Proteopediaという生体分子の三次元構造を学べるサイトは秀逸です!

Proteopediaは主にタンパク質の三次元構造をあつかっていますが、糖の立体構造とかも見ることができるサイトです。
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Main_Page
中にはタンパク質の三次元構造を調べる方法(実験的に解明されている構造をまず探して、だめならAlphaFold2で調べるなどの具体的なやりかた、結果の見方も学べます)が詳しく解説されているページHow to Find a protein’s best structure
https://proteopedia.org/wiki/index.php/How_To_Find_A_Structure
もありますし、糖の立体構造異性体を分子模型を手でさわりながら学べるページもあります。

 

どんな内容がこのサイトにあるのかは、次の目次でみるとよいでしょう。
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Proteopedia:Table_of_Contents
上のアニメーションは、サイトで表示されるMaltose(マルトース)とO-GlcNAc transferase(おーグルクナックトランスフェラーゼ)をGIFにして埋め込んだものです。元のサイトでは分子を自由に回転させてみることができるので是非試してみてください。
マルトースの場合、
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Carbohydrates_II
にいってMaltoseをクリックすると立体構造が表示されます。
またO-GlcNAC transferaseはこちらから立体表示できます。
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Human_O-GlcNAc_transferase
本格的に生体分子の立体構造を学ぶのに役立つサイトですので、活用できそうです。

数学版―今日は何の日? 数学の歴史に関する素晴らしいサイトMacTutorの紹介です

今日は数学の歴史を探索できる良いサイトの紹介です。
MacTutor というサイトは、サイトの説明によると、世界の数学者3000人以上の生涯や、2000以上のエッセイ、その他 数学者の切手とかポスターもみられます。数学版の今日は何の日のコーナーもあって、楽しめるサイトです。
MacTutor is a free online resource containing biographies of more than 3000 mathematicians and over 2000 essays and other supporting materials. MacTutor is constantly expanding and developing.
MacTutor Indexのページから使ってみてください。https://mathshistory.st-andrews.ac.uk/

このサイトにある、数学版今日は何の日はこちら。https://mathshistory.st-andrews.ac.uk/OfTheDay/today/
2月10日は、ハレー彗星で有名な英国のハレーが王立天文台長になった日だそうです。以下はサイトからの引用です。
On this day in 1720, Edmund Halley was appointed second Astronomer Royal of England. Halley succeeded John Flamsteed as Astronomer Royal, and he would hold the position until his death in 1742 at the age of 85.
See THIS LINK.

同じページに2月10日は日本の数学者 会田 安明の誕生日だとでています。日本の和算家ですが日本の暦での2月10日生まれをそのまま使っているようです。この日に生まれた人、亡くなった人のリストもありますし、一日一言の数学者の言葉も載っています。今日の言葉はソフィア・コワレフスカヤの言葉でした。https://mathshistory.st-andrews.ac.uk/Miller/images0/kovalevskaya1.jpg

It is impossible to be a mathematician without being a poet in soul.

彼女の画像とかものっています。https://mathshistory.st-andrews.ac.uk/Biographies/Kovalevskaya/pictdisplay/

数学者の切手はこちらのページにまとまっています。1600以上の切手があつめられていて国別でもみることができたりします。
https://mathshistory.st-andrews.ac.uk/Miller/stamps/
他にも女性数学者のページとか国別の数学者の一覧などいろいろあるので、楽しめます。

医学英語の書き方、植物学の教科書、実解析や数学論理の教科書などが全部無料で読めます!

アメリカの名門校SUNY(ニューヨーク州立大学)が無料で読める多くの本を公開しています。

Miline Open Textbook というサイトでSUNYのメンバー(いろいろ分校があります)が書いて査読した教科書を公開しているので、無料で読んだりダウンロードしたりすることができます。
https://milneopentextbooks.org/
サイトを開くとAvoiding Common Pitfalls in Medical Writing: An Editor’s Advice
Author(s): Deanna Erin Conners
という本が載っています。これは生命科学系の論文を書くためにとても役立つ学生・研究者必携の短い本です。
この短い本を勉強すれば、英語で論文を自分で書けるという自信がつくのではないでしょうか。
学部生、院生、研究者におすすめの、最新の論文の書き方の指南書です。
https://milneopentextbooks.org/avoiding-common-pitfalls-in-medical-writing/
さらに、論文を書くときに役立つ最新のインターネットサイトへのリンクも紹介されているのも素晴らしいところです。
たとえばこんなサイトも掲載されているリンクをたどると見つけることができました。
https://writingcenter.unc.edu/tips-and-tools/
これは英語でものを書くときに、ものすごく役立つサイトだと思うので是非 こちらも訪れてみてください。

