らんまんの丈之助のモデルはやはり坪内逍遥でしたね!ケンブリッジ大学の図書館にも彼のシェークスピア全集は所蔵されていました。

今日のらんまんでは、堀井 丈之助が久々に登場してシェークスピア全集を完成させたと届けにきていましたね。彼のモデルが坪内逍遥ではないかと思っていましたが、そうだというのが確定しましたね。
坪内逍遥のシェークスピア全集は、私が最初に英国に留学した時、ケンブリッジ大学図書館に収蔵ざれて全集を手に取って読んだのを思い出します。ケンブリッジ大学図書館には、多数の日本語書籍が開架図書室に収蔵されていてその量に驚きました。中には小学生の子供の読めるものもあって貸出してもらって家で子供と一緒に読んでいたこともあります。漱石全集とか小泉八雲の作品集などもそろっていて、日本の文学、哲学関係の本が潤沢にあるので、よい図書館だと思いました。この図書館にはアルキメデスの方法という有名な稀覯本(一部)なども所蔵されています。開架書庫にはいるときには、タイマーのつまみを回しておいて、タイマー(電気を使わない、ねじ式のタイマー)が回っている間だけ蛍光灯が点灯するようになっていました。10分とかたつと自動で照明がきれるので、電燈の消し忘れも気にせずに閲覧できるという、かしこいシステムを導入しているのは参考になりました。
さて、今日のらんまんでは、野宮さんが登場、波多野さんはドラマではすでに学士院会員となっており、二人はそれぞれイチョウとソテツの精子の世界初の発見で第二回恩賜賞を受賞することになります。以前のこちらの記事に書きました。

朝ドラ「らんまん」にでてくる画工 野宮さんのモデルは平瀬作五郎ではないでしょうか?

最初のケンブリッジでの所属先は動物学教室で、地下にラボがありました。私は進化生物学で有名な長谷川真理子先生と入れ替わりで動物学教室に留学したのを最近知りました。動物学教室の近くには旧キャベンディッシュ研究所跡があって、ここでワトソン・クリックが研究していたのだと思って歩いていたのを思い出します。動物学教室の博物館にはDarwinの採集してきた標本とかも展示されていました。感激して一人でみていたのも思い出します。博物館にいたのは私一人でした。

ケンブリッジに着いてすぐでしたが、研究の必要からセルソーターを借りる必要があって、その手続きでJim Watsonさんに電話したこともあります。電話口で彼は、私はあのDNAの構造を発見したWatsonではないと、最初にことわってくれたのが印象的でした。同姓同名でケンブリッジ大学にいるのでよく間違われるので、いつもことわるんだとおっしゃっていました。私の大家さんはPortugal Placeに住んでおられて隣にはCrickが住んでいたそうです。当時はそのCrickの家の軒先に二重らせんのオブジェがぶらさげてありました。これは当時Klugのラボに留学されておられた京大の中世古先生に教えていただいて、子供たちと一緒に前で写真をとったのを覚えています。用時でTim Huntさんを訪ねたこともあります。訪れた時はちょうどWoods Holeの学生実習で、増井 禎夫の発見したあのMPFにサイクリンとcdc2が含まれているということがわかった直後だったので、興奮してそのニュースを教えてくれました。ノーベル賞につながった発見のエピソードを本人から直後に詳しく聞けたのはいい思い出です。研究室ではアフリカツメガエルを飼育するのに西洋の普通の家にある細長いバスタブをつかっているのを見せてくれました。Huntさんは後にノーベル賞受賞後、英国のサッチャーの科学政策を激しく批判しておられましたが、研究者に予算がこないのでバスタブをつかってカエルを飼育していたということです。昔は京大でもビーカーを買う予算がないので、ワンカップ大関の空瓶をつかっていたというのは有名な話です。

増井さんについては、生命誌研究館のこちらの記事がわかりやすいです。
http://brh.co.jp/s_library/interview/25/

ChatGPT用のプロンプト集の紹介です。

今日は夕方からはじまるMRC LMBのシンポジュウムに参加中です。それでChatGPTのプロンプトの例がいっぱいあつめてあるサイトを紹介して本日の記事にしておきます。

