瓜生真也さんが作られたR言語入門のスライド、「Rユーザのための機械学習チュートリアル」でのスライドやコードなどが公開されています。

瓜生真也さんが、Rの入門スライドや、Rをつかった機械学習の入門スライド(とコード)を公開してくださっています。nitterからならこちらから、瓜生さんのツイートにアクセスできます。以下の紹介もこのnitterで知りました。https://nitter.esmailelbob.xyz/u_ribo

1) 【R言語入門 (R-4.3.3 2024年4月版) / introduction to r】というスライドです。
https://speakerdeck.com/s_uryu/introduction-to-r
『統計解析とグラフィックスのための言語・環境である「R言語」の概要、インストール方法、初歩的な使い方を広く・浅く解説した資料です。
2024年4月時点でのRの最新バージョンR-4.3.3を対象としています。』とのことです。

2)【Rの機械学習フレームワークの紹介〜tidymodelsを中心に〜 / machine_learning_with_r 2024】これは瓜生さんによると、
『2024年3月9日に開催された[日本統計学会第18回春季集会](https://jss2024spring.ywstat.jp/)(成城大学)における企画セッション AM-B「Rユーザのための機械学習チュートリアル」で用いたスライド資料です。』とのことです。スライドとRのソースコードは、瓜生さんのgithubからダウンロードできます。
https://github.com/uribo/240309_jss18tutorial

Rのソースコードを含んだGitHubリポジトリ:
第一部「Rの機械学習フレームワークの紹介〜tidymodelsを中心に〜」
第二部「地理空間データの機械学習への適用」

MRC LMB のGreener Labのソフトウエアやツイートが役立ちます。

MRC LMBのJoe Greenerさんのラボは、生体分子simulationに関するすぐれたソフトウエアや情報を提供しています。
Progresというソフトウエアはよさそうなので、
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/groups/greener/software/
インストールして使ってみようと思っています。

彼のツイートは役立つので是非見てみるとよいと思います。
https://nitter.esmailelbob.xyz/jgreener64

たとえば、彼の推薦している分子動力学の入門ビデオが評判です。


動画のリンクはこちらです。
The Beauty of Life Through The Lens of Physics
https://youtu.be/ncC-GMzF9RY?si=4-w0xwCyZrPvBUG8

https://piped.video/watch?v=ncC-GMzF9RY

Cas9によるゲノム編集を開発してノーベル賞を受賞したDoudnaさんの最新講演動画が公開されました!

4月15日(米国時間)に以前このブログで紹介していたNIHでのJennifer A/ Doudnaさんの講演がありました。
動画が公開されているのでご覧ください。https://videocast.nih.gov/watch=54303
”WALS NIH Director’s Lecture: The Future of CRISPR: What’s Ahead for Genome Editing”

Doudnaさんはゲノム編集の画期的方法「CRISPR-Cas9システム」の開発者の一人でノーベル化学賞を受賞しています。彼女の本、A Crack In Creation: Gene Editing and the Unthinkable Power to Control Evolution (English Edition)では、人の組織や臓器特異的にCRISPR-Cas9システムを導入する方法についてレンチウイルスのシステムが紹介されていました。今回の講演は、この本の後、ゲノム編集がどれほどすすんだか(ヒトの遺伝病の治療にも利用され始めています)が手に取るようにわかるよい講演です。Cas9酵素としては、ヒトの腸内細菌由来で最もよく利用されているSpyCas9にかわる酵素が開発されたそうです。好熱菌由来のCas9であるGeoCas9は、高温で生活している細菌が持つ酵素なので、熱に強く、体内でもSpyCas9よりも格段に安定に存在することができます。これはヒト体内に入ると瞬時に分解してしまうSpyCas9に変わる臨床治療用の酵素として有望そうでした。ただ一つの致命的欠点はSpyCas9にくらべてゲノム編集効率がものすごく低いということでした。そこでin vitroでdirected evolutionを起こす方法を使ってGeoCas9配列を進化させて、編集効率が高く、温度にも安定な新酵素iGeoCas9を作ったそうです。

