私のブログの様なweb pageで、分子の立体構造を表示して、マウスで動かしたりできるようにするにはどうしたらよいでしょうか。
昨日紹介した山本 典史先生がこちらのページで、そのやり方をわかりやすく書いてくださっています。
「ブラウザーで分子を立体表示する」https://yamnor.me/2022-03-14-2020/#03
先生の記事にある、3Dmol で、私が以前紹介した雪をつくるときに働くバクテリアのタンパク質inaZを立体表示したのが以下の図です。タンパク質の立体構造予測ツールのAlphaFold2のデータベースにのっている以下の予測結果を使いました。
https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v4.pdb
マウスでドラッグしたり、拡大縮小したりできるのを確認してください。
先生のページには他に、Molmilをつかって埋め込む方法も書かれています。Molmil は、分子を立体表示する WebGL (JavaScript) プログラムで Protein Data Bank Japan(PDBj) で開発されています。Molmilの使い方については以下の動画をみるとよいでしょう。
分子ビューアMolmilの使い方
https://youtu.be/aCWyTOmdO88