AlphaFoldの登場以来、アミノ酸配列が知られているほとんどのタンパク質の予測立体構造が、データベースに記載されているという時代になりました。これを利用して、自分が調べているタンパク質の立体構造と、似た立体構造をもつものを探して、タンパク質の機能の起源や進化を探るのは面白い研究テーマです。3月の記事（この記事の末尾にうめこんでいます）で、タンパク質構造が類似するクラスターを検索する方法を紹介しましたが、今日TogoTVで次の動画が公開されました。
『FoldMasonを使ってタンパク質構造のマルチプルアライメントを高速に行う (2026年版）』
https://youtu.be/jACphwV9ReU
Uniprotからワンクリックで自分の興味があるタンパク質の立体構造のマルチプルアライメントができるので、アマチュアでも簡単に立体構造のマルチプルアライメントができます。これはすばらしいツールです！
UniprotからFoldseekが、これもワンクリックで使えるというTogoTVの動画もあるので埋め込んでおきます。上の動画ではFoldseekからFoldMasonを使うので、以下の動画をみてから最初の動画を見るのもよいと思います。
『UniProtからFoldseekを使って高速にタンパク質構造の類似性を検索する』
https://youtu.be/LGSzMIHjU1M
Uniprotは昔からほぼ毎日使っていますが、すばらしいサイトです。
https://www.uniprot.org/
まださわったことがない人はこれを機会に使ってみてください。
今年3月の過去記事も参考にしてください。
AlphaFold Protein Structure Database Clustersを使ってタンパク質構造が類似するクラスターを検索する
https://youtu.be/XYI3QRoSisM