次はどうやってこのiGeoCas9と遺伝子ターゲットを認識するためのガイドRNAを目的の細胞、組織へ届けるかです。優れた方法が開発されています。
今までのレンチウイルスやアデノ随伴ウイルス。アデノウイルスを利用する方法ではウイルスを利用するので、ヒトの臨床利用ではなるたけ避けたいと思う人も多いです。Doudnaさんのグループは、iGeoCas9とガイドRNAからなるリボヌクレオタンパク質を、レンチウイルスの殻のようなenvelopeにいれて、そのenvelopeの表面に目的の組織や細胞に結合できるscFv抗体を発現させておきます。(この抗体は英国MRC LMBのWinter先生が開発した抗体で、ノーベル賞を受賞しています。
https://www.nobelprize.org/uploads/2018/10/winter-lecture.pdf
scFv抗体についての簡単な用語解説はこちらがわかりやすいです。https://www.yodosha.co.jp/jikkenigaku/keyword/147.html)
このエンベロープは、ウイルスのように増殖性がありませんので安全性が高いです。またscFv抗体で目的の細胞に結合した後、細胞と融合して内容物を細胞内へ放出するために必要な細胞融合を引き起こすfusogenと呼ばれるタンパク質も表面に発現させておくそうです。これはenveloped delivery vehicle (EDV)と名付けられ、ウイルスに替わる安全で核への到達効率が高いツールに仕上げられています。動画を見ると詳しく解説されていてわかりやすいですが、興味のある人は次の最新の論文をご覧になるとよいと思います。

Hamilton JR, Chen E, Perez BS, Sandoval Espinoza CR, Kang MH, Trinidad M, Ngo W, Doudna JA. In vivo human T cell engineering with enveloped delivery vehicles. Nat Biotechnol. 2024 Jan 11. doi: 10.1038/s41587-023-02085-z. Epub ahead of print. PMID: 38212493.

NIHの講堂が満員になっていた講演です。動画を高画質でダウンロードできますし、スクリプトファイルもダウンロードできるので是非じっくり勉強してみてください。

免疫系の細胞をマイクロマシーンに改造しての癌治療、人工的にオーガナイザー細胞の集団を作成して自在に組織・器官分化を操る!

ChatGPT有料版の利用例のいろいろが紹介されている動画―国立情報学研究所のDXシンポが公開されています。

国立情報学研究所のYouTubeチャンネルでは、教育機関DXシンポの講演動画が公開されていてAIについて学ぶのに大変役立ちます。昨日開催された、「【第76回】大学等におけるオンライン教育とデジタル変革に関するサイバーシンポジウム」のライブ動画には、ChatGPT Plusの使い方を学ぶ上で大変役立つ講演があるので紹介します。

「生成AIで授業が変わる」というタイトルの
橋本 大也 デジタルハリウッド大学 教授による講演です。4月22日朝まで閲覧可能だそうです。開始一時間あたりから講演がはじまります。
https://www.youtube.com/live/FtfBIzjeB9k?si=gCXLBk3Gm7LBnR0b&t=3668
動画を作るやり方も大変簡単なんですね。知りませんでした。

この動画は、22日以降は、講演のアーカイブサイトに掲載される予定だそうです。https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/past.html
昨日の講演会の全体の紹介はこちらにあります。
https://www.nii.ac.jp/event/other/decs/

AIを使った論文の読み方という記事をみかけました。

AIを使った論文の読み方という記事を見かけたので紹介します。無料版、有料版のサービスの紹介があって参考になると思います。

AIを使った論文の読み方
https://compass.readable.jp/2024/04/17/post-26/
これはReadableというサービスを開発、運営しておられる佐藤竜馬先生の記事です。https://joisino.net/

先生のブログも参考になります。https://joisino.hatenablog.com/
大学で読んだ情報科学関連の教科書という記事や、https://joisino.hatenablog.com/entry/2024/03/27/181258
論文読みの日課についての記事などから読み始めるのはどうでしょうか。https://joisino.hatenablog.com/archive/2023/04/10

検索してみるとYouTubeの動画がありました。

私はこれからReadableなしの論文読みをはじめます。おやすみなさい。

電子の素電荷の存在と大きさを決定した、ミリカンの油滴実験の解説動画を紹介します。

ミリカンはアメリカの有名な物理学者でノーベル賞受賞者です。有名なミリカンの油滴実験で、都合のいいデータのみを選んで論文を書いたと非難されることもありますが、これはよく調べもしないで本を書いたジャーナリストなどによって広められたデマです。それについては私の以前の記事を末尾に再録していますのでご覧ください。今日はこのミリカンの有名な実験をやさしく数式をまじえて解説している動画を紹介します。油滴実験をともに行った学生についての話は科学倫理の観点からはチェリーピッキング疑惑とはまた違った意味で考えさせられる話です。この学生、Harvey Fletcherは自身の死後に発表した回顧録で、ミリカンとの油滴実験の詳細を語り、最初の論文で彼が共著者になれなかったのはショックだったが、ミリカンは大変良く公私にわたって面倒をみてくれた先生で、友人たちが噂するようなひどい先生ではなかった、ミリカンとの共同研究は楽しかったなどと書いています。彼は博士号を取得した後、ベル研究所で研究し、音響学に多大の貢献をしています。補聴器とか、ステレオ音声の初めての録音などの業績が有名で、2016年のグラミー賞も死後に受賞しています。
動画はこちらです。
Unveiling the electron with oil drops