Miline Open Textbookには他にこんな本もありました。
Inanimate Life
Author(s): George M. Briggs
https://milneopentextbooks.org/inanimate-life/
これは植物学の教科書です。動物ではない生命というようなタイトルで、カラー図版が満載で、わかりやすく植物学と関係する微生物について学べる教科書(800ページ以上あります)です。こんなのが公開されているのは素晴らしいですね。

こちらは数学の教科書です。
How We Got from There to Here: A Story of Real Analysis
Author(s): Eugene Boman and Robert Rogers
https://milneopentextbooks.org/how-we-got-from-there-to-here-a-story-of-real-analysis/
実数の微積分学の基礎を歴史をたどりながら紹介している本で、オンラインで読むこともできます。

A Friendly Introduction to Mathematical Logic
Author(s): Christopher Leary and Lars Kristiansen
https://milneopentextbooks.org/a-friendly-introduction-to-mathematical-logic/
これは数学で使う「論理」の多分もっともやさしい解説ではないでしょうか。数学の本や論文にでてくる不思議な記号の解説からはじまって、ゲーデルの不完全性定理までカバーしています。

数理モデリングの基礎が学べる本で、力学系の入門、差分方程式や微分方程式でのモデリングなどが初心者向けにやさしく書かれている教科書もありました。これはわかりやすそうです。書評でも高評価されている教科書です。著者は佐山 弘樹 先生です。

Introduction to the Modeling and Analysis of Complex Systems
Author(s): Hiroki Sayama
https://milneopentextbooks.org/introduction-to-the-modeling-and-analysis-of-complex-systems/

他にも様々な分野の本がありますので気に入った本をダウンロードして読んでみてください。

量子力学の圏論(カテゴリー論)による図式表示Quantum in Picturesの日本語参考サイト

前に紹介したBob Coeckeさんの「量子力学を数式ではなく絵で利用する」、という話の参考になりそうなサイトの紹介です。Coeckeさん自身によるQuantum in Picturesの解説や教科書、解説動画、量子コンピュータへの応用については前の紹介記事をご覧ください。

量子コンピュータについての市民講演会動画と、Quantum in Picturesの解説講義シリーズの紹介です。

今回は日本語で読めるカテゴリー論によるString図というものの解説サイトや本があったので紹介します。
まずこちらにCoeckeさんの本に関連した解説があります。

String Diagram を学ぶ — カテゴリー論入門 (1)
https://www.marulabo.net/docs/category01/

また中平健治先生の新刊『ストリング図で学ぶ圏論の基礎』もストリング図をあつかっていて参考になりそうです。
サポートページもものすごく充実しています。https://sites.google.com/view/nakahira/%E5%9C%8F%E8%AB%96

Mathematicaの本格的な使い方の実例が満載の動画が公開されました!Mathematicaの代替品を目指すソフトウエアがあることを初めて知りました。

数式処理ができる数学ソフトウエアであるMathematicaについての動画がアップロードされていました。Stanford大学のDavid Stork教授による動画です。
Computational Symbolic Mathematics: A Course Overview
https://youtu.be/cWV5rIOwPHU?

教授はMathematicaを科学研究と学習に役立てる方法を教える次の講義(Stanford大学)をしている方です。画像解析の専門家でもある先生です。
CME294 
Computational Symbolic Mathematics
https://bulletin.stanford.edu/courses/2246981
残念ながらこの講義はオンラインでは見ることができないのですが、どんな講義かをこのYouTube動画でうかがうことができます。
科学では数値計算が大活躍していますが、数値計算でなく数式で表してそれを解くということも必要になります。たとえば手計算で2時間かかる級数の無限和の計算をMathematicaでやると一瞬に終わるということがよくあるわけです。
数値計算の講義と並行して、数式処理システムの講義が必要な理由です。教科書にでている多くの数式はMathematicaを使って解くことができるので、コンピュータによる数式処理システムの知識は学習にも必須の道具となるわけです。
この動画ではMathematicaをどのように使って手の計算では何年もかかるような複雑な問題を解くか、そのテクニックをいろんな例で披露してくれています。アメリカの大学生の数学競技Putnam Competition
https://en.wikipedia.org/wiki/William_Lowell_Putnam_Mathematical_Competition
の問題を解く例も示してくれています。

