The Nomura Institute of Glycosciece Blog

 昨日、 学校からの帰り道、６時半の発表を楽しみにして車のラジオをつけていると、山中先生の医学生理学賞の受賞の臨時ニュースがとびこんできました。他の受賞者については報道されていなかったのでGurdonさんは絶対もらっているはずだなどと話しながら７時のニュースをラジオできくと、やった！Gurdonさんとの共同受賞でした。Gurdonさんは九大の発生生物学講座こられたこともあり、一緒に太宰府を散策したこともある先生です（写真は太宰府散策中の先生。竹藪に入りたいといって、このあと入っておられました）。今回の受賞は現代的に変容した、発生生物学への受賞ともいえると思います。発生生物学を学ぶ人がこれからさらに増えるのではないでしょうか。発生生物学の基礎研究の成果が山中先生の偉業として花開いたのだと思います。BriggsとKingにはじまる核移植とGurdonさんにはじまって、山中先生にいたるこの道を拓いたのは、いったん分化した細胞が別の分化した細胞へと変化する、分化転換の研究（岡田節人先生や江口吾朗先生、 スイスの故Schmid先生などによる精力的な研究）だと思います。

Gurdonさんの業績は教科書にのっており、分化した体細胞の核には受精卵の核の状態に戻って個体をつくれるだけの情報があることを鮮やかに示したものでした。私がCambridgeの動物学教室にいたときはGurdonさんは同じ教室におられたので、DNAの塩基配列の決定をGurdonさんの研究室で机を借りて行っていたのでよく話していました。名前を冠したGurdon Instituteができてからも何度かおじゃましたことがあります。とても紳士的な先生で、九州に以前こられたときは塩川光一郎先生のお宅にとまられて趣味の蛾の採集をされていたときいています。去年も九大医学部にこられておりました。その前には帝京大学で学生相手に特別講義をされたりもしていて、若い人々を鼓舞するのもとてもお上手です。ノーベル賞講演が楽しみですね。山中先生のノーベル賞講演も楽しみですが、その前に、以前紹介したNIHでの山中先生の講演のビデオ（2010.1.29のこの欄）も是非ごらんください。はじめにNIHの所長がいかに信じがたいほどすばらしい業績かというのを述べているところが印象的です。山中先生の論文発表の後、多くの研究者が自分の研究に、山中先生たちが４つの転写因子に絞り込んだ方法をお手本として（Yamanaka methodと称して）使っています。

科学の方法論の提示という業績も山中先生の御仕事には含まれていますね。

私が大学院に入学した年の夏、東京で国際発生生物会議が開催され（1977年8月29日-9月2日経団連会館）、学会後のオプショナルツアーに同行させてもらいました。鎌倉から三崎の臨海実験所、箱根へと移動して一泊、その後、菅島の臨海実験所や伊勢志摩をめぐり、京都に向かいました。ツアーには岡田節人先生のかつてのボスだったEbert先生、Moscona先生、Abercrombie先生など教科書で名前をみた先生方が、多くはご夫妻で参加されていました。Ebert先生と奥様の隣の席でバスに乗って三崎の臨海実験所での有名な団先生のThe last one to goのエピソード (ここにもpdfがあります）をEbert先生から教えてもらったり、菅島の臨海実験所の先生にわざわざ紹介して頂いたり、かけだしの学生にとても優しい配慮をしていただいたのに今でも感謝しています。

Ebert先生と奥様はドライブの途中の交通事故でなくなってしまって(2001年5月22日)、再びお目にかかってお礼をいう機会もないのは残念です。

Ebert先生はすぐれたリーダーシップをもつ学者の見本の先生といわれています。リンク先のEbertご夫妻を悼む言葉を読んではじめて、先生が第二次大戦中は海軍で駆逐艦にのっておられて、日本の特攻機に船が撃沈されて海をただよっておられたことがあるのを知りました。生き残った最上級士官として、乗組員の戦死を家族に知らせる責務を果たす際に、同じ海軍にいた女性隊員の奥様と出会われたのだそうです。戦後、実験発生学を学び、カーネギー研究所の所長、ウッズホール臨海実験所の所長などの他、アメリカ科学アカデミーのVice-Presidentなどを歴任されました。戦争が終わってからは日本の発生学、発生生物学の発展のために40年以上にわたって格段の助力をいただいたと聞いています。そして亡くなる前には中国の発生生物学を学ぶ人たちを援助することに大変な力を注いでおられたのだそうです。

各人の才能を開花させることの天才というような先生で、花を育てる時、個々の植物に応じた水やりや肥料やりが大切ですが、科学者　個人個人によって異なる長所と、それぞれの個性によって違う研究方向をみきわめて、援助と財源獲得をすすめることで、米国の科学のみならず日本や中国の科学の発展にも大きく貢献されたと思います。Brown博士の弔辞の結びです。

In summary, Jim Ebert’s major contribution to 20th century biology was one of leadership. He directed others with common sense and intelligence removing obstacles so that scientists could mature and follow their own instincts. We have come to identify these principles with the highly successful administration of science that is practiced in the United States. （Donald D. Brown, Staff member, Department of Embryology , Carnegie Institution of Washington, September 2001）