https://youtu.be/B-uWaEvXqbA?si=3EiwKQqS8Nl-UB7W

以前の記事もご覧ください。

2016.07.11(月)実験ノートの重要性1 

新学期です。すぐれた物理の入門講義や講義テキストが公開されています。

物理の入門講義や講義テキストが公開されています。

前に紹介した東北大学の大関真之先生が、今年は量子力学Bの講義を担当されいて、その講義を毎週公開しておられます。
これはものすごくわかりやすい講義で、絶対きいて損はない講義です。量子力学A という、より基本的な内容の講義の内容をすべて含んだ講義だそうです。一度動画をみてわかりやすいと思ったら是非聴講を続けてください。
【東北大ライブ講義】第1回: シュレーディンガー方程式【量子力学B・2024年度東北大学工学部】
https://www.youtube.com/live/08Aly7Nbr2o?si=miXyepym3yd6iM1z

【東北大ライブ講義】第2回: なんでシュレーディンガー方程式はあの形?【量子力学B・2024年度東北大学工学部】
https://www.youtube.com/live/luAF8EYamwI?si=oFjrI7OGNlHbsS0V
講義テキストといえば二年ほど前に紹介したこちらのページがおすすめです。
2022/2/7
物理のわかりやすい教科書を多数出版されている琉球大学の前野昌弘先生の講義録へのリンクのページを紹介しておきます。いろんな講義資料(pdfを含む)があるので大変勉強に役立つと思います。

今年は講義録のリンクページに現在進行中の講義という項目があります。
http://irobutsu.a.la9.jp/fromRyukyu/wiki/index.php
物理数学I(線形代数)と、物理学概論(教える立場に立つ人のための物理学概論という講義で、物理教員および物理教員を目指す人向け)の講義テキストのpdfがダウンロードできるので読んでみてください。

大関先生の他の講義の紹介記事を以下に再録しておきます。

応用数学、機械学習、量子コンピュータなどを学びたい人には東北大学の大関真之先生による公開講義をおすすめします!

ムチンという糖タンパク質の立体構造を計算生物学で予測して、トンネル顕微鏡での結果と比較検討している論文がでています。

ツイートをログインせずによめるnitterの、まだ生き残っているインスタンスの一つで、クリックケミストリーの研究でノーベル化学賞を受賞した糖鎖科学者Carolyn Bertozziさんのツイートを読んでいます。
https://nitter.esmailelbob.xyz/CarolynBertozzi
こちらのリツイートが面白いプレプリントを紹介してくれていますのでお勧めです。

プレプリントのリンクはこちらです。pdfをダウンロードできるリンクもありますのでご覧ください。
https://www.biorxiv.org/content/10.1101/2024.04.09.588790v1
分子動力学の糖鎖生物学への応用の論文ですが、新しい時代の到来を告げる論文ですね。

ゲノム編集を使う医療についての対談動画や柳瀬陽介先生の新しい講演動画などを紹介します。

ゲノム編集を使った治療が始まりつつあります。ゲノム編集の開発者でノーベル賞受賞者のDoudnaさんのポドキャストビデオが公開されていたので紹介します。

ビデオ
Jennifer Doudna: The Exciting Future of Genome Editing
https://youtu.be/D4FOtJoqoKM?si=zdF__D079gbg7-sb

また、英語学習と教育についての柳瀬陽介先生のブログ記事が更新されています。https://yanase-yosuke.blogspot.com/2024/04/ai-ai.html
昨日、以下の有料のウエビナーが開催されていたようで先生の発表の予行演習動画や、ウエビナーで学べたことなどが記事に取り上げられています。先生のブログ記事冒頭から引用します。

