野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
今日は福岡は気温が35°Cのところもあって蒸し暑かったです。夕方にはまだツクツクボウシが鳴いていて夏の終わりを感じさせます。今日は気楽に楽しめる動画を紹介します。予備校のノリで学ぶ「大学の数学・物理」の最新のYouTube動画です。令和5年度の「科学技術分野の文部科学大臣表彰」科学技術賞を受賞されたのでも有名ですね。
ChatGPTのプロンプトを改良してくれるプラグインがあります。こちらのブログの記事で知りました。これは使えそうです。
このブログ記事はとても分かりやすくてお勧めの記事です。ただインストールする際、ChatGPTのプラグインストアからインストールしようとすると、emailアドレス聞いてくるのでメールアドレスを入力する必要があります。そのアドレスにメールで確認コードの数字が送られてくるので、それをブラウザ画面で入力すると使えるようになります。自分が入力するプロンプトを、perfect:ではじめると、このプラグインが英語でプロンプトを改良してChatGPTに送り、その改良型プロンプトへの応答がもどってくるという仕組みです。
どんなプロンプトを送ったかは、Used Prompt Perfectと表示されている部分の下向き矢印をクリックすると表示されます。英語でのプロンプトの書き方の見本にもなっているので参考になります。一度試してみてください。
とうとう阪神が優勝したんですね。私は関西出身なので別にファンではないですが、六甲おろしは歌えます。英語で阪神タイガースを応援する本（タイトルは「英語で阪神タイガースを応援できまっか」）というのを以前買ってきて大学で皆で読んでいたのを思い出します。おめでとうございます!!
さて今日は英語版ですが、ジャンル別に影響力のあるブログやpodcastをまとめてあるサイトがあったので紹介します。
こちらのツイートで、20 Best Computational Chemistry Blogs and Websitesというサイトが紹介されていました。
20 Best Computational Chemistry Blogs and Websiteshttps://t.co/5N7cWKhVdM #compchem
— Jan Jensen (@janhjensen) September 11, 2023
このサイトは、ジャンル別にブログやpodcastをまとめて紹介しているサイトです。ポップアップがうるさいですがサイト自体は役立つと思います。どんなジャンルがあるかはこちらから探せます。
https://blog.feedspot.com/blogs_directory/?_src=home
超音波は胎児の画像診断に使われていることからもわかるように、超音波は光や赤外線とちがって、透明でない生物体でも深く浸透して画像を得ることができます。最近では超音波を使ってのイメージングや、超音波による細胞への加熱による遺伝子発現制御、超音波による生体内での細胞の移動なども可能になってきいているようです。光ピンセットというのがあってレーザーで細胞や原子などを移動したりトラップしたりできることが知られています。その超音波版もできてきていて、Acoustic tweezers とよばれています。こちらの論文に詳しく書かれています。
https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.1813047115
日本語の解説はこちらがわかりやすいです。
https://shiropen.com/seamless/holographic-acoustic-tweezers
動画もあります。https://youtu.be/0Up5kr5Xgcg?si=zKa5Bu7M1tStVFbH
超音波でどうやって物体を浮遊させてトラップできるかの原理は次の動画が必見です。ポリスチレンの小さな白球が次々と空中に浮かぶ様子を見た人は、一目で超音波ピンセットの原理を理解できると思います。
Acoustic Standing Waves and the Levitation of Small Objects
https://youtu.be/XpNbyfxxkWE?si=lOi2km8EEjsUpGvk
後半ではシュリーレン光学系をつかって超音波を可視化して、浮遊している白球が空気の密度の高いところにとどまっていることがわかりやすく示されています。
Steven Strogatzさんは複雑系の研究で有名なコーネル大学の数学者です。ときどき彼のtwitterをみていましたが今日でツイートとをやめるとのことでびっくりしています。
Dear all, this is my last tweet. Thanks for all the good conversations. I’ll still be writing, podcasting, etc., and hope our paths will cross again!
