The Nomura Institute of Glycosciece Blog

レフリーに対する答え（response）の手紙の書き方ですが、こうした手紙の見本は今までは入手が難しかったので同僚や先生の書いたものをまねして書くのが一般的でした。ところが、最近になってレフリーと著者とのやりとりの手紙（レフリーのコメントとそれに対して著者の書いたレスポンスの手紙）すべてが公開される例がいくつかでてきました。(2018年4月追記：以下の記述については古くなっているので、アップデートされた講演スライドをご覧ください。）例えば有名なThe EMBO Journalでは掲載された各論文について掲載までのやりとりの手紙が完全に公開されています。Review Process Fileというのがそれです。論文を投稿した後で受け取るeditorやrefereeのコメントの手紙、それを受けて改訂した原稿を送るときに付けるresponseの手紙、それに対する答え、再改訂の手紙などが読めます。たとえばここにはThe EMBO Journalの2011年５月号の目次があります。EMBO Openと書いてある論文は無料で誰でもダウンロードできますから、その論文のReview Process Fileをダウンロードして読んでみてください。論文の投稿の実態がよく分かると思います。

論文の書き方を勉強している人や現にレフリーとやりとりをしている方は、是非、できるだけ沢山のReview Process Fileをダウンロードして読んでみて、よりよい英文を書くためのデータベースとして活用して下さい。もちろんレフリーをやっている方にとっても、レフリーのコメントの書き方の例として貴重なものです。

今回は発生生物のヒドラ（小早川先生）や進化生物学（舘田先生）のお話が聞けるそうです。参加無料ですので、高校生から一般市民のかた、研究者の方々も是非おさそいあわせのうえお越し下さい。やさしい話なので、他分野のことがよくわかり勉強になるからと毎年参加される研究者も多い講演会です。

外周にエレベーターはありますが、エスカレーターはないので、下から上までポスターをみてあるくのは、ちょっとした山登りです。右の写真で上から３つのらせん部分にポスターパネルがあるのがわかるでしょうか。息をきらせて私達のポスターにかけつけてくれた人もいてありがたかったです。その人は５回もポスターを見に来てくれました。

写真は熱心な訪問者に研究成果を説明する大学院生の村田君です。右はポスター会場のhelix Aとhelix Bを下からみあげたところ。
渡り廊下を渡らないと決してとなりのhelixにはいけません。

カリフォルニア大学バークレー分校も同様な講義のwebcastを配信しています。
(2018年追記：以下のリンクについての記述は現在あてはまりません）
生物学ですとここ などがあります。iTunes　Uのvideoやaudio,あるいはYouTubeのビデオへのリンクがあります。年度を選んで講義をききたければ上のView by Semesterというプルダウンメニューから年度とfall, springのどちらかを選んで下さい。Departmentsのプルダウンメニューから生物だけではなく、化学、数学、工学など各種講義がみられます。

みてもらえればわかりますが、これらの講義は英語で自分の研究成果を発表しなくてはならない大学院生や研究者にとっては、英語の話し方を身につけるのに役立つ最高の機会でしょう。科学英語の初心者にもとても役立つので暇があるときに是非、聞いてみて下さい。上級者が聴けば、どのような英語の表現で自分の知識を英語で伝えるかが身に付くと思います。videoの他に、音声podcastの配信がありますので、車の中などで英語の教材代わりに聞いてみて下さい。生物学をはじめとする科学分野のほぼすべての領域をカバーしている講義集ですから基本的な語彙と表現が身に付くと思います。他にも、上のサイトからリンクをたどると初歩の物理の講義や、数学（線形代数や微積分学）の講義とか、コンピュータープログラミングの講義などいろいろあります。好みに従って聞いてみると面白そうです。

