PymolをUbuntu にインストールして使おう!

日替わりリンクなどのページのほうに簡単に書いたUbuntu (Linuxのもっとも普及しているディストリビューション)への分子グラフィックスソフトPyMOLのインストール法をまとめておきます。写真はPymolで表示したInaZというバクテリアのタンパク質の立体構造(AlphaFold2による予測構造)です。驚くような不思議な構造をしていますね!
https://alphafold.ebi.ac.uk/files/AF-P06620-F1-model_v2.pdbからInaZタンパク質の立体構造情報が記述されているpdbファイルをダウンロードして、PyMOLの画面(一番下の写真)にドラッグアンドドロップすれば表示されます。タンパク質を立体的に表示することができて、自由に拡大、回転、反転もできます。さらに立体構図の描画方法も様々に変化させて表示することができます。構造生物学には必須のソフトウエアです。

Ubuntu の最新版LTS20.04へのインストール法は簡単です。デスクトップ左端にあるAと書いてあるアイコン(Ubuntu Softwareという、Ubuntuでソフトウエアをインストールするときに使うツールのアイコンです)をクリックします。開いたウインドウで検索窓にpymolといれてエンターを押すとpymol-ossというソフトウエアがヒットします(下の写真)。
上の写真ではインストール済みとなっていますが、初めてのインストール時には、インストールボタンが表示されているので、それを押すとインストールが始まります。インストール中と表示されて、インストールの進み具合がインストール中24%などと表示され、100%になると、権限の設定画面がでます。デフォルトでチェックが入っていない、USB上のファイルの読み書きを許可すると言う英語の表示にもチェックをつけて、閉じるボタンを押したらおしまいです。ソフトを起動すると以下のような画面になります。

この画面に立体構造を表示したいpdfファイルをドラッグアンドドロップすればただちに立体構造が表示されます。これでPyMOLが使えるようになりました。この後は、東京大学の森脇 由隆先生のpymol bookを読むといいでしょう。日本語でほんとうに丁寧に説明されていますし、ページ右上のprinterのアイコンを押せば印刷もできます。そのときプリンタをpdf printerに指定すればpdf版の本もできます。

一週間分の日替わりリンクなどを掲載しておきます。

元旦から毎日更新の固定ページをつくりました。まだご存知ない方が多いようなので、一週間分の掲載内容をトップページにもまとめておきます。庭の水仙が咲きだしました。

2022/1/8
NHKでシャーロック・ホームズのドラマを毎週みています。オンラインで日本語でシャーロック・ホームズの日本語訳を読めるのはここがよさそうです。https://221b.jp/


2022/1/7
機械学習の教科書の紹介です。 Dive into Deep Learning (Dが二つ続くのでD2Lと省略して紹介されることも多い本です)という教科書で、スタンフォード大、マサチューセッツ工科大、ハーバード大、ケンブリッジ大など世界の300の大学で採用されている教科書だそうです。Jupyter notebookで手を動かしながら学んでいくというスタンスの教科書で評価の高いものだそうです。
https://github.com/d2l-ai/d2l-enのサイトにある、Book Websiteをクリックして開くページで、MXNetやPyTorch, Notebooks,Coursesなどとあるタブの最初のMXNetをクリックするとpdf版がダウンロードできます。Coursesをクリックすると授業のシラバスやスライドなども見られます。最初のほうの日本語訳もできているようでここから見られます
2022/1/6
ものすごい図鑑 NHKのサイト
これは子供だけでなく大人も楽しめるデジタル昆虫図鑑です。
カブトムシ、モンシロチョウ、ハンミョウ、キリギリス、ノコギリクワガタなど、いろんな虫を画面上で回転、拡大、縮小して立体的に観察することができます。複眼の電子顕微鏡写真もあったりして、楽しいサイトです。お子さんと一緒にどうぞ。
2022/1/5
動画編集にはどんなソフトを使っていますか?以前、Scientific Americanという雑誌をパラパラみていたら、DaVinci Resolve  17という動画編集ソフトの広告がでていて、ハリウッドで使われているソフトで、なんと無料で利用できるとありました。Blackmagic Design Pty. Ltd.社の製品ですが最近日本語のリファレンスマニュアルが無料で公開されているのを知りました。チュートリアルとかも充実しているので時間のある方は試してみるのもいいと思います。Windows, Mac-OSX, Linux対応のソフトです。HDビデオの編集程度ならさほど高スペックなコンピュータはいらないもようです。
2022/1/4
Juliaというプログラミング言語が注目を集めています。前もちょっと紹介しましたが、Pythonより早くて使いやすいそうです。Juliaをつかったデータサイエンスの入門書(英語)が以下に公開されています。興味のある方はご覧ください。