NEXT GENERATION BIOPHYSICS SYMPOSIUM 2023
Wednesday 27th September 2023
Meeting Hosted by the MRC Laboratory of Molecular Biology, Cambridge
プログラムはこちら。面白そうです。
https://www3.mrc-lmb.cam.ac.uk/sites/nextgen/programme/

今日紹介するプロンプト集は、
Awesome ChatGPT Prompts PDFというタイトルのサイトです。pdfをダウンロードできます。
https://www.theinsaneapp.com/2023/08/awesome-chatgpt-prompts-pdf.html

英文校閲のプロンプトや、発想支援のプロンプト、数学用のプロンプト、音楽作曲用のプロンプト、その他多種多彩なプロンプトがありますのでとても参考になります。たとえばこんなプロンプトです。
To act as an English Translator and Improver
To act as a Spoken English Teacher and Improver
To act as a Plagiarism Checker
To act as a Composer
To act as a Classical Music Composer
To act as a Tech Writer
To act as a Debate Coach
こちらのGitHubページがもとになっているようです。https://github.com/f/awesome-chatgpt-prompts

最初に紹介したAwesome ChhatGPT Prompts PDFのページには他にも、データサイエンス用プロンプト集 https://www.theinsaneapp.com/2023/07/chatgpt-prompts-for-data-science.html
プログラム開発者用のプロンプト集 https://www.theinsaneapp.com/2023/07/chatgpt-prompts-for-developers.html
などへのリンクも貼られていますので参考になります。

Kindle unlimited で無料で読めるブルーバックスのおすすめ本の紹介―その2

今日もKindle unlimitedでよめるブルーバックスのおすすめ本の紹介を続けます。

暗記しないで化学入門 電子をみれば化学はわかる」 平山令明著  これはとてもわかりやすい化学での電子論の解説書です。分子間力や水素結合、van der Waals力などの解説もわかりやすいです。
分子レベルで見た体のはたらき いのちを支えるタンパク質を視る」平山令明著 カラーでタンパク質の立体構造を表示した図が満載のタンパク質の立体構造入門書。Pymolで動かしてみたくなることうけあいです。
分子レベルで見た薬のはたらき なぜ効くのか どのように病気を治すのか」平山令明著 薬の効くメカニズムを構造の観点から理解できるよい本です。

平山先生の以前紹介した「はじめての量子化学」もKindle unlimitedで読めます。この本も超おすすめです。

おすすめ本です。遺伝学の辞書と量子化学(分子軌道法)の入門書の紹介です。

 

その他、化学関係のブルーバックスもいろいろあります。たとえばこんな本はどうでしょう。

すごい分子 世界は六角形でできている」 佐藤健太郎 著もおもしろそうです。ベンゼン環など芳香族化合物や5員環の化合物、π電子などいろいろな話題で有機化学が学べます。
Kindle unlimitedの検索窓に、化学 ブルーバックスといれると他にもいろいろヒットします。

Kindle unlimited で無料で読めるブルーバックスのおすすめ本を紹介します。

AmazonのKindle unlimitedに大量のブルーバックスが入っているのを以前紹介しました。

Kindle unlimitedにブルーバックスがいっぱい入っています!

こちらのAmazonのツイートによると10/31終了予定とのことです。


10月31日までの限定での公開のようですが、たくさん借りてきて現在読んでいるところです。3か月無料プランを試していたのですが、ブルーバックスが読めるので、とうとうKindle unlimitedに入ってしまいました
上に埋め込んだ以前の記事でいくつかKindle unlimitedでよめるおすすめの本を紹介しました。
はじめての量子化学 、入門者のLinux細胞の中の分子生物学HSPと分子シャペロン新しい発生生物学 なども読めるタイトルに入っています。これらは解りやすい名著でおすすめです。また他にも、世界は「e」でできているはじめての機械学習多様体とは何かアインシュタイン方程式を読んだら「宇宙」が見えた、三体問題寿命遺伝子LaTeX超入門生命はデジタルでできている高校数学からはじめるディープラーニングプリンシピア2つの粒子で世界がわかる経済数学の直観的方法高校数学でわかるシリーズ大栗先生の超弦理論入門熱力学で理解する化学反応のしくみ暗号の数理数の概念物理の風景なども読めます。
今日はもうすこし、すこしおすすめの本を追加します。

