The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

山本 典史先生の大変役立つ第一原理計算の講義資料が公開されています。

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山本先生の講義資料が公開されています。量子化学の第一原理計算の実習付き入門講義ですが、下のほうにまとまっているGoogle Colabの解説、化学者のためのPython入門、GPAWとASEの基本的な使い方の資料は役立つと思います。まずこれらの資料を勉強してから基礎講習の資料を学ぶとよいでしょう。

データ駆動型材料科学・基礎講習：第一原理計算でデータをつくる
https://yamnor.me/ddms/

資料①｜Google Colab とは？
資料②｜化学者のための Python 入門
資料③｜GPAW の基本的な使い方
資料④｜ASE の基本的な使い方


化学者のためのPythonの使い方の本としては、英語の本ですがオープンアクセスのこの本などもよさそうです。
https://open.umn.edu/opentextbooks/textbooks/scientific-computing-for-chemists-with-python
Scientific Computing for Chemists with Python
Charles J. Weiss, Augustana University
Copyright Year: 2025
Publisher: Charles J. Weiss

スピントロニクスの時代です。スピンについて理解しましょう！

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物理の今年のアドベントカレンダーに面白い記事がいっぱいありました。
https://adventar.org/calendars/11490

その中に、スピンとはなにかが、すっきりわかりやすく理解できる解説記事があって、これはわかりやすいと感動したので紹介します。著者の方のツイートはこちらです。


これはとてもわかりやすいスピンの説明の他、スピンの発見史、スピンがなぜ生まれるかの説明もあって素晴らしい記事です。
これを読んでから、朝永振一郎の「スピンはめぐる」などを読むと理解が格段に深まるのではないでしょうか。

他にも、相転移Pさんの物理のための関数解析入門：中高数学からデルタ関数・発散の困難まで
https://phasetr.com/archive/fc/phys/introduction-to-functional-analysislinear-for-physics-students/
も読んでみたくなる記事でした。上のリンクをクリックすると読めますが、pdfがブラウザ内のフレームに埋め込まれて表示されて読みにくいです。pdf表示のフレーム右上にあるポップアップボタンのアイコンをクリックして下さい。新しいタブにpdfが表示されるので、右上のプリンタアイコンの右にある、Open Originalというボタンを押します。するとpdfが普通のpdfの表示モードで読めるようになります。画面にあるダウンロードボタンでダウンロードすることもできます。

その他の記事には、一般相対性理論で水星の近日点移動を厳密に計算するという記事や、LLM(ChatGPTやGemini）を使いながら作られた記事などいろいろあって、LLMの使い方の勉強にもなります。量子力学100年史の記事も面白そうでした。」

理化学研究所による日本語による量子力学の入門講演動画が必見です。量子生物学の入門動画もありますよ！

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これは物理ファンには必見の動画です。理化学研究所主催の量子科学誕生100年記念シンポジュウムの全部の講演を視聴することができます。私は理研の岡田先生の量子生物学の入門紹介動画を特におすすめします。他にも量子についての入門解説、量子コンピュータ、トンネル効果などもりだくさんで、どの講演も面白いので是非全体を視聴しましょう！
シンポジュウムの内容をYouTubeから転載して末尾に載せておきます。

量子科学誕生100年記念シンポジウム 「量子ってなに！？」〜私たちの生活に欠かせない量子の基礎から最前線までまるごと早分かり!!
https://youtu.be/-P39aaRMhcA?

◼️チャプター◼️
0:00 オープニング
1:07 「ご挨拶」　五神 真
7:46 「ご挨拶」　小林 誠
13:56 「量子って何？」 野村 泰紀
1:07:15 「日本における量子力学の事始め」 伊藤 憲二
1:25:30 「分子のふるまいを決める“見えないルール”―それが量子科学です！―」 畑中 美穂
1:46:25 「固体中での量子現象：電子がたくさん集まると何がおこる？」 川上 則雄
2:05:00 「神様はサイコロで生き物を作った！？」 岡田 康志
この量子生物学についての講演は以下の埋め込み動画を再生するとすぐにみることができます。
https://youtu.be/-P39aaRMhcA?&t=7500

