The Nomura Institute of Glycosciece Blog

野村一也　「科学を学ぶ人のために」　九大野村研ホームページの拡張版です

Oxford Essential Quotations 6th editionが無料で使えます！世界の名言を読んでみましょう！

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今日たまたまこんなサイトをみつけました。これはOxford Essential Quotations 6th editionが無料で使えるサイトです。3000人以上の有名人の引用句（12600以上あるそうです）がまとめられていて無料で読めるすごいサイトです。
https://www.oxfordreference.com/view/10.1093/acref/9780191866692.001.0001/acref-9780191866692

左下にある検索窓に人名をいれると、その人の有名な名言を読むことができます。たとえばFaradayといれると、マイケル・ファラデーの名言が読めます。

こちらから引用してみます。https://www.oxfordreference.com/display/10.1093/acref/9780191866692.001.0001/q-oro-ed6-00004273
出典もわかるので便利です。

Nothing is too wonderful to be true, if it be consistent with the laws of nature, and in such things as these, experiment is the best test of such consistency.　diary, 19 March 1849　これは私がメールの署名欄に使っているファラデーの言葉の一部です。
重力と電磁気力を統一しようとした大胆な実験が失敗した時の彼の実験日記の言葉です。

Why sir, there is every possibility that you will soon be able to tax it!　to Gladstone, when asked about the usefulness of electricity
W. E. H. Lecky Democracy and Liberty (1899 ed.)　こちらも去年のブログ記事に書いた有名な言葉です。ちゃんと出所が明記されていますね！

EinsteinとかDarwinとか、好きな人名をいれて検索してみてください。有名な引用をたくさん読むことができます。是非試してみてください。

宿題と間違えて数学の未解決問題を解決した大学生―都市伝説と本当の話

投稿日: 投稿者: root

だいぶ前ですが、ノーベル経済学賞を受賞した数学者ナッシュの伝記本を、「ビューティフルマインド」という彼についての映画を見たあと買って読みました。「ビューティフルマインド―天才数学者の絶望と奇跡」（新潮社）という本です。さっきちょっと読み返してみると、ナッシュはABC予想の研究もはじめていたんですね、驚きました。彼はノーベル経済学賞を受賞したのですが、その後アーベル賞も受賞して、受賞式典の帰り道、ナッシュと奥さん（アリシアさん）は、乗車していたタクシーが事故をおこして亡くなってしまいました。（車の事故でカップルが亡くなった例は結構ありますね。私のお世話になった発生学者のエバート夫妻、同じく中辻憲夫先生が留学されていた発生学者のアン・マクラーレンさんと彼氏など残念なことに、自動車事故で亡くなっています。）

話がそれました。この「ビューティフルマインド」という本の中に、ミルナーという後にフィールズ賞を受賞する数学者が大学一年生の時、数学の授業の黒板に書かれていた宿題の問題を解いて先生に提出したところ、それは宿題ではなくて有名な未解決問題だったという話が書いてありました。先生はさっそくミルナーに彼の解答を論文にするように励まして、ミルナーは大学一年生で若くして画期的な業績をあげた‥‥という話です(邦訳101ページ）
この話は面白いのでよく私の授業でも紹介していたのですが、これは都市伝説だったようです。ミルナー本人に直接聞いた人もいて、確かに彼は未解決問題を解決したのですが宿題と勘違いして解いたのではないとのことでした。
https://mathoverflow.net/questions/54513/the-story-about-milnor-proving-the-f%C3%A1ry-milnor-theorem

ただ本当に、宿題と勘違いして未解決問題を解いた学生はいたそうです。

George Dantzigという数学者のエピソードです。末尾にツイートを載せておきますが、だいたい以下のような話です。

彼がバークレイの一年生だった時、遅刻して数学のNeyman教授の講義にでたところ黒板に2つの宿題が書いてありました。早速写し取って帰ったそうです。数日後、教授のところに行った彼は、「遅れてすみませんでした。いつもより難しい問題だったので時間がかかってしまいました。まだ受け取ってもらえますか？」　教授は「そこの机の上に置いときなさい」
彼、「なんか　めちゃめちゃ乱雑に書類があふれている机やなぁ。僕の宿題がまぎれてしまったらどうしよう？　」
こうして提出して6週間がたちました。日曜日の朝、家で彼女と寝ていると8時だというのにドアをバンバンたたく人がいます。なんとNeyman教授。
教授が興奮して言うには、「君の論文の一報目の序文を書いた。読んでくれ、すぐに雑誌に投稿するから！　」
あの2つの問題は宿題ではなく、統計学の未解決問題だったというのがこの朝、初めて分かったという話です。こちらのツイートをご覧ください。

