科学を学ぶ人のためのポータルサイトの紹介(2009/10/2)

夏休みにこのホームページをつくりかえてもらった後、ホームページ作成ソフトの動かし方を勉強していたので、ひさびさの更新です。前よりずっとみやすいページになったのではと思っています。
今日は、ポータルサイトを二つほど紹介します。ポータルサイトというのはインターネットの玄関口にあたるホームページのことで、自分の関心のある内容とサイトへのリンクがあるようなサイトです。科学をまなぶ人に有益なサイトとしてはいろいろあるのですが、今回は次の二つを紹介しておきますので、おためし下さい。

SciencePortal (―科学技術 全て伝えます―) 
これは科学技術振興機構のつくっているサイトです。ニュース、データベース、楽しむ科学、産学連携、国の政策、国際動向、イベント、学会、求人などなどいろんな内容がみられます。今日ならイグ・ノーベル賞を田口文章先生が受賞されたというニュースがさっそくのっています。以前紹介したWebラーニングプラザやサイエンスチャンネルなどへのリンクや紹介ものっていますので小学校から大学院生、社会人、研究者まで幅広く利用できるポータルサイトとなっています。研究者はデータベースのリンクの中に知らなかった新しい内容を見つけるのではないでしょうか。

二つ目は、上のサイトにもリンクがある

英国のサイエンスポータルサイトIntuteです(これは2011年に閉鎖されたサイトです)。12,5000以上のリンクが集めてある英国の便利な学術用サイトです。ここの中にあるVirtual Training Suiteというのをお試し下さい。法律や文学、芸術や哲学、そして医学や農業、航空工学、数学などなどあらゆる学問分野それぞれでのインターネットの使い方をonlineで教えてくれるチュートリアルが用意されています。インターネット検索の落とし穴や注意点を教えてくれます。またチュートリアルの途中では随時、すぐれたサイトの紹介をしてくれて必要なリンクはどんどん自分で記録して、自分宛にメールで送ることもできます。すぐれた解説チュートリアルがさまざまな分野について用意されていますので、英語ですが自分の好きな分野からおためし下さい。LSDMouseover Dictionaryを使いながら読んでいくと良いと思います。

LSD(ライフサイエンス辞書ツール、Firefox用マウスオーバー辞書アドオン)の使い方

2018年4月追記:この記事は古くなっていますので最新のLSDなどについての情報をごらんください。)前々回はブラウザFirefoxのアドオン(お好みにあわせて追加できる機能)としてブラウザの画面をそのまま記録しておけるScrapbookと、自動英語辞書ひきアドオンであるLSDを紹介しました。私はWindowsを使っていますがMacで動くLeopard LSDも同様にマウスオーバーで訳がポップアップするそうです。

さて今日は前々回のLSDの話の補足です。論文をよむときはpdfファイルを開くことが多いと思いますが、残念ながらLSDはpdfをブラウザで表示したときには辞書をひいてくれないようです。ホームページを表示するのに使われるhtmlファイル形式の英文の辞書ひきが可能な優れたアドオンのようです。それなら読みたい論文や本などのpdfファイルをhtmlファイルに変換すればLSDが使えるはずです。これを試してみたので紹介します。

もし市販の優良ソフトAcrobatをお持ちでしたらpdfファイルをAcrobatで開いておいて、「ファイル-名前をつけて保存」とすすみ、保存するファイルの種類をHTML 4.01-CSS1.0準拠などとするとhtmlファイルができあがります。このファイルをクリックしてFirefoxで開くとLife Science Dictionaryのアドオンが使えます。論文を読んで発表しなくてはならない大学4年生や大学院生のかたはすぐにお試し下さい。効率が格段にあがることうけあいです。

1. もし表示される英文の文字が見にくかったらFirefoxのツールバーにある「表示」をクリックし、文字エンコーディングをUnicodeなど別の物にして試して下さい。ちょっとは見やすくなると思います。

2.またFirefoxではコントロールキーをおしながら+をおしていくと画面の文字と図と一緒に拡大します。コントロールキーを押しながら-を押すと縮小します。見やすい大きさにしてweb pageをみてください。ホイール付きマウスをお使いのかたはコントロールキーを押しながらホイールをくるくる回すと画面が拡大縮小します。