2:27:30 「通れないはずの壁を原子核が通りぬける：星が輝くわけと量子力学のふしぎ」 萩野 浩一
2:49:24 「光子のふしぎな性質と、光量子センシング」 竹内　繁樹
3:10:25 「量子コンピュータを作ろう！」　中村　泰信

創薬や数学やR言語のアドベントカレンダーがおすすめです。

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今日は福岡は初雪を観測したそうです。外を眺めると、ちらちらと雪が舞っているのが見えました。しかし本当にちらっと舞っていただけで米国時間のホワイトクリスマスでした。
さて年末の12月になると、クリスマスや新年が近いので、アドベントカレンダーというのがネットで盛んですね。
ADVENTERというサイトに、https://adventar.org/
いろんな分野のアドベントカレンダーが公開されています。キーワードを適当にいれて検索してみると面白いですよ。
数学で検索すると、日曜数学 Advent Calendar 2025がでてきます。これは昨日紹介したtsujimotterさんのアドベントカレンダーです。
https://adventar.org/calendars/12125
中にある次の記事は面白かったです。
『普通の会社員が新しい図形を発見したのでハンガリーのポスドクの助けを借りてarXivに論文を投稿した話 』
https://note.com/tairu_mk/n/nbf238ec63c96

これはニュース記事になった有名な話を本人が解説してくださっているものです。ニュース記事は次の記事の他にもいろいろあります。
https://www.itmedia.co.jp/news/articles/2512/22/news034.html
『日本の会社員が発見、数学界を賑わせた「新図形」とは？　論文も5日間で執筆、arXivにも掲載』

さて本題は、アドベントカレンダーを創薬で検索した時にでてくる記事です。
創薬dryとwetの二つのアドベントカレンダーがあります。
創薬（dry）にある、次の記事はAlphaFold2やAlphaFold3、Boltz-2などによる創薬がどの程度有効かについて大上雅史先生が最新の情報をまとめてくださっていて、勉強になります。

『AlphaFoldは創薬の役に立つのか？ – tonetsの日記』
https://tonets.hatenablog.com/entry/2025/12/22/012417
次のツイートで存在を知った記事です。


創薬（dry）の他の記事(バイオインフォマティクス系）も面白いですし、創薬（wet)の方の記事(実験系）
https://adventar.org/calendars/11854
も面白いので読んでみてください。

それからQiitaにはR言語のアドベントカレンダーがあるのでそちらも必見です。

R言語 Advent Calendar 2025
https://qiita.com/advent-calendar/2025/rlang

ガウスによる正17角形の作図可能性の証明―素晴らしい日本語解説が公開されました。

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このブログで時々とりあげているガウスによる正17角形が作図可能であるという発見の日本語による解説がでました。まず、以前のブログ記事を貼り付けておきます。日本語による解説本の紹介と、英語による高校生むけのオープンアクセス本での解説を紹介していますので読んでみてください。

青年ガウスは目覚めとともに 正17角形の 作図法を発見した―本の紹介です。

今回の正17角形の作図についての記事は、計算を丁寧に追って解説してあるので大変わかりやすいと思います。以前量子化学の解説の記事を紹介した、tsujimotterさんこと辻順平さんによる解説です。

2025-12-21
cos 2π/17 の計算（正十七角形が作図できるのはなぜ？） https://tsujimotter.hatenablog.com/entry/exact-value-of-cos-2pi-17

2014-12-17
正十七角形は作れる
https://tsujimotter.hatenablog.com/entry/heptadecagon

正十七角形の作図
http://tsujimotter.info/2012/07/14/heptadecagon/

なお国立国会図書館デジタルコレクションで読める本では、以前紹介した次の本をおすすめします。
173) トード・ハッル 著 ほか『数学のアイデア : 甦るガウスの発想』,東京図書,1978.9. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12608807 (参照 2024-07-14)

