分子動力学法で生体分子の動きを計算するソフトウエアと、計算で得られた分子の立体表示とアニメーション表示のためのソフトウエアについて、ハンズオンワークショップが先月開催されてその動画が公開されています。QwikMDというソ…
The Nomura Institute of Glycosciece Blog
野村一也 「科学を学ぶ人のために」 九大野村研ホームページの拡張版です
分子動力学法で生体分子の動きを計算するソフトウエアと、計算で得られた分子の立体表示とアニメーション表示のためのソフトウエアについて、ハンズオンワークショップが先月開催されてその動画が公開されています。QwikMDというソ…
Pythonの環境構築法(インストール法)がまとめてあるサイトなどを紹介します。 Python Japanのサイトがおすすめです。 https://www.python.jp/index.html このサイトには、Pyt…
今やGPUを使って科学計算をするのは必須の知識になってしまいました。GPUについては以前も何回かこのブログでとりあげたので末尾にリンクをまとめておきます。 今日は、この話題のGPUを設定して自分のPCのLinuxで使える…
以前紹介したTommy TangさんがGitHubでいろいろなバイオインフォマティクスの学び方を紹介しておられます。(以前の記事は、末尾にリンクをいれておきます) https://github.com/crazyhott…
今日はパソコン修理でて時間をとっていたので、簡単な記事です。 AIで画像を生成するやりかたがわかりやすくまとまっている記事をみつけたので紹介しておきます。 『AIイラストが理解る!StableDiffusion超入門【2…
タンパク質の立体構造を表示するのにPyMOLをよく使います。PyMOL自体に、表示した画像をエクスポートして保存する機能はあるのですが、論文に使えるような図をつくるのは大変でした。なんとその問題点を解消する新しいPyMO…
Linuxを使うときは、ウインドウズと同じようなグラフィカルインターフェイス(GUI)を活用するとなにかと便利です。たとえばファイルのコピーとか移動とかはウインドウズと同じようにマウスでドラッグアンドドロップすればすむこ…
英語の深層学習の教科書とそれを使ったコースが無料公開されています。FastAIの創業者であるJeremy Howardさんの講義と教科書です。 教科書は Deep Learning for Coders with Fas…
Linuxの初心者は、まずWindowsなどとおなじグラフィカルユーザーインターフェイスでLinuxを使い始めることが多いと思います。ファイルの消去や作成、移動などをコマンドラインで行うのは最初はあまりやらないのではない…
いつも有益な情報をおしえてもらっているこちらのツイート https://nitter.net/830RDEkpvteEODM でOpenMM8のインストールの仕方の記事がリツイートされていました。これは機械学習の分子動力…