試してはいませんが、その他の市販のソフトにもpdfファイルをhtmlファイルに変換できるものがあるようです。もちろん無料ソフトや、Firefoxや Internet Explorerの無料のアドオンにもpdfファイルをhtmlファイルに変換するというものがあります。しかしこうした無料のソフトやアドオンの使用はおすすめしません。検索で上位に表示されるものを含めて幾つか試してみましたが変換するときにインターネットで何処かの会社のコンピューター(サーバー)につながってそこにファイルを送って変換作業をして結果を表示するというタイプのものがほとんどのようです。どこの誰かよく知らない会社のサーバーに毎回自分の読みたいファイルを転送することになるのでそういうアドオンや無料ソフトは使ってはいけません。FirefoxのアドオンとしてFirefoxのアドオンサイトにおいてあるものでも毎回宣伝がでたり pdfファイルを自社のサーバーに送って変換したりするなど危険そうなものもみうけます。使う前にaddonの reviewなどをよく読むなどしてインストールしないように注意しましょう。

オープンキャンパスでにぎわっています!

今日と昨日は九州大学のオープンキャンパスです。高校生がキャンパスにあふれています。遠くからきた貸し切りバスもいっぱい入っていますね。九州大学をゆっくり見てかえって下さい。私も去年はおそろいのTシャツをきて生物学科の説明会にでていたのを思い出します。今月は理学部生物学科の公開講座(公開講演会)もありますので是非ご参加下さい。8月15日土曜日(箱崎キャンパス)13:30-16:00と8月16日 日曜日(ウェル戸畑2F 多目的ホール)13:30-16:00に両日とも同じ内容で講演が行われますのでお好きなほうに参加して下さい。去年は私も講演させてもらいましたが、2日とも参加したという高校生もいました。わかりやすい講演ですし、演者の方と気楽に話せるチャンスでもありますので科学に興味をお持ちの方は是非お越し下さい。

無料の英語の辞書とweb pageの保存用アドオンの紹介

科学を学ぶ人のためにはホームページ閲覧ソフトであるウエッブ・ブラウザにFirefoxを利用するのがなにかと便利です。アドオンといわれるいろいろな拡張機能を各人の用途に合わせてインストールして使えます。今みているweb pageをそのまま保存出来るアドオンであるScrapBookは特に便利で手放せません。(2018年4月1日追記:ここで書いているscrapbookというアドオンはFirefox ESRでしか使えません。最新のFirefoxについては対応するバージョンアップ版は不完全です)

また英語のページを読んでいるとき、わからない単語にカーソルをあわせると訳語がポップアップするLSDという最近発表されたアドオンも必須のアイテムでしょう。

LSDのページにFirefoxでアクセスし、「インストールはこちらから」というのをクリックしてインストールして下さい。インストール出来ないときはブラウザの上の方にセキュリティの警告がでているのではないでしょうか。インストールを許可するように設定を直してやるとインストール出来ると思います。(2018年4月1日追記:その他のポップアップ辞書もありますので2018.3.15の記事を参照してください。)

これはライフサイエンス辞書プロジェクトが文部科学省の科学研究費の支援を得て作成した辞書で、アドオンには93000語もの生命科学用の辞書がはじめから無料でついています。マウスカーソルを英語の単語の上にあわせるだけで、図のように訳や類義語、用例などがポップアップします。図は私達の以前の論文を文献データベースのPubMedで表示してintercellularという単語の上にマウスカーソルをおいた時の様子です。またマウスをドラッグして単語の原型を選択しても辞書がひけますが、こうすると専門用語でない単語の訳がでてくることも多いので普通の英和辞書としても使えます。類義語や用例も表示されるので英語で論文を書くのには不可欠の道具でしょう。セミナーの準備や論文を読むときにも活用すると能率があがります。

こうした機能を誰でも使えるようにしてくださっている方々に皆で感謝し、訳語のミスや収録されていない単語などに気づいたら報告するなどして協力しましょう。

英語で話すコツ(2):