GoogleのAI Pro年間プラン（Gemini3 ProやNano bananaなどが使える）格安セールが始まっています。

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先日　九大時代にお世話になった矢原先生がGoogleのAI　Gemini 3がすごいという内容のブログ記事を公開されました。私はGeminiは使っておらず、もっぱらChatGPTなので、「へぇー凄そうだなぁ」　と興味を惹かれました。
『Gemini 3のおかげで論文が爆速で書けます』というタイトルの記事で以下のリンクから読めます。具体的に論文執筆用の使い方が書いてあるのでお勧めの記事です。
https://tet-yahara.hatenablog.com/entry/2025/12/17/205449?
なかなかすごいサービスのようです。
今日、これに関連したツイートを見つけたので紹介します。

私のようにGoogleのGeminiの有料版を全く使ったことが無い人向けのキャンペーンです。クラウドサービスのGoogle One　AI Proの一年間利用料金の割引キャンペーン（期間限定：いつまでかは不明）です。年額34800円のサービスが、期間限定で年額14500円で契約できるのでなんと58%オフ、月額換算で月1208円と格安ですね。2Tバイトのクラウドストーレジ付です。Gemini 3　Pro、NotebookLM, Nano Banana Pro, Deep Researchなどの利用時の制限が緩くなって使えるようです。

各自のGoogleのアカウントにログインした状態で、以下のツイートにあるリンクをクリックすると申し込み画面が開きます。ツイートのもっと見るをクリックして開く以下のリンクです。
https://t.co/e2NwCbTEqt

一年後に解約しないと、通常料金に値上がりするようです。申し込み画面が出ない人は、新規利用キャンペーンの対象外になっているようです。ヨーロッパなどではこのキャンペーンんはやっていないみたいですね。

AJACSの講習会「科学研究を加速させる ChatGPT 等の生成 AI ツールを知って・学んで・使う」の動画と講演資料がダウンロードできます！

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先日11月18日に参加したAJACSの講習会「科学研究を加速させる ChatGPT 等の生成 AI ツールを知って・学んで・使う」
https://biosciencedbc.jp/event/ajacs/ajacs2025-11-18-generative-AI.html
　の講演動画が公開されたのでお知らせします。
上のサイトを開くと講演動画と講演資料へのリンクがありますので利用してください。
AJACSの講習会はこのブログでたびたび紹介していますが、大変よい講習会ですので是非ご覧ください。
Togotvのサイトで動画をみることができます。Togotvのサイトの動画は右にあるダウンロードリンクからダウンロードできますので、携帯やタブレット端末などでダウンロードして好きな時に見ることができます。

YouTubeのTogotvチャンネルから見本に一つ講演動画を埋め込んでおきます。YouTubeからはできない動画ダウンロードがTogotvのサイトからはできるので、そちらのリンクも載せておきます。

「今すぐ使える生成AI研究支援ツール実践」
https://youtu.be/mVYZLm7OMXg?

Togotvのサイトにある同じ動画へのリンクはこちらです。ダウンロードリンクが右側にあります。
https://togotv.dbcls.jp/20251220.html

九州に熊がいない理由

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熊襲とか熊本、くまモンとか、「くま」がつくいろんな有名なものが九州にあるのですが、なぜか九州には熊はいません。
熊を殺して漢方薬の材料をあつめたのだろうとか、熊の被害にたえかねて皆殺しにしたのだろうとかいろんな説を思いつきますが、本当のところはどうなのでしょうか？その疑問に答える番組が夕方NHK福岡放送局のロクいち！福岡という番組の、バリサーチというコーナーで放送されました (この番組は、NHKプラスで見逃し配信しています）。九州の大分県で1987年にツキノワグマが捕獲されましたが、DNA鑑定を含む調査からその熊は人間が九州にもちこんだものであることが確実だそうです。2012年、環境省は九州のくまの絶滅宣言をだしています。福岡に熊がいたという記録は、1700年代の文書に昔熊がいたという山があると書かれているくらいで、存在しないのだそうです。江戸時代からの九州での熊の捕獲記録も1868年から1940年の間にわずか46頭しかないそうです。九州には熊はいないというのは確実なようです。