分化能力が高い「幹細胞」（かんさいぼう。ステムセルstem cellといいます）とよばれる細胞には特定の配列の糖鎖が出現しており、こうした糖鎖は幹細胞であることの目印（マーカーといいます）とされています。しかしなぜ幹細胞で特定の糖鎖が発現するかは謎なのです。癌であることの目印（癌細胞のマーカー）として病院でつかわれているものの中には特定の糖鎖配列があります。病院でこうした糖鎖の出現を癌の診断に役立てていることや、幹細胞のマーカーに糖鎖が多いことからも、細胞の状態を糖鎖が反映しているのは確実です。しかしその意味や役割は全く不明です。これが理解されれば、細胞の一番外側にある分子である糖鎖を変化させて細胞の状態を自由に変化させたり、制御したりすることができると私達は考えています。実際、細胞膜表面にでているコンドロイチンを消化すると細胞分裂ができなくなるという私達の発見や、細胞外の糖鎖を抗体で阻害するとクラゲの横紋筋が分化転換して別の細胞に変わるというさきごろ亡くなったスイスのVolker Schmid先生の発見は、この方法がたしかに実行可能であることを証明したものといえるでしょう。糖鎖生物学からiPS細胞研究が格段にすすむことを期待しています。

iPS細胞の具体的な実験方法については下のバックナンバー2009年3月20日分にあるビデオをご覧下さい。外国のビデオですがiPS細胞を研究している実験室を実際に案内してもらうのと同じ体験ができます。

年末にはひさしぶりに英国を訪問してきました。ロンドンの年末カウントダウンをはじめてテレビでみました。11時45分から0時15分までの間、テレビで中継します。ものすごい人混みだそうで現場にいってみるのは今回は躊躇しました。テムズ川のそばにあるロンドンアイとよばれる大観覧車で花火をうちあげてカウントダウンします。泊まっていたアパートからも花火で空が光っているのだけは見えました。

PubMedの使い方などは今週から解説を再開する予定です。ことしもどうぞよろしくお願いいたします。

今回はもうすこしプロ風の検索式の入れ方、作り方を紹介したいと思います。
自分の興味のある文献を定期的に検索してその結果を確認したり、自分の興味ある文献についての情報をまとめてファイルにしてダウンロードしたりするのがPubMedを使えば簡単にできます。論文がでた日付で絞り込んだ検索をしたり、著者名で検索したりする時には以下のようにタグを使うと簡単です。例をみていただければ簡単に応用できるようになると思います。
タグを使った検索式で定期的にPubMedをチェックしたりする方法については次回以降に解説します。

例１：

2003年3月から2003年5月までの期間にPubMedに登録されたelegansとchondroitinについての文献を探したいとき。（登録日を使った絞り込み検索）
検索ボックスに、elegans AND chondroitin 2003/03/01:2003/05/31[edat]といれます。[edat]がタグです。２つ論文がヒットすると思います。
2003[edat]なら2003年のものだけ、2003/05[edat]なら2003年5月のものだけがヒットします。：は範囲を表すのに使っています。[edat]タグの代わりに出版年月日のタグである[dp]または[pdat]を使えば出版された年月日で検索の範囲を絞れます。

elegans AND chondroitin 2003/03/01:2003/05/31[pdat]とすると３つ論文がヒットします。

例２：

2009年に出版されたDejimaによる論文を探してみましょう。この場合は著者のデータベースのレコードフィールドを検索する[au]タグを併せて使います。
検索ボックスにDejima[au] 2009[dp]といれて検索します。６つヒットして、出嶋克史君の論文が２つみつかりました。[au]はauthorの略で著者です。

例３：

” “に囲んで検索語をいれるとAll Fields（論文のレコードの、タイトルや著者、アブストラクト、出版年月日などほとんど全てのデータベースのフィールド）の検索となります。引用符で囲む代わりに検索語の後に[all]と入れて検索しても同じです。
“elegans” AND “chondroitin”
でやってみましょう。

検索語にはもちろんglyco*のようにアスタリスクのワイルドカードも使えます。しかしワイルドカードを使うとglycosyltransferaseとかglycomeとかいろいろ変化させて最初の600種類までの変化しか検索してくれないので注意して下さい。600でカットしたときには警告がでますので、もうすこしアスタリスクの前の文字を増やすなどしてください。

以上の例で示したように、検索語のあとにつける[ ]の中に、allだとかedatとかauとか、いろいろタグを入れると検索範囲を絞って検索できるわけです。使えるタグの一覧は
ここをクリックして、ページのずいぶん下のほうにあるSearch Field Descriptions and Tagsの部分をご覧ください。
検索で使えるものと、使えないものも含めた全タグの一覧はこちらをご覧下さい。