実際借りて読んでいますが「三体問題」がとてもわかりやすかったです。著者の語り口が絶妙でこれはわかりやすいお薦めの本でした。物理の三体問題についての解説ですが、これほどわかりやすい本はみたことがありません。アインシュタインの共同研究者のインフェルトの業績もよくわかりました。
英語の勉強についての本では、「理系のための「実践英語力」習得法」をおすすめします。ChatGPTで英語を書いていこうとする人にまず読んでおいてほしい基本的な英語の解説書になっています。
入門者のPython」もPythonを学ぼうとする人のつまづきやすいところが丁寧に解説してあるので、入門に最適の本だと思いました。
免疫の守護者 制御性T細胞とはなにか」も研究現場での研究の様子がわかる本になっていておすすめです。多田富雄先生のサプレッサーT細胞の話も詳しく書かれているので、多田先生のフアンの方も一度は読んでおくとよい本だと思います。

Code interpreterを自分のパソコンで動かす方法の解説動画があります。

無事に京都から戻ってきました。福岡も数日前よりもずいぶん涼しくなっていて快晴でした。京都も今日は快晴で、朝はやくから京都駅の近くにある東本願寺の飛地境内地の庭園である渉成園(しょうせいえん)を見に行きました。
https://www.higashihonganji.or.jp/about/guide/shoseien/
こちらの庭園ではテレビドラマの暴れん坊将軍のロケもたびたびおこなわれていたそうです。園内の池にはアメンボがたくさんいました。また池の傍の木にはなんと鷹がとまっていて、みつめていると大きく羽ばたいて飛び去っていきました。京都駅のすぐ近くに鷹がいるんですね。びっくりしました。

さて今日はよくわかるYouTubeチャンネルを一つ紹介しておきます。
「にゃんたのAI実践チャンネル【Python × 機械学習 × ChatGPT】」というチャンネルです。
https://www.youtube.com/@aivtuber2866/featured
こちらにはChatGPTについての有益な動画があります。またコードインターブリターの自分のパソコンへのインストール法についての動画もあります。みましたがwindowsへのインストールの仕方なども動画を見ながら自分のパソコンにインストールできるように説明されていて秀逸です。是非ご覧ください。二つほど動画のリンクを張っておきます。この動画のはじめにはすこしだけ予告編のような動画が流れます。すこしまっていると動画が始まりますので安心してください。まずは動画リストのページのリンクから紹介します。
https://www.youtube.com/@aivtuber2866/videos

話題のOpen Interpreterを解説!Windowsでの使い方なども紹介
https://youtu.be/kwFd_jA0G54?si=WfUw3f-iZiel-agA

Open Interpreterをオープンソースのモデルで使えるのか検証!Code Llamaの使い方を解説
https://youtu.be/afVVyOJvtPI?si=IZxtvpF8Dt1KPigy

 

Mathematicaで量子化学計算をするモジュールが開発中とのニュースです。

約一年ぶりに京都にきています。昨年はコロナで人出が少なかったですが、今年は外国人観光客も激増していて賑わいがもどったようです。和服をきて歩いている外国人観光客がとても多いです。またホテルのスタッフもマスク着用は任意になっていて、ほとんどの方がノーマスクです。久しぶりに河原町にいきましたが、昔あったいろんな店がなくなってさみしい気がしました。丸善、駸々堂京宝店、オーム社、京都書院、文祥堂、まんじ堂、河原町の冨美家、不二家など河原町の有名なお店は消えて、ユニクロとか薬局とかの外国人観光客向けの店がほとんどになってしまっています。錦市場も昔の京都市民の台所の性格が消えて、これも外国人観光客向けになっている気がしました。京都の山並みは昔のままですが、比叡山の山頂展望台も消えてもうだいぶになります。年月を感じさせる変化でした。