— Steven Strogatz (@stevenstrogatz) September 11, 2023
Strogatzさんはたくさん本を書いており、
https://www.stevenstrogatz.com/all-books
いろいろ邦訳があります。たとえばSyncという本は有名です。紙の本は1183円ですが
https://www.hayakawa-online.co.jp/product/books/90403.html
Kindleの日本語版は今600円で買えるようです。
Netflixで配信されているドキュメンタリー「インフィニティ：無限を旅する」A Trip to Infinityはもおすすめです。
YouTube動画では次の二本がわかりやすそうです。
The Story of Calculus – Steven Strogatz 2022 Ulam Memorial Lecture
https://www.youtube.com/live/S1gXA4B8DL0?si=HGsXF9FKe1EEzkod
The Story of Sync – Steven Strogatz 2022 Ulam Memorial Lecture
https://www.youtube.com/live/RpU7JrE1uCk?si=A-fFMIx80Uq7YAGi
自宅のメインPCが故障してしまったので、新しいPCに故障したPCのデータを移動しています。
メインの内蔵HDDドライブを取り出して、HDDスタンドにたててUSB接続で新PCにつないで中身を回収中です。
今日は旧PCで使っていたVirtualBoxを新PCにうつしてみました。やり方は簡単でしたので、メモしておきます。
１）まず旧PCで使っていたVirtualBoxのバージョンを確認します。わからない場合は、旧PCの\Program Files\Oracle\VirtualBox\VirtualBox.exeを探し出して、右クリックしてプロパティから詳細を表示してバージョンを確認してください。
２）Oracleのサイトから１）で確認したVirtualBoxのインストーラーをダウンロードして、新PCにインストールします。
私のは6.1シリーズだったのでこちらのページからダウンロードしました。https://www.virtualbox.org/wiki/Download_Old_Builds_6_1
３）インストールが終わったら、できあがった新PCの\Program Files\Oracle\VirtualBoxとたどっていって、VirtualBoxフォルダを丸ごと削除します。そしてOracleフォルダ内に旧PCのVirtualBoxフォルダをまるごとコピーします。これで旧PCにあったVirtualBoxoプログラムの設定が移動できました。
４）次に、このフォルダ内にあるVirtualBox.exeをクリックしてソフトを起動します。Oracle VM VirtualBox マネージャーが表示されるので、ファイル(F)とある部分をクリックしてファイルメニューを開き、「一般」メニューを開いて「デフォルトの仮想マシンフォルダー」の部分を確認します。そこに仮想マシンの設定フォルダであるVirtualBox VMsという名前のフォルダの場所が表示されます。ここに旧マシンの「VirtualBox VMs」フォルダのコピーがある場所を指定すれば移動は完了です。指定にはプルダウンメニューから「その他」を選んでコピーしたフォルダのありかを指定します。
旧PCにあるVirtualBox VMsフォルダのありかの探し方は簡単です。VirtualBox VMsという名前でコンピュータを検索してみてください。このフォルダは数十ギガバイトの大きさであることが普通だと思います。見つかったフォルダを新PCにコピーして、その場所を上の手順で指定したら終わりです。このフォルダには自分のつくった仮想マシン （Ubuntu とかlinux Mintなどなど）とその仮想マシンで使っているソフト、ファイル、フォルダなどの情報が全部入っています。
５）以上で移動は完了です。VirtualBox.exeをクリックすると、旧PCで使っていた仮想マシンがすべて表示されているはずです。仮想マシンを起動して、自分が使っていた設定やファイルが使えることを確認してください。
糖鎖生物学のニュースです。以前紹介したRNAにシアル酸やN形糖鎖が結合している分子であるglycoRNAについて研究の画期的な進展がありました。
glycoRNAは細胞表面に存在しているのですがどのようなメカニズムで細胞膜表面にいるのでしょうか？おそらくRNAを結合するタンパク質であるRNA binding protein（RBP）と結合しているのではないかと想像するのが普通です。ハーバード大学のFlynnラボからのプレプリントはたしかにRBPが細胞膜表面に存在することを明らかにしてcell surface RBP (csRBP)と名付けています。同定されたcsRBPはナノスケールのクラスターを細胞膜表面で形成しており、glycoRNAがそのクラスターに含まれているそうです。またこのナノクラスターは正の電荷をおびたペプチドで細胞内に侵入するもの（CPPs: Cell penetrating peptides）と強く結合して、ペプチドの細胞内侵入メカニズムの一つになっていることもわかったそうです。CPPの代表例はエイズウイルスのつくるTATというペプチドでこれは転写にかかわるRNAと強く結合してエイズウイルスの増殖を助けます。
以下はFlynnラボのツイッターです。
Check it out! New preprint from @raflynn5’s lab identifies cell surface RNA binding proteins that cluster with #glycoRNA, mediating cell entry by CPPs like TAT. A new world of cell surface RNA biology waiting to be explored, may explain many mysterious phenomena, congrats! https://t.co/lHgO4x70lZ
— Carolyn Bertozzi (@CarolynBertozzi) September 5, 2023
以下からプレプリントを読んだり、ダウンロードすることができます。
論文のタイトルと、アブストラクトを引用しておきます。
”RNA binding proteins and glycoRNAs form domains on the cell surface for cell penetrating peptide entry”
The composition and organization of the cell surface determine how cells interact with their environment. Traditionally, glycosylated transmembrane proteins were thought to be the major constituents of the external surface of the plasma membrane. Here, we provide evidence that a group of RNA binding proteins (RBPs) are present on the surface of living cells. These cell surface RBPs (csRBPs) precisely organize into well-defined nanoclusters that are enriched for multiple RBPs, glycoRNAs, and their clustering can be disrupted by extracellular RNase addition. These glycoRNA-csRBP clusters further serve as sites of cell surface interaction for the cell penetrating peptide TAT. Removal of RNA from the cell surface, or loss of RNA binding activity by TAT, causes defects in TAT cell internalization. Together, we provide evidence of an expanded view of the cell surface by positioning glycoRNA-csRBP clusters as a regulator of communication between cells and the extracellular environment.