バリサーチによると、熊が生息して繁殖するにはひろい広葉樹林が必要なのだそうです。しかし九州の山では、たたら製鉄がさかんだったこともあって広葉樹林の木材が薪として切り倒され、江戸時代にはほとんどの山が禿山だったとのこと。禿山ではクマの餌がないので冬眠もちゃんとできず、絶滅したのだろうといっていました。さらにその禿山には緑の回復のために針葉樹を植えたので、九州の山は広葉樹林が本州や北海道、四国などとくらべてきわめて少ないのだそうです。このような理由で、かろうじて生息していた熊は餌をとる場所がなくなってしまい九州から熊が消えたのだろうという話でした。本州と九州は関門海峡で隔てられていますが本州の熊が泳いで九州に定着することはないのでしょうか？番組によると、関門海峡の一番狭いところで650メートルの海で隔てられているだけなで、この距離は熊は余裕で渡れる距離なのだそうです。いかんせん関門海峡は流れが激しいので、熊が泳いで渡るのは結構困難だろうということでした。海を渡って熊が九州に定着するのはこの番組を見ている方が生きている間にはありえないということでした。ということで、九州の山には熊はいないので安心して山を楽しんでください。イノシシはいますので気をつけて‥。

CrickがDNAの二重らせん構造を解明した時住んでいた家の写真です。

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以前私たち家族が英国ケンブリッジに住んでいた時、私たちの借りていたフラットの大家さんの家のそばが、DNAの二重らせん構造の解明で有名なCrickが住んでいた家でしたと書きました。ポーチュガル・プレースという場所にある家です。二重らせんをかたどった飾りがその当時（Crickはもうすんでいないのですが）家の壁についていて見つけた人は写真に撮っていました。その飾りを皆さんにお見せしようと、Google Mapで家のあたりを表示させてみたのですが、残念ながらこの家の周辺は車が入れないので撮影されていませんでした。そこでハードディスクから昔撮影した写真を探し出してきました。あいにく写真には人物が写っていたので、それをChatGPTが最近導入した「画像」サービスで消してもらいました。人物がきれいに消えて、誰もいないCrickの家の前を撮影したかのような写真ができあがりました。人がきれいに除去されて見事なできです！

ChatGPT Imagesというのが、ChatGPTのサイドバーにある「画像」の正式名称です。
OpenAIのサイトへのリンクを載せておきます。

https://openai.com/ja-JP/index/new-chatgpt-images-is-here/

この「画像」サービスでは、画像を一から生成したり、今回のように手持ちの画像を編集したりできるのがすごいですね。今年の三月ごろ、お雛様の写真をアップロードして、笑っている顔に変えてとChatGPTに依頼したときは、うまくできずに実用レベル以下でした。しかし今回新たに導入されたChatGPT Imagesはすばらしい出来の写真が作れるのがわかりました。これは実用になるので、今後いろいろ試してみようと思います。

註：残念ながら今ではこの飾りは撤去されてしまっているようです。

ケンブリッジ大学数学科卒業生で機械学習エンジニアをしているエリーさんによる数学入門講座がはじまりました。

投稿日: 投稿者: root

ケンブリッジ大学の数学科卒業生のEllie Sleightholmさんのツイートです。これから数学の講義シリーズを彼女のYouTube
チャンネルではじめるそうです。

第一回は数学の証明入門という動画です。
An Introduction to Mathematical Proofs
https://youtu.be/ce4Jc0QmjOI?

証明とはなにかからはじまります。素数は無限個存在するというのも証明しなくては駄目だという話から、もっと簡単な数学的事実の証明を丁寧にやってくれます。証明するのは次の事実です。

正の整数nについて、n2-nは偶数であるというのを証明する方法を懇切丁寧に説明してくれています。英語ですが、ノートに書きながらの説明ですのでわかりやすいです。英語の勉強にもなりますので是非視聴してみてください。

このチャンネルには他にも彼女によるいろいろな動画があります。映画に出てくる数学という動画シリーズもあるのでおすすめです。

Solving the Math Problem in Good Will Hunting
https://youtu.be/6DcDQgrh1ws?

今日の福岡はこの時期には今までなかった暑さでした。部屋の中でも22度をこしていました。半袖で一日過ごしました！