こうした実例を通じて、さりげない形でMathematicaの使い方のtipsを教えてくれる動画です。
またMathematicaが答えを出せない問題も、ちょっとした数学的センスによる変数変換で解けるようになるなどの実例も教育的です。

動画の中で他の数式処理システムの名前もいくつかでていますが、Mathematicaのオープンソース版を目指す無料で使えるMathics3というのがあるのを初めて知りました。https://mathics.org/
興味のある方はみてみるとよいでしょう。

ChatGPTなどのLLMの仕組みを本格的に解説する一般向け講義と、Yale大学の物理一年生用の入門講義を紹介します。

こちらのツイートにある動画は、ChatGPTなどLLMの仕組みを詳細に一般向けに解説している本格的動画です。Open AIに所属していた(今はどうなんでしょう?)人による動画で今ものすごく評判になっているものです。まだみていませんが、充実した動画みたいです。ツイートを埋め込んでおきます。

もう一つ紹介したいのはYale大学の物理学の講義動画です。
Fundamentals of Physics I
https://www.youtube.com/playlist?list=PLFE3074A4CB751B2B
ニュートン力学、相対性理論、波、そして熱力学をあつかっている物理初心者向けの講義です。講義資料もダウンロードできます。演習問題とその解答なども資料に含まれています。https://oyc.yale.edu/physics/phys-200 
この講義のページの資料ダウンロードのリンクは切れているので、Internet archiveのWayback machineにurlをいれて保存されているzipファイルをダウンロードしてください。切れているリンクはこちら。
Course Materials Download all course pages [zip – 10MB]
http://openmedia.yale.edu/cgi-bin/open_yale/media_downloader.cgi?file=/courses/fall06/phys200/download/phys200.zip
コピーしてhttps://web.archive.org/
にいって検索窓にペーストしてアーカイブされている過去ページからダウンロードします。
この講義をもとにした本も売っています。
https://yalebooks.yale.edu/book/9780300243772/fundamentals-of-physics-i/

続きの講義も動画が公開されています。
Fundamentals of Physics II
https://www.youtube.com/playlist?list=PLD07B2225BB40E582
電磁気学、光学、量子力学
こちらも同様に、コースの資料がダウンロードできます。
https://oyc.yale.edu/physics/phys-201
Course Materialsはやはりリンクがきれているので、同様にInternet archiveのWayback machineにurlをいれてダウンロードしてください。

本も売っていてこちらのリンクから試し読みもできます。
https://yalebooks.yale.edu/book/9780300243789/fundamentals-of-physics-ii/

英語版のGitとGitHubの入門記事が公開されました!

Beej’s Guidesというサイトがあります。
https://beej.us/guide/
ネットワークやネットワークプログラミング(これは本として出版もされています)、C言語やPythonその他いろんな入門記事があつまっています。このサイトにGitの入門記事が今日公開されました。Git, GitHubをまったく知らない人向けの記事で、GitとGitHubの基本的な理念から理解して使いこなせるようになるのを目指す記事のようです。評判になっているのでリンクを紹介しておきます。

Beej’s Guide to Git
https://beej.us/guide/bggit/
わかりやすい解説だと思います。是非読んでみてください。

Quantum Mechanics Done Rightの教科書用動画シリーズが完結しました。日本語での量子力学入門動画も紹介しておきます。

今年の1月5日のブログで書いた、Springer Natureから発売予定のQuantum Mechanics Done Rightという「新時代の量子力学教科書」とうたっている本の紹介動画シリーズが完結しました。ジョージタウン大学物理学教室のJames Freericks教授による全部で30本の動画で、この教科書をなぞって解説してます。全部学べば量子力学が身について素人から研究者レベル=大学院生レベル(指導者とともに研究ができるレベル)になれるという動画シリーズです。高度ですが面白そうなので一度ご覧になることをおすすめします。