統計学、実験計画法、進化生物学の科学者Ronald Fisherについての数セミ特集号が面白いのでおすすめします。

投稿日: 投稿者: root

雑誌数学セミナーの3月号の特集は、「生物の営みと数理―フィッシャーが拓いた地平」です。
https://www.nippyo.co.jp/shop/magazine/9438.html
九大の生物学科におられた巌佐庸先生をはじめ、お目にかかったことがある先生たちがわかりやすく書かれているので今、楽しんで読ませてもらっています。フィッシャーは優生学に理解があったため近年のキャンセルカルチャーの蔓延で、貶められることが多い科学者です。量子力学の創始者シュレーディンガーと同じで、彼の名前を冠した建物とかの名前を変えてしまったり、賞の名前からフィッシャーという名前を消したりすることが平気で行われています。天動説を絶対のものとして地動説を弾圧したあの頃や、儒者を生き埋めにして書物を焼いた頃の人間の本性が、またまたでてきているみたいです。何千年たってもこういう人間の側面はなかなかなくならないもので情けないことです。

フィッシャーの優生学については、講談社現代新書の「ダーウインの呪い」などを読まれるとよいと思います。以前紹介した優生学の講演動画や本も参考になると思うので参照してみてください。

遺伝学の黒歴史についての動画が、Royal Institutionから公開されました。

フィッシャーについてはこのブログのリンク集にオンラインの著作へのリンクをあげていました。今日調べてみたらリンク切れだったので訂正しておきましたのでご覧ください。なんか昔このサイトでオンラインで読めた本がだいぶなくなっているような気がしますが‥‥。リンクはこちらです。
https://digital.library.adelaide.edu.au/communities/8bff69a2-ee25-4c0f-8fb4-157cf7d6fc34

Internet ArchiveでもFisherの本はダウンロードできます。たとえばこれは進化生物学の名著（進化の総合説の古典中の古典）といわれる本です。上の数学セミナーの記事で、琉球大学の辻和希先生がこの本が一度も邦訳出版されたことがないのは驚くべきことだ、数理生物学の普及のために邦訳の出版が待ち望まれるとまで書いておられます。
The Genetical Theory Of Natural Selection
https://archive.org/details/in.ernet.dli.2015.221869  またはこちら。
https://archive.org/details/geneticaltheoryo00fishuoft
フィッシャーは進化生物学の大家であるとともに現代の統計学と実験計画法の創始者ともいわれる偉大な科学者です。フィッシャーと交流があった北川敏男先生の本がこちらでダウンロードできますので、是非読んでみてください。英国紳士のフィッシャーの人柄がわかる本です。ウイーナーとの交流の話も書かれていてとても良い本です。

『統計科学の三十年 : わが師わが友』（北川敏男　著）
https://ismrepo.ism.ac.jp/records/33833
なおこのサイトには他にもいろんな本がアップロードされていて、pdfと書かれている本は、無料で公開されておりダウンロード可能です。よいサイトですね。
K.統計科学のための電子図書システム
https://ismrepo.ism.ac.jp/search?page=1&size=20&sort=controlnumber&search_type=2&q=1911

数学論文のスタイルガイドも生命科学系の英語論文を書くの参考になります。

投稿日: 投稿者: root

アメリカの数学会 The American Mathematical Society が数学論文の書き方のスタイルガイドを公開しています。数学の論文を読んだり、書いたりする可能性がある人はダウンロードして目をとおしておいて損はない本です。アメリカ数学会の著者のための資料が集めてあるサイト
Author Resource Center
https://www.ams.org/arc/
にいくと、数式の多い論文を書くときに必須のツールであるTexについてのポータルページや
https://www.ams.org/arc/resources/texresources.html

