PubMed以外の便利な論文の探し方―ナショナルバイオリソースプロジェクトでも使っているサイトTextpressoの使い方1

近畿地方の皆様、昨日の地震の被害をお見舞い申し上げます。余震も続いていて昨夜も二回ほど激しい揺れがあったそうですが、どうぞ皆様お疲れがでませんように。
私達のところでも熊本地震や以前の玄海地震など、大きな地震とその後の余震では、夜もぐっすり寝られず疲れたのを思い出します。熊本のときは、緊急地震速報が町内のスピーカーから深夜に何度もながれて特に疲れました。玄海地震以降、私は実は今でも夜寝る時には、ポシェットに財布や携帯、手帳をまとめていれておいてLEDの懐中電灯をポシェットにつきさして寝ています。玄海地震ではあと数秒揺れが続いたら家が倒壊するなと思ったのを思いだします。

阪大でも建物にひびがはいっているそうですが、九大でも玄海地震のときは建物にひびが入ったり、医学部のサンプルが壊れたり、理学部の建物の間の渡り廊下がずれたりと、ひどい被害をうけました。その後、本棚から本がとびでたり、パソコンが揺れで落ちたりしないようにと対策をやかましくとるように指導され建物の補強などもすすみましたので、すこしは耐震性は向上したと思います。まだガスや水道がとまっているところも多いそうですし、大学も休校しているところが多いとのことです。どうぞ体力温存第一でお過ごしください。
さて今日は簡単に、文献検索サービスのTextpressoを紹介しておきます。

PubMed以外の論文検索法 Textpressoの使い方1

極めて精度の高い論文検索サービスにTextpressoがあります(このサイトは2018年末には廃止される予定で、最近改良されてTextpresso Centralになっています。) とりあえずは古い方のサイトをいろいろ使ってみることをお奨めします。リンク集にも線虫版のTextpressoは紹介してありますが、酵母やショウジョウバエ、ゼブラフィッシュ、マウス、カエルその他いろいろな文献を検索することができてとても便利です。日本が世界に誇るナショナルバイオリソースプロジェクト(パンフレットのリンクはここ)の一つであるナショナルバイオリソースプロジェクト線虫(遺伝子破壊株だけでなくバランサーやCreのラインなども続々提供中)では、取得した遺伝子破壊株がどのように活用されているかを調査する目的で、論文をTetpressoで検索して把握しています。私も今、論文を書いていますがこのサービスを活用してデータのチェックやっています。 Textpresso Centralの方の使い方は後日このサイトで紹介しますのでお楽しみに。(写真は今朝道端に咲いていたツユクサです)

最新の論文を探してみよう プレプリントサーバー bioRxivの利用法1

最新の論文を探すのには、PubMedやGoogle検索を使う方法が良く知られています。今回は、投稿前の論文、査読中の論文の探し方を紹介します。

論文を投稿する前に、完成した論文をプレプリントのかたちで公開サーバーにアップロードして皆に読んでもらい、プライオリティの取得もかねて意見を求めるというのは、昔から物理などで盛んな ならわしでした。現在では生命科学の論文用のプレプリントサーバーbioRxiv(バイオアーカイブと読みます)が盛んに利用されています。このサーバーを検索すれば最新の査読されていない またはここに公開と同時に査読中の論文を読むことができます。

bioRxivはCold Spring Harbor Laboratoryが維持しているプレプリントサーバーで、投稿すると内容をチェックした上で(非科学的な内容ではないか、テロに用いられるような危険な知識を提供するものではないか、剽窃した内容でないかなどのチェックです。査読してくれるわけではありません)翌日には公開されます。利用は無料です。

このサーバーはほとんどの著名な生命科学系の学術雑誌(ここに今日、ダウンロードした提携雑誌のリストがあります。投稿前に必ずこちらhttps://www.biorxiv.org/about-biorxivで確認してください。)と提携しており、bioRxivに いったん投稿しておけば、提携雑誌へ投稿する際は自動的にデータがその雑誌に移動できるようになっていて、投稿時にもう一回著者のリストを入れたりする手間はないのでおすすめのサービスです。投稿してしまえば引用可能になりますので、取り下げることはできません。利用法としては、査読のある雑誌への投稿と同時にこのサービスで投稿原稿を公開したり、bioRxivのサーバーで公開して皆にすぐ読んでもらった後で、査読のある雑誌に投稿することができます。またbioRxivに公開した後、コメントなどを参考に改訂してバージョンアップした後、投稿することも可能です。下の紹介動画をご覧ください。

私の良く知っている線虫の研究者、Josh Bembenekさんも盛んにこのサービスを利用しており、最近もこんな論文のプレプリントを公開しています。
https://www.biorxiv.org/content/early/2018/05/10/319657

線虫の細胞系譜にそって細胞質分裂の仕方が変化するという面白い内容です。

皆さんもbioRxivの検索画面で自分の好きなキーワードでいろいろ検索してプリプリントを探してみてください。最新の研究成果がいろいろ見つかると思います。

多くの雑誌ではプレプリントサーバーにアップロードして公開した論文は、投稿前のもの
prior to submissionとみなされます。中には投稿前にbioRxivでの公開を許さない雑誌もありますので、投稿前に十分調べてから投稿してください。Oxford Journal系の雑誌のように、公開プレプリントサーバーに公開しているものが投稿後にアクセプトされて掲載されるときには、すでに公開していたのだからといって、オープンアクセスの料金を払わねばならないところもありますので注意してください。各雑誌のポリシーは
https://en.wikipedia.org/wiki/List_of_academic_journals_by_preprint_policy
などにまとまっています。

他の分野でのプレプリントサーバーには、物理関係(経済分野も含む)のものや、は科学哲学関係のものなどもありますので、興味ある方は訪問してみてください。