前回はNIHの英語の話し方の講習会を紹介しました。NIH videocastingでは2008年9月にもGiving a GREAT scientific talkと題して講習会を放映しています。これは学会などで口頭発表するときの心得です。video podcastもありますので見ると参考になります。 講演内容の一部を紹介しておきましょう。

1) 聴衆が自分の話を理解するための予備知識をどれだけもっているかをあらかじめ予測して講演内容を準備しなくてはなりません。.knowing your audienceです。エキスパートの前で基礎知識を長々と講義してはいけませんし、逆に、知的好奇心旺盛な非専門家の聴衆に基礎知識の紹介なしで専門語満載の講演をしてもいけません。どちらの場合でもすくなくとも一つ、この講演をきいてよかったという内容がつたわるようにしたいものです。

2) 下調べは大事です。学会にでかけていくとき先方のコンピュータがマックかウインドウズか、自分のパソコンで講演できるのかUSBでデータをわたすのか、あらかじめ調べておきましょう。先方からパソコンの種類などの問い合わせが普通ありますのでそれをちゃんと読んでおくことも大事です。会場であわてないように会場への行きかた、パソコン周りのことをよく調べて準備しておくことです。会場の大きさ、マイクなども講演前に必ずみて準備しましょう。

3) tell a story これはよくききますね。論文でも同じだといわれています。
・どういう点でこの仕事は重要なのか。
・この問題の解決への自分の独自の貢献とは何か。
・この仕事は今後どうなっていくのか。
この三つの質問の答えができるようにして講演内容をねりあげていきましょう。

4) スライドでの発表ですが、話しはじめて最初の90秒から2分までが第一の勝負です。ここで聴衆をつかめるかつかめないかが勝負どころです。

5) 10分とか12分の短い口頭発表では最初に結論の一部をちらっと紹介して繰り返し論点を強調したりするのがよいでしょう。

その他スライドの作り方(どれくらいの大きさの字を使うのがよいかなど)なども教えてくれます。今忙しくて時間がないのでまた後日ふれることにします。

英語で話すコツ(1):

リンク集にあるNIH videocastingで英語の講演を聴くと英語で発表をするためのよい勉強になります。一流の科学者の一流の研究所での公開講演がいながらにして聴けるのは英語で研究成果の発表をしようという私達には見逃せない機会です。このNIHのビデオ放映では生命科学の最新の研究成果の発表(セミナー)だけではなく、以前紹介したように科学論文の書き方や論文の投稿の仕方、データベースの使い方など科学研究のプロフェッショナルを目指す人の助けになるような講習会も放映されています。

今年の6月5日にはImproving Spoken Englishと題してScott Morganさんが講習会を行いました。英語を母国語としない科学者のためにどのように英語を話したらよいかを楽しく解説してくれているので是非ご覧ください。[追記(2010.04.15) 現在このビデオはNIH ONLYのカテゴリーのビデオに変更されているためwebページではビデオが再生されません。ビデオのダウンロードと音声のダウンロードリンクは利用可能なようですのでおためし下さい。] 講師のMorganさんは科学のプレゼンテーションの専門家で俳優としてもテレビで活躍している方です。Speaking about Science: A manual for creating clear presentations(Cambridge University Press)という本も書いておられます。アメリカ人に理解してもらえるように話すにはどのような点に注意すればよいのかについて、7つのコツを教えてくれます (7 Secrets to Improving Spoken English)。

ビデオはVideo Podcastsのリンクからダウンロードしてゆっくり好きなときにみることもできます。一時停止させたりしながら、ゆっくり見ることもできますのでお試しください。最後のほうでスライドを何枚かとばしていますが、一時停止してみればそれらも読めて参考になります。