AMS Style Guide: Journalsをダウンロードできるページなどいろいろありますので覗いてみてください。
https://www.ams.org/arc/styleguide/index.html
スタイルガイドの内容を以下に引用しておきます。
『What’s in the AMS Style Guide?
Part 1. Structure
Chapter 1. The Basics of Copyediting for the AMS
Chapter 2. Top Matter, Running Heads, and End Matter
Chapter 3. Section and Subsection Heads
Chapter 4. Enunciations
Chapter 5. Footnotes
Chapter 6. Lists
Chapter 7. Figures
Chapter 8. Tables
Chapter 9. Appendices
Chapter 10. References
Chapter 11. Corrigenda and Errata
Part 2. Editing and Style
Chapter 12. Editing Text
Chapter 13. Editing Mathematics
Part 3. Appendices
Appendix A. Functions and Operators Set in Roman Type
Appendix B. Some Mathematician Names
Appendix C. Common Abbreviations and Latin Expressions
Appendix D. Nomenclature
Appendix E. Variables in Various Fonts and Languages
Appendix F. Commonly Confused Words
Appendix G. Sample Edited Article』
生命科学の研究者にも役立つと思います。

面白い本を一冊紹介します。「科学の散策」ロバート・Ｌ・ウェーバー編/橋本英典　訳（紀伊国屋書店）という本です。

投稿日: 投稿者: root

面白い本を紹介します。日本語訳のタイトルは『科学の散策』ロバート・Ｌ・ウェーバー編/橋本英典　訳（紀伊国屋書店）で古書で購入できます。新版は予約受付中になっています。
これは私は持っていないのですが、時々九大図書館から借りて読んでいた本です。英国の物理学会が編集した物理学者のエッセイを集めた本で、ユーモアたっぷりの、読んだら誰かに話したくなるエッセイが多いので、読んで「楽しかった」一押しの本です。是非読んでみてください。（私はさっき、古書を注文してしまいました。）

原著は　A Random Walk in Scienceというタイトルです。このタイトルで英語版を検索していたらInternet Archiveからダウンロードできるのがわかりました。Epub, pdf, text ファイルなどいろんな形式でダウンロードできるので読んでみてください。
A Random Walk In Science – Eric Mendoza [Ed.]
https://archive.org/details/EricMendozaEd.ARandomWalkInScience_201406/mode/1up
私が好きなのは、理論家についてのエッセイHow a theoretical physicist worksです。（廊下を歩いているときある理論家が、実験家によびとめられ、実験結果のグラフを見せられて説明をもとめられました。理論物理学者はすらすらと、グラフのような結果がでるメカニズムを説明したそうです。その説明を聞き終わった実験が曰く、「あっ！すみません。先生、このグラフ上下がぎゃくでした！」すると、理論家は少しもあわてず、またすらすらと説明してくれたのだそうです。）このエッセイには同じような例が他にも書いてあります。
幽霊についてのエッセイA theory of ghostsも面白いです。　幽霊の質量を物理学的に推定し幽霊がなぜまれにしか見られないか、鎧を着た幽霊とか鎖に繋がれた幽霊が多いのは何故か、厚い壁が幽霊を閉じ込めるメカニズムやポルターガイストの説明などもまじめくさってしてあって、きっと読んだら面白くて笑ってしまうと思います。
是非一度読んでみてください。

著者のWeberはあと2冊この本の続きを出版しています。
More random walks in Science
Science with a smile

関西学院大学の計算生物学専攻から公開されている動画がわかりやすいと思います。

投稿日: 投稿者: root

YouTubeのおすすめに『データ科学の数学【学科長YouTuber】』というチャンネルの動画がでてきたので視聴してみました。これは関西学院大学の計算生物学専攻の先生のチャンネルのようです。生物学科の学生向けのわかりやすい講義を学べるので是非視聴してみてください。
https://www.youtube.com/@YouTuber-lj9xh/playlists
微分積分学とか統計学（Rの入門から始まる講義です）とか
深層学習（TensorFlow2やPyTorchの動かし方などからはじまる講義です）とか、いろいろな講義があって
生命科学を学ぶ人には必見のチャンネルではないでしょうか。
微分積分学の講義の一つを埋め込んでおきます。有名な「解析概論」は非推奨とはっきり書かれていて同感です。
『微積分学の学び方・参考書』
https://youtu.be/Huo3j6aOnNI?