Introduction to Datascience: Learn Julia Programming, Math & Datascience from Scratch

2022/1/3
今日は、わかりやすい量子化学計算の解説ページを紹介しておきます。元旦に紹介した「ノーコードではじめる機械学習」の著者である久我涼子さんのホームページで、pythonによるアプリケーション開発などの記事もあってきわめて参考になります。このブログの記事から生まれた本は

ゼロからわかる!! 独習 量子化学計算: 理論からはじめない新しい量子化学計算の本

というKindle本で、これは解りやすい本です(紙の本はありません)。またこちらのページには、tsujimotterさんこと辻順平さんによる、簡単な分子軌道法の入門解説記事があります。

2022/1/2
QDくんの過去ツイまとめ(機械学習、時系列分析、確率・統計に関する有益記事紹介)というtwitterの記事に有益なリンクがまとめられています。日本語字幕付きのハーバード大学コンピュータサイエンス入門講義の動画とか、いろいろありますので参考になります。
2022/1/1
機械学習に興味がある方へ
:プログラミングなしで機械学習が学べるOrange 3というのをご存知ですか?日本語の解説書としては「ノーコードではじめる機械学習」がよさそうです。Kindleなど電子書籍版と紙の本が最近発行されたばかりですが、買ってみる価値があると思います。YouTube動画を見るのも参考になります。
https://www.youtube.com/watch?v=HXjnDIgGDuI 

謹賀新年―2022年元旦

あけましておめでとうございます。福岡は快晴で初日の出も拝めて穏やかな元旦です。年賀状もどっさりとどいて、懐かしい方々からの便りになごませてもらっています。本年もどうぞよろしくお願いいたします。

新年元旦から本の紹介や参考になりそうなリンクなどを毎日、新しい固定ページ(「日替わりリンクなど」という名前です)にまとめることにしました。従来の投稿よりは簡単な紹介ですが参考になるかと思いますので、是非毎日アクセスしてみてください。ページ上部の画像の下にあるタブ(日替わりリンクなど)をクリックしてもページが開きます。

年末に近くの古墳にのぼってきました。光正寺古墳(国指定史跡)という前方後円墳です。古墳公園になっていて古墳のてっぺんまで歩いて登れます。

左の写真は駐車場から歩いてすこしのところにあるのぼり口、古墳がみあげられます。右の道路をすすんでいくと古墳の上に歩いて登れます。右の写真は円墳部分から方墳部分をみた写真です。丘の上にあるので海が遠くに眺められます。海を臨むように古墳が建造されたものと思われます。下の写真は方墳の部分から円墳の部分をみた様子です。大きさがわかると思います。

この古墳、魏志倭人伝にでてくる不彌国(ふみこく)の王のものという説が有力だそうです。福岡市は奴国(なこく)で隣にあったのが不彌国です。

無料動画講座の紹介です―WordPressの使い方を知ろう

今日はクリスマスイブですね。雨が降っていますが、夜明け前に雪にはならないようです。暖かいです。今夜は多くの家にサンタさんが来ることと思います。メリークリスマス!
写真は10日ほど前に撮った前回紹介した、丘の上のイルミネーションです。昼間、散歩にいって丘の上のベンチに腰をおろしていると、近くでブーブーという鳴き声がして、あわてて丘を下りました。多分イノシシです‥‥。

