タンパク質の立体構造予測に革命をもたらしたAlphaFold2のバージョンアップ版、AlphaFold3が公開されました。
Announcing AlphaFold 3: our state-of-the-art AI model for predicting the structure and interactions of all life’s molecules. 🧬
Here’s how we built it with @IsomorphicLabs and what it means for biology. 🧵 https://t.co/K7uxMxdNr8 pic.twitter.com/MJfJ6NCEFW
— Google DeepMind (@GoogleDeepMind) May 8, 2024
AlphaFoldサーバーのよくある質問のコーナーによると（https://golgi.sandbox.google.com/faq）
蛋白質だけでなく、DNAやRNA（およびそれらのメチル化やformyl化その他の修飾を受けたものもOKです）、様々なリガンド（ATP, ADP, AMP, GTP, GDP, FAD, NADP, NADPH, NDP, heme, heme C, myristic acid, oleic acid, palmitic acid, citric acid, chlorophylls A and B, bacteriochlorophylls A and B）、イオン、様々な翻訳後修飾（リン酸化やアセチル化、メチル化、マロニル化、グリカン付加その他）を複数含む構造さえも予測できるそうです。複合体の立体構造予測性能も格段にアップした模様です。
Gigazineのこちらの記事が日本語で読みやすいと思います。
『Google DeepMindがすべての生命分子の構造と相互作用をきわめて正確に予測できるAIモデル「AlphaFold 3」を発表』https://gigazine.net/news/20240509-google-deepmind-alphafold-3/
Natureに昨日公開されたアクセプトされた論文原稿はこちらのリンクから読めます。
https://www.nature.com/articles/s41586-024-07487-w
Google Deep Mindのブログがわかりやすく紹介してくれています。テイラーメイドの創薬も可能になると思われる、革命的な進歩だと思われます。https://blog.google/technology/ai/google-deepmind-isomorphic-alphafold-3-ai-model/#alphafold-server
無料で使えるAlphaFold3 serverのデモの動画も用意されています。サーバーを使うには、所属機関名とGoogle アカウントが必要です。
AlphaFold Server Demo – Google DeepMind
私もちょっとログインしてみましたが使い方は簡単そうでした。上の動画などをみてから使ってみようと思います。