いろいろ参考になる話がありますが、たとえばアメリカ人には母音はどうでもよいという話がありました。eitherはイーザーでもアイザーでもよい。 tomatoはトメイトウでもトマートーでもどっちに発音しても気にしないのだそうです。ligandという単語の発音をリガンドといったり、ライガンドといったりしてもどちらでもよい。演者が講演の最中にライガンドといったすぐあとにリガンドといっても誰も何とも思わないのだそうです。それよりも子音が大事、声が大きいことが大事、聴衆をみて話すことが大事、文の最後を聞こえないように話す(飲み込む)のはいけない、単語の音節syllableを一つ一つ丁寧に省略せずに発音することが大事なのだそうです。neovascularization(血管新生)とかallele(対立遺伝子)とか、生命科学向けの単語を実際に発音して解説してくれています。最後に勉強のアドバイスとしては、ビデオをみるのもよいのですが、ビデオで英語になれたらラジオ (National Public Radioがおすすめ)を聞くようにすると話す力が上がるのだそうです。

糖鎖生物学って何だろう?(1) インフルエンザウイルスの話

インフルエンザウイルスは糖鎖を使って感染する。生物の細胞の表面は糖鎖でびっしり覆われています。これを糖衣glycocalyx(グライコ・ケイリクスと発音します。覚えておくとよいのですが、英語では単語の中にあるa という文字は「ア」と発音しないで「エイ」と発音する場合が多いです)と呼びます。細胞は糖のころもを着ているのです。糖衣は細胞の一番外側にありますから、外から細胞に感染するウイルスやバクテリアが最初に接触するのが糖衣の糖鎖です。今話題のインフルエンザウイルスもこの糖衣を介して細胞に感染し、細胞に侵入していきます。H1N1とかH5N1とか表記されるHがヘマグルチニン(赤血球凝集素Haemagglutinin)の略で、これは糖鎖と結合するウイルスの成分蛋白質を表し、1とか5とかいう数字はその亜型を示します。ウイルスは細胞表面にある酸性の糖であるシアル酸 (ノイラミン酸neuraminic acidの誘導体の総称です)を含む糖鎖と結合して細胞内に侵入、細胞内部で複製します。細胞を殺して外へ飛び出そうとするときウイルスをくっつけるシアル酸があると今度はじゃまで出られません。それでノイラミニダーゼという酵素(これがH1N1Nです。NeuraminidaseNです。)をもっていて、これを使ってシアル酸を分解して外に出ます。この酵素を働けなくするのがタミフルリレンザという薬です。

インフルエンザウイルスに限らず、ウイルスのほとんどすべては糖鎖を介して感染します。糖鎖の機能を調べる糖鎖生物学の研究は、ウイルス感染の克服に必須です。

インフルエンザやウイルスと糖鎖については以下のリンクに更に詳しい説明があります。

Glycomicrobiologyのやさしい解説 (日本語)―インフルエンザウイルスやノロウイルス、C型肝炎と糖鎖の関わりがよくわかるサイトです。

glycocalyxの写真はGoogle 画像検索で探してみてください。

実験ノートについて (2)

英国に保存されている実験ノートで最も有名なのはファラデーの日記Faraday’s diaryと呼ばれている
マイケル・ファラデーMichael Faraday(1791-1867)の遺した実験ノート(写真)です。
彼のクリスマス講演からできた本「ロウソクの科学」で名前をきいた方もあるかもしれません。

生まれたのは寛政3年(1791年) で、歌川広重、遠山金四郎や千葉周作などとほぼ同年代の人です。
1859年にDarwinが「種の起源」を出版していますからダーウインとも同時代ですね。76才でなくなったのは1867年、幕末で坂本龍馬の暗殺された年です。化学者で物理学者、彼の研究の上に現代文明が築かれた といってよい大科学者です。

磁気と電流の関係を発見して世界ではじめての変圧器、モーター、発電機を発明。磁気の光に対する影響の初めての発見(ファラデー効果)、電流の化学結合への影響を示した電気分解の実験(電気分解の実験でファラデーという単位名があります)、ベンゼンの発見、初めての気体の液化に成功、 そして遠隔作用と考えられていた電磁気を、近接作用と考える電磁場の概念のさきがけなど、どれ一つをとっても偉大な発見をした人です。たしか後にゼーマン効果とよばれる現象も予想して観測したのですが当時の観測機器の精度が悪く見つからなかったそうです。

