The Nomura Institute of Glycosciece Blog

カリフォルニア大学バークレー分校も同様な講義のwebcastを配信しています。
(2018年追記：以下のリンクについての記述は現在あてはまりません）
生物学ですとここ などがあります。iTunes　Uのvideoやaudio,あるいはYouTubeのビデオへのリンクがあります。年度を選んで講義をききたければ上のView by Semesterというプルダウンメニューから年度とfall, springのどちらかを選んで下さい。Departmentsのプルダウンメニューから生物だけではなく、化学、数学、工学など各種講義がみられます。

みてもらえればわかりますが、これらの講義は英語で自分の研究成果を発表しなくてはならない大学院生や研究者にとっては、英語の話し方を身につけるのに役立つ最高の機会でしょう。科学英語の初心者にもとても役立つので暇があるときに是非、聞いてみて下さい。上級者が聴けば、どのような英語の表現で自分の知識を英語で伝えるかが身に付くと思います。videoの他に、音声podcastの配信がありますので、車の中などで英語の教材代わりに聞いてみて下さい。生物学をはじめとする科学分野のほぼすべての領域をカバーしている講義集ですから基本的な語彙と表現が身に付くと思います。他にも、上のサイトからリンクをたどると初歩の物理の講義や、数学（線形代数や微積分学）の講義とか、コンピュータープログラミングの講義などいろいろあります。好みに従って聞いてみると面白そうです。

分化能力が高い「幹細胞」（かんさいぼう。ステムセルstem cellといいます）とよばれる細胞には特定の配列の糖鎖が出現しており、こうした糖鎖は幹細胞であることの目印（マーカーといいます）とされています。しかしなぜ幹細胞で特定の糖鎖が発現するかは謎なのです。癌であることの目印（癌細胞のマーカー）として病院でつかわれているものの中には特定の糖鎖配列があります。病院でこうした糖鎖の出現を癌の診断に役立てていることや、幹細胞のマーカーに糖鎖が多いことからも、細胞の状態を糖鎖が反映しているのは確実です。しかしその意味や役割は全く不明です。これが理解されれば、細胞の一番外側にある分子である糖鎖を変化させて細胞の状態を自由に変化させたり、制御したりすることができると私達は考えています。実際、細胞膜表面にでているコンドロイチンを消化すると細胞分裂ができなくなるという私達の発見や、細胞外の糖鎖を抗体で阻害するとクラゲの横紋筋が分化転換して別の細胞に変わるというさきごろ亡くなったスイスのVolker Schmid先生の発見は、この方法がたしかに実行可能であることを証明したものといえるでしょう。糖鎖生物学からiPS細胞研究が格段にすすむことを期待しています。

iPS細胞の具体的な実験方法については下のバックナンバー2009年3月20日分にあるビデオをご覧下さい。外国のビデオですがiPS細胞を研究している実験室を実際に案内してもらうのと同じ体験ができます。

年末にはひさしぶりに英国を訪問してきました。ロンドンの年末カウントダウンをはじめてテレビでみました。11時45分から0時15分までの間、テレビで中継します。ものすごい人混みだそうで現場にいってみるのは今回は躊躇しました。テムズ川のそばにあるロンドンアイとよばれる大観覧車で花火をうちあげてカウントダウンします。泊まっていたアパートからも花火で空が光っているのだけは見えました。

PubMedの使い方などは今週から解説を再開する予定です。ことしもどうぞよろしくお願いいたします。

今回はもうすこしプロ風の検索式の入れ方、作り方を紹介したいと思います。
自分の興味のある文献を定期的に検索してその結果を確認したり、自分の興味ある文献についての情報をまとめてファイルにしてダウンロードしたりするのがPubMedを使えば簡単にできます。論文がでた日付で絞り込んだ検索をしたり、著者名で検索したりする時には以下のようにタグを使うと簡単です。例をみていただければ簡単に応用できるようになると思います。
タグを使った検索式で定期的にPubMedをチェックしたりする方法については次回以降に解説します。

例１：

2003年3月から2003年5月までの期間にPubMedに登録されたelegansとchondroitinについての文献を探したいとき。（登録日を使った絞り込み検索）
検索ボックスに、elegans AND chondroitin 2003/03/01:2003/05/31[edat]といれます。[edat]がタグです。２つ論文がヒットすると思います。
2003[edat]なら2003年のものだけ、2003/05[edat]なら2003年5月のものだけがヒットします。：は範囲を表すのに使っています。[edat]タグの代わりに出版年月日のタグである[dp]または[pdat]を使えば出版された年月日で検索の範囲を絞れます。

elegans AND chondroitin 2003/03/01:2003/05/31[pdat]とすると３つ論文がヒットします。

例２：

2009年に出版されたDejimaによる論文を探してみましょう。この場合は著者のデータベースのレコードフィールドを検索する[au]タグを併せて使います。
検索ボックスにDejima[au] 2009[dp]といれて検索します。６つヒットして、出嶋克史君の論文が２つみつかりました。[au]はauthorの略で著者です。