さて今日はMathematicaで量子化学計算をてがるにできるようにしようというMathematicaのモジュールが開発中であるというニュースです。こちらのツイートをご覧ください。いつも有益な情報を提供してくださっている酒井雄志さんのツイートで知りました。https://nitter.net/830RDEkpvteEODM


こちらのGitHubのサイト
https://github.com/LCPQ/qcmath

およびこちらのプレプリントリンクからご覧ください。
https://arxiv.org/abs/2308.14890

このモジュールはLinuxのMathematicaで動かすようです。動作条件と必要なMathematicaとPython, Python モジュールは以下のとおりです。

Linux OS
Wolfram Mathematica>12.1
PySCF (これはThe Python-based Simulations of Chemistry Frameworkというモジュール集です。これにあうようにPythonとNumpyのバージョンが設定されています)
Python ≧3.6.0
Numpy ≧1.13

意識の進化についてオリジナルな進化心理学的アプローチで考えるという講演動画がでています。

明日はお彼岸ですね。亡くなった人を思い出し未来を考える機会になるよい習慣だと思います。Royal Institutionの講演動画に、「意識はどのように進化したか」How did consciousness evolve? という有名な進化心理学者で哲学者のNicholas Humphreyの講演があったのでお知らせします。https://youtu.be/9QWaZp_2I1k?si=wYA1zcBnFGryyIqs

ニコラス・ハンフリーについてのウイキペディアはこちらです。
https://ja.wikipedia.org/wiki/%E3%83%8B%E3%82%B3%E3%83%A9%E3%82%B9%E3%83%BB%E3%83%8F%E3%83%B3%E3%83%95%E3%83%AA%E3%83%BC
私は全く知らなかったのですが、例によって最近でたばかりの彼の本 ‘Sentience: The Invention of Consciousness’ の紹介もかねた講演のようです。https://mitpress.mit.edu/9780262548311/sentience/

彼の現象的意識の理論をはじめて詳しく紹介する講演になっているそうです。この講演では、現象的意識は最近の進化の産物であり、哺乳類や鳥類など温血の動物だけにみられるものだとされているそうです。タコやミツバチとかは知性をもつようにみえますが、原料的意識はもたないといっているそうです。現象的意識というのははじめて聞く言葉でしたがhttps://ja.wikipedia.org/wiki/%E7%8F%BE%E8%B1%A1%E7%9A%84%E6%84%8F%E8%AD%98
という解説がウィキペディアにありました。Humphreyは1943年生まれで、彼の著作は二冊ほど邦訳されています。いわゆるクオリアというのも現象的意識に属する概念だそうです。

邦訳されている著書は
『赤を見る』紀伊國屋書店 (2006/11) 柴田裕之訳
『ソウルダスト――〈意識〉という魅惑の幻想』紀伊国屋書店(2012/04)柴田裕之訳の二冊です。

意識について進化論的に考えるアプローチの一つとして動画が参考になるかと思います。

メンデレーエフの無煙火薬製造法の発見のエピソードについて書かれている本をみつけました。日本語で無料で読めます。

去年の記事で、周期律表を発見したメンデレーエフがフランスで極秘とされていた無煙火薬の成分をつきとめたという話を紹介しました。増山元三郎先生が「数に語らせる」 (岩波書店1952年)という本で紹介されている逸話です。

周期律の発見者メンデレーエフが無煙火薬の製造法の秘密を探った方法とは?

これは公開情報だけを利用して秘密を探る、いわゆるオシントといわれる手法の教科書的な例だと思いました。去年記事を書いたときに、この逸話がのっているメンデレーエフの伝記を探したのですが見つかりませでした。一昨日、このエピソードの載っているメンデレーエフの伝記をたまたま見つけたので紹介します。これは国立国会図書館の個人送信資料で読める本です。
「メンデレエフ : 周期表の発見者の業蹟と思想」 オ・ピザルジェブスキー 著 共立出版1956
https://dl.ndl.go.jp/pid/1376094
昨年紹介した話が単なるうわさ話にすぎない   とこの本には書かれているので驚きました。でもひろく流布している話だそうです。それが書いてあるのはこちらのページです。
https://dl.ndl.go.jp/pid/1376094/1/173

