Living Organisms（2023年発行、第2版）という修士、研究者向けの教科書です。英語はやさしいし、生物科学や生物工学の学部生でも読めると思います。無料でpdfやepub形式の本がダウンロードできるので、一度ダウンロードして眺めてみるとよいと思います。
解りやすい図が満載のゲノム編集時代の最新のシステムズバイオロジーの教科書です。こちらからダウンロードできます。
https://link.springer.com/book/10.1007/978-3-031-31557-2

京都大学が公開している英語学習に役立つサイトの紹介です。ChatGPTと音声で英会話練習もできるそうです！

投稿日: 投稿者: root

京都大学のサイトで、DELE_ウェブサイト集というのは役立つサイトです。
https://www.i-arrc.k.kyoto-u.ac.jp/english/websites_jp
DELEというのは、

京都大学 国際高等教育院　附属国際学術言語教育センター　i-ARRCに属する
英語教育部門DELE（The Division of English Language Education）の略です。

サイトの冒頭部分には次のように書かれています。
「自律的学習に有益なウェブサイトやアプリを探すためのデータベース

  1. 自分がどのような英語スキルを伸ばすことを考えているか決めてください。
  2. 表の上の左にある “English Skill” （伸ばしたい英語スキル領域）を選んでください。
  3. 次にその右にある “English Proficiency” （ウェブサイトが想定している英語力）を選んでください。
  4. すぐに2と3の絞り込みによるお薦めのウェブサイトやアプリが現れますので、その中でも特に興味があるサイトのURLをクリックしてください。」

私がこのブログで紹介してきたサイトもいくつも含まれています。各自の実力に応じたサイトを探して学習に役立ててください。
また、先日紹介した柳瀬先生のブログに新しい記事が追加されていますので紹介します。


この記事にはChatGPTをスピーチ試験対策用に使うプロンプトが紹介されています。プロンプトはGPT-3.5でも動くそうです。記事へのリンクは上のTwitter記事からも飛べますし、以下をクリックしてもらってもよいです。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/06/12chatgpt.html
またこの記事中には、ChatGPTと音声で英会話練習する方法 (無料）という記事へのリンクと、その方法の応用についてもふれてあるので　とても役立ちます。さすが専門家は違うなぁと思いました。是非読んでやってみてください。この記事へのリンクを以下に貼り付けておきます。

https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/04/chatgpt.html

MRC LMBで開催されるセミナーのいろいろ―Zoomで聴けるものも多いです。

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昨日はMRC LMB　(英国MRC=英国医学研究会議Medical Research Councilの分子生物学研究所）のサイトにアップロードされている、Kendrewの生涯と業績についての動画を紹介しました。KendrewはミオグロビンのX線結晶構造解析手法を開発して、世界ではじめて原子レベルの解像度でミオグロビンの立体構造を解明した研究でノーベル賞を授賞しました。その後は管理職の方向へ仕事をすすめて、有名な雑誌や研究所などの設立に尽力したのでも有名です。昨日は紹介し忘れましたが、日本語で翻訳がでた啓蒙書「生命の糸」は、分子生物学黎明期の本で私も高校生のころに読みました。国立国会図書館の個人送信資料で読むことができてなつかしいです。https://dl.ndl.go.jp/pid/2429699
昔の本ですのでお勧めはしませんが、興味のある方はご覧になると1966年頃の分子生物学の様子がわかって面白いかもしれません。

MRC LMBのYouTubeチャンネルにはMRC LMBで開催された講演の動画がアップロードされますが、すべての講演がアップロードされるわけではありません。こちらのサイトにセミナー開催の一覧が発表されていて、中にはZoomリンクがのっているものもありますので、興味があれば聞いてみるのも良いと思います。https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/news-and-events/scientific-seminars/
英国との時差は現在夏時間なので8時間あります。英国時間で午前11時とあれば8時間たして日本時間では19時です。午前中のセミナーなら夜更かししなくて聴くことができます。
今ちょっとみると、 Brady Johnstonさんのセミナーなどがあるようです。彼のtwitterを以下に貼り付けておきます。

 

その他BioinformaticsのセミナーやAlphaFoldのセミナーなどもあるようです。6月9日には一般向けのセミナーで、癌細胞を免疫系がどのようにみつけるかというテーマの講演もあるようで面白そうです。

ノーベル賞受賞者John Kendrewの生涯と業績がわかる動画が公開されました(MRC LMBでの講演です）

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The Extraordinary Life and Legacy of Sir John C. Kendrew by Paul Wassarman
https://youtu.be/YYaS28TxAdU