2024/04/14(日)に、『通訳翻訳ジャーナル』の「第12回つーほんウェビナー:翻訳者&専門家が大激論! 生成AIで良質な良質な翻訳はできるのか?」に登壇しました。登壇の理由は、私にとっての異分野の翻訳業界の方々とお話ができること、しかも発表は1人10分でそれに対して原則として20分の対話の時間が発表直後に設けられるのでいろいろ学べそうなことでした。果たせるかな私にとってもとても面白く勉強になる対話ができました。主催者によると多くの視聴者を集め感想も好評だったそうです。

「AI活用型英語ライティング授業を行う大学教師の実践と構想」 – 日本語話者は外国語の学習と使用においてAIの使い方を間違ってはならない
動画は限定公開のようですのでこの記事に埋め込むのはやめておきます。柳瀬先生のブログからご覧ください。

ChatGPTを英語教育に活用されている柳瀬先生の動画は英語学習者にとっていつも参考になります。是非ご覧になって英語を活用して世界に向けて発信するのに役立ててください。

映画『オッペンハイマー』の評判

映画『オッペンハイマー』が評判になっているようです。私はまだ見ていませんが、3回もみたという先生もいるそうです。私は藤永茂さんが書かれた『ロバート・オッペンハイマー―愚者としての科学』(ちくま学芸文庫2021)を読みました。Kindle版で読んだのですがこの本は本当に良い本です。まだ読んだことがない方には是非購入して読むことをおすすめします。科学と戦争、科学と社会、科学者と戦争・社会について考える際の基盤になる、よく調べて書かれた立派な本です。

私が小学生のころ、キューバ危機がありました。核戦争になるかもしれないと大人の人たちがみんなで集まって新聞を囲んで心配していた姿が目に焼き付いています。広島・長崎の原爆攻撃の惨禍を体験した大人の人たちの心配は、どれほどだったでしょう。私が中学、高校にすすむ頃も、核戦争についての危機感は日本社会にあふれていたと思います。小学校のころは水爆実験や原爆実験でまき散らされた放射性物質が雨にまじって空から降ってきて、雨水にガイガーカウンターをむけるとガリガリ鳴っているニュース映像があったのも覚えています。戦略爆撃といって一般市民のすんでいる街に爆弾の雨を降らせるという、今では考えられないようなこと(人の住んでいるところに空から爆弾を無差別に落とすというのは、テロですよね)が行われていた時代です。焼夷弾や爆弾だけでなく、爆撃機と一緒に飛んできた戦闘機が。小学生が船をこいで魚をとっているとき、子供めがけて機銃掃射して殺すというようなことをするのが戦略的爆撃です(私のお世話になった先生のお友達がこのように殺されたそうです)。ソビエトが原爆を作る前に原爆攻撃して滅ぼしてしまえとか、水爆ができたら先に戦略的にソビエトに使用すべきだとかいう政府や軍関係者があふれていた時代です。オッペンハイマーが水爆の開発に反対したのは戦略的使用を止めたかったのだと思われます。悲惨な戦争の直後だったので、こうした人道的な風潮は今よりもっと強く、核兵器反対の運動をしている人たちの危機感もひとしおだったと思います。今はヨーロッパやイスラエルで核兵器が使用される可能性が高まっているわけですから、再び広島・長崎への関心、核兵器開発史への関心が高まっていることはよいことだと思います。映画『オッペンハイマー』も、そういう平和につながる知識の入り口として役立つとよいと思っています。

藤永先生はこの映画に批判的です。こちらの先生の記事をお読みください。映画『オッペンハイマー』に物申す
https://blog.goo.ne.jp/goo1818sigeru/e/bfa8ece4a6a3879b312f54d766c3260f
藤永先生の本は映画をみた人が是非読むべき本ですし、映画をまだみていない人も見る前に読むことをおすすめします。
藤永先生の記事には、おすすめのオッペンハイマーの伝記や、オッペンハイマーの聴聞会についての本なども紹介されているので是非読んでみてください。また、先生のおすすめの映画とオペラのYouTube動画も紹介されていましたので埋め込んでおきます。
戦後まもなくつくられた『ひろしま』という映画です。
https://youtu.be/O66BcBeoSj8?si=O7GpAfkp50wB2EEM

オペラはこちらから聞けます。https://youtube.com/playlist?list=OLAK5uy_ng1r_d5GwbJ4hhgqApPNPYd1p0zSV8LEE&si=FB6BrU3gM6NreKbz

最後の部分には鐘の音をバックに、日本語で「お水をください。子供たちがお水を欲しがっているんです。たにもとさん、たすけてください。夫がみあたらないんです。」といった被爆者の言葉が続いて終わります。