もっと基礎から学びたい人向けに、高校数学からの橋渡しの講義動画もあります。
高校から大学への橋渡し．
https://hsi.ksc.kwansei.ac.jp/~houmi/supplementary.html

ランサムウエア感染の事案報告書を読みました。これはセキュリティ対策にとても役立つと思うので紹介します。

投稿日: 投稿者: root

インターネットのセキュリティについてとても勉強になる報告書が公開されています。奥村先生のツイートで知りました。

岡山県の病院でランサムウエアを仕込まれて電子カルテのデータなどを暗号化されてしまった事件があったそうです。その報告書が公開されました。
https://www.popmc.jp/home/consultation/er9dkox7/lromw3x9/

病院のネットワーク自体は外部との接続がない閉鎖的なネットワークで安全なはずだったのですが、コロナ禍でVPNでネットワークを保守するようになった際、　VPN装置の脆弱性の保守ができておらず、接続してくる相手のIPアドレス制限もなされていなかったため全世界からVPNにアクセスできる状態だったそうです。こうしてVPNを通じて世界のどこからでも病院の閉鎖ネットワークを攻撃できる状態だったのですが、悪いことに管理者ログイン名とパスワードがadministrator/P@ssw0rdという安易なものであったこと、利用者全員に管理者権限を与える設定にしていたことなどが原因で、犯人に侵入されたようです。病院のネットワークに侵入した犯人は手動でウイルス対策ソフトを無効化するなどして、本来ならウイルスソフトで検出できるはずのランサムウエアを使ってデータを暗号化したようです。

よくニュースで聞くランサムウエアというのがどんなものか、どのように感染してどのようにそれを防げるのかなどが実例をもとにわかりやすく書かれている報告書です。大変参考になるよい報告書ですので是非一度は読んでみるべきだと思いました。

地方独立行政法人　岡山県精神科医療センター　ランサムウェア事案調査報告書について

国立国会図書館デジタルコレクションで読める本の紹介（第22回）

投稿日: 投稿者: root

ちょっと忙しいので国立国会図書館デジタルコレクションで読める本のリストを追加しておきます。(番号は通算何冊目の紹介化を示しています）
今日は数学史や化学史、科学史関係の本で、個人送信サービスで読めるものの一部を紹介します。
このところ、出版社の復刊ブームのようで、デジタルコレクションで読めていたものが読めなくなる例がいくつかあります。過去記事で紹介した甘利先生の本とか、「ガロアの夢」とかが、残念ながら読めなくなってしまいました　(過去記事の該当箇所に注記してあります）。

まずは古典で、『現代数学の系譜』シリーズ5冊を挙げます。
228)　ラプラス 著 ほか『確率論 : 確率の解析的理論』,共立出版,1986.12. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622756 (参照 2025-02-13)
1812年の本です。確率論の発展についての解説もついています。

229)　コーシー 著 ほか『微分積分学要論』,共立出版,1969. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12622342 (参照 2025-02-13)
1823年の本の小堀憲先生による翻訳です。解説もついています。

230)　G.カントル 著 ほか『超限集合論』,共立出版,1979.9. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12608434 (参照 2025-02-13)
集合論のカントルの論文（1895-1897）の翻訳と解説が読めます。

231)　ポアンカレ 著 ほか『常微分方程式 : -天体力学の新しい方法-』,共立出版,1970. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12623533 (参照 2025-02-13)
ポアンカレの有名な本の第三巻（1899年）の全訳および第一巻の初めの部分の翻訳がついている本。大変難解と序文に書いてあります。解説付き。

232)　ヒルベルト 著 ほか『数学の問題』,共立出版,1969. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12608395 (参照 2025-02-13)
ヒルベルトの「数学の問題」（1900年）という講演の全訳。英語に翻訳された本はこちらから読めます。https://www.gutenberg.org/ebooks/71655

233)   ヒルベルト 著 ほか『幾何学基礎論』,弘文堂書房,昭和18. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/1063372 (参照 2025-02-13)　日本語ではこの本が1969年に復刊されてました。手元にありますがこのデジタルコレクションの本とまったく同じ内容です。英語へ翻訳された本はこちらから読めます。https://www.gutenberg.org/ebooks/17384
しかし日本語版のほうには、関連論文と講演および日本語での解説も収録されているので日本語版がおすすめです。

化学の歴史の本で以前紹介した『化学史伝』の著者　山岡望先生の本は読みやすいエピソード満載の本です。
234)  山岡望 著『化学史塵』,内田老鶴圃新社,1978.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12712441 (参照 2025-02-13)