写真は我が家のサクランボです。研究室のみんなと食べました。

今週は雪が積もったりしましたが、ずいぶん地面があたたかくなったのでしょうか。夕方にはとけてしまいました。
おひな祭りの今日は田圃のあぜに満開のオオイヌノフグリをみつけました。もう春が近いようです。

写真は先月１９日に積もった雪を背景の寒梅です。
今はもう満開になっています。先月は糖鎖科学分野での著名な国際的助成金である水谷糖質科学振興財団の国際的助成金をいただけることが決定しました。
糖鎖による細胞分裂制御機構という新しい分野の発展に精進したいと思います。どうもありがとうございました。

さて今日は英文作成の際に私達が苦手とする冠詞（a, an, the) の使い方についての わかりやすい解説を紹介します。
私の経験ですが、これを読んでからは冠詞の間違いがずいぶん減ったと実感しています。皆さんも是非読んでみて下さい。
東京大学の トム・ガリー先生の１１回にわたる「科学英語を考える」という解説です。英語を書かなくてはならない人に絶対お勧めの記事です。

論文の原稿が完成した段階で図には説明を付けなくてはなりません。英文で図の説明を書くのですが、短く簡潔に書く必要があります。
そういうときのお手本探しに大いに役立つのは例えばJournal of Biological ChemistryのサイトにあるAdvanced Searchです。画面下のほうをみていくとSearch Figures and Tablesという検索フィールドがあります。ここに図の説明に使うキーワードを入れてSubmitボタンを押すと図やテーブルの説明文が図と一緒にあらわれます。図の説明を読んで代表的な説明の仕方をまねればよいでしょう。それを元に英文を仕上げていくとずいぶんよい英文になります。是非試してみて下さい。

では皆さん良いお年を！

福岡は大晦日に雪が激しく降り例年に無く雪の多いお正月でした。今日も雪がちらついています。雪は天からの手紙といいますが雪の結晶の種は多くは微生物であること（Christner他 2008. Ubiquity of biological ice nucleators in snowfall. Science, 319:1214のpdfがリンク先の著者のホームページにあります ）がわかってきました。微生物の表面は糖鎖を中心とする表層でおおわれているので、糖鎖のつくる周期的構造が雪の結晶を作り出すのかもしれないと思うとわくわくします。

我が家では積もった雪が屋根の波板からゆっくり動いて、バネのようなつららができあがりました。うさぎ年ですので、うさぎと この雪でできたスプリングにあやかって跳躍の年としたいと思っております。本年も皆様にとって幸多き年でありますように。

今、卒論の４年生二人が線虫糖鎖遺伝子のノックアウト・ノックダウン結果のデータベースを作ってくれています。来年卒業までには公開予定です。Wormbaseというすぐれたデータベースも参照しながら作ってくれていますが、先日怖いことがありました。

私達の実験結果以外に、糖鎖遺伝子のRNAiの結果をWormbaseからとってきて検討しています。この前、四年生が「おかしい、前調べた遺伝子のRNAi異常の表現型がなくなっている！」と騒いでいました。ある遺伝子のRNAiの結果で、locomotion abnormalの他、様々な異常があると記入していたのに、今調べたら異常なしになっているというのです。私達が以前、異常なしというのを確かめていた遺伝子だったので、どうせみまちがえていたんだろうと思いました。しかし

「二人で別々に確認したので、絶対まちがっていません！」 ときっぱり。

うーん。良くある間違いは、「No abnormalities were observed in the following experiments：以下の実験では以下の異常な表現型はみられなかった」という部分を間違えて表現型があると思いこむことです。しかし今回はその部分にはlocomotion abnormalなんてないし、やっぱり彼らが正しいかも、と思いました。

彼らが調べた時期は6月頃。そのころのWormbaseはWormbase release 210,　今のはrelease 215です。ひょっとして、と思い、Wormbase のtop pageの右下のほうにあるReferential Data Freezesを使ってrelease 210のデータを調べてみる事にしました。Wormbaseでは作業をしたときに使ったWormbaseのversionが変わってしまってデータベース検索結果が再現できないということがないように、それぞれのreleaseが保存してあります。これがfreezeと呼ばれるものです。WS210というのを選んで調べてみました。

結果は四年生が正しかったのです。ごめん！よくも注意深くデータベースの変化に気づいてくれました。さすがです。

彼らの調べた遺伝子のRNAiの表現型の欄にはlocomotion abnormalなどいろいろずらっと表現型の異常の項目が並んでいます。リンクをたどるとリンクの先にも異常に関するデータが並んでいます。しかしより古いversionや最新のversionのデータベースには、異常な表現型なしとなっています。念のためRNAiのoriginalの結果をみましたがやはり異常な表現型なしが正しかったのです。
ということで、教訓は

四年生を信じましょう、というのと、
Wormbaseほどのデータベースでも時として誤りがまぎれこんでいることがあるということです。
Wormbase release 210でデータマイニングの作業をしていた方は注意して下さい。

昔、四年生の論文購読の演習授業で先生がわざと誤りの入った論文を教材として読ませて、論文や書物にも誤りがありうるのだというのを、体得させる授業をされていたのを思い出しました。データベースでも同じです。こういう経験はやはり大事ですね。
(写真は同じ生物科学部門の仁田坂先生から大学院説明会でいただいた種から育って我が家の庭で咲いた朝顔です。）