さて、このブログはWordPressで作成しています。今私が勉強しているUdemyのWordPressの講座(「WordPress開発マスター講座」)の中に、無料でみられる「WordPressの使い方を知ろう―ボーナスレクチャー」というタイトルの動画(36本、トータルで3時間14分の動画)が公開されました。上のリンクをクリックして開くページで、「WordPressの使い方を知ろう―ボーナスレクチャー」の部分をクリックすると、動画の一覧がでてきますので、見たいものをプレビューのリンクをクリックして視聴できます。講師のたにぐち まこと(ともすた)先生はとてもわかりやすく上手に講義されるので、WordPressでブログを作ろうと思う方や、今作っている方に参考になると思います。

コロナに負けんばい―Christmasイルミネーション2021が灯っていました!

昨年2020年の12月には新型コロナウイルス感染の蔓延で、恒例のクリスマスイルミネーションが中止になり、寂しい年末でした。今年はどうなるのかと思っていましたが、今日の夜、散歩していると見事なイルミネーションが灯っていました!丘の周りにイルミネーションがいくつもあるのですが、バス通りに面しては下の写真のようなイルミネーションが輝いていました。

丘をまわっていくと、こんなイルミネーションもありました。

二年ぶりのイルミネーションですが、メッセージ性もあってとても感動的な光景でした。今夜から点灯開始のようで、何人もの人が集まっていました!

新型コロナウイルスといえば、NIHのvideocastでは以下のような動画が配信されていました。ワクチン義務化についての賛否両論が学べますので是非ご覧になることをおすすめします(ここをクリックするとNIHのサイトにとびます。動画はダウンロード可能ですし、字幕のダウンロードもできます)。(下の講演の画像をクリックしてもサイトが開きます。)開いたサイトの動画部分の右下のccというボタン(下の画像参照)で字幕表示をオンにしてご覧になるとより内容がよくわかると思います。

有料や無料の動画講座の紹介です

明日と明後日の19時から21時まで早稲田大学の早見先生による、PowerPointスライド作成実演ライブがYouTubeで開催されるそうです。面白そうなのでYouTubeで視聴されるとよいと思います。下の一つ目の動画は録画に替わっていますので、「ライブ配信準備中です」とでている部分をとばしてみれば11月20分の第一回目がみられます。

早見先生は「離散数学入門(グラフ理論の世界にようこそ)」という全14回の講義をYouTubeで公開されおり、とてもわかりやすいと評判です。グラフ理論は生命科学でも活用されている分野ですので興味のある方はご覧になるのをおすすめします。

今年になって知ったのですが、有料の講座にもいろいろ面白いものがあります。昔は定年になったら放送大学の講義を学ぶという方も多かったようですが、今では放送大学よりもっとわかりやすい有料講座や無料講座、無料講義がいろいろ公開されています。私も今年に入ってからUdemyという有料講座のコースをいろいろ購入して勉強をはじめました。こちらは定価は24000円のとか高い値段のコースが多いのですが頻繁にセールをやっていて、しばらく待っていると24000円のコースが1200円とか1600円とかで購入できる場合が多いです。時々サイトをチェックしてみて、安いときに購入するのがお勧めです。ちょうど今、ブラックマンデーセール(11月26日まで対象コースが1200円より)というのをやっていて、はじめるのには最適の時期だと思います。数学、RやRStudioを含む統計、Pythonなどのプログラミング、GitやGitHub、Docker入門講座もありますし、物理、化学、英語、フォトショップ、ヘルスやエクササイズの講座などなど、日本語の講座や英語の講座がいろいろありますので面白いです。Udemyのコースは修了期限がないので、安い値段のときに購入しておいてあとで時間ができたときに勉強することが可能です。コースの動画の一部が無料公開されているので、購入する前に、コースの動画を何本か視聴してみて、気に入れば購入するというのがいいと思います。

