タンパク質の立体構造を表示するのにPyMOLをよく使います。PyMOL自体に、表示した画像をエクスポートして保存する機能はあるのですが、論文に使えるような図をつくるのは大変でした。なんとその問題点を解消する新しいPyMOLのツールがが公開されたので紹介します。
オープンアクセスの元論文はこちらからダウンロードできます。https://academic.oup.com/bioinformatics/advance-article/doi/10.1093/bioinformatics/btae139/7623589
Rapid generation of high-quality structure figures for publication with PyMOL-PUB
Bioinformatics, btae139, https://doi.org/10.1093/bioinformatics/btae139
PyMOL-PUBのGitHubページはこちらです。インストールの仕方や主要な有名ジャーナルへ投稿する際の、画像の解像度、フォントなどの設定の一覧などがあります。
https://github.com/BGI-SynBio/PyMOL-PUB
どんな感じで使うのかはこちらの動画でわかります。
PyMOL PUB‘s GUI demo video
https://youtu.be/4kbtMWG98h4?si=-eNhpCOM4J1aynwo
テクニカルマニュアルはこちらからダウンロードできます。
https://github.com/BGI-SynBio/PyMOL-PUB/blob/main/docs/PyMOL-PUB-Technical-Manual.pdf
今日はこちらのライブをみていました。物理学者のLEOさんから数学を習うと新鮮な驚きがあります。今日の第７回では複素数の復習からはじまって微分方程式の解き方なども学べます。是非ご覧になるのを おすすめします。
https://www.youtube.com/live/A_FsbiL4zT0?si=_u73aPnzc8Hc9nSU