京都大学の柳瀬陽介先生の最新の講演動画とスライドが公開されています。
https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/09/jacetai.html
AIをつかった英語教育の理念と現状、そして展望がよくわかる講演ですのでお勧めします。講演スライドには、先生のChatGPTの各種プロンプトも紹介されているのでとても役立ちます。
柳瀬先生のブログには、プロンプトの他に英語を使うための記事が満載されています。たとえば米語の発音の勉強になるリンクが集まっているこちらなどもお勧めです。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2023/07/voa.html
米語の聞き取りについてはこんなYouTube動画もよさそうです。
「ホロライブENで学ぶ英語の音声変化講座」https://youtube.com/playlist?list=PLubDgYtfIZYUyGse6ly1UjLjSoq1BOnZP&si=wYSq9cNwWy2nOX_S
初回はこんな感じです。
https://youtu.be/yQn0Mih5RTg?si=xIEwlOHtlS2qiuVO
今日はメインのPC故障のため個人的な記事ですみません。
The @RSocPublishing Biographical Memoir of Andrew McLachlan, written in part by the LMB’s Murray Stewart & Tony Crowther, has been published.
Andrew McLachlan, LMB 1967-2006, helped revolutionise methods for aligning the sequences of proteins.https://t.co/W7YGuDz3M7#LMBAlumni pic.twitter.com/Olsy8tkkft— MRC Laboratory of Molecular Biology (@MRC_LMB) September 6, 2023
日本でも広く読まれていた有名な教科書「化学者のための磁気共鳴」（Introduction to magnetic resonance） の著者で、タンパク質のアミノ酸配列のバイオインフォマティクス研究でも有名だったAndrew McLachlanさんが昨年7月に亡くなっていたのを今日知りました。
業績と私生活については英国Royal Societyのサイトのこちらの記事をご覧ください。
https://royalsocietypublishing.org/doi/10.1098/rsbm.2023.0014
私がMRC LMBに滞在していたとき住んでいた借家の大家さんです。奥さんによると今はバイオインフォマティクスをやっているという話でした。当時MRC LMBにおられて、研究所内でもお目にかかったことがあります。当時は核磁気共鳴の本を書かれた大先生ということしか知りませんでしたが、Londonのvan der Waals力の研究を一段と発展させた方でもあったんですね。Perutzとも研究されいたのも全く知りませんでした。Royal Societyの記事には、銀婚式で奥さんと一緒に移っている写真があって、なつかしかったです。私たちにとっては良い大家さんでした。
私が現在試している国立国会図書館の個人送信資料を気持ちよくモニター画面で閲覧する方法を紹介します。
私はFirefoxユーザーで、ブラウザのFirefoxで国立国会図書館の個人送信資料を閲覧しています。
最初に表示される本のページの画像は下の写真のように目に悪いもので、極めて見にくい画像でこれで本をオンラインで読むのには堪えないものだと感じます。
これを解消するには、上の写真の本のページの画像の右にある、画像調整のタブ(目次タブの右）をクリックして、下のほうにある明度、コントラスト、シャープネス、ガンマ補正、白黒にする、の部分のスライダを動かして、見やすい画像になるように調整します (下の写真）。
この調整は全ページの画像に適用されるので一回設定するだけでよいので、大変便利です。自動調整というボタンもあるので押してみて、それで見やすければ自動調整ボタンを押すだけでもいいかもしれません。
私のおすすめは、一番下の「白黒にする」ボタンをおして画像を白黒にすることです。見にくい色がなくなってみやすくなります。白黒表示にした上で、上でガンマ補正、シャープネス、コントラスト、明度などを調節して見やすい画像にするとよいでしょう。
図のように随分見やすくなります。上の写真で「コマ番号」とある行にある、「17% +」とある部分の右のボタン（拡大ボタン）を押すと全画面表示になります。これで読むと目に優しく読みやすくなりますのでお試しください。
また、本文が表示されている部分だけをモニターいっぱいに広げて読むのことは、全画面表示にしなくては無理で、Firefoxの表示画面を拡大しても書誌情報のページなどが消えず、ページ部分だけの拡大はできませんでした。ところが今日、ネット検索していたら、たまたま簡単な方法で本のページをモニター画面一杯に表示することができることを知りました。こちらのブログ
https://biochem-fan.hatenablog.com/の「ウィンドウの中でフルスクリーンモード」という記事で紹介されている方法です。上の写真はそういう設定変更をした後の様子です。設定変更の方法は簡単です。
Firefoxのアドレスバーにabout:configとうちこみ、表示される画面で「危険性を承知の上で使用する」をクリックして次にすすみます。表示される設定一覧の中から、検索などで full-screen-api.ignore-widgetsを探し出し、falseになっている場合は、一番右の。右向き矢印と左向き矢印が重なっているアイコンを一回クリックして、 false表示をtrueに変更するだけです。これでfirefoxの表示しているウインドウの領域の部分だけが、全画面表示と同じ画面に表示されるようになります。是非試してみてください。このabout:configでの設定後の全画面表示の例が上の最後の写真です。
以上の方法で、読みやすい画面で、個人送信資料の本を読むことができますのでお試しください。