MRC LMBでのセミナー:DeepMindによるAIの科学への応用とAlphaFoldによるタンパク質立体構造予測についての講演会ビデオ公開のお知らせ

私が短期留学していたことがある英国CambridgeにあるMRC LMB (分子生物学研究所)ではコロナ下の現在、多くのセミナーをネットで公開しています。先日、10月13日午後10時半から夜中の1時まで(日本時間)、タンパク質の立体構造予測で有名なAlphaFoldの開発者John Jumperさんと、AlphaFoldや有名な碁の人工知能ソフトAlphaGOの開発元DeepMind社の創設者でCEOのDemis Hassabisさんの講演がライブでありました。今回の講演は、ライブ限定でネットでは公開しないということで眠いのを我慢して視聴していたのですが、本日YouTubeで2つの講演ともに公開されましたのでお知らせします。わかりやすい講演ですので是非ご覧ください。
どちらの講演もYouTubeの再生画面の下のほうにある字幕ボタンを押せば、英語字幕が自動生成されますので字幕オンでご覧になるのをおすすめします。日本語の講演の自動字幕生成機能はまだまだ使い物にならないことが多いですが、英語の講演の字幕自動生成機能は結構信頼性が高いです。

MRC LMBのYouTubeチャンネル(ここをクリック)にはその他の面白い動画もありますので、いろいろ探して視聴されるとよいと思います。

Kendrew Lecture 2021 pt1 – Using AI to accelerate scientific discovery – Demis Hassabis

Kendrew Lecture 2021 pt2 – Highly accurate protein structure prediction with AlphaFold – John Jumper

論文のレフリーのやり方―おすすめの査読の手引き書がでています

論文をだすようになると、査読依頼がくることが増えてきます。昔は査読の仕方は先輩や先生に教えてもらっていたのですが、最近とてもよい本が出たので紹介します。水島昇さんの本です。
「科学を育む 査読の技法+リアルな例文765」(羊土社)という本です。
https://www.yodosha.co.jp/yodobook/book/9784758121132/22.html
水島さんはノーベル賞を授賞された大隅先生の協同研究者でもあり、同時受賞を推す方も多かったと聞いています。私がJSTのさきがけの研究費をもらっていた時の仲間です。日本生化学会の会長もされていたことがあり、最前線で活躍されている科学者です。
この本は例文ものっていて、私が前に紹介していたように、オンラインで公開されているレフリーのコメント(たとえばここここにあります。前のEMBO journalのサイトでは論文を開いて、Peer Reviewというタブをクリックするとみられますし、後のeLifeのサイトでは論文を開いて、横のReferecesの下にあるDecision Letter―これは論文を掲載するかしないかなどについて編集部から著者へ送られてくるメールのことです―のところをクリックするとみられます)から学ぶ方法と組み合わせると、査読の要領がよくわかる絶対おすすめの本です。是非購入してお手元におかれることをすすめます。

なお九州大学の方はMaruzen eBook Libraryで無料で読めます。オンラインで読むのもいいですし、ダウンロードして読むのもおすすめです(ただし1日60ページの制限があります)。他大学の方もそれぞれの図書館がMaruzen eBook Libraryを契約しているならそちらで読むことが出来ると思います。
今日の写真は、秋の青空にかかる月(9月29日撮影)を背景に、落ち葉の季節の桜の木にかかったクモとクモの巣が写っています。拡大してよくみると一番下の枝の尖端あたりに蜘蛛がいるのがわかるのですが‥‥
昨日は散歩の途中、家の近くの路上でタヌキがたたずんでこっちを見ていました。ちょっと離れていたので、写真を撮ったのですがうまくとれませんでした。長いしっぽでよその家の庭にはいっていきました。間近にタヌキをみたのははじめてです。ハクビシンも住宅街をうろついています‥‥。