例３：

” “に囲んで検索語をいれるとAll Fields（論文のレコードの、タイトルや著者、アブストラクト、出版年月日などほとんど全てのデータベースのフィールド）の検索となります。引用符で囲む代わりに検索語の後に[all]と入れて検索しても同じです。
“elegans” AND “chondroitin”
でやってみましょう。

検索語にはもちろんglyco*のようにアスタリスクのワイルドカードも使えます。しかしワイルドカードを使うとglycosyltransferaseとかglycomeとかいろいろ変化させて最初の600種類までの変化しか検索してくれないので注意して下さい。600でカットしたときには警告がでますので、もうすこしアスタリスクの前の文字を増やすなどしてください。

以上の例で示したように、検索語のあとにつける[ ]の中に、allだとかedatとかauとか、いろいろタグを入れると検索範囲を絞って検索できるわけです。使えるタグの一覧は
ここをクリックして、ページのずいぶん下のほうにあるSearch Field Descriptions and Tagsの部分をご覧ください。
検索で使えるものと、使えないものも含めた全タグの一覧はこちらをご覧下さい。

SciencePortal (―科学技術　全て伝えます―)　
これは科学技術振興機構のつくっているサイトです。ニュース、データベース、楽しむ科学、産学連携、国の政策、国際動向、イベント、学会、求人などなどいろんな内容がみられます。今日ならイグ・ノーベル賞を田口文章先生が受賞されたというニュースがさっそくのっています。以前紹介したWebラーニングプラザやサイエンスチャンネルなどへのリンクや紹介ものっていますので小学校から大学院生、社会人、研究者まで幅広く利用できるポータルサイトとなっています。研究者はデータベースのリンクの中に知らなかった新しい内容を見つけるのではないでしょうか。

二つ目は、上のサイトにもリンクがある

英国のサイエンスポータルサイトIntuteです(これは2011年に閉鎖されたサイトです）。12,5000以上のリンクが集めてある英国の便利な学術用サイトです。ここの中にあるVirtual Training Suiteというのをお試し下さい。法律や文学、芸術や哲学、そして医学や農業、航空工学、数学などなどあらゆる学問分野それぞれでのインターネットの使い方をonlineで教えてくれるチュートリアルが用意されています。インターネット検索の落とし穴や注意点を教えてくれます。またチュートリアルの途中では随時、すぐれたサイトの紹介をしてくれて必要なリンクはどんどん自分で記録して、自分宛にメールで送ることもできます。すぐれた解説チュートリアルがさまざまな分野について用意されていますので、英語ですが自分の好きな分野からおためし下さい。LSDやＭouseover Ｄictionaryを使いながら読んでいくと良いと思います。

さて今日は前々回のLSDの話の補足です。論文をよむときはpdfファイルを開くことが多いと思いますが、残念ながらLSDはpdfをブラウザで表示したときには辞書をひいてくれないようです。ホームページを表示するのに使われるhtmlファイル形式の英文の辞書ひきが可能な優れたアドオンのようです。それなら読みたい論文や本などのpdfファイルをhtmlファイルに変換すればLSDが使えるはずです。これを試してみたので紹介します。

もし市販の優良ソフトAcrobatをお持ちでしたらpdfファイルをAcrobatで開いておいて、「ファイル-名前をつけて保存」とすすみ、保存するファイルの種類をHTML 4.01-CSS1.0準拠などとするとhtmlファイルができあがります。このファイルをクリックしてFirefoxで開くとLife Science Dictionaryのアドオンが使えます。論文を読んで発表しなくてはならない大学4年生や大学院生のかたはすぐにお試し下さい。効率が格段にあがることうけあいです。

１． もし表示される英文の文字が見にくかったらFirefoxのツールバーにある「表示」をクリックし、文字エンコーディングをUnicodeなど別の物にして試して下さい。ちょっとは見やすくなると思います。

２．またFirefoxではコントロールキーをおしながら＋をおしていくと画面の文字と図と一緒に拡大します。コントロールキーを押しながら－を押すと縮小します。見やすい大きさにしてweb pageをみてください。ホイール付きマウスをお使いのかたはコントロールキーを押しながらホイールをくるくる回すと画面が拡大縮小します。

試してはいませんが、その他の市販のソフトにもpdfファイルをhtmlファイルに変換できるものがあるようです。もちろん無料ソフトや、Firefoxや Internet Explorerの無料のアドオンにもpdfファイルをhtmlファイルに変換するというものがあります。しかしこうした無料のソフトやアドオンの使用はおすすめしません。検索で上位に表示されるものを含めて幾つか試してみましたが変換するときにインターネットで何処かの会社のコンピューター（サーバー）につながってそこにファイルを送って変換作業をして結果を表示するというタイプのものがほとんどのようです。どこの誰かよく知らない会社のサーバーに毎回自分の読みたいファイルを転送することになるのでそういうアドオンや無料ソフトは使ってはいけません。FirefoxのアドオンとしてFirefoxのアドオンサイトにおいてあるものでも毎回宣伝がでたり　pdｆファイルを自社のサーバーに送って変換したりするなど危険そうなものもみうけます。使う前にaddonの reviewなどをよく読むなどしてインストールしないように注意しましょう。