235)  山岡望 著『化学史筆』,内田老鶴圃新社,1976. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12690802 (参照 2025-02-13)

236)  山岡望 著『化学史塵』,内田老鶴圃新社,1978.6. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12712441 (参照 2025-02-13)

次の本は、光合成の研究や酵素、ホルモン、ビタミンなどの研究史を含め、生化学の歴史全般を概観するのに最適の本です。
生命科学系の人には面白いと思われる生化学の歴史の解説になっています。
237) ジョゼフ・ニーダム 編 ほか『生化学の歴史』,みすず書房,1978.5. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12604685 (参照 2025-02-13)　

また次の二冊は、楽しんで読める科学史の本です。

238)  東京工業大学科学史ゼミナール 編『英文で読む大科学者のことば』1,講談社,1985.4.. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12590347 (参照 2025-02-13)

239)  東京工業大学科学史ゼミナール 編『英文で読む大科学者のことば』2,講談社,1985.4.. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12590348 (参照 2025-02-13)

有名なバナールの書いた1900年までの物理学史の本も面白そうです。
240）  J.D.バナール 著 ほか『人間の拡張 : 物理学史講義』,みすず書房,1976. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12621755 (参照 2025-02-13)　1900年以前の物理学史。

以下は本格的な化学史のようです。現代とありますが1964年の本ですからそのつもりで読まないといけません。
241)  アーロン・J.アイド 著 ほか『現代化学史』1 (基礎理論の時代),みすず書房,1972. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12690817 (参照 2025-02-13)

242)  アーロン・J.アイド 著 ほか『現代化学史』2 (専門への分化),みすず書房,1973. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12690816 (参照 2025-02-13)

243)  アーロン・J.アイド 著 ほか『現代化学史』3 (電子の世紀),みすず書房,1977.2. 国立国会図書館デジタルコレクション https://dl.ndl.go.jp/pid/12690815 (参照 2025-02-13)

オンラインの無料数学辞典の紹介。Wolfram Mathworldというサイトです。

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こちらはWolfram alphaやMathematicaでおなじみのWolfram 社が提供している無料のオンラインサービスMath Worldのサイトです。
https://mathworld.wolfram.com/

CRC Concise Encyclopedia of Mathematicsという有名な数学辞典の著者 Eric W. Weissteinによるこの紙の本の辞書の「オンライン版」です。紙の本より項目数が多く、かつ頻繁に改訂、項目の追加も行われているのでおすすめの辞書です。項目をクリックすると解説が読めます。Wolfram言語によるデモンストレーション付きの解説もあるので大変便利な無料サイトです。
簡単な英語で書かれていますので、興味のある項目をいろいろ調べてみるのもよいと思います。解説ページにはWolframAlphaの入力窓もついているので、解説を読んだり、リンクをたどったりWolframAlphaでしらべたり(日本語可）して勉強に役立ててください。WolframAlphaの入門にも使えそうです。

Proteopediaという生体分子の三次元構造を学べるサイトは秀逸です！

投稿日: 投稿者: root

Proteopediaは主にタンパク質の三次元構造をあつかっていますが、糖の立体構造とかも見ることができるサイトです。
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Main_Page
中にはタンパク質の三次元構造を調べる方法（実験的に解明されている構造をまず探して、だめならAlphaFold2で調べるなどの具体的なやりかた、結果の見方も学べます）が詳しく解説されているページHow to Find a protein’s best structure
https://proteopedia.org/wiki/index.php/How_To_Find_A_Structure
もありますし、糖の立体構造異性体を分子模型を手でさわりながら学べるページもあります。

 

どんな内容がこのサイトにあるのかは、次の目次でみるとよいでしょう。
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Proteopedia:Table_of_Contents
上のアニメーションは、サイトで表示されるMaltose（マルトース）とO-GlcNAc transferase(おーグルクナックトランスフェラーゼ）をGIFにして埋め込んだものです。元のサイトでは分子を自由に回転させてみることができるので是非試してみてください。
マルトースの場合、
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Carbohydrates_II
にいってMaltoseをクリックすると立体構造が表示されます。
またO-GlcNAC transferaseはこちらから立体表示できます。
https://proteopedia.org/wiki/index.php/Human_O-GlcNAc_transferase
本格的に生体分子の立体構造を学ぶのに役立つサイトですので、活用できそうです。