機械学習とかディープラーニングの学習のてびき

タンパク質の立体構造を予測するAIが生んだプログラムAlphaFold2は、AIの有効性を実感させてくれました。がぜんAIに対する興味がでてきたのですが、ディープラーニングとか機械学習とかの勉強にはこんな本はいかがでしょうか。
「高校数学からはじめるディープラーニング―初歩からわかる人工知能が働くしくみ」(講談社ブルーバックス。金丸隆志著)
私はAmazon Kindle版をポイント半額付加セールのときに買いました。Kindleは安売りがあるので紙の本よりいい時がありますね。内容はとてもわかりやすくておすすめの本だと思います。Excelのマクロもダウンロードできるようになっていて理解が深まるいい本です。

また統計やデータサイエンスの勉強には総務省統計局のサイト(先生向け)が面白そうです。小学校から中学、高校向けの教材、補助教材などがそろっていて、統計ではRの紹介もされています。高校向けの機械学習の補助教材の部分にある教科書とそれに付随するPythonコードは、Google Colaboratoryのジュピター・ノートブックの環境で実行することにより動作しますと書かれていて、結構本格的な教材のようです。内容には。線形回帰、サポートベクターマシン、決定木・ランダムフォレスト、ニューラルネットワーク、ナイーブベイズ法、K近傍法、因子分析、主成分分析、クラスター分析、アソシエーション分析が含まれており、教材、データなどが自由にダウンロードして使えます。

左の写真はお盆のころに山際に咲いていた百合の花です。今は右の写真のように種ができています。

Mathematicaの紹介です!

ヒマワリもアサガオもそろそろ花の数が減ってきて秋を感じさせる毎日です。さて今日はMathematicaの紹介です。MathematicaはStephen Wolframという人が開発した有料ソフトで数値計算と数式処理ができますし、最近では画像や音声、信号処理、機械学習、統計解析、バイオインフォマティクスなど広範囲で利用されています。Pythonなどのプログラミング言語に比べてプログラムが格段に簡単で、自然言語での入力も可能になるなど科学の研究、学習には必須といってよいソフトでしょう。先日、微分方程式の解き方の講演があったのでオンライン参加してみました。講師の丸山 耕司先生は理論物理(御専門は量子情報、量子制御理論など)出身の方で、Wolfram社のブログなどの他、雑誌「数理科学」に寄稿されたり、「動かして学ぶ量子コンピュータプログラミング」(O’Reilly Japan)という本の監修、そして量子力学の定番教科書サクライの現代の量子力学 第2版(最近原書の第3版がでています)の問題解説(演習 現代の量子力学 第2版 J.J.サクライの問題解説)(吉岡書店)の著者の方でした。微分方程式の解き方の基本のキから学べる講義でしたので、以下のリンクから無料登録して講演をご覧になるのをお勧めします(2021/10/31までの期間限定での公開ですので注意してください)https://www.bigmarker.com/series/solving-differentialequations-ja/series_details?utm_bmcr_source=twitterまたWolfram Japanのtwitterにこの講義の他、Mathematicaによる微分積分学入門など関連したいろいろな情報がでているので参考にしてください。リンクはこちらです。
https://twitter.com/WolframJapan

MathematicaはWolfram言語というプログラミング言語で動くソフトです。Wolfram言語は、日常言語とかわらない命令もうけつけるように設計されていて、プログラミング初心者にもきわめてやさしい、そして短いコードで、高度なプログラムが書けるすぐれたソフトウエアです。Wolfram言語の入門書としては開発者のWolframの書いたAn Elementary Introduction to the Wolfram Language 第2版がおすすめです。この開発者自身が書いたWolfram 言語(Mathematicaで使われているプログラム言語)の解説本は以下のリンクで無料で読める他、オンラインでWolfram 言語を使って学習できるので興味のある方は下のリンクにアクセスしてみてください。
https://www.wolfram.com/language/elementary-introduction/2nd-ed/