再生リストはこちらです。
https://youtube.com/playlist?list=PLxyBMSdBhYxP1QiBmfRXcDorphxjQT_ye&
第三十回(最終回)の動画を埋め込んでおきます。

あと日本語による量子力学入門の動画もみつけたので紹介しておきます。慶応義塾大学の松浦壮 教授による解説動画です。この先生は入門用の量子力学の教科書やブルーバックスの量子についての本など多数の入門書を書いておられます。動画はこちらです。

Linuxでwindowsのソフトウエアを動かす方法について

UbuntuなどLinuxのディストリビューションでWindowsのソフトウエアを動かす方法の紹介です。

1)まずはVirtualboxなどOSを仮想化するソフトウエアをインストールしてそこにWindowsのOSをライセンスを購入してインストールする方法があります。

virtualboxについてはこちらのネット上の記事などをご覧ください。

【入門編】VirtualBoxとは?メリット・機能・導入手順までわかりやすく解説
https://www.kagoya.jp/howto/it-glossary/server/virtualbox/

これはUbuntu上で仮想OSとしてWindowsが動くので、最も簡便かつ完全にWindowsのソフトウエアをインストールしてLinux上で利用できる方法です。VirtualboxのゲストOSとしてWindowsをいれて使うので、ホストのLinuxとのフォルダ共有しておけば、ファイルをWindowsとLinuxの間で移動させるのも簡単です。私の一番のおすすめはこの方法です。ただWindowsをインストールするので結構高いライセンスを購入する必要があるのは仕方ないですね。

2)もう一つは、LinuxのアプリであるWineHQを使う方法です。WindowsのソフトウエアをLinux (Mac OS, BSDも可)で動かすことを目的に開発が続いている無料ソフトウエアで、このWineをLinuxにインストールしておいてWindowsのソフトをインストールして使うやり方です。
https://www.winehq.org/
これを使えば、WindowsのソフトをLinux上で使うことができます。私もやっていますがWineのインストールさえ終えればWindows上で動くソフトがLinuxで使えます。ただすべてのソフトが動くわけではなく、動くソフトはこちらのデータベースにリストされています。platinum, gold, silverなどと分類されているのでどんなソフトが動くかをここで調べてみてください。https://appdb.winehq.org/
Wineのインストールのやり方はGoogle検索するといろいろでてきますので、わかりやすいもので試してみるとよいでしょう。インストールが面倒そうと思ったら次にあげるBottleというソフトを使う手もあります。

3) BottleというのはLinuxとかMacとかでWindowsのソフトを動かすWineを超簡単にインストールしてくれるアプリです。こちらの記事や動画をみるとインストールが簡単なのがわかります。まだ試してみていませんがよさそうです。

『LinuxでWindowsソフトを安全に動かす~Wineのフロントエンド『Bottles』の紹介』
https://note.com/distro_nanakey/n/na4fd3e415c77

「みちびき6号機」(準天頂衛星)/H3ロケット5号機打上げ成功おめでとうございます!

夕方、6時のニュースをみていたらJAXAの人工衛星打ち上げ成功の速報がながれました!

GPSにつかえる日本の衛星で今回成功したのは静止衛星だそうです。明るいニュースで気分が晴れやかになりました!ライブ中継の録画はこちらからみることができます。

「みちびき6号機」(準天頂衛星)/H3ロケット5号機打上げライブ中継
https://www.youtube.com/live/uZkj9FkYMyQ?

AIのDeepSeekはあいかわらず話題になっています。コードも公開したという戦略はとてもよく考えられた戦略ではないでしょうか?昔、原子爆弾の作り方を米国だけで独占させてはならないとソ連に秘密を渡したロスアラモスの科学者がいたというのを、NHKの番組でみました。今回のDeepSeekのLLMの公開は、AI の独占を止める役割も果たしているような気がしますが、本当のところはどうなんでしょうか?DeepSeekについてニュースになる直前に公開された次の動画は参考になるかもしれません。

【DeepSeek】米テックを抜く?AI専門家「超すごい」開発コストの安さとド根性に驚愕…スターゲート計画は?東大で7千人受講希望の研究者が解説|アベヒル
https://youtu.be/M1OvmjV0nc8?