重力と電磁気力の関係の探究などチャレンジングな研究も行っています。彼の研究を数学的にまとめることでマックスエルの電磁気学が完成したのだそうです。この大科学者が詳細な実験ノートを遺していると聞くと是非のぞいてみたくなります。写真はイギリスの王立協会にあるファラデー博物館に展示してあった彼の実験ノートの写真(私の撮影)です。1821年の実験ノートで Very Satisfactory, but make more sensible apparatus.と書かれた9月3日分の日記の下にある、9 月4日火曜日の日記を読んでみましょう。きれいな字で書かれているのに感心させられます。
TuesDay Sept. 4 と下線が引いてあり、その下は

Apparatus for revolution of wire and magnet. A deep basin with bit of wax at bottom
and then filled with mercury, a Magnet struck upright in wax so that pole just above the surface of mercury,
then piece of wire floated by cork, at lower end dipping into mercury and above into silver cup
as before, and confined by wire or capillary attraction from leaving the M. Pole
.“と読めます。

下 の写真(これも野村が撮影)に示した世界初のモーターについて述べている実験ノートの部分です。
彼の自筆の絵も入っています。こんな実験ノートをのこせるような実験がしたいものだと思います。

実験ノートについて(1)

科学を研究することはそれを職業にするにしろ、楽しみにするにしろ、とても楽しいことです。その楽しさを分かち合い、そして皆の共通の財産にできるようにするため、そしてせっかくやった研究や実験の結果を忘れないようにするためには、得られた結果はきちんと誰がみても理解できるような形で残しておくことが大切です。

実験ノートをきちんととりながら実験や研究をすること、そしてそれを保存しておくことはとても大切です。左と右下の写真は私達が英国ケンブリッジにあるMRC Laboratory of Molecular Biology (MRC LMB)にいって講演させてもらったときに撮したものです。たくさん並んでいる緑のノートは2002年のノーベル賞医学生理学賞受賞者 Sydney Brennerさんの実験ノートです。線虫シーエレガンス(C. elegans)の研究はここ MRC LMB(分子生物学研究所)で始まりました。線虫に薬剤を与えて遺伝子に異常を引きおこして、突然変異をもった線虫を次々と取得していった様子がこのノートに生き生きと書かれています。最初は突然変異をおこす方法とかもまだまだ試行錯誤だったので、なかなか変異体がとれませんが、やがて条件検討の結果、とれる数がどんどん増えていく様子、そして観察眼も向上していって微妙な異常も見逃さなくなっていき、突然変異体がどんどんとれていくという様子がよくわかります。もう40年以上もたつノートもありますがちゃんと保存されているのですね。イギリスにはもっと古い実験ノートも保存されています。次回はそんな実験ノートの話をしたいと思います。

 

虫の写真 C. elegansではなくて昆虫です!

昆虫の写真です!

リンク集に紹介してあるBiotechniqueという雑誌をみていたら昆虫の写真を集めたサイトが紹介してありました。生物を研究している人は昆虫採集を子供のときから趣味にしている人も多いようです。それも蝶々だけとか、カミキリムシだけとかいろいろテーマをきめて集めている人がいます。
このサイト(Insect Images)には昆虫図鑑をしのぐほどの、いろいろな虫の写真(35252枚)がのっています。

英語のサイトですが、butterfly (蝶々)とかのキーワードで検索すると (web pageの上の方にあるSearchの後の箱の中にbutterflyとかタイプしてリターンを押してみて下さい)きれいな蝶々の写真が楽しめます。英語でごちゃごちゃしていてわからないという人はここをクリックして下さい。

モルフォ蝶とかもあってきれいです。いろいろ適当にランダムにクリックすると恐ろしげな昆虫、有益な昆虫、きれいな昆虫などいろいろあって、生物の多様性が実感できるのではないでしょうか。写真はダウンロードできますし、無料で登録すると更に高解像度の写真がダウンロードできるそうです。Georgia 大学の方々が学術研究費で創っているサイトなので是非、世界のいろんな方々に登録してもらって使ってほしいと書いてありました。

虫の集い(むしのつどい)というのがあります。
これはモデル生物線虫C. elegansの研究をしている人たちの集いです。私はこれを昆虫採集同好会と思っていた時期があります。