MRC LMBの新しい講演動画が本日6月6日付で公開されていました。ミオグロビン蛋白質の立体構造を世界ではじめて解明したJohn Kendrewの伝記についての講演です。演者のPaul Wassarmanさんは哺乳類の卵母細胞形成や受精の研究で有名な発生生物学者です。彼は卵が受精する時に働く、透明帯に存在する精子の受容体として働くタンパク質Zona pellucida glycoproteins（ZP1、ZP2、ZP3）の発見と機能の解明で特に有名です。1967年に公式にはJohn KendrewのポスドクとしてMRC LMBに3年ほど在籍したとのことです。Kendrewは1962年には自身で研究することは止めてしまっていたので、実際はKendrewの跡継ぎのHerman Watsonのポスドクとして働き、glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenaseの立体構造の解明に携わったそうです。実に56年ぶりのMRC LMBでの講演ということになります。彼はKendrewの伝記“A Place in History”をOxford 大学出版会から出版していて、Kendrewの生涯について語るのに最適の人です。本を持っていない人も本の概要を知ることができる講演ですので是非ご覧ください。Kendrewの奥さんと日本軍との関係とかもわかります。

ChatGPTを使いながら英作文を学び、効率的に論文を書く方法―京都大学の柳瀬 陽介先生のプロンプトが役立ちます！

投稿日: 投稿者: root

昨年、京都大学で英語ライティング、リスニングを教えておられる柳瀬 陽介先生のブログを紹介しました。
DeepL, Grammarly, WordTuneを連携して英文を書く時代になったという記事でしたが、ChatGPTが出現した現在、英語教育はどのように変わったのでしょうか。今日、久しぶりに先生のサイトを拝見しました。ChatGPTで英語教育が革命的に変化しつつあることが実感できまので、以下のリンクにある、先生のブログをご覧になることを薦めます。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/
先生のブログには、英語で論文を書く必要がある私達にとって、ものすごく役立つChatGPT用のプロンプトが公開されているので、是非使ってみて英語の学習を効率化してみてください。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/05/chatgptver2.html
この記事から少し引用します。

「このプロンプトは、学習者（大学レベル以上）が学術英語執筆を自学自習することを助けます。
下のプロンプトの指定欄に英文を入れると、ChatGPTが以下の6つを出力します。
1) 入力したオリジナル英文
2) 語法（＝文法・句読点・綴り）だけを添削した英文
3) その語法添削のポイント
4) 語法添削した英文をさらに文体的に改善した改訂英文
5) その英文改訂のポイント
6) 英文執筆者へのコメント
<中略＞
なお、このプロンプトはChatGPTのGPT-4を前提としていますが、GPT-3.5でもBingでもBardでも使えます。下にその出力例をつけていますが、GPT-3.5とBardの出力の質は低いです」とのことです。

この記事のプロンプトは英語での指示で、実際の使用例がのっています。大変役立つプロンプトですので、是非自分の英文に使ってみてください。とうとう日本人が英語で論文を書くときの障壁が消えましたね。英文校閲に余分な時間をかける時代が終わりました。余分な時間と費用をかけずに、各自のすばらしいアイデア、研究成果をどんどん英語で発信できるようになりました。まさに革命ですね。

なお、このブログで柳瀬先生は高校生向けの英作文学習用のプロンプトも公開してくださっています。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/05/chatgptbing.html
先生のTwitterにも高校生用のプロンプト(中学生でも使えるようにプロンプトを変更する方法も載っています）の紹介がありますので、「Twitterで会話をすべて読む」の部分をクリックして連続ツイートを読んでみてください。こんなふうにプロンプトが使えるんですね。すばらしい記事でした。

以前のブログの記事も、以下に再録しておきます。

2022/1/10
京都大学で英語ライティング、リスニングを教えておられる柳瀬 陽介先生のブログを知りました。今や英文ライティングは機械翻訳の利用が上式だそうです。解説動画「機械翻訳によって、異文化の問題は前景化するのかそれとも後景化するのか：一般学術目的の英語ライティング授業からの考察」
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2021/11/をご覧ください。動画は
https://www.youtube.com/watch?v=piaM2RDBwysでも見られます。講演が行われたシンポジュウムの他の先生の動画は以下からみられます。機械翻訳や英語の国際語化につぃての問題点など大変参考になる講演がきけます。
https://sites.google.com/view/125th-sympo-language-education/schedule
英文ライティングで機械翻訳を利用するのはもう常識になっているそうです。次の記事にはDeepL, Grammarly, WordTuneを連携して英文を書く方法について書かれていて参考になります。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2021/04/wordtune10-ai.html
あと、英語学習全般についてのアドバイスも以下にあります。
「知的な英語を使いこなせるようになりたい大学生のために 」という記事です。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2019/06/blog-post.html