メンデレーエフについてはこちらの本にも簡単な伝記があります。
「化学を築いた人々」 原光雄 著 中央公論社 1954
https://dl.ndl.go.jp/pid/1374129

周期表についてはこちらの動画がよいと思います。
https://youtu.be/KjsyekeSeOo?si=pfCyRbCC6eXo4Y7X

研究で得られるデータの収集、解析、公開などについての最新の手法を学べるサイトを九州大学が公開しています。ぜひご覧ください。

研究で得られるデータの正しい収集法、正しい取扱い方、整理法などについて役立つ情報を集めたサイトがあります。
九州大学が公開しているこちらのサイトをご覧ください。
「研究者や、研究者の支援に関わる担当者を対象に、研究データ管理に関するワークショップや教材を提供します。」
と書かれているページです。
https://rds.dx.kyushu-u.ac.jp/workshops_learning_materials

最近では、研究成果の再現性が問題になる事例が頻発しており、結果を再現できるように研究過程と得られたデータ、収集法などを明確に記録しておく必要があることが常識化してきています。このブログで以前紹介していた「再現可能性のすすめ―Rstudioによるデータ解析とレポート作成」という本などは、データ解析の課程を逐一再現できるように記録して研究する方法のよい紹介になっていました。
今回上にリンクを紹介した九州大学のサイトには、もっと広い範囲を扱っていて、どのような研究をしている研究者にも必須の教材や動画がまとめられています。
研究者や研究支援者がみにつけておくべきデータマネジメントの手法とは何かがよくわかるように、具体的かつわかりやすく解説してあるので、是非各項目をクリックして勉強してみてください。デジタル時代の研究マネジメントについての理解が深まり、必ず研究に役立つと思います。
とりあえずは、ページにリンクがある、
「研究者のための研究データマネジメント」
https://jpcoar.repo.nii.ac.jp/records/294

「RDMトレーニングツール」(RDMというのはresearch data managementの略です)
https://jpcoar.repo.nii.ac.jp/records/34
あたりから学び始めるのもいいと思います。
資料にある様々なデータベースの紹介や、手法など役立つ情報が満載です。是非ご覧ください。

阪神優勝、歴史に残る写真はどのように撮られたのか。ニューラルネットワークのやさしい日本語紹介動画も載せておきます。

阪神タイガーズがシーズン優勝したので恒例の道頓堀川へのとびこみがみられました。
昔の優勝のときには、カーネルサンダースを川に投げ込んだりしていたという話です。

しかし今回話題沸騰している、次の写真はいい写真ですね。歴史に残る写真だと思います。
平和な日本が、世界中に平和をあまねく届けてもらいたいものです。


次の記事は、この写真がどのようにして撮影されて誰がとったのかがよくわかるよい記事でした。

https://note.com/kyodonews_osaka/n/n79d4c04a967b

さて今日は、YouTubeの3Blue1Brownというサイトを紹介します。日本語の公式チャンネルがあってまずそちらをご覧になることを薦めます。
https://www.youtube.com/@3Blue1BrownJapan

このサイトは、YouTubeチャンネルの説明によると、「3Blue1Brownの日本語版公式チャンネルです。東京大学の学生有志団体が本家3Blue1Brownの公式ライセンスのもと、動画を日本語に翻訳・再編集し公開しています。元のチャンネル(英語)https://www.youtube.com/c/3blue1brown」 ということです。東京大学の学生さんたちが日本語版にしてくださっているようです。
このチャンネルにはいろいろ役立つ動画がそろっています。たとえば次の動画はニューラルネットワークや深層学習の入門に最適ではないでしょうか。
「ニューラルネットワークの仕組み | Chapter 1, 深層学習(ディープラーニング)」
https://youtu.be/tc8RTtwvd5U?si=1Pynd8F3WOcAaTVV

本家の英語版チャンネルでは、chapter 4が今日公開されました。こちらもご覧ください。
https://www.youtube.com/playlist?list=PLZHQObOWTQDNU6R1